EPG_clinica_2011x - Aurora.pdf
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Fasi cruciali
• Scelta della patologia da analizzare
• Scelta del campione da analizzare
• Scelta dell’approccio da utilizzare
• Scelta della tecnica da utilizzare• Scelta della tecnica da utilizzare
• Analisi statistica del dati
• Conferme con approcci indipendenti
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Patologie da analizzare
• Patologie con base genetica dimostrata
– Analisi della ricorrenza familiare
• Patologie ad ampia diffusione nella popolazione
– Necessità di campioni numerosi – Necessità di campioni numerosi
• Patologie per le quali la conoscenza delle basi
genetiche porti un beneficio
– Comprensione delle basi biologiche
– Messa a punto di nuove strategie terapeutiche
– Prevenzione
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Scelta del campione da analizzare
• Accurata valutazione clinico-strumentale
• Selezione scrupolosa dei controlli
• Sovrapponibilità dei gruppo dei pazienti e di
quello dei controlli per:quello dei controlli per:
– Sesso
– Età
– Etnia
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Scelta dell’approccio da utilizzare
• Analisi di linkage
• Studi di associazione• Studi di associazione
• Approccio del gene candidato
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• MUTAZIONE
< 1% popolazione
• POLIMORFISMO:
> 1% popolazione
Alterazioni sul DNA
Diversa è la loro frequenza!
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Mutazioni e polimorfismi
• In regioni codificanti (esoni):
– Cambio di nucleotidi:
-silente (non cambia amminoacido)
- di senso (cambia aa)- di senso (cambia aa)
-di non senso o di stop (codone per un aa diventa
codone di stop: proteina tronca)
– Inserzioni o delezioni:
-frameshift (slittamento del codice di lettura)
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Polimorfismi
• In regioni ripetute non codificanti:
– Cambio del numero di ripetizioni
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Scelta dell’approccio da utilizzare
• Analisi di linkage
• Studi di associazione• Studi di associazione
• Approccio del gene candidato
Consentono di identificare geni che si presume siano coinvolti
nell'insorgenza di diverse malattie
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Analisi di linkage
• Si basa sullo studio della trasmissione di marcatori di
DNA all’interno di famiglie in cui segrega una certa
malattia• Utili per localizzare loci di malattie monogeniche
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Analisi di linkage
Ricordando che per la II legge di Mendel due caratteri differenti sono
ereditati in modo indipendente
l’analisi di linkage parte dal presupposto che due marcatori vicini NON
segregano in modo indipendente
Analisi della co-segregazione degli alleli di diversi marcatori
all’interno di una famiglia di individui.
Limite principale: scarso potere di risoluzione
(indicano una regione contenente potenziali geni di suscettibilità ma non
consentono di localizzare tali geni)
all’interno di una famiglia di individui.
E’ possibile in questo modo costruire gruppi di marcatori la cui
probabilità di essere associati è significativamente più elevata
della probabilità di essere indipendenti
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Studi associazione “genome wide”
– Analizzano la
associazione tra
alcuni marcatori
genici e soggetti
affetti e non affetti
nella popolazione nella popolazione
indipendentemente
dalla familiarità
•Utile per lo studio di
tratti complessi
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Studi associazione “genome wide”
verificano l’esistenza di una correlazione tra alleli specifici ed una
determinata malattia in una popolazione
basandosi sulla comparazione delle frequenze alleliche di varianti geniche
polimorfiche nei pazienti e nei controlli sani (popolazione di controllo)
Genotipo positivamente associato con la malattia (o predisponente):
se presente in maniera significativamente più frequente nei malati rispetto
ai controlli
Genotipo negativamente associato con la malattia (o protettivo):
se presente in maniera significativamente più frequente nei controlli
rispetto ai pazienti
Gli studi di associazione sono più sensibili degli studi di linkage ma richiedono
l’analisi di una enorme mole di tratti di DNA oppure la conoscenza a priori di
regioni geniche candidate (implicate nella patogenesi della malattia).
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Approccio del gene candidato
• Si basa sullo studio in pazienti affetti e in popolazioni di controllo di geni la
cui funzione possa ipoteticamente essere correlata al carattere oggetto di
studio.
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Scelta della tecnica da utilizzare
• Estrazione del DNA
• Amplificazione del DNA• Amplificazione del DNA
• Sequenziamento del DNA
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Estrazione di DNA
• Varie metodiche per estrazione DNA
• Estrazione manuale: • Estrazione manuale: vari kit in commercio
(spin basket, biglie magnetiche)
• Estrattori automatici
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Reazione a catena della polimerasi (PCR)
• Mezzo rapido ed economico per ottenere grandi quantità (amplificazione) di una specifica sequenza di DNA o RNA
• Sfrutta la capacità della polimerasi di catalizzare la sintesi di acidi nucleici a partire da un filamento stampo
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Verifica prodotti di PCR mediante elettroforesi di acidi nucleici
• Migrazione di ioni o molecole sottoposte ad un campo elettrico applicato
• Permette di separare i frammenti amplificati mediante PCRmediante PCR
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Gel Documentation System
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Elettroforesi su gel
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Il concetto di variante genica
• La correlazione di un gene di suscettibilità con
una patologia non è legata alla presenza o
assenza di quel gene, ma alla presenza di
specifiche varianti di sequenzaspecifiche varianti di sequenza
• Per valutare la presenza di tali varianti, è
necessario procedere ad una lettura della
sequenza del gene, altrimenti detta
“sequenziamento genico”.
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![Page 25: EPG_clinica_2011x - Aurora.pdf](https://reader031.fdocuments.net/reader031/viewer/2022013013/55cf8d095503462b139186e1/html5/thumbnails/25.jpg)
Sequenziamento diretto del DNA
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Mutazione in eterozigosi
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Mutazione in omozigosi
![Page 28: EPG_clinica_2011x - Aurora.pdf](https://reader031.fdocuments.net/reader031/viewer/2022013013/55cf8d095503462b139186e1/html5/thumbnails/28.jpg)
Analisi statistica del dati
• Poiché nella genetica del comportamento la
componente genetica è di suscettibilità e non
deterministica, ci si deve attendere che anche
un certo numero di controlli presenti le un certo numero di controlli presenti le
varianti geniche associate alla patologia
• Le analisi statistiche servono a valutare se le
differenze riscontrate tra casi e controlli siano
significative o no.
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Conferme con approcci indipendenti
• Per valutare se una certa variante genica sia
effettivamente associata ad un disturbo del
comportamento, è necessario verificare se la
funzione svolta dal gene sia compatibile con funzione svolta dal gene sia compatibile con
una sua correlazione alla patologia.
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Studi di espressione genica
![Page 31: EPG_clinica_2011x - Aurora.pdf](https://reader031.fdocuments.net/reader031/viewer/2022013013/55cf8d095503462b139186e1/html5/thumbnails/31.jpg)
![Page 32: EPG_clinica_2011x - Aurora.pdf](https://reader031.fdocuments.net/reader031/viewer/2022013013/55cf8d095503462b139186e1/html5/thumbnails/32.jpg)
Modelling proteico
![Page 33: EPG_clinica_2011x - Aurora.pdf](https://reader031.fdocuments.net/reader031/viewer/2022013013/55cf8d095503462b139186e1/html5/thumbnails/33.jpg)
Studi su animali knock out
o transgenici
• Permettono di verificare quale fenotipo
comportamentale si associa alla eliminazione
(KO) o all’inserimento (transgene) di uno (KO) o all’inserimento (transgene) di uno
specifico gene
![Page 34: EPG_clinica_2011x - Aurora.pdf](https://reader031.fdocuments.net/reader031/viewer/2022013013/55cf8d095503462b139186e1/html5/thumbnails/34.jpg)
![Page 35: EPG_clinica_2011x - Aurora.pdf](https://reader031.fdocuments.net/reader031/viewer/2022013013/55cf8d095503462b139186e1/html5/thumbnails/35.jpg)
![Page 36: EPG_clinica_2011x - Aurora.pdf](https://reader031.fdocuments.net/reader031/viewer/2022013013/55cf8d095503462b139186e1/html5/thumbnails/36.jpg)