MIDI System 구성

1. 가스 크로마토그래프 (Agilent GC):

- 분리용 컬럼 : 25m X 0.20mm X 0.33 um

Ultra-2 capillary column

- 검출기 : FID

2. 자동시료 주입장치 (Autosampler)

3. Chemstation software

4. Computer & Printer

5. MIDI System Software

MIDI System diagram

실험 진행 순서실험 진행 순서

1. 미생물을 표준화된 배지에 배양

실험방법 (1)

Package Library Name

Growth Medium

Aerobe  

TSBA40  CLIN40 MI7H10

Aerobes,28℃,24hr, on Trypticase soy broth agar. MRSA. Clinical Aerobes,35℃,24hr, on Blood agar, Chocolate, etc. Mycobacteria,35℃,5-10%CO2,on Middlebrook 7H10

Anaerobe  

BHIBLA MOORE

Anaerobes,35℃,48hr,on BHIBLA VPI Broth-grown Anaerobe Library

Yeast  

YST28YSTCLNFUNGIACTIN1

Yeasts,28℃,24hr,SAB Dextrose agarYeasts,28℃, 24hr,SAB Dextrose agarFungi,28℃, 2-5days, in SAB Dextrose brothActinomycetes,28℃,3-10days in Tripticase soy broth

실험방법 (2)

2. 시료 전처리 과정 Harvesting : 표준배지에서 배양된 균체 채취

Saponification: 세포막의 지질로부터 균체 지방산 분리

Methylation: 지방산에 methyl esters 형성

Extraction: 지방산을 수용층에서 유기층으로 전이

Base wash : GC 로 분리 전 추출된 유기층 정제

정제된 지방산을 GC vial 로 옮김

실험방법 (3)

3. 시료 전처리 후 과정- Sherlock sequence sample table 작성- “Start sequence” 클릭하면 이때 부터 안정화된 GC 에

채취한 시료 자동 주입 , 결과 분석 및 프린트가 자동으로

실행됨- Running 후 20.75 분 후 , 하나의 시료분석 결과출력됨- 자동 calibration 실행과 자동 데이터 저장기능

Sherlock Sequence Table

Composition Report

MIDI System 의 기능

1) 기본적 기능 : MIDI system software Library 에 있는 데이터와 비교하여 미지 미생물의 속 , 종 및 아종을 동정함 ( 결과값은 Similarity Index 로 나타남 )

2) 선택 기능 : Library Generation Software 이용 2-D plots(subgrouping) Dendrogram(subgrouping) 사용자 스스로 library 형성 (data library 에 포함가능 )

2-D plot & Dendrogram

목적 - 시료들간의 관련도 분석 - 시료가 오염되었는지 Subgroup 이 존재하는지를 알 수 있음 ( 품질관리 , 임상 보건 분야에서 유용하게 사용되고 있음 )1) 2-D 데이터 해석 ; 사용단위 ED2 (X 축 *Y 축간 차이 ) - 110 미만 : 같은 종 - 60 미만 : 같은 아종 또는 biotype - 30 미만 : 같은 strain 을 따로 running 한 것2) Dendrogram 해석 ; 사용단위 ED(Euclidian Distance) - 10 미만 : 같은 종 - 6 미만 : 같은 아종 - 2.5 미만 : 같은 strain 을 따로 running 한 것

예 1) 2-D plot

예 2) Dendrogram

MIDI systemMIDI system 기능의 단계별 기능의 단계별 응용응용1 단계 : 기존에 존재하는 data library 를 이용한

미생물의 분류 동정 ( 아종까지 )

2 단계 : LGS 를 이용한 Dendro-gram 과 2-D plot

( 종사이의 유연관계 조사 )

3 단계 : LGS 를 이용한 library 구축 . 미생물 뿐만 아니라

지방산을 함유 물질의 library 구축 및 기존 data

library 에 새롭게 entry 시킴

4 단계 : 지방산 뿐 만 아니라 GC 를 이용해 수행할 수

있는 모든 분석을 기준으로 물질 구분