BRCA diagnose bij familiale borstkanker

Click here to load reader

  • date post

    16-Mar-2016
  • Category

    Documents

  • view

    57
  • download

    4

Embed Size (px)

description

BRCA diagnose bij familiale borstkanker. Aantal borstkankers per jaar. BORST- KANKER. Borstkanker bij vrouwen: 9.489 Eierstokkanker: 909 Borstkanker bij mannen: 67 (bron: Nationaal Kanker Register, 2006). EIERSTOK- KANKER. Kanker – Familiale kankers. - PowerPoint PPT Presentation

Transcript of BRCA diagnose bij familiale borstkanker

PowerPoint Presentation

BRCA diagnose bij familiale borstkanker1

Aantal borstkankers per jaar Borstkanker bij vrouwen: 9.489 Eierstokkanker: 909Borstkanker bij mannen: 67(bron: Nationaal Kanker Register, 2006)

BORST-KANKEREIERSTOK-KANKER

2

Kanker Familiale kankerskanker is het gevolg van somatische mutaties

de meeste kankers zijn sporadisch (toevallig)

borst- of eierstokkanker treft n vrouw op 10bij 10% is er een familiale geschiedenis van borst- of eierstokkanker

kanker zelf is niet erfelijk, sommigen erven een genetische voorbeschiktheid om kanker te ontwikkelen3

Borstkankergenen: BRCA1 en BRCA2Kans op borstkanker bij BRCA1/2 mutatie LeeftijdAlgemeenBRCA1/235 jaar3/10001/10045 jaar1/1003/1055 jaar 3/1005/1085 jaar1/108/10

2 grote genen:

BRCA1 (op chromosoom 17): 7.094 baseparen (1863 aminozuren) BRCA2 (op chromosoom 13): 10.390 baseparen (3418 aminozuren)

Het onderzoek is complex en daarom voorbehouden aan familiale gevallen.

4

BRCA1

BRCA2

Sequencing - ddNTP

Sanger sequencing

Gen Exon PCR - Sequencing

BREAST AND OVARIUM CANCERUnselected casesThree or more familial cases5-10 % BRCA1/220-25 % BRCA110-15 % BRCA2?

Risicos op borstkanker Goede selectie van families 3 aangetasten (en sommigen < 50) families met 2 BRCA + 1OVCA families met 3 BRCA onder 50 j2 eerstegraadsverwanten met 2 CA onder 50 j

families met borst-en ovariumcarcinoom (BRCA1)families met borstcarcinoom bij mannen (BRCA2)borstkanker < 30j (ook bij unieke casus)minimum 1 aangetaste persoon in leven

Indicaties voor mutatie-analyse14Diagnostische testPredictieve of presymptomatische test

Moleculaire diagnostiek

prostaatkanker ?borstkanker 42 jeierstokkanker ?borstkankerborstkanker40 jborstkanker37 j?16Familiale BRCAX mutatie is gekendGenetische test bij niet aangetaste verwantraadpleging geneticus voor medische informatiecounseling bij psycholoog bloedname voor analyse (+bespreking van risicos)raadpleging geneticus voor bespreking resultaatbespreking praktische aspecten van opvolgingorganisatie van psycho-sociale follow-up

Predictieve genetische testMultidisciplinair team

- gynecologie/gynecologische oncologie/ sinologie/heelkunde/plastische chirugie- klinische genetica/sociale verpleegsters- psychologen/psychiatrie

Predictieve genetische test

Borstkankeronderzoek CME - UZLeuven2058 familiespatinten (DNA) onderzocht: 2300families met mutaties in BRCA1/2: 277gezonde familieleden onderzocht: 857

Aantal predictieve testen per jaar:19Follow-upbij positieve test:psycho-sociale counselingprofylaxie

bij negatieve test:terugval op bevolkingsrisico

Predictieve genetische testGeen familiale mutatie gekendbeleid baseren op statistische risicos computer programmas, tabellen van Claus.http://www.isds.duke.edu/~gp/brcapro.htmlMutatieanalyse is tijdrovendInformatiedoorstroming in familie bij at risk individuenGeen predictieve BRCAX testen zonder toestemming en bij minderjarigen

ProbleemsituatiesI.1I.2I.3II.1II.245yIII.1III.240yno mut in BRCA1III.337yp.M1V in BRCA1III.4c.7265 del A in BRCA2c.7265 del A in BRCA2Roche GS FLX (454 Life Sciences)250 bp (450 bp) per fragment100.000.000 bp (500.000.000 bp) per run (8 h)12-15 Gb of data per run

Illumina Genome Analyzer II (Solexa) - HiSEQApplied Biosystems SOLiD 3 (Agencourt)25-35 bp per fragment1 to 6.000.000.000 bp per run (days-weeks)1-10 Tb of data per run

Massive parallel sequencingNEXT GENERATION SEQUENCINGFirst introduced in 200523

BRCA onderzoek op het NEXT GENERATION SEQUENCING platformvolledige BRCA1 en BRCA2 sequencing analysevoor 40 (eventueel 80) patinten in n run

Voordelenhogere capaciteit beperking van wachttijdenlagere kost per patint

Uitdagingsnelle data-analyse

24

sstDNA librarygDNAsstDNA library created with adaptersA/B fragments selected using streptavidin-biotin purification

Genome fragmented by nebulization

25DNA fragments are treated so that they can be retrieved and further processedThe aim is to obtain the sequence of individual fragments after which the sequence data will be assembled again.The problem is that millions of these fragments are present in a solution so you need ways to isolate them and then to amplify them in such a way that they become readable. Single molecule, and there are no means today to determine or even identify such an individual fragment, let alone to do it a million times.26Clonally-amplified sstDNA attached to beadsstDNA libraryAnneal sstDNA to an excess of DNA capture beadsEmulsify beads and PCR reagents in water-in-oil microreactorsBreak microreactors, enrich for DNA- positive beadsClonal amplification occurs inside microreactors

DNA polymerasedNTPs

26You should realize that eventually, between 500.000 and a million fragments will be sequenced in one run. Size of the beads: 28 mPCR in mayonnaise ~106 microreactors per mlAll processed in parallel

27Anneal single-stranded library DNA molecules to capture beads. Distribute millions of beads in thermo-stable water-in-oil emulsion.Microreactors contain complete amplification mix.Thermocycle. Isolate and purify only beads with amplified DNA.

27 44 m

Load beads into PicoTiterPlateTM

28Well diameter: average of 44 mA single clonally amplified sstDNA bead is deposited per well.DNA beads packed into wells with surrounding beads and sequencing enzymes.

400,000 reads obtained in parallel on large format PicoTiterPlate device75 picoliter volume wells480 wells/mm21,600,000 wells per 60 x 60mm

29

29

30

Cost: $ 2480 (approx. 2100 or 1400)( 3980 if purchased via Bioscientia)Licenses ? $15.000 plus $50/test for a test of 5 mutations, $150 for 6-20 mutations Method has been improved by other laboratories, e.g. deletion testinghttp://www.myriad.com/

Matthijs G. The European opposition against the BRCA gene patents.Familial Cancer. 5:95-102 (2006)

BRCA1/BRCA2gene patentsinvalidatedJudge R. Sweet District Court, New York152-page decisionPatients and professional societiesMarch 28, 2010

Risk of breast cancer for relatives with BRCA1 or BRCA2 mutations0.2.4.6.8Cumulative breast cancer incidence20406080 305070Breast cancerAge .02.20.37.55.71.82Risk of ovarian cancer for relatives with BRCA1 or BRCA2 mutations

.02.21.40.46.54BRCA1BRCA2.02.02.06.12.2320406080 305070AgeCumulative breast cancer incidence0.2.4.6.81.0born < 1940born > 1940Risk of breast cancer for relatives with BRCA1 or BRCA2 mutationsby birth cohortAge at breast cancer diagnosis among probands with BRCA mutationsby physical activity as a teenager, adjusted for birthyear

Cum. Ris.Alg.Moeder

(40-49j)M+GM+TM+GM+T+nichtBRCA1

35j0.0030.0080.0310.0420.092

45j0.0130.0280.0990.1370.335

55j0.0300.0560.1750.2380.559

85j0.1020.1410.3230.4190.730

BRCA mutatie0.0020.0130.1010.3321.0