Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ...
description
Transcript of Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ...
![Page 1: Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ ηχανικών και Μ ηχανικών Υ πολογιστών](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814dd8550346895dbb3f28/html5/thumbnails/1.jpg)
ΕΘΝΙΚΟ ΜΕΤΣΟΒΙΟ ΠΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟΣχολή Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών ΥπολογιστώνΤομέας Τεχνολογίας Πληροφορικής και Υπολογιστών
Διπλωματική Εργασία
DIANA 2.0: Προηγμένη Εφαρμογή Ιστού Διαχείρισης Δεδομένων Βιοεπιστημών
Φωτοπούλου Χ. Γεωργία
Επίβλεψη: Τιμολέων Σελλής
12 Ιουλίου 2010
![Page 2: Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ ηχανικών και Μ ηχανικών Υ πολογιστών](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814dd8550346895dbb3f28/html5/thumbnails/2.jpg)
Φωτοπούλου Γεωργία 1
Υπόβαρθο
DNA
![Page 3: Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ ηχανικών και Μ ηχανικών Υ πολογιστών](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814dd8550346895dbb3f28/html5/thumbnails/3.jpg)
Φωτοπούλου Γεωργία 1
Υπόβαρθο
DNA
mRNA
![Page 4: Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ ηχανικών και Μ ηχανικών Υ πολογιστών](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814dd8550346895dbb3f28/html5/thumbnails/4.jpg)
Φωτοπούλου Γεωργία 1
Υπόβαρθο
DNA
mRNA
πρωτεϊνη
![Page 5: Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ ηχανικών και Μ ηχανικών Υ πολογιστών](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814dd8550346895dbb3f28/html5/thumbnails/5.jpg)
Φωτοπούλου Γεωργία 1
Υπόβαρθο
DNA
mRNA
πρωτεϊνη
γονίδιο ↔ mRNA
![Page 6: Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ ηχανικών και Μ ηχανικών Υ πολογιστών](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814dd8550346895dbb3f28/html5/thumbnails/6.jpg)
Φωτοπούλου Γεωργία 2
Υπόβαρθο
microRNA
στόχοι
πειραματικές και υπολογιστές τεχνικές
Ε.Κ. Βιοϊατρικών Επιστημών “Αλέξανδρος Φλέμινγκ”
![Page 7: Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ ηχανικών και Μ ηχανικών Υ πολογιστών](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814dd8550346895dbb3f28/html5/thumbnails/7.jpg)
Φωτοπούλου Γεωργία 3
Αρχιτεκτονική
![Page 8: Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ ηχανικών και Μ ηχανικών Υ πολογιστών](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814dd8550346895dbb3f28/html5/thumbnails/8.jpg)
Φωτοπούλου Γεωργία 4
Αποφάσεις
Ανάλυση απαιτήσεων → Περιπτώσεις χρήσης
Σχεδιασμός → Model-View-Controller (MVC)
Yλοποίηση → Apache+MySQL+PHP+Yii
Αξιολόγηση/Έλεγχος → Σενάρια εκτέλεσης
![Page 9: Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ ηχανικών και Μ ηχανικών Υ πολογιστών](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814dd8550346895dbb3f28/html5/thumbnails/9.jpg)
Φωτοπούλου Γεωργία 5
Χαρακτηριστικά DIANA 2.0
Αναζήτηση βιολογικών στόχων
Παροχή προτάσεων σε λανθασμένους όρους
Προβολή στόχων με βάση άλλους αλγορίθμους
Περιβάλλον διαχείρισης χρηστών
![Page 10: Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ ηχανικών και Μ ηχανικών Υ πολογιστών](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814dd8550346895dbb3f28/html5/thumbnails/10.jpg)
Φωτοπούλου Γεωργία 6
Αναζήτηση βιολογικών στόχων Υποστήριξη όρων διαφόρων τύπων
- όνομα microRNAπχ “hsa-let-7e”
- κωδικός ΜΙΜΑ microRNAπχ “ΜΙΜΑΤ0000062” ή “MI0000401”
- όνομα γονιδίου πχ “FIGN”
- κωδικός ENSEMBL γονιδίουπχ ENSG00000000005 ή ENSMUSG00000070000
- κωδικός TRANSCRIPT γονιδίουπχ ENST00000400000 ή ENSMUST00000020000
- κωδικός Refseq γονιδίουπχ XM_905004 ή XR_002000 ή NM_012001 ή NR_000003
Απλοποίηση
![Page 11: Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ ηχανικών και Μ ηχανικών Υ πολογιστών](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814dd8550346895dbb3f28/html5/thumbnails/11.jpg)
Φωτοπούλου Γεωργία 7
Παροχή προτάσεων Εξοικονομεί μνήμη και χρόνο
Μαντεύει
Εκμεταλλεύεται τη δομή των όρων
Χρησιμοποιεί συντακτική απόσταση LevenshteinL(seq1,seq2) = #delete + #insert + #substitution
πχ L (foo, fo) = 1 → 1 deleteL (hat, cat) = 1 → 1 substitution L (beta, res) = 3 → 1 insert, 2 substitutions
![Page 12: Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ ηχανικών και Μ ηχανικών Υ πολογιστών](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814dd8550346895dbb3f28/html5/thumbnails/12.jpg)
Φωτοπούλου Γεωργία 8
tokenizationπχ hsa-let-100g → 4 tokens
db-tokens
hsa → Ναι let → Ναι 100 → Ναι g → Όχι
Παροχή προτάσεων – microRNA ονόματα
![Page 13: Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ ηχανικών και Μ ηχανικών Υ πολογιστών](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814dd8550346895dbb3f28/html5/thumbnails/13.jpg)
Φωτοπούλου Γεωργία 8
tokenizationπχ hsa-let-100g → 4 tokens
db-tokens
hsa → Ναι let → Ναι 100 → Ναι g → Όχι
Παροχή προτάσεων – microRNA ονόματα
![Page 14: Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ ηχανικών και Μ ηχανικών Υ πολογιστών](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814dd8550346895dbb3f28/html5/thumbnails/14.jpg)
Φωτοπούλου Γεωργία 9
ranking
Λίστα “Ναι”: σκορ εμφάνισης
[(hsa-let-7i → 2), (hsa-mir-95 → 1), (mmu-mir-100 → 1)]
Λίστα “Όχι”: απόσταση levenshtein
[(hsa-let-7i → 1)]
normalization
Λίστα “Ναι” : (item / #tokens)*0.5
[(hsa-let-7i → 0.25), (hsa-mir-95 → 0.125), (mmu-mir-100 → 0.125)]
Λίστα “Όχι”: (item / min_levenshtein) * 0.5]
[(hsa-let-7i → 0.5)]
Παροχή προτάσεων – microRNA ονόματα
![Page 15: Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ ηχανικών και Μ ηχανικών Υ πολογιστών](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814dd8550346895dbb3f28/html5/thumbnails/15.jpg)
Φωτοπούλου Γεωργία 10
merge
merged_list = [(hsa-let-7i → 0.75),(hsa-mir-95 → 0.125),(mmu-mir-100 → 0.125)]
suggest top-k terms
για k=2:- hsa-let-7i- hsa-mir-95
Παροχή προτάσεων – microRNA ονόματα
![Page 16: Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ ηχανικών και Μ ηχανικών Υ πολογιστών](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814dd8550346895dbb3f28/html5/thumbnails/16.jpg)
Φωτοπούλου Γεωργία 11
βασική μορφή- Κωδικός ΜΙΜΑ: ΜΙΜΑΤ ή ΜΙ + 7 ψηφία - Κωδικός ENSEMBL: ΕNSG ή ENSMUSG + 11 ψηφία - Κωδικός TRANSCRIPT: ENST ή ENSMUST + 11 ψηφία- Κωδικός Refseq: XM_ ή XR_ ή ΝΜ_ ή NR_ + ψηφία
tokenization - πχ ΜΙΜΑΤ0087 → MIMAT και 0087
σταθεροποίηση αριθμού ψηφίων- πχ 0087 → 0000087- πχ 00000000087 → 0000087
levenshtein -πχ 0000087 → 0000097, 0000017, 0000117 κοκ
concatenation0087 → ΜΙΜΑΤ0000097, ΜΙΜΑΤ0000017, ΜΙΜΑΤ0000117
Παροχή προτάσεων – κωδικοί
![Page 17: Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ ηχανικών και Μ ηχανικών Υ πολογιστών](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814dd8550346895dbb3f28/html5/thumbnails/17.jpg)
Φωτοπούλου Γεωργία 12
τελική περίπτωση
levenshtein
Παροχή προτάσεων – όνομα γονιδίου
![Page 18: Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ ηχανικών και Μ ηχανικών Υ πολογιστών](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814dd8550346895dbb3f28/html5/thumbnails/18.jpg)
Φωτοπούλου Γεωργία 13
Εμφάνιση κατάλληλου συνδέσμου στη λίστα αποτελεσμάτων
Δεν υποστηριζόταν στην προηγούμενη έκδοση
Προβολή στόχων άλλων αλγορίθμων
![Page 19: Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ ηχανικών και Μ ηχανικών Υ πολογιστών](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814dd8550346895dbb3f28/html5/thumbnails/19.jpg)
Φωτοπούλου Γεωργία 14
Προβολή λίστας χρηστών Τροποποίηση στοιχείων χρήστη
Διαγραφή χρήστη
Πρόσθεση νέου χρήστη
Ανέβασμα αρχείων στόχων
Περιβάλλον διαχείρισης
![Page 20: Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ ηχανικών και Μ ηχανικών Υ πολογιστών](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814dd8550346895dbb3f28/html5/thumbnails/20.jpg)
Φωτοπούλου Γεωργία 15
Εύχρηστο περιβάλλον διαχείρισης
Απλοποιημένος μηχανισμός αναζητήσεων
Βελτιωμένος μηχανισμός παροχής προτάσεων
Συγκριτική παρουσίαση προβλέψεων με βάση άλλους αλγορίθμους
Διευκόλυνση μελλοντικών επεκτάσεων λόγω τεκμηρίωσης
Συνεισφορά
![Page 21: Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ ηχανικών και Μ ηχανικών Υ πολογιστών](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814dd8550346895dbb3f28/html5/thumbnails/21.jpg)
Φωτοπούλου Γεωργία 16
Ακολουθεί επίδειξη της εφαρμογής DIANA 2.0 ...
![Page 22: Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ ηχανικών και Μ ηχανικών Υ πολογιστών](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814dd8550346895dbb3f28/html5/thumbnails/22.jpg)
Φωτοπούλου Γεωργία 17
Ερωτήσεις;
![Page 23: Ε ΘΝΙΚΟ Μ ΕΤΣΟΒΙΟ Π ΟΛΥΤΕΧΝΕΙΟ Σ χολή Η λεκτρολόγων Μ ηχανικών και Μ ηχανικών Υ πολογιστών](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062322/56814dd8550346895dbb3f28/html5/thumbnails/23.jpg)
Φωτοπούλου Γεωργία 18
Ευχαριστώ!