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Unidad temática 1. Diseño molecular de vida.
Tema 1. El agua como disolvente
Tema 2. Principales biomoléculas presentes en los seres vivos y su relación estructura-función: proteínas, glúcidos, lípidos y ácidos nucleicos.
Tema 3. Enzimas. Cinética y regulación.
Contenidos teóricos
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Enzimas • Concepto • Características • Clasificación • Centro activo • ¿Cómo funcionan las enzimas?
– Modelos de interacción enzima-sustrato • Coenzimas • Cinética enzimática
– Enzimas michaelianas • Factores que modifican la actividad de una enzimas
– pH – Temperatura – Inhibidores
• Regulación
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Definición
EP E + S ES E + P
Casi todas las enzimas son proteínas excepto las ribozimas (formadas por RNA sólo o asociado a proteínas)
Las enzimas son necesarias para que las reacciones bioquímicas: • Se produzcan a una velocidad adecuada para la célula
• Se dirijan hacia rutas útiles y necesarias según necesidades energéticas y de producción de distintas sustancias.
Importancia Agricultura
Industria alimentaria
Medicina
Catalizadores biológicos específicos que aumentan la velocidad de las reacciones bioquímicas sin modificar su equilibrio.
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Características
Incrementos de velocidad producidos por algunas enzimas
• Gran poder catalí.co
• Trabajan bajo determinadas condiciones de temperatura y pH
• Regulables • Alta especificidad
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Los enzimas son estereoespecíficos porque forman varias interacciones entre aminoácidos del centro activo y los distintos grupos del sustrato
ESPECIFICIDAD
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Especificidad enzimática: especificidad de función
6P-Gluconolactona DH
Glucosa + Pi
Fructosa 6P
Glucosa 1P Mutasa
Isomerasa
Fosfatasa
Un mismo compuesto puede ser sustrato de varios enzimas, que lo modifican de distinta forma.
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Clasificación de las enzimas
1.- Oxidorreductasas: Reacciones de oxido-reducción
2.- Transferasas: Transferencia de grupos intactos de una molécula a otra
3.- Hidrolasas: Reacciones de hidrólisis (ruptura de enlaces con participación del agua)
4.- Liasas: Adición o separación de grupos sin participación del agua
5.- Isomerasas: Isomerización (transferencia intramolecular de grupo) cis/trans, L/D, aldehido/cetona
6.- Ligasas: Unión de dos sustratos a expensas de la hidrólisis del ATP
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Centro activo
Región de la enzima donde se une el sustrato y se lleva a cabo la catalisis
EP E + S ES E + P
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Centro activo
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Centro activo
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EP E + S ES E + P
Principios de la catálisis enzimática
Disminuyen la energía de activación sin alterar la energía libre de la reacción Alteran las velocidades de reacción pero no los equilibrios
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Estado basal
Estado de transición
Estado basal A B
Energía de activación ΔG0‡: Energía necesaria para que se alcance el estado de transición y que se produzca la reacción.
• Alinear grupos reactivos • Formar cargas inestables transitorias • Reordenar enlaces
Es la energía necesaria para:
Principios de la catálisis enzimática
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Sustrato
Enzima
Complejo ES
Centro activo
Modelos de interacción E-S
Modelo llave – cerradura (Fischer 1890)
Modelo del ajuste inducido (Koshland 1958)
Sustrato
Enzima
Complejo ES
Centro activo
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Cambio conformacional inducido por la glucosa en la hexoquinasa
Modelos de interacción E-S
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Tipos de catálisis
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Sitio catalítico
Sitio de unión
Quimotripsina
Centro activo
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Quimotripsina
Mecanismos de la catalisis
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Quimotripsina
Mecanismos de la catalisis
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Quimotripsina
Mecanismos de la catalisis
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Quimotripsina
Mecanismos de la catalisis
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Quimotripsina
Mecanismos de la catalisis
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Quimotripsina
Mecanismos de la catalisis
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Catálisis ácido-base A pH fisiológico [H+] y [OH-] bajas: Baja velocidad
Enzimas donantes o aceptores de [H+]: Aumentan velocidad
Grupos funcionales de aminoácidos del centro activo participan en el proceso catalítico como donadores o aceptotes de H+
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25
G3P se une al centro activo
Intermediario enediol, se forma por transferencia de un protón de C2 al Glu 165 y un protón de His 95 al carbonilo
DHAP unida al centro activo
Triosa fosfato isomerasa
His 95
Glu 165
E- G3P E-enediol E- DHAP E + DHAP E + G3P
Catálisis ácido-base
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Muchos enzimas requieren cofactores para su actividad
Apoenzima + Cofactor = Holoenzima
(FAD)
(NAD)
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Tipos de coenzimas
2
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Cinética de las reacciones enzimáticas
Las reacciones enzimáticas siguen los principios generales de la cinética de las reacciones químicas, pero además muestran un rasgo característico: la SATURACIÓN POR SUSTRATO
Vo = Velocidad inicial ( nº moles P formados/s )
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Teoría de la acción enzimática
En 1913 propusieron una ecuación de velocidad que explica el comportamiento cinético de las enzimas
L. Michaelis M. Menten
E + P E + S ES K1 K2
K-1
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Ecuación de Michaelis-Menten
E + P E + S ES K1 K2
K-1
Vo = Vmáx [ S ]
Km + [ S ]
El complejo ES se encuentra en estado estacionario
Bajo condiciones de saturación, toda la enzima interviene en la formación del complejo ES
Cuando toda la enzima se encuentra en forma de complejo ES, la velocidad de la reacción es la máxima posible (Vmáx)
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Ecuación de Michaelis-Menten
Vo = Vmáx [ S ]
Km + [ S ]
[ S ] << Km
Vo = [ S ] Vmáx
Km
[ S ] >> Km
Vo = Vmáx
[ S ] = Km
Vo = ½ Vmáx
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Km: constante de Michaelis
E + P E + S ES K1 K2
K-1
Km: concentración de sustrato a la cual la velocidad de la reacción es ½ Vmax
Km = K2 + K-1
K1
Si K2 <<< K-1 Km = K-1
K1
Km índice de afinidad
Km baja alta afinidad K-1 < K1
Km alta poca afinidad K-1 > K1
Valores de Km próximos a las [S] fisiológicas
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Cálculo de Km y Vmax por ecuación de Lineweaver-Burk
Dobles recíprocos de ecuación de Michaelis-Menten
Vo = Vmáx [ S ]
Km + [ S ]
= 1
V0
Km + [ S ]
Vmáx [ S ]
Km
Vmáx =
1
V0
1
Vmáx
1
[S] + ( )
y = a x + b
Km
Vmáx
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Factores que modifican la actividad enzimatica
pH Temperatura
Inhibidores Inhibición irreversible
Inhibición reversible
No competitiva
Competitiva
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Efecto de la temperatura
Temperatura (ºC)
Act
ivid
ad e
nzim
átic
a
Existe un intervalo en el cual son estables.
Las enzimas poseen una temperatura óptima a la cual la enzima presenta máxima eficiencia catalítica.
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Efecto del pH
pH
Act
ivid
ad e
nzim
átic
a
Pepsina
Quimotripsina
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Unión del inhibidor al centro activo del enzima, compite con el sustrato
Sustrato Inhibidor
competitivo
Enzima Enzima
Sin inhibidor
[sustrato]
Velo
cida
d
Ki = [ E ] [ I ]
[ EI ]
Kmap = α Km
Inhibidores competitivos
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Inhibición reversible competitiva
Kmap = α Km
α = 1 + [ I ] Ki
Kmap = Km 1 +
[ I ] Ki
( )
Sustrato
Enzima Enzima
Inhibidor competitivo
Aumento [ I ]
(sin inhibidor)
Pendiente = Aumenta Km
= Vmáx
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Etilenglicol Ac. Oxálico
Metanol Formaldehído
Etanol Acetaldehído Alcohol DH
La intoxicación con etilenglicol o metanol se trata con etanol
Sustrato
Enzima Enzima
Inhibidor competitivo
Ejemplos de inhibidores competitivos
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Metotrexato
Tetrahidrofolato
Inhibe síntesis de DNA
Compite por la dihidrofolato reductasa
Compiten con el p-amino-benzoico, necesario para la síntesis de DNA de bacterias.
Agentes antibacterianos: Sulfamidas
Quimioterapéuticos: metrotrexato
Estatinas
Inhiben HMG-CoA reductasa, enzima l imitante síntesis de colesterol.
Ejemplos de inhibidores competitivos
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Inhibición reversible no competitiva Unión del inhibidor a un sitio distinto del centro activo, no compite con el sustrato
Enzima
Inhibidor no competitivo
Sustrato Sustrato
Enzima
Sin inhibidor
[sustrato]
Velo
cida
d
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Inhibición reversible no competitiva
Sustrato
Enzima
Inhibidor no competitivo
Enzima
Sustrato
Disminuye Vmáx
= Km
Kmap = Km
α = 1 + [ I ] Ki
Vmáxap =
1 + [ I ] Ki
( ) Vmáx
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Inhibición irreversible
Reaccionan con un grupo químico de la enzima, modificándola covalentemente.
Hg2+, Pb2+ , CN-, As
Por lo general son altamente tóxicos. Casi todos los inhibidores enzimáticos irreversibles son sustancias tóxicas (naturales o sintéticas).
Penicilina inhibe la síntesis de la pared bacteriana
Aspirina inhibe la síntesis de PG
Gases nerviosos: diisopropil fluorofosfato (DIFP), inhiben neurotransmisores
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Regulación Enzimática
Las reacciones enzimá.cas están organizadas en rutas metabólicas
Reacción limitante: Determina la velocidad de la ruta. Catalizada por enzimas reguladoras (Alostericas) Vmax mas baja
A B C D
Z
Y
Fructosa 6P Fructosa 1,6diP
ATP ADP
H20 Pi
PFK
FB-Pasa
Pyr Glucolisis
ATP
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Regulación enzimática
Regulación de la eficacia catalítica
Unión de ligandos
no covalente: Enzimas alostéricas
Fosforilación covalente:
Regulación por cambios en la cantidad de enzima Síntesis
Degradación
Rupturas proteolíticas: zimógenos
Múltiples formas de la enzima: Isoenzimas, complejos multienzimáticos
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Regulación por cambios en la cantidad de enzima
Proteosoma
Péptidos
Aminoácidos S
ínte
sis
de p
rote
ínas
Deg
rada
ción
de
prot
eína
s
![Page 47: Unidad temática 1. Diseño molecular de vida. · 2015. 10. 24. · Unidad temática 1. Diseño molecular de vida. Tema 1. El agua como disolvente Tema 2. Principales biomoléculas](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022071409/6102a02d8a3ac32d5b4e8b64/html5/thumbnails/47.jpg)
Cambios en la cantidad de la enzima
Permite control a largo plazo
promotor
Carboxiquinasa
Piruvato Glucosa Oxalacetato Fosfoenolpiruvato Carboxiquinasa
X
X
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Regulación enzimática
Regulación de la eficacia catalítica
Unión de ligandos
no covalente: Enzimas alostéricas
Fosforilación covalente:
Regulación por cambios en la cantidad de enzima Síntesis
Degradación
Rupturas proteolíticas: zimógenos
Múltiples formas de la enzima: Isoenzimas, complejos multienzimáticos
![Page 49: Unidad temática 1. Diseño molecular de vida. · 2015. 10. 24. · Unidad temática 1. Diseño molecular de vida. Tema 1. El agua como disolvente Tema 2. Principales biomoléculas](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022071409/6102a02d8a3ac32d5b4e8b64/html5/thumbnails/49.jpg)
Enzimas alostéricas
Enzimas alostéricas:
Más de un centro activo y catalítico
Actividad regulada por moduladores alostéricos, unión no covalente
Alostérico = otro sitio
Cinéticas sigmoidea
Cooperatividad
Proteínas con estructura 4aria
velo
cida
d
[ sustrato ]
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Regulación de la eficacia catalítica: control alostérico
Regulador alostérico: moléculas que se unen a sitios distintos del centro activo y modifican la actividad enzimática
Enzimas heterotrópicas el modulador es distinto del sustrato
Enzimas homotrópicas el sustrato actúa como modulador
Forma inactiva Forma activa Forma inactiva Forma activa
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Enzimas heterotrópicos Al no ser cinética micheliana no se puede usar el término Km, sino K0,5
La unión y transformación del sustrato es cooperativa
Modulador alostérico positivo: aumenta actividad
Modulador alostérico negativo: disminuye actividad
Regulación de la eficacia catalítica: control alostérico
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PKA inactiva PKA activa Activo Activo
Regulación de la eficacia catalítica: control alostérico
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Modificación covalente
![Page 54: Unidad temática 1. Diseño molecular de vida. · 2015. 10. 24. · Unidad temática 1. Diseño molecular de vida. Tema 1. El agua como disolvente Tema 2. Principales biomoléculas](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022071409/6102a02d8a3ac32d5b4e8b64/html5/thumbnails/54.jpg)
Modificación covalente
Enzima Enzima- P
ATP ADP
Fosfatasa Pi
Quinasa
Unión covalente de ligandos
Fosforilación/desfosforilación
Tirosina
Serina Treonina
Glucógeno fosforilasa b (poco activa)
Glucógeno fosforilasa a (más activa)
Fosforilasa fosfatasa
Fosforilasa quinasa
P
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Unión covalente de ligandos
Fosforilación/desfosforilación
Glucogeno Fosforilasa b (menos activa)
Glucogeno Fosforilasa a (más activa)
Glucogeno fosforilasa quinasa
Glucogeno fosforilasa fosfatasa
Modificación covalente
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Activación por ruptura proteolítica
Zimógenos o proenzimas (inactivos)
Enzima activa
No requiere ATP
Irreversible
Enzimas proteolíticas (proteasas) del estómago y páncreas
Sistema de coagulación de la sangre
Ruptura enlaces peptídicos (cambio conformacional)
Inactiva
Activa
sustrato
ruptura
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Enzimas proteolíticas (proteasas) del estómago y páncreas
Estómago: H+
Páncreas: Tripsinogeno, Quimotripsinogeno, Procarboxipeptidasa (inactivas)
Se rompen en duodeno--activan Después de actuar se degradan
Zimógenos
Enzimas activas
Pepsinógeno Pepsina
Activación por Ruptura Proteolítica: Enzimas Digestivas
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Activación por ruptura proteolítica
Activación quimiotripsinógeno
Quimotripsinógeno (inactivo)
Tripsina
π-quimiotripsina (activa)
Quimiotripsina
α-quimiotripsina (activa)
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Proinsulina (inactivo)
Insulina (activa)
Fragmento eliminado
Activación por Ruptura Proteolítica Hormonas Peptidicas
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Isoenzimas o isozimas
Diferentes formas estructurales de una enzima que catalizan la misma reacción
Difieren en sus secuencias de aa, en sus parámetros cinéticos y/o propiedades reguladoras
Juegan un papel importante en la regulación de procesos metabólicos
Ejemplo: Lactato deshidrogenasa Piruvato Lactato (en ausencia de O2)
Corazón Riñón Cel. rojas Cerebro Leucocitos Músculo Hígado
H4
H3M
H2M2
HM3
M4
Dos cadenas H y M
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Isoenzimas o isozimas
Láctico
Corazón
Glucosa
Piruvato
C02 + H20
LDH (M4)
Músculo
Km
Glucosa
Piruvato
C02 + H20
Láctico LDH (H4)
Km
Aunque catalizan la misma reacción difieren en sus valores de Km para el piruvato
El piruvato inhibe alostéricamente H4 pero no M4
Trabajo anaerobio Trabajo aerobio