ChemDraw(ChemOffice) Professionalの使い方に 関...
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11 © 2009 PerkinElmer© 2009 PerkinElmer© 2009 PerkinElmer© 2010 PerkinElmerPerkinElmer Confidential
分子科学部門_糖鎖化学研究室
松尾一郎
ChemDraw (ChemOffice) Professionalの使い方に
関する講習会
初級編
2018年4月
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22 PerkinElmer Confidential
アジェンダ ChemDraw編
NMRスペクトルの予測
OH
ON
O
NN
NHN
O
O
OH
OH
O
O
OH
OH
+OH2SO4
H3BO3
R e a c t a n t s P r o d u c t sFormulaMWLimiting?EquivalentsSample Mass%WeightMolarityDensityVolumeReactant MolesReactant Mass
FormulaMWEquivalents%CompletionExpected MassExpected MolesMeasured MassPurityProduct MassProduct Moles%Yield
C8H4O3148.12Yes
10.00g
67.51mmol
10.00g
C6H6O2110.11No
7.43g
67.51mmol
7.43g
H2O4S98.07No
6.62g
67.51mmol
6.62g
BH3O361.83No
4.17g
67.51mmol
4.17g
C14H8O4240.21
16.22g
67.51mmol
12.00g
87.00%
10.44g
43.46mmol
64.37%
構造式作図のTips
物性推算
反応式作図のTipsと量論表
SciFinderへの検索
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33 PerkinElmer Confidential
ChemDraw (ChemOffice) Professionalではこのような絵が描けます
生物系の作図 BioDrawツール
TLC作図ツール
ゲル電気泳動ツール
バイオポリマーツール
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44 PerkinElmer Confidential
HO
H
H
H
Valsartan
Cholesterol
時間をかけないで書くにはどうしたら良いか?作図のTipsとHotKey
今日の目標:ChemDraw で化学構造式をかけるようになりましょう
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デスクトップ上の このようなアイコンからChemDrawを立ち上げてください
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66 PerkinElmer Confidential
結合を書く
立体の表記
アルキル鎖を簡単に書く
環状化合物
消しゴムツール
選択ツール2選択ツール1
矢印
有機化学実験のレポート作成に最低限必要なこと1(結合を描く)
文字入力
ベンゼン環
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77 PerkinElmer Confidential
結合を書く
立体の表記
アルキル鎖を簡単に書く
環状化合物
消しゴムツール
選択ツール2選択ツール1
矢印
有機化学実験のレポート作成に最低限必要なこと1(結合を描く)
文字入力
図を回転させる
????
同じ図を描く・コピーする・ペーストする
図を選択する
ベンゼン環
Structure >> Clean up structure
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88 PerkinElmer Confidential
結合を書く
立体の表記
アルキル鎖を簡単に書く
環状化合物
消しゴムツール
選択ツール2選択ツール1
矢印
有機化学実験のレポート作成に最低限必要なこと1(結合を描く)
文字入力
図を回転させる
2重結合を書く
3重結合を書く
????
????
ベンゼン環Structure >> Clean up structure
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99 PerkinElmer Confidential
結合を書く
環状化合物
ベンゼン環
消しゴムツール
選択ツール2選択ツール1
矢印
有機化学実験のレポート作成に最低限必要なこと1(結合を描く)
文字入力
文字入力水素と窒素
ベンゼン環
アルキル鎖を簡単に書く
=立体の表記
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1010 PerkinElmer Confidential
結合を書く
立体の表記
アルキル鎖を簡単に書く
環状化合物
ベンゼン環
消しゴムツール
選択ツール2選択ツール1
矢印
有機化学実験のレポート作成に最低限必要なこと2(反応を描く)
文字入力
Structure >> Clean up reaction
object >> align
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1111 PerkinElmer Confidential
課題10:生成物から反応式を書く
右の反応式を書きなさい。
<Tips> 構造式の結合
Object>Join
ベンゼン環の種類
Shift, Ctrlキーを使ってみる
O
shift Ctrl
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1212 PerkinElmer Confidential
課題5:テンプレートの利用・登録
右の分子を1つ15秒で作図しなさい。
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1313 PerkinElmer Confidential
課題5:テンプレートの利用・登録
右の分子を1つ15秒で作図しなさい。
登録されているテンプレートの使用
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1414 PerkinElmer Confidential
課題2a:Short Cut Keysの利用
キー Fileメニュー キー Viewメニュー
Ctrl+N New Document Ctrl+H Show CrosshairCtrl+O Open F11 Show RulerCtrl+W CloseCtrl+S Save キー Objectメニュー
Shift+Ctrl+S Save as Ctrl+G GroupShift+Ctrl+P Page Setup Shift+Ctrl+G UngroupCtrl+P Print Ctrl+J Join
Shift+Ctrl+H Flip Horizontalキー Editメニュー Shift+Ctrl+V Flip VerticalCtrl+Z UndoShift+Ctrl+Z Redo キー Structureメニュー
Ctrl+C Copy Shift+Ctrl+K Clean Up StructureCtrl+V Paste Shift+Ctrl+X Clean Up ReactionCtrl+X Cut Shift+Ctrl+N Convert Name to StructureDel Clear Alt+Ctrl+N Convert Structure to NameCtrl+A Select All
• Short Cut Keysを使用するとカーソルを動かすことなくキーボードからメニューの項目が選択出来ます。
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1515 PerkinElmer Confidential
課題1:分子構造の作図
右の分子を作図しなさい。 Undoボタン
Windowsと同様のショートカットキー
分子全体の選択
原子・複数原子の選択(オブジェクト)
Shiftキー
分子の回転
ある部分の色付け(ベンゼン環)
選択したオブジェクトへの色付け
色付き元素表示
ファイルの保存
ファイル名:課題1
新しいドキュメント
View>Show Periodic Table Window
Stereochemistryの表示
Object > Show Stereochemistry
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1616 PerkinElmer Confidential
課題3:分子の特性・名前
分子量(特性)の算出
View>Show Analysis Window 構造式の変化に対応
IUPAC名の算出
Structure>Convert Structure to Name 多数の構造式から一括に変換するには、
ChemDraw for Excelを利用
分配係数 LogP(物性)の予測値
View>Show Chemical Properties Window 画面出力(Paste) 詳細出力(Report)
名前から構造式の算出
Structure>Convert Name to Structure Tamiflu 多数を一括に変換するには、ChemDraw for Excelを利用
これは実測値ではなく、予測値です
Chemical Formula: C16H28N2O4Exact Mass: 312.20
Molecular Weight: 312.41m/z: 312.20 (100.0%), 313.21 (17.3%), 314.21 (1.4%)
Elemental Analysis: C, 61.51; H, 9.03; N, 8.97; O, 20.48
Boiling Point: 857.67 [K]Melting Point: 580.79 [K]Critical Temp: 918.25 [K]Critical Pres: 16.92 [Bar]
Critical Vol: 943.5 [cm3/mol]Gibbs Energy: -297.24 [kJ/mol]
Log P: 0.19MR: 85.34 [cm3/mol]Henry's Law: 13.92
Heat of Form: -846.82 [kJ/mol]tPSA: 90.65
CLogP: 2.1318CMR: 8.5864
ethyl (3R,4R,5S)-4-acetamido-5-amino-3-(pentan-3-yloxy)cyclohex-1-ene-1-carboxylate
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1717 PerkinElmer Confidential
課題4:NMRスペクトル予測
NMRスペクトルの予測しなさい。
1H/13C NMR予測
Structure>Predict …..
溶媒DMSO 300MHzの1HNMR予測
File>Preferences…
これは実測値ではなく、予測値です
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1818 PerkinElmer Confidential
ChemDraw: SciFinderとの連携(来週解説します)
ChemDrawから直接SciFinderの構造/反応検索が可能です。
検索対象の選択が必要!
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1919 PerkinElmer Confidential
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ユーザーズガイド チュートリアル(p362~379)