Oppdatert 10.09.15

 Masteroppgaver1. Population structure for the pacific oyster (Crassostrea gigas Thunberg, 1793) in the Skagerrak.2

2. Development of the lobster population the last 90 years..............................................................3

3. Spatial scale of life history variation in coastal cod........................................................................4

4. Modellering av lakselus i Hardangerfjorden...................................................................................5

5. Adaptive fitness in relation to temperature gradients in corkwing wrasse (Symphodus melops). .6

6. Reproductive success of corkwing wrasse (Symphodus melops)....................................................7

7. Growth of larvae and juveniles of corkwing wrasse (Symphodus melops).....................................8

8. Kartlegging av marine zooplankton i norske farvann. Taksonomiske og molekylære teknikker.....9

9. Komplementsystemet hos regnbueaure......................................................................................10

10. Isolation and studies of selected genes from turbot (Psetta maxima).....................................11

11. Transport og omsetning av løst organisk materiale fra elv til fjord..........................................12

12. Are sea deposits a safe solution for bottom-living fauna?........................................................13

13. DNA-analyser i studier av biologisk mangfold..........................................................................14

14. Påvisning av flåttbårne bakterier..............................................................................................15

15. Flåttaktivitet og risiko for flåttbitt.............................................................................................16

16. Spørreundersøkelse om flått og flåttbårne sykdommer...........................................................17

17. Polymorphisms in genes coding antioxidant enzymes and the concentration of antioxidants and B-vitamins in serum from healthy subjects...................................................................................18

1

1. Population structure for the pacific oyster (Crassostrea gigas Thunberg, 1793) in the Skagerrak

Fremdeles tilgjengelig pr 27/8-15

 

Project descriptionThe pacific oyster is an invasive species that was detected in the northern part of Skagerrak early less than 10 years ago. In 2007, large populations with densities of up to 400 oysters/m² were detected in the northern part of Bohuslän. Later, in 2008, the first larger population in Norway was found at the island of Hui (Tjøme municipality). During the next 5 years the species have been found on more than 100 localities from the Swedish border to the island of Askøy (Hordaland county).But where did it come from? Swedish scientists have since 2011 studied population structure for pacific oyster in Europe with advanced genetic methods. Also 2 localities in Norway, Hui (Vestfold) and Tromlingesundet (Aust-Agder) have been included. The results from Tromlingesundet shows as expected a close relationship with Swedish and Danish populations. But the population at Hui seems to differ from all known populations in the rest of Europe. The question we would like to get an answer to are as followed:

1.  Do we find other populations along the Norwegian coast of Skagerrak with the same genetic structure as in Hui?

The master student will work in an established research group working with research on effects of the invasion from the Pacific oyster along the Norwegian coast. The student will get the opportunity to conduct both field work, research in historical documents and advanced, genetic analyzes. The last will primarily be performed at the research station of Tjærnø, University of Gøteborg in the third semester. The student will gain experience of both fisheries and biology in addition to statistical methods.

Contact personsSenior advicer Torjan Bodvin    +4790795847         torjan.bodvin@imr.noScientist Åsa Strand                 +46317869634       asa.strand@bioenv.gu.seScientist Enrique Blanco          +4745496531         enrique.blanco@uia.no

2

2. Development of the lobster population the last 90 years

Fremdeles tilgjengelig pr 4/9-15

Project DescriptionThe Institute of Marine Research (IMR) has an ongoing time series of lobster (Homarus gammarus) catches and effort spanning back to 1928. This is the main time series to evaluate the condition of the lobster population in Norwegian waters. In addition, IMR has a time series on length, sex and weight spanning back to the 1930s. 

The master thesis will evaluate the lobster stock development the last 90 years and evaluate the developments according to management actions (minimum landing size, season regulation, effort regulations, protection of egg-bearing females etc.).

The master student will get the opportunity to conduct field work relevant for the thesis and the findings will be highly relevant for future management of the lobster fishery. The time series has not been scientifically published before and it is expected that the results will be highly relevant to be published in a peer-reviewed scientific journal.

SupervisorsEsben Moland Olsen (Professor) University of Agder, esben.m.olsen@uia.no Alf Ring Kleiven, PhD, Institute of Marine Research, alf.ring.kleiven@imr.noSigurd Heiberg Espeland, PhD, Institute of Marine Research, sigurd.heiberg.espeland@imr.no

3

3. Spatial scale of life history variation in coastal cod

Fremdeles tilgjengelig pr 31/8-15

Project DescriptionThe Institute of Marine Research (IMR) has an ongoing mark-recapture time series on Atlantic cod (Gadus morhua) in the Risør fjord system, Skagerrak. This time series provide individual data on cod size and growth through an ecological gradient from the innermost fjord habitats to the outer kelp forest habitats closer to the open ocean.

The master thesis will evaluate the spatial scale of cod life histories. Specifically, it will deal with estimating size-structure and growth trajectories from individual mark and recapture observations. The master student will get the opportunity to conduct field work relevant for the thesis and the findings will be highly relevant for future management of the cod populations. 

SupervisorEsben Moland Olsen (professor) University of Agder and Institute of Marine Research, esben.m.olsen@uia.no, esben.moland.olsen@imr.no 

4

4. Modellering av lakselus i Hardangerfjorden

Fremdeles tilgjengelig pr 1/9-15

 

ProsjektbeskrivelseHvert år gir Havforskningsinstituttet ut en oppdatert kunnskapsstatus og risikovurdering av miljøvirkninger av norsk fiskeoppdrett, dyrevelferd i norsk lakseoppdrett, samt bruk av rensefisk i oppdrettsanleggene. Smittepress av lakselus og genetisk påvirkning av rømt oppdrettslaks vurderes fremdeles som de mest problematiske risikofaktorene knyttet til lakseoppdrett. I utarbeidelsen av risikovurderingen bruker Havforskningsinstituttet detaljert hydrodynamisk modellering av lakselus-smitte mot observasjoner av lus på villfisk og i vakt-bur i flere områder langs kysten. Ett av disse områdene er Hardangerfjorden.

For å modellere spredning av lakselus må man først modellere strømforholdene og deretter bruke en partikkeldriftsmodell som er tilpasset lakselusene oppførsel. Master-kandidaten vil fokusere på Etnefjorden for selv å modellere spredning av lakselus basert på ulike fysiske forhold. I praksis betyr dette at vi på forhånd vil prøve ut ulike betingelser i forbindelse med modellering av strømforholdene i Etnefjorden (f.eks. om retensjonsforholdene avhenger av elveavrenningen) og at disse strømarkivene blir gjort tilgjengelig for studenten. Studenten vil dermed ha mulighet til å undersøke hvordan lakselus-spredningen avhenger av eksempelvis elveavrenningen i tillegg til at man kan endre modellens beskrivelse av lakselusens adferd (f.eks. ulike grenser for saltunnvikelse).Denne oppgaven medfører bruk av robuste programmer for statistisk analyse, og studenten bør ha kjennskap til f.eks. matlab, R, python eller tilsvarende. I tillegg vil det være en fordel med kjennskap til bruk av Linux som operativsystem, men nødvendig opplæring vil gis i forbindelse med simuleringer av lakselus-drift. 

I forbindelse med Havforskningsinstituttets overvåkning av Hardangerfjorden er det anledning til å delta på feltundersøkelser, og om ønskelig kan oppgaven gjøres mer eller mindre feltbasert

KontaktpersonDr. Jon Albretsen, Tlf. 91304222, E-post: jon.albretsen@imr.no

5

5. Adaptive fitness in relation to temperature gradients in corkwing wrasse (Symphodus melops)

Fremdeles tilgjengelig 7/9-15

Project DescriptionCorkwing wrasse (Symphodus melops, Linnaeus, 1758) is a high-valued commercial fish species extensively used as a cleaner fish for the biological control of sea lice infestation in salmon aquaculture. This small benthic fish is found along a wide temperature gradient in the Northeast Atlantic from southern Portugal to Norway. The abundance of corkwing wrasse has been correlated with temperatures above sea water temperatures recorded along a large part of the year in some western fjords in Norway where salmon aquaculture is extensively practiced.

In this project, the master’s candidate will work with a group of geneticist and ecologists to improve our knowledge on the adaptive mechanisms and the evolutionary processes of marine fish species to cope with environmental changes. The project will be mainly conducted at the experimental laboratory facilities of the Institute of Marine Research at Flødevigen. It will involve some experimental fish rearing experiments in tanks under controlled temperature conditions, in combination with genetic and bioinformatic analysis.

Contact personDr. Enrique Blanco Gonzalez, Tlf: 4549 6531, e-mail: enrique.blanco@uia.no 

6

6. Reproductive success of corkwing wrasse (Symphodus melops)

Fremdeles tilgjengelig pr 31/8-15

Project descriptionThe main objective of this master thesis will be to determine the reproductive success of corkwing wrasse populations from two different origins. During the course of the project, the master’s student will use forensic analysis to identify the parental pair for each offspring and determine the parental contribution for a aset of offspring.

Contact personAssoc. Prof. Enrique Blanco Gonzalez, E:mail: enrique.blanco@uia.no, Tlf: 45496531

7

7. Growth of larvae and juveniles of corkwing wrasse (Symphodus melops)

Fremdeles tilgjengelig pr 31/8-15

Project descriptionThe aim of this project is to characterize the growth of corkwing wrasse during the larvae and juvenile stages. In order to achieve the principal objective of the project, the master’s student will get familiar with otolith reading techniques to back calculate the age of the larvae and juvenile and characterize the population growth. 

Contact personAssoc. Prof. Enrique Blanco Gonzalez, E:mail: enrique.blanco@uia.no, Tlf: 45496531

8

8. Kartlegging av marine zooplankton i norske farvann. Taksonomiske og molekylære teknikker

Fremdeles tilgjengelig pr 7/9-15

ProsjektbeskrivelseOppgaven går ut på å identifisere og studere marine zooplankton, med fokus på copepoder, i Skagerrak/Nordsjøen. Bare et begrenset antall arter innen denne gruppen er identifisert i norske farvann, og dette arbeidet vil gi en bredere kunnskap om artsmangfoldet innen gruppen. Prøver fra ulike kyst- og havområder samles inn og analyseres. Studenten vil få opplæring av taksonomiske eksperter samt gjennomføre molekylærgenetiske analyser.

KontaktpersonerDr. Tone Falkenhaug, Tlf: 97521662, e-mail: tone.falkenhaug@imr.noDr. Audun Slettan, Tlf: 38141756, e-mail: audun.slettan@uia.no 

9

9. Komplementsystemet hos regnbueaure

Fremdeles tilgjengelig pr 26/8-15

ProsjektbeskrivelseKomplementsystemet er et viktig forsvarssystem mot ulike patogener, blant annet parasitter. Denne oppgaven går ut på å måle uttrykk av gener som koder for komplementproteiner. Det må først etableres en god metode for kvantitativ måling av transkripter for komplementfaktorer. Vi ekstraherer mRNA fra ulike vev i fisken, så lages cDNA og dette produktet måles ved hjelp av qPCR metoden. Det er aktuelt å undersøke om vanntemperaturen har noen effekt på uttrykket av transkript. Det er også aktuelt å se på om infeksjon av ektoparasitten Gyrodactylus salaris induserer høgere nivå av komplement som en forsvarsreaksjon. Her er det mest aktuelt å bruke laks som modell.

KontaktpersonYngvar Asbjørn Olsen, e-mail: yngvar.a.olsen@uia.no, Tlf. +47 38141308, Mobil: +47 91883386 

10

10. Isolation and studies of selected genes from turbot (Psetta maxima)

Fremdeles tilgjengelig pr 7/9-15

Project descriptionTurbot (piggvar norw.) is a flatfish which is highly priced due to its good flavor and white, tender meat. It is a valuable commercial species, also farmed in Norway.During this master project, the student will isolate and study selected genes involved in central biological traits in turbot. The project will be collaboration between UiA, Nofima (The food research institute) and a commercial turbot farmer. Please contact the supervisors for more details of the project.

Contact personSupervisors: Audun Slettan (UiA) and Øyvind Andersen (Nofima)audun.slettan@uia.no 

11

11. Transport og omsetning av løst organisk materiale fra elv til fjord

Fremdeles tilgjengelig pr 1/9-15

Project DescriptionKyst-økosystemene er i stor endring, med dramatisk bortfall av tareskog, økning av begroingsalger og store svingninger i fiskebestandene. Vi vet imidlertid fortsatt for lite om årsak-virkningsforholdene bak de observerte endringene. En av hypotesene er at økt transport av organisk materiale (humusstoffer) med elvene kan ha påvirket lysforhold og næringstilgang i kystvannet på en slik måte at økosystemene har kommet ut av balanse. For å studere dette nærmere har Norsk institutt for vannforskning (NIVA), med støtte fra Klima og Miljøverndepartementet, etablert en ny forskningsinfrastruktur i Storelva-Sandnesfjorden, nær Tvedestrand i Aust-Agder. Infrastrukturen består av automatiske overvåkingsstasjoner i elva og i fjorden, hvor det kontinuerlig samles inn data for en rekke miljøvariable. NIVA jobber i samarbeid med Havforskningsinstituttet-Flødevigen og Universitetet i Agder for å etablere flere forskningsprosjekter knyttet til Storelva-Sandnesfjorden, og som en del av dette kan det også være aktuelt å definere én eller flere masteroppgaver for studenter ved UiA. I først omgang tilbyr vi en masteroppgave knyttet til kvantifisering og karakterisering av organisk materiale som transporteres fra elva til fjorden, samt undersøkelse av hva som skjer med det organiske materialet på veien fra elvemunning til åpent hav.

Contact personØyvind Kaste, NIVA, e-mail: oka@niva.no 

12

12. Are sea deposits a safe solution for bottom-living fauna?

Fremdeles tilgjengelig pr 31/8-15

Project DescriptionMining in Norway is currently in a phase of increased growth and subject to new environmental regulations. Many mines are particularly challenged by waste management, as they often produce large quantities of mineral waste, and often are situated close to highly productive fjords. To overcome problems associated with deposition of mineral waste, many mines place their tailings at the seafloor of fjords as submarine tailings placements (STPs). While the practice is not common world-wide, STPs are common in Norway. STP management is a major source of conflict between the mining industry and local and national stakeholders. If mining is to continue and prosper in Norway, it must be done using techniques that ensure that the environmental impacts are reduced to an absolute minimum (i.e. by applying the best available technologies (BAT)). However, we still have only a limited understanding of how best to dispose of mine tailings in the marine environment, how to monitor the deposits through time, what ecosystem impacts they have and how to ensure that fjord systems recover as quickly as possible after a mine closes down. To answer some of these questions, a project denoted NYKOS (Ny Kunnskap Om Sjødeponering) has been established. The project is financed by the Norwegian Research Council as well as industry partners, and NIVA is responsible for a major part of the research to be conducted.

One of the tasks NIVA will conduct in NYKOS, is work with soft bottom communities and mine tailings, by experimental and field study approaches. The student is supposed to participate in field work (in the northern part of Norway) and processing in the laboratory, as well as statistics and writing. Soft bottom communities are commonly used when studying effects of disturbances in the marine environment and are therefore very often included in monitoring projects for e.g. the industry, municipalities and Miljødirektoratet. Further, the particular topic regarding mine tailings is highly relevant and debated today.

Contact personHilde. C. Trannum, NIVA, e-mail: hilde.trannum@niva.no, tlf: 90 59 56 03

13

13. DNA-analyser i studier av biologisk mangfold

Fremdeles tilgjengelig pr 31/8-15

ProsjektbeskrivelseArbeidet med å kartlegge artsmangfoldet i et vann, innsjø eller saltvann er ofte forbundet med krevende innsats med fangst og registrering av individer. Det kan være særlig vanskelig å påvise sjeldne arter, f.eks. rød- eller svartlistede arter, ved hjelp av tradisjonelle metoder. 

I dette prosjektet tar man i bruk ny, molekylærbiologisk metode for å påvise utvalgte arter i vann eller sjø. Alle organismer vil jevnlig avgi noen celler til omgivelsene (hudceller, spytt, avføring, urin osv) og dermed også organismens DNA. Ved å analysere en prøve tatt fra disse omgivelsene – i dette tilfelle fra vannet organismene lever i – vil man kunne påvise DNA fra disse artene, og dermed vite om arten er til stede i det aktuelle vannet. 

Vannprøver samles inn og lagres i fryseboks. Resten av arbeidet foregår på laboratoriet: Vannet filtreres og DNA ekstraheres fra filteret. Prøven undersøkes deretter ved real time PCR og/eller DNA-sekvensering for å påvise hvilke arter som har avgitt DNA til vannprøvene.Detaljer om hvilke arter og hvilke lokaliteter man skal jobbe med, bestemmes i samarbeid mellom veileder og student. 

KontaktpersonAudun Slettan, audun.slettan@uia.no

14

14. Påvisning av flåttbårne bakterier

Fremdeles tilgjengelig pr 8/9-15

ProsjektbeskrivelseFlått og flåttbårne sykdommer er et viktig forskningsområde ettersom en økt forekomst av vektorbårne sykdommer regnes for å være den største helsefaren et varmere klima vil føre med seg. Skogflåtten (Ixodes ricinus) blir trolig den største utfordringen fordi et varmere klima legger til rette for større geografisk utbredelse, økt bestand og lengre aktivitetsperiode gjennom året. 

Det pågår for tiden flere flåttforskningsprosjekter ved UiA, og masteroppgaven(e) vil inngå som en del av disse. Ettersom det pågår flere prosjekter samtidig vil det være mulighet for studentene til å være med på utformingen av oppgavene utfra deres ønsker. Det som vil være felles for oppgavene er:

Påvisning av bakterier: Borrelia, Anaplasma, Babesia, Bartonella, Neoerlichia Molekylærgenetiske metoder: DNA-isolering, etablering/optimalisering av metoder, real-

time PCR, standard PCR, sekvensering Materiale som skal undersøkes: flått og/eller dyrevev

KontaktpersonVivian Kjelland, vivian.kjelland@uia.no 

15

15. Flåttaktivitet og risiko for flåttbitt

Fremdeles tilgjengelig pr 8/9-15

ProsjektbeskrivelseDen største risikofaktoren for mennesker som oppholder seg i områder der flåtten finnes er mengden av aktiv flått i terrenget. Antall aktivt vertssøkende flått i et område endrer seg gjennom sesongen, og den antas også å variere fra dag til dag ut fra lokale værforhold, siden både temperatur og luftfuktighet er faktorer som påvirker flåtten. Denne kortsiktige variasjonen er lite studert. Kunnskap om hvordan risikoen for å bli bitt av flått varierer med sesong og lokale værforhold vil gi oss muligheten til å bedre kunne håndtere den stadig økende utfordringen med flått i Norge. For å undersøke dette nærmere er det satt ut «flåtthager» (se foto), hvor vi blant annet vil undersøke aktiviteten til flått i forhold til ulike klimatiske faktorer. Oppgaven kan om ønskelig kombineres med en molekylær undersøkelse av forekomst av patogen(er) i vertssøkende flått i vegetasjonen for å kunne beskrive risiko ved flåttbitt ytterligere.

KontaktpersonVivian Kjelland, vivian.kjelland@uia.no

16

16. Spørreundersøkelse om flått og flåttbårne sykdommer

Fremdeles tilgjengelig pr 8/9-15

ProsjektbeskrivelseI forbindelse med et stort nordisk samarbeidsprosjekt skal det gjennomføres en kartlegging av allmenhetens kunnskaper om flått og flåttbårne sykdommer, om holdning til dette og om eventuelle tiltak mot flåttbåren sykdom. Undersøkelsen skal gjennomføres ved bruk av spørreskjema utarbeidet av Folkehelseinstituttet. Studien vil gjennomføres både i Norge, Sverige og i Danmark. I masteroppgaven vil fokuset være Sørlandet, f.eks. ved å gjennomføre undersøkelsen blant studenter og/eller ansatte ved UiA, og deretter sammenligne resultatene fra denne regionen med andre områder. Det vil være mulighet for studenten til å være med på utformingen av oppgaven utfra egne ønsker, for eksempel ved å gjennomføre deler av undersøkelsen på eget hjemsted. Oppgaven kan om ønskelig kombineres med en molekylær undersøkelse av forekomst av patogen(er) i vertssøkende flått i vegetasjonen og/eller en undersøkelse av flåttens populasjonstetthet og/eller aktivitet i forhold til ulike klimatiske faktorer for å kunne beskrive risiko ved flåttbitt ytterligere.

KontaktpersonVivian Kjelland, vivian.kjelland@uia.no

17

17. Polymorphisms in genes coding antioxidant enzymes and the concentration of antioxidants and B-vitamins in serum from healthy subjects

Fremdeles tilgjengelig pr 7/9-15

Project DescriptionOxidative stress is associated with cardiovascular disease (CVD), diabetes, metabolic syndrome and cancer. Oxidative stress results due to an imbalance between the concentration of antioxidants and the production of free radicals in the blood/body. The concentration of antioxidants in blood and formation of free radicals in the body may depend on dietary habits and genetic factors.Various types of biochemical markers, which reflect the level or status of oxidative stress, are reported in the literature.  Meanwhile, a variety of antioxidants and antioxidant enzymes protect the body against free radical attack or oxidative stress. The primary antioxidant system in the body seems to be based on glutathione (GSH) and GSH dependent enzymes, GSH peroxidase (GPX1), GSH reductase and GSH transferase. GSH is a tripeptide (g-glutamylcysteinylglycine) where cysteine is a limiting factor. Cysteine is formed from methionine in the presence of vitamin B2, vitamin B6, folate and vitamin B12.

Other antioxidant enzymes reported in the literature are manganese superoxide dismutase (MnSOD), catalase (CAT) and paraoxonase 1 (PON1).  The enzyme MnSOD catalyses the dismutation of superoxide into hydrogen peroxide in the mitochondria, whereas CAT converts hydrogen peroxide into water. The PON1 seems to contribute antioxidant properties to high-density lipoprotein (HDL).Polymorphisms in genes coding for the enzymes GPX1, GSH reductase, GSH transferase, MnSOD, CAT and PON1 are also associated with CVD, diabetes and cancer.

In the present study we are interested to study the polymorphisms in genes coding for antioxidant enzymes. We intend to measure the concentration of antioxidants, B-vitamins and products of free radical attack. We have isolated DNA, plasma and serum from 160 healthy subjects. We shall use PCR, HPLC and spectrometry methods for the analysis of the samples.

Contact personsProfessor M Azam Mansoor (Dr. philos), Mohammad.a.mansoor@uia.no, Telefon: 93045938Ist amanuensis Audun Slettan (Dr. philos), Audun.slettan@uia.no, Telefon:38141756 

18