Calcul distribué pour l'imagerie médicale Sorina Pop Rafael Silva Tristan Glatard JRES11.

Calcul distribué pour l'imagerie médicale

Sorina PopRafael Silva

Tristan Glatard

JRES’11

Calcul distribué pour l'imagerie médicaleJRES’11, 22/11/2011

SommaireSommaire

• Introduction

• La plateforme

• Amélioration des performances

• Résultats

• Conclusion

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IntroductionIntroduction

• BesoinsPartage d’applications et des donnéesRessources pour le calcul et le stockage

• Applications ciblesSimulations

(images et radiothérapie)Etudes paramétriques

• Ressources distribuées et hétérogènesGrille EGI (VO biomed) : 1,5 PB de stockage et plus de150 clusters Clusters locaux

• ParallélisationBalayage de paramètresDécoupage des entrées Partitionnement du nombre d’événements en plusieurs taches indépendantes (Monte-Carlo)

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SommaireSommaire

• Introduction

• La plateforme


• Résultats

• Conclusion

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FonctionnalitésFonctionnalités

• Gestion des droits d’utilisateursAccès aux applicationsAccès aux données

• Transfert de fichiers Gestion d'espaces privés

et partagés.

• Exécution et suivi de workflows de traitement d’image

Accès à des statistiques de performance et utilisation

• Catalogue et visualisation de modèles 3D

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ExécutionExécution

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Web browser


SommaireSommaire

• Introduction

• La plateforme


• Résultats

• Conclusion

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Equilibrage de charge (I)Equilibrage de charge (I)

Parallélisation statique d'une simulation GATE. Les tâches les plus longues (échouées et re-soumises) pénalisent l'ensemble de la simulation.

Worker :Simule P/n particules

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Equilibrage de charge (II)Equilibrage de charge (II)

• Figure 2: Parallélisation dynamique d'une simulation Gate. Les temps de terminaison des tâches sont sensiblement identiques et les erreurs n'ont pas besoin de re-soumission.

Parallélisation dynamique d'une simulation Gate. Les temps de terminaison des tâches sont sensiblement identiques et les erreurs n'ont pas besoin de re-soumission.

Worker : Tant que “stop” non reçu:

Simule 1 particuleFin tant que

Master : Tant que p ≠ P p ←# particules simulées Fin tant que Stoppe tous les workers

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SommaireSommaire

• Introduction

• La plateforme


• Résultats

• Conclusion

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UtilisationUtilisation

• 70 utilisateurs enregistrésUne quinzaine d’utilisateurs réguliers

• Une dizaine d’applications en productionApplications Années CPU Nb de workflowsGATE 7.53 101Cartographie 1.08 33FIELD & Simri 0.94 117Filtrage MeanShift 0.64 25TOTAL 10.19 276

Activité des principales applicationsdu 01/01/11 au 01/09/11

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Exemples de résultatsExemples de résultats

Etude paramétrique de la perfusion hépatique

Simulation avec le logiciel GATE.

Simulation échocardiographique obtenue avec le logiciel FIELD-II

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ConclusionConclusion

• La grille comme outil quotidienDe plus en plus d’utilisateurs et d’applications

• A améliorerOrdonnancement des dernières tâchesGestion de donnéesFaciliter le portage de nouvelles applications

• Accès : https://vip.creatis.insa-lyon.frApplications existantesPortage de nouvelles applications

• Accès aux ressources de la VO biomedhttp://wiki.healthgrid.org/LSVRC:Biomed

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RemerciementsRemerciements

• Projets ANRRadiotherapy simulation: hGATE (2010-2012)Image simulation: VIP (2010-2012)

• France-Grilles

• MOTEUR2Johan Montagnat ; CNRS I3S

• Pilot jobsJakub T. Moscicki ; CERNA. Tsaregorodtsev, V. Hammar ; CPPM

• EGI supporthttps://gus.fzk.de

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