Detecteren en tracken van bacteriële cellen in time lapse
Click here to load reader
-
Upload
kenneth-devloo -
Category
Technology
-
view
248 -
download
1
Transcript of Detecteren en tracken van bacteriële cellen in time lapse
![Page 1: Detecteren en tracken van bacteriële cellen in time lapse](https://reader038.fdocuments.net/reader038/viewer/2022100606/55a1d8941a28ab040b8b459e/html5/thumbnails/1.jpg)
Kenneth Devloo
Promotors:
Philip Dutré
Abram Aertsen
Detecteren en tracken van bacteriële
cellen in time-lapse opnames:
statusupdate
![Page 2: Detecteren en tracken van bacteriële cellen in time lapse](https://reader038.fdocuments.net/reader038/viewer/2022100606/55a1d8941a28ab040b8b459e/html5/thumbnails/2.jpg)
Detectie
Tracking/Correctie
Gui
Tekst
![Page 3: Detecteren en tracken van bacteriële cellen in time lapse](https://reader038.fdocuments.net/reader038/viewer/2022100606/55a1d8941a28ab040b8b459e/html5/thumbnails/3.jpg)
Detectie
Af
Parameters: breedte,mask, aantal iteraties,…
Finetuning
>Erosie om beter onderscheid tussen cellen te
maken
>Splitsen op basis van breedte
![Page 4: Detecteren en tracken van bacteriële cellen in time lapse](https://reader038.fdocuments.net/reader038/viewer/2022100606/55a1d8941a28ab040b8b459e/html5/thumbnails/4.jpg)
Tracking/correctie Af
Algoritme om te splitsen cellen te vinden vernieuwd
Algoritme om cellen te splitsen vernieuwd
Parameters: Percentages voor maximaal grootteverschil,..
Tracking
Te splitsen cellen zoeken: geen, samengesmolten cellen, foutetoekenning, beide,..
Te splitsen cellen splitsen: geen, split, threshold, beide
Scorecorrectie: geen, overlap
Finetuning
>Exacter splitsen in 2e geval
Globaal tracking
![Page 5: Detecteren en tracken van bacteriële cellen in time lapse](https://reader038.fdocuments.net/reader038/viewer/2022100606/55a1d8941a28ab040b8b459e/html5/thumbnails/5.jpg)
GUI
Qt voor gui zelf ->nog geen koppeling
Graphviz om resultaten te maken->werkt
Extra:
>Optie voor low memory
grafiek zelf klikbaar maken
![Page 6: Detecteren en tracken van bacteriële cellen in time lapse](https://reader038.fdocuments.net/reader038/viewer/2022100606/55a1d8941a28ab040b8b459e/html5/thumbnails/6.jpg)
Tekst Abstract, …
Inleiding: situering, uitleg, bijdragen
Theorie: fast bilateral filter, Grayscale –morphology, threshold, (flexible) hough, edge detection, rolling ball algoritme, distance, skeletons, descriptors, tracking -> volgende week zondag
Algoritme: bestaande applicaties, detectie(flow chart), beschrijving, tracking
Implementatie: technologie, structuur, beperkingen, gui
Resultaat: is implementatie zelf een resultaat?, lineages, detectie-resultaten
Toekomstig werk en kritische analyse:detectie, tracking, appl.
Besluit
![Page 7: Detecteren en tracken van bacteriële cellen in time lapse](https://reader038.fdocuments.net/reader038/viewer/2022100606/55a1d8941a28ab040b8b459e/html5/thumbnails/7.jpg)
Planning
17j: theorie, gui, finetuning
24j: algoritme, eerste resultaten voor
31j: implementatie, resultaten
7a: besluit, abstract, paper, poster…