1. Kenneth Devloo, 2e Ma CW:MMC
Promotors:
Philip Dutr
Abram Aertsen
Distributie en segregatie van cellulaire schade in bacterile populaties

2. Inhoud
Achtergrond/doel
Uitdagingen
Algoritme/tests
Implementatie
Bronnen
Planning
3. Achtergrond/Doel
Groei van populatiecellenvolgen
Cellenautomatischtracken door videobeelden
Filmpje
Toepassing
4. Uitdagingen
Wisselendekwaliteitbeelden
Robuustheid
Geen replica bestaandetoepassingen
Gebruik van info verschillende frames voorsegmentatie
5. Algoritme/tests: Software
Matlab
Fiji
Cellprofiler
6. Algoritme/tests: Algoritme
Detectie
Beschrijving
Tracking
Correctie
7. Algoritme/tests: Detectie
Uitdagingen
Beeldkwaliteit
Overlap
Achtergrond
8. Algoritme/tests: Detectie
Preprocessing: wisselendekwaliteit/achtergrondtegengaan
Bilateral
Normalisatie
Detectiemogelijkheden
Regio:
Morfologie
Threshold
Watersheds/Floodfill
Level set snakes
Edge:
Canny
Flexible hough
Wavelet
Cellenonderscheiden: tegen overlap
Distance maps/Skeletonisation
Gebruik van data verschillende frames
9. Algoritme/tests: Detectietests
Thresholding
Probleem: histogram
Probleem: valse features
Oplossing: achtergrondwegwerken
Rolling ball algoritme
Gray scale morphology
10. Algoritme/tests: Detectietests
Bilateral filter
Achtergrond/cellen smoothen met respect voor rand
Grayscale morphology
Donkereobjectenzoeken
Kleinereobjectenelimineren
Minder valse features
Achtergrondelimineren
Histogram meerbruikbaar
Floodfill
http://kenneththesis.wordpress.com/2010/12/22/preprocessing-thresholding1/
11. Algoritme/tests: Detectietests
12. Algoritme/tests: Beschrijving
Uitdagingen
Nietveelvariatie in 1 cel
Omgevingverandert constant
Beschrijving
Omgeving met SIFT-achtig
Celzelf, distributie, breedte, lengte, hoek..
Positietovpopulatie (relatief)
Lengte
13. Algoritme/tests: Tracking
Uitdagingen
Verschuivendebeelden
Detectienognietzeker 100% correct
Meerderepopulaties
Tracking
Alignment op achtergrond
Correctie
Kennis van gedeeldecellengebruiken in andere frame
Geenbeslissing op algoritme
14. Implementatie
C++ met openMP
Qt
openCL?
15. Implementatie: Tools
Fast Bilateral filter (bestaande code)
Morfologie op deel van afbeelding
Normalisatie
Threshold: iso-data
Distance maps
Skeletons
Region Growing
Region merging
->Vormanalyseren
16. Implementatie: Tools
Fast Bilateral filter (bestaande code)
Morfologie op deel van afbeelding
Normalisatie
17. Implementatie: Tools
Threshold: iso-data
Distance maps
18. Implementatie: Tools
Threshold op distance
Region growing
19. Implementatie: Tools
Distance per cel
skeleton
20. Implementatie: Tools
Distance per cel
skeleton
21. Implementatie: Tools
Growing
22. Implementatie: Tools
Per celanalyse (omrekeingtehouden met variatie per afbeelding)
Windowed
Hoek
Breedte
Lengte
..
23. Implementatie: herbruikbaarheid
Weinigafhankelijkheden van klasses
Templates
Documentatie : file://localhost/C:/Users/Kenneth/Desktop/master/html/index.html
24. Tekst
Abstract
Inleiding
situering
doel
Theorie: zonder in te gaan op het probleem zelf de theorie(waaronder literatuurstudie dus) overlopen
Image processing
Detectie/beschrijving/tracking
Enkele bestaande (deel-)oplossingen
Algoritme Uit de theorie wordt een algoritme samen gesteld en verantwoord voor deze toepassing
preprocessing/detectie
Beschrijving/tracking
Implementatie
Technologie+motivering
Back-end (algoritme)
front-end (gui)
Resultaten lineages, gui, verklaring van al dan niet goede resultaten
Besluit
25. Bronnen
Bestaandetoepassingen
Implementatie/test
Detection
Description
Tracking
Tiff
Vakken
http://kenneththesis.wordpress.com/bronnen/
26. Planning
Tragerdanverwacht
2e week febr.: beschrijving
25 februari: tracking
Begin maart: correctie van gedetecteerdecellen
Eindmaart/begin april: applicatie
Half mei: tekst
27. Vragen?
kenneththesis.wordpress.com