um cromossomo eucariotico tem tipicamente ~ 50 a 200 Mbp

Como sequenciar um genoma ?

… mas a tecnologia atual so’ permite sequenciar ~ 700 bp de cada vez

(nao existe um “carretel”, ao menos por enquanto)

se ampliássemos esse cromossomo ( ~ 2,5 Mbp ) até que ele medisse 25 metros ...

cada milímetro conteria 100 bp ( 2.500.000 bp / 25.000 mm ).

Uma leitura ( “trace” ) de sequenciador tem ~ 500 bp = 5 mm

Sequenciando um genoma: o tamanho do problema

( ver para crer )

5.000 traces p/ sequenciar o crom. 4

genoma completo:~ 3 milhoes de traces

primer walking e’ um metodo caro,e que nao conseguiria seq. 1 Mbp. Mas que em termos logicos seria uma alternativa a metodos aleatorios (wgs)

Como sequenciar um genoma ? Opcao 1: primer walking

Como sequenciar um genoma ? Opcao 2: clone-by-clone

Drosophila melanogaster BAC physical map (X chromosome)

Como obter o “tiling path” de clones ?

Como sequenciar um genoma? Opcao 3: (método “whole genome shotgun”)

Genome sequencing strategies

Genomic sequencing fails in repetitive regions

WGS

CBC

(modified from Adams et al. 2000; Lander et al. 2001)

WGS uses mate-pairs to “jump across” repetitive DNA

Anatomia de um scaffold (“supercontigs”)