Bioinformatik Übungen SS 2010 ABI - genome.tugraz.atgenome.tugraz.at/UMIT/BIN3_SS2010.pdfDNA und...
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Bioinformatik Übungen SS 2010ABI
http://genome.tugraz.at/UMIT/
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Übung II
Rückblick
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Hund
Maus
Ratte
Huhn
Konservierung der SCD Gensequenzen
1kb
Übung II - Rückblick
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Übung III
Einführung, Teil 1
Transkriptionsfaktoren
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Genexpression - Regulierung
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Basale Transkriptionsfaktoren (TF):– TBP, TAFs
Spezifische TF:– CREB,c-Jun, Sp1, C/EBP....
– binden bei bestimmter DNA-Sequenz (Regulatory Elements)
Änderung der Chromatinstruktur ist wichtig, da dies erst ermöglicht, dass TF an DNA binden kann.
Regulierung der eukar. Transkription
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A. Zinc fingers B. Helix-turn-helix
C. Leucine zipper D. Helix-loop-helix
http://www.gene-regulation.com/pub/databases/transfac/cl.html
Transkriptionsfaktoren - Klassen
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TSS
5‘UTR CDS
TATA
HNF-1 CYP2H1HNF-3 C/EBP
GTTAATGATT TGTTTGTTTT TTGGCCAA
Jeder TF bindet im Promotor mehrerer Zielgene
Sequenz von TFBS:– für TF spezifisch
– variiert für verschiedene Gene und Organismen
Mehrere TF beeinflussen die Transkription (Modul)
-200
promoter
Polymerase II
-40
Transkriptionsfaktor Bindungsstellen (TFBS)
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TSS
5‘UTR CDS
TATA
HNF-1 CYP2H1HNF-3 C/EBP
GTTAATGATT TGTTTGTTTT TTGGCCAA
TF Kaskaden– positive Rückkoppelungen
Suche nach potentiellen TFBS in Promotoren:– Consensus Sequence
– Position Weight Matrix (PWM)
– Hidden Markov Models (HMM)
-200
promoter
Polymerase II
-40
Transkriptionsfaktor Bindungsstellen (TFBS)
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Übung III
Einführung, Teil 2
Rekombinante DNA Technologie
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Anwendungen DNA Klonierung
Proteinsynthese
Expressionsversuche in vitro
Erzeugung von Genbanken
Gen-Transfer in Eukaryonten
Gen-Transfer in Pflanzen
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Polymerasen– DNA Polymerasen
Nucleasen– Restriktionsenzyme
Ligasen
Verwendete Enzyme
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Polymerasen– DNA Polymerasen
Nucleasen– Restriktionsenzyme
Ligasen
Verwendete Enzyme
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1. DNA und Vektor isolieren
2. Beide mit BamH1 scheiden
3. Mischen – Anlagerung
4. Ligase hinzugeben
5. In E. Coli transformieren
6. Ausplattieren
7. Kolonien selektionieren
Klonierprozess
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Kloniervektor (pBR322)
Plasmid
Ampizilin-Resistenz
Tetracyclin-Resistenz
Poly-Linker
Origin of Replication
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Selektion mittels Antibiotikaresistenz
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Selektion mittels X-Gal
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Andere Kloniervektoren
Vektor Länge (kbp)
Plasmid 10Bakteriophage 18
Cosmid 40BAC 300YAC 600
Mega- YAC 1400
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Übung III
Problemstellung
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Gegeben:
Klonierte Sequenz
Gesucht:
Welcher Kloniervektor wurde verwendet? – Name– AccessionNr– Länge
In welchem Bereich der gegebenen Sequenz ist das Insert einkloniert?
– Position von – bis– Länge
Worum handelt es sich bei dem Insert? – Name– AccessionNr– Organismus– Länge– Funktionelle Beschreibung– Literaturreferenz (PubMed ID‘s,
Reviews)
Welche Art von Kontaminierung ist vorhanden?
– Beschreibung– Länge
In welcher Schnittstelle wurde das Insert einkloniert (Hinweis: 6 bp cutter)?
– Name– Sequenz– Aminosäuresequenz
Gibt es ähnliche Proteine im Menschen? – Name– AcccessionNr– Beschreibung
Beschreibung der konservierten Domänenen?
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Appendix
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22Section for Bioinformatics
Transkriptionsfaktoren