Pseudomonas - IFO大坪 和香子(東北大学大学院農学研究科) Wakako Ikeda-Ohtsubo...

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大坪 和香子(東北大学大学院農学研究科) Wakako Ikeda-Ohtsubo (Grad. School of Agricultural Science, Tohoku University, Japan) 共同研究者:宮城 敦子(埼玉大学理工学部)、小島 紀幸(東北学院中学高校)、森 宙史(国立遺伝学研 究所生命情報研究センター)、菊池 義智(産業技術総合研究所北海道センター生物プロセス研究部門)、 Aram MikaelyanDepartment of Entomology and Plant Pathology, North Carolina State University外来雑草エゾノギシギシを摂食するコガタルリハムシの 腸内シュウ酸分解細菌の共生機能の解明 エゾノギシギシの葉 コガタルリハムシの幼虫 P10 発酵研究所 第13回助成研究報告会 2019年6月7日 エゾノギシギシ(処) エゾノギシギシ (1% テトラサイクリン処) シュウ酸が蓄積 蛹化・存低下 成の遅滞 正常に育 シュウ酸は体内で消失 研究の背景と目的 (無菌) ヨーロッパ原産の外来雑草エゾノギシギシ(Rumex obtusifolius)は濃 のシュウ酸やタンニンを含むことから、多くの動物や昆が摂を避ける が、コガタルリハムシ(Gastrophysa atrocyanea; Chrysomelidae)は、 幼および成共にエゾノギシギシを旺盛に摂する。孵化直後のコガタル リハムシの幼に抗菌処(1%テトラサイクリン溶液に浸漬)したエゾノ ギシギシを摂させると、幼の育遅延、蛹化の低下、および体内 にシュウ酸の蓄積がられたという先研究(右図)から、腸内に共する 細菌がハムシのシュウ酸代謝(無毒化)能や成に重要な役割をもつ可能 が唆された。そこで、本研究ではコガタルリハムシ腸管に共するシュ ウ酸分解能を有する細菌を単し、その性質およびゲノム配を解析する ことにより、その共機能を明らかにすることを的とした。 5 mm 1 mm 20 mMシュウ酸 含有培地で10%の 頻で出現 Pseudomonas sp. コガタルリハムシ 実験手法 腸管 分体液 試採取 合成培地をいた シュウ酸資化細菌 の単 DNA抽出 シュウ酸分解能の確認 NGSによる16S rRNA遺伝・ 単菌ゲノム解析 Wholemount FISH による観察 コガタルリハムシ腸管・体液中の細菌叢 SiteA SiteB Site C Site C Site C Site C Site C Site C 腸管 腸管 腸管 全体 全体 腸管 腸管 体液 3齢 3齢 3齢 3齢 1齢 2齢 3齢 3齢 FISH解析および細菌叢解析の結果から、①共細菌は腸管に特的な付着 がられない(体液中にも存在)、②1齢幼時に獲得した細菌叢が維持 される、③Rahnella(上図)が優勢種である、ことが知られた。 本研究において、シュウ酸含有培地をいてスクリーニング・単され た細菌の約40%が、カメムシ腸管由来の共細菌と最もい16S rRNA 遺伝の相同性をした。特に、栽培エゾノギシギシを摂させた飼育 条件のコガタルリハムシから単されたR102は、シュウ酸脱炭酸酵素を 始めとするドラフトゲノム中の遺伝配の多くが、チャバネアオカメ ムシの必須共細菌(Plautia stali symbiont)と最も近縁であった。 カメムシ腸内共生細菌との共通性 Pantoea sp. R102 Rahnella sp. ML5 菌叢解析において優勢であったRahnella属に近縁(未分類属)であるシュウ酸 資化細菌ML5のドラフトゲノムアセンブリ中には、既知のシュウ酸分解関連遺 伝は出されなかった。今回得られたドラフトゲノムの特徴として、①多数 のトランスポーターが存在し、特に鉄の取り込みおよび植物細胞壁成分を代謝 するい能が予測される、②タンニン(ポリフェノール様物質)の取り込み、 分解に関与する遺伝が存在する、③各機能遺伝の最もい相同性は、タイ リクヤツバキクイムシの共細菌由来のゲノム配中に出された。 シュウ酸資化細菌ML5のドラフトゲノム解析 本研究で使用したドラフトゲノムアセンブリの概要(illumina MiSeq, PATRIC

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  • 大坪 和香子(東北大学大学院農学研究科)Wakako Ikeda-Ohtsubo (Grad. School of Agricultural Science, Tohoku University, Japan)共同研究者:宮城 敦子(埼玉大学理工学部)、小島 紀幸(東北学院中学高校)、森 宙史(国立遺伝学研究所生命情報研究センター)、菊池 義智(産業技術総合研究所北海道センター生物プロセス研究部門)、Aram Mikaelyan(Department of Entomology and Plant Pathology, North Carolina State University)

    外来雑草エゾノギシギシを摂食するコガタルリハムシの腸内シュウ酸分解細菌の共生機能の解明

    エゾノギシギシの葉

    コガタルリハムシの幼虫

    P-‐10発酵研究所 第13回助成研究報告会 2019年6月7日

     

    エゾノギシギシ(⾮非処理理)

    エゾノギシギシ(1%  テトラサイクリン処理理)

    シュウ酸が蓄積蛹化・⽣生存率率率低下成⻑⾧長の遅滞

    正常に⽣生育シュウ酸は体内で消失

    研究の背景と目的

    卵卵    (無菌)

      ヨーロッパ原産の外来雑草エゾノギシギシ(Rumex  obtusifolius)は⾼高濃度度のシュウ酸やタンニンを含むことから、多くの動物や昆⾍虫が摂⾷食を避けるが、コガタルリハムシ(Gastrophysa  atrocyanea;  Chrysomelidae)は、幼⾍虫および成⾍虫共にエゾノギシギシを旺盛に摂⾷食する。孵化直後のコガタルリハムシの幼⾍虫に抗菌処理理(1%テトラサイクリン溶液に浸漬)したエゾノギシギシ⽣生葉葉を摂⾷食させると、幼⾍虫の⽣生育遅延、蛹化率率率の低下、および体内にシュウ酸の蓄積が⾒見見られたという先⾏行行研究(右図)から、腸内に共⽣生する細菌がハムシのシュウ酸代謝(無毒化)能⼒力力や成⻑⾧長に重要な役割をもつ可能性が⽰示唆された。そこで、本研究ではコガタルリハムシ腸管に共⽣生するシュウ酸分解能⼒力力を有する細菌を単離離し、その性質およびゲノム配列列を解析することにより、その共⽣生機能を明らかにすることを⽬目的とした。

    5  mm

    1  mm

    20  mMシュウ酸含有培地で10%の頻度度で出現

    Pseudomonas  sp.

    コガタルリハムシ幼⾍虫

    実験手法

    腸管

    分泌泌体液

    試料料採取

    合成培地を⽤用いたシュウ酸資化細菌

    の単離離

    DNA抽出 シュウ酸分解能の確認

    NGSによる16S  rRNA遺伝⼦子・単離離菌ゲノム解析

    Whole-‐‑‒mount  FISHによる観察

    コガタルリハムシ腸管・体液中の細菌叢

     SiteA          SiteB            Site  C          Site  C          Site  C          Site  C          Site  C          Site  C  腸管      腸管                腸管              ⾍虫全体          ⾍虫全体            腸管                腸管                体液    3齢                    3齢                3齢                    3齢                  1齢                2齢                    3齢                  3齢      

    FISH解析および細菌叢解析の結果から、①共⽣生細菌は腸管に特異異的な付着が⾒見見られない(体液中にも存在)、②1齢幼⾍虫時に獲得した細菌叢が維持される、③Rahnella属(上図⻘青⾊色)が優勢種である、ことが知られた。

    本研究において、シュウ酸含有培地を⽤用いてスクリーニング・単離離された細菌の約40%が、カメムシ腸管由来の共⽣生細菌と最も⾼高い16S  rRNA遺伝⼦子の相同性を⽰示した。特に、栽培エゾノギシギシを摂⾷食させた飼育条件のコガタルリハムシから単離離されたR102は、シュウ酸脱炭酸酵素を始めとするドラフトゲノム中の遺伝⼦子配列列の多くが、チャバネアオカメムシの必須共⽣生細菌(Plautia  stali  symbiont)と最も近縁であった。

    カメムシ腸内共生細菌との共通性

    Pantoea  sp.  R102

    Rahnella  sp.  ML5

    菌叢解析において優勢であったRahnella属に近縁(未分類属)であるシュウ酸資化細菌ML5のドラフトゲノムアセンブリ中には、既知のシュウ酸分解関連遺伝⼦子は⾒見見出されなかった。今回得られたドラフトゲノムの特徴として、①多数のトランスポーターが存在し、特に鉄の取り込みおよび植物細胞壁成分を代謝する⾼高い能⼒力力が予測される、②タンニン(ポリフェノール様物質)の取り込み、分解に関与する遺伝⼦子が存在する、③各機能遺伝⼦子の最も⾼高い相同性は、タイリクヤツバキクイムシの共⽣生細菌由来のゲノム配列列中に⾒見見出された。

    シュウ酸資化細菌ML5のドラフトゲノム解析

    本研究で使用したドラフトゲノムアセンブリの概要(illumina MiSeq, PATRIC)