Numérisation de l’Herbier National

9 octobre 2012 - Denis Lamy - Gestion numérique, Aussois, CNRS - 1 -

Numérisation de l’Herbier National

Évolution ....révolution...


•1985 :10 millions de spécimens (dont 2 millions de cryptogames)

•1802 : 25 000 spécimens•1841 : 500 000 spécimens•1906 : 3 millions de spécimens

•2005 : ca 12 millions de spécimens

•Deux grands ensembles :

•Plantes vasculaires•Plantes non vasculaires

Accroissement des collections


Description d’une planche d’herbier


Joseph de Jussieu


Méta données en botanique

• Référentiel des noms de plantes :• IPNI, Tropicos

• Base de données des informations portées sur les étiquettes :• Sonnerat/bryomyco

• Numérisation des publications :• http://bibdigital.rjb.csic.es/ing/index.php• http://www.botanicus.org• http://www.biodiversitylibrary.org


Méta données en botanique (suite)

• Numérisation des planches d’herbier :

• http://www.tropicos.org


www.tropicos.org


Dracula nosferatuLuer & R.Escobar

1989


Numérisation des herbiers

Trois phases :

Herbier de Jean-Baptiste LamarckPlants Initiative (Mellon Foundation)E-herbier


Herbier de Jean-Baptiste Lamarck

L’herbier est compris comme source originale pour l’histoire des

sciences et donc en lien avec l’œuvre de J.B. Lamarck.


http://www.lamarck.cnrs.fr/


Hypericumlutescens


Voir les informations scientifiques issues de la base de donnéesdu Muséum national d'Histoire naturelle.


Andrew W. Mellon Foundation• Retour des données du Nord vers le Sud :• « Conservation and the environment » dont

« Plants initiative » :• Plus de 150 herbiers de plus 55 pays pour

créer une base de données d’images dehaute qualité des spécimens types d’Afriqueet d’Amérique Latine, dans un premiertemps.

• Financement : moyens techniques etpersonnels.

• Repérage des spécimens types dans lacollection (avec recherche bibliographique),numérisation haute définition (600dpi),informatisation complète des données surSonnerat (pour le MNHN) Herb-scan

(Années 2000)


www.mnhn.fr/base/sonnerat.html


Sorocea bonplandii(Baill.) W.Burger & Lanjouw


Fissidens subpycnophyllusP. de Varde


Sorocea bonplandii...


Auguste de Saint-Hilaire


E-Herbier• Numérisation des 12 millions de spécimens de l’herbier

National.• Appel d’offre avec rédaction d’un cahier des charges.• Difficultés rencontrées :

• Aucun exemple antérieur.• Mauvaise compréhension entre les responsables des

marchés, la direction des collections et les botanistes :définition des tâches, évaluation en amont du temps desmanipulations des planches, du temps pour lanumérisation, etc.

• Au final, le cahier des charges est volontairement peuprécis.

• Contenu du cahier des charges :• Description des collections et leurs spécificités

(notamment les cryptogames souvent conditionnées dansdes pochettes).


E-Herbier

• Comité de pilotage :• OBS (branche France d’OCé) : chef de projet, responsable

commercial du projet, chef de site• MNHN : direction des collections (directeur ou adjoint ; RAF);

service des marchés ; responsable du projet, responsable de l’herbier, responsable de la numérisation, DSI (Direction des systèmes informatiques)

• Comité de suivi en interne au MNHN :• Direction des collections ; responsable du projet, responsable

de l’herbier, responsable de la numérisation, DSI, responsable de la communication, responsable de l’équipe technique, responsable du chantier Grahal.

• Contrôle qualité des images ....


E-Herbier

• Trois opérations sont à mener :• Le reconditionnement du « vrac ».• Le reclassement selon un plan

systématique pour les phanérogames et les ptéridophytes.

• La numérisation.


E-Herbier

• Le reconditionnement du « vrac » :• Sur place par la société Grahal.• Les planches d’herbier sont classées par

familles et par régions.• Reclassement de l’herbier :

• Hors site par OCè.• D’un classement par région (puis familles), on

passe à un classement par familles (puis parrégion); le classement suit Angiospermphylogeny group (APG3).

• Intégration des planches remontées par Grahal.


E-Herbier

• Numérisation :• Pose d’un code barre et référencement

par le nom de l’espèce et le continent.• Photographie numérique 300dpi.• Stockage et transfert des images.


Leucoloma convolutaceum

Ren.


Sargassumcymosum

Code barre numérisation


Bilan

•Les faiblesses du Muséum :• L’absence d’une réelle réflexion sur ce qu’est une

collection et sur l’objet de la numérisation.• Des difficultés à exprimer clairement les

habitudes de travail.• Le couplage reclassement / numérisation a

généré plus de gênes que prévu.• Le nom du taxon choisi, pour le référencement

n’est pas forcément le plus pertinent.• La mauvaise évaluation du nombre de spécimens.• Le stockage des images se trouve actuellement

sur des disques externes; le serveur dédié pources images n’est pas encore choisi.


Bilan

• Les faiblesses du prestataire :• Le changement de ses équipes au cours de la

réalisation; d’où une difficulté dans le suivi des décisions.

• Sa difficulté à comprendre les concepts scientifiques.

• Sa faiblesse informatique.• Sa mauvaise évaluation du temps nécessaire

au reclassement et à la numérisation .


Bilan

• Le contrôle des images fournies met en évidence :• Non conjonction entre le nombre d’images et les

fichiers informatiques de suivi.• 0.5% des planches non pas été traitées.• La qualité :

• Flou (dû à l’épaisseur des spécimens). • Redressement.• Codes barres trop brillants.• Cas particuliers dont les algues (une pellicule

brillante formée par la libération par les algues de polysaccharides).


Bilan

• Utilisation des images :• L’indexation : le nom choisi pour le spécimen

n’est pas toujours pertinent; l’indication dupays est trop vague.

• Il est nécessaire d’avoir une saisie des donnéesde l’étiquette dans la base Sonnerat/bryomyco.

• Mise en place d’un web 2.0 : les internautesseront invités à participer à une sorte d’enquêtesur les voyages, et saisiront les données del’étiquette.


Conclusions• La planche d’herbier n’est pas conçue à l’origine

pour être numérisée.• Étiquettes volantes, spécimens sous enveloppe...

• La performance n’est possible que si il y a homogénéité dans l’information à recueillir lors de la saisie de l’image

• Nom du taxon n’est pas toujours inscrit au même endroit.• Le continent d’origine de la récolte est indiqué souvent de

manière peu précise.• Les noms des plantes ont subi de nombreux changements au

cours des deux cents ans passés.

• La nécessité de trouver un prestataire avec qui nous soyons en adéquation.


Remerciements

Cet exposé n’aurait pu être réalisé sans de nombreuses discussions avec les intervenants du projet, et spécialement Marc Pignal, Odile Poncy et Bruno Dennetière.

Numérisation de l’Herbier National

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