Download - Immobiline-based two-dimensional gel electrophoresis: An optimised protocol for resolution of human colonic mucosal proteins

Transcript

�������������� ������������ ������� ����������� �� �� ������ ��� ���� ��������� ��� �� ���� ������� ������ ��� ����

�� ������� ������� ��� �� ��������� �� ������������ ������ ������� �� ������� ���� ������ � � ����� ������ �� �� ������� �� �� ����� ������� �� ������� � ��� � �� ������ �� �� ��� ����� ����� �� ����������� ��������������� � �� �� ������������ ������ �� ��� ������� ��� ���� �� � ��� ����� � ������ ����� ���������� � � ���� � !����� "�#$$� � �������������� � $�% ������� �� �� &'#$ �� % �� ���� ���� �� ���� � ���� (��)*+� ����,���� ����-��� ������� ������� �� �� ����� ������� ��� ������ � ������ �� � ����������� �� �������� .����� �� ������ �� #$$ �� ������� ���� �� /�0� ��� �/ � ���� �� �� ��� ������������� ���� � �� /$�1� !� ����� �� � � ���� �� �� ����� ������� ��� ��� ������ ��� ����� ���������� �� ���� �� ����� !� �� �� ��� ��������� ������� �� ��� ���� ��� ����� ��� �� �� �������� �� ������ � ��� � .����� ������ ������������ ������ ������� �� ���� ���� �������

��������� !����������� � ����������� 2 .�� ����� �������� 2 .����� �� �� �������

2 3����� �� ��� ������� �� ������� 2 ����� �� ���� ������ 2 1� ���� ��������� 45 &66$

������ ����

����� �� �����

!����� "� �������

����� �� #�����$

%� &����� '�(���

#7�������� �� )���3������� �� 1� �� 89��� )������.����� ��� 3�������&3������� �� ��������� ����� ���� 1�����9���������� :��� ������� � )���� ;)�������� ��

���� �� ����������� �� .����� �� �������� �� #�%�<#=� ������ �� �� ������� (.�:+ ��� � ���� ���������� �� ���� �� ����� ����� ����� ���� ��� ����!��� � ��� ��� ��� ��������� ���������� ���� ��������� ����� ��� ���� �� �������� .4* ������� ������� ����� ��������� ������ ������ ��� ����� ����� ��� �������� (����� � ������ ������ �����������+ ���� ������������ �� �� ���� ��� ������� ��� ������-��� ������� �� � �� �� ����� �� ����� � ������� � ������� ��� �� ��������� �� ������������ �������� �� ����� �� ���� ������ � ������� ������ �������� ����� .�: �� �� ����� ������� �� �� ����� ��!����� "�#$$� ���� �� ������ ����� ���� !��� ������� ��� �� ������� �� ����� ���� ��� ����� ����� ���� ���� �� ���� (&'#$�0+ ��� �� ������� ��� �������� ������ �� ���� � �� ����,���� ����-��� �� ������������ ���� �� ����� ������ �� �� ��� �� ��� ������ ����������

*��� ����� �� ���� ����� ��� ������ ���� ������� ������� �� ������� �������� �� ����� ���������!� ������ ��� ��� ����� � ����� ���� ��� ��������� ���� ��������� �� ���� ��� � �� ������ �� �� �� /�1 ��� ����� #$ ��� �� ���� >��� �������������� � � �� � �� 4>��� ������� ��� ������� ���� �� �� ����� !� ���� � �� ��� ��� ����0$ �� ����� ����� �� � ������� ��� � ���,� �� �?��

������� �� ���� �� '@$�1� � ���� � �� ������� �� ���� ��� ������ � ���� ������� ����� � A�������� �� ������������ �� ���,� ����� ���� � ������ �� ���� �������� �� �� ��� �� �� ���� �� ������ ���������� � � ���� � !����� "�#$$� � ��������������� � $�% ������ �� �� &'#$ �� % �� ��)*(���� � ����� �� � #6$ �� ��)* ����- �� ����� ����� � �� ���������� +� !� �� � �?���� �� ����� �� ������ ����� �� 4������ �������� �� � ���������#�0 �5 4������ ����� ����> ���� 0$$ �5 �� ���� �� ������� �� ������� ��� # � �� ���� ��������� )���� � �� ���� �� ����� �� � �� ���� �� ?�� �� ��(0$$ �5+ �� ���� �� ����� ���������� % � ���� $�0 !������ "�#$$� � �������������� � $�% ������ �� &'#$� �� $�# ��������� � �� !��� ��>��� ��� �����> �� �������� ��� #$ ��� �� #$ $$$ � ��

.����� �� 3��)����� (#@�#�&0�$#B ���������� 7���� �)��+ �� &�$'#$�0 (#�$ � &�& � $�0 ��+ �� ������� �$ ���� ���� �� #$$ �� �������� ���� �� /�0� ����/ �� ���� ���� ��� #0 ��� (��� ���+ �� ��� ����� ���� (33�+ �� ��� ��� ��� &$ ��� �� � � ����� �� 33�� )����� �� ������ �������� �� ���� ���������� ���� ���� ��������� ��� ��� ����� ���������� ���,��� ��� ������� ����� �� ��� ����� ������������ .����� �� ������ �� ������ �������� �� ���� ��� ������ �� ���� � �� ����� �� % � ���� $�0 !����� "�#$$� #$ �� 3!!� � �� ����� ���� � � ���� �� � �� ������ �� C���� : �� �� ��� �� ������ ����� �� �� �� ���� ���� ����� � ������� � ��� �� : �����: �� � ��� ��� �� ��, �� �� �� �� ������� ���-��� � �� �� ������ �� �� �� � ����-��� �� $�0 ���� �� ������ �� �� �� �� 33� �� ���� ���

��������������� 3�� 1� 1���� ��������� ����� ��� 3��������� 9��� ;���� )��� ������� � ������� �������� )� 5�����;)� �$60� ������ ��%���� �������D������������)*� E6#����/&@�0/�$

������������� #���� �� &/6@'&/@# &/6@

F �.54G�H1� H� �� :���� 6�/0# ������� #��� $#@&�$%&02��2#@#@�&/6@ I#@�0$E�0$2$

!�� �������

� +%

#0 ���� .�� ����� �������� ��� ������ �� �� �� ������� .. ����������� ���� (���������+� �� ��� �� /$�1����� � �� ��!�� .. ����������� ����� ���� (���������+�� #$$ �5 �� �� �� �� ��� �� ������ ����� �� ������ ���� ��� ��� � �� ��� .����� �� ����� ����� ��� ������� ��� ��� � ��� �� �� ���� �� � .�� ������������� ������ �� &$$ H ��� � �� ���� ���� ���& � �� ��� ������� �� &0$$ H ��� /� � ��� � ���� ��#&$ $$$ H�� ���� �� ���� �� .����� �� ������ ������ �� 33� �� ���� ���,� �� '@$�1� *�� ������������� ����� .����� �� ������ �� ���� ����� ���� ���� ��� #0 ��� ��� ��� �� �� ?�� ���������� ����� ���������� $�$0 � !�����1 � �� 6�%� 6 � ���� &$ � ���� � �� # )3) �� 33�� *�� �� ����� ����� �0 ��3!! ��� ��� � �� #$ �5 �� ���� ?�� �������� �� �����B��� �� ���� ����� $�/0 � �������� ��� �� ��� #$ �5 �� �� ?�� �������� �� ����� � ��� ���� � ����� ������ ��

� ��� (�0$ � #�$ � $�0 ��+ ���� %'#% ��� ���������� ��� � ���� 0 ����-��� � ��� �� ��� )3)���:4� �����,�� ����� ��� (�3�+ <�= ��� ����������� �� �� ������ ��-� (��6 1+� �� � ����� ��������������� $�#� � !���� $�#� � ����� �� $�# )3)� ��6�/� ��� ��� �� ���������� ��� ���� �� ���� ��������� ���� ��� (��)+ �� ����� �����,�� (3��.�+<&=� !� � ��� ���� ���� � � ����� ������� ��� (: ���� ��: �� �+ ����� �� �� ������ ��> ���� ��33�� #$ ��� ��� ���� !� )3) � �� � ����� ��������� � ��� �� ��� � �� ���� �� -���� ���� �� ��� ���� � �� �� �� ����������� ����� ������ )3) �� ������ ��� ����� ������ ������ ���� ��������� ���� �� ���� � ����� ����� !� ?�� ����� .����� ������� ��� ��� � ' � �� ��� ' ���� �� ������ �� ��)3) � � # �� ���� ���� �� ����� ����� ������ 4 ������������ ��� ������ �� #$�1 ���� ��>���� �� ����� ���� ����� �� �� /$$ H �� &$ �� ������� �� �

&/6% 1� 1��� �� ��� ������������� #���� �� &/6@'&/@#

)����� �� !� ����� ����� � �� �������� .����� ������ ��3 � �� ����� �� ���� ������� !� �������������� .�: ������ #�$ �� �� ����� ���� ��� ���� �� ���� &'#$�0� ��� ������ ���� #$$ �� �������� ���� �� /�0� ��� �/ ��� ��� � � ���� �� ����� �� �� �>�� !� ���� ������� ��� �� %'#% ������ )3)���:4 ���� � 0 ����-���� � � �� ��� #�$ �� �� ����� �� �� �� ���� ���-�� ����� �� ���� �� �� �� � �� �� �� �� ��� ���� ��� ��������J �$$� ##6� �@� 66� 00� &@� &#� ��� #/� �� 6 -3��

�� ����� �� �� ����� ��������� �� ��>�������� ����� !� ��� ��� ������ �� #0 �� ���� ������ � � ����� �� ������ � �� ���� ���� �������� ����� ���- ����� � �� !� .����� �� ������ ����� ���� �� �� ��� ������� �� @0 �� ���� ��� ����� �� ������ � ������ � �� (����� #$ ���+�!� ������� ����� ����� �� ���� �� ����� ����� �� �� ��� ��� �� .����� �� ����� �� �� ���� ��� ��� ������� �� @0 ��� 4 ����������� ������� � ��� �� � ����� ���� �� ��� ���������� (����� /�0 �+� *� ����� �� ������������� ����.����� �� ������ �� ��> ��� # � �� �$ !1� �� ������ ���� �� ��� # )��� H�� � #@ �������� �� ������ �� ������� �� ��� </=B ������ � �� ����� ��������� ������ : � �� ��> �� �� �� ����� ���������� � ����������� �� �� ���� �� ��-����� �� 3�����- <0=� *���� # ����� ���� � � ����� �� �������� �� ��������� .� ��� ����?��� � ������ �� �� : ����� ���� ����� �� �� ������� � �� ����� �� ���� � �������� �������� ����� .� �������� ��� �$$$ ���� ���� � ������

��3 ��:4 ��� ��������� � ��� �� � ������ � ����� ��� �� �� ���� �� ����� ����� .� ���� ��������� ������ ��� ����- �� ����� �� �� �������� �� ����� �� ��������� !�� ���� � ��� ���������� � ��� ��3 ��:4 �� ����� �� �� ��������� �������� ���� ������ ����� �� ����� ��� ��� �� ������>��������� K��� �� ��� ����� � ���� � ������������� ������ �� .�: �� &�0'#$ ����� �� ���� ������ �� ��� �� ����� ����� % � ���� / 1���)� � ������� � ������ ���� (3!! �� ������������� +� 9������ ��� <6= �� ��� �� � ������������������ ������ � � �� ��������� (& � #$@2�5+ ��� )�� �- �� ��� <@=�� ��� �� �$ �� ���� ����� � ���B �� ��� ��� �������� �� �������� ����� �������� �� ��� ���� ������ ����� ���� ��� ����� ����?��� � �� �� ����� �� � ������ �� �� ��� �� #$'0$ �� ��� ����������� �������B ������ �� ��� ����� �� 1���)2���2������ ����� ��� �� ��� ������� ���-��� ��� � ������,���� ����-��� �� ���� .�: �� >������� ��� �� ������ ������ ����

� ������ �� ������ �� ��������� �������� ������,���� ����-���� ������� �� � �� ����� �������� ������ ������ � ��� ����� ���� ������ ������ ��������� ��������� ���� �� �������� �� � ����������� ������ �� ������� ���� ������� ������ �� � �������������� � �� ��� � ������ �� ��� �������� ������� (!����� "�#$$� ������ �K�3�� ������������ ���������+ �� ��� ,���������� ������J 1���) �� &�<(&���� ��������� +����� �������=�������>��#��������� ������ (1���)C+� ���� � �� �� �� ��������������� � ��������J ��� �� #�#�&�&��������� ��� (!�7+�

� ���� �� !����� "�#$$2������ ����� ���2��� ���-���� �� � ���� � ������� ��� �� ��� ������� �� �� ���������� �� ���� �� �� ����� >����� ���� �� �������������� .�: ������ �� �� �� ������ � �� �� � �������������� ���� �� ��� ������� �� � 0$ �� ����� ���� ��� ��� � �� �� ������ ����� �� ����� �� � �� ����� ��� ����� ��� �� ���� �� ���� (������������� ��� �����+�

9��� ����������� �� ������ ������������ ����� .4*�� �� ���� ��� ����� �� ��� � -� �� ������� ������ �� ��� � ���� �������� �� �� ���� ����� .������ �� �������� �� ���� ���� �� �� ���� ��� <%= ������ ���� �� ���������� �>�������� ������ ����������� <�'##=� !��� ��� ��� �� ������� �� ����������� � -� �� .����� ��� �� ��������� � !� ������������������� �� �� ����� .����� ��� � �� ����������� � ����� �� ��������� ��� �������B ���� ����������� ��� ����� .�: ��� ����� �������� (1�2.�:+����������� ������������> ����������� ����������� ������� ��� � ��� ������ ���� ���� � <�=�

!�� ������� ��� �� ����� �� � ������ �������� �� ���� ��������� .����� ������ .4* ��������� �� �� ����� .�: � �� #$$ �� �������� ������ /�0� ��� /0 ��� <#$= �� ��������� .4* �� � �� ��������� (����� ����� �� �������� �� �� ���� �� +<##=� �� �� ������ �� �� ����� �� ���� �������� ��� ������� ��� ��� ������� � �� ����� �� ����������� ������3 ��:4� ������ .� ��� ��3 ��:4 ���- ���� �� ���������� �������� >����� ����,���� ����-��� �� � -�� �� ������� ��� �� ���� .4* ��� � ��� �� �� ����� �� ��� >�� ������ � ���� ���� ����������� .����� �� ������ ���� �������� ��� ��� � � ������� ���� ���� ��������� !� �� �� ���� ���������� ��� ���� �� �� ������� �� �� �������� �������B ����� � ��� � ����� ������ �� ���� �� ������ �� � ������ ���� � �/ � ���������� ���� .��������� �� �� ������������� �� �� � ������� ������ �����3!!� ���� � �� �� �� ����������� ���� �������� ��� ���� .����� �� � �� �������� ��>��� �������� ���� ������� ������������ ���������

1��������� ����� ������ .4* ��� ��������� � �������� �� �� � ���� � � �� ���� �������� ���������-��� �� ������� �� �� � � ������ �� ����� ����������� .����� �� .4* ��� � �� ���� � �� ������� �� #$'�0�1� ������ ����� .�: � � ������� ��� �������� ���� ������ ����� ���� ��� ���������� � ��� ��� �� ���� �� ����� ����������.�� �� �$�1� ������ ���� ����� � ��� ���-������ �� � ���� ����� �� �� ����� � �� �� � ��� �� ����� ���� ��3 ���������� �� �� �� ���������� ����� �� .�: � ������ �� /'@ <#�=� .� ��� ��

������������� #���� �� &/6@'&/@# ��3 ������ ������� �� �� ����� ����� &/6�

����� � >���� �� ���� �� ������� .4* ����������� ���� ��� ������ C�� �� ���� ������ ���� � ������� �� #$� #0� �$� �0� &$� &0� /$� /0� �� 0$�1� !�� � �� �� �� �� ��� ��������� �� �� �� /$�1� ����� ��������� �� /0�1 �� ����� ��� ����������-��� �� �������� �� �� �������� ������������ /$�1� ��� ����� � ��� � ����� �� �������������� �� � �� �� ����� � �� �� � � ������ ���� ������� �� ��� �� � ���� � ����� �� ?��� ������� �� ��� ��������� (#$'�$�1B ��� ��� �� ������ ����� �� �� �����+� ���� �?�� �� ���� ��� ���������� ����� ���������� � � ��� ����� ��� �������� ���� ������ �� � ������ �� �������� ���� #$�� /0�1 (��� ��� �����+ �� ������ � � �� ���� ����������� ������� ����� ������ �� ������ � ��������� ����� ��� �� ��� � �� �� ����� ���-��� �� ��� ������� �������� ������� ������ .� ���������� ���� ������ <#�=� � ���� ���� �� ���� ���� ����� ������� � �� �� ��� ���������� ��-��� ���������� ���� ������ �������� ������ � ������������������ ��� ��� �� ���� ��������� ��������� ����� ��������� ��� �� ��� ��� )��� ������������� ��� ������� ����� (���� �� ������� �� ���� ������+��� �� �� ��� �� ����� >����� �� ������ ���&$ ��� ���� ���������� ������ �� �� ����������� �� �������������� .4*�

*���� � � ������� �� ��� ��� �� ������� .����� �������� �� #$$ �� �������� ��� ��� �/ � �� ���������.4* �� �� ��� �������� �� /$�1� � ���������� ��*��� /� (�� �������� ��� ����+ �� /� (�/ � ����������� ����+ ����� �� ��������� �� ���� ��� ����� ������� �� ����� ������� �� .����� �� ������ ��� �/ � ��

#$$ �� �������� ���� � ���������� �� *��� /� (.4* ��/$�1+ �� /� (.4* �� #$�1+ � �� � ������� �� ����������� ��� ����� ������ �� /$�1�

.� ��� ������ ���- ���� ����� �� ���� ������ ����� ��������� .4* ���� .�:� �� �� ����� ������� ����� ���� ��������� �������� ��� ���� ����������� ����,���� ����-��� �� �� ����� � �� �� � � !��� ���������� ��� ��� �������� ���� �� ����� ?�� �������������� � ����?��� ����� ���������� �� ������ ��� �� ������ �� ������ �� ��������� ���� ������������ �� � !����� "�#$$� $�% ������ ����� ����� % � ��� �� � ��� ��� �� ��� �������� ���� �������� �� �������������� � � �� ��3 � ���� ��� ������K� ��������� ������ �� ����������� �� ������ �� ������� �� ���� �� ������ � ������ �� ����,���� ����-���J (�+ � �/ � ���� �� .����� �� ������ �� #$$ ���������� ���� �� /�0B �� (��+ �� ������ ���������� /$�1 ����� .4*�

� � �� ���� �� ���� ������� � ��� ��� .������ ������ ��3 ��:4� ����� �� � ������� ���� ������������ ��� ��� ������� � �� ������ �� ��� ������� ����� ��� �� �� ��� ��� �� ��3 ������ ������� �������� ����� �������� � �� ������ � ��������� �� ������� �� ����� �� ���� ������ �� ��� ��� � ���� ������� ������ ����� �� ���� � )���������� �������� �� �� ��� ����� ���� � �� � �� ���L�� ������� �������

�� ����� ���� �� ���� ���� ����� ���� ��� ����� ��������� �� ������� ���������� !������ "������ ������� ������ �� "������ ��� ��� �������� ������#����� ��

&/@$ 1� 1��� �� ��� ������������� #���� �� &/6@'&/@#

)����� � !� ��� ��� �� �������� ��� ������� �� ������ .4* �������� �� ���� ��� ����� �� ��3 ������ ��������� ����� �� ���� ������� (�+ .4* �� /$�1 �� �� �������� ��� ����B (�+ .4* �� /$�1 ���� � �/ � ���� �� .����� �� �������� #$$ �� �������� ���� �� /�0B (�+ .4* �� #$�1 ���� � �/ � ���� �� .����� �� ������ �� #$$ �� �������� ���� �� /�0�*������������� .4* ��� ������ ����� ##$ �� .�: ������ ���� ���� �� ���� &'#$�0� )������������ )3)���:4 ��� ������ ����� %'#% ������ � � ���� 0 ����-��� � � #$$ �� �� ����� : � �� ����� ���� 1�������� K�� ���� K ��

������� �$������ ��� %�������� &�������� ����� �������� �� ����� ��� �� ��� �� ��#������' ���������� �� �����������' ����������

9��� *������ �� #���B �� ���� ���� A� � �6� #���

����������

<#= KL ?����� K�� 4-� M�� 9������� �� :�� :����,,�� 4�� :N��� ����������� 9�� ���� � ��� (� )������ )��'�� *�����#�%�� +� #&/'#00�

<�= ������������ 3� *�� ���������-� ��� ���� � 1� 9�� %���� )��,���� #�%%� -./� /#�'/�&�

<&= ������������ 3� *�� ���� � 1� 9�� %�� 0���� ����������#�%%� -� &0'/$�

</= �������� ;� ��� *����� ��� 9�� �� K� A�� �������������#�%%� 1� /%%'/�6�

<0= ��-������ A�� 3����-� 9�� ��J 9�� �� K� A� (4�+� ����,��������,2���� 3+4� !������� 7�������O�� �P����#�%6� ��� ��'�@�

<6= 9����� �� ��� )����,� A��1�� )������ 1�� 9�������� !���� �� )�� ��������� ��� M������� !�� ������������� 3� *�� M��-� ���� *�� ������������� #��@� -+�6��'6�/�

<@= )�� �-� A�� K���� A�� A���-� ��� 5����� *�� M�������� ������ �� ��� ������������� #��@� -+� 6�0'6�%�

<%= ������ ��� ��������� 4�� *������� ��� :����,,�� 4�� 9��������� :�� ������������� #�%@� 4� #6�'#@$�

<�= 9��� ��� !�� : ��� 1�� K����� �� 5�� 9������� �� :�� �������,������ #�%@� +� &$0'&#��

<#$= 9������� �� :�� 1������ ��� 1��� � 4�� 1����� 1�� %��0���� ���������� #�%�� -� ##0'#�#�

<##= � � ��� M�� K���� ��� K��,����� ��� ������������� #�%@�+� ��&'��@�

<#�= :N��� ��� ���� � ���*������� 1�� M���-� 9�� )���� �� A� 9��������� )� ��� ������������� #��#� - � 60&'60%�

������������� #���� �� &/6@'&/@# ��3 ������ ������� �� �� ����� ����� &/@#