GÖĞÜS HASTALIKLARINDA GENETİK ARAŞTIRMA Prof. Dr. Nejat Akar Ankara Üniversitesi
-
Upload
emi-melendez -
Category
Documents
-
view
68 -
download
1
description
Transcript of GÖĞÜS HASTALIKLARINDA GENETİK ARAŞTIRMA Prof. Dr. Nejat Akar Ankara Üniversitesi
GÖĞÜS HASTALIKLARINDA GENETİK ARAŞTIRMA
Prof. Dr. Nejat AkarAnkara Üniversitesi
DNA
RNA
Protein
Hücre
Doku
Organ
Genomik
Transkriptomik
Proteomik
Metabolomik
Diferansiyel Proteomik
Fonksiyonel Proteomik
Gen Dizileri, SNPs
RNA
Tüm Protein içeriği
Normal ve değişen koşulda protein farklanmaları
Protein Modifikasyonları; Protein/DNA,Protein/RNA, Protein/Ligand,Protein/Protein Etkileşimleri
Protein Fonksiyonu; Hücre, Doku, Organ, Etkileşimler
Farmakogenomik/ Farmakoproteomik
Nereden örnek alabiliriz ?
70 yaş / erkekDVT tanısıyla servise kabul edildiAilede DVT öyküsü yok
45 yaş / erkekDVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü var
40 yaş / kadınDVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü yok
Buerger hastalığı
Buergerhastalığı
Erken yaştaMI
Erken yaştaMI
70 yaş / erkekDVT tanısıyla servise kabul edildiAilede DVT öyküsü yok
45 yaş / erkekDVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü var
Faktör V 1691 AAFaktör V 1691 GA
40 yaş / kadınDVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü yok
Faktör V 1691 GG
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ
1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi?
* başka bir mutasyon* başka bir polimorfizm* başka bir protein
2. RNA’da bir değişim olabilir mi?
3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
4. Klinik açıdan önemi var mı? * tedavide farklılık yaratabilir mi?* prognozu etkiler mi?* semptomsuz bir taşıyıcıda önem taşıyor mu?
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ
1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi?
* başka bir mutasyon* başka bir polimorfizm* başka bir protein
2. RNA’da bir değişim olabilir mi?
3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
FV 1691 G-A Mutasyonunun Sıklığı
n 1691A % Sıklık OR
1
Türkler 324 29 9.0 0.0045 1
(AKAR, Thromb Haemost, 1997)
FV 1691 G-A Mutasyonunun Sıklığı
n 1691A % Sıklık OR
1
Türkler 324 29 9.0 0.0045 1
DVT 97 20/2 20.6 0.0113 2.3
(AKAR, 1997)
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ
1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi?
* başka bir gendeki mutasyon * başka bir polimorfizm* başka bir protein
2. RNA’da bir değişim olabilir mi?
3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
N FV1691G-A (%) OR PT20210G-A(%) OR İkisi (%) OR Kontrol 190 20 (10,5) 1 4 (2.1) 1 1 (0.5) 1 DVT 269 58 (21,5) 2 25 (9.2) 4.4 10 (3.7) 7
FV 1691G-A ve PT 20210 G-A BİRLİKTELİĞİ
(AKAR,Thromb Research, 2000)
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ
1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi?
* başka bir mutasyon* başka bir polimorfizm / gen içi
* başka bir protein
2. RNA’da bir değişim olabilir mi?
3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
FV A4070G polimorfizminin DVT’de etkisi
N R1R2 OR Cl R2R2 OR Cl
Kontrol 112 15 1 1 1
DVT 179 17 0.71 0.34-1.4
3 1.87 0.19-18
(AKAR,TJH, 2002)
DVT’DE FV 1691 A & FV4070 G SIKLIĞI
•Kontrol(%) 144 10.4 9.7 1 •DVT (%) 129 20.1 11.6 6
•OR 1.9 1.2 6.7
n 1691 A 4070G İkisi OR
(Akar , Am J Hematol, 1999, 2000 )
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ
1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi?
* başka bir mutasyon* başka bir polimorfizm / başka bir gen
* başka bir protein
2. RNA’da bir değişim olabilir mi?
3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
MTHFR 677 C-T
Kontrol 106 37 6 5.6 0.023 1 DVT 88 37 8 9.0 0.030 1.6
n 677T TT % Sıklık OR
(AKAR,Tromb Research, 1998)
Ankara Üniversitesi Pediatrik Moleküler Genetik
SNP array 10 K
Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü
SNP array 250K
Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ
1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi?
* başka bir mutasyon* başka bir polimorfizm* başka bir protein
2. RNA’da bir değişim olabilir mi?
3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
TM
T
TPC
PC
EPCR
EPCR
APC
APC
S VaSO4
Vi
Va
ENDOTEL
Va
Xa
Pro
sEPCRMMP
?
FVII
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ
1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi?
* başka bir mutasyon* başka bir polimorfizm* başka bir protein
2. RNA’da bir değişim olabilir mi?
3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
RNA Ekspresyonu
Transkriptom 250 K
Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü
MİKRO RNA
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ
1. Faktör V 1691 A heterozigotluğu veya homozigotluğu DVT oluşumunda önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi?
* başka bir mutasyon* başka bir polimorfizm* başka bir protein
2. RNA’da bir değişim olabilir mi?
3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
4.Tedavi takibinde farmakogenetik
Normal Birey - Hasta
Tedavi Verilmeyen Hasta - Tedavi Verilen Hasta
Tedavi-I Verilen Hasta - Tedavi-II Verilen Hasta
Tıp’da Karşılaştırmalı Proteomiks
70 yaş / erkekDVT tanısıyla servise kabul edildi
45 yaş / erkekDVT tanısıyla servise kabul edildi
Reviparin-sodium : 100 IU/kg
Faktör V 1691 AAFaktör V 1691 GA
40 yaş / kadınDVT tanısıyla servise kabul edildi Ailede DVT öyküsü yok
Faktör V 1691 GG
Matrix-Assisted Laser Desorption Ionization (MALDI) ile PROTEOMIKS
Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü
Proteomik Analiz(2D) (Plazma-pH 3-10,Sypro Ruby/HED)
Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü
Proteomik Analiz (2D)(Plazma-pH 3-10,Sypro Ruby/HED)
Ankara Üniversitesi Bioteknoloji Enstitüsü
Protein Mikroarray
70 yaş / erkekAstım tanısıyla servise kabul edildi Ailede Astım öyküsü yok
45 yaş / erkekAstım tanısıyla servise kabul edildi Ailede Astım öyküsü var
40 yaş / kadınAstım tanısıyla servise kabul edildi Ailede Astım öyküsü yok
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ
1. Astım oluşumunda genetik faktörler önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi?
* bir mutasyon* bir polimorfizm* bir protein
2. RNA’da bir değişim olabilir mi?
3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
4. Klinik açıdan önemi var mı? * tedavide farklılık yaratabilir mi?* prognozu etkiler mi?* semptomsuz bir taşıyıcıda önem taşıyor mu?
ÖNGÖRÜ / HİPOTEZ
1. Kanser oluşumunda genetik faktörler önemli mi? başka bir faktör rol oynayabilir mi?
* bir mutasyon* bir polimorfizm* bir protein
2. RNA’da bir değişim olabilir mi?
3. Proteomda bir değişim olabilir mi?
4. Klinik açıdan önemi var mı? * tedavide farklılık yaratabilir mi?* prognozu etkiler mi?* semptomsuz bir taşıyıcıda önem taşıyor mu?