PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS … · PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS...

19
PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS RESEPTOR GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1 IN SILICO PADA DIABETES MELITUS TIPE-2 SKRIPSI Untuk Memenuhi Persyaratan Memperoleh Gelar Sarjana Kedokteran HUMAMUDDIN G0013114 FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS SEBELAS MARET Surakarta 2016

Transcript of PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS … · PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS...

Page 1: PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS … · PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS RESEPTOR GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1 IN SILICO PADA DIABETES MELITUS TIPE-2 SKRIPSI Untuk

PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS RESEPTOR

GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1 IN SILICO PADA DIABETES MELITUS

TIPE-2

SKRIPSI

Untuk Memenuhi Persyaratan

Memperoleh Gelar Sarjana Kedokteran

HUMAMUDDIN

G0013114

FAKULTAS KEDOKTERAN

UNIVERSITAS SEBELAS MARET

Surakarta

2016

Page 2: PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS … · PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS RESEPTOR GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1 IN SILICO PADA DIABETES MELITUS TIPE-2 SKRIPSI Untuk

ii

PENGESAHAN SKRIPSI

Skripsi dengan judul: Penapisan Fitokimia Indonesia Sebagai Agonis Reseptor

Glucagon-Like Peptide-1 In Silico pada Diabetes Melitus Tipe-2

Humamuddin, NIM: G0013114, Tahun: 2016

Telah diuji dan sudah disahkan di hadapan Dewan Penguji Skripsi

Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret

Pada Hari Jumat, 20 Januari 2017

Pembimbing Utama

Nama : R.Aj. Sri Wulandari, dr., M.Sc

NIP : 19780503 200608 2 001 (…………………………………..)

Pembimbing Pendamping

Nama : Yuliana Heri Suselo, dr., M.Sc

NIP : 19800718 200604 2 001 (…………………………………..)

Penguji Utama

Nama : Dono Indarto, dr., M.Biotech, St.Ph.D, AIFM

NIP : 19670104 199601 1 001 (…………………………………..)

Surakarta, ..........................................

Ketua Tim Skripsi Kepala Program Studi

Kusmadewi Eka Damayanti, dr., M.Gizi Sinu Andhi Jusup, dr., M.Kes

NIP 19830509 200801 2 005 NIP 19700607 200112 1 002

Page 3: PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS … · PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS RESEPTOR GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1 IN SILICO PADA DIABETES MELITUS TIPE-2 SKRIPSI Untuk

iii

PERNYATAAN

Dengan ini menyatakan bahwa dalam skripsi ini tidak terdapat karya yang

pernah diajukan untuk memperoleh gelar kesarjanaan di suatu perguruan tinggi,

dan sepanjang pengetahuan penulis tidak terdapat karya atau pendapat yang

pernah ditulis atau diterbitkan oleh orang lain, kecuali yang secara tertulis diacu

dalam naskah dan disebutkan dalam daftar pustaka.

Surakarta, 28 Desember 2016

Humamuddin

NIM.G0013114

Page 4: PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS … · PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS RESEPTOR GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1 IN SILICO PADA DIABETES MELITUS TIPE-2 SKRIPSI Untuk

iv

ABSTRAK

Humamuddin, G0013114, 2016. Penapisan Fitokimia Indonesia Sebagai Agonis

Reseptor Glucagon-Like Peptide-1 In Silico pada Diabetes Melitus Tipe-2.

Skripsi. Fakultas Kedokteran, Universitas Sebelas Maret, Surakarta.

Latar Belakang: Prevalensi diabetes melitus (DM) terus meningkat di dunia,

sedangkan terapi DM menggunakan obat oral antidiabetik (OAD) belum efektif.

Agonis GLP-1R merupakan obat DM yang banyak dikembangkan karena dapat

menurunkan kadar gula darah tanpa efek hipoglikemia. Namun, agonis GLP-1R

memiliki efek samping berat seperti pankreatitis, kanker tiroid, dan kanker

pankreas. Indonesia memiliki 9.600 spesies tanaman yang beberapa diantaranya

memiliki efek farmakologis sehingga berpotensi dikembangkan sebagai obat.

Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi fitokimia Indonesia yang memiliki

aktivitas sebagai agonis GLP-1R secara in silico

Metode Penelitian: Penelitian ini adalah penelitian bioinformatika. Sampel

penelitian berupa 517 senyawa herbal di Indonesia yang memenuhi kriteria

Lipinski dari total 6.776 senyawa aktif pada database HerbalDB. Senyawa standar

yang digunakan adalah potongan residu Exendin-4. Struktur Exendin-4 yang

berikatan dengan GLP-1R diperoleh dari Protein Data Bank dengan kode: 3C5T.

Validasi potongan Exendin-4 dengan GLP-1R dilakukan untuk mendapatkan skor

docking dan lokasi ikatannya pada GLP-1R. Molecular docking antara senyawa

fitokimia dengan GLP-1R dilakukan dengan Autodock Vina 1.1.2. Visualisasi

hasil docking dilakukan dengan Pymol 1.7.4. Kandidat agonis GLP-1R dianalisis

berdasarkan skor docking, kesamaan lokasi ikatan dan kriteria Lipinski’s rule of

five.

Hasil Penelitian: Boeravinon F, Luteolin, Scoulerine, dan Cleomiscosin D

merupakan 4 fitokimia terpilih yang paling berpotensi menjadi agonis GLP-1R

berdasarkan analisis skor docking dan kesamaan lokasi ikatan dengan potongan

Exendin-4. Boeravinon F berikatan pada Leu32

, Glu127

, dan Glu68

dengan skor

docking -5,4 kkal/mol, -6,7 kkal/mol, dan -4,28 kkal/mol secara berurutan.

Luteolin berikatan pada Leu32

, Glu127

, dan Glu68

dengan skor docking -5,2

kkal/mol, -6,34 kkal/mol, dan -4,22 kkal/mol secara berurutan. Scoulerine

berikatan pada Leu32

, Glu128

, dan Glu127

dengan skor docking -5,18 kkal/mol, -

5,86 kkal/mol, dan -6,3 kkal/mol secara berurutan. Cleomiscosin D berikatan pada

Glu128

, Glu127

, dan Glu68

dengan skor docking -5,8 kkal/mol, -6,36 kkal/mol, dan -

3,72 kkal/mol secara berurutan.

Simpulan: Boeravinon F, Scoulerine, Luteolin, dan Cleomiscosin D merupakan

fitokimia Indonesia yang paling berpotensi menjadi agonis GLP-1R in silico.

Kata kunci: Agonis GLP-1R, fitokimia Indonesia, molecular docking, diabetes

melitus.

Page 5: PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS … · PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS RESEPTOR GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1 IN SILICO PADA DIABETES MELITUS TIPE-2 SKRIPSI Untuk

v

ABSTRACT

Humamuddin, G013114, 2016. Screening of Indonesian Pythochemicals as

Glucagon-Like Peptide-1 Receptor Agonist In Silico in Type-2 Diabetes Mellitus.

Mini Thesis, Faculty of Medicine, Sebelas Maret University, Surakarta.

Background: Prevalence of diabetes mellitus (DM) continues to rise in the world,

while DM therapy using oral antidiabetic drug (OAD) was still not effective.

GLP-1R agonist was a drug that has been developed because it can lower blood

sugar levels without hypoglycemic effect. However, GLP-1R agonists have severe

side effects such as pancreatitis, thyroid cancer, and pancreatic cancer. Indonesia

has 9,600 herbal plants, some of which have a pharmacological effect that could

potentially be developed as a drug. This study aimed to identify the Indonesian

pythochemicals that have activity as GLP-1R agonist in silico.

Methods: The research was a bioinformatics study which utilized all

phytochemicals in HerbalDB that had PubChem access code and met the criteria

for Lipinski's rule of five as sample. Truncated Exendin-4 was used as standard

compound. The structure of Exendin-4 bound to GLP-1R was obtained from the

Protein Data Bank, code: 3C5T. Validation of truncated Exendin-4 with GLP-1R

needed to get docking scores and binding site at GLP-1R. Molecular docking

between phytochemical compounds with GLP-1R models was done using

AutodockVina 1.1.2. Visualization of docking results was done using PyMOL

1.7.4. GLP-1R agonist candidates were analyzed based on binding affinity,

binding site similarity, and Lipinski's rule of five criterias.

Results: Boeravinon F, Scoulerine, Luteolin, and Cleomiscosin D were four

selected phytochemicals of the most potentially as GLP-1R agonist based on

analysis of docking scores and binding site similarity with truncated Exendin-4.

Boeravinon F bound to Leu32

, Glu127

, and Glu68

with docking scores of -5.4

kcal/mol, 6.7 kcal/mol, and -4.28 kcal/mol, respectively. Luteolin bound to Leu32

,

Glu127

, and Glu68

with docking scores of -5.2 kcal/mol, -6.34 kcal/mol, and -4.22

kcal/mol, respectively. Scoulerine bound to Leu32

, Glu128

, and Glu127

with docking

score of -5.18 kcal/mol, -5.86 kcal/mol and -6.3 kcal/mol, respectively.

Cleomiscosin D bound to the Glu128

, Glu127

, and Glu68

with docking scores of -5.8

kcal/mol, -6.36 kcal/mol, and -3.72 kcal/ mol, respectively.

Conclusion: Boeravinon F, Scoulerine, Luteolin, and Cleomiscosin D were the

most potent Indonesian phytochemicals that could be a GLP-1R agonist in silico.

Keywords: GLP-1R agonists, Indonesian phytochemicals, molecular docking,

diabetes mellitus

Page 6: PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS … · PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS RESEPTOR GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1 IN SILICO PADA DIABETES MELITUS TIPE-2 SKRIPSI Untuk

vi

PRAKATA

Alhamdulillah segala puji hanya milik Allah atas berbagai limpahan

rahmat dan karunia-Nya, penulis dapat menyelesaikan penelitian dengan judul

“Penapisan Fitokimia Indonesia Sebagai Agonis Reseptor Glucagon-Like Peptide-

1 In Silico pada Diabetes Melitus Tipe-2”. Penelitian ini merupakan salah satu

persyaratan dalam menyelesaikan Program Sarjana Kedokteran di Fakultas

Kedokteran Universitas Sebelas Maret Surakarta.

Penelitian ini dapat terlaksana dengan baik berkat adanya bimbingan, kerja

sama, dan bantuan dari berbagai pihak. Untuk itu penulis menyampaikan ucapan

terimakasih dan penghargaan kepada :

1. Allah Subhaanahu wa Ta’ala, karena berkat karunia-Nya lah, penulis bisa

menyelesaikan penelitian skripsi ini.

2. Prof. Dr. Hartono, dr., M.Si, selaku Dekan Fakultas Kedokteran Universitas

Sebelas Maret Surakarta

3. Sinu Andhi Jusup, dr., M.Kes, selaku Ketua Program Studi Kedokteran

Fakultas Kedokteran Universitas Sebelas Maret Surakarta.

4. Kusmadewi Eka Damayanti, dr., M.Gizi, selaku Ketua Tim Skripsi Fakultas

Kedokteran Universitas Sebelas Maret Surakarta.

5. R.Aj. Sri Wulandari, dr., M.Sc, selaku Pembimbing Utama dan Yuliana Heri

Suselo, dr., M.Sc, selaku Pembimbing Pendamping yang telah menyediakan

waktu untuk membimbing hingga selesainya skripsi ini.

6. Dono Indarto, dr., M.Biotech, St.Ph.D, AIFM, selaku Penguji yang banyak

memberikan saran dan kritik dalam penulisan skripsi ini.

7. Kedua orangtua saya tercinta, Bapak Almarhum Drs. Noor Hadi, M.Ag, M.Pd,

dan Ibu Siti Soekiswati, dr., M.H, serta adik-adik saya Khoirul Fahmi, Amila

Dina, Izzuddin Baqi, Lisanul Latifah, dan Naila Husna yang senantiasa

memberikan motivasi, nasihat, cinta, perhatian, kasih sayang dan doa yang tak

henti-hentinya.

8. Arifin, Khariz, Kamil, Adam, Andre, dan teman-teman Tim moldock lainnya,

Alim, Brilli, Hendri, Lutfir, dan teman-teman SKI lainnya, teman-teman di

kelompok tutorial yang banyak memberikan bantuan saya dalam berproses,

serta teman-teman Asisten Patologi Anatomi yang juga memberikan dukungan

dalam menyelesaikan penelitian ini.

9. Semua pihak yang secara langsung maupun tidak langsung membantu proses

penelitian tugas karya akhir ini yang tidak mungkin disebutkan satu - persatu.

Meskipun tulisan ini masih jauh dari kata sempurna, penulis berharap

skripsi ini dapat bermanfaat bagi pembaca.

Surakarta, 26 Desember 2016

Humamuddin

Page 7: PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS … · PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS RESEPTOR GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1 IN SILICO PADA DIABETES MELITUS TIPE-2 SKRIPSI Untuk

vii

DAFTAR ISI

PRAKATA ........................................................................................................... vi

DAFTAR ISI ........................................................................................................ vii

DAFTAR TABEL ................................................................................................ xi

DAFTAR GAMBAR ............................................................................................ xiii

DAFTAR LAMPIRAN ........................................................................................ xv

BAB I. PENDAHULUAN ................................................................................... 1

A. Latar Belakang Masalah ................................................................... 1

B. Perumusan Masalah ......................................................................... 5

C. Tujuan Penelitian ............................................... ............................. 5

D. Manfaat Penelitian .......................................................................... 5

BAB II. LANDASAN TEORI ............................................................................ 6

A. Tinjauan Pustaka ............................................................................. 6

1. Diabetes Melitus ...................................................................... 6

a. Gambaran Umum .............................................................. 6

b. Penatalaksanaan DM tipe 2 .............................................. 7

1) Edukasi .......................................................................... 7

2) Terapi Nutrisi Medis .................................................... 8

3) Latihan Jasmani ............................................................ 9

4) Intervensi Farmakologis ................................................ 9

a) Peningkat sensitivitas terhadap insulin .................. 9

(1) Metformin (Biguanide) ................................... 9

Page 8: PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS … · PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS RESEPTOR GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1 IN SILICO PADA DIABETES MELITUS TIPE-2 SKRIPSI Untuk

viii

(2) Thiazolidinedione (TZD) ................................ 11

b) Pemacu sekresi insulin (insulin secretagogue) ...... 12

(1) Sulfonilurea .................................................... 12

(2) Glinid (meglitinide) ........................................ 13

c) Penghambat α-glukosidase ................................... 14

d) Penghambat Dipeptidyl Peptidase-4 (DPP-4) ...... 15

e) Penghambat Sodium Glucose Co-transporter 2 ... 16

f) Insulin .................................................................... 16

g) Agonis reseptor GLP-1 .......................................... 18

c. Target Terapi Pada DM Tipe 2 .......................................... 19

2. Memori Glucagon-Like Peptide-1 (GLP-1) ............................. 20

a. Gambaran Umum............................................................... 20

b. Struktur GLP-1 dan Interaksinya dengan Reseptor GLP-1 23

3. Reseptor GLP-1 ........................................................................ 25

a. Gambaran Umum............................................................... 25

b. Struktur Reseptor GLP-1 ................................................... 26

4. Agonis Reseptor GLP-1 ............................................................ 28

5. Tanaman Herbal di Indonesia ................................................... 32

6. Molecular Docking ................................................................... 33

a. Gambaran Umum............................................................... 33

b. Metode Molecular Docking ............................................... 34

1) Rigid Ligan dan Rigid Receptor ................................... 34

2) Flexible Ligan dan Rigid Receptor ............................... 35

Page 9: PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS … · PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS RESEPTOR GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1 IN SILICO PADA DIABETES MELITUS TIPE-2 SKRIPSI Untuk

ix

3) Flexible Ligan dan Flexible Receptor ........................... 35

c. Penentuan Afinitas Ikatan Dua Molekul ........................... 35

d. Lipinski’s Rule of Five ....................................................... 37

e. Program Molecular Docking AutoDock Vina .................... 38

1) AutoDock Vina .............................................................. 38

2) iGEMDOCK .................................................................. 38

3) Molegro Virtual Docker (MolDock) ............................. 39

f. Aplikasi Molecular Docking pada Pengembangan Obat ... 39

B. Kerangka Pemikiran ........................................................................ 40

C. Hipotesis .......................................................................................... 41

BAB III. METODE PENELITIAN ...................... .............................................. 42

A. Jenis Penelitian.............................................................................. ... 42

B. Tempat dan Waktu Penelitian .......................................................... 42

C. Sampel Penelitian ............................................................................. 42

D. Identifikasi Variabel ........................................................................ 43

E. Definisi Operasional Variabel .......................................................... 43

F. Instrumen Penelitian......................................................................... 44

G. Cara Kerja Penelitian ....................................................................... 45

H. Teknik Analisis Data ........................................................................ 49

I. Rancangan Penelitian ....................................................................... 50

BAB IV. HASIL PENELITIAN .......................................................................... 51

A. Validasi Docking Senyawa Standar Exendin-4 dengan

Reseptor GLP-1 (GLP-1R) .............................................................. 51

Page 10: PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS … · PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS RESEPTOR GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1 IN SILICO PADA DIABETES MELITUS TIPE-2 SKRIPSI Untuk

x

B. Analisis Skor dan Lokasi Ikatan pada Fitokimia Hasil Molecular

Docking dengan GLP-1R ................................................................. 60

BAB V. PEMBAHASAN ................................................................................... 82

A. Pemilihan Lokasi Pemotongan Residu dan Validasi Exendin-4 ...... 82

B. Analisis Hasil Docking Senyawa Fitokimia .................................... 85

1. Analisis Skor Docking ................................................................ 86

2. Analisis Hasil Interaksi Ikatan Molecular Docking .................... 88

3. Analisis Kriteria Lipinski’s Rule of Five ..................................... 91

C. Potensi Terapeutik 13 Senyawa Fitokimia yang Diprediksi

sebagai Agonis GLP-1R ................................................................... 95

D. Keterbatasan Penelitian .................................................................... 104

BAB VI. SIMPULAN DAN SARAN .................................................................. 105

A. Simpulan .......................................................................................... 105

B. Saran ................................................................................................. 105

DAFTAR PUSTAKA ........................................................................................... 106

Page 11: PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS … · PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS RESEPTOR GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1 IN SILICO PADA DIABETES MELITUS TIPE-2 SKRIPSI Untuk

xi

DAFTAR TABEL

Tabel 2.1. Klasifikasi Diabetes Melitus .............................................................. 6

Tabel 2.2. Lokasi Ikatan GLP-1 dan Exendin-4 dengan GLP-1R ....................... 30

Tabel 2.3. Program Molecular Docking dan Aplikasinya ................................... 39

Tabel 3.1. Lokasi Pemotongan Residu Exendin-4............................................... 46

Tabel 3.2. Penentuan Kotak Grid Senyawa Standar Exendin-4 .......................... 47

Tabel 4.1. Variasi Pemotongan Exendin-4, Karakteristik, dan Lokasi

Ikatannya Sebelum dan Setelah Proses Docking................................ 52

Tabel 4.2. Hasil Validasi Molecular Docking Standar 1 (Gln13

-Xn-Glu

17) ......... 54

Tabel 4.3. Hasil Validasi Molecular Docking Standar 2 (Glu17

-Xn-Arg

20) ......... 55

Tabel 4.4. Hasil Validasi Molecular Docking Standar 3 (Leu26

dan Lys27

) ........ 56

Tabel 4.5. Hasil Validasi Molecular Docking Standar 4 (Pro31

dan Ser32

) ......... 57

Tabel 4.6. Interaksi Atom Antara Keempat Standar dengan GLP-1R

Beserta Karakteristiknya .................................................................... 58

Tabel 4.7.1. Fitokimia dengan 3 Lokasi Ikatan Sama Dibandingkan Exendin-4

Beserta Karakteristiknya .................................................................... 61

Tabel 4.7.2. Fitokimia dengan 3 Lokasi Ikatan Sama Dibandingkan Exendin-4

Beserta Karakteristiknya (Lanjutan) .................................................. 62

Tabel 4.8. Interaksi Atom (IA) dan Jenis Ikatan (JI) pada 10

Fitokimia Dibandingkan Keempat Potongan Exendin-4 .................... 74

Tabel 4.9. Tiga Fitokimia dengan Skor Docking Terendah yang Memiliki

2 Lokasi Ikatan Sama Dibandingkan Potongan Exendin-4

Page 12: PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS … · PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS RESEPTOR GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1 IN SILICO PADA DIABETES MELITUS TIPE-2 SKRIPSI Untuk

xii

Beserta Karakteristiknya. ................................................................... 77

Tabel 4.10. Interaksi Atom (IA) dan Jenis Ikatan (JI) pada 3 Fitokimia dengan

2 Kesamaan Lokasi Ikatan Dibandingkan Keempat Potongan

Exendin-4 ........................................................................................... 81

Page 13: PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS … · PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS RESEPTOR GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1 IN SILICO PADA DIABETES MELITUS TIPE-2 SKRIPSI Untuk

xiii

DAFTAR GAMBAR

Gambar 2.1. Mekanisme Sekresi Insulin yang Diperantarai oleh GLP-1 .......... 23

Gambar 2.2. Struktur residu GLP-1 ................................................................... 24

Gambar 2.3. Interaksi GLP-1 dengan GLP-1R................................................... 26

Gambar 2.4. Struktur GLP-1 Berikatan dengan GLP-1R ................................... 27

Gambar 2.5. Struktur Exendin-4 dan sequence alignment GLP-1 dengan

Exendin-4 ....................................................................................... 29

Gambar 2.6. Interaksi Antara Exendin-4 dengan Reseptor GLP-1 .................... 31

Gambar 2.7. Skema Kerangka Pemikiran .......................................................... 40

Gambar 3.1. Skema Rancangan Penelitian ......................................................... 50

Gambar 4.1. Visualisasi Hasil Docking Standar 1 dengan GLP-1R ................... 54

Gambar 4.2. Visualisasi Hasil Docking Standar 2 dengan GLP-1R .................... 55

Gambar 4.3. Visualisasi Hasil Docking Standar 3 dengan GLP-1R .................... 56

Gambar 4.4. Visualisasi Hasil Docking Standar 4 dengan GLP-1R .................... 57

Gambar 4.5. Visualisasi Hasil Docking Cleomiscosin D-GLP-1R ..................... 64

Gambar 4.6. Visualisasi Hasil Docking Artocarpesin-GLP-1R ......................... 65

Gambar 4.7. Visualisasi Hasil Docking Boeravinone F-GLP-1R ...................... 66

Gambar 4.8. Visualisasi Hasil Docking Aureusidin-GLP-1R............................. 67

Gambar 4.9. Visualisasi Hasil Docking Scoulerine-GLP-1R ............................. 68

Gambar 4.10. Visualisasi Hasil Docking Luteolin-GLP-1R ............................... 69

Gambar 4.11. Visualisasi Hasil Docking Isorhamnetin-GLP-1R ....................... 70

Gambar 4.12. Visualisasi Hasil Docking Kaempferol-GLP-1R........................... 71

Gambar 4.13. Visualisasi Hasil Docking Eupatorin-GLP-1R ............................. 72

Page 14: PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS … · PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS RESEPTOR GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1 IN SILICO PADA DIABETES MELITUS TIPE-2 SKRIPSI Untuk

xiv

Gambar 4.14. Visualisasi Hasil Docking Wighteone-GLP-1R ............................ 73

Gambar 4.15. Visualisasi Hasil Docking Liriodenine-GLP-1R .......................... 78

Gambar 4.16. Visualisasi Hasil Docking Withanolide-GLP-1R.......................... 79

Gambar 4.17. Visualisasi Hasil Docking Sapogenin-GLP-1R ............................ 84

Page 15: PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS … · PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS RESEPTOR GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1 IN SILICO PADA DIABETES MELITUS TIPE-2 SKRIPSI Untuk

xv

DAFTAR SINGKATAN

7TM : Seven-Transmembrane Helix

AC : Adenylyl Cyclase

Ala : Alanine

AMP : Adenosine Monophosphate

AMPK : Adenosine Monophosphate-Activated Protein Kinase

Arg : Arginine

Asn : Asparagine

Asp : Aspartate

ATP : Adenosine Triphosphate

BMI : Body Mass Index

cAMP : Cyclic Adenosine Monophosphate

cAMP-GEF : cAMP-Regulated Guanine Nucleotide Exchange Factor

CVD : Cardiovasular Disease

Cys : Cysteine

DE : Differential Evolution

DM : Diabetes Melitus

DNA : Deoxyribonucleic Acid

DPP-4 : Dipeptidyl-Peptidase-4

EA : Evolutionary Algorithm

ECD : Extracellular N-Terminal Domain

ER : Retikulum Endoplasma

GFR : Glomerulus Filtration Rate

Page 16: PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS … · PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS RESEPTOR GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1 IN SILICO PADA DIABETES MELITUS TIPE-2 SKRIPSI Untuk

xvi

Gln : Glutamine

GLP-1 : Glucagon-Like Peptide-1

GLP-1R : Reseptor Glucagon-Like Peptide-1

Glu : Glutamate

GLUT : Glucose Transporter

Gly : Glycine

GPCR : G-Protein-Coupled Receptor

HbA1c : Hemoglobin A1c

HCV : Hepatitis C Virus

HDL : High-Density Lipoproteins

His : Histidine

HTS : High-Throughput Screening

Ile : Isoleucine

ILS : Iterated Local Search

KATP Channel : ATP-sensitive K+ Channel

Kv Channel : Voltage-Dependent K+Channel

LBVS : Ligan-Based Virtual Screening

LDL : Low-Density Lipoprotein

Leu : Leucine

Lys : Lysine

MD : Molecular Dynamics

Met : Methionine

NEP 24,11 : Neutral Endopeptidase 24,11

Page 17: PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS … · PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS RESEPTOR GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1 IN SILICO PADA DIABETES MELITUS TIPE-2 SKRIPSI Untuk

xvii

NYHA : New York Heart Association

OAD : Oral Antidiabetik

OCT : Organic Cation Transporter

PDB : Protein Data Bank

Phe : Phenylalanine

PKA : Protein Kinase A

PLP : Piecewise Linear Potential

PMAT : Plasma Membrane Monoamine Transporter

PPAR-γ : Peroxisome Proliferator-Activated Receptor-γ

PPOK : Penyakit Paru Obstruktif Kronis

Pro : Proline

QSAR : Quantitative Stucture Activity Relationship

RMSD : Root Mean Square Deviation

RXR : Retinoic X Receptor

sAC : Soluble Adenylyl Cyclase

SBVS : Structure-Based Virtual Screening

Ser : Serine

SGLT-2 : Sodium-Glucose Cotransporter 2

TCM : Traditional Chinese Medicine

Thr : Threonine

TMD : Transmembrane α-helix Domain

TNM : Terapi Nutrisi Medis

Trp : Tryptophan

Page 18: PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS … · PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS RESEPTOR GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1 IN SILICO PADA DIABETES MELITUS TIPE-2 SKRIPSI Untuk

xviii

Tyr : Tyrosine

TZD : Thiazolidinedione

Val : Valine

VDCC : Voltage-Dependent Ca2+

Channel

VS : Virtual Screening

Page 19: PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS … · PENAPISAN FITOKIMIA INDONESIA SEBAGAI AGONIS RESEPTOR GLUCAGON-LIKE PEPTIDE-1 IN SILICO PADA DIABETES MELITUS TIPE-2 SKRIPSI Untuk

xix

DAFTAR LAMPIRAN

Lampiran 1. Hasil Molecular Docking 162 Fitokimia dengan Skor Lebih

Rendah atau Sama dengan Standar 1..........................................124

Lampiran 2. Skor dan Lokasi Ikatan Hasil Docking dengan Standar 1 ............128

Lampiran 3. Daftar 44 Senyawa Fitokimia Hasil Molecular Docking

dengan Skor Lebih Rendah atau Sama dengan Standar 2 ...........129

Lampiran 4. Skor dan Lokasi Ikatan Hasil Docking dengan Standar 2 ............130

Lampiran 5. 159 Senyawa Fitokimia Hasil Molecular Docking dengan

Skor Lebih Rendah atau Sama dengan Standar 3 ........................131

Lampiran 6. 36 Senyawa Fitokimia Hasil Docking yang Memiliki Lokasi

Ikatan Sama dengan Standar 3 ....................................................135

Lampiran 7. 355 Senyawa Fitokimia Hasil Molecular Docking dengan

Skor Lebih Rendah atau Sama dengan Standar 4 ........................136

Lampiran 8. 144 Senyawa Fitokimia Hasil Docking yang Memiliki Lokasi

Ikatan Sama dengan Standar 4 ...................................................144

Lampiran 9. 44 Senyawa Fitokimia yang Berikatan pada 2 Lokasi Ikatan

Sama Dibandingkan Residu Standar Exendin-4 Beserta

Karakteristiknya .........................................................................148

Lampiran 10. Daftar Senyawa Fitokimia yang Berikatan pada 1 Lokasi

Ikatan Sama Dibandingkan Residu Standar Exendin-4 dan

Residu Asam Amino Arg121

Beserta Karakteristiknya ................151

Lampiran 11. 101 Senyawa Fitokimia yang Memiliki 1 Kesamaan Lokasi

Ikatan Dibandingkan Residu Standar Exendin-4. ........................152