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Dynamique Moléculaire Classique
Bernard RousseauLaboratoire de Chimie-Physique, Université Paris-Sud, Orsay
« Modélisation, dynamique et thermodynamique des agrégats et molécules complexes », Porquerolles, 22-27 mai 2005
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Quelques ouvrages de référence
1. Computer Simulation of Liquids, M.P. Allen D.J. Tildesley
2. Understanding Molecular Simulation, Daan Frenkel ,B. Smit
3. Molecular Dynamics Simulation, J. M. Haile
4. Molecular Modelling: Principles and Applications, Andrew Leach
5. The Art of Molecular Dynamics Simulation, D. C. Rapaport
6. Theory of Simple Liquids, J-P Hansen, I.R. McDonald
7. Basic Concepts for Simple and Complex Liquids, J-L Barrat, J-P Hansen
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Simulation de la dynamique moléculaire classique
Définition : méthode permettant de calculer les propriétés d’équilibre (P, T, ...) et les propriétés de transport (D, , ...) d’un système constitué de N particules.
• Réalisation moderne (et plus modeste) d’un vieux rêve des sciences, issu du déterminisme classique :
« Une intelligence qui connaîtrait à un instant donné l’ensemble des positions et des vitesses de toutes les particules de l’Univers et les forces qui régissent leurs mouvements, pourrait en déterminer le futur et retrouver le passé... »
Pierre Simon de Laplace
Hypothèse : le mouvement des particules considérées obéit aux lois de la mécanique classique (valide pour la plupart des systèmes, sauf He, H2, D2 si h > kBT).
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Dynamique Moléculaire : principes
• Modèle pour les particules• atome, qq atomes, molécule• nature des interactions
• Modèle pour l’environnement• isolé/périodique, ouvert/fermé, homogène/interface• Energie, température, pression cste• Hors-équilibre
• Trajectoire pour chaque particule
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• « Mesurer » des quantités observables
• lien entre observable et {rN, vN} : mécanique statistique
• Equipartition de l’énergie :
• Température « instantannée »
• Moyenne temporelle (hyp. ergodicité)
• Propriétés dynamiques : corrélations
Dynamique Moléculaire : principes
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Modélisation moléculaire - Motivations
SYSTÈMERÉEL
SYSTÈMEMODÈLE
prédictionsthéoriques
résultatsexpérimentaux
test desthéories
comparaison comparaison
constructionde modèles
Expérimentation Simulation Théorie
test desmodèles
résultats exactspour le modèle
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Equations du mouvement
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Trajectoire : résoudre les équations du mouvt de Newton
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Formalisme de Lagrange
Lagrangien
Equationsdu mouvement
• Système atomique, coordonnées cartésiennes
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Formalisme de Hamilton
• Hamiltonien
• Equationsdu mouvement
• Système atomique, coordonnées cartésiennes
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Intégration des équations du mouvement
d2ri(t)dt 2
= f i(t)m i
=
f ij(t)j° i
m i
intégration analytique impossible pour n ≥ 3 (problème à 3 corps ...)
Intégration par pas, méthode des « différences finies »
ri(t)
ri(t+∆t)
ri(t+2∆t)
v∆t << dimensions particule
r(t)
v(t)
a(t)
r(t+∆t)
v(t+∆t)
a(t+∆t)
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Algorithme de Verlet
r(t+² t) = r(t) + ² t v(t) + ² t 2
2 a(t) +
² t 3
6 b(t) + (t 4)
r(t-² t) = r(t) - ² t v(t) + ² t 2
2 a(t) -
² t 3
6 b(t) + (t 4)
Développement en série de Taylor de r(t+∆t) au voisinage de t
Positions
r(t+² t) = 2r(t) - r(t-² t) + ² t 2
2 a(t) + (t 4)
Vitesses
v(t) = r(t+² t) - r(t-² t)
2² t + (t 2)
erreur en t4
erreur en t2
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Algorithme de Verlet - Version « Verlet-vitesse »
• Mise en œuvre
-> calcul des forces à t+∆t
Etape 1
Etape 2
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Algorithme de Gear (prédicteur-correcteur)
Prédiction
rp(t+² t) = r(t) + ² t v(t) + ² t 2
2 a(t) +
² t 3
6 b(t) + . . .
v p(t+² t) = v(t) + ² t a(t) + ² t 2
2 b(t) + . . .
a p(t+² t) = a(t) + ² t b(t) + . . .
b p(t+² t) = b(t) + . . .
Calcul des forces -> a(t+∆t)
Correction
² a = a(t+² t) - a p(t+² t)
rc(t+² t) = rp(t+² t) + C1 ² av c(t+² t) = v p(t+² t) + C2 ² a
. . .
En MD, une seule itération suffit ...
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Sources d’erreur
2 types d ’erreur
- erreur de troncature : approximation « différence finies » - erreur d ’arrondi : implémentation de l’algorithme sur une machine particulière
pas d’intégration, ∆t
erreurglobale troncature
pour un temps desimulation donné
arrondi
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Erreurs d’arrondi
Erreurs d ’arrondi
Représentation des nombresréels => REAL*8 !!!
Options de compilation
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Erreurs de troncature
² r = 1N
ri(t) - ri0(t) 2
i=1
N
Séparation de 2 trajectoires
- perturbations initiales : 10-3, 10-6 et 10-9 s
Sensibilité aux Conditions Initiales
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Quel algorithme choisir ? Simplicité et consommation
Verlet :
- r(t), r(t-∆t), a(t) => 3 « mots » / particule / deg. de liberté - 2 additions, 1 multiplication
Gear (éq. diff. 1er ordre) :
- r(t), v(t), a(t), b(t), F(t) => 5 « mots » / particule /degré de liberté - 10 additions, 10 multiplications
Verlet, 106 particules : 3*8 * 3 * 1000000 ≈ 72 Mo
calcul des forces ≈ 90% du temps de calcul
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Quel algorithme choisir ? Conservation de l’énergie
• Gear : meilleure conservation à temps court
• Verlet : faible dérive d’énergie à temps long
• Gear : toutes les coordonnées au même instant, mais pas time-reversible...
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De l’atome à la molécule
Modèles moléculaires
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• Particules interagissant via des forces
- inter-moléculaires
- intra-moléculaires
De l’atome à la molécule
QuickTime™ et undécompresseur TIFF (non compressé)
sont requis pour visionner cette image.
Représenter les degrés de liberté interne : flexibilité moléculaire
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Potentiels intra-moléculaires
Vélong.= 12
ke d-d02
Vpliage= 12
k -02
Vtorsion= ai cos ii
pliage
élongation
torsion
interactions « non-liées »
• Interactions non-liées : dispersion-répulsion, au-delà de 4 atomes
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Potentiels intra-moléculaires
Vélong.= 12
ke d-d02
Vpliage= 12
k -02
Vtorsion= ai cos ii
• Flexibilité
mouvements rapides (élongation) => ∆t petit
mouvements de faible amplitude (par rapport dimensions moléculaires) => découplés de la dynamique
Molécule rigideContraintes géométriques(gel degrés liberté)
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Méthode des contraintes
• Objectif : maintenir les distances entre particules constantes au cours de la dynamique
1
2
3
• Méthode : contraintes holonomiques
-
- bille sur sphère :
- si gravité : non-holonomiques !
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Méthode des contraintes
• Modifier les équations du mouvement par addition d’une force « de contrainte :
• Contraintes et forces de contrainte :
-
-
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Méthode des contraintes - Molécule diatomique
• Une contrainte, , un seul multiplicateur 1
Note :
• Equation pour la contrainte
soit
• Equations du mouvement
• Solution pour
(Moriss & Evans)
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Méthode des contraintes
• Méthode directe :
- cas général => inversion matrice (nc x nc)
- problème de « dérive » des longueurs de liaison (la résolution des équations du mouvement est approximative) => fonction de correction
• Méthode : SHAKE/RATTLE : Ryckaert et al. (1977)
- résolution iterative où les contraintes sont satisfaites explicitement à chaque pas de calcul.
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Méthode des contraintes - SHAKE
• Molécule tri-atomique, algorithme de Verlet
(1)
(2)
• Eq. (1) et (2) au carré, négligeant les termes en 2, et en utilisant lesrelations :
on obtient 2 équations linéaires pour 2 contraintes...
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Méthode des contraintes - SHAKE
• SHAKE : les contraintes sont traitées successivement et itérativement
- contrainte 1-2 :
Soit :
• Convergence lorsque toutes les contraintes sont inférieures à 10-6 / 10-8
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DM de molécules « rigides »
Molécules rigides
- gel des degrés de liberté interne si les tvib << ∆t => gain de temps (benzène, xylènes, CO2, ...)
Séparation de la dynamique : translation CM + rotation
Translation Rotation
Orientation : angles d ’Euler, quaternions
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DM de molécules « rigides » - Angles d’Euler
=
- sin cos
sin
cos cos
sin1
cos sin 0
sin
sin-
cos
sin0
x
y
z
singularité pour = 0,
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DM de molécules « rigides » - Quaternions
, , q(q0, q1, q2, q3)q0 = cos /2 cos(+)/2
q1 = sin /2 cos(-)/2
q2 = sin /2 sin(-)/2
q3 = cos /2 sin(+)/2
q0q1q2q3
= 12
q0q1
-q1q0
q2q3
q3-q2
-q2-q3
-q3q2
q0q1
-q1q0
0x
y
zEq. diff. 1er ordre
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Modéliser l’environnement
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Conditions de simulation
• Milieu homogène
- 10000 atomes- 50-150 Å- 1 à 100 ns- corps purs oumélanges
• Agrégat dans le vide
• Interface explicite (LV, SL)
Différents ensembles statistiques
{NVT}, {NPT}, {µVT}, ...
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Ensembles statistiques
Dynamique Newtonienne : ensemble {NVE}
Autres ensembles : {NVT}, {NPT}
- méthodes « stochastiques » : la distribution des vitesses est périodiquement échantillonnée dans une distribution de Maxwell-Boltzmann. Les équations du mouvement sont inchangées. - méthodes « homothétiques » (Berendsen) : les vitesses ou les positions sont modifiées pour introduire un changement de température ou de volume. Les équations du mouvement sont inchangées.
- méthodes « étendues » (Nosé, Hoover, Andersen) : le système est en « équilibre » avec un thermostat ou un barostat fictif. Le nombre de degrés de liberté du système change. Les équations du mouvement sont modifiées.
- méthode de Gauss (Evans, Morris): on utilise le principe de Gauss pour contraindre une variable thermodynamique
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Dynamique à température constante
• Modifier ou maintenir la température du système
• « Recalage » des vitesses
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Dynamique à température constante
• Couplage avec un bain thermique - Berendsen
Tbain
- décroissance exp. controlée par
≈ 1 ps)
- variation de températureà chaque pas
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Dynamique à température constante
• Bain thermique de Berendsen
• Méthode stochastique (Andersen)
- une particule est choisie aléatoirement à intervalles réguliers
- sa vitesse est ré-attribuée dans une distribution Gaussienne
- chaque changement de vitesse correspond à « une collision » avec un bain fictif...
- trajectoire discontinue...
- fluctuations de température ( ≠ recalage)
- maintien des différences de température entre les différentsconstituants du système (solvent chaud/soluté froid)
- ne génère pas rigoureusement {NVT}
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Dynamique à température constante - Méthode « étendue »
• Système étendu (Nosé-Hoover)
- le bain thermique est représenté par un degré de liberté supplémentaire :
- énergie potentielle :
- énergie cinétique :
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Dynamique à température constante - Méthode « étendue »
• Influence de la « masse fictive » Q (argon supercritique)
![Page 41: Dynamique Moléculaire Classique Bernard Rousseau Laboratoire de Chimie-Physique, Université Paris-Sud, Orsay « Modélisation, dynamique et thermodynamique.](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022081507/551d9d8e497959293b8c3e2c/html5/thumbnails/41.jpg)
Mise en œuvre
Configuration initiale
- définir {ri(t), vi(t)} + ai(t), ...
espace des phases
algorithme d ’intégration
Positions initiales
- aléatoire -> recouvrement
- réseau cristallin : molécules anisotropes
- gaz faible densité + compression
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Mise en œuvre
Vitesses initiales
(vi) = m i2kBT
1/2exp - 12
m ivi2 /kBT
- distribution uniforme [-va,va]
- distribution Maxwell-Boltzmann
- annuler le moment total
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Stabilisation
Butane : compression isotherme (510 K) de
![Page 44: Dynamique Moléculaire Classique Bernard Rousseau Laboratoire de Chimie-Physique, Université Paris-Sud, Orsay « Modélisation, dynamique et thermodynamique.](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022081507/551d9d8e497959293b8c3e2c/html5/thumbnails/44.jpg)
Stabilisation
Butane : compression isotherme (510 K) de
![Page 45: Dynamique Moléculaire Classique Bernard Rousseau Laboratoire de Chimie-Physique, Université Paris-Sud, Orsay « Modélisation, dynamique et thermodynamique.](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022081507/551d9d8e497959293b8c3e2c/html5/thumbnails/45.jpg)
Mise en œuvre
Conservation de l’énergie ...
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Mise en œuvre
Visualisation
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Temps de calcul (estimation)
Optimisation et réduction du temps de calcul
Algorithmique
F B = ncf
(ncf - 1)
2
1 force ≈ 100 opérations élémentaires
- ncf = 1000 => FB = 0,5 106 par cycle
- RISC ≈ 50 MFlops => 1 ns / heure
Evolution des ordinateursDiminution du temps
de calcul
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rc
rl
Algorithmique - Listes de voisins (Verlet)
FB = ncf
(ncf - 1)
2
TB = ncf
(ncf - 1)
2
FV = ncf
(nrc - 1)
2
TL = ncf
(nl - 1)
2
TV = f TB + 1 - f TL
Calcul « brutal »
Avec liste de Verlet
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rc
Algorithmique - Méthode des cellules
FC = FV
FCL = FV
TCL = f TC + 1 - f TL
TC = ncell
npc npc
- 12
+ D npc2
D = 1,4,13
Calcul avec cellules
Calcul avec cellules + liste
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Algorithmique - Calcul des forces
N
Nombre de forces
FB
FRC
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Algorithmique - Nombre de tests
TC
TCL
TL
TL
TC
TCL
N N
N < 1000 N < 10000
![Page 52: Dynamique Moléculaire Classique Bernard Rousseau Laboratoire de Chimie-Physique, Université Paris-Sud, Orsay « Modélisation, dynamique et thermodynamique.](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022081507/551d9d8e497959293b8c3e2c/html5/thumbnails/52.jpg)
Transport et thermodynamique irréversible
Processus hors-équilibre
J iXii
Relations flux-force
Ji LijX jj
Relations « constitutives »
Pxy ux
y
Jqx Tx
J1 Dx1 DTT
TDT
D
Tx(1 x)
xT
J10
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Kubo (1957) : les coefficients de transport peuvent être calculés à partir des fluctuations à l ’équilibre des flux correspondants
Formalisme de Green-Kubo
tous les coefficients en 1 simulation
rapport S/B faible
passage Lij <-> Navier-Stokes
V
kBT Pxy (t)Pxy (0)
0
dt
Lij V
kBT Ji (t)J j (0)
0
dt
P 1V
pxi pyi
mi
rxi Fyii
i
![Page 54: Dynamique Moléculaire Classique Bernard Rousseau Laboratoire de Chimie-Physique, Université Paris-Sud, Orsay « Modélisation, dynamique et thermodynamique.](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022081507/551d9d8e497959293b8c3e2c/html5/thumbnails/54.jpg)
Hors équilibre « non-homogène »
T
x rapport S/B élevé coefficients Navier-Stokes
1 coefficient par simulation effets de bord atteinte de l ’état stationnaire équilibre local
Jqx Ec
2hAyz
Jqx
T
Jqx
Ec
Ec
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Hors équilibre « homogène »
Ý q i p imi
C i Fe(t)
Ý p i
F i Di Fe(t)
Ho
p i
2
2mi
U(q )
i
Ý H o Ý p i
p i
mi
Ý q i F i
i C i
F i -Di
p imi
i Fe (t)
J Fe (t)
B(t) B(0) eq 1
kBT B(t s)J(0) eq Fe(s)ds
0
t
Théorie de la réponse linéaire
LBJ
LBJ Fe 0lim
t lim
B(t) neq
Fe
Equations du mouvement
Flux dissipatif
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Conductivité thermique
Mélangepentane-décane
• T = 300 K • P = 1 Mpa
0,12
0,13
0,14
0,15
0 0,25 0,5 0,75 1
AssaelHeX - AUA 4
[W
/m/s
]
xpentane
![Page 57: Dynamique Moléculaire Classique Bernard Rousseau Laboratoire de Chimie-Physique, Université Paris-Sud, Orsay « Modélisation, dynamique et thermodynamique.](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022081507/551d9d8e497959293b8c3e2c/html5/thumbnails/57.jpg)
0,01
0,02
0,03
0,04
0,05
0 200 400 600 800
T = 339 KExpériencesSimulations
[m
Pa.
s]
P [bar]
Viscosité - Mélange 7 constituants
![Page 58: Dynamique Moléculaire Classique Bernard Rousseau Laboratoire de Chimie-Physique, Université Paris-Sud, Orsay « Modélisation, dynamique et thermodynamique.](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022081507/551d9d8e497959293b8c3e2c/html5/thumbnails/58.jpg)
Thermodiffusion - Mélange binaire eau-alcool