Catalogue des analyses BACTERIOLOGIE-MYCOLOGIE

AP-HM LBM Pôle infectiologie

18PREP1MO2D03

Rédaction : PUGGIONI Karine

Validation : GOURIET Frédérique

Approbation : CASALTA Jean Paul

Date d’application : 2015-10-05

Version : 2

Avant d'imprimer, merci de penser à l'environnement !

Catalogue des Analyses Bacteriologie - Mycologie, 1/26 18PREP1MO2D03, Version 2 Date d’impression 08/10/2015

Catalogue des analyses

Services APHM et Extérieurs

BACTERIOLOGIE-MYCOLOGIE

Institut Hospitalier Universitaire Méditerranée Infection

C.H.U. HOPITAL DE LA TIMONE 264, rue Saint Pierre

13385 MARSEILLE Cedex 5 FRANCE

Téléphone : 00 33 4 91 38 55 14 Fax : 00 33 4 91 38 55 18


RECOMMANDATIONS

La Prescription : Compléter la demande d’examen à télécharger sur l’éditique AP-HM, ou sur ordonnance libre (hors AP-HM).

Elle doit être datée et signée par un médecin et doit accompagner tout prélèvement.

Elle doit renseigner :

l’identité du patient (nom, prénom, date de naissance, sexe)

La date, l’heure et la nature du prélèvement,

les analyses à effectuer

les informations cliniques sur le patient

les coordonnées du laboratoire demandeur et/ou l’identité et l’adresse du prescripteur (envoi des résultats)

le numéro de téléphone du prescripteur pour les résultats urgents.

Le prélèvement : il doit être réalisé conformément aux règles d’asepsies, et conditionné dans un contenant approprié. L’échantillon

doit être correctement identifié.

Le transport : il est sous la responsabilité du prescripteur. L’échantillon doit être transporté selon les règles de transport des matières

infectieuses de l’OMS (http://www.who.int/csr/resources/publications/biosafety/WHO_CDS_EPR_2007_2fr.pdf) dans le délai le plus court

possible.


RECEPTION DES PRELEVEMENTS :

La réception des prélèvements s’effectue sur le Site TIMONE :

- du lundi au vendredi de 7h à 17h : réception commune 04-91-38-71-02

- de 17h à 7h et les week-ends et jours fériés : laboratoire de bactériologie 04-91-38-69-98 (ou 88)

La fréquence de réalisation des analyses :

Bactériologie – Mycologie : 7/7J , 24/24H

Dosages d’antibiotiques : une fois par semaine (jeudi)


BACTERIOLOGIE - MYCOLOGIE

infection Examen Précision

nécessaire

Nature du prélèveme

nt

Matériel prélèvement

volume minima

l à prélever (ml)

Méthode Délais de transport maximal

Conditions de

transport

Délai conservatio

n au laboratoire

APRES ANALYSE (analyse

complémentaire)

Délais rendu du résultat

codification

cotation

infection à germes anaerobies

recherche anaérobie

tissus liquide

biologique écouvillonn

ages

pot stérile ou écouvillon

avec milieu de transport

NA

culture axenique identification par

spectrométrie de masse antibiogramme

4h T°

ambiante NA

24h à 20 Jours

215 B80

infection fungique

recherche de levures

tissus liquide

biologique écouvillonn

ages

pot stérile ou écouvillon

avec milieu de transport

NA



4h T°

ambiante NA

24h à 20 Jours

252 B40

broncho-pulmonaire

Aspiration bronchique

Liquide

biologique Pot stérile NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 10 Jours

5230 B200


broncho-pulmonaire

antigène urinaire

Legionella Urine Pot stérile 1 ml

Immuno- chromatographie

4h T°

ambiante 1 j 24 h 5235 B90

broncho-pulmonaire

antigène urinaire

Pneumocoque Urine Pot stérile 1 ml

Immuno- chromatographie

4h T°

ambiante 1 j 24 h F025

BHN 100

broncho-pulmonaire

Biopsie pulmonaire

Tissus Pot stérile NA



4h T°

ambiante Définitif

24h à 20 Jours

5215 B120

broncho-pulmonaire

Brosse bronchique

Liquide




4h T°

ambiante 1 j

24h à 10 Jours

5230 B200

broncho-pulmonaire

Aspiration bronchique combi-cath

Liquide




4h T°

ambiante 1 j

24h à 10 Jours

5230 B200

broncho-pulmonaire

Sécrétions broncho-

pulmonaires et expectorations

Liquide




4h T°

ambiante 1 j

24h à 10 Jours

5210 B 150


broncho-pulmonaire

Liquide pleural

Liquide

biologique

Flacon d' hémoculture aérobie ou

anaérobie ou pédiatrique

NA



4h T°

ambiante 5 j

24h à 20 Jours

5231 B 200

broncho-pulmonaire

Liquide




4h T°

ambiante 1 an

24h à 20 Jours

5231 B 200

broncho-pulmonaire

Liquide broncho-alvéolaire

Liquide




4h T°

ambiante 1 an

24h à 10 Jours

5230 B 200

broncho-pulmonaire patient mucoviscidose

Aspiration bronchique

mucoviscidose

Liquide biologique

Pot stérile NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 10 Jours

F050 BHN 60


Brosse bronchique

mucoviscidose

Liquide biologique

Pot stérile NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 10 Jours

F 050 BHN 60


Aspiration bronchique combi-cath

mucoviscidose

Liquide




4h T°

ambiante 1 j

24h à 10 Jours

F050 BHN 60



sécrétions broncho-

pulmonaires et expectorations mucoviscidose

Liquide




4h T°

ambiante 1 j

24h à 10 Jours

F 050 BHN 60


Lavage broncho-alvéolaire

mucoviscidose

Liquide




4h T°

ambiante 1 an

24h à 10 Jours

F 050 BHN 60

brûlés Biopsie cutanée

des brulés Tissus Pot stérile NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5214 B 110

brûlés ecouvillon cutané des

brulés

Ecouvillonnage zone

concernée

Écouvillon spécifique avec milieu

de conservation

NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5215 B 120

carbapénémase

Sécrétions broncho-

pulmonaires et expectorations

Liquide biologique recherche carbapéné

mase

Pot stérile NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

F 024 BHN 160


carbapénémase

Ecouvillon pour recherche

carbapénémases

préciser le site: -nasal -rectal -oreille -aisselle -pharyngé -autre

Ecouvillonnage zone

concernée


de conservation

NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

F 024 BHN 160

carbapénémase

selles Recherche

carbapénémase Selles Pot stérile NA



4h T°

ambiante 1 mois

24h à 5 Jours

F 024 BHN 160

cardio-vasculaire

Valve cardiaque

préciser le site: -mitrale -aortique -pulmonaire -tricuspide




4h T°

ambiante Définitif

24h à 20 Jours

5216 B 150

cardio-vasculaire

Anévrisme Tissus Pot stérile NA



4h T°

ambiante 1 an

24h à 20 Jours

5215 B 120

cardio-vasculaire

Biopsie péricardique




4h T°

ambiante définitif

24h à 20 Jours

5215 B120


cardio-vasculaire

Cathéter sanguin

Matériel Pot stérile NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5216 B150

cardio-vasculaire

Prélèvement niveau scarpa

Ecouvillonnage zone

concernée


de conservation

NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5215 B 120

cardio-vasculaire

Liquide péricardique

Liquide

biologique

Flacon d'hémoculture aérobie ou anaérobie ou pédiatrique

NA



4h T°

ambiante 5 j

24h à 20 Jours

5231 B 200

cardio-vasculaire

Liquide




4h T°

ambiante définitif

24h à 20 Jours

5231 B 200

cardio-vasculaire

Chambre implantable




4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5216 B150


cardio-vasculaire

Pace Maker Matériel Pot stérile unité



4h T°

ambiante

-materiel restitué -bouillon définitif

24h à 20 Jours

5216 B 150

cardio-vasculaire

Prothèse vasculaire

Matériel Pot stérile unité



4h T°

ambiante 1 j

24h à 20 Jours

5216 B 150

cardio-vasculaire

Sonde Pacemaker

Matériel Pot stérile unité



4h T°

ambiante

-materiel restitué -bouillon définitif

24h à 20 Jours

5216 B150

cardio-vasculaire

Thrombus Tissus Pot stérile NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 20 Jours

5215 B 120

cardio-vasculaire

liquide peri-prothetique vasculaire

Liquide

biologique


NA



4h T°

ambiante 5 j

24h à 20 Jours

5215 B 120

cardio-vasculaire

Liquide




4h T°

ambiante 1 an

24h à 20 Jours

5215 B 120


cardio-vasculaire

Liquide

biologique


de conservation

NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 20 Jours

5215 B 120

contrôles et dépistage

Contrôle de stérilité des

produits cellulaires

Liquide

biologique

Flacon d' hémoculture pédiatrique

NA



4h T°

ambiante 5 j

24h à 20 Jours

F 021 BHN 85

contrôles et dépistage

Recherche de SAUR

prélèvement nasal

Ecouvillonnage zone

concernée


de conservation

NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

214 B 60

cutané Biopsie cutanée Tissus Pot stérile NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5214 B 110

cutané Biopsie escarre

ulcère

Tissus, liquide




4h T°

ambiante 1 j

24h à 20 Jours

5215 B120

cutané

plaie , ecoulement

purulent, escarre-ulcère,

prélèvement sous cutané

Ecouvillonnage zone

concernée


de conservation

NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5215 B 120


cutané phanères

cheveux dents ongles poils

Pot stérile NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5214 B 110

digestif

collection/ Abcès

hepatique

Tissus, liquide




4h T°

ambiante Définitif

24h à 20 Jours

5224

B200

digestif

liquide biologique


NA



4h T°

ambiante Définitif

24h à 20 Jours

5224

B200

digestif Biopsie

hépatique




4h T°

ambiante Définitif

24h à 5 Jours

5215 B120

digestif Recherche

d'Hélicobacter pylori

Selles,Biopsie

gastrique, duodénale, colique…

Pot stérile NA



4h T°

ambiante NA

de 5 à 20 jours

0214 b60


digestif Biopsie tube

digestif

préciser le site: - colique -duodenale - gastrique - jéjunale




4h T°

ambiante 1 j

24h à 20 Jours

5215 B120

digestif Biopsie rectale Tissus Pot stérile NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 20 Jours

5215 B120

digestif

Liquide d'ascite

Liquide

biologique


NA



4h T°

ambiante 5 j

24h à 20 Jours

5231 B 200

digestif Liquide




4h T°

ambiante 1 j

24h à 20 Jours

5231 B 200

digestif Liquide

péritonéal

Liquide biologique


NA



4h T°

ambiante 5 j

24h à 5 Jours

5231 B 200


digestif Liquide




4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5231 B 200

digestif

Liquide biliaire

Liquide




4h T°

ambiante 1 j

24h à 20 Jours

5231 B 200

digestif Liquide

biologique


NA



4h T°

ambiante 5 j

24h à20 Jours

5231 B 200

digestif Liquide de Drain

de Kher

Liquide biologique

Pot stérile NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5215 B 120

digestif Rate Tissus Pot stérile NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 20 Jours

5215 B 120

selles Clostridium

difficile

Selles ou ecouvillon

rectal

Pot stérile ou ecouvillon spécifique avec milieu de transport

NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 20 Jours

215 B80


selles Coproculture Selles ou ecouvillon

rectal

Pot stérile ou ecouvillon spécifique avec milieu de transport

NA



4h T°

ambiante 1 mois

24h à 10 Jours

5207 B180

drain

Liquide de drain préciser le

site

Liquide biologique


NA



4h T°

ambiante 5 j

24h à 20 Jours

5215 B 120

drain Liquide




4h T°

ambiante 1 j

24h à 20 Jours

5215 B 120

drain Matériel drainage

Redons, mèche, drain

Pot stérile NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5222 B 120

ganglion Ganglion Tissus Pot stérile NA



4h T°

ambiante Définitif

24h à 20Jours

5215 B 120

hémoculture Hémoculture aerobie Sang Flacon

d'hémoculture aérobie

NA



4h T°

ambiante 5 j

24h à 5 Jours

5219 B 80


hémoculture anaérobie Sang Flacon

d'hémoculture anaérobie

NA



4h T°

ambiante 5 j

24h à 20 Jours

5219 B 80

hémoculture pédiatrique Sang Flacon

d'hémoculture pédiatrique

NA



4h T°

ambiante 5 j

24h à 5 Jours

5219 B 80

hémoculture

Moelle osseuse

Tissus


NA



4h T°

ambiante 5 j

24h à 5 Jours

5215 B 120

hémoculture Tissus Pot stérile NA



4h T°

ambiante 1 an

24h à 20 Jours

5215 B 120

biopsie diverse

Biopsie divers Tissus Pot stérile NA



4h T°

ambiante 1 an

24h à 20 Jours

5215 B120


Pus / collection fermée

Pus/abcès

Liquide




4h T°

ambiante 1 an

24h à 20 Jours

5231 B 200

Pus / collection fermée

Liquide

biologique


NA



4h T°

ambiante 5 j

24h à 5 Jours

5231 B 200

liquide de ponction

Liquide de ponction

Liquide




4h T°

ambiante 1 an

24h à 20 Jours

5231 B 200

liquide de ponction

Liquide

biologique


NA



4h T°

ambiante 5 j

24h à 5 Jours

5231 B 200

indentification souche de levure

Identification levures Souches sur milieu

gélosé

Gélose selon germe

1 boite de petri

identification par spectrométrie de masse

4h T°

ambiante non conservé

24h à 5 Jours

253 B70

indentification souche aérobie

Identification de souches

extérieures

Souches sur milieu

gélosé

Gélose selon germe

1 boite de petri


antibiogramme 4h

T° ambiante

non conservé 24h à 5 Jours

214 B 60


indentification souche de levures

Identification de souches

extérieures

Souches sur milieu

gélosé

Gélose selon germe

2 boite de petri


antibiogramme 4h

T° ambiante

non conservé 24h à 20

Jours 215 B80

ANTIBIOGRAMME BACTERIE AEROBIE (SAUF MYCOPLASME

souche exterieures

Souches sur milieu

gélosé

Gélose selon germe

1 boite de petri

Antibiogramme par diffusion en milieu

gélose 4h

T° ambiante


269 B40

ANTIBIOGRAMME BACTERIE ANAEROBIE (SAUF MYCOPLASME) (ATB)

souche exterieures

Souches sur milieu

gélosé

Gélose selon germe

1 boite de petri

Antibiogramme par diffusion en milieu

gélose 4h

T° ambiante


270 B60

ANTIBIOGRAMME CHAMPIGNON (FONGIGRAMME) (ATB , FG)

souche exterieures

Souches sur milieu

gélosé

Gélose selon germe

1 boite de petri

antibiogramme par E test

4h T°


24h à 5 Jours

271 B40

CMI BACTERIE AEROBIE

souche exterieures

Souches sur milieu

gélosé

Gélose selon germe

1 boite de petri


4h T°


24h à 5 Jours

5278 B50

CMI BACTERIE ANAEROBIE

souche exterieures

Souches sur milieu

gélosé

Gélose selon germe

1 boite de petri


4h T°


24h à 5 Jours

5279 B70


CMI LEVURES

souche exterieures

Souches sur milieu

gélosé

Gélose selon germe

1 boite de petri


4h T°


24h à 5 Jours

5280 B50

CMI STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE

souche exterieures

Souches sur milieu

gélosé

Gélose selon germe

1 boite de petri


4h T°


24h à 5 Jours

5290 B50

oculaire Prélèvement

oculaire: Conjonctive

Ecouvillonnage zone

concernée


de conservation

NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5213 B 100

oculaire Prélèvement de

Cornée Biopsie Pot stérile NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 20 Jours

5218 B 150

ORL prélèvement

ORL

préciser le site: - nasal - buccal -oreille -pharynx

Ecouvillonnage zone

concernée


de conservation

NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5209 B 100

ORL prélèvement

SINUS

Ecouvillonnage SINUS


de conservation

NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 20 Jours

5209 B 100


ORL

Produit de paracentèse

Liquide

ORL Pot stérile NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 20 Jours

5231 B200

ORL Liquide

ORL


de conservation

NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5231 B200

osteo-articulaire

Biopsie synoviale




4h T°

ambiante Définitif

24h à 20 Jours

5215 B120

osteo-articulaire

Capsule articulaire

Tissus,

articulation Pot stérile NA



4h T°

ambiante Définitif

24h à 20 Jours

5215 B 120

osteo-articulaire

Liquide articulaire ou

synovial

Liquide

biologique


NA



4h T°

ambiante 5 j

24h à 20 Jours

5231 B200

osteo-articulaire

Liquide




4h T°

ambiante 1 an

24h à 20 Jours

5231 B 200


osteo-articulaire

Pus ostéo articulaire

Liquide

biologique


NA



4h T°

ambiante 5 j

24h à 20 Jours

5231 B 200

osteo-articulaire

Liquide




4h T°

ambiante 1 an

24h à 20 Jours

5231 B 200

osteo-articulaire

Matériel ( prothèse, vis, clou, etc…)

(compresses : )




4h T°

ambiante 1 j

24h à 20 Jours

5216 B150

osteo-articulaire

Biopsie osseuse, fragment articulaire

os Pot stérile NA



4h T°

ambiante Définitif

24h à 20 Jours

5215 B120

prélèvements nouveau-né

prélèvements nouveau né

préciser le site : Anus

conduit auditif

externe conjonctive

ombilic cutané narine

pharynx

Ecouvillonnage zone

concernée


de conservation

NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5225 B 150


prélèvements nouveau-né

Gastrique nouveau né

Liquide




4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5225 B 150

péri-nataux Lait maternel Liquide




4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5202 B 140

péri-nataux Liquide de ponction

amniotique

Liquide biologique

Pot stérile NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5231 B 200

péri-nataux Placenta Tissus Pot stérile NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5223 B 100

système nerveux central

Abcès cérébral Empyème cérébral

hématome cébral

Liquide




4h T°

ambiante Définitif

24h à 20 Jours

5224 B 200


Liquide

biologique

Flacon d' hémoculture aérobie ou

anaérobie ou pédiatrique

NA



4h T°

ambiante 5 J

24h à 20 Jours

5224 B 200



Biopsie cérébrale




4h T°

ambiante Définitif

24h à 20 Jours

5215 B120


LCR cytologie &

bactériologie LCR 1 tube stérile NA

cytologie par microscope optique,



4h T°

ambiante 5j

24h à 20 Jours

5231 B200

urinaires Abcès rénal Liquide




4h T°

ambiante Définitif

24h à 20 Jours

5224 B 200

urinaires Biopsie renale Tissus Pot stérile NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 20 Jours

5215 B120

urinaires ECBU

préciser : mictionelles

ou sur sonde urinaire ou

nephrostomie

Urines

Tube Vacutainer

10ml sodium Borate

10 ml



4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5201 B65

genital Mycoplasme uro-génital

Liquide biologique

ou écouvillonnage lésion

Pot stérile ou écouvillon spécifique avec milieu

de conservation

NA

culture axenique identification

phenotypique par microscopie optique

4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5253 B 40


genital Stérilet Matériel Pot stérile NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 20 Jours

5222 B 120

genital vaginal Prélèvement génital


de conservation

NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5202 B 140

genital

col utérin

Prélèvement génital


de conservation

NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5202 B 140

genital vulve Prélèvement génital


de conservation

NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5202 B 140

uro-genital prélèvement

uréthral

Prélèvement uro-génital


de conservation

NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5203 B 120


uro-genital Sperme

Liquide biologique

ou paillettes

Pot stérile NA



4h T°

ambiante 1 j

24h à 5 Jours

5205 B90

DOSAGE ACTIVITE ANTIBIOTIQUE

Analyse Examen Nature du

prélèvement Matériel

prélèvement

volume minimal à prélever

(ml)

Méthode Délais de transport maximal

Conditions de transport

Délai conservation au

laboratoire APRES

ANALYSE (analyse

complémentaire)

Délais rendu du résultat

Codification Cotation

Bactrim

Dosage commun

Trimethoprime +

Sulfamethxazole

Sérum Tube sec 500µL UHPLC -

UV 4h T° ambiante

1 mois maximum -20°C

De 24h à 1 semaine

selon jour d’arrivée

M001

BHN 120 (1 dosage)

BHN 240

(2 dosages)


Doxycycline (Vibramicine ®)

Dosage commun

Doxycycline + Hydroxychlor

oquine + Minocycline*

Sérum

Tube sec 500µL** UHPLC -

UV 4h T° ambiante

1 mois maximum -20°C

De 24h à 1 semaine

selon jour d’arrivée

M001

BHN 120 (1 dosage)

BHN 240

(2 dosages)

Hydroxychloroquine, (Plaquenil ®)

M011

Minocycline M001

* Possibilité de réaliser un seul ou plusieurs dosages, ensembles ou séparément. ** volume unique de 500µL pour 1 à 3 dosages.

Tarification :

Lettre clef « B » = 0,27 euros

Catalogue des analyses BACTERIOLOGIE-MYCOLOGIE

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