masterproef 23/12/10
Click here to load reader
-
Upload
kenneth-devloo -
Category
Technology
-
view
226 -
download
2
description
Transcript of masterproef 23/12/10
Kenneth Devloo, 2e Ma CW:MMC
Promotors:
Abram Aertsen
Philip Dutré
Distributie en segregatie van cellulaire
schade in bacteriële populaties
Inhoud
Achtergrond/doel
Uitdagingen
Algoritme/tests
Implementatie
Bronnen
Planning
Achtergrond/Doel
Groei van populatie cellen volgen
Cellen automatisch tracken door videobeelden
Filmpje
Toepassing
Uitdagingen
Wisselende kwaliteit beelden
Robuustheid
Geen replica bestaande toepassingen
Gebruik van info verschillende frames voor
segmentatie
Algoritme/tests: Software
Matlab
Fiji
Cellprofiler
Algoritme/tests: Algoritme
Detectie
Beschrijving
Tracking
Correctie
Algoritme/tests: Detectie
Uitdagingen
Beeldkwaliteit
Overlap
Achtergrond
Algoritme/tests: Detectie Preprocessing Bilateral Mofologie
Detectiemogelijkheden Regio: Threshold
Watersheds
Level set snakes
Edge: Canny
Flexible hough?
Wavelet?
Cellen onderscheiden: Skeletonisation
Gebruik van data verschillende frames
Algoritme/tests: Detectietests
Thresholding
Probleem: histogram
Probleem: valse features
Oplossing: achtergrond wegwerken
Rolling ball algoritme
Gray scale morphology
Algoritme/tests: Detectietests
Bilateral filter
Achtergrond smoothen
Grayscale morphology
Donkere objecten zoeken
Kleinere objecten elimineren
Minder valse features
Achtergrond elimineren
Histogram meer bruikbaar
Watersheds
http://kenneththesis.wordpress.com/2010/12/22/preprocessing-thresholding1/
Algoritme/tests: Detectietests
Algoritme/tests: Beschrijving
Uitdagingen
Niet veel variatie in 1 cel
Omgeving verandert constant
Beschrijving
Omgeving met SIFT
Cel zelf, maar bekeken langs skeleton, SIFT
Positie tov populatie
Lengte
Algoritme/tests: Tracking
Uitdagingen
Verschuivende beelden
Detectie nog niet zeker 100% correct
Meerdere populaties
Tracking
Alignment op achtergrond
Correctie
Kennis van gedeelde cellen gebruiken in andere frame
Geen beslissing op algoritme
Implementatie
C++
Qt
openCL
Bronnen
Bestaande toepassingen
Implementatie/test
Detection
Description
Tracking
Tiff
Vakken
http://kenneththesis.wordpress.com/bronnen/
Planning
2010: tests detectie afronden
2e week januari: detectie implementatie
3e week januari: beschrijving
15 februari: tracking
Begin maart: correctie van gedetecteerde cellen
Eind maart: applicatie
Half mei: tekst
Vragen?
kenneththesis.wordpress.com