Bacheloropleiding Biologie - Universiteit Utrecht · 8.5 Studiepad GEDRAGSBIOLOGIE ... 1, voor...
217
Faculteit Bètawetenschappen Studiegids 2019 - 2020 Bacheloropleiding Biologie
Transcript of Bacheloropleiding Biologie - Universiteit Utrecht · 8.5 Studiepad GEDRAGSBIOLOGIE ... 1, voor...
Faculteit Bètawetenschappen
Studiegids 2019 - 2020
BacheloropleidingBiologie
STUDIEGIDS
Bacheloropleiding
BIOLOGIE
niveau 1, 2 en 3
Studiejaar 2019-2020
versie 6 september 2019
Het curriculum van Biologie is dynamisch en dat wil zeggen dat tussentijds
veranderingen plaats kunnen vinden. Deze veranderingen zullen altijd op diverse manieren bekend gemaakt worden waaronder in de digitale versie van deze gids.
Raadpleeg voor de meest recente informatie de online versie van deze studiegids. In iedere nieuwe versie zal aangegeven worden welke veranderingen er t.o.v. de
vorige versie zijn doorgevoerd. Scan hiervoor de QR code of ga naar
http://students.uu.nl/beta/biologie
Foto voorkant van Ivar Pel
Koningsbergergebouw
Universiteit Utrecht Departement Biologie
Studiepunt Biologie Minnaertgebouw (kamer 1.20) Leuvenlaan 4, 3584CE Utrecht
tel. 030-253 5888
2
Ten geleide
Dit is de studiegids voor het studiejaar 2019-2020 van de bacheloropleiding Biologie, Faculteit Betawetenschappen, Universiteit Utrecht.
In deze gids staan alle huishoudelijke regels met betrekking tot de opleiding. De formele Onderwijs en examenregeling (OER) staat als laatste in de gids afgedrukt. Dit is het document waar een student zich op kan beroepen.
Alle cursussen, die bij het verschijnen van deze gids bekend waren, zijn uitgebreid beschreven. Denk daarbij aan inhoud, leerdoelen, toetsing maar ook aan ingangseisen.
De cursussen zijn gerangschikt in studiepaden. De studiepaden staan uitgebreid beschreven in hoofdstuk 8
van deze gids; de PADVINDER. Hierbij wordt iedere cursus voorgesteld door een icoontje. Dit icoontje bevat veel informatie over de cursus; studiepad(en), naam, code, niveau en periode/timeslot.
Als hulpmiddel bij het maken van een planning is een programmaatje ontwikkeld dat je in staat stelt om cursussen in het rooster te plaatsen; de VAKKENVULLER. Het is te downloaden via
http://www.projects.science.uu.nl/coos/Vakkenvuller/index.html. Er zijn versies voor Linux, Mac en Windows. Download regelmatig nieuwe versies van het programma (de gegevens binnen een versie worden automatisch aangepast!).
De cursusbeschrijvingen zijn gegroepeerd per periode en dan per niveau; je zoekt eerst bijvoorbeeld
periode 3 en vindt daar de beschrijvingen van cursussen op niveau 1, 2 en 3 die in deze periode gegeven worden.
In het collegejaar 2019-2020 kunnen veranderingen in het curriculum plaatsvinden. Gebruik bij het plannen van je studie altijd de laatste (=online) versie
Overzicht veranderingen 2019-2020 (in rood aanpassingen tov van vorige versies): Algemeen
Het is vanaf dit jaar voor 1e jaars niet meer mogelijk om in periode 4 van jaar 1 niveau 2 vakken zoals de Cel, Neurobiologie of Natuurbehoud duurzaamheid en plantdiversiteit te volgen. 1. Studiepad veranderingen • De studiepaden Educatie, communicatie en management (ECM) en Biogeïnspireerde
technologie (BIT) verdwijnen. Alle cursussen, met uitzondering van Innovatie met biologie (B-B2IBM), blijven echter bestaan en worden ondergebracht onder de kop ‘Verbredende vakken’. Met deze vakken kun je je loopbaan een andere richting geven dan met de ‘traditionele’ richtingen binnen de Biologie (zie hiervoor de studiegids en/of de padvinder).
• Een aantal studiepaden hebben veranderingen ondergaan; o EN: Biologische modellering is geen kernvak meer (wel sterk aanbevolen!) o EB en OB: Evolutionaire ontwikkelingsbiologie (nieuwe cursus) is toegevoegd
2. Extra herkansingscursus Biologie van dieren (B-B1DIERHK)
In periode 1 van het collegejaar 2019-2020 wordt wederom een herkansingscursus voor Biologie van dieren gegeven in timeslot BC. De cursuscode hiervan is B-B1DIERHK (je kunt je voor deze cursus inschrijven via Osiris). Deze cursus is alleen toegankelijk voor studenten die de cursus Biologie van dieren (B-B1DIER05) niet gehaald hebben maar wel het practicum en de presentaties van die cursus met een voldoende hebben afgerond. Je volgt naast deze cursus een cursus naar keuze in timeslot AD. 3. Nieuwe cursus: P2: - Evolutionaire ontwikkelingsbiologie, niveau 3, B-B3EVON19 (2AD) P3: - Empathie interdisciplinair, niveau 3, B-B3EMP19 (3C) 4. Verdwenen cursus: P2: - Innovatie met biologie (B-B2IBM) wordt niet meer gegeven (2AD) 5. Timeslot/periode veranderingen:
P3 - Bioethiek, B-B3BETH05 gaat van 3BC naar 4BC P4: - De Cel, B-B2CEL09, gaat van 4AD naar 4BC - Natuurbehoud duurzaamheid en plantdiversiteit, B-B2NADU11, gaat van 4BC naar 4AD. - Immunobiologie, B-B3IMMB09, gaat van 4BC naar 4AD 6. Naamsveranderingen P1-P3: Academisch schrijven wordt Academische communicatie. De inhoud en code (B-B2AS17) blijven dezelfde nmaar de nieuwe naam dekt de lading beter. P2: - Internationaal natuurbeheer wordt Tropische ecologie. De inhoud blijft grotendeels dezelfde en de code ook (B-B3INB16).
Ondanks de zorg die aan de tekst in dit document is besteed kunnen er onbedoelde fouten en onzorgvuldigheden in staan. U kunt derhalve geen rechten aan de tekst in deze studiegids ontlenen. De UBV geeft een alternatieve studiegids uit. In deze gids geven studenten hun persoonlijke mening over de cursussen van niveau 2 en 3. Het departement Biologie is niet verantwoordelijk voor de inhoud van deze alternatieve gids.
3
INHOUDSOPGAVE
1.VOORWOORD .................................................................................................................. 6
2. ALGEMEEN ...................................................................................................................... 8 2.1 Onderwijs en Examenregeling (OER) en Studentenstatuut .................................................. 8 2.2 Reglement Examencommissie Undergraduate School, faculteit Bètawetenschappen ............... 8 2.3 Studenten e-mail ........................................................................................................... 8 2.4 Osiris ........................................................................................................................... 8
2.5 Blackboard .................................................................................................................... 8 2.6 Roosters ....................................................................................................................... 8 2.7 Studiepunt Biologie ........................................................................................................ 8 2.8 Studieadviseur voor de bacheloropleiding ......................................................................... 9 2.9 Facultaire klachtencoördinator ......................................................................................... 9 2.10 Kamer Biologie van de Examencommissie UGS ................................................................ 9
2.11 Opleidingsdirecteur en coördinator/manager bacheloropleiding Biologie .............................. 9 2.12 De practicumzalen........................................................................................................ 9 2.13 Gedragsregels practicumzalen ...................................................................................... 10 2.14 BioSCOPE ................................................................................................................... 10 2.15 Vrijstellingen .............................................................................................................. 10
3. HET ONDERWIJS VAN DE BACHELOROPLEIDING BIOLOGIE ................................................. 12
3.1 Doelstellingen............................................................................................................... 12 3.2 Eindtermen .................................................................................................................. 12 3.3 Onderwijs- en ExamenRegeling (OER) ............................................................................. 12 3.4 Bindend studieadvies..................................................................................................... 12 3.5 Het programma van de opleiding .................................................................................... 13 3.5.1 Major........................................................................................................................ 13 3.5.2 Profileringsruimte ....................................................................................................... 14
3.5.2.1 Cursussen buiten de opleiding Biologie ....................................................................... 14 3.5.2.2 Suggesties voor cursussen buiten Biologie .................................................................. 14 3.5.2.3 Planning voor cursussen buiten Biologie ..................................................................... 16 3.5.3 Minor ........................................................................................................................ 16 3.6 Vaardigheden ............................................................................................................... 16 3.7 Het timeslot rooster en belangrijke data .......................................................................... 16
3.8 Regels aanvullende toetsing ........................................................................................... 17
4. DE CURSUSSEN VAN DE BACHELOR OPLEIDING BIOLOGIE .................................................. 19 4.1 Cursussen op niveau 1 .................................................................................................. 19 4.1.1 Uitsluitingen niveau 1 ................................................................................................. 19 4.2 Cursussen op niveau 2 .................................................................................................. 19 4.2.1 Uitsluitingen niveau 2 ................................................................................................. 19
4.3 Cursussen van niveau 3 ................................................................................................. 19 4.3.1 Uitsluitingen niveau 3 ................................................................................................. 20 4.4 Uitsluitingen met vakken bij andere opleidingen ............................................................... 20 4.5 Jaarrooster 2019-2020 Bachelor Biologie ......................................................................... 22 4.6 Toelating tot cursussen van niveau 2 en 3 ....................................................................... 23 4.6.1 Verplichte volgorde toelating tot de cursussen ............................................................... 23 4.6.2 Het kiezen van de niveau 2 en 3 cursussen ................................................................... 23
4.7 Wat te doen als je eerste keus buiten Biologie is? ............................................................. 23 5. VOORLICHTING, AANMELDING EN PLAATSING ................................................................... 25 5.1 Voorlichting .................................................................................................................. 25 5.2 Inschrijving cursussen via OSIRIS-student ....................................................................... 25
5.3 Regels bij de aanmelding en plaatsing ............................................................................. 25
5.4 Aanmelden voor niet-biologen bij cursussen van Biologie ................................................... 26 6. MASTERPROGRAMMA’S ................................................................................................... 27 7. ARBEIDSMARKTORIËNTATIE ............................................................................................ 28 8. De PADVINDER; studiepaden in de opleiding ...................................................................... 30
8.1 Leeswijzer PADVINDER .................................................................................................. 31 8.2 Studiepad CELBIOLOGIE ................................................................................................ 32 8.3 Studiepad ECOLOGIE en NATUURBEHEER ........................................................................ 33
4
8.4 Studiepad EVOLUTIEBIOLOGIE ....................................................................................... 34
8.5 Studiepad GEDRAGSBIOLOGIE ....................................................................................... 35
8.6 Studiepad MARIENE WETENSCHAPPEN ............................................................................ 36 8.7 Studiepad MICROBIOLOGIE............................................................................................ 37 8.8 Studiepad NEUROBIOLOGIE ........................................................................................... 38 8.9 Studiepad ONTWIKKELINGSBIOLOGIE ............................................................................. 39 8.10 Studiepad PLANTENBIOLOGIE ....................................................................................... 40 8.11 Studiepad THEORETISCHE BIOLOGIE en BIOINFORMATICA .............................................. 41
8.12 Studiepad TOXICOLOGIE ............................................................................................. 42 8.13 VERBREDENDE VAKKEN ............................................................................................... 43 CURSUSBESCHRIJVINGEN PER PERIODE ............................................................................... 44 Periode 1, niveau 1 cursussen .............................................................................................. 44 EVOLUTIE & BIODIVERSITEIT .............................................................................................. 44
MOLECULAIRE BIOLOGIE..................................................................................................... 46 Periode 1, niveau 2 cursussen .............................................................................................. 48 ACADEMISCHE COMMUNICATIE ........................................................................................... 48 BIOLOGISCHE MODELLERING .............................................................................................. 50 MARIENE WETENSCHAPPEN II ............................................................................................. 52
MICROBIËLE INTERACTIES .................................................................................................. 54 ONTWIKKELINGSBIOLOGIE ................................................................................................. 56
PALEONTOLOGIE FLORA ...................................................................................................... 58 PLANTENFYSIOLOGIE .......................................................................................................... 60 Periode 1, niveau 3 cursussen .............................................................................................. 62 BIODIVERSITEIT EN LANDSCHAP ......................................................................................... 62 CELLEN EN WEEFSELS ........................................................................................................ 65 DIDACTIEK ........................................................................................................................ 67 ENDOCRINOLOGIE ............................................................................................................. 69
GEDRAGSOBSERVATIES ...................................................................................................... 72 GENOOMBIOLOGIE ............................................................................................................. 74 Periode 2, niveau 1 cursussen .............................................................................................. 76 BIOLOGIE VAN DIEREN ....................................................................................................... 76 BIOLOGIE en ECOLOGIE van PLANTEN .................................................................................. 79
Periode 2, niveau 2 cursussen .............................................................................................. 81 DE CEL .............................................................................................................................. 81
GEDRAGSBIOLOGIE ............................................................................................................ 83 METABOLISME ................................................................................................................... 86 MOLECULAIR GENETISCHE ONDERZOEKSTECHNIEKEN ........................................................... 88 ORIËNTATIE OP DE ONDERWIJSPRAKTIJK ............................................................................. 90 VOORTGEZETTE STATISTIEK EN ‘R’ ...................................................................................... 92
Periode 2, niveau 3 cursussen .............................................................................................. 94 COMPUTATIONELE BIOLOGIE ............................................................................................... 94 EVOLUTIE INTERDISCIPLINAIR ............................................................................................ 96 EVOLUTIONAIRE ONTWIKKELINGSBIOLOGIE ......................................................................... 98 GENTHERAPIE, KANKER, AIDS ........................................................................................... 100 LIGHT AND ELECTRON MICROSCOPY .................................................................................. 102 MARIENE WETENSCHAPPEN III: ‘Oceans of the Future’ ......................................................... 104
MOLECULAIRE PROKARYOTE MICROBIOLOGIE ..................................................................... 106 MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS ...................................................................... 108 PALEOENVIRONMENTS ...................................................................................................... 110 TROPISCHE ECOLOGIE ...................................................................................................... 112 WETENSCHAPPER IN BELEID ............................................................................................. 114
Periode 3, niveau 1 cursussen ............................................................................................ 116 BIOTECHNOLOGIE EN MAATSCHAPPIJ ................................................................................. 116 MARIENE WETENSCHAPPEN I ............................................................................................. 118 SYSTEEMBIOLOGIE........................................................................................................... 120 Periode 3, niveau 2 cursussen ............................................................................................ 123 ACADEMISCHE COMMUNICATIE ........................................................................................... 48 BETA IN BEDRIJF EN BELEID ............................................................................................. 123
COGNITIE EN GEDRAG ...................................................................................................... 125 DATA SCIENCE EN BIOLOGIE ............................................................................................. 127 EVOLUTIE 2 ..................................................................................................................... 129
5
WETENSCHAPS- en TECHNIEKCOMMUNICATIE ..................................................................... 132
Periode 3, niveau 3 cursussen ............................................................................................ 134
AQUATISCHE ECOLOGIE ................................................................................................... 134 EMPATHIE INTERDISCIPLINAIR .......................................................................................... 136 MOLECULAIRE EUKARYOTE MICROBIOLOGIE ....................................................................... 138 MOLECULAR CELL RESEARCH............................................................................................. 140 NATURE BASED DESIGN.................................................................................................... 142 NEURONALE AANDOENINGEN ............................................................................................ 144
ONTWIKKELINGSBIOLOGIE EN GENETICA ........................................................................... 146 PLANT DEVELOPMENT AND ENVIRONMENT .......................................................................... 148 TOXICOLOGIE .................................................................................................................. 150 WETENSCHAPPER IN ADVIES ............................................................................................. 152 WILDLIFE CONSERVATION ................................................................................................ 154
Periode 4, niveau 1 cursussen ............................................................................................ 156 ECOLOGIE ....................................................................................................................... 156 EXPERIMENT & STATISTIEK ............................................................................................... 158 GENEN en GEZONDHEID ................................................................................................... 160 Periode 4, niveau 2 cursussen ............................................................................................ 162
DE CEL .............................................................................................................................. 81 DIERFYSIOLOGIE ............................................................................................................. 162
NATUURBEHOUD, DUURZAAMHEID EN PLANTENDIVERSITEIT ................................................ 164 NEUROBIOLOGIE .............................................................................................................. 166 Periode 4, niveau 3 cursussen ............................................................................................ 168 BIO-ETHIEK ..................................................................................................................... 168 BIOINFORMATICS and GENOMICS ...................................................................................... 170 BIOLOGIE van de ‘BIOBASED’ ECONOMIE ........................................................................... 172 EVOLUTIE 3; co-evolutie in theorie en praktijk ..................................................................... 174
FOOD FORWARD: innovations that help feed the world ......................................................... 176 GESCHIEDENIS EN WIJSBEGEERTE VAN DE BIOLOGIE ......................................................... 178 IMMUNOBIOLOGIE ........................................................................................................... 180 MICROBIËLE ECOLOGIE .................................................................................................... 182 SOCIO-ECOLOGIE ............................................................................................................ 185
Alle perioden, niveau 3 cursussen ....................................................................................... 187 BACHELOR ONDERZOEKSSCRIPTIE .................................................................................... 187
BACHELOR ONDERZOEKSTAGE .......................................................................................... 189 Biologie in het werkveld niveau 2 cursussen ........................................................................ 191 BIOLOGIE IN HET WERKVELD ............................................................................................ 191
Onderwijs- en examenregeling ........................................................................................... 193
6
1.VOORWOORD Deze gids beschrijft het onderwijsprogramma en de vakken van de bacheloropleiding
Biologie. De opleiding biedt je zeer veel keuzevrijheid en er is veel aandacht voor vakspecifieke en academische vaardigheden.
In het eerste jaar van de bacheloropleiding Biologie maak je kennis met deelgebieden van de biologie. In de daaropvolgende jaren ga je jezelf meer verdiepen in bepaalde specialisaties binnen de biologie.
Het onderwijs op niveau 1 heeft een inleidend karakter en biedt je de mogelijkheid je te oriënteren op de breedte van de biologie en de beschikbare studiepaden die je kunt gaan volgen. Een studiepad is een samenhangend pakket van cursussen in een
bepaalde richting van de biologie. Uitgebreide informatie over alle studiepaden is te vinden in hoofdstuk 8 van dit document; de PADVINDER. Een behaalde cursus op niveau 1, of aantoonbare kennis van hetzelfde niveau, zijn
vaak een voorwaarde om een cursus op niveau 2 te kunnen volgen. Het onderwijs op niveau 2 is verdiepend van aard en geeft je de gelegenheid om je verder te oriënteren op een biologische richting waarin je je wilt specialiseren. Behalve een oriënterende
functie heeft het niveau 2 onderwijs nog twee andere doelstellingen. Tijdens deze cursussen maak je kennis, meer dan bij niveau 1, met de onderzoekscyclus en wetenschappelijke integriteit. Daarnaast bekwaam je je verder in een aantal
(academische en vakspecifieke) vaardigheden voor het vervolg van je studie en daarna. Voor het volgen van cursussen op gevorderd niveau (niveau 3) worden veelal behaalde niveau 2 cursussen als verplichte ingangseis gesteld. Welke ingangseisen
gesteld worden voor een cursus kun je vinden in de cursusbeschrijvingen, in de studiepad beschrijvingen en de PADVINDER. De cursusbeschrijvingen in deze gids vind je ook op het web in de universitaire onderwijscatalogus. Deze onderwijscatalogus kun
je bereiken via OSIRIS-student als je als student ingeschreven bent bij de Universiteit Utrecht of op www.uu.nl/onderwijscatalogus.
Binnen de opleiding Biologie zijn eisen gesteld aan de samenstelling van het cursuspakket. Je moet een aantal onderdelen verplicht volgen, 6 cursussen op niveau
1, voor studenten vanaf september 2017 een schrijfcursus op niveau 2 en je sluit je opleiding af met de Bachelor onderzoeksscriptie en –stage (samen 15 EC1, verplicht voor studenten vanaf studiejaar 2016-17).
De studiepaden die je volgt vergemakkelijken het kiezen van een samenhangend pakket van cursussen. Je kiest meerdere studiepaden, maar binnen de major moeten tenminste 6 cursussen op niveau 3 worden afgerond. De studiepaden bereiden tevens
voor op mogelijke masterprogramma’s. Wil je echter een specifieke master gaan volgen, in of buiten Utrecht, informeer dan tijdig naar de ingangseisen. Een deel van je opleiding (25% = 45 EC) mag je besteden aan cursussen bij andere opleidingen.
Dit noemen we de profileringsruimte (zie verder hoofdstuk 3.5).
De opleiding kent een bindend studie advies (BSA). Dat houdt in dat studenten in het eerste jaar minimaal 45 EC (van de 60) behaald moeten hebben om een positief BSA te krijgen. Bij minder dan 45 EC krijgt de student een negatief BSA, hetgeen inhoudt
1 Een EC-studiepunt, afgekort als EC, is 28 uur studie (ECTS is de afkorting van European Credit
Transfer System).
7
dat de student voor 4 jaar uitgesloten wordt van de opleiding. Zie verder paragraaf
2.15 in deze gids over vrijstellingen. Bij de inhoud van en het bewaken van de kwaliteit van de opleiding onderhoudt de
opleiding nauwe contacten met de Opleidings Advies Raad (OAR), Opleidings Advies Commissie-Biologie (OAC-B), Kamer Biologie van de Examencommissie Undergraduate School, het student bestuurslid en de vice-Voorzitter van de Utrechtse
Biologen Vereniging (commisaris Onderwijs). De deelname van studenten binnen deze gremia is van groot belang en wordt door de opleiding sterk gewaardeerd.
8
2. ALGEMEEN 2.1 Onderwijs en Examenregeling (OER) en Studentenstatuut
De doelstellingen van de opleiding, de examens, de reglementen, inschrijvingen en de
organisatie van het departement Biologie staan in de Onderwijs- en Examen Regeling
(OER). De OER bestaat uit een algemeen deel dat geldt voor alle bachelor opleidingen
van de Undergraduate School van de faculteit Bètawetenschappen en een Biologie-
specifieke bijlage. Deze bevat de formele beschrijving van de opleiding. De OER kun je
vinden via http://students.uu.nl/beta/biologie, onder ‘regelingen en procedures’ en
aan het einde van deze gids. De overige zaken van belang staan in het
Studentenstatuut van de Universiteit Utrecht (UU) en de Code of Conduct
http://students.uu.nl/praktische-zaken/regelingen-en-procedures/oer-en-
studentenstatuut. In het Studentenstatuut vind je informatie over de Universitaire
voorzieningen. OER en Studentenstatuut worden elk studiejaar herzien. 2.2 Reglement Examencommissie Undergraduate School, faculteit
Bètawetenschappen Dit reglement is opgesteld door de Examencommissie van de Undergraduate School van de faculteit Bètawetenschappen en beschrijft de regels en richtlijnen die van
toepassing zijn op toetsen en examens. Dit document is te vinden via http://students.uu.nl/beta/biologie/praktische-zaken/regelingen-en-procedures.
2.3 Studenten e-mail
Je krijgt van de Universiteit een e-mail adres. Je krijgt hierover per email bericht. Je
studentenmail is een officieel communicatiekanaal en heeft dezelfde status als een
brief: check je e-mail dus regelmatig!
2.4 Osiris
Het studievoortgangssysteem van de Universiteit Utrecht heet OSIRIS en is te
raadplegen via OSIRIS-student:
https://osiris.uu.nl/osiris_student_uuprd/StartPagina.do.
Je gebruikt OSIRIS-student om je eigen gegevens (bijvoorbeeld je cijfers) te
raadplegen, adreswijzigingen door te geven en om je vanaf de tweede helft van het 1e
studiejaar in te schrijven voor cursussen (zie hiervoor ook hoofdstuk 5 in deze gids).
2.5 Blackboard Blackboard is de electronische leeromgeving van de opleiding en wordt door vrijwel
alle cursuscoördinatoren gebruikt. Via dit medium worden door docenten informatiebronnen en instructies aangeboden. Tevens worden via Blackboard andere practische zaken meegedeeld. Blackboard kun je bereiken via
http://www.uu.nl/blackboard. Er zijn ook apps voor iOS en Android systemen beschikbaar via Apple Store of Play Store.
2.6 Roosters Roosters voor je vakken waarvoor je bent ingeschreven worden gepersonaliseerd kenbaar gemaakt via een app; MyUU. De roosters kun je ook terugvinden via een
website; https://mytimetable.uu.nl. Veranderingen in het rooster zijn direct in deze app of website te volgen.
2.7 Studiepunt Biologie Het Studiepunt Biologie van de afdeling Onderwijs- en Studentenzaken zorgt voor de verspreiding van informatie over het onderwijs. Zij maakt hiervoor gebruik van de
studenten e-mail en de onderwijswebsite van biologie. Via studiepunt vraag je je
9
diploma aan, zie https://students.uu.nl/beta/biologie/praktische-zaken/afstuderen.
Ook voor ziekmelding bij tentamens en voor cursusinschrijving kun je bij studiepunt terecht. Voor alle vragen over inschrijving, betalen collegegeld etc. kun je niet terecht bij het studiepunt maar bij Studentenservice. Hierover kun je lezen in het
Studentenstatuut (zie website). Iedere student wordt dringend verzocht om verandering of beëindiging van de studie, langdurige studieonderbreking e.d. aan het studiepunt Biologie door te geven.
Studiepunt Biologie (Minnaertgebouw) Leuvenlaan 4, 3584CE Utrecht Kamer 1.20
tel. 030-2535888 Balie open: dagelijks van 10.00-13.30 uur,
e-mail: [email protected] Je wordt bij het Studiepunt Biologie (onder meer) geholpen door Petra Konijn.
2.8 Studieadviseur voor de bacheloropleiding De studieadviseur is het aanspreekpunt voor de student met betrekking tot zowel
inhoudelijke studiegerelateerde vragen als vragen over planning, toegang tot masters, studeren in het buitenland, en persoonlijke problemen. Studenten die om wat voor reden dan ook studievertraging dreigen op te lopen wordt aangeraden
zo snel mogelijk contact op te nemen met de studieadviseur. mw.dr. Isolde den Tonkelaar, kamer 1.05 Minnaertgebouw e-mail: [email protected]
op afspraak: via www.uu.nl/beta/studieadviseurs Inloopspreekuur: maandag 12:30-13:30
2.9 Facultaire klachtencoördinator P. Visscher MSc tel. 0611155219
e-mail: [email protected]
2.10 Kamer Biologie van de Examencommissie UGS Verzoeken en klachten gericht aan de Kamer Biologie kun je sturen naar [email protected]. Hiervoor is een formulier ontworpen dat je moet
invullen en opsturen naar bovengenoemd emailadres. Het formulier kun je downloaden via: http://students.uu.nl/beta/biologie/praktische-zaken/regelingen-en-procedures.
2.11 Opleidingsdirecteur en coördinator/manager bacheloropleiding Biologie mw. dr. M.C. (Margot) Koster dr. A.J.M. (Ton) Peeters
Opleidingsdirecteur Onderwijsmanager Kruytgebouw, Z404 Kruytgebouw, Z407 e-mail: [email protected]
2.12 De practicumzalen De practica van de cursussen volg je in de practicumzalen op de 3e of 4e verdieping van het Koningsbergergebouw (KBG), Budapestlaan 4B of op de 4e verdieping van het
Kruytgebouw, Padualaan 8 (Z428). Ing. Rob Welschen is de beheerder van de practicumruimten in het Koningsberger- gebouw. Hij regelt de practicummaterialen, verhuur en uitleen van microscopen etc.
Zijn kamer is 3.24 in het Koningsbergergebouw, tel. 030 2531221.
10
2.13 Gedragsregels practicumzalen
• Jassen en tassen dienen in de kluisjes opgeborgen worden en mogen niet op de zaal aanwezig zijn.
• Op de practicumzaal moeten studenten altijd een labjas aan, tenzij expliciet door de
docent gemeld wordt dat het niet nodig is. • Op de practicumzaal en in de directe omgeving daarvan mag niet gegeten of
gedronken worden.
2.14 BioSCOPE
De Utrechtse Biologen Vereniging (UBV) geeft in samenwerking met de opleiding het
maandblad de bioSCOPE uit. Ook hierin is regelmatig informatie over de opleiding te
vinden.
2.15 Vrijstellingen Algemeen
Om een Positief Bindend Studieadvies (BSA) te halen moet je in je eerste studiejaar 45 EC aan studiepunten halen (zie ook 3.4). Let op dat vrijstellingen niet meetellen voor de 45 EC die je voor een positief Bindend Studieadvies (BSA) moet halen. Heb je
echter na je eerste jaar 60 EC inclusief vrijstellingen, dan kun je een positief BSA krijgen2. Let ook op dat als je een andere cursus wilt doen in de periode en het timeslot van de
cursus waar je vrijstelling voor hebt gekregen, je jézelf daarvoor moet inschrijven en dat plaatsing vaak niet is gegarandeerd. Twijfel je of je de vrijstellingen wilt aanvragen of gebruiken, neem dan contact op met de studieadviseur,
Andere opleiding aan andere universiteit? Heb je voordat je Biologie in Utrecht ging studeren al cursussen behaald bij een andere opleiding aan een andere universiteit? Dan kun je mogelijk vrijstelling krijgen
voor (een deel van) je profileringsruimte. Neem contact op met de kamer Biologie van de examencommissie van de UGS via het aanvraagformulier dat je kunt vinden op https://students.uu.nl/beta/biologie/praktische-zaken/regelingen-en-procedures >>
Kamer Biologie. Stuur relevante stukken zoals cijferlijst en cursusbeschrijvingen mee. Nadat je bericht hebt ontvangen van de kamer Biologie ga je met het bericht van de kamer en met je originele bewijzen en een kopie daarvan naar studiepunt Biologie om
je bewijzen te laten waarmerken. Biologie of Bio-gerelateerd aan andere universiteit?
Heb je voordat je Biologie in Utrecht ging studeren al cursussen bij een opleiding Biologie of bij een bio-gerelateerde opleiding aan een andere universiteit behaald? Dan kun je mogelijk vrijstelling voor bepaalde vakken krijgen en/of voor (een deel
van) je profileringsruimte. Neem contact op met de Kamer Biologie van de examencommissie van de UGS via het aanvraagformulier dat je kunt vinden op https://students.uu.nl/beta/biologie/praktische-zaken/regelingen-en-procedures >>
Kamer Biologie. Stuur relevante stukken zoals cijferlijst en cursusbeschrijvingen mee. Nadat je bericht hebt ontvangen van de Kamer Biologie ga je met het bericht van de kamer en met je originele bewijzen en een kopie daarvan naar studiepunt Biologie om
2 Dit geldt voor studiejaren 2016-2017, 2017-2018, 2018-2019 en 2019-2020
11
je bewijzen te laten waarmerken.
Andere opleiding aan UU? Heb je voordat je Biologie in Utrecht ging studeren al cursussen behaald aan een
andere opleiding bij de Universiteit Utrecht? Dan kun je mogelijk vrijstelling krijgen voor (een deel van) je profileringsruimte. De Kamer Biologie zal dit beoordelen zonder dat je dit aan hoeft te vragen. Cursussen die teveel overlap hebben met cursussen bij
Biologie zullen in je studievoortgangsoverzicht van Osiris als niet meetellend voor het examenprogramma worden aangemerkt. De overige behaalde cursussen zullen in je profileringsruimte blijven staan, tenzij je de Kamer verzoekt deze niet mee te laten
tellen. Als je een aanverwante opleiding zoals Biomedische wetenschappen of
Diergeneeskunde hebt gedaan, is het soms mogelijk vrijstelling voor bepaalde cursussen te krijgen. Neem daarvoor contact op met de Kamer Biologie van de examencommissie van de UGS via het aanvraagformulier dat je kunt vinden op
https://students.uu.nl/beta/biologie/praktische-zaken/regelingen-en-procedures >> Kamer Biologie.
12
3. HET ONDERWIJS VAN DE BACHELOROPLEIDING BIOLOGIE 3.1 Doelstellingen
Het doel van de opleiding is dat de afgestudeerde beschikt over vakgebonden kennis en vaardigheden zoals beschreven in de eindtermen.
3.2 Eindtermen De bachelor Biologie:
1. heeft kennis en begrip van de centrale biologische concepten; evolutie, structuur & functie, informatieverwerking, energie & metabolisme en systemen, en kan deze, afhankelijk van de specialisatie, toepassen in een of meerdere vakgebieden in de
biologie 2. kan gebruik maken van het interdisciplinaire karakter van de wetenschap en dit
toepassen voor het oplossen van biologische problemen
3. beschikt over de vaardigheid om een verscheidenheid aan basale onderzoeks-technieken toe te passen en kan zich nieuwe technieken eigen maken
4. is in staat om, in beperkte mate zelfstandig, een wetenschappelijk probleem te
vertalen in een experimenteel onderzoeksplan, dat uit te voeren en de resultaten ervan te analyseren en te interpreteren, in relatie tot de relevante literatuur
5. is in staat om de door hem/haar zelf geselecteerde wetenschappelijke literatuur en
andere databronnen kritisch te analyseren, interpreteren en evalueren 6. is in staat om in professionele context mondeling te communiceren over zijn
vakgebied
7. is in staat om in professionele context schriftelijk te communiceren over zijn vakgebied
8. is in staat om, in beperkte mate zelfstandig, kennis te vergaren voor het oplossen
van complexe biologische problemen, zowel individueel als in een (multidisciplinair) team
9. is in staat kritisch te reflecteren op eigen en andermans handelen in professionele
context ten einde zijn/haar (en hun) bijdrage te verbeteren 10. is in staat te reflecteren op de maatschappelijke en ethische consequenties van
biologisch onderzoek en kan zijn/haar mening met argumenten onderbouwen
11. kan een weloverwogen keuze maken voor een vervolgopleiding of beroep. 3.3 Onderwijs- en ExamenRegeling (OER)
De bacheloropleiding Biologie heeft een omvang van 180 EC en bestaat uit de major biologie (135 EC) en een vrij deel, de profileringsruimte (45 EC). Het programma van de opleiding en de bijbehorende regelingen staan beschreven in de Onderwijs- en
Examenregeling (OER). De OER wordt elk jaar opnieuw herzien en is te vinden aan het einde van deze gids en op de website:http://students.uu.nl/beta/biologie, onder ‘regelingen en procedures’.
3.4 Bindend studieadvies Alle eerstejaars studenten krijgen aan het einde van het eerste studiejaar een
schriftelijk bindend studieadvies (BSA) van de onderwijsdirecteur. Indien de student in juli na alle herkansingen niet voldaan heeft aan de eis van 45 behaalde EC dan
ontvangt hij een negatief bindend studieadvies. De student mag niet doorgaan met de studie Biologie in Utrecht en kan zich gedurende 4 jaar niet meer inschrijven voor deze studie in Utrecht. Dit bindend studieadvies wordt in januari vooraf gegaan door
een niet-bindend pre-advies. Dit is bedoeld als reflectiemoment; studenten met een twijfel of negatief pre-advies wordt sterk aangeraden de studievoortgang met de tutor of studieadviseur te bespreken en eventueel te besluiten te stoppen met de studie. Als
je vóór 1 februari je studiefinanciering stopt, worden je studentenreisproduct en aanvullende beurs automatisch een gift. Er is één voorwaarde: je mag in hetzelfde
13
studiejaar geen studiefinanciering meer aanvragen voor een opleiding aan hbo of
universiteit. Daarnaast tellen de maanden die je tot februari hebt ontvangen mee als verbruikte studiefinancieringsmaanden. (https://duo.nl/particulier/opleiding-stoppen-of-wijzigen/stoppen-in-je-eerste-jaar.jsp).
Als je in het eerste jaar van inschrijving voor 1 februari stopt met de opleiding en je uitschrijft bij de Universiteit Utrecht krijg je geen negatief BSA. In geval van persoonlijke omstandigheden die het studeren hinderen kan de
opleidingsdirecteur besluiten het negatief BSA om te zetten naar een aangehouden advies. Voorwaarde hiervoor is dat de student deze omstandigheden zo snel als mogelijk gemeld heeft aan de studieadviseur. De precieze voorwaarden met
betrekking tot BSA zijn na te lezen in de OER, artikel 7.4.
3.5 Het programma van de opleiding De opleiding bestaat uit een major (135 EC) en een vrije profileringsruimte (45 EC) gevuld met cursussen van elk 7½ EC of een veelvoud daarvan op drie niveaus. De
major bestaat uit verplichte cursussen en een aantal keuzecursussen. van niveau 1, 2 (verdiepend) of 3 (gevorderd). In totaal moet je 45 EC aan cursussen op niveau 3 halen. De eisen voor major en profileringsruimte volgen hieronder. De cursussen
die tot de major biologie horen, staan vermeld in de OER. De beschrijving van deze cursussen vind je in deze studiegids en in de onderwijscatalogus op het web. Cursussen, die niet in de OER van Biologie staan en die je volgt bij andere
opleidingen, breng je onder in de profileringsruimte van je bachelorprogramma. 3.5.1 Major
De MAJOR biologie bestaat uit maximaal 18 cursussen van 7½ EC (totaal 135 EC). Voor studenten vanaf 2017 als jaar van aanvang geldt dat zij 9 verplichte cursussen moeten volgen;
- 6 cursussen in het eerste jaar (niveau 1, 45 EC). - de schrijfcursus op niveau 2. - de Bachelor onderzoeksscriptie én onderzoeksstage (niveau 3, 15 EC).
De overige 9 cursussen (67,5 EC) van de major zijn keuzecursussen die in de OER staan en in deze gids zijn beschreven. Voor het volgen van deze cursussen gelden een aantal regels:
- je volgt tenminste 2 keuzecursussen (15 EC) op niveau 2, - je volgt tenminste 4 keuzecursussen (30 EC) op niveau 3 waarvan minimaal 3 uit
overzicht 3 van de OER,
- voor de overige 3 keuzecursussen (22½ EC) ben je vrij om te kiezen uit de lijst van niveau 1, 2 en 3 cursussen van de major.
In totaal moet je in de major dus minimaal 4 + Onderzoeksscriptie én
onderzoeksstage niveau 3 cursussen gevolgd hebben. Figuur 2. Omvang in EC van de verschillende onderdelen van de bachelor Biologie (vanaf 2017)
Voor studenten met 2016 als jaar van aanvang geldt dat zij 8 verplichte cursussen moeten volgen;
- 6 cursussen in het eerste jaar (niveau 1, 45 EC). - de Bachelor onderzoeksscriptie én onderzoeksstage (niveau 3, 15 EC). De overige 10 cursussen (75 EC) van de major zijn keuzecursussen die in de OER
staan en in deze gids zijn beschreven.
14
Voor het volgen van deze cursussen gelden een aantal regels:
- je volgt tenminste 3 keuzecursussen (22½ EC) op niveau 2, - je volgt tenminste 4 keuzecursussen (30 EC) op niveau 3 uit overzicht 3 van de
OER,
- voor de overige 3 keuzecursussen (22½ EC) ben je vrij om te kiezen uit de lijst van niveau 1, 2 en 3 cursussen van de major.
In totaal moet je in de major dus minimaal 4 + Onderzoeksscriptie én
onderzoeksstage niveau 3 cursussen gevolgd hebben. Voor studenten vanaf 2013 tot en met 2015 als jaar van aanvang geldt dat zij
7 verplichte cursussen moeten volgen; - 6 cursussen in het eerste jaar (niveau 1, 45 EC).
- de Afstudeeropdracht (niveau 3, 7½ EC) óf Scriptiedeel van het Onderzoeksproject (niveau 3, 7½ EC). Het stagedeel van het Onderzoeksproject is een keuzecursus van de major (zie onder).
De overige 11 cursussen (82½ EC) van de major zijn keuzecursussen die in de OER staan en in deze gids zijn beschreven. Voor het volgen van deze 11 cursussen gelden een aantal regels:
- je volgt tenminste 3 keuzecursussen (22½ EC) op niveau 2, - je volgt tenminste 4 keuzecursussen (30 EC) op niveau 3 (het stagedeel van het
Onderzoeksproject telt hier niet mee),
- voor de overige 4 keuzecursussen (30 EC) ben je vrij om te kiezen uit de lijst van niveau 1, 2 en 3 cursussen van de major, hierbij moeten minimaal 2 cursussen op niveau 2 en/of 3 zijn (zie hiervoor de gids, het stagedeel van het
Onderzoeksproject telt hier wel mee). In totaal moet je in de major dus minimaal 5 niveau 3 cursussen (inclusief de Afstudeeropdracht óf Scriptiedeel van het onderzoeksproject) gevolgd hebben.
3.5.2 Profileringsruimte In de bacheloropleiding Biologie heb je een profileringsruimte van 45 EC (6 cursussen
van 7½ EC). De cursussen in deze ruimte kun je zowel buiten als binnen de bacheloropleiding Biologie kiezen. Alle cursussen van de Universiteit Utrecht vind je in de universitaire onderwijscatalogus via www.uu.nl/onderwijscatalogus.
Tenminste twee cursussen (15 EC) van de profileringruimte moeten bestaan uit cursussen op niveau 2 of 3. Je kunt (een deel) van je profileringsruimte ook opvullen met een minor.
3.5.2.1 Cursussen buiten de opleiding Biologie Als je (in de profileringsruimte) onderwijs bij een andere opleiding aan de Universiteit
Utrecht (UU) of daarbuiten volgt, dan kun je in die periode (of timeslot) geen onderwijs van Biologie zelf volgen. Let wel op mogelijke inhoudelijke dubbeling met Biologievakken (OER art. 3.7 en zie ook 4.4 in deze gids).
De bachelorcursussen aan de UU zijn alle in dezelfde 4 cursusperioden geroosterd. Bij andere universiteiten gelden andere perioden. Voor het volgen van cursussen buiten de Universiteit Utrecht moet je vóóraf
toestemming vragen aan de examencommissie door middel van een e-mail naar [email protected].
3.5.2.2 Suggesties voor cursussen buiten Biologie In het schema hieronder staan cursussen die Biologie studenten bij andere opleidingen aan de Universiteit Utrecht kunnen kiezen. Het is maar een kleine greep
uit het gehele aanbod en een compleet overzicht is te vinden in de Osiris Onderwijscatalogus, www.uu.nl/onderwijscatalogus. Klik aan ‘bijvakker’=’ja’ en kies
een faculteit en/of periode en/of niveau. Wil je binnen de faculteit Bètawetenschappen
15
een keuzecursus kiezen, dan is de cursusplanner handig om te gebruiken.
Bij het opdoen van inspiratie voor losse cursussen kun je ook kijken bij de minors, www.uu.nl/minors. Kijk ook op de webpagina onder ‘profileringsruimte/minors’. Kijk ook eens op het prikbord bij Studiepunt voor aankondigingen van interessante
cursussen. cursusnaam cursuscode Periode* Timeslot*
Studium generale
Wetenschapsfilosofie 201900030 3 E
Duurzaamheid als wereldbeeld GEO3-5004 3 E
Geowetenschappen
Paleoclimatology GEO3-1329 1 A
Systeem aarde1 GEO1-1191 1 AD
Landscape ecology and nature conservation GEO3-2140 1 C
Deformatie en metamorfose van de korst GEO2-1209 2 A
Sedimentaire systemen GEO2-1208 2 B
Paleontology - fauna GEO2-1215 3 A
Paleoceanography GEO2-1218 3 C
Mens en landschap GEO2-4210 3 C
Milieu, gedrag en communicatie GEO2-2116 3 C
Philosophy of Science and Ethics GEO2-2142 4 D
Philosophy of Science and Ethics GEO2-2142 2 D
Veldwerk 2 Voorlandbekken en afz. mil.** GEO3-1217 4 ABCDE
BMW
Infectie en Immuniteit BMW20805 1 BC
Clinical trials BMW30905 1 BC
Orgaansystemen**** BMW20205 2 BC
Farmacologie BMW30405 4 BC
Communiceren via het DNA-lab*** BMW31709 1,2,3,4 Zie Osiris
Sociale wetenschappen
Psychopharmacology 201700081 4 B
Klinische neuropsychologie 200300073 2 B
Hersenontwikkeling: gedrag en leren 200800009 4 C
Dynamics of Youth: interdisc. perspectives 201800002 1 B
Bèta breed
Klimaatverandering in context BETA-B1KLC 3 D
Filosofie van de natuurwetenschappen BETA-B2FGN 2 A
Making modern science: a history of
chemistry 1750-1950 BETA-B3MMS 1 B
Klimaat en maatschappij BETA-B1KM 4 A
Farmacie
Schimmels en geneesmiddelen FA-BA112 3 AD
Verslaving en verslavingsmiddelen FA-BA316 3 AD
Conscious brain & unconscious mind FA-BA217 4 BC
Natuurkunde
De wetenschappelijke revolutie BETA-B1WR 4 B
Informatica
Imperatief programmeren INFOIMP 1 D * aan het opzoeken van deze gegevens is veel zorg besteed; als je een cursus wilt volgen, controleer dan altijd in de Osiris Onderwijscatalogus of de cursus nog steeds gegeven wordt én of dat nog steeds in dezelfde periode en hetzelfde timeslot is. Controleer zelf of je aan de ingangseisen voldoet. ** ingangseisen voor Veldwerk 2 Voorlandbekken en afzettings milieu voor Biologiestudenten: voor 1 maart van
het lopende studiejaar voldaan hebben aan de volgende eisen: - tenminste 75 majorgebonden studiepunten hebben behaald; - tenminste 30 majorgebonden studiepunten op niveau 2 hebben behaald; - Sedimentaire systemen (GEO2-1208) hebben behaald; - Mariene Wetenschappen II (B-B2MAWE14) en Experiment en statistiek (B-B1EXST13) hebben behaald. NB: De cursus Deformatie en metamorfose van de korst (GEO2-1209) wordt dringend als ingangseis geadviseerd. Kennis van deze cursus is essentieel. ***De cursus Communiceren via het DNA-lab kun je niet doen als je de cursus Didactiek doet of gedaan hebt. ****Orgaansystemen en dierfysiologie hebben te veel overlap om beiden te doen
16
3.5.2.3 Planning voor cursussen buiten Biologie
Begin tijdig met het plannen van vakken die je buiten de eigen opleiding wilt volgen! Houd er rekening mee, dat: - de onderwijsperiodes en inschrijfprocedures bij andere onderwijsinstellingen veelal
niet overeenkomen met die van de UU en dat je daardoor studie-vertraging kunt oplopen,
- cursussen die je buiten Biologie wilt volgen, in een vrij vroeg stadium al vol kunnen
zitten, - er ingangseisen kunnen zijn om een cursus te mogen volgen. - Let op: inschrijvingen voor cursussen bij de faculteiten FSW, GW en REBO gaan per
semester (= halfjaar)!
3.5.3 Minor Een minor is een samenhangend pakket cursussen, dat je in je profileringsruimte bij een andere bacheloropleiding kunt volgen. Een groot aantal bacheloropleidingen
bieden complete minorprogramma’s aan. Een minor bestaat doorgaans uit 30 EC, waarvan tenminste 7,5 EC op niveau 2. Informatie over minorprogramma’s van andere Utrechtse opleidingen kun je vinden
via de minorsite: www.uu.nl/minors. 3.6 Vaardigheden
In het eerste studiejaar besteed je veel aandacht aan (academische- en studie-) vaardigheden die je nodig hebt in het vervolg van je studie en daarna. In jaar 2 en 3 wordt deze vaardighedenlijn voortgezet. Welke vaardigheid(heden) in een cursus
speciaal aandacht krijgen, kun je lezen bij de cursusbeschrijvingen in het tweede deel van deze studiegids.
3.7 Het timeslot rooster en belangrijke data Het jaarrooster bestaat uit vier onderwijsperioden van elk 10 weken. In elke periode volg je, om 60 studiepunten per studiejaar te halen, twee cursussen. Het is niet
mogelijk en ook niet toegestaan, om bij Biologie meer dan twee cursussen tegelijk in één periode te volgen3. Reden hiervoor is dat Biologie in veel gevallen twee timeslotcombinaties voor elke cursus gebruikt.
Een timeslot bestaat uit een aantal dagdelen waarin de cursus wordt gegeven.
TIMESLOTMODEL
Tijd dag maandag dinsdag woensdag donderdag vrijdag
09:00-10:45 A1 B1 A4 C6 D4
11:00-12:45 A2 B2 A5 C7 D5
13:15-15:00 C1 C4 D1 B3 D6
15:15-17:00 C2 C5 D2 B4 D7
17:15-19:00 C3 A3 D3 B5 D8
3 Uitzondering: cursussen bij andere opleidingen die na 19 uur worden gegeven kunnen wel als derde cursus gevolgd worden, bijvoorbeeld cursussen bij Studium Generale, www.sg.uu.nl.
17
De meeste cursussen van Biologie worden gegeven tussen 9:00 en 19:00 in de
timeslotcombinaties A+D (maandagmorgen, woensdag en vrijdag) en B+C (maandagmiddag, dinsdag en donderdag). In een onderwijsperiode kun je bij biologie maximaal twee cursussen tegelijk volgen, de ene in timeslot A+D, de andere in
timeslot B+C. In het studiejaar 2019-’20 beginnen de cursussen op maandag 2 september.
Van tot en met
Periode 1 week 36 t/m 45 2-sep-19 8-nov-19
Periode 2 week 46 t/m 5 11-nov-19 31-jan-20
Periode 3 week 6 t/m 15 3-feb-20 10-apr-20
Periode 4 week 17 t/m 26 20-apr-20 26jun-20
Vakantie/vrij Let op aanvullende toetsing! Van tot en met
Kerstvakantie week 52+1 23-dec-19 3-jan-20
Onderwijsvrij week 16 13-apr-20 17-apr-20
Zomervakantie week 27 t/m 35 28-jun-20 28-aug-20
Aanvullende toetsing van tot en met
Aanvullende toetsing periode 1 week 1 3-jan-20 4-jan-20
Aanvullende toetsing periode 2 week 16 16-apr-20 17-apr-20
Aanvullende toetsing periode 3 week 27 2-jul-20 3-jul-20
Aanvullende toetsing periode 4 week 28 9-jul-20 10-jul-20
Cursusinschrijving van tot en met
Cursusinschrijving periode 1 (studiejaar 2020-21) (concept) via Osiris student 1-jun-20 28-jun-20
Cursusinschrijving periode 2 via Osiris student 16-sep-19 29-sep-19
Cursusinschrijving periode 3 via Osiris student 28-okt-19 24-nov-19
Cursusinschrijving periode 4 via Osiris student 27-jan-20 23-feb-20
Cursusuitschrijving op Cursusuitschrijving periode 1 (studiejaar 2020-21) (concept) via Osiris student 17+18-aug-20 Cursusuitschrijving periode 2 via Osiris student 21+22-okt-19 Cursusuitschrijving periode 3 via Osiris student 20+21-jan-20 Cursusuitschrijving periode 4 via Osiris student 30+31-mrt-20 Diploma uitreikingen op
10-okt-19
23-mrt-20
13-nov-20
3.8 Regels aanvullende toetsing4
Als je voor een cursus een onvoldoende eindcijfer haalt, lager dan 5,5, en je eindcijfer voor de cursus is lager dan een onafgeronde 4.0, dan mag je niet meedoen aan de aanvullende toetsing (herkansing)!
4 Deze punten zijn opgenomen in de Onderwijs- en ExamenRegeling (OER) van de bacheloropleiding
Biologie 2019-20 (zie OER aan het einde van deze gids).
18
1. Als je na het afleggen van een aanvullende of vervangende toets nog geen
voldoende eindcijfer (5,5 en hoger) voor de cursus hebt gehaald, vervallen alle deelcijfers van de betreffende cursus, ook de eventueel behaalde voldoende deelcijfers.
Een verplichte cursus moet je het studiejaar daarop overdoen. Als het een keuzecursus betreft dan kun je een andere cursus kiezen. Je kunt je onvoldoende dus niet wegwerken door in het volgende studiejaar alleen deel te nemen aan de
aanvullende of vervangende toetsing.
Als je vanwege een aantoonbare overmachtsituatie (bijvoorbeeld je bent/was ziek)
niet in staat bent of niet in staat bent geweest tot het afleggen van maximaal één deeltoets per cursus, dan mag je alsnog aan de aanvullende of vervangende toets
deelnemen (OER 5.5.3). Voorwaarde is dat je de overmachtsituatie zo als snel als kan worden verwacht (voor of na) maar uiterlijk binnen 10 werkdagen na de toets die je hebt gemist, gemeld hebt bij het studiepunt Biologie (cc naar coördinator). Je moet
een passend bewijs van je overmachtssituatie inleveren bij studiepunt Biologie. Een voldoende resultaat kan niet worden herkanst.
19
4. DE CURSUSSEN VAN DE BACHELOR OPLEIDING BIOLOGIE
De cursussen van de bacheloropleiding Biologie zijn opgedeeld in niveau 1 (inleidend),
2 (verdiepend) en niveau 3 (gevorderd) en ondergebracht in studiepaden (hoofdstuk 8; PADVINDER). Alle cursussen zijn 7,5 EC tenzij anders vermeld bij de cursusbeschrijvingen verderop in dit document.
4.1 Cursussen op niveau 1 In het eerste jaar volg je 6 niveau 1 verplichte cursussen die je een breed beeld geven
van de biologie en je in staat stellen een verantwoorde keuze te maken voor het vervolg van je opleiding. Je kiest gedurende dit eerste jaar een aantal studiepaden in de richting(en) waarin je je verder zou willen specialiseren. Naast verplichte cursussen
zijn er gedurende het eerste jaar, in periode 3 en 4, 2 keuzemomenten waarbij je een keuze kunt maken uit niveau 1 en soms niveau 2 keuzecursussen van Biologie of daarbuiten. De enige niveau 2 cursus die je in je eerste jaar kunt volgen is Orientatie
op de Onderwijspraktijk (BETA-B2OOP). Je moet dan wel 15 EC aan niveau 1 cursussen gehaald hebben.
4.1.1 Uitsluitingen niveau 1
Cursus Niet toegestaan als je hebt gevolgd:
Biotechnologie en maatschappij (B-B1BIOT09) en/of Genen en gezondheid
(B-B1GENG16)
Moleculair genetische onderzoekstechnieken (B-B2MGOT) of de Cel (B-B2CEL09)
4.2 Cursussen op niveau 2
De cursussen op niveau 2 (verdiepend) geven je een oriëntatie op en verdieping in deelgebieden van de Biologie. Je doet in deze cursussen onderzoekservaring op, past onderdelen van de empirische cyclus toe. Daarbij maak je gebruik van
wetenschappelijke literatuur. We verwachten van je dat je leert argumenteren over biologisch-maatschappelijke problemen, kritisch leert analyseren en leert reflecteren op je eigen functioneren en studievoortgang.
Biologie-in-het-werkveld cursussen zijn kleine (2,5 EC) cursussen die door de UBV en de opleiding georganiseerd worden. Een cursus is 2,5 EC waard en door drie
cursussen succesvol af te ronden kun je de cursus ‘Biologie in het werkveld’ éénmaal voor 7,5 EC af laten tekenen (profileringsruimte!). Zie voor meer informatie de cursusbeschrijvingen van ‘Biologie in het Werkveld’.
Voor de meeste niveau 2 cursussen is voorkennis nodig. Voor die cursussen worden ingangseisen gesteld. Die voorkennis doe je voor een belangrijk deel op in je eerste
studiejaar (dit is belangrijk voor studenten van andere opleidingen die bij Biologie cursus(sen) willen volgen). Bij de cursusbeschrijvingen én in de studiepadbeschrijvingen staat aangegeven wat de ingangseisen zijn.
4.2.1 Uitsluitingen niveau 2 Een aantal niveau 2 cursussen hebben veel overlap met andere cursussen. Het is
daarom niet toegestaan om de huidige cursus te volgen als je de andere al hebt afgerond.
Huidige cursus Niet toegestaan als je hebt gevolgd:
Cognitie en gedrag 16 (B-B2CEG16) Cognitie en gedrag 05 (B-B3CEG05)
Oriëntatie Onderwijspraktijk (BETA-B1OOP) Didactiek (B-B2DID09 of B-B3DID14)
4.3 Cursussen van niveau 3
De niveau 3 cursussen geven je door een breed aanbod van cursussen de
20
mogelijkheid om een verantwoorde keuze te maken voor een masterprogramma.
Op niveau 3 werk je vrijwel uitsluitend met primaire literatuur op het vakgebied van een onderzoeksgroep. Je neemt dan in de vorm van kleine projecten actief deel aan het universitaire onderzoek.
In de niveau 3 cursussen leer je: ─ Integreren/synthetiseren, dat wil zeggen voorspellen op basis van theorie; zicht
krijgen op samenhang tussen bestudeerde vakken en theorieën; theorie toepassen; aanzet tot specialisatie; vaardigheden en kennis toepassen bij een biologische vraagstelling.
─ Wetenschappelijk en conceptueel denken: specifieke methoden en technieken toepassen, een eigen bijdrage leveren aan een onderzoeksvraagstelling, ontwerpen
en uitvoeren van experimenten, in samenhang evalueren van wetenschappelijk informatie over hetzelfde onderwerp uit verschillende bronnen en bovendien vanuit verschillende wetenschappelijke theorieën en perspectieven.
Voor de meeste niveau 3 cursussen is ‘voorkennis’ nodig. Voor die cursussen worden ingangseisen gesteld. Die voorkennis doe je voor een belangrijk deel op in je eerste
studiejaar (dit is belangrijk voor studenten van andere opleidingen die bij Biologie cursus(sen) willen volgen) en door het volgen van een of meer niveau 2 cursussen. Bij de cursusbeschrijvingen én in de studiepadbeschrijvingen staat aangegeven wat de
ingangseisen zijn. 4.3.1 Uitsluitingen niveau 3
Een aantal niveau 3 cursussen hebben veel overlap met andere cursussen. Het is daarom niet toegestaan om de huidige cursus te volgen als je de andere al hebt afgerond. Hieronder staan deze cursussen genoemd met de namen van de ‘oude’
cursus die ze vervangen.
Huidige cursus Niet toegestaan als je hebt gevolgd:
Genther. kanker en aids (B-B3GKA16) Genther. kanker en aids (B-B2GKA05)
Gedragsobservaties 17 (B-B3GEOB17) Gedragsobservaties (B-B2GEOB)
Socio-ecologie (B-B3SOEC16) Cognitie en gedrag 05 (B-B3CEG05)
Tropische ecologie (B-B3INB16) Intern. Natuurbeheer (B-B3INB16)
Molecular plant-microbe interactions (B-B3MPMI17)
Plant adaptatie en afweer (B-B3PLAA05)
Plant development and environment (B-B3PDE17)
Plant adaptatie en afweer (B-B3PLAA05)
4.4 Uitsluitingen met vakken bij andere opleidingen Biologie studenten volgen regelmatig vakken bij een andere opleiding. Het kan voorkomen dat de overlap met een biologievak dermate groot is dat de
examencommissie slechts één van beide vakken toestaat, de vakken sluiten elkaar dan uit. Het is de verantwoordelijkheid van de student dit zelf te controleren, neem bij
twijfel contact op met de studieadviseur. Hieronder is een, uiteraard niet volledig, lijstje met vakken bij Biologie en hun uitsluitende tegenhanger bij BMW, Farmacie en Geowetenschappen.
21
Uitsluitende vakken vanwege teveel overlap (Biologie t.o.v. BMW, FAR en GEO)
Biologie BMW FAR GEO
Moleculaire biologie Cellen Celbiologie Moleculaire
celbiologie en genetica
evolutie en biodiversiteit
Evolutiebiologie
Systeembiologie Wiskunde en systeemanalyse
De Cel Mol. Biol van de cel
Dierfysiologie Orgaansystemen
Metabolisme Moleculen/Stofwisseling
Neurobiologie Neurowetenschappen Neurologie
Endocrinologie Hormonen en
homeostase
Genoombiologie Genes and genomes
Toxicologie Toxicologie
LET OP: deze lijst is niet volledig, controleer altijd of er overlap is met Biologie vakken indien je een vak bij een andere opleiding gaat volgen.
22
4.5 Jaarrooster 2019-2020 Bachelor Biologie
Ba
ch
elo
rop
leid
ing
Bio
log
ie n
ive
au
1,
2 e
n 3
in
20
19
-20
20
n
ieu
wti
me
slo
t v
erp
laa
tst
pe
rio
de
ve
rpla
ats
t6-s
ep
-19
Niv
ea
u 1
Tim
eslo
tM
ari
en
e W
ete
nsch
ap
pe
n I (
Bio
ke
uze
cu
rsu
s)
Eco
log
ie (
Bio
ke
uze
cu
rsu
s)
A+
DB
iote
ch
no
log
ie (
Bio
ke
uze
cu
rsu
s)
Ge
ne
n e
n g
ezo
nd
he
id (
Bio
ke
uze
cu
rsu
s)
Tim
eslo
t
B+
C
Niv
ea
u 2
Tim
eslo
tA
cad
em
isch
sch
rijv
en
(1A
D, 3A
D o
f 3B
C)
Me
tab
olism
e
Acad
em
isch
sch
rijv
en
(1A
D, 3A
D o
f 3B
C)
Natu
urb
eh
ou
d, d
uu
rzaam
h. e
n p
lan
ten
div
.
A+
DO
ntw
ikke
lin
gsb
iolo
gie
MG
OT
(A
D o
f B
C)
Be
ta in
be
dri
jf e
n b
ele
idN
eu
rob
iolo
gie
Pla
nte
nfy
sio
log
ieO
rie
nta
tie
op
de
On
de
rwijsp
rakti
jkC
og
nit
ie e
n g
ed
rag
Vo
ort
ge
ze
tte
Sta
tisti
ek e
n R
Ori
en
tati
e o
p d
e O
nd
erw
ijsp
rakti
jk
We
ten
sch
ap
s e
n t
ech
nie
kco
mm
un
icati
e
Tim
eslo
tB
iolo
gis
ch
e m
od
elle
rin
gd
e C
el (p
2B
C o
f p
4B
C)
Acad
em
isch
sch
rijv
en
(1A
D, 3A
D o
f 3B
C)
de
Ce
l (p
2B
C o
f p
4B
C)
B+
CD
IER
HK
Ge
dra
gsb
iolo
gie
D
ata
scie
nce
en
bio
log
ieD
ierf
ysio
log
ie
Mari
en
e w
ete
nsch
ap
pe
n II
MG
OT
(A
D o
f B
C)
Ev
olu
tie
2
Mic
rob
iële
in
tera
cti
es
Pale
oe
co
log
ie f
lora
Niv
ea
u 3
Tim
eslo
tB
iod
ive
rsit
eit
en
lan
dsch
ap
(15 s
tp)
Ev
olu
tio
nair
e O
ntw
ikke
lin
gsb
iolo
gie
(n
w)
Mo
l. C
ell R
ese
arc
hE
vo
luti
e 3
A+
DC
elle
n e
n W
ee
fse
lsG
en
the
rap
ie, kan
ke
r e
n a
ids
Mo
l. e
ukary
ote
mic
rob
iolo
gie
F
oo
d f
orw
ard
Ge
dra
gso
bse
rvati
es
Mo
l. p
rokary
ote
mic
rob
iolo
gie
Natu
re b
ase
d d
esig
nG
esch
ied
en
is e
n w
ijsb
eg
ee
rte
Pale
oe
nv
iro
nm
en
tsW
ete
nsch
ap
pe
r in
ad
vie
sIm
mu
no
bio
log
ie
We
ten
sch
ap
pe
r in
be
leid
W
ild
life
co
nse
rvati
on
Scri
pti
e/o
nd
erz
oe
ksp
roje
ct
Scri
pti
e/o
nd
erz
oe
ksp
roje
ct
Scri
pti
e/o
nd
erz
oe
ksp
roje
ct
Scri
pti
e/o
nd
erz
oe
ksp
roje
ct
Tim
eslo
tB
iod
ive
rsit
eit
en
lan
dsch
ap
(15 s
tp)
Co
mp
uta
tio
ne
le b
iolo
gie
Aq
uati
sch
e e
co
log
ieB
iob
ase
d e
co
no
mie
B+
CD
idacti
ek
Ev
olu
tie
in
terd
isc
Em
path
ie in
terd
iscip
lin
air
(n
w)
Bio
-eth
iek (
van
3B
C >
> 4
BC
)
En
do
cri
no
log
ieL
igh
t &
ele
ctr
on
mic
rosco
py
Ne
uro
nale
aan
do
en
ing
en
Bio
info
rmati
cs &
ge
no
mic
s
Ge
no
om
bio
log
ieM
ari
en
e w
ete
nsch
ap
pe
n III
On
twik
ke
lin
gsb
iolo
gie
en
ge
ne
tica
Mic
ob
iële
eco
log
ie
Mo
lecu
lar
pla
nt
mic
rob
e in
tera
cti
on
s
Pla
nt
de
ve
lop
me
nt
& e
nv
iro
nm
en
tS
ocio
-eco
log
ie
Tro
pis
ch
e e
co
log
ie (
vh
In
tern
at.
natu
urb
eh
.)T
oxic
olo
gie
Scri
pti
e/o
nd
erz
oe
ksp
roje
ct
Scri
pti
e/o
nd
erz
oe
ksp
roje
ct
Scri
pti
e/o
nd
erz
oe
ksp
roje
ct
Scri
pti
e/o
nd
erz
oe
ksp
roje
ct
Aan
vu
lle
nd
e t
oe
tse
n:
Cu
rsu
sin
sch
rijv
ing
en
van
tot
en
me
t
pe
rio
de
1:
2 e
n 3
jan
2020
Tim
eslo
t A
+D
: m
a-m
org
en
/ w
o / v
rC
urs
usin
sch
rijv
ing
pe
rio
de
11-j
un
-20
28-j
un
-20
pe
rio
de
2:
16 e
n 1
7 a
pr
2020
Tim
eslo
t B
+C
: m
a-m
idd
ag
/ d
i / d
oC
urs
usin
sch
rijv
ing
pe
rio
de
216-s
ep
-19
29-s
ep
-19
pe
rio
de
3:
2 e
n 3
ju
li 2
020
Ke
rstv
akan
tie
: m
a 2
3 d
ece
mb
er
- v
r 3 jan
uari
Cu
rsu
sin
sch
rijv
ing
pe
rio
de
328-o
kt-
19
24-n
ov
-19
pe
rio
de
4:
9 e
n 1
0 ju
li 2
020
On
de
rwijsv
rije
we
ek: 13 a
pri
l -
17 a
pri
l 2020
Cu
rsu
sin
sch
rijv
ing
pe
rio
de
4
27-j
an
-20
23-f
eb
-20
Pe
rio
de
1
Ev
olu
tie
bio
log
ie e
n B
iod
ive
rsit
eit
Mo
lecu
lair
e B
iolo
gie
Bio
log
ie e
n E
co
log
ie v
an
Pla
nte
nS
yste
em
bio
log
ie
Bio
log
ie v
an
Die
ren
Pe
rio
de
3P
eri
od
e 4
11-1
1-2
019 t
/m 3
1-1
-2020
3-2
-2020 t
/m 1
0-4
-2020
20-4
-2020 t
/m 2
6-6
-2020
Pe
rio
de
2
2-9
-2019 t
/m 8
-11-2
019
Exp
eri
me
nt
en
Sta
tisti
ek
23
4.6 Toelating tot cursussen van niveau 2 en 3
4.6.1 Verplichte volgorde toelating tot de cursussen
Los van de ingangseisen die voor een cursus kunnen gelden zijn er meer regels die bepalen wanneer je mag deelnemen aan cursussen van niveau 2 en 3. In de Onderwijs en Examenregeling (OER) van de bacheloropleiding Biologie (studiejaar
2019-’20) staan deze regels beschreven. De OER wordt telkens voor één studiejaar aangepast en vastgesteld. Er verschijnt dus elk jaar een nieuwe OER die de vorige vervangt. Je kunt de OER vinden op de website: http://www.uu.nl/studenten/biologie,
onder ‘regelingen en procedures’ en achteraan in deze gids. Naast de regels in de OER zijn er bij Bologie nog wat aanvullende regels
Ingangseisen cursussen; voorkennis 1. De enige niveau 2 cursus die je in je eerste jaar kunt volgen is Orientatie op de
Onderwijspraktijk (BETA-B2OOP). Toegang tot deze cursus heeft de student die van de inleidende cursussen op niveau 1 van het eerste jaar van de opleiding onderdelen met een
studielast van tenminste 15 EC heeft behaald.)
2. Toegang tot de cursussen van het gevorderde niveau (niveau 3) van de opleiding heeft de student die van de keuzeonderdelen van de opleiding op verdiepend niveau (niveau 2) onderdelen met een studielast van tenminste 15 EC heeft behaald.
3. Toegang tot de cursussen Onderzoeksscriptie en Onderzoeksstage heeft de student die tenminste 120 EC van de major van de opleiding heeft afgerond met een voldoende eindcijfer, waarvan het verplichte deel van de major geheel moet zijn behaald. (Cursussen in de
profileringsruimte tellen NIET mee!) 4. Vanwege gewetensbezwaren kan de student verzoeken dat de verplichte dissectiepractica van de
cursus Biologie van dieren (niveau 1) worden vervangen door een andere opdracht. 5. Een voldoende resultaat voor de cursus Biologie van dieren met dissectie kan verplicht zijn voor
cursussen van niveau 2 en 3 met practica waarbij gebruik wordt gemaakt van dieren. Dit is ter beoordeling van de cursuscoördinator, dit staat bij de ingangseisen van de cursus vermeld.
6. Onverminderd het bepaalde in het eerste lid wordt in de Universitaire Onderwijscatalogus (en de studiegids) bij elke cursus aangegeven welke voorkennis vereist is om daaraan met goed gevolg te kunnen deelnemen. De cursuscoördinator is verantwoordelijk voor het bepalen van het niveau van de student.
Je kunt dus pas aan niveau 3 cursussen beginnen als je tenminste twee niveau 2 keuzecursussen hebt gevolgd en gehaald.
4.6.2 Het kiezen van de niveau 2 en 3 cursussen
Met het volgen van de niveau 2 en 3 keuzecursussen bereid je je voor op een masterprogramma of op de arbeidsmarkt. Weet je aan het einde van het eerste jaar nog niet in welke richting van de biologie je je wilt specialiseren, dan kun je je
oriënteren door uit een paar studiepaden niveau 2 cursussen te kiezen. In de major Biologie zijn de keuzecursussen ondergebracht in 11 studiepaden (zie hoofdstuk 8). Deze studiepaden zijn samengesteld om richting te geven aan je studie
en daarbij het kiezen van een samenhangend pakket cursussen te vergemakkelijken en (roostertechnisch) mogelijk te maken. Daarnaast zijn er een aantal verbredende
cursussen die niet tot een studliepad behoren. Het zijn cursussen die in ieder studiepad een waardevolle aanvulling (kunnen) zijn. Tevens kunnen deze cursussen een voorbereiding zijn voor een master op dat gebied.
Bij het kiezen van de cursussen in jaar 2 en 3 heb je veel vrijheid. Het wordt aangeraden 2 (of meer) studiepaden te volgen. Overleg bij twijfel met je tutor of met de studieadviseur.
Wil je een masterprogramma volgen, dan moet je bachelorprogramma daarop voorbereiden. Zorg ervoor dat je je daarover tijdig informeert!
4.7 Wat te doen als je eerste keus buiten Biologie is? Je schrijft je dan zelf in voor je cursus van eerste keuze (meestal via Osiris). Vul altijd een tweede- en derdekeuzeformulier in voor Biologie! Studiepunt Biologie weet echter
24
niet of je voor je eerste keuze geplaatst bent. Laat het dus zo snel mogelijk weten aan
studiepunt Biologie als je niet geplaatst bent. In de meeste gevallen is er nog maar een beperkt aantal plaatsen bij de ‘na-inschrijving’ van Biologie. Als je bij studiepunt Biologie aangegeven hebt dat je niet geplaatst bent voor je
cursus buiten Biologie, ontvang je van studiepunt Biologie nader bericht over de eventuele ‘na-inschrijving’. Als er bij Biologie onverhoopt geen plaats meer is, dan kun je je nog bij de na-
inschrijving via Osiris voor een cursus van een andere opleiding inschrijven. Zorg dat je daar op voorbereid bent door van te voren te kijken wat je tweede- en derde keus buiten Biologie zou zijn.
Als je cursussen/stage/summerschool in het buitenland wilt volgen, begin dan minimaal een jaar van te voren met de voorbereidingen. Informatie over studeren in
het buitenland vind je via http://students.uu.nl/onderwijs/studeren-in-het-buitenland.
25
5. VOORLICHTING, AANMELDING EN PLAATSING 5.1 Voorlichting
In oktober en mei krijgen de eerstejaars studenten algemene studievoorlichting over de studiejaren 2 en 3 van de bacheloropleiding en loopbaanoriëntatie. De precieze data en tijden worden per email bekend gemaakt. Ouderejaars studenten zijn
uiteraard ook welkom op deze bijeenkomsten. 5.2 Inschrijving cursussen via OSIRIS-student
De in- en uitschrijving voor de cursussen vindt plaats via OSIRIS-student (zie schema in hoofdstuk 3.7). Eerstejaars studenten worden voor de cursussen in periode 1 en 2 door studiepunt ingeschreven maar verzorgen dit vanaf periode 3 zelf.
Houd er rekening mee dat de cursussen van Biologie vaak al vol zijn bij de eerste inschrijvingsperiode.
De inschrijving/aanmelding voor de cursussen via OSIRIS-student en de plaatsing in de cursus zijn in de tijd gescheiden trajecten. Bij aanmelding via Osiris-student wordt je op een wachtlijst geplaatst. Ongeveer drie weken na de sluitingsdatum (aanmelden
is dan niet meer mogelijk) krijg je bericht over de cursussen waarvoor je in de volgende periode bent geplaatst.
De cursussen van niveau 2 en 3 hebben een maximumcapaciteit. Het komt regelmatig voor dat zich voor een cursus meer studenten aanmelden dan er plaatsen zijn. Om te
voorkomen dat je geen plaats hebt bij een cursus bij Biologie, vul je het online tweede en derde keuze formulier in. Een link hiervoor krijg je van Studiepunt. De uiterste inleverdatum voor dit formulier is gelijk aan de sluitingsdatum van de inschrijving op
OSIRIS-student. 5.3 Regels bij de aanmelding en plaatsing
Let op dat je aan de ingangseisen voor een cursus voldoet op het moment dat je je voor de cursus inschrijft, tenzij anders vermeld. Iedere cursus heeft een maximum capaciteit. Bij meer inschrijvingen dan plaatsen bij
een cursus kunnen niet alle studenten worden geplaatst. Bij de plaatsing worden een aantal criteria gehanteerd die bepalen of je toegang hebt tot de cursus. Die criteria staan hieronder vermeld.
Criteria bij plaatsing: • Voldoe je aan de ingangeisen
• Heb je het online 2e 3e keuzeformulier ingevuld (verplicht). • Moet je nog verplichte eerstejaars cursus(sen) doen in de periode en timeslot van
de gekozen cursus?
• Past de cursus bij je studiepad(en) en je studievoortgang? • Ben je eerder voor de cursus van je eerste keuze niet geplaatst. Heb je dit op het
2e 3e keuzeformulier aangegeven?
• Voor hoeveel cursussen heb je je ingeschreven? (Maximaal 2 in verschillende timeslots)
• Kun je de cursus volgend jaar ook nog volgen, aantal EC? (volgend jaar voorrang;
dan aangeven op 2e 3e keuzeformulier) • Voor ouderejaars: studieverloop, heb je veel niet afgeronde cursussen staan?
Mocht je onverhoopt voor een cursus niet worden geplaatst, dan kun je je in het volgende studiejaar opnieuw voor deze cursus inschrijven. Meld dit op het 2e 3e keuze formulier. We houden er dan rekening mee bij de plaatsing.
─ De inschrijving voor de cursussen vindt ALLEEN plaats via OSIRIS-student in de
26
genoemde inschrijfperioden. LET HIEROP!!
─ Je 2e en 3e keuze geef je aan via een online formulier. ─ Als je geen, of te laat, een 2e en 3e keuze cursus opgeeft, geef je daarmee aan dat
je, ingeval je niet geplaatst wordt bij je eerste keuze cursus, je in de betreffende
periode bij Biologie GEEN andere cursus wilt volgen. Het is dus NIET zo, dat als je GEEN 2e/3e derde keuze hebt opgegeven, dit je plaatsingskans voor je 1e keuze cursus vergroot.
Je mag je per periode voor maximaal 2 Biologie major cursussen inschrijven. Deze moeten in een verschillend timeslot vallen. Meld je je wel voor meer dan 1 cursus per
timeslot aan (zo dit mogelijk is), dan word je voor geen van de aangemelde cursussen geplaatst.
─ Als je je in een periode naast 2 cursussen bij Biologie ook inschrijft voor cursussen bij andere opleidingen, dan verklein je je plaatsingskans bij de Biologiecursussen.
─ Het is via OSIRIS-student niet mogelijk om je na de sluitingsdatum nog in te
schrijven! Dit kan eventueel alleen nog op de na-inschrijvingsdag, mits er dan nog plaats is en alleen via studiepunt.
Wil je cursussen bij andere bacheloropleidingen volgen, dan moet je er rekening mee houden dat plaatsingsprocedure(s) bij die opleidingen anders zijn dan die bij Biologie. Aanmelding voor cursussen bij Biomedische Wetenschappen gaat via een mail naar
[email protected]. Let op: Als je je inschrijft voor een cursus bij een andere opleiding weet studiepunt Biologie niet of je al dan niet geplaatst bent voor die cursus. Laat studiepunt Biologie zo snel mogelijk weten als je niet geplaatst bent voor de
cursus bij de andere opleiding en vul altijd je tweede- en derdekeuzeformulier in. Er is geen garantie dat je alsnog geplaatst kan worden voor een cursus bij Biologie. Let op: inschrijving voor cursussen bij de faculteiten FSW, GW en REBO gaan per
semester! 5.4 Aanmelden voor niet-biologen bij cursussen van Biologie
De cursussen bij Biologie zitten vaak vol. Hierdoor is inschrijven voor deze cursussen via Osiris voor niet-biologen niet mogelijk. Studenten die een cursus bij Biologie willen volgen kunnen zich aanmelden door een mailtje naar [email protected] te sturen.
Indien er gelegenheid is de cursus te volgen krijgen zij daarover bericht. Studenten die via scheikunde MLS studeren en LAS studenten die een goegekeurde
hoofdrichtingsverklaring hebben melden zich op bovenstaande manier aan (via email). Zij zullen op dezelfde manier als biologen deelnemen aan de plaatsingsprocedure.
27
6. MASTERPROGRAMMA’S De studieaviespadenpaden bieden je een goede voorbereiding op de programma's van
diverse masteropleidingen. Er is echter geen garantie op toelating tot Masteropleidingen. Vanaf 1 september 2014 bestaan er geen doorstroommasters meer. Iedere student wordt, na aanmelding voor een master, individueel geselecteerd.
Masterprogramma’s die zeer goed aansluiten bij de opleiding: ─ Environmental Biology
─ Bio Inspired Innovation ─ Cancer, Stem Cells and Developmental Biology ─ Molecular and Cellular Life Sciences
─ Toxicology and Environmental Health De bachelor biologie geeft ook toegang tot meer toegepaste bètabrede masters:
─ Science Education and Communication ─ Science and Business Management
De volgende masterprogramma's (met specifiek vakkenpakket) sluiten goed aan bij de opleiding: ─ Biology of Disease
─ Neuroscience and Cognition ─ Drug Innovation ─ Immunity and Infection
─ Epidemiology ─ Regenerative Medicine and Technology ─ History and Philosophy of Science
─ Applied Ethics ─ Energy Science
─ Earth, Life and Climate ─ Marine Sciences
Meer informatie over masterprogramma’s kun je vinden op de website: www.uu.nl/masters
28
7. ARBEIDSMARKTORIËNTATIE
Faculteit en UU-breed
Wat? Beschrijving Wanneer Hoe kom je ermee in aanraking?
Career Services
Wil je weten hoe ver je bent met je voorbereiding op de arbeidsmarkt?
Doe dan de career check en krijg tips voor vervolgacties.
Praat met de Career Officer om inzicht te krijgen in wat je wilt en wat voor mogelijkheden er zijn.
Laat je CV of je sollicitatiebrief checken en oefen een sollicitatiegesprek.
Volg een gratis training, check de website voor het totale trainingsaanbod.
Bezoek een van de events die Career Services organiseert check de website voor het aanbod.
Hele jaar beschikbaar
students.uu.nl/beta/biologie/career-services of www.uu.nl/careerservices https://students.uu.nl/beta/biologie/career-services/activiteitenkalender
Carrièredag UU
Op de carrièredag zijn veel verschillende organisaties aanwezig. Tijdens zowel de workshops, de individuele gesprekken en de bedrijvenmarkt kun je met hen in contact komen.
februari www.carrieredaguu.nl
Carrièremiddag Carriere middag waarbij verschillende bedrijven/alumni vanuit Life Sciences aanwezig zijn om mee te netwerken.
Rond april Via UBV, Meibiose, Advident en Careerservices
International Office faculteit
Studeren in Buitenland informatie Voorlichting op SihBA i.s.m. UBV
hele jaar beschikbaar september
students.uu.nl/beta/biologie/onderwijs/studeren-in-het-buitenland
International Office UU-breed
Studeren in Buitenland informatie Voorlichtingsbijeenkomsten
Sept-dec
http://students.uu.nl/onderwijs/studeren-in-het-buitenland
Masteravond Waarbij (bijna) alle UU masters zich presenteren, met voorlichting en extra activiteiten.
februari en oktober
www.uu.nl/masters
Biologie (cursief valt onder tutoraat)
Studieadviseur Biologie
Voor alle vragen, verwijst indien nodig door naar andere informatiepunten
hele jaar beschikbaar
[email protected] www.uu.nl/beta/studieadviseurs
Studentbestuurs-lid Biologie
Voor kleine vragen; makkelijk te benaderen. Kan studenten doorverwijzen naar de juiste informatiepunten
hele jaar beschikbaar
[email protected] of aanspreken
Arbeidsmarkt- oriënterende lezingen
In diverse niveau 2 cursussen zijn lezingen van bedrijven
periode 1 t/m 4
BSA informatie Presentatie door de studieadviseur september 1e jaars college
Arbeidsmarkt- oriëntatie
Presentatie over arbeidsmarkt algemeen voor biologen, in samenwerking met NIBI
mei Blackboard Tutoraat
Info studiepaden Presentatie en informatiemarkt over de studiepaden en hoe die aansluiten op masters
oktober en mei
Blackboard Tutoraat
Landelijk LOBS masterdag
Markt waarbij (bijna) alle biologie-gerelateerde masters aanwezig zijn
begin januari wordt reclame gemaakt via UBV
BCF Career Event
Carrière-event; voor studenten en starters met meer dan 100 deelnemende organisatie, gratis online registratie
mei, locatie nog niet bekend
Aanmelden via www.bcfcareerevent.nl
NIBI
Nederlands Instituut voor Biologie, biedt gratis carrière-advies aan voor haar leden. Biologen worden gestimuleerd lid te worden, speciale aanbieding via UBV
hele jaar beschikbaar
zelf achteraan
29
Utrechtse Biologen Vereniging (UBV)
Kanalen om studenten te bereiken: posters, Facebook, Instagram, nieuwsbrief, website, verenigingskamer
Studeren in
buitenland avond
(SihBA)
Waarbij studenten van de facultaire
international officer, de studieadviseur en
twee studenten horen hoe je een
exchange regelt en hoe het is etc. Veel
ruimte voor vragen
September via UBV
Scriptie infoavond
Avond waar algemene info en persoonlijke
ervaring van studenten over het schrijven
van een scriptie en het doen van een
onderzoeksstage wordt vertelt.
September en
maart via UBV
Vakgroepentocht
Mogelijkheid om kennis te maken bij de
verschillende vakgroepen voor potentiele
stage- en scriptieplekken
November Via UBV
Carrièreavond
Avond waarop bedrijven zich presenteren
aan studenten. Ook aandacht voor de
loopbaan van de sprekers, misschien
uitbreiding met informatie over
promoveren / academische carrière
November via UBV en mail naar alle
Life Sciences studenten
Lezingen
Korte lezingen over Biologie-gerelateerde
onderwerpen door hoogleraren en
bekende wetenschappers
+/- 1 per
maand via UBV
Bioborrel
Borrel waarbij studenten en medewerkers
van het departement met elkaar in contact
kunnen komen
Laatste vrijdag
van elke
maand
via UBV en departement
Biologie
Alternatieve
masteravond
Avond waarbij masterstudenten over hun
masterprogramma en stages komen
vertellen. Veel ruimte voor vragen
Februari via UBV
Life Science Career
event
Middag waarbij verschillende bedrijven
aanwezig zijn mee te netwerken. Rond maart
Via UBV, Advident, Career
Services, M.B.V. Mebiose
Alternatieve
mastergids
Informele studiegids waarin
masterstudenten hun mening geven over
masterprogramma’s en hun stages
uitleggen
Eens per jaar,
april via UBV
Minor infoavond
Avond waar algemene info en persoonlijke
ervaring van studenten over verschillende
minors wordt vertelt.
Rond juni Via UBV
Buitenlandse
Studiereis
Reis in de zomervakantie met een bezoek
aan een buitenlandse Universiteit /
instelling
Juli via UBV
Carrière workshop Waarbij bedrijven workshops geven aan
studenten over carrière onderwerpen Hele jaar door via UBV
Stagebank
Leerstoelgroepen en bedrijven kunnen
stages aanbieden; ook plaats voor
studentassistentschappen en banenbank
Hele jaar
beschikbaar UBV website
Bedrijfsexcursies Excursies naar bedrijven waar biologen
kunnen werken
Door het jaar
heen via UBV
Alternatieve
studiegids
Informele studiegids waarin studenten hun
mening geven over cursussen
4 per jaar
tijdens cursus-
inschrijvingen
via UBV
Netwerk events
Actviteiten waar studenten in kleine
groepjes met biologie-alumni vanuit
verschillende werkvelden kunnen praten
om zich te oriënteren op de mogelijkheden
binnen de biologie.
Hele jaar door Via UBV
30
8. De PADVINDER; studiepaden in de opleiding De studiepaden bij Biologie zijn een hulpmiddel om een richting binnen de Biologie te
kiezen. Ze zijn zo goed mogelijk afgestemd op masterprogramma’s na de bachelor Biologie. Je stelt je eigen pakket(ten) samen, eventueel in overleg met je tutor en/of studieadviseur. Bij de mastercoördinatoren kun je terecht voor de eisen die nodig zijn
om toegelaten te worden tot een bepaalde master of track binnen een master. Het is verstandig om hier bij de keuzes van je vakkenpakket rekening te houden. Daarnaast zijn er cursussen die niet tot een bepaald studiepad behoren maar verbredend zijn.
Met deze cursussen kun je je loopbaan een andere richting geven dan met de ‘traditionele’ richtingen binnen de Biologie. Het zijn cursussen die in ieder studiepad een waardevolle aanvulling (kunnen) zijn. Tevens kunnen deze cursussen een
voorbereiding zijn voor een master op dat gebied. Er zijn 11 studiepaden die alllemaal bestaan uit een aantal kerncursussen. Daarnaast is in alle studiepaden de schrijfcursus, de bachelor onderzoeksscriptie en stage
verplicht (voor studenten van voor cohort 2016 is alleen de scriptie verplicht). Je volgt meestal twee of misschien wel meer studiepaden, Het is niet verplicht om alle cursussen in een studiepad te volgen, het is ook mogelijk om delen van studiepaden
te volgen. Naast de studiepaden worden er de volgende studierichtingen onderscheiden:
─ Gedragsbiologie ─ Moleculaire Levenswetenschappen ─ Organismen, Ecosystemen en Biodiversiteit
In de figuur hieronder staan aangeven welke studiepaden er zijn en hoe ze gerangschikt zijn in relatie tot de studierichtingen
LET OP: De studiepaden zijn altijd in ontwikkeling, dat wil zeggen dat de informatie in navolgende beschrijvingen onderhevig aan veranderingen kan zijn, raadpleeg altijd de laatste versie van de digitale padvinder of studiegids en informeer ook bij betreffende
coördinatoren en docenten. Als hulpmiddel bij het maken van een planning is een programmaatje ontwikkeld dat
je in in staat stelt om vakken in het rooster te plaatsen; De VAKKENVULLER. (http://www.projects.science.uu.nl/coos/Vakkenvuller/index.html).
Er zijn versies voor Linux,
Mac en Windows. Download regelmatig een nieuwe versie va het programma
(programma vraagt zelf om de gegevens te verversen).
31
8.1 Leeswijzer PADVINDER Er zijn 11 studiepaden waarbij per studiepad de kerncursussen aangegeven worden.
Daarnaast worden biologiecursussen genoemd die aanbevolen worden, dat wil zeggen dat ze goed bij het studiepad passen en een aanvulling kunnen zijn. Tevens worden cursussen die bij andere departementen en faculteiten gegeven worden, maar ook een
goede aanvulling van het studiepad vormen, genoemd. Voor de kerncursussen van een studiepad wordt aangegeven wat de ingangseisen zijn. Bij de aanbevolen cursussen bij Biologie kunnen aanvullende ingangseisen gelden, informeer je tijdig via
deze gids en Osiris. Ook voor de cursussen buiten Biologie wordt aangeraden van te voren goed te informeren naar ingangseisen, beschikbare plaatsen en inschrijfperiodes.
Je volgt meer dan één studiepad, je kunt ook delen van studiepaden volgen, het is niet verplicht om een studiepad ‘af te maken’. Hoeveel en welke cursussen je op niveau 3 binnen het studiepad doet hangt af van welke richting je op wilt in je
master. De major bestaat uit 135 EC en dat zijn maximaal 18 cursussen, meer dan welk studiepad dan ook bevat. Daarnaast zijn er verbredende cursussen die niet tot een bepaald studiepad behoren. Met deze cursussen kun je je loopbaan een andere
richting geven dan met de ‘traditionele’ richtingen binnen de Biologie. Het zijn cursussen die in ieder studiepad een waardevolle aanvulling (kunnen) zijn. Tevens kunnen deze vakken een voorbereiding zijn voor een master op dat gebied.
Je moet opletten dat je naast de verplichte cursussen voldoende cursussen van niveau 1, 2 en 3 volgt. Deze informatie is te vinden in deze gids (hoofdstuk 3.5). Daarnaast is het goed om te weten dat als je Educatie kant op wilt, voldoende cursussen met
biologische inhoud volgt (vooral in de breedte).
Maak op tijd een studieplanning (bijvoorbeeld met de vakkenvuller) en bespreek deze met je tutor of met de studieadviseur. Het kan zijn dat een combinatie van
studiepaden moeilijk te combineren is door de roostering van de cursussen. De opleiding doet haar best om veelgekozen studiepadcombinaties zo studeerbaar mogelijk te maken. Het is niet verplicht om alle cursussen van een studiepad te
volgen. Mocht je problemen tegenkomen door je keuze(s) neem dan contact op met de studieadviseur.
In het studiepad schema wordt aangegeven voor welke (veelal UU) masterpro-
gramma’s het studiepad een voorbereiding kan zijn. Let op, informeer je tijdig over de ingangseisen voor een master via de masterkiezerssite, zodat je goed voorbereid bent op de master van je keuze. Alle masteropleidingen mogen in principe selecteren, zorg
dus dat je goede cijfers haalt.
De aangegeven masteropleidingen zijn niet uitputtend, het is dus zaak je goed te informeren. Dit kan onder meer via de masterkiezerssite je tutor of de studieadviseur
of via het bezoeken van master informatieavonden.
De cursussen in het studiepad worden aangeven door pictogrammen. De pictogrammen bevatten alle organisatorische informatie over de betreffende cursus,
zoals naam, niveau, osiriscode, periode, timeslot, en in welke studiepaden de cursus een kerncursus is, of dat het een verplichte cursus is. Voor informatie over de inhoud,
leerdoelen en toetsing ga je naar de studiegids, cursusplanner of via Osiris.
32
8.2 Studiepad CELBIOLOGIE
33
8.3 Studiepad ECOLOGIE en NATUURBEHEER
34
8.4 Studiepad EVOLUTIEBIOLOGIE
35
8.5 Studiepad GEDRAGSBIOLOGIE
36
8.6 Studiepad MARIENE WETENSCHAPPEN
37
8.7 Studiepad MICROBIOLOGIE
38
8.8 Studiepad NEUROBIOLOGIE
39
8.9 Studiepad ONTWIKKELINGSBIOLOGIE
40
8.10 Studiepad PLANTENBIOLOGIE
41
8.11 Studiepad THEORETISCHE BIOLOGIE en BIOINFORMATICA
42
8.12 Studiepad TOXICOLOGIE
43
8.13 VERBREDENDE VAKKEN
44
CURSUSBESCHRIJVINGEN PER PERIODE
Periode 1, niveau 1 cursussen
EVOLUTIE & BIODIVERSITEIT Evolution and Biodiversity Coördinator: prof. dr. George Kowalchuk
Ecologie en Biodiversiteit
H.R. Kruytgebouw, kamer N304
tel.: 030-253 6856
e-mail: [email protected]
Docenten: mw. dr. M.J. Duchateau, [email protected] dr. J. Bogerd, [email protected] mw. dr. M.C. Koster, [email protected] G. Steur MSc, [email protected] dr. E.T. Pos, [email protected] dr. F.A.C. Wiegant, [email protected]
Ingangseisen
VWO met profiel NG met natuurkunde of NT met biologie.
Studiepad In deze cursus doe je op het gebied van evolutie en biodiversiteit de basiskennis op die nodig is voor alle vakken van niveau 1, 2 en 3 en voor alle studiepaden.
Leerdoelen In deze cursus vorm je een kritisch beeld van de processen, patronen en theorie van
evolutie. Verder leer je de belangrijkste kenmerken van organismen in de verschillende domeinen. Daarnaast ontwikkel je vaardigheden in het uitvoeren van een literatuurstudie en het schrijven van een individuele miniscriptie.
Aan het einde van de cursus kun je: ─ de belangrijkste micro-evolutionaire processen (natuurlijke selectie, genetische
drift, gene flow, mutatie) uitleggen en toepassen,
─ uitleggen wat een soort is en hoe soorten ontstaan,
─ verwantschapsanalyses kunnen interpreteren en uitleggen, ─ de belangrijkste patronen in de geschiedenis van het leven beschrijven,
─ de belangrijkste misconcepten in de evolutie herkennen en beschrijven, ─ de belangrijkste kenmerken van organismen in de verschillende domeinen en
onderliggende groepen aangeven, ─ beredeneren wat de ecologische niche is van organismen en welke adaptaties
en fysiologische eigenschappen daar bij horen,
─ de evolutionaire verwantschap in en tussen domeinen en onderliggende groepen beschrijven en toelichten,
─ een samenhangend beeld van macro-evolutionaire patronen en micro-evolutionaire processen uitleggen en toepassen.
─ informatie opzoeken, selecteren, beoordelen, rangschikken en samenvatten in
een miniscriptie
Vaardigheden De belangrijkste vaardigheden die je in de cursus leert en gebruikt, zijn: ─ kritisch denken,
─ systematische benadering van problemen, ─ dissectie van een organisme uitvoeren aan de hand van een handleiding,
45
─ selecteren, verwerken en lezen van literatuur
─ schriftelijke rapportage, schrijven van een eenvoudige wetenschappelijke miniscriptie over een evolutionair onderwerp.
Inhoud Evolutiebiologie omvat het geheel van vakgebieden die de evolutionaire processen bestuderen. Hiertoe behoren onder andere de paleontologie, biogeografie,
systematiek, moleculaire biologie, genetica, populatiebiologie en de evolutionaire ecologie. Evolutie is een proces dat tot adaptatie en biodiversiteit leidt, waarbij de evolutietheorie een verklaring geeft voor alle huidige en historische biologische
processen en patronen. Wetenschappers schatten dat er 10 tot 80 miljoen soorten op aarde zijn, waarvan er op dit moment ongeveer 2 miljoen zijn beschreven. In de
cursus komen de volgende hoofdthema’s uit de evolutiebiologie aan bod: ─ micro-evolutie: de processen van mutatie, gene flow, genetische drift, en vormen
van selectie (natuurlijke-, artificiële-, seksuele- en kin-selectie) en adaptatie op
populatieniveau. ─ soortvorming: reproductieve isolatie, allopatrische- en sympatrische soortvorming
hybriden en polyploïdie.
─ macro-evolutie: de veelal grootschalige veranderingen in ruimte en tijd en, als gevolg daarvan, het ontstaan van de grote systematische groepen van het leven.
─ biodiversiteit: de volgende groepen van organismen worden behandeld: virussen,
bacteriën, archae, schimmels, eencellige eukaryoten, planten en dieren Onderwijsvormen
Hoor- en werkcolleges, (computer)practica, COO en schrijven van miniscriptie. Toetsing
De cursus is voldoende afgerond als je een voldoende (5,5 of hoger) haalt als eindcijfer. Voor elk van de twee deeltentamens moet je minimaal een 5,0 halen en het gemiddelde van de twee deeltentamens moet minimaal 5,5 zijn. Bij een onvoldoende
voor één of beide deeltoetsen is het mogelijk om ze afzonderlijk te herkansen mits het berekende eindcijfer niet lager is dan een niet afgeronde 4.0. Het cijfer van het blok wordt bepaald door:
─ de twee tentamens (80%, 8 van de tien punten), ─ de individuele miniscriptie (20%, 2 van de 10 punten). Afhankelijk van de kwaliteit van de miniscriptie en of je beide deadlines hebt gehaald,
vindt de beoordeling van de miniscriptie plaats in een 5-tal categorieën: met een O (onvoldoende: 0.8 punten), een M (matig: 1.1), een V (voldoende: 1.4), een G (goed: 1.7) of een U (uitstekend: 2). Haal je een deadline niet, dan gaan er 0.3 punten af
van het eindcijfer van je miniscriptie. Lever je geen miniscriptie in dan is de beoordeling ND en krijg je geen eindcijfer voor de cursus! Een onvoldoende miniscriptie moet herkanst worden.
Studiemateriaal ─ ‘BIOLOGY; A Global Approach’ van Campbell, 11e editie, Pearson Education Inc.,
San Francisco, 2017, ─ Werkboek Evolutie en Biodiversiteit.
46
MOLECULAIRE BIOLOGIE
Molecular Biology
Coördinator: dr. Laurens A. van Meeteren
Onderzoeksgroep Celbiologie
H.R. Kruytgebouw, kamer O501
tel.: 030-253 3002
e-mail: [email protected]
Docenten: dr. Laurens van Meeteren, Marjolein Haagsman MSc ([email protected]) en
dr. Ron Habets ([email protected])
Ingangseisen
VWO met profiel NG met natuurkunde of NT met biologie. Studiepad
Deze cursus is van belang voor alle vakken in jaar 1 en alle studiepaden. Leerdoelen
In de cursus Moleculaire Biologie krijg je kennis van en inzicht in de structuur van biomoleculen, van cellulaire processen en van de structuur en functie van het genetische materiaal.
De onderwerpen die aan bod komen: ─ de structuur van biomoleculen, ─ biochemie,
─ celstructuur en functie, ─ membranen, ─ cel signalering,
─ cel ademhaling, ─ fotosynthese, ─ celdeling (mitose en meiose),
─ nucleïnezuren, ─ het centrale dogma, ─ regulatie van gen expressie,
─ moleculair biologische technieken, ─ genoombiologie.
Vaardigheden ─ samenwerken,
─ zelfstandig studeren. Inhoudsbeschrijving
De cel is de basiseenheid in de biologie. Elk organisme bestaat uit cellen of is zelf één enkele cel. Door de chemische processen in cellen te begrijpen krijgen we inzicht in de mogelijkheden en beperkingen van levende organismen. Dit betreft zowel dier, plant
als micro-organisme. De cursus begint dan ook met het krijgen van kennis en inzicht in de structuur van aminozuren/eiwitten, koolhydraten en nucleïnezuren. Dit inzicht van biomoleculen is
essentieel voor het leren begrijpen van levensprocessen op moleculair niveau. Vervolgens zal de opbouw van de cel en de chemische processen die er in plaatsvinden uitgebreid behandeld worden.
In het tweede deel worden de structuur en functie van het genetisch materiaal op moleculair niveau en de invloed van mutaties op de functie van genen behandeld. Ook kijk je dan hoe genetisch materiaal in de cel wordt opgeslagen en over dochtercellen
47
verdeeld. Daarnaast krijg je een inleiding in moderne moleculaire technieken en hun
toepassingen. Onderwijsvormen
Je bereidt de stof thuis voor via het kijken van interactieve online clips op het platform van scalable learning. Daarnaast bestudeer je het boek en doorloopt de zelfstudie module behorend bij het boek (Mastering Biology). De individuele
voorbereiding wordt afgesloten met een wekelijkse online kennistoets. Vervolgens worden er in kleine groepen verdiepende opdrachten gemaakt tijdens een werkcollege. De leercyclus wordt daarna afgesloten met een afsluitend
responsie-college in groepen van +/- 60 studenten. Daarnaast zijn er tijdens het vak ook nog een aantal “meet the expert” colleges van
vooraanstaande wetenschappers en ga maak je samen met andere studenten een poster over een moleculair biologisch onderwerp.
Blackboard Tijdens de cursus krijg je ondersteuning via Blackboard. Hier vind je de links naar alle relevante programma’s en websites. Het rooster is beschikbaar op blackboard en in de
myUU app. Mastering Biology
Dit is een online programma behorende bij het boek van Campbell. Hier vindt je de zelfstudie opdrachten en moet je de wekelijkse kennistoets maken.
Toetsing Voor de toetsing tellen de volgende onderdelen mee (met weging in percentage voor eindcijfer):
1) Tentamens (T1 50%, T2 40%) 2) Individuele kennistoetsen (5%) 3) Werkcollege-opdrachten (5%)
Daarnaast is het verplicht om actief deel te nemen aan de werkcolleges en moeten de digitale practica afgrond zijn.
Er zijn 2 tentamens in de cursus, deze worden beide digitaal afgenomen. Tentamen 1 (T1) is in week 6 en tentamen 2 (T2) in week 10. Het eindcijfer moet boven de 5,5 zijn. Daarnaast moet er voor beide toetsen minimaal
een 5,0 gehaald worden. Studiemateriaal
─ Biology, A Global Approach, 11th edition. Pearson Education Inc., San Francisco, 2017, MET inlogcode Mastering Biology, 11e editie Biology
─ Blokboek met werkcolleges.
48
Periode 1, niveau 2 cursussen
ACADEMISCHE COMMUNICATIE
Academic communication Coördinator: drs. ing. Karlijn Gielen
Onderzoeksgroep Animal Ecology
H.R. Kruytgebouw, kamer O302
tel.: 030-253 5364
e-mail: [email protected]
Docenten : drs ing. Karlijn Gielen
n.n.b.
Capaciteit: 90 (per timeslot)
Je kunt deze cursus in periode 1 (AD) of periode 3 (AD óf BC) volgen
Studiepad De cursus is een verplicht onderdeel vanaf examenprogramma BIOL-2017 en een keuze onderdeel voor alle andere studenten.
Leerdoelen en vaardigheden: Aan het eind van de cursus kan de student:
─ een goede schrijftechniek toepassen bij verschillende typen tekst; een gestructureerde en samenhangende tekst in correct en wetenschappelijk Engels en Nederlands schrijven.
─ bibliotheeksystemen exploreren over een biologisch onderwerp aan de hand van gestructureerde en systematische zoektechnieken
─ de inhoud van de gevonden literatuur kritisch beoordelen en ordenen.
─ wetenschappelijke artikelen ordenen, kritisch lezen, begrijpen, analyseren, vergelijken, op waarde beoordelen, integreren en herformuleren t.b.v. eigen verslaglegging
─ de empirische cyclus herkennen in verscheidene vormen van wetenschappelijke artikelen en toepassen op eigen schrijfproducten
─ een kritische houding aannemen t.o.v. wetenschappelijke output, met name schrijfproducten en deze houding omzetting in gerichte peer-feedback
─ ontvangen feedback verwerken om opdrachten te verbeteren
─ aangeven wat de beroepsmogelijkheden na zijn studie zijn en aangeven wat zijn eigen beroepsvoorkeuren en de daarvoor mogelijke studie- en loopbaankeuzes zijn
─ samen met een aantal medestudenten een interview- en filmproject opzetten en afronden (samenwerken)
─ mondelinge presentatie geven van een beleidsrapport
─ kritisch reflecteren op eigen handelen rondom schrijfproces, samenwerking en presenteren
Inhoudsbeschrijving Bij de cursus Academisch schrijven maak je kennis met verschillende manieren van wetenschappelijke communicatie. De nadruk ligt daarbij op het schrijven van
verschillende wetenschappelijke teksten (zoals een essay en een review), maar ook mondelinge communicatie in de vorm van een interview, een presentatie en het maken van een voorlichtingsfilm komen in deze cursus aan bod.
Je leert wetenschappelijke teksten lezen, analyseren, beoordelen en schrijven, in het
49
Nederlands en in het Engels. Daarom ontleed je eerst de opbouw van
wetenschappelijke teksten in detail en leert hoe dit samenhangt met de empirische cyclus, om dit vervolgens zelf toe te passen op verschillende typen schrijfproducten. Het aanleren van de techniek van schrijven, zoals bijvoorbeeld het aanbrengen van
structuur, is een belangrijk onderdeel van de cursus. Daarnaast komt het systematisch opzoeken, opslaan en correct refereren van literatuur aan de orde. Maar ook kritisch denken en argumenteren zijn essentiële vaardigheden voor goede
wetenschappelijke communicatie. Beoordeling vindt plaats door ervaren docenten, maar er word je ook gevraagd om je medestudenten constructief en kritisch te beoordelen en te reflecteren op je eigen handelen.
Onderwijsvormen
De cursus omvat hoorcolleges, werkcolleges, groepswerk en zelfstudie. In het kader van beroepsoriëntatie houd je een interview en maak je een hierover een voorlichtingsfilm.
Toetsing Aanwezigheid en actieve deelname bij contactmomenten is verplicht evenals het
tijdig inleveren van alle (schrijf)producten. Voor het succesvol afronden van de cursus moeten de cijfers van de verschillende toetsonderdelen minimaal een 5,0 zijn, het gemiddelde cijfer voor individuele toetsing moet minimaal een 5,5 zijn en het
totaalgemiddelde moet ook hoger zijn dan een 5,5. Conform OER mogen studenten in de herkansperiode één onvoldoende deeltoets (verslag of project) herkansen. ─ Resultaten en discussie 20%
─ Review 40% ─ Essay 10% ─ Beroepsoriëntatie 20% waarvan
o Tekst 10% o Voorlichtingsfilm 10%
─ Overige vaardigheden 10% bestaande uit
o Peerfeedback o Zelfreflectie o Presenteren
o Samenwerking Studiemateriaal
Dit wordt via Blackboard/internet aangeboden
50
BIOLOGISCHE MODELLERING Voorheen Theoretische ecologie
Biological modeling
Coördinator: prof.dr. Rob J. de Boer
Afdeling Theoretische Biologie en Bioinformatica
H.R. Kruytgebouw
kamer N601, tel.: 030-253 7560
e-mail: [email protected]
Docenten: prof.dr. R.J. de Boer, [email protected]
Ingangseisen Systeembiologie (jaar 1) of vergelijkbare kennis. Je kunt deze cursus niet volgen als
je Theoretische ecologie behaald hebt. Studiepad
Deze cursus behoort tot het studiepad Theoretische Biologie & Bioinformatica
Leerdoelen In deze cursus leer je: ─ wiskundige modellen lezen, begrijpen (kunnen toelichten) en bekritiseren,
─ klassieke modellen voor populatie dynamica begrijpen en herkennen, ─ nieuwe wiskundige modellen opstellen voor biologische vraagstukken, ─ theoretische resultaten vertalen naar een biologische interpretatie,
─ dynamica van populaties op een computer analyseren en simuleren, ─ toepassen van begrippen als stabiliteit, periodiek gedrag, attractor, hysterese,
complex systemen,
─ een mondelinge presentatie maken en presenteren in het Engels, ─ schriftelijk rapporteren,
Vaardigheden Bibliotheekgebruik, lezen en analyseren van een wetenschappelijk artikel, beroepsspecifieke tools, computer als leeromgeving, programmeren, uitvoeren van
de onderzoekscyclus, omgaan met complexe systemen, mondelinge rapportage (Engels), schriftelijke rapportage (Engels).
Inhoud Theoretisch onderzoek speelt een belangrijke rol in de biologie. De cursus behandelt een groot aantal wiskundige modellen om te laten zien hoe men de dynamica van
biologische populaties kan beschrijven en begrijpen. Voorbeelden van deze populatiedynamica zijn: ecologische voedselketens, epidemiologische modellen, bacteriën geïnfecteerd door fagen en populaties van cellen. Studenten worden
vertrouwd gemaakt met het opstellen en analyseren van wiskundige modellen. Wiskundige modellen zouden na deze cursus niet langer als ‘black box’ beschouwd mogen worden. Resultaten van modellen, en hun biologische consequenties, moeten
kritisch gewogen worden aan de hand van de inhoud, de complexiteit, de realiteit, en het formalisme van het model. Klassieke wiskundige modellen worden opnieuw afgeleid. Door modellen zelf af te
leiden uit eenvoudige biologische aannames leert de student dergelijke modellen kritisch te beschouwen en doet de student ervaring op met het zelf ontwikkelen van wiskundige modellen. De student leert de resultaten verkregen met dergelijke
modellen vertalen naar een biologische interpretatie. Om de stabiliteit van evenwichten te kunnen bepalen behandelen we een aantal nieuwe wiskundige concepten zoals: matrix, eigenwaarde, partiele afgeleiden, Jacobi matrix en
51
complexe getallen. Dit eerste onderdeel duurt 6 weken en wordt afgesloten met een
tentamen in week 7. Tijdens de laaste 3 weken van de cursus lezen en bespreken we een aantal klassieke
en recente artikelen en werk je in een kleine groep aan een project dat doorlopen wordt aan de hand van een recente wetenschappelijke publicatie. In deze opdracht leer je deze kennis in praktijk brengen, primaire literatuur lezen, en doorloop je de
onderzoekcyclus van vraagstelling, naar onderzoek, naar het presenteren van je resultaten (totaal 3 weken, afgesloten met een symposium en schriftelijk verslag in het Engels).
Werkvormen
Nieuwe stof wordt uitgelegd in hoorcolleges en geoefend in werkcolleges en computerpractica. We lezen en bespreken klassieke wetenschappelijke artikelen. In week 8-10 doorloop je de onderzoekcyclus en wordt zo zelfstandig mogelijk aan een
groot project gewerkt. Daarnaast wordt tijd gereserveerd voor zelfstudie. Toetsing
Het eindcijfer is een gewogen gemiddelde over de twee onderdelen. Voor de practica zelf krijg je geen cijfer, de deelname aan de practica is niet verplicht. In de praktijk blijken de practica essentieel voor een goed begrip van de stof.
Studiemateriaal ─ Het e-boek “Modeling Population Dynamics in Biology” van de docent wordt bij
aanvang van de cursus verstrekt (tegen de kostprijs van € 10) en is ook verkrijgbaar via http://tbb.bio.uu.nl/rdb/books.
─ Software: RStudio en Mathematica (beide beschikbaar in MyWorkPlace)
Informatie Tijdens de cursus krijg je actuele informatie via Blackboard en/of
http://tbb.bio.uu.nl/rdb/bm
52
MARIENE WETENSCHAPPEN II
Marine sciences II: ‘Evolution and ecology of coastal seas’ Coördinator: mw. dr. Francesca Sangiorgi
Mariene Palynologie & Palaeoceanografie
Vening Meinesz Gebouw A, Princetonlaan 8a, 3584 CB Utrecht
Kamer 4.38, tel.: 030-253 2419, e-mail: [email protected]
secretariaat: mw Tjitske Vos.([email protected]); tel. 030-253 2629
Docenten: mw. dr. Francesca Sangiorgi ([email protected])
mw. dr. Sabine Gollner ([email protected])
dr. Bas van de Schootbrugge ([email protected])
dr. Joao Trabucho-Alexandre ([email protected])
Gastdocenten: dr. Tjeerd Bouma ([email protected])
prof. dr. Stefan Schouten ([email protected])
Delen van deze cursus worden in het Engels gegeven
Ingangseisen De cursus Mariene Wetenschappen I of vergelijkbare kennis. Studenten die niet
Mariene Wetenschappen I hebben gevolgd moeten contact opnemen met de coördinator om de ingangseisen te bespreken.
Studiepad Deze cursus is van belang voor studenten die het studiepad Marine Wetenschappen, volgen. Ook voor studenten Aardwetenschappen en studenten die het studiepad
Ecologie en natuurbeheer volgen of de richting van Educatie, Communicatie en Management op willen kan dit een waardevolle cursus zijn.
Leerdoelen Kustgebieden zijn uitzonderlijk dynamische omgevingen welke constant veranderen. Er ontstaan unieke ecosystemen door de interactie van land en zee met hoge
biodiversiteit en biologische activiteit. Wereldwijd wonen steeds meer mensen in de kustgebieden, met als gevolg dat de kustgebieden en ecosystemen ook worden geconfronteerd met de effecten van menselijk handelen bovenop de natuurlijke
veranderingen. Vervuiling, afbraak van habitat en klimaatverandering dragen allemaal bij aan de aantasting van de kust ecosystemen. Voor instandhouding en bescherming van de kustgebieden zijn maatregelen nodig tegen deze hoge mate van
verstoring. In deze cursus leren de studenten over: ─ geologische, morfologische, hydrodynamische, biologische en chemische
processen die spelen in verschillende kustsystemen met de nadruk op de Nederlandse situatie ;
─ identificatie en ecologie van karakteristieke organismen van verschillende soorten
ecosystemen langs de kust. ─ vergelijkingen van hedendaagse kustmilieus met die uit het (geologische)
verleden (via analyses van fossiele organismen in paleomilieus en vroegere kustgebieden),
─ concepten rondom de integratie tussen ecologie / ecosystemen en engineering
(ecosysteem engineering), ─ mens-gerelateerde en natuurlijke verstoringen, vragen rondom natuurbehoud.
Vaardigheden ─ lezen, zoeken, selecteren en kritisch verwerken van wetenschappelijke literatuur, ─ Het leren van taxonomische vaardigheden om de belangrijkste microscopische
53
eukaryote primaire producenten in de Nederlandse wateren en de belangrijkste
benthos organismen in verschillende typen kustgebieden te identificeren (gebruik van lichtmicroscoop en binoculair microscoop)
─ systematische benadering van problemen; kritisch denken
─ schriftelijke rapportage (Engels), opdracht in kleine groepen of individueel ─ het leren van verzameling van data en hun interpretatie om de processen die
spelen in een kust milieu te begrijpen (gerelateerd aan veldwerkexcursie)
─ omgaan met complexe mariene ecosystemen, en hun interactie met fysische processen
─ denken op biologische en geologische tijdschalen.
Inhoud
Na een beknopte inleiding, volgen de modules (van één of meerdere weken): ─ geologische, morfologische evolutie van de kustgebieden ─ hydrodynamische, chemische en biologische processen (productiviteit / organische
degradatie) ─ biologische en ecologische analyses van verschillende soorten kustmilieus
• zandige kust
• modderige oever • rotsachtige kust • estuaria
• zeegras gemeenschappen en schorren (ev. Mangroves) ─ verstoringen en natuurbehoud ─ excursie naar typisch slikken & schorren kustgebied/Veldwerk (1 dag)
Werkvormen (Werk)colleges, lichtmicroscoop en binoculair practica voor micro/meiobenthos en
phytoplankton identificatie, discussiesessies, essay schrijven (Engels). Toetsing
Aan de eisen voor de cursus is voldaan indien een voldoende is behaald voor 1) het schrijven van een essay en 2) het tentamen over de gehele stof. Het eindcijfer wordt respectievelijk gewogen in de verhouding 40:60
Het tentamencijfer moet voldoende zijn (>5.5) om het eindcijfer te krijgen Actieve deelname aan alle hoorcolleges en werkgroepen is verplicht, en opdrachten/uitkomsten worden gecontroleerd. Opdracht excursie heeft een
beoordeling (voldoende, onvoldoende), maar wordt ook in de toets getest. Studiemateriaal
─ Garrison T., 2016, “Oceanography; An invitation to Marine Science, 8th or 9th edition, International Edition (ook gebruikt bij Mariene Wetenschappen I),
─ Literatuur wordt tijdens de cursus aangeboden, o.a. via Blackboard.
54
MICROBIËLE INTERACTIES
Microbial interactions Coördinator: dr. P.A.H.M. Bakker (Peter)
Onderzoeksgroep Plant-microbe interacties
H.R. Kruytgebouw, kamer W307
tel.: 030-253 6861
e-mail: [email protected]
Docenten : dr. P.A.H.M. Bakker, [email protected]
prof.dr. M.G.A. van der Heijden [email protected]
mw.dr. M.C. Koster [email protected]
prof.dr.ir. C.M.J. Pieterse, [email protected]
Ingangseisen De eerstejaars cursus Moleculaire biologie én minimaal één van de volgende drie
cursussen: Evolutie en biodiversiteit, Experiment en statistiek of Biotechnologie en maatschappij, en/of vergelijkbare cursussen.
Studiepad De cursus is onderdeel van het studiepad Microbiologie en Plantenbiologie.
Leerdoelen: Tijdens de cursus microbiële interacties kom je zowel theoretisch als praktisch in aanraking met verschillende vormen van interacties tussen micro-organismen en
dieren of planten. Hierbij komen pathogenen, symbionten, probiotica en beheersing van pathogenen aan de orde. Na afloop van deze cursus kun je:
─ de karakteristieken beschrijven van microben ─ de karakteristieken beschrijven van verschillende vormen van dier-microbe en
plant-microbe interacties,
─ de belangrijkste mechanismen beschrijven van interacties tussen dier/plant en micro-organismen en kunnen uitleggen hoe deze mechanismen bestudeerd worden,
─ de belangrijkste mechanismen beschrijven van interacties tussen micro-organismen onderling en kunnen uitleggen hoe deze mechanismen bestudeerd
worden, ─ begrip hebben van het belang van micro-organismen voor het functioneren van
dieren/planten,
─ afwijkingen aan planten veroorzaakt door micro-organismen waar te nemen ─ microbiologische technieken uitvoeren ─ een onderzoeksvraag formuleren, wetenschappelijke experimenten bedenken en
uitvoeren, ─ een literatuuronderzoek uitvoeren, een poster maken, een presentatie maken en
geven.
Vaardigheden Lezen en analyse van wetenschappelijke artikelen, uitvoeren van de
onderzoekscyclus, systematische benadering van problemen, kritisch denken, creatief en probleemoplossend denken en werken, omgaan met complexe systemen, plannen, mondelinge rapportage, wetenschappelijke discussie.
55
Inhoudsbeschrijving
Micro-organismen veroorzaken niet alleen ziekten maar zijn ook onmisbaar voor het normaal functioneren van dieren en planten. Afhankelijk van de aard van het micro-organisme kunnen neutrale, positieve en
negatieve interacties tussen micro-organismen en dieren/planten plaatsvinden. In deze cursus komen mechanismen van interacties aan de orde waarbij duidelijk wordt hoe complex de biotische omgeving van een dier/plant is.
De interacties worden tijdens de cursus van beschrijvend tot op het moleculaire niveau behandeld. Vragen die aan de orde komen zijn: Welke signalen zijn betrokken bij communicatie tussen dieren/planten en micro-organismen? Wat is het voordeel
van de interactie voor de micro-organismen? Heeft het dier/de plant een voor- of nadeel van de interactie? Hoe kunnen interacties door de mens worden benut?
In de eerste 5 weken van de cursus wordt een introductie in de microbiologie gegeven en leert de student de belangrijkste kenmerken van experimenteel
onderzoek aan micro-organismen kennen. In dit eerste deel ligt de nadruk op dier-microbe interacties. In groepsverband worden een aantal case studies uitgewerkt. Het eerste deel van de cursus wordt in week 6 afgesloten met een schriftelijke toets.
In het tweede deel van de cursus ligt de nadruk op plant-microbe interacties. De student leert hier de karakteristieken van pathogene en symbiotische interacties kennen en maakt uitgebreid kennis met het begrip microbioom. In practica worden
zieke planten en door mycorrhiza geïnfecteerde wortels in de Uithof verzameld en bestudeerd, daarnaast komen antagonistische interacties tussen micro-organismen aan de orde. Ook dit deel van de cursus wordt afgesloten met een schriftelijke toets.
Onderwijsvormen De cursus omvat hoorcolleges, werkcolleges, en practica. Er wordt gepresenteerd in
de vorm van een mondelinge presentatie, een verslag, een plenaire discussie en een essay.
Toetsing Actieve deelname aan werkcolleges, practica en presentatieopdrachten is verplicht. Voor het eindcijfer telt het gemiddelde van de twee deeltoetsen mee voor 70% en de
practica en opdrachten voor 30%. Beide cijfers moeten 5,5 of hoger zijn. Studiemateriaal
Labjas, practicumhandleiding en labjournaal
56
ONTWIKKELINGSBIOLOGIE
Developmental biology Coördinator: mw. dr. Inge The, [email protected]
Onderzoeksgroep Ontwikkelingsbiologie
H.R. Kruytgebouw, kamer O508
Docenten: dr. W.J.A.G. Dictus, [email protected]
dr. B.K.A. Nelemans, [email protected]
dr. A.A.M. Thomas, [email protected]
Mw. dr. S.I. The, [email protected]
Ingangseisen Voor studenten van de bachelor Biologie de cursussen ‘Moleculaire Biologie’ en ‘Biologie van Dieren’, voor de studenten van de bachelor Biomedische
Wetenschappen de cursussen ‘Cellen’, ‘Organisme’ en ‘Moleculaire Biologie van de Cel’ en voor de studenten van de bachelor Molecular Life Sciences de cursussen ‘Moleculaire celbiologie’ en ‘Functionele Biologie’. In alle gevallen geldt dat de
genoemde cursussen met een voldoende zijn afgesloten. Bij de practica wordt voortgebouwd op de theoretische en praktische ervaring van de cursussen ‘Biologie van Dieren’ (Biologie) of ‘Weefsels’ (Biomedische wetenschappen). Indien studenten
niet voldoen aan de ingangseisen, kan door de coördinator extra stof worden opgegeven die voorafgaand aan het blok bestudeerd dient te worden. LET OP: Gedurende deze cursus zijn er verplichte onderdelen waarbij
gewerkt wordt met levend dierlijk materiaal. Studiepad
De cursus is voornamelijk onderdeel van het studiepad Ontwikkelingsbiologie, maar is ook geschikt om te volgen indien je het studiepad Celbiologie volgt.
Leerdoelen Na afloop van de cursus: ─ heb je inzicht in de embryonale ontwikkeling van de gangbare modelsystemen in
de ontwikkelingsbiologie (muis, zebravis, kip, Xenopus, Drosophila en C. elegans),
─ heb je inzicht in de wijze waarop moleculair-genetische informatie, die in het DNA
is opgeslagen, wordt gedecodeerd en vertaald in het bouwplan van een embryo, de bevruchting van eicellen, de rol van asymmetrische delingen van embryo’s, de differentiatie van weefsels, de vorming van organen en de uitgroei van het
embryo tot een volwassen individu, hoe geslachtsdeterminatie plaatsvindt en de relatie tussen ontwikkelingsbiologie en evolutie,
─ kan je verklaren hoe verstoringen in de bovengenoemde processen kunnen leiden
tot ziekten met een ontregeling van celgroei of celdifferentiatie en tot erfelijk bepaalde ontwikkelingsstoornissen,
─ kan je minimaal 3 recente artikelen op één van de gebieden van de
ontwikkelingsbiologie helder samenvatten in de vorm van een schrijfopdracht en via peer-review een schrijfopdracht van anderen voorzien van feedback.
Vaardigheden Begrip van biologische variabiliteit op organismaal tot moleculair niveau, omgaan
met complexe systemen, wetenschappelijke discussie, beargumenteren standpunten, bibliotheekgebruik, selecteren en verwerken literatuur, lezen wetenschappelijk artikel, schrijven in het Nederlands of Engels, microscoopgebruik,
dissectievaardigheden, werken met levende embryo’s van zebravis en kip, ethisch
57
bewustzijn, kritisch denken, peer-review van een schrijfopdracht en samenwerken.
Inhoudsbeschrijving en onderwijsvormen Tijdens de cursus worden aan de hand van een aantal veelgebruikte vertebrate en
invertebrate modelsystemen de volgende aspecten behandeld: klievingen, gastrulatie, neurulatie, organogenese, het ontstaan van de lichaamsassen, positionele informatie, Hox-genen, mesodermvorming, celdifferentiatie, celmigratie,
recombinant/knock-out/transgene dieren, de moleculair-genetische regulatie van gecoördineerde ontwikkeling, evolutie van de ontwikkeling van vertebraten. Naast de normale ontwikkeling besteed je tijdens de cursus aandacht aan afwijkingen die bij
de ontwikkeling kunnen optreden. In een zestal practica bekijk je levende embryo’s van de kip en zebravis en
preparaten van embryo’s van de kip, zebravis en hamster om de embryonale ontwikkeling van de dieren te onderzoeken. Het ontstaan van het embryonale kraakbeenskelet van de kip maak je zelf zichtbaar door dissectie van kippenembryo’s
en een kleuringsprocedure. Naast hoorcolleges en practica volg je nabesprekingen van hoorcolleges en practica, computerpractica en gestructureerde zelfstudie. Daarbij word je
ondersteund via BlackBoard waar recente hand-outs van de colleges, zelftesten, uitslagen, een oefententamen en andere informatie te vinden is. Je krijgt instructie van bibliotheekmedewerkers bij het zoeken van gegevens
in wetenschappelijke databestanden. Hieraan gekoppeld schrijf je in een groepje van vier studenten over een onderwerp dat gebaseerd is op één van de onderwerpen uit de ‘Milestones in Developmental Biology’ (publicatie Nature, juli 2004).
Toetsing
Verplicht zijn: deelname aan toetsen, voorcolleges van practica, practica,
computerpractica, werkcolleges, als mede aan het eerste hoorcollege, de colleges over het essay en het ethiekcollege, ook voor recidivisten. De hoorcolleges zijn niet verplicht maar wel zéér aan te raden en ze worden niet opgenomen. Een
vervangende opdracht wordt gegeven bij afwezigheid bij een verplicht onderdeel. Deze moet voor de tentamens worden ingeleverd, en is een inspanningsverplichting waaraan moet zijn voldaan om te mogen herkansen.
Het eindcijfervan de cursus wordt bepaald door: 1. Het cijfer van de schrijfopdracht over één van de onderwerpen van ‘Milestones
in Development’. De beoordeling telt voor 20% van het eindcijfer en het
minimale cijfer moet een 5 zijn. 2. Het cijfer van drie toetsen die samen 80% van het eindcijfer is. Het minimale
cijfer van elke toets moet een 5 zijn en het gemiddelde van de toetsen
minimaal 5,5 om te slagen. Indien het eindcijfer gelijk aan 4 of tussen 4 en 5 is, moeten alle drie de toetsen opnieuw gedaan worden.
Studiemateriaal ─ Het boek ‘Principles of Development’ van Wolpert, Tickle & Arias (6e druk). ─ De cursushandleiding, waarin de practica opdrachten worden gemaakt. ─ Snijset, kleurpotloden, gum.
58
PALEONTOLOGIE FLORA
Palaeontology flora
Coördinator: mw.prof.dr. F. Wagner-Cremer, [email protected]
Onderzoeksgroep Paleoecologie,
kamer 4.20, Vening Meinesz Building A, Princetonlaan 8A
030- 253 2666
Docenten: mw.prof.dr. F. Wagner-Cremer
dr. T. Giesecke
Plaats in het curriculum De cursus bouwt voort op de cursussen biologie en ecologie van planten, evolutie en biodiversiteit, systeem aarde en vegetatiegeografie. Deze of vergelijkbare kennis is
sterk aanbevolen.
Studiepad Deze cursus is aangeraden voor studenten die het studiepaden Ecologie en Natuurbeheer en Evolutie en Biodiversiteit volgen.
Inhoud In deze cursus wordt de botanische evolutie vanaf het Paleozoicum tot nu behandeld.
Centraal staat de ontwikkeling van de landplanten. Hierbij wordt ingegaan op de terugkoppelingsmechanismen tussen grootschalige geosfeer processen zoals platentektoniek, atmosfeer-biosfeer interacties en de koolstof cyclus. Vervolgens
wordt ingegaan op de natuurlijke dynamiek van biodiversiteit versus de huidige afname van de biodiversiteit, de antropogene ‘massa-extinctie’ van de 21e eeuw. Een halve dag beroeps-oriënterend symposium met sprekers uit verschillende
sectoren geeft een overzicht over de mogelijke werkgebieden in de Palaeoecologie. Structuur: In wekelijkse modules worden de belangrijkste periodes van de geologische
geschiedenis behandeld. Per week bieden 2 hoorcolleges (2x45 min per hc) een overzicht van de vegetatieontwikkeling tijdens de verschillende geologische periodes.
Tijdens de werkcolleges worden de volgende onderwerpen behandeld: 1. Inleiding sedimentaire gesteenten 2. Fossiele planten uit het Devoon
3. Ecosystemen uit het Carboon 4. Vegetatie uit het Mesozoicum 5. Vegetatieveranderingen gedurende het Kwartair
6. Huidige vegetatie en ‘levende fossielen Leerdoelen
In deze cursus bestudeer je het fossielen archief om inzicht in de evolutionair geschiedenis van organismen, met accent op het plantenrijk, te krijgen. Het doel is om basiskennis te verwerven over de morfologische diversiteit en soortenrijkdom in
het geologisch verleden. Na afloop kan je/heb je: ─ de morfologische kenmerken van macros- en microscopische planten fossielen
determineren, in de taxonomische hoofdgroepen indelen en waar mogelijk aan moderne plantenfamilies relateren,
─ inzicht over de fysiologische aanpassingen die planten in de loop van evolutie
ontwikkelen om het land succesvol te veroveren, ─ aan de hand van een vegetatiereconstructie het palaeomilieu/-klimaat herleiden,
59
─ de fysische en chemische processen rangschikken welke de vorming van fossiel
planten assemblages beïnvloeden en de consequenties voor het reconstrueren van de vegetatie en klimaat,
─ inzicht over de invloed van vegetatie op de mondiale koolstof kringloop
gedurende de opkomst van landplanten en het ontstaan van de eerste bossen, ─ uitleggen onder welke milieu en geologische factoren de productie en accumulatie
van organisch materiaal tot vorming van olie- en gasreservoirs / bronnen leidt,
─ basisbegrippen van relevante aspecten uit de sedimentologie, stratigrafie en algemene geologie hanteren.
Vaardigheden Je oefent in de cursus de volgende vaardigheden:
─ observeren, tekenen en beschrijven van plantenfossielen, relevante informatie verzamelen via internet, boeken en tijdschriften, selecteren en verwerken van literatuur,
─ uitvoeren van de onderzoekscyclus, ─ mondeling en schriftelijke rapporteren in het Nederlands, een presentatie maken,
deze geven en die van medestudenten beoordelen
─ microscoperen Onderwijsvormen
Dit zijn (hoor)colleges, werkcolleges, practica, excursies, COO, en zelfstudie. Tijdens de practica en werkcolleges werk je met 2-3 medestudenten (afhankelijk van de totaal hoeveelheid deelnemers) samen aan opdrachten, die je schriftelijk uitwerkt.
De werkcollegeopdrachten lever je in. De opdrachten bestaan uit practica over gesteenten en fossielen, computerpractica en een practicum in de botanische tuinen. Verder is er tijd gereserveerd voor zelfstudie, bestaande uit aanvullende
computeropdrachten en het lezen van de literatuur. Blackboard
Tijdens de cursus krijg je ondersteuning via Blackboard. Hier vind je college-handouts, werkcollege- en practica opdrachten, roosters, interessante links.
Toetsing Alle practica zijn verplicht, waarbij een samenvattende computer practicum en een presentatie met elk 20% aan de cijfer bijdragen. Het uiteindelijke cijfer wordt
bepaald door de practica (40%) en het mid-term en het eindtentamen (60%). Studiemateriaal
wit tekenpapier, een potlood, een gum en een puntenslijper.
60
PLANTENFYSIOLOGIE
Plant Physiology Coördinator: dr. M.C.G. Proveniers (Marcel)
Onderzoeksgroep Moleculaire Plantenfysiologie
H.R. Kruytgebouw, kamer O205
tel.: 030-253 3111
e-mail: [email protected]
Docenten : dr. M.C.G. Proveniers, [email protected]
Ingangseisen
De eerstejaars cursus Biologie en ecologie van planten of vergelijkbare kennis. Studiepad
De cursus is onderdeel van het studiepad Plantenbiologie. De cursus vormt een goede voorbereiding op de niveau 3 cursussen Plant Development and Environment, Molecular Plant Microbe Interactions en Food forward.
Leerdoelen: De doelstelling van de cursus is de student inzicht te geven in de fysiologische
processen en basale ontwikkelingsmechanismen die zich afspelen in hogere planten. Hierbij wordt de plant vooral als geheel bekeken en wordt de interactie van de plant met zijn omgeving verder uitgediept.
Na afloop van deze cursus: ─ heb je inzicht verworven in het moleculair functioneren van een plant op het
niveau van cel, weefsel, en volledige plant ─ kun je de mechanismen beschrijven waarover hogere planten beschikken om op
diverse omgevingsfactoren te reageren,
─ kun je plantreacties vertalen naar moleculaire mechanismen die aan de basis liggen van deze reacties,
─ kun je beschrijven hoe een plant zich aan kan passen aan verschillende types van
stress in zijn leefmilieu, ─ kun je onderzoekgericht denken om mogelijke plantreacties te evalueren en te
kunnen sturen,
─ heb je inzicht verkregen in verschillende maatschappelijke ontwikkelingen waarin planten centraal staan, zoals de duurzame landbouw, de discussie omtrent transgene gewassen, de plant als energiebron (biobrandstoffen) en de effecten
van klimaatverandering op plantengroei en -ontwikkeling. Vaardigheden
Lezen en analyse van wetenschappelijke artikelen, systematische benadering van problemen, kritisch denken, mondelinge rapportage, wetenschappelijke discussie. Je oefent ook je presentatietechniek en door middel van peer-review een oordeel te
vellen over het werk van anderen. Inhoud
Het centrale thema in de cursus plantenfysiologie is het functioneren van de plant in zijn omgeving. Planten zijn, in tegenstelling tot dieren, niet mobiel en ze moeten hun
groei en ontwikkeling daarom continu afstemmen op veranderingen in hun leefomgeving. Dit kunnen acute veranderingen zijn, zoals de plotselinge aanwezigheid van (a)biotische stressoren, maar ook graduele, seizoensgebonden
61
veranderingen, zoals de verandering van daglengte en omgevingstemperatuur
gedurende de loop van het seizoen. In de cursus wordt zowel stilgestaan bij de basale processen die voor groei en ontwikkeling van de plant nodig zijn, alsmede bij de verschillende mechanismen
waarover hogere planten beschikken om op de diverse omgevingsfactoren te reageren. Ook zal worden ingegaan op hoe verschillende omgevingssignalen en plant-eigen signalen geïntegreerd worden om ontwikkelingsprocessen te “fine-
tunen”. Hierbij komen de volgende aspecten aan de orde:
─ groei en ontwikkeling (embryogenese, vegetatieve ontwikkeling, generatieve ontwikkeling, vruchtvorming, zaadzetting, kieming en veroudering). Hierbij wordt
dieper ingegaan op processen als patroonvorming, de rol van meristemen, organogenese, orgaanpolariteit en cel- en weefseldifferentiatie,
─ regulatie van bloei (integratie van daglengte, omgevingstemperatuur en
ontwikkelingsafhankelijke signalen), ─ de rol van hormonen (auxine, gibberelline, cytokinine, ethyleen, abscisinezuur
brassinosteroïden, strigolactonen, jasmonzuur en salicylzuur) als
signaalmoleculen tijdens de ontwikkeling, hun werkingsmechanisme en onderlinge interacties,
─ de rol van licht tijdens verschillende stadia van de ontwikkeling
(fotomorfogenese; rood, verrrood, blauw en UV-licht responsen), ─ stressfysiologie; adaptatie aan biotische en, met name, abiotische stress
(droogte, hitte, zout, koude, anoxia).
Alle processen worden behandeld op diverse niveaus: de hele plant, de cel en op moleculair niveau (genen, eiwitten etc.).
Hiernaast beoogt de cursus aan de hand van de besproken stof inzicht te geven in maatschappelijke ontwikkelingen waarin planten centraal staan, zoals gewasontwikkeling in de moderne landbouw (domesticatie/veredeling,
biotechnologie), de discussie omtrent transgene gewassen, de plant als energiebron (biofuels) en de gevolgen van klimaatverandering voor planten als energieleverancier voor bijna alle ecosystemen op aarde.
Onderwijsvormen Naast hoorcolleges, zijn werkcolleges, het schrijven en reviewen van een essay,
presentatie van een primair onderzoeksartikel en zelfstudie de onderwijsvormen in deze cursus.
Toetsing Tentamens: 60% (De twee deeltoetsen worden gemiddeld en vormen samen één toetscijfer; het toetscijfer vormt 60% van het eindresultaat van de cursus; voor het
toetscijfer telt deeltoets 1 voor 40% mee en deeltoets 2 voor 60% ), essay + peer review: 30% (20% + 10%), paper presentatie: 10 %, voor elk onderdeel moet minimaal 5 worden gescoord, het gemiddelde eindcijfer dient minimaal 5,5 of hoger
te zijn! Studiemateriaal
─ Boek Plant Physiology and Development (6e editie, Sinauer) van Taiz, Zeiger, Møller & Murphy
─ Tijdens de cursus op te zoeken en aangereikte literatuur.
62
Periode 1, niveau 3 cursussen
BIODIVERSITEIT EN LANDSCHAP
Biodiversity and the landscape Coördinator: mw.prof.dr. M.B. Soons, Onderzoeksgroep Ecologie en
Biodiversiteit, e-mail: [email protected]
Docenten: mw.prof.dr. M.B. Soons, [email protected]
dr. Edwin Pos, [email protected]
Stefan van Meijeren MSc., Dactylis, [email protected]
Erik Janse MSc., Dactylis, [email protected]
LET OP deze cursus is 15 EC in timeslot AD én BC.
Ingangseisen De cursus Voortgezette Statistiek & R én de cursus Natuurbehoud, Duurzaamheid & Plantendiversiteit, of vergelijkbare kennis (bijv. uit de Floracursus) na overleg met de
coördinator Studiepad
Deze cursus is van belang voor studenten in de studiepaden Ecologie en Natuurbeheer, Evolutie en Biodiversiteit
Leerdoelen De cursus is erop gericht om de plantendiversiteit in het landschap te verklaren en patronen daarin te herkennen. Na de cursus kan je:
─ de belangrijkste processen die biodiversiteit genereren en in stand houden beschrijven,
─ de standplaats van plantensoorten in het landschap verklaren (of nader
onderzoeken) aan de hand van deze processen, ─ bodemvorming, geologie en geologische ondergrond van Nederland in grote lijnen
beschrijven,
─ Nederlandse planten determineren, ─ 15 belangrijke Nederlandse plantenfamilies als familie herkennen, ─ de belangrijkste plantensoorten uit de hoofdecosystemen van Terschelling
herkennen, ─ veldwaarnemingen omzetten in een onderzoeksvraag en werkbare hypotheses, ─ in groepsvorm een onderzoeksplan (inclusief veldwerk) maken en uitvoeren,
─ een onderzoekvoorstel presenteren en verdedigen, ─ data verwerken en analyseren met R, ─ een wetenschappelijk verslag schrijven,
─ een wetenschappelijke presentatie maken en presenteren, ─ relevante gegevens verzamelen via internet en bibliotheek.
Vaardigheden Bibliotheekgebruik, selecteren en verwerken literatuur; uitvoeren volledige
onderzoekscyclus, inclusief schriftelijke en mondelinge rapportage; systematische benadering van problemen; kritisch waarnemen & denken; creativiteit en probleemoplossend vermogen; hanteren biologische variabiliteit; planten
determineren; vegetatie-opnames maken; veldmetingen doen aan milieufactoren die bepalend zijn voor plantengroei; met grote datasets werken; werken met R; multivariate statistiek and analyses interpreteren; samenwerken, overleggen en
63
plannen; omgaan met feedback; basiskennis Nederlandse Flora en landschap.
Inhoud De twee hoofdthema’s van deze multidisciplinaire cursus zijn (1) het leren zien van
verbanden tussen vegetatie, plantendiversiteit, ondergrond, geomorfologie en menselijk ingrijpen in het landschap, en het herkennen van patronen die zijn ontstaan als gevolg van de wisselwerking van biotische en abiotische processen, en
(2) het leren uitvoeren van wetenschappelijk onderzoek. In de eerste week worden inleidende colleges gegeven over biodiversiteit, de
ecologie van duinen en kwelders, bodemkunde en het ontstaan van de
Waddeneilanden. Daarna volgen twee weken intensief veldwerk op Terschelling, een goede conditie en het kunnen werken met de Heukels’ Flora van Nederland zijn
hiervoor vereist. Tijdens drie inleidende excursies komt de wisselwerking tussen flora, bodem, (micro)klimaat en geologische processen aan bod die uiteindelijk het landschap en de vegetatie bepalen. De nadruk ligt daarbij op het herkennen van
processen, patronen en verbanden. Na de excursie vindt op het eiland een plantentoets plaats, waarin planten en families moeten worden herkend en planten gedetermineerd. Vervolgens doe je in kleine groepen ecologisch veldonderzoek naar
de relatie tussen plantengroei en omgeving. In de vierde week kijken we wat de exacte mechanismen zijn die diversiteit
genereren en reguleren. Jullie maken dan zelf colleges over de belangrijkste
mechanismen, die ook onderdeel zijn van de tentamenstof. We verwachten dat je door middel van deze week een degelijke kijk krijgt op het begrip Biodiversiteit en welke factoren en processen belangrijk zijn.
In week 5 van de cursus beginnen we met het verdiepen van de vaardigheden in R, de programmeertaal die door onderzoekers wordt gebruikt om data te verwerken en analyseren. Hiervoor is kennis in statistiek en R uit de cursus Voortgezette
Statistiek & R vereist. Week 6 gaat dieper in op multivariate analyse van vegetatie-data. In week 7 sluiten we alle colleges af en is het tentamen.
Week 8 wordt gebruikt om met je nieuwe vaardigheden, je eigen data en die van
groepen uit voorgaande jaren een goede analyse te maken van je veldonderzoek, en daar een wetenschappelijk rapport over te schrijven. In week 9 schrijf je dit verslag, levert het in en bereidt een wetenschappelijke presentatie voor. Deze wordt in de
laatste week op een eindsymposium gepresenteerd. In deze weken zijn een aantal contactmomenten gepland maar we gaan er van uit dat je voor het grootste deel zelfstandig moet kunnen plannen en uitwerken.
Inhoud en bijbehorende werkvormen Week 1: Biodiversiteit, ecologie van duinen en kwelders, basis bodemkunde,
ontstaan van Waddeneilanden (hoorcolleges, determineer-practica, zelfstudie)
Week 2: Excursies Terschelling, determineren planten, onderzoeksplan opstellen
(groepsexcursies, groepsopdracht, plantentoets) Week 3: Veldwerk Terschelling (veldwerk in groepen van 5 personen, labmetingen) Week 4: Colleges biodiversiteit, werken aan colleges over diversiteit, presentatie
Week 5: Verdiepende statistiek en R Week 6: Vegetatie-analyses in R Week 7: Zelfstudie, tentamen
Week 8: Data analyses, bespreking resultaten en problemen Week 9: Verslag schrijven en inleveren, presentatie voorbereiden Week 10: Eindsymposium onderzoek Terschelling, verslag verbeteren en inleveren
Toetsing
De cursus is voldoende afgerond indien een voldoende is behaald voor de
64
plantentoets op Terschelling, het verslag, de twee presentaties en het tentamen, en
indien aan de excursies en het veldwerk op Terschelling is meegedaan. Het cijfer van de cursus wordt bepaald door de plantentoets (15%), verslag (30%), presentaties (samen 15%) en het tentamen (40%). De excursies en het veldwerk worden niet
beoordeeld middels een cijfer maar actieve deelname aan alle onderdelen is verplicht.
Studiemateriaal ─ R. v.d. Meijden (2005). Heukels' Flora van Nederland, 23ste druk. (ca. €50 – via
UBV) – verplicht
─ Shaw, P.J.A. (2009) Multivariate Statistics for the Environmental Sciences, ISBN-10: 0340807636. (ca. €50) - verplicht
─ Loep, prepareernaalden, tekenpapier, aantekenboek(je) ─ Regenkleding, stevig waterdicht schoeisel en kampeeruitrusting ─ Men moet op Terschelling zelf in de kosten van levensonderhoud voorzien
─ De kosten van de reis naar Harlingen en terug zijn voor eigen rekening ─ De kosten voor deelname aan de cursus bedragen €60. Deze eigen bijdrage is
noodzakelijk om de cursus op Terschelling te kunnen laten plaatsvinden. Dit is
een bijdrage aan de boottocht en de camping op Terschelling en dient op de eerste cursusdag contant te worden voldaan.
Op/naar Terschelling heb je nodig: ─ Notitieboekje en potlood ─ Loep, Flora, de cursushandleiding
─ OV-jaarkaart ─ Laarzen of ander waterdicht schoeisel, goede regenkleding ─ Kampeeruitrusting (hierover kunnen onderling afspraken gemaakt worden)
Logistieke zaken Terschelling De studenten kamperen op Camping Terpstra, Oosterburen 81, 8891 GB Midsland,
tel. 0562-449091. Hier wordt gedurende de tweede week s’avonds vanaf 19.00 uur gebruik gemaakt van de kantine om materiaal uit het veld te verwerken en data in te voeren. Op de camping zijn geen wasmachines, wel is er een stomerij in Midsland
tel. 0562-448093. Fietsen worden door de cursus beschikbaar gesteld bij aankomst op het eiland bij de Fa. Tijs Knop, Torenstraat 10-12, West-Terschelling.
De staf verblijft in Goede Haven, Heereweg 13, Midsland Noord. Winkels zijn meestal open van 08.00 uur tot 18.00 uur.
65
CELLEN EN WEEFSELS
Cells and tissues Coördinator: dr. R.L.P.Habets
Onderzoeksgroep Celbiologie
H.R. Kruytgebouw
kamer O501, tel.: 030-253 3002
e-mail: [email protected]
Docenten: dr. L. Kapitein, [email protected], dr. J.A. Post, [email protected], mw.prof.dr.A.
Akhmanova, [email protected], dr. P.M.P. van Bergen en Henegouwen,
[email protected], prof.dr. S. van den Heuvel, [email protected] en dr. S.
Oliveira, [email protected], dr. L.M.Will, [email protected], dr. W.H. Muller,
[email protected], dr. R.L.P.Habets, [email protected]
Ingangseisen MLS studenten: jaar 1; Biologie studenten: de cursussen De Cel en Moleculair
genetische onderzoekstechnieken. Studenten met vergelijkbare kennis die elders is verkregen zijn ook toelaatbaar.
Studiepad MLS en Celbiologie
Leerdoelen Het doel van de cursus is om de werking (mechanisme) en organisatie van de
dierlijke cel te leren begrijpen. Meer specifiek: ─ De verschillende technieken van lichtmicroscopie en elektronenmicroscopie te
beschrijven en celstructuren met behulp van deze technieken te herkennen. ─ Het effect van diffusie, moleculaire eigenschappen, concentratie gradiënten, eiwit-
eiwit interacties en transportsystemen op moleculair en cellulair niveau kunnen
uitleggen. ─ De functie en complexiteit van eiwitinteracties en signaling pathways binnen de
systeembiologie kunnen benoemen.
─ Verschillende moleculaire mechanismen van celcommunicatie en intracellulair transport te beschrijven.
─ (het belang van) Verschillende controle mechanismen in de celcylus kunnen
beschrijven. ─ Verschillende moleculaire mechanismen van kankerontwikkeling en
kankerbehandeling kunnen benoemen.
─ De rol van stamcellen in weefselproductie kunnen benoemen en de huidige ontwikkelingen binnen stamcel engineering kunnen beschrijven.
Vaardigheden Na afronding van de cursus is de student in staat: ─ Zelfstandig informatie uit “the Cell” van Alberts tot zich te nemen.
─ Samen te werken met studenten van een andere discipline, om met behulp van de theoretische kennis praktische opdrachten op te lossen.
─ Op een constructieve manier feedback te geven aan medestudenten.
─ Een primair artikel te analyseren en presenteren aan medestudenten. ─ Kritische vragen te bedenken bij een artikel en hierover te discussiëren.
66
Inhoud
In deze cursus wordt de werking van de dierlijke cel uitgelegd vanaf het moleculaire niveau tot en met het functioneren van cellen in de weefsels van levende organismen.
In het eerste deel van deze cursus zal het centraal dogma van de moleculaire biologie behandeld worden. DNA replicatie, transcriptie, translatie en de regulatie
hiervan. Verder zullen de werking en toepassing van twee microscopische technieken worden behandeld: licht- en elektronen microscopie. In het tweede deel zal het functioneren van de cel besproken worden, zoals eiwit sortering, membraan
transport, signaleringsroutes en de celcyclus. Ook behandelen we in deel 2 de samenwerking van de cellen in weefsels. Zo gaan we in op Apoptose, cel-cel
contacten en weefsel vernieuwing door stamcellen. Aandacht zal ook besteed worden aan situaties waarbij deze processen niet meer goed functioneren, zoals bij kanker.
Werkvormen Hoorcollege, discussiecollege, journal club, paper presentatie, werkcollege, peer feedback, Blackboard opgaves, zelfstudie.
Toetsing Deeltoets1 Tentamen halverwege cursus 40%
Deeltoets2 Tentamen eind cursus 45%
PRESENTATIE Journal club 10%
BLACKBOARD Individuele opdrachten 5%
WERKCOLLEGE Opdrachten inspanningsverplichting
Voor beide deeltoetsen moet minimaal een 5 gehaald worden om voor de cursus te slagen. Het gemiddelde van alle cijfers moet een 5,5 of hoger zijn.
Studiemateriaal ─ Molecules of Life, Kuriyan et al., hoofdstuk 17. ─ Molecular Biology of the Cell, sixth edition: Alberts et al. De Hoofdstukken: 5-7, 9,
12, 13, 15, 17-20, 22
67
DIDACTIEK
Didactics Coördinator: mw. dr. M.C.P.J. Knippels (Marie-Christine)
Didactiek van de Biologie
Freudenthal Institute
Buys Ballot gebouw, Princetonplein 5, Kamer 362
tel. 030 – 253 2213 (secr. 253 1179)
e-mail: [email protected],
Docent: mw.dr. M.C.P.J. Knippels (Marie-Christine)
Ingangseisen Geen
Studiepad De cursus Didactiek valt onder de ‘verbredende vakken’ en oriënteert op het leren en onderwijzen van de biologie. De cursus is daarnaast voor een ieder aan te raden die
kritisch wil leren kijken naar en nadenken over het (eigen) leerproces en biologieonderwijs. Ook is het een goede voorbereiding op de master Science Education and Communication.
Leerdoelen De overkoepelende doelen van de cursus zijn:
─ het verwerven van een vakdidactisch begrippenapparaat voor het beschrijven, ontwikkelen, analyseren en beoordelen van biologieonderwijs,
─ bevorderen van een actieve studiehouding waarin kritische reflectie en
verantwoordelijkheid voor het eigen leerproces centraal staan. Hiertoe moet je onder meer:
─ je bewust zijn van eigen opvattingen over leren en onderwijzen, deze kunnen relateren aan pedagogische en leertheoretische principes uit de literatuur,
─ het model van didactische analyse kunnen beschrijven en toepassen in het
beoordelen van biologieonderwijs, ─ inzicht hebben in de maatschappelijke krachten die de inhoud en vorm van het
biologieonderwijs mede bepalen.
Inhoud Deze cursus is een inleiding in de didactiek, waarin leren en onderwijzen van de
biologie centraal staat. Je maakt kennis met leertheorieën, verkent verschillende leerstijlen en denkt na over de aard van je vak. Wat houdt het ‘vak biologie’ precies in, wat onderscheidt biologie van de andere natuurwetenschappen, wat zijn
moeilijke thema’s in de biologie en hoe kun je het onderwijsleerproces het beste vormgeven? Kortom, de relaties tussen het vak, de lerende en maatschappij worden verkend en consequenties voor de inrichting van (biologie)onderwijs
besproken. Deze cursus richt zich niet primair op het zelf leren lesgeven. Daarvoor zijn de meer op vaardigheden en onderwijspraktijk gerichte cursussen BETA-B2OOP (niveau 2)
en de Educatieve minor (niveau 3). De cursus Didactiek heeft meer het karakter van een theoretische inleiding en praktijkoriëntatie. Wel ontwerp je in een groepsopdracht zelf een les of educatieve bijeenkomst.
Waar wetenschapscommunicatie zich richt op informeel leren in buitenschoolse contexten, richt didactiek zich vooral op formeel leren in schoolse contexten.
De hoofdthema’s die in de cursus aan bod komen zijn:
─ Kennismaking en oriëntatie Hoe, wat, waarom?
68
─ Wat is leren? Leerstijlen en leertheorieën
─ Wat is het vak? Aard en ontwikkeling van het (school)vak Biologie, het leren van een vak ─ Waarom is dit vak belangrijk? Onderwijsvisies
─ Hoe ontwikkel je vakonderwijs? Modellen–(leer)doelen–werkvormen – toetsing ─ Vakdidactisch onderzoek Methoden en praktijkvoorbeelden
Onderwijsvormen Per week zijn er twee dagdelen aan contacttijd, de overige tijd (1½ dag) is voor
zelfstudie waaronder het werken aan opdrachten en het bestuderen van literatuur. De tijdsinvestering voor deze cursus is 20 uur per week.
De contacttijd wordt vormgegeven als interactieve colleges. Daarmee wordt bedoeld dat plenaire, individuele en groepsactiviteiten elkaar afwisselen.
Beoordeling In week 10 vindt een schriftelijke toets (tentamen) over de gehele stof plaats. Daarnaast wordt in een groepsopdracht een les ontworpen voor een specifieke
doelgroep. Het ontwerp zelf (educatief materiaal) en de verantwoording van het ontwerp worden in een verslag aangeleverd en het ontwerp wordt voor de medestudenten gepresenteerd.
Gedurende de contacturen wordt een actieve houding van de student verwacht. Zo worden (groeps)opdrachten uitgevoerd, presentaties verzorgd en peer-feedback gegeven. Actieve deelname is voorwaarde om toegelaten te kunnen worden tot het
tentamen. Beoordeeld worden dus: ─ Schriftelijke toets (individueel)- 60%
─ Ontwerpopdracht (groep): verslag en presentatie – 40% Benodigdheden
─ Blackboard. ─ Tijdens de cursus worden aanvullende opdrachten en achtergrondmateriaal
uitgedeeld of via Blackboard beschikbaar gesteld.
─ Je moet kunnen beschikken over een editie van Campbell ‘Biology’.
69
ENDOCRINOLOGIE
Endocrinology Coördinator: dr. Rüdiger W. Schulz
Onderzoeksgroep Ontwikkelingsbiologie/Voortplantingsbiologie
H.R. Kruytgebouw, kamer W606
tel.: 030-253 3064
e-mail: [email protected]
Docenten: dr. Jan Bogerd, [email protected]
dr. Rüdiger W. Schulz, [email protected]
Gastdocenten: mw.dr. Angela Sarabdjitsingh, [email protected]
prof.dr. Ton Groothuis, [email protected]
Capaciteit max 60
Ingangseisen
De cursus sluit aan op onderdelen uit de eerstejaarscursussen Moleculaire Biologie en Biologie van Dieren of vergelijkbare cursussen. Het gevolgd hebben van de cursus Ontwikkelingsbiologie en Dierfysiologie wordt aanbevolen. Verder is voorkennis van
belang op het gebied van de moleculaire biologie (transcriptie, translatie, structuur en functie van DNA, RNA en eiwitten) en de celbiologie (cel-cel interactie, celcyclus, signaaltransductie, receptortypen). Het wordt daarom ook aanbevolen de niveau 2
cursus De Cel te volgen. Daarnaast wordt de niveau 2 cursus Metabolisme aanbevolen. De daarin behandelde biochemie van de stofwisseling sluit aan op de in de cursus Endocrinologie cursus behandeld endocriene regulatie van de stofwisseling.
Studiepad De cursus is onderdeel van de moleculaire studiepaden (ondersteunend) en van de
gedragsbiologie. Bovendien is de cursus een (keuze)onderdeel van de Bachelor “Molecular Life Sciences”. De cursus is een goede voorbereiding op de Masters Molecular and Cellular Life Sciences en Cancer and Stem Cell Biology.
Leerdoelen In deze cursus leer je de principes kennen van de integratieve regulatie van
levensprocessen door hormonen bij mens/gewervelde dieren. Aan het einde van de cursus ben je in staat om:
─ De belangrijkste, endocriene systemen in vertebraten te benoemen en de hoofdfuncties van de betrokken hormonen te beschrijven
─ Het concept van hormonale regulatie van levensprocessen op het niveau van het
organisme, inclusief interacties tussen verschillende organen/weefsels hierbij, uit te leggen
─ Het ontstaan van een aantal endocriene organen (b.v. voorplantingsorganen,
hypofyse, pancreas) tijdens de embryonale fase uit te leggen en de daarbij werkende moleculaire mechanismen te begrijpen
─ De organen betrokken bij hormoonproductie anatomisch en histologisch te
herkennen en te beschrijven ─ Verbanden te leggen tussen de microscopische structuur en fysiologische functie
van endocriene organen/cellen, en uit de analyse van experimentele monsters af
te leiden hoe feedback systemen werken ─ De endocriene regulatie van fysiologische processen van het organisme te
beschrijven en op conceptueel niveau de werkingsmechanismen van hormonen op
cellulair en moleculair niveau uit te leggen
70
─ De wijze waarop energie homeostase, bijnierfunctie, groei, voortplanting, stress
en gedrag integratief gereguleerd worden conceptueel te begrijpen en te beschrijven
─ Af te leiden hoe geselecteerde ziektebeelden en/of “loss-of-function” mutaties
samenhangen met stoornissen in de ontwikkeling en endocriene regulatie van levensprocessen.
Vaardigheden Lezen en kritisch verwerken van wetenschappelijke literatuur door een samenhangend concept van het onderwerp te ontwikkelen, mondeling te
presenteren, en schriftelijk samen te vatten. Dit wordt toegepast gedurende de literatuurstudie (schrijven van een samenvatting; houden van een presentatie), en
een andere keer bij het schrijven en presenteren van een research proposal (schrijven van een samenvatting die ook voor niet gespecialiseerde biologen begrijpelijk is; schrijven van een uitgebreid proposal). In beide gevallen wordt (ook)
gebruik gemaakt van het concept van “peer review” zodat vaardigheden i.v.m. de beoordeling van (mede)studenten ontwikkeld kunnen worden. Omgaan met complexe regelsystemen, wetenschappelijke discussie (incl. het formuleren van
vragen). De cursus wordt in het Nederlands gegeven, tenzij Engelstalige studenten ingeschreven zijn.
Inhoud In deze cursus staat de integratieve regulatie van levensprocessen door hormonen
centraal. Aandacht wordt besteed aan de regulatie van de voortplanting, bijnier, energie homeostase en spijsvertering, schildklier en groei; twee gastdocenten bespreken de aspecten van hormonen en gedrag resp. hormonen en
hersenenfunctie. Inleidend worden de voor de endocrinologie belangrijkste concepten behandeld (zoals homeostase, hormoonassen, feedback mechanismen, relatie tussen de
biochemische opbouw van hormonen en structuur en functie van hun receptoren). Ook bestuderen wij de functionele anatomie/histologie van de endocriene organen (3 [gedigitaliseerde] microscoop practica). In detail wordt ingegaan op de ontwikkeling
en het functioneren van het voortplantingssysteem, maar ook op de ontwikkeling van hypofyse en alvleesklier. Vervolgens wordt aandacht geschonken aan de hormonen die een rol spelen bij de stressreactie en in het metabolisme, groei, en
differentiatie (b.v. insuline, groei- en schildklierhormonen), en worden recente gegevens over het functioneren van regelsystemen via multiple weefseltypen en hormonen toegelicht (b.v. de bot-pancreas-testis as). Tijdens de cursus wordt ook
aandacht besteed aan academische vaardigheden (zie boven). Ter ondersteuning van de zelfstudie wordt het boek “Human Physiology – An Integrated Approach 8th edition Silverthorn aanbevolen.
Voor de onderwerpen van de gastsprekers (dr. Angela Sarabdjitsingh “Glucocorticoid pulsatility – Implications for brain functioning” en prof. Ton Groothuis “Social regulation of testosteron production”) dienen ter voorbereidende zelfstudie
voorafgaand aan hun colleges enkele artikelen gelezen te worden. In de loop van de cursus presenteren werkgroepen (4-5 studenten) een literatuurstudie onderwerp (verdieping van collegestof). Dezelfde werkgroepen dienen tegen het einde van de
cursus hun research proposals ter beoordeling in. Een proposal wordt ontwikkeld op het gebied waar de groep door de literatuur studie al speciale kennis heeft opgebouwd. De samenvatting van de proposals wordt door medestudenten, het
proposal zelf door docenten beoordeeld.
71
Werkvormen
Collegecyclus, microscoop practica, literatuuropdracht en research proposal (verdieping van geselecteerde aspecten van de collegestof door schriftelijke samenvatting, mondelinge presentatie, bedenken van goed/fout vragen; de
literatuur studie en het research proposal voer je uit in groepjes van 4-5 studenten). Toetsing
Je neemt aan alle onderdelen van de cursus deel. Voor presentaties door studenten en de twee gastcolleges geldt aanwezigheidsplicht. Individuele toetsing: Tijdens de cursus worden twee deeltentamens ingeroosterd
(telkens 2-3 uren met gesloten en enkele open vragen; PC toets (Remindo); gezamenlijke weegfactor 80%). De twee deeltentamens moeten beiden voldoende
zijn (tenminste 5,5) om te kunnen slagen; indien een deeltentamen onvoldoende zou zijn maar niet slechter dan een 5, dan kan met het andere deeltentamen gecompenseerd worden.
Groepstoetsing: De mondelinge en schriftelijke presentatie van de literatuur opdracht wordt als volgt beoordeeld: de docent geeft een cijfer gebaseerd op de schriftelijke samenvatting, de presentatie, en het beantwoorden van vragen. Het
cijfer wordt vermenigvuldigd met het aantal groepsleden (voorbeeld: bij 5 groepsleden resulteert het cijfer 7 in 35 punten). Vervolgens verdelen de 5 groepsleden de 35 punten onder elkaar en delen de uitslag aan de coördinator mee
(weegfactor voor eindcijfer: 10%). De groep dient gebruik te maken van een feedback gelegenheid met een docent m.b.t. de samenvatting en de presentatie plaatjes tenminste 2 dagen voor de presentatie. Een werkgroep die een presentatie
houdt die als onvoldoende beoordeeld wordt dient de presentatie binnen 1-3 weken te herhalen. Het research proposal wordt weer in werkgroepen (samenstelling komt overeen
met de groep bij de literatuur opdracht) vervaardigd. Maximaal twee weken na het houden van de literatuur presentatie bespreekt de werkgroep met een docent de inmiddels vervaardigde opzet van het onderzoeksvoorstel, gebaseerd op de in de
literatuurstudie opgedane kennis (verplicht feedback moment). De ook voor niet gespecialiseerde biologen begrijpelijke samenvatting wordt door alle andere groepen beoordeeld (weegfactor voor eindcijfer: 5%), terwijl een docent het proposal
beoordeelt (weegfactor 5%). Studiemateriaal
─ Human Physiology – An Integrated Approach 8th edition Silverthorn ISBN-10: 129225954X • ISBN-13: 9781292259543 AANBEVOLEN MAAR NIET VERPLICHT OM AAN TE SCHAFFEN
─ Voor de literatuuropdracht en het research proposal krijg je de literatuur elektronisch uitgereikt of de link naar de respectievelijke UBU bron meegedeeld.
─ De college plaatjes worden via Blackboard ter beschikking gesteld.
─ Benodigde software: PDF reader, presentatie en tekstverwerking software.
72
GEDRAGSOBSERVATIES
Behavioural observations Coördinator: mw.dr. M.J.H.M. Duchateau (Marie José)
Onderzoeksgroep Animal Ecology
Kruytgebouw, kamer O307
tel.: 030-253 5435
e-mail: [email protected]
Docenten: mw.dr. M.J.H.M. Duchateau
mw.prof.dr. E.H.M.Sterck, [email protected]
mw.dr. A.M. Schel, [email protected]
mw.drs. L. van den Berg, [email protected]
Capaciteit max 36
Ingangseisen
De cursus Socio-Ecologie, Cognitie en gedrag en de cursus Voortgezette statistiek en R of cursussen met gelijkwaardige kennis en niveau. Een voldoende resultaat voor de cursus Biologie van dieren (B-B1DIER05 of B-B1DIERHK) met dissectie is voor het
volgen van deze cursus verplicht.
Studiepad De cursus is een kerncursus in het studiepad Gedragsbiologie, die aansluit bij de track Behavioural Ecology in de master Environmental Biology.
Leerdoelen Deze cursus heeft tot doel:
─ Leren van vaardigheden voor Gedragsonderzoek: o schrijven van het onderzoeksvoorstel met primaire literatuur o maken van een ethogram
o leren gebruiken van het computerprogramma Boris voor het scoren van gedragingen
o leren over verschillende observatiemethoden, zoals scan, focal, instantaan
o gebruik van een camera en de analyse met behulp van het computerprogramma Boris bij ontwikkelen van observatiemethode en data verzameling
o observeren o invoeren van data in Excel o data-analyse en statistiek
─ Leren samenwerken in groepen: o binnen de groepen gelijke verdeling van taken met wisselende rol o onderling overleg tussen verschillende groepen met een voorzitter en notulist
─ Leren rapporteren: o communicatie met dierenhouders/dierenverzorgers o bespreking met consultant
o logboek bijhouden o peer review o power point presentatie
Vaardigheden
In deze cursus leer je zelfstandig vaardigheden zoals in de leerdoelen beschreven om gedragsonderzoek te kunnen doen, waarbij goede communicatie en afspraken met
73
groepsleden, begeleiders en dierenhouders/dierenverzorgers essentieel zijn.
Inhoud Voor het onderzoeken van allerlei vraagstellingen op het gebied van gedrag zoals
behandeld in de cursus Gedragsbiologie, Cognitie en gedrag en Socio-Ecologie, wordt gebruik gemaakt van gedragsobservaties. De cursus behandelt alle aspecten die met gedragsobservaties te maken hebben zoals beschreven bij de leerdoelen..
De cursus is gebaseerd op de autonomie, inzet en samenwerking van de studenten. Dat wil zeggen dat de studenten zich zelfstandig in groepen van 3 personen de vaardigheden eigen maken, waarna ze met 2 andere groepen die hetzelfde
onderwerp hebben, de vaardigheden bespreken. In totaal zijn er 4 onderwerpen die uitgewerkt worden door 3 groepen van 3 studenten (36 studenten in totaal.) Tijdens
de wekelijkse bespreking zal er een voorzitter en notulist zijn die rouleert, zodat iedereen een keer voorzitter en notulist zal zijn. Na deze bespreking zal het thema van die week besproken worden met de begeleider waarbij de notulisten van elk van
de vier groepen het voortouw zullen nemen in de bespreking. De verschillende aspecten voor gedragsobservaties zullen in de logische volgorde van gedragsonderzoek tijdens de cursus aanbod komen. Tijdens de hele cursus zorgt
elke groep voor het bijhouden van het logboek dat wekelijks met de notulen op Blackboard wordt geplaatst.
De cursus wordt afgesloten met een eindsymposium waarbij de resultaten van de vier onderwerpen gepresenteerd worden inclusief video
Werkvormen Studenten werken zelfstandig verschillende aspecten uit die met gedragsonderzoek te maken hebben. Tijdens de wekelijkse bijeenkomsten worden de uitgezochte en
uitgewerkte vaardigheden besproken met de begeleider van dat onderwerp. Aan het eind van de cursus zal het resultaat van het gedragsonderzoek gepresenteerd worden.
Toetsing De eindpresentatie zal voor 30% bijdragen aan het eindcijfer (groepscijfer). De
research proposal zal 25% van het eindcijfer zijn (groepscijfer). Het logboek van elke groep draagt 10% bij aan het eindcijfer van de groep. Het verslag van de notulist wordt beoordeeld en is 10% van het eindcijfer (individueel cijfer). De studenten
beoordelen elkaar ten aanzien van inzet en samenwerking (met argumentatie) en telt als 15% van het eindcijfer (individueel cijfer).
Studiemateriaal Reader Gedragsobservaties
74
GENOOMBIOLOGIE
Genome biology
Coördinator: dr. Ronnie de Jonge
Onderzoeksgroep Plant-Microbe Interacties
H.R. Kruytgebouw, kamer N205, tel. 030-253 6860
e-mail: [email protected]
Docenten: prof.dr. Berend Snel, [email protected]
dr. Ronnie de Jonge, [email protected]
prof.dr. Guido van den Ackerveken, [email protected]
Capaciteit: max 48
Ingangseis De cursus De Cel (niveau 2) of vergelijkbare kennis; basiskennis Moleculaire Biologie
(jaar 1 van de bacheloropleiding Biologie of vergelijkbaar) aangevuld met kennis van hoofdstukken over DNA in “Molecular Biology of the Cell”, of “Essential Cell Biology” (Alberts et al.). De cursus Moleculeir genetische onderzoekstechnieken wordt
aanbevolen. Studiepad
De cursus is kerncursus in het studiepad Ontwikkelingsbiologie, maar is ook nuttig bij een moleculair biologische invulling binnen Theoretische Biologie en Bioinformatica, Plantenbiologie, Celbiologie en Evolutie.
Leerdoelen ─ het zelfstandig interpreteren van primaire literatuur en het verder verzamelen
van aanvullende gegevens uit ander informatiebronnen, ─ het kunnen samenvatten en beschrijven van complexe genetische systemen en
hun werking en regulatie,
─ het belang van genoomprojecten te verwoorden, en de benaderingen en werkwijzen om genomen in kaart te brengen te beschrijven,
─ de organisatie van genomen van hogere eukaryoten samen te vatten ─ het gebruik van comparative genomics en samenhangende evolutionaire
werkingsmechanismen samen te vatten,
─ het doel van functional genomics en de werkwijze om functies, zoals genome editing, in kaart te brengen en samen te vatten,
─ de mechanismen die het genoom veranderen te verwoorden,
─ de modificaties in chromatine te begrijpen en toe te passen om hun invloed op de expressie van genen te beredeneren,
─ browsers en databases te gebruiken met betrekking tot het vinden van gegevens
over genen en genomen, ─ het integreren van genomics en genetische data met het doel om in begrijpelijke
taal over een bepaald onderwerp een essay te schrijven en te verdedigen.
─ Het voorbereiden van een pleidooi en het verdedigen van standpunten in een debat.
Inhoud en werkvormen In deze theoretische cursus gaan we dieper in op de structuur en opbouw van
eukaryote genomen en de mechanismen die de organisatie, regulatie en evolutie van
het genoom beïnvloeden. Tijdens de cursus behandelen we ook actuele onderwerpen als stamcellen, epigenetica, personal genome, next-generation sequencing, genome editing, en houden we twee debatten.
75
Iedere week volg je op maandag een college dat de basis vormt voor de verdere
week. Op de andere dagen werk je aan opdrachten. De docenten zijn dan beschikbaar voor overleg en vragen. Op een aantal vrijdagen werk je aan computeropdrachten die gericht zijn om te leren werken met DNA informatie.
De eerste 4 weken van de cursus hebben als thema Genoomopbouw en –regulatie. Hierin komen onderwerpen als chromosoomopbouw, chromatine, epigenitica en imprinting aan de orde. In dit eerste blok zullen ook twee debatten (in
de vorm van een rechtszaak) georganiseerd worden over onderwerpen gerelateerd aan dit thema en zal er een gastcollege over “organisatie van het DNA in de kern” zijn. Het eerste blok zal worden afgesloten met een tentamen.
Het tweede blok van 6 weken staat in het teken van analyse, evolutie en functie van genomen. Hier worden de methoden van genoom-sequencing
besproken en is er veel aandacht voor comparative genomics en genoomevolutie. De beschikbaarheid van genoom-sequenties maakt het mogelijk om alle genen in organismen te bestuderen. We behandelen expressie van het genoom,
interactienetwerken, functional genomics en genoom-editing, wat erop gericht is om de biologische functie van genen in het genoom te bepalen. In een gastcollege zal het onderwerp “Personal genome” worden besproken en is er een discussie over dit
onderwerp. Een belangrijk onderdeel van het tweede blok is het schrijven van een werkstuk
over nieuwe inzichten in genoomevolutie die zijn verkregen door het beschikbaar
komen van nieuwe genoomsequenties. Hierbij komen alle tot dusverre behandelde aspecten van de cursus terug. Naast het schrijven van het werkstuk beoordeel je samen met je groep (van 4-5 studenten) het werkstuk van een andere groep en stel
je kritische vragen tijdens de verdediging van het werkstuk. In de laatste week van de cursus is er tijd voor zelfstudie en is er een afsluitend tentamen.
Blackboard Blackboard is een belangrijk hulpmiddel tijdens de cursus. Hierop staat alle voor de cursus benodigde informatie.
Toetsing Actieve deelname aan computeropdrachten en debatten is verplicht. De
maandagcolleges zijn hiervoor onontbeerlijk. De beoordeling vindt plaats door twee schriftelijke toetsen (60%, iedere toets moet 5 scoren om de cursus te halen en
gemiddeld 4 om de cursus te mogen herkansen), het voeren van het debat (10%),
en het werkstuk met de bijbehorende peer-review en verdediging (30%).
Studiemateriaal ─ Een reader met primaire literatuur in de vorm van artikelen en review verhalen
(aan te schaffen bij de aanvang van de cursus)
76
Periode 2, niveau 1 cursussen
BIOLOGIE VAN DIEREN
Animal Biology Coördinator: dr. J. Bogerd (Jan)
Hugo R. Kruytgebouw, kamer O807,
Padualaan 8, 3584 CH Utrecht
tel. 030 253 4177
e-mail: [email protected]
Docenten: dr. J. Bogerd (Jan), [email protected]
mw. dr. M.J.H.M. Duchateau (Marie José), [email protected] dr. R.L.P. Habets (Ron), [email protected]
mw. dr. A.M. Schel (Anne Marijke), a.m. [email protected]
dr. R.W. Schulz (Rüdiger), [email protected]
mw. dr. C. Kesmir (Can), [email protected]
mw. dr. C.J.F. de Wolf (Cocky), [email protected]
Ingangseisen VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie.
Studiepad De cursus bereidt voor op het volgen van studiepaden Gedragsbiologie,
Ontwikkelingsbiologie, Neurobiologie en is belangrijk als je de Educatie kant op wilt. Leerdoelen
Na afloop van deze cursus kun je: ─ de karakteristieken beschrijven van de dierlijke basisweefsels,
─ de belangrijkste functies van de verschillende weefsels en orgaansystemen beschrijven,
─ de relatie uitleggen tussen de vorm en de functie van weefsels en
orgaansystemen, ─ beschrijven hoe gedurende de evolutie orgaansystemen zich hebben ontwikkeld, ─ verklaren hoe het zenuwstelsel en het hormonale stelsel samenwerken bij het in
stand houden van de homeostase van het interne milieu, ─ de rol van het gedrag bij het handhaven van de homeostase beschrijven, ─ de causale analyse van gedrag beschrijven.
Vaardigheden Je oefent in de cursus de volgende vaardigheden:
─ relevante informatie verzamelen via internet, boeken en tijdschriften, selecteren en verwerken van literatuur,
─ uitvoeren van de onderzoekscyclus: een proef plannen, en een labjournaal
bijhouden, ─ creatief en probleemoplossend werken en omgaan met complexe systemen, ─ mondeling en schriftelijk rapporteren in het Nederlands,
─ dissectie, een orgaan dan wel een dier ontleden aan de hand van een handleiding, ─ ethisch denken en handelen.
Inhoud De cursus Biologie van Dieren gaat verder waar de biologielessen van de middelbare school ophielden. Je gaat, in detail, het functioneren van processen in het lichaam
77
van een dier bestuderen. Met de kennis over die processen leer je vervolgens allerlei
verstoringen van de homeostase te verklaren. Zo bestudeer je de levensverrichtingen (functionele fysiologie) en de daarbij horende structuren van dieren, de vertebraten (gewervelde dieren) in het bijzonder. Tevens
leer je de relatie tussen vorm en functie van dierlijke cellen, organen en orgaansystemen verklaren. Daarbij krijgen vooral bouw en functioneren van organen en orgaanstelsels veel aandacht: de opbouw van verschillende weefseltypes, het
zenuwstelsel, het spierstelsel, het spijsverteringsstelsel, de energiehuishouding, het immuunsysteem, de gaswisseling, de excretie en osmoregulatie, de homeostase van het interne milieu en de regulatie via het neurale en het hormonale systeem komen
aan de orde. Een belangrijk aandachtsgebied in de cursus is het gedrag van organismen. De
causale analyse van gedrag begint met informatie die wordt waargenomen door zintuigen, de stimuli. Die stimuli zullen, na verwerking door het zenuwstelsel, resulteren in gedrag dat aanpassing van het individu aan de buitenwereld mogelijk
maakt. Je zult leren dat communicatie en leerprocessen daarin een belangrijke rol spelen. Daarnaast draagt gedrag bij aan de homeostase van het interne milieu en leer je meer over de gevolgen van een langdurig bedreigde homeostase.
Onderwijsvormen Tijdens de cursus volg je hoor- en werkcolleges en practica (microscopie en
dissectie). Je voert zelfstandig een gedragsexperiment uit waarover je een verslag schrijft. Biologie van Dieren is een pittige cursus die echter goed te doen is als je de
behandelde stof bijhoudt tijdens de aangegeven zelfstudietijd en tijdig begint met het bestuderen van de tentamenstof.
Blackboard De cursus wordt ondersteund door Blackboard waar je de college-handouts, de opdrachten, de roosters, de beoordelingsformulieren, een biomedisch woordenboek
en interessante links vindt. Toetsing
De cursus Biologie van Dieren heeft twee deeltoetsen. Voor ieder deeltentamen moet het tentamencijfer minimaal een 5,0 (onafgerond) zijn en tevens dient het gemiddelde van beide tentamencijfers minimaal een 5,5 (onafgerond) te zijn. Een
lager cijfer voor het ene deeltentamen mag dus worden gecompenseerd met een hoger cijfer voor het andere deeltentamen, mits voor elk deeltentamen minimaal een 5,0 is behaald. Indien beide deeltoetsen met een cijfer lager dan een 5,0
(onafgerond) zijn afgesloten, geldt niet het rekenkundig gemiddelde van de deelcijfers, maar wordt de eindbeoordeling ONV (onvoldoende) en kom je niet in aanmerking voor de aanvullende toets.
Actieve deelname aan practica, werkcolleges en presentatieopdrachten is verplicht. Het eindcijfer van de cursus wordt pas vastgesteld nadat aan alle practicumverplichtingen is voldaan. Het cijfer voor het verslag dient een 5,5 of hoger
te zijn en telt voor 5% van het eindcijfer mee. Het eindcijfer voor de cursus wordt - wanneer aan bovenstaande eis voor beide deeltoetsen is voldaan - als volgt berekend:
• 47,5% deeltentamen 1 • 47,5% deeltentamen 2 • 5,0% verslag
Een eventuele verandering van de definitieve berekening van het eindcijfer zal bij het begin van de cursus worden gecommuniceerd.
78
Studiemateriaal
─ BIOLOGY; ‘A Global Approach’ van Campbell, 11e editie, Pearson Education Inc., San Francisco, 2017, met toegangscode Mastering Biology
─ werkboek Biologie van Dieren 2018-2019,
─ een snijset en labjas voor de dissectiepractica, ─ een potlood, een gum en een puntenslijper.
Aanbevolen: ─ “Henderson’s Dictionary of Biology” van Lawrence, 16e editie, Pearson
Education Inc.
79
BIOLOGIE en ECOLOGIE van PLANTEN
Plant Biology & Ecology Coördinator: dr. H. van Veen (Hans), [email protected]
Onderzoeksgroep Ecofysiologie van Planten
H.R. Kruytgebouw, kamer Z304
tel. : 030-253 7437
Docenten: prof.dr. R. Pierik (Ronald), [email protected], mw.dr.ir. M.M. Hefting (Mariet),
[email protected], mw.dr. R. Sasidharan (Rashmi), [email protected] Ingangseisen
VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie.
Studiepad Deze cursus is van belang voor studenten in de studiepaden Plantenbiologie, Ecologie & natuurbeheer en Evolutiebiologie.
Leerdoelen Je kent de bouw van de plant, je kunt de belangrijkste fysiologische processen van
de plant verklaren en met eenvoudige proeven kun je plantenbiologische processen aantonen/meten. Tevens kun je basis principes van de ecologie van planten en hun ecologische strategieën begrijpen en toepassen.
Concreet betekent dit dat je: ─ kan uitleggen hoe verschillende milieufactoren de fotosynthese van een plant
beïnvloeden,
─ hoe verschillende fotosynthesetypen (C3, C4, CAM) van elkaar verschillen en wat het belang daarvan is,
─ de aanpassingen van groei en ontwikkeling van een plant aan de omgeving kan
verklaren met onder andere fysiologische en/of morfologische parameters, ─ kan uitleggen hoe xyleem- en floëemtransport in een plant plaatsvindt, ─ op basaal niveau kan verklaren hoe de interne sturing in een plant plaats vindt
(hormonen, fytochroom), ─ de interne architectuur van blad, stengel en wortel kan beschrijven, ─ het functioneren van een plant in zijn (a)biotische milieu kan toelichten,
─ kunt werken met begrippen als niche, habitat en eilandtheorie, ─ veranderingen in de structuur en dynamiek van ecosystemen kan toelichten ─ kan uitleggen hoe eigenschappen van planten kunnen worden gebruikt in
voedselproductie en andere maatschappelijke thema’s. ─ een eenvoudig wetenschappelijk verslag over een experiment kan schrijven.
Vaardigheden ─ verslag schrijven, ─ een biologisch probleem analyseren en de benodigde informatie verzamelen,
─ een wetenschappelijk artikel lezen, ─ mondelinge rapportage ─ maken en houden van een PowerPoint presentatie,
─ samenwerken, ─ gebruik van binoculair of (stereo)microscoop,
80
Inhoud
De cursus is opgedeeld in vier thema’s: 1) metabolisme en groei, 2) transport van water, nutriënten en assimilaten, 3) regulatie en 4) plantenecologie. Ze zijn zo gekozen dat ze enerzijds de basis vormen voor de vakken Plantenbiologie en
Plantenecologie en anderzijds het mogelijk maken om maatschappelijk relevante onderwerpen waarbij planten zijn betrokken, te bestuderen.
In het eerste thema ligt de aandacht op de fotosynthesemechanismen van
verschillende plantengroepen (C3, C4, CAM), de effecten daarop van verschillende milieuparameters (intern en extern) en groei. De kwantitatieve rol van fotosynthese, ademhaling en morfologische parameters spelen een belangrijke rol in de
koolstofbalans van planten. In het thema transport (thema 2) ligt de aandacht op de principes van
watertransport door een plant (opname, xyleem- en floeemtransport, transpiratie), nutriëntenopname en de interacties die bestaan met het fotosyntheseproces.
In het thema regulatie (thema 3) bestudeer je de regulatie van ontwikkeling
(kieming, groei en bloei) door plantenhormonen en het waarnemen van licht. Een aantal voorbeelden van signaaltransductie routes zullen aan bod komen.
In thema 4 bestuderen we planten in relatie tot hun (a)biotsche milieu en op
hogere integratie niveaus van levensgemeenschap en ecosysteem. We bestuderen de interacties tussen organismen en hoe deze interacties bepalend zijn voor de ruimtelijke verdeling van organismen, voor de successie in ecosystemen en voor de
ontwikkeling van plantendiversiteit. De eerste 3 thema’s gaan tevens in op het belang van planteneigenschappen in de
voedselproductie en besteden ook aandacht aan de mogelijkheden en consequenties
van genetische modificatie voor planten. Onderwijsvormen
Hoor- en werkcollege, practicum, COO, projectgestuurd onderwijs (groeps opdrachten), literatuur en experimenteel onderzoek, het maken van opdrachten (verslagen en presentaties) en zelfstudie zijn de onderwijsvormen in deze cursus.
Toetsing
Het eindcijfer van de cursus wordt berekend uit resultaten van de drie
deeltentamens, en de beoordeling van de groeps-opdrachten, het verslag over de experimenten (practicum) en van de werkcolleges.
Voorwaarde voor het krijgen van het eindcijfer is dat je de practica en
groepsopdrachten hebt gevolgd. De practica zelf worden niet beoordeeld met een cijfer, maar actieve deelname aan alle practicumonderdelen is verplicht. Als je onverhoopt een practicum hebt gemist, dan krijg je op een later tijdstip de
gelegenheid om het gemiste alsnog in te halen. Om praktische redenen kan dat mogelijk pas een jaar later zijn in de volgende cursus Plantenbiologie.
Studiemateriaal ─ werkboek ‘Biologie en Ecologie van Planten’, ─ BIOLOGY; ‘A Global Approach’ van Campbell, 11e editie, Pearson Education Inc.,
San Francisco, 2017, ─ labjas en labjournaal ─ snijset potlood, kleurpotloden en gum voor de practica,
81
Periode 2, niveau 2 cursussen
DE CEL
The Cell Coördinator: dr. J.A. Post, [email protected]
Onderzoeksgroep Biomolecular Imaging, H.R. Kruytgebouw
kamer W505, tel.: 030-253 3894
Docenten: dr. J.A. Post, [email protected]
dr. L.A. van Meeteren, [email protected]
mw.prof.dr. A.S.Akhmanova, [email protected]
Deze cursus wordt in periode 2BC én in 4BC gegeven
Ingangseisen Aantoonbare beheersing van de kennis behandeld in de cursus Moleculaire biologie
op 1 niveau uit de bacheloropleiding Biologie of kennis die daarmee vergelijkbaar is.
Uitsluiting Het is niet toegestaan om De Cel te volgen als je de niveau 1 cursus B-B1MOL14 of de niveau 3 cursussen Molecular cell research of Cellen en weefsels al hebt gevolgd.
Studiepad De Cel is een kerncursus in de studiepaden Celbiologie, Neurobiologie,
Ontwikkelingsbiologie, Microbiologie, Theoretische Biologie en Bioinformatica, Biogeïnspireerde technologie en Toxicologie. De Cel is aanbevolen in de studiepaden Evolutiebiologie, Microbiologie, Plantenbiologie.
Leerdoelen In de cursus krijg je kennis van en inzicht in de structuur van biomoleculen en cel-
componenten en van cellulaire processen. In het bijzonder leer je: ─ de principes van opbouw, replicatie, transcriptie en herstel van DNA uitleggen ─ de principes van genexpressie, RNA processing en translatie beschrijven
─ de processen replicatie, transcriptie en translatie bij prokaryote en eukaryote organismen vergelijken
─ de intracellulaire compartimenten van de cel en de bijbehorende functies benoemen
─ de structuur van biomoleculen en hun werkingsmechanisme in cel-processen beschrijven
─ de opbouw van biologische membranen en hun rol in (eiwit)transport beschrijven
─ de verschillen en overeenkomsten van cel-ademhaling en fotosynthese benoemen ─ hoe signalen van buiten af aan de cel worden doorgegeven ─ beschrijven op welke manier de celcyclus wordt gereguleerd
─ met elk ander behandeld cellulair proces werken op het niveau van het boek Essential Cell Biology
─ een primair celbiologisch artikel eigen maken en presenteren.
─ moleculaire celbiologische technieken en experimenten begrijpen Vaardigheden
Aan de orde komen: ─ lezen en verwerken van primaire literatuur, ─ samenwerken en komen tot een gezamenlijk product (presentatie)
─ rapporteren,
82
─ individueel schrijven van een “News and Views” .
Inhoud In deze cursus krijg je inzicht in het functioneren van de cel op zowel moleculair als
celbiologisch niveau. Dit wordt gedaan aan de hand van het boek ‘Essential Cell Biology’ (zie studiemateriaal) en primaire literatuur. Inzicht in de processen die zich afspelen in cellen en tussen cellen spelen zijn van
groot belang voor onder andere gezondheid en biotechnologie. In de cursus komen o.a. de volgende onderdelen aan bod: bouwstenen van de cel,
genregulatie en expressie, signaaltransductie en compartimentalisatie, celskelet, celcyclus en celdood en wordt nagenoeg het hele boek behandeld.
In de laatste twee weken van de cursus werk je in een groepje aan een primair artikel uit het tijdschrift Cell. Elke groep heeft een aantal sessies met de begeleider. Over met name de experimenten, resultaten en conclusies van het artikel wordt een
presentatie gegeven. Onderwijsvormen
Hoorcolleges, werkcolleges, zelftesten, literatuurstudie, presentatie en individueel schrijven van News and Views. De werkcolleges moeten in groepen gemaakt worden en wekelijks ingeleverd worden. De zelftesten (via BlackBoard) moeten gemaakt
worden op dezelfde dag waarop de stof behandeld wordt op college. Er wordt gebruik gemaakt van Blackboard. Hier vind je cursusinformatie, roosters, college-handouts, werkcollegeopdrachten, zelftoetsen, etc.
Toetsing De eindbeoordeling van de cursus bestaat uit een tweetal deeltoetsen, het maken
van de werkcolleges en BlackBoard zelftoetsen en een literatuurstudie met presentatie. Deze onderdelen tellen als volgt mee: ─ deeltoets 1: 40%
─ deeltoets 2: 40% (bovendien moet voor elke deeltoets minimaal een 5,0 gehaald worden en moet het gemiddelde minimaal 5,5 zijn)
─ literatuur: 15% ─ News and Views: 5%
(beoordeling voor literatuur en News and Views moet ≥ 5,5 zijn)
─ werkcollege en BlackBoard zelftoetsen: 0% (het serieus maken van deze onderdelen hoort bij de inspanningsverplichting)(Het kan zijn dan bovenstaande percentages bijgesteld worden, dat zal dan bij het introductiecollege bekend
gemaakt worden. Studiemateriaal
Essential Cell Biology, Fifth edition, Alberts et al. (Garland Science).
83
GEDRAGSBIOLOGIE
Behaviour Biology Coördinator: dr. M.J. Duchateau (Marie José)
Onderzoeksgroep Animale Ecologie
Kruytgebouw, kamer O307
tel.: 030-253 5435
e-mail: [email protected]
Docenten: mw.dr. M.J.H.M. Duchateau, [email protected]
mw.prof.dr. E.H.M.Sterck, [email protected]
mw.dr. A.M. Schel, [email protected]
mw.drs. Karlijn Gielen, [email protected]
Gastdocenten
Capaciteit: max. 60
Ingangseisen De cursussen Biologie van Dieren en Evolutie en biodiversiteit. De cursus bereidt
voor op de niveau 3 cursus Socio-ecologie. Een voldoende resultaat voor de cursus Biologie van dieren (B-B1DIER05of B-B1DIERHK) met dissectie is voor het volgen
van deze cursus verplicht.
Studiepad De cursus is maakt deel uit van het studiepad Gedragsbiologie. Zij bereidt mede voor op de Master Neuroscience and Cognition en de track Behavioural Ecology binnen de
master Environmental Biology. Leerdoelen
Na afloop van het theoretische deel van deze cursus kun je: ─ de neurobioologische principes van stimulus perceptie, structuren voor de
zintuiglijke verwerking en resulterend motorisch gedrag beschrijven,
─ aangeven wat motivatie is en welke modellen motivatie beschrijven en welke factoren bij motivatie en resulterend gedrag een rol spelen,
─ verschillende motivatiesystemen en hun interacties beschrijven,
─ aangeven hoe emoties en beloningssystemen aan elkaar gerelateerd zijn en van belang voor het gedrag, en aangeven welke biologische ritmes er zijn, hoe ze ontstaan en werken en wat hun invloed is op gedrag,
─ aan de hand van auditieve perceptie bij de uil, cognitieve verwerking van leren bij de honingbij en motorische output van zang van vogels de neurale mechanismen van gedrag beschrijven,
─ aangeven wat nature/nurture controverse inhoudt, aangeven wat imprinting is, de ontwikkeling van gedrag aan de hand van vogelzang beschrijven, de rol van hormonen en de ontwikkeling van de hersenen in de ontwikkeling van gedrag
aangeven, ─ de verschillende soorten van leren beschrijven en de rol van het werkgeheugen en
referentiegeheugen in het leerproces aangeven,
─ een beschrijving geven van de verschillende cognitieve vaardigheden van dieren zoals ruimtelijke representaties, representaties van aantallen, inzicht, gereedschapsgebruik, sociale representaties waaronder theory of mind, social
learning en taal, ─ aangeven wat communicatie is, verschillende vormen van communicatiesignalen
en eigenschappen ervan beschrijven, de oorsprong van signalen uitleggen,
84
─ aangeven wat seksuele selectie is en de verschillende effecten van seksuele
selectie beschrijven, ─ de patronen van evolutie van gedrag kunnen uitleggen aan de hand van
afleidingen en het testen van deze patronen kunnen uitleggen
─ de factoren aangeven die een rol spelen in het ontstaan van sociale groepen, de verschillende vormen van samenwerking beschrijven, de mogelijke consequenties van groepsleven beschrijven,
─ uitleggen wat dierenwelzijn is, kennis van diergedrag bij de groei en het hanteren van dieren in gevangenschap toepassen,
─ diergedrag in de conservatiebiologie toepassen,
─ toepassen van verklaringen voor diergedrag en de evolutie van gedrag op het gedrag van mensen,
Verder heeft de cursus tot doel het leren van verschillende vaardigheden zoals beschreven bij de vaardigheden.
Vaardigheden ─ Mondelinge en schriftelijke rapportage in het Nederlands, ─ Het schrijven van een onderzoeksvoorstel aan de hand van een opgegeven
onderwerp. Dit presenteren en verdedigen. ─ Reviewen van een onderzoeksvoorstel ─ Toepassen van kennis,
─ Bibliotheekgebruik, ─ Creativiteit en problemen oplossen, ─ Beargumenteren van standpunten.
Inhoud Gedragsbiologie is de wetenschappelijke bestudering van het gedrag van dieren.
Ruim veertig jaar geleden heeft de Nederlandse etholoog Niko Tinbergen de vier grote vragen in de gedragsbiologie gepostuleerd: evolutie, functie, ontwikkeling en causatie.
De eerste twee vragen kan men omschrijven als vragen naar het waarom van gedrag. Hieronder valt onder andere het deelgebied van de gedragsecologie. De laatste twee vragen betreffen het hoe van gedrag, de mechanismen die aan het
gedrag ten grondslag liggen. Gedragsbiologie is de moderne versie van wat we vroeger ethologie noemden. Het is echter veel breder dan de traditionele ethologie en omvat ook disciplines als
cognitieve ethologie, neurobiologie van gedrag, en de meer toegepaste disciplines als zoo conservatie biologie en dierenwelzijn. Dit zijn disciplines die in de dagen van Lorenz en Tinbergen, de grondleggers van de ethologie, nog niet bestonden.
In de cursus Gedragsbiologie komen alle vier vragen van Tinbergen aan bod. Door middel van hoorcolleges en werkcolleges krijg je een gedetailleerd beeld van de moderne gedragswetenschap zoals geformuleerd in de leerdoelen. Hierbij gebruiken
we het boek ‘The Behavior of Animals’. Behalve het belang van de vier vragen voor onderzoek naar gedrag bespreken we ook de noodzaak waarom je deze vragen moet onderscheiden. Hierbij komt de (on-)
mogelijkheid van integratie van causatie en functie aan bod. Werkvormen
(Interactieve) colleges, werkopdrachten en –colleges, computerpractica, en zelfstudie. Met een groepje medestudenten een onderzoeksvoorstel schrijven aan de hand van
een opgegeven onderwerp over één van de thema's uit het boek. Er zijn vervolgens drie rollen per onderwerp mogelijk: a) de eerste groep zal haar voorstel verdedigen
met een korte presentatie voor de groep, waaronder vragen beantwoorden; b) de
85
tweede groep zal vragen opstellen voor presenterende groep en het reviewen van
een onderzoeksvoorstel; en c) de derde groep zal 2 onderzoeksvoorstellen reviewen. Toetsing
Het eindcijfer van de cursus is samengesteld uit: ─ de schriftelijke toets (2/3 van het eindcijfer, als elk deeltentamen minstens 5.0 is
en beide deelcijfers gemiddeld voldoende is),
─ de opdracht 'Onderzoeksvoorstel' mits deze voldoende is (1/3 van het eindcijfer) De beoordeling van het ‘Onderzoeksvoorstel’ bestaat uit het zelf geschreven voorstel en de presentatie (3/4) en uit de presentatie / review / vragen over een ander
onderzoeksvoorstel en je werkhouding (1/4).
Studiemateriaal Boek: ‘The Behavior of Animals: Mechanisms, Function, and Evolution’. Blackwell Publishing, Oxford, 2005 (Eds. Johan J. Bolhuis & Luc-Alain Giraldeau)
ISBN 0-631-23125-0
86
METABOLISME
Metabolism Coördinator: dr. L.A. (Laurens) van Meeteren
Onderzoeksgroep Moleculaire Celbiologie
H.R. Kruytgebouw kamer O501,
tel.: 030-253 3002
e-mail: [email protected]
Docenten: dr. Paul van Bergen en Henegouwen, [email protected]
dr. Laurens van Meeteren, [email protected]
mw.dr. Henriette Schluepmann, [email protected]
Delen van deze cursus worden in het Engels gegeven.
VOOR MLS-Studenten: In deze cursus zijn grote delen die overlappen met de 1e jaars cursussen van MLS. Het wordt daarom afgeraden om deze cursus als MLS-student te volgen.
Ingangseisen
De cursus Moleculaire biologie op niveau 1 uit de bacheloropleiding Biologie of kennis die daarmee vergelijkbaar is.
Studiepad De cursus ‘Metabolisme’ maakt deel uit van de studiepaden Celbiologie, Plantenbiologie en Toxicologie.
Leerdoelen In het eerste deel van de cursus behandelen we de biochemie. Onderwerpen die aan
bod komen zijn: eiwit-chemie en -structuur, enzymkinetiek, thermodynamica en bouw van koolwaterstoffen. In het tweede deel behandelen we metabole routes. Onderwerpen die aan bod
komen zijn glycolyse, gluconeogenese, citroenzuurcyclus, oxidatieve fosforylering en glycogeen en vetzuur metabolisme.
Vaardigheden ─ Samenstellen en geven van presentatie over een metabole ziekte.
Inhoud Chemische reacties zijn de basis van al het leven. Tijdens deze cursus beginnen we met het leren over de biochemie van reacties en de enzymen die deze uitvoeren.
Bij het tweede deel van de cursus kijken we specifiek naar de toepassing van de biochemie in de energiehuishouding van de cel. Voor een verdere inhoud is het informatief om te zien welke hoofdstukken we uit het
boek we behandelen: Part I THE MOLECULAR DESIGN OF LIFE
1. Biochemistry: An Evolving Science 2. Protein Composition and Structure 3. Exploring Proteins and Proteomes
7. Hemoglobin: Portrait of a Protein in Action 8. Enzymes: Basic Concepts and Kinetics
9. Catalytic Strategies 10. Regulatory Strategies
87
11. Carbohydrates
Part II TRANSDUCING AND STORING ENERGY 15. Metabolism: Basic Concepts and Design
16. Glycolysis and Gluconeogenesis 17. The Citric Acid Cycle 18. Oxidative Phosphorylation
20. The Pentose Phosphate Pathway 21. Glycogen Metabolism 22. Fatty Acid Metabolism
Werkvormen
In deze cursus ga je eerst zelf aan de slag met de stof. Tijdens de zelfstudie werk je deze hoofdstukken door aan de hand van een emodule. Aan het einde van de zelfstudie sluit je je voorbereiding af met een toets (5% van eindcijfer). Aangezien
het pittige onderwerpen omvat is de voorbereiding essentieel in het goed kunnen volgen van de cursus. Vervolgens ga je met een groepje verdiepende opdrachten maken. Tijdens het
aansluitende college wordt de stof kort herhaald aan de hand van de verdiepende opdrachten. Tijdens de cursus werk je in groepjes van 3 tot 4 studenten aan een presentatie over
een metabole ziekte. Deze presentaties worden aan het einde van de cursus gegeven.
Toetsing Toets 1 40% Toets 2 40%
Blackboard toetsen 5% Presentatie Metabolische Ziekte 15%
Studiemateriaal
─ Biochemistry (8th Edition) Author(s): Jeremy M. Berg, Lubert Stryer, John L. Tymoczko, Gregory J. Gatto ISBN 9781319153939
88
MOLECULAIR GENETISCHE ONDERZOEKSTECHNIEKEN
Molecular genetic research techniques Coördinator: mw.dr. Lena Will
Leerstoelgroep Celbiologie
H.R. Kruytgebouw
Kamer N505, e-mail: [email protected]
Docenten: prof. dr. Guido van den Ackerveken
dr. Mike Boxem
mw.dr. Lena Will
prof.dr. Sander van den Heuvel
dr. Luis Lugones
dr. Marcel Proveniers
mw.dr. Inge The
Je kunt deze cursus in timeslot AD óf BC volgen
LET OP: Gedurende deze cursus is er een verplicht onderdeel waarbij gewerkt wordt met dierlijk materiaal.
Ingangseisen Aantoonbare beheersing van de kennis behandeld in de cursus Moleculaire biologie
op 1 niveau uit de bachelor opleiding Biologie of kennis die daarmee vergelijkbaar is. B-B2MGOT14 is equivalent aan SK-B2MBBT en kan niet door MLS-studenten worden gevolgd.
Studiepad Moleculaire genetische onderzoekstechnieken is een kerncursus in de studiepaden
Celbiologie, Microbiologie, Neurobiologie, Ontwikkelingsbiologie en Plantenbiologie. Daarnaast kan het ook een passende cursus zijn voor de studiepaden Theoretische biologie & bioinformatica en Toxicologie
Leerdoelen Aan het einde van de cursus kun je:
– moderne moleculair genetische vaardigheden en technieken toepassen, – moleculair biologische problemen oplossen, – de systematische benadering van problemen en vraagstellingen begrijpen en
toepassen, – complexe biologische systemen onderkennen en hanteren, – met bovenstaande kennis primaire artikelen lezen.
Vaardigheden – in groepsverband een onderzoekscyclus opzetten en uitvoeren,
– kritisch denken en standpunten beargumenteren in een wetenschappelijke discussie over een vraagstelling, de aanpak en de daaruit voortvloeiende
resultaten, – browsers en databases gebruiken met betrekking tot het vinden van gegevens
over literatuur, protocollen en genen.
Inhoud In deze voornamelijk praktische cursus leren jullie de experimentele aanpak en de
moleculair genetische technieken die veel gebruikt worden om processen in levende prokaryote en eukaryote cellen te bestuderen. Hiervoor gaan jullie leren werken met
89
bacteriën, planten- en zoogdiercellen. Daarnaast zullen jullie chemotaxis in C.elegans
bestuderen. Enkele technieken die jullie zullen uitvoeren zijn basale en gevorderde recombinant DNA technieken, conjugatie tussen bacteriën, genoverdracht naar planten, eiwit isolatie uit zoogdiercellen, Western Blot, immunocytochemie, confocale
lasermicroscopie, yeast 2-hybrid en een chemotaxis assay met C. elegans. Buiten de praktijk leren jullie uitgebreid over de theoretische achtergrond achter al de verschillende toepassingen om zo een beter beeld te krijgen welke methode
waarvoor het beste toepasbaar is. Ieder week krijg je hoorcolleges en zelfstudie opdrachten om uit te werken om je goed voor te bereiden op de verschillende practica. Tijdens de practica leren jullie
ook hoe je nauwkeurig een labjournaal bij moet houden om in de toekomst de experimenten te kunnen nadoen.
Verder kan je in deze cursus je VMT diploma halen. Werkvormen:
Hoorcollege, werkcollege, practicum en zelfstudie. Veel van de benodigde informatie, zoals roosters en opdrachten tijdens de cursus krijg je via Blackboard.
Toetsing: Actieve deelname aan de hoorcolleges is aanbevolen, deelname aan de werkcolleges en de practica zijn verplicht. Er zijn twee deeltoetsen en je wordt beoordeelt op je
voorbereiding op en je inzet bij de practica en het bijhouden van een digitaal labjournaal. De weging van de verschillende onderdelen en de regels voor herkansing worden aan het begin van de cursus bekend gemaakt.
Studiemateriaal Voor deze cursus wordt geen boek gebruikt maar zal worden verwezen naar
verschillende websites/primaire wetenschappelijke artikelen. Voor de practica is het dragen van een labjas en bril verplicht. De labjassen worden door de opleiding ter beschikking gesteld.
90
ORIËNTATIE OP DE ONDERWIJSPRAKTIJK
Orientation on Education Coördinator: drs. A.H. Mooldijk
Buys Ballotgebouw, Kamer 369, tel.: 030-253 1181/1179
Princetonplein 5,
e-mail: [email protected]
Docenten: dr. H.E.K. Matimba
drs. A.H. Mooldijk
De cursus mag niet gedaan worden als je Didactiek (B-B2DID09 en B-B3DID14) of
één van de cursussen van de Educatieve Minor gevolgd hebt.
Ingangseis Minimaal 15 ects van het bachelorprogramma moet zijn behaald bij start van de
cursus.
Studiepad De cursus past binnen alle studiepaden van Biologie, is voorbereidend op het masterprogramma SEC, is een goede opstap voor de Educatieve Minor en voor de
lerarenopleiding (Science Teacher Education binnen het masterprogramma SEC). Meer info op: http://www.uu.nl/masters/en/science-education-and-communication
Plaatsing Plaatsing gebeurt op volgorde van aanmelding, waarbij wordt gestreefd naar een evenredige verdeling over de verschillende (school)vakken.
Het stagebureau van de lerarenopleiding (de Graduate School of Teaching) regelt de oriëntatiestages. Het is echter toegestaan om zelf een stageplek aan te dragen
wanneer je bijvoorbeeld op je oude middelbare school stage wilt lopen. Hiervoor dien je een verzoek in bij de cursuscoördinator en het stagebureau ([email protected]), met daarbij de naam van de school, de plaats, en de naam
en het e-mailadres van je begeleider/contactpersoon. Mochten er onvoldoende stageplekken beschikbaar zijn, dan vindt er een selectie plaats voor de cursus. Indien van toepassing ontvang je hierover uiterlijk twee weken voor aanvang van de
cursus een bericht.
Cursusdoelen Na het afronden van deze cursus kan de student:
─ een leeractiviteit ontwerpen, uitvoeren en hierop reflecteren;
─ een onderwijsactiviteit analyseren en evalueren op onderwijskundige kwaliteit;
─ een realistisch beeld schetsen van het leraarsberoep; beoordelen in hoeverre
het behalen van een onderwijsbevoegdheid voor hem/haar een aantrekkelijke optie is.
Inhoud Deze cursus biedt een eerste oriëntatie op de beroepspraktijk van een leraar in het voortgezet onderwijs en de kennis en vaardigheden die je daar voor nodig hebt. Je
traint een aantal vaardigheden met medestudenten in je cursusgroep en met behulp van het programma Traintool, je bestudeert literatuur, je ontwerpt een onderwijsactiviteit, en je loopt gedurende het blok een kleine stage in het voortgezet
91
onderwijs waarbij je vooral onderwijs observeert en uiteindelijk een (deel van) drie
lessen uitvoert. Werkvormen
Verplichte hoor- en werkcolleges. Actieve participatie in de cursus, daarom is er een aanwezigheidsverplichting. Toetsing Beoordeling
Eindtoets van Traintool, een onderdeel waarmee je online je communicatietechniek oefent. (10%).
Tentamen over de aangereikte theorie in de vorm van open vragen en casussen.
(90%) Daarnaast zorgen feedback van stagebegeleider en leerlingen voor een eerste beeld van de mogelijkheden van de student als docent.
92
VOORTGEZETTE STATISTIEK EN ‘R’
Advanced statistics and ‘R’
Coördinator: dr. Rutger Hermsen
Onderzoeksgroep Theoretische Biologie
H.R.Kruytgebouw, Padualaan 8
kamer N602, tel.: 030-253 3840
e-mail: [email protected]
Docenten: dr. Rutger Hermsen dr. Yann hautier
Ingangseisen
Niveau 1 cursus Experiment & statistiek of kennis van de statistiek vergelijkbaar hiermee. Voor MLS studenten geldt dat zij deel kunnen nemen aan de cursus indien zij vooraf
H1, H2, H3, H4, H6, en H10 uit het boek The Analysis of Biological Data van Whitlock & Schluter (2e editie) hebben bestudeerd. Aanmelden kan door een mailtje te sturen naar [email protected].
Studiepad Gedragsbiologie, Ecologie en Natuurbeheer en Theoretische Biologie en
Bioinformatica Leerdoelen
Na het voltooien van deze cursus kun je: ─ redeneren over en rekenen aan kansen en kansverdelingen, ─ basisbegrippen uit de statistiek uitleggen en gebruiken in redeneringen,
─ gegeven een vraagstelling, zelfstandig een geschikte onderzoeksopzet ontwerpen, ─ gegeven een onderzoeksopzet of verzameling gegevens, zelfstandig bepalen welke
analyses geschikt en van toepassing zijn,
─ een reeks binnen de biologie veelvoorkomende statistische analyses toepassen en hun uitkomsten interpreteren,
─ gegevens bewerken en analyses uitvoeren met behulp van de statistische software
‘R’ en de gebruikersomgeving ‘R Studio’, ─ de resultaten van statistische analyses, conclusies, en de verantwoording van
gemaakte keuzes vastleggen in een wetenschappelijk verslag, ─ gepubliceerd onderzoek kritisch beoordelen, ─ een aantal veelvoorkomende misvattingen, misinterpretaties, dwalingen en
vergissingen uitleggen en vermijden. Vaardigheden
─ Het programmeren van eenvoudige scripts in ‘R’, ─ Het schrijftelijk vastleggen van statistische resultaten in een wetenschappelijk
verslag.
Inhoud In het vak Experiment & Statistiek heb je kennisgemaakt met een aantal
basisbegrippen en -technieken uit de statistiek. In dit vak wordt je kennis van statistiek geconsolideerd, verdiept, en verbreed. Daarnaast leer je om gegevens te bewerken en analyses uit te voeren met behulp van de statistische software ‘R’ en de
gebruikersomgeving ‘R Studio’.
93
De onderwerpen die behandeld zijn tijdens Experiment & Statistiek zullen worden
uitgediept. Daarnaast komen in ieder geval de volgende nieuwe onderwerpen aan bod: ─ Kansverdelingen: de binomiale verdeling, de Poissonverdeling,
─ De analyse van proporties en frequenties, waaronder de binomiale toets en de chi-kwadraat goodness-of-fit-toets,
─ Afhankelijkheidsanalyses, waaronder relative risk, odds ratio, chi-kwadraat
afhankelijkheidstoets, en Fishers exacte toets. ─ 2-weg ANOVA, blokkenproef, en general linear models. ─ een inleiding in generalized linear models
─ het corrigeren voor covariation, ─ computer-intensieve methoden, met name permutatietoetsen.
Werkvormen Zelfstudie, hoorcolleges, en werkcolleges waarin intensief gebruik wordt gemaakt
van computers. Toetsing
Tijdens de cursus zul je verschillende opdrachten moeten inleveren. Het vak eindigt met een tentamen. Je eindcijfer wordt berekend uit je resultaten voor de opdrachten en de toets. De verdeelsleutel wordt bij aanvang van de cursus bekendgemaakt.
Studiemateriaal ─ The Analysis of Biological Data, 2e editie. M.C. Whitlock and D. Schluter, 2014.
─ Werkboek “Voortgezette Statistiek en R”. ─ Handouts en artikelen die door de docent beschikbaar worden gesteld.
94
Periode 2, niveau 3 cursussen
COMPUTATIONELE BIOLOGIE
Computational biology Coördinator/docent: mw.prof.dr. P. Hogeweg
Onderzoeksgroep Theoretische Biologie
H.R.Kruytgebouw, Padualaan 8
kamer Z503, tel.: 030-253 3692
e-mail: [email protected]
Deze cursus wordt in het Engels gegeven.
Ingangseisen
Verplichte voorkennis is de eerstejaars cursus Systeembiologie. Sterk aanbevolen wordt om voorafgaand aan de cursus de niveau 2 cursus Theoretische ecologie te volgen. Studenten met vergelijkbare kennis kunnen ook toegelaten worden.
Studiepad De cursus Computationele biologie bied je een sterke theoretische ondersteuning in
de Moleculaire en Ecologische richtingen. Leerdoelen
Computational Biology uses computer modeling to investigate biological problems. The course teaches a variety of modeling techniques and techniques to analyse the model behaviour. Moreover, biological theory obtained by computational modeling is
examined. Inhoud
During the course, the emphasis will be on composing exact models, based on specific hypotheses. The models are analyzed, the results yielding insights in the original biological system. The models that are studied address fundamental
questions from a variety of biological fields, among which: ─ Evolutionary dynamics
─ eco-evolutionary dynamics and spatial pattern formation, ─ host-pathogen co-evolution, ─ genome evolution, e.g. interaction between gene regulation and evolution,
─ evolution of complexity, robustness and evolvability.
─ Developmental dynamics (from genes to organisms) (plant and animal models will
be used) ─ pattern formation, ─ cell differentiation,
─ morphogenesis and mechanical interactions between cells, ─ EVO-DEVO (evolution of development).
─ Network dynamics)
─ gene regulation and metabolic networks,
─ RNA interference.
─ Behaviour
─ behavioral self-structuring through local interactions,
95
─ interface between learning and evolution.
(Spatial) pattern formation and emergent properties are common themes emphasised in all these areas and the related general theory is introduced as a
separate module. A number of different model formalisms are used, namely: ─ non-linear differential/difference equations (ODE and MAPs),
─ reaction Diffusion Systems (PDE), ─ Cellular automata machines, ─ event based models,
─ individually oriented models, ─ evolutionary computation,
─ hybrid models using several combinations of the above formalisms.
Analysis tools include bifurcation analysis, sensitivity analysis, and various pattern
analysis techniques. Werkvormen
A typical day starts with lectures, followed by computational modeling excercises, including a miniproject, about which a report is to be writen. iterature will be handed out related to the computer excercises , and at the end of the course, literature
seminars are given by the students. Toetsing
The student's final mark is based on primarily the written exam; and rounded off based on the literature seminar and the miniproject report
Studiemateriaal
─ Practicum handleidingen, sheets en literatuur, ─ Op de computers maak je gebruik van LINUX.
96
EVOLUTIE INTERDISCIPLINAIR
Evolution interdisciplinary Coördinator: dr. F.A.C. Wiegant
Onderwijsinstituut Biologie
H.R. Kruytgebouw, kamer Z407
tel.: 030-253 3972
e-mail: [email protected]
Docent: dr. F.A.C. (Fred) Wiegant, [email protected],
Ingangseisen
Evolutie & Biodiversiteit (niveau1) en Evolutie 2 (niveau 2), of vergelijkbare kennis. Studiepad
Evolutiebiologie Leerdoelen
─ Verwerven van kennis en inzicht in het toepassen van het evolutieconcept binnen verschillende disciplines waaronder geneeskunde, psychologie, sociologie en economie.
─ Inzicht in het aandeel dat verschillende disciplines kunnen hebben in het verklaren van wat ‘ons mens maakt’.
─ Inzicht in de werkwijze bij het opzetten en uitvoeren van interdisciplinair
onderzoek en bij het schrijven van een interdisciplinair review. ─ Kennis van enkele hedendaagse debatten binnen de evolutionaire biologie. ─ Relevante evolutionaire informatie kunnen selecteren uit primaire artikelen.
─ Problemen in een evolutionaire context kunnen beschouwen en bediscussiëren. Vaardigheden
De volgende academische vaardigheden worden tijdens de cursus geoefend: Academisch schrijven, populair-wetenschappelijk schrijven, presenteren, debatteren en discussiëren, samenwerken, interdisciplinariteit, creatief- en kritisch denken.
Inhoudsbeschrijving
Darwin’s evolutietheorie wordt de laatste decennia steeds vaker toegepast in andere vakgebieden. Zo vormt de evolutietheorie de basis voor vakgebieden als Evolutionaire geneeskunde, Evolutionaire psychologie & psychiatrie, Evolutionaire
economie, etc. Tevens wordt van veel fenomenen de evolutionaire achtergrond bestudeerd zoals van religie, moraliteit, ethiek, cultuur, taal, kunstmatige intelligentie, etc. De toepassing van het begrip evolutie door natuurlijke selectie op
andere terreinen dan de biologie blijkt verhelderend te kunnen werken en tot vruchtbare inzichten en nieuwe onderzoeksgebieden te leiden. Het moet echter wel zorgvuldig en kritisch gebeuren, want het kan ook leiden tot weerstand en onbegrip
in de betreffende disciplines. Het is tevens van belang zich te realiseren dat de evolutietheorie niet onbetwist is. De belangrijkste ideeën van Darwin worden nog steeds breed gedragen, maar
evolutiebiologen zijn het nog altijd niet eens over een aantal elementaire onderdelen van de evolutietheorie. Een belangrijk voorbeeld is het debat over adaptationisme, de rol van memetica, het belang van niche constructie in de evolutie van populaties
en het niveau waarop selectie plaatsvindt: grijpt natuurlijke selectie aan op genen, individuen of groepen? Kortom, er zijn nog steeds fundamentele debatten binnen de evolutietheorie. Begrip van deze debatten is een belangrijk onderdeel van de
opleiding van toekomstige evolutiebiologen.
97
Werkvormen en bijbehorende inhoud ─ Hoorcolleges over verschillende voorbeelden van toepassing van het
evolutieconcept in verschillende disciplines.
─ Discussies. Deze worden binnen de cursus gebruikt om kennis op te doen over de hedendaagse debatten in evolutiebiologie. De discussies worden voorbereid door het lezen van een aantal artikelen.
─ Essay & pitch over populair-wetenschappelijk boek. Elke student leest een populair-wetenschappelijk boek over een evolutionair onderwerp en schrijft een reflectief essay (1500-2000 woorden). Daarnaast houdt de student een pitch van
3 minuten over het boek. ─ Vrije opdracht. Individueel of in tweetallen wordt gewerkt aan een opdracht naar
eigen inzicht /eigen creatieve ideeën. De voorwaarden zijn dat de opdracht gaat over een evolutionair onderwerp en dat de tijdsbesteding 40 uur pp is.
─ Interdisciplinair review en voordracht. Studenten schrijven in tweetalleneen
interdisciplinair literatuurreview over een evolutionair onderwerp (3500 woorden excl. referenties). Naast de review, geeft ieder team een voordracht van ongeveer 15-20minuten over hun onderwerp.
─ Tentamen. Het tentamen zal gaan over de (gast)lezingen en de debatten binnen de hedendaagse evolutiebiologie.
Toetsing ─ Schrijven van een interdisciplinair review (literatuuroverzicht) plus het verzorgen
van een presentatie (40%)
─ Schrijven van een essay & houden van een pitch over een populair-wetenschappelijk boek (20%)
─ Vrije opdracht (20%)
─ Tentamen (20%) Studiemateriaal
Er is geen leerboek. Er wordt gebruik gemaakt van artikelen en reviews. Aan het begin van de cursus kan er een keus worden gemaakt uit een stapel populair-wetenschappelijke boeken. Verder kan het volgende boek handig zijn: ‘Evolutionair
denken’ van Chris Buskes. Naast een inleiding in het evolutieconcept worden veel onderzoeksgebieden behandeld waar het evolutieconcept wordt toegepast en tot nieuwe inzichten leidt.
98
EVOLUTIONAIRE ONTWIKKELINGSBIOLOGIE
Evolutionary developmental biology Coördinator: dr. B.K.A. Nelemans, [email protected]
Onderzoeksgroep Ontwikkelingsbiologie
H.R. Kruytgebouw, kamer O511
Docent: dr. B.K.A. Nelemans, [email protected]
Het maximum aantal plaatsen is 35.
Ingangseisen De cursus Ontwikkelingsbiologie of vergelijkbare kennis is verplicht en de cursus Evolutie 2 wordt sterk aanbevolen.
Studiepad Deze cursus maakt deel uit van de studiepaden Ontwikkelingsbiologie (OB) en
Evolutiebiologie (EB). Leerdoelen
Aan het einde van de cursus kun je: • uitleggen wat de relaties tussen evolutie en ontwikkeling zijn, • uitleggen hoe moleculaire evo-devo processen werken,
• omschrijven hoe genregulatie een sleutelrol speelt in lichaamsbouwplannen en morfologische vernieuwingen,
• omschrijven hoe epigenetica een rol speelt in ontwikkeling, evolutie en
ziektes, • wetenschappelijk bewijs verzamelen om betogende argumenten op te stellen, • uiteenzetten wat de huidige discussies zijn omtrent evolutionaire theorie,
• eco-evo-devo kennis gebruiken bij het bepalen van levenswetenschappelijke definities en het beantwoorden van filosofische levensvragen.
Vaardigheden • complexe evolutionair-ontwikkelingssystemen begrijpen en bediscussiëren, • primaire artikelen lezen en beoordelen,
• essay schrijven over een evo-devo onderwerp, • argumenteren en betogen in wetenschappelijke teksten, • kritisch denken en standpunten beargumenteren in een debat over evo-devo
concepten en evolutionaire theorievorming, • nadenken over en werken aan wetenschappelijke theorievorming.
Inhoudsbeschrijving Het doel van deze cursus is om studenten kennis te laten maken met de
belangrijkste onderwerpen van een relatief nieuwe discipline; evolutionaire ontwikkelingsbiologie (evo-devo). Deze discipline brengt de ontwikkelingsbiologie in een evolutionaire context en verheldert hoe ontwikkelingsprocessen evolutie sturen.
De kennis uit dit vakgebied draagt bij aan het beantwoorden van vragen over de geschiedenis van het leven, onze plaats in de wereld, het evolueren van lichaamsbouwplannen en de effecten van de omgeving op de embryonale
ontwikkeling en menselijke gezondheid. In deze, voornamelijk theoretische, cursus leert de student hoe evo-devo onderwerpen aansnijdt die een combinatie zijn van klassieke evolutietheorie,
embryologie, moleculaire biologie en ecologie. Hoorcolleges hierover zullen worden
99
gevolgd door analyse en bespreking van onderzoeksartikelen, waarin de moleculaire
basis van evo-devo processen zal worden besproken. De student leert ook hoe de omgeving en genregulatie het fenotype bepalen en hoe dit invloed heeft op de ontwikkeling, bouwplannen van organismen, evolutie van nieuwe morfologische
eigenschappen, micro-evolutie en macro-evolutie. Daarnaast gaan we ook verder door te kijken naar de huidige evolutietheorie (the Modern Synthesis) en een mogelijke toekomstige variant (the Extended Evolutionary Synthesis). De ideeën
achter wetenschappelijke theorievorming zullen worden besproken en bediscussieerd aan het einde van de cursus.
Werkvormen en bijbehorende inhoud Het eerste gedeelte van de cursus (week 1-6) bestaat uit hoorcolleges, begeleid met
artikeldiscussies in werkcolleges en zelfstudie. In week 7 volgt dan een digitale toets. In de tweede helft (week 7-10) word je begeleid naar een mondeling debat door middel van het schrijven van een voorbereidend essay, en het oefenen van
argumentatievaardigheden tijdens tutorials, waarop je peer feedback krijgt van medestudenten. Hierdoor leer je wetenschap te bedrijven door te argumenteren en na te denken over wetenschappelijke theorievorming. Veel van de benodigde
informatie, zoals roosters en opdrachten, krijg je via Blackboard. Actieve deelname aan de hoorcolleges is aanbevolen, deelname aan de werkcolleges en tutorials is verplicht. Colleges worden opgenomen.
Toetsing Het eindcijfer wordt bepaald door een digitale, theoretische toets halverwege de
cursus. Verder word je beoordeeld op je inzet tijdens de werkgroepen, je schriftelijke essay en het afsluitende debat. De weging van verschillende onderdelen en de regels voor herkansing worden aan het begin van de cursus bekendgemaakt.
Studiemateriaal Tijdens de cursus maken we gebruik van:
• de cursushandleiding met hand-outs, • artikelen van internet of UBU.
Er is geen verplicht leerboek, maar de volgende boeken geven een goede
achtergrond: • “Evolution, A Developmental Approach”, van Wallace Arthur, • “Ecological Developmental Biology”, van Scott Gilbert, • “Evolution, the Extended Synthesis”, van Massimo Pigliucci.
100
GENTHERAPIE, KANKER, AIDS
Gene therapy, cancer, AIDS Coördinator: dr. A.A.M. Thomas
Onderzoeksgroep Ontwikkelingsbiologie
H.R. Kruytgebouw, kamer O506
tel.: 030-253 3971
e-mail: [email protected]
Docent: dr. A.A.M. Thomas
Ingangseisen
De cursussen Moleculaire biologie en De Cel of vergelijkbare kennis. Noodzakelijke voorafgaande cursussen bevatten kennis van replicatie, transcriptie, translatie, basale kennis over het ontstaan van kanker, (zoals te vinden in Campbell and Reece,
11e druk, hoofdstukken 16-20), kennis van celbiologie, (hoofdstukken 7-9 en 12), basale kennis van immunologie, zoals ter sprake komt in huidige Biologie-cursussen jaar 1 (hoofdstuk 47), basale kennis van virusreplicatie, zoals in hoofdstuk 26,
kennis van veel gebruikte technieken in de moleculaire biologie zoals beschreven in hoofdstuk 19, kennis van dierlijke weefsels, vormen en functies, zoals in hoofdstuk 40.
Deze cursus kan bij voorkeur worden gevolgd in het derde studiejaar. Tweedejaars worden alleen toegelaten indien er plaats is. Het maximum aantal plaatsen is 80.
Studiepad De cursus past in de studiepaden Ontwikkelingsbiologie, en Toxicologie. Je kunt de cursus ook volgen vanuit een bredere interesse.
Leerdoelen: Na de cursus kan je:
─ uitleggen welke vormen van genetische therapieën bestaan, hoe ze werken, en bij welke aandoeningen dit theoretisch of praktisch haalbaar zou kunnen zijn,
─ ethische aspecten rondom genetische therapieën beschrijven,
─ uitleggen welke cellulaire processen belangrijk zijn bij het ontstaan van een tumor en bij uitzaaiingen, en hoe en welke therapieën deze processen
beïnvloeden, ─ uitleggen wat de normale afweerreactie is tegen een infectie, en wat de reactie is
bij een HIV infectie,
─ uitleggen wat de functie is van alle door HIV-1 gecodeerde eiwitten ─ uitleggen wat het effect is van bestaande en te ontwikkelen medicijnen tegen HIV
en AIDS,
─ uitleggen hoe het immuunsysteem reageert op een vaccin, een tumor, of een virusinfectie,
─ uitleggen waarom er virale variatie is en hoe de variatie invloed heeft op
medicijnen en vaccins, ─ relevante gegevens verzamelen via internet en wetenschappelijke tijdschriften, ─ een essay maken over een medicijn.
De cursus is op gevorderd niveau qua moleculaire en celbiologische aspecten, en verdiepend wat betreft immunologische aspecten.
101
Vaardigheden
Selecteren en verwerken literatuur, omgaan met complexe systemen, wetenschappelijke discussie, schriftelijke rapportage in het Nederlands of Engels naar keuze, ethisch bewustzijn wat betreft gentherapie, gebruik van medicijnen en
vaccins. Inhoudsbeschrijving
De cursus geeft je inzicht in humane cellulaire processen met een geïntegreerde benadering vanuit de moleculaire biologie, biochemie, en celbiologie. Die kennis gebruik je in een aantal toepassingsgerichte biotechnologische problemen zoals
gentherapie, RNA interferentie, en gencorrectie, en bij het begrijpen van tumorontwikkeling, metastasering, en het ontstaan van AIDS.
De cursus zal de volgende thema’s behandelen: gentherapie, anti-sense therapie, RNA-interferentie, DNA-repair na inductie van DNA breuken als genetische therapie, ontstaan van tumoren, oncogenen, tumorsuppressors, apoptose, telomeren,
receptoren en liganden, monoklonale antilichamen, antikanker medicijnen, vaccins tegen kanker, virussen als vaccins, adhesiemoleculen, integrine’s, metastasering, angiogenese.
Bij het HIV-AIDS deel: virus vaccins, Koch’s postulaten, moleculaire biologie van HIV, interactie van HIV met immuunsysteem, belangrijke en HIV-1 gevoelige cellen van het immuunsysteem, immuundominantie, eigenschappen van HIV polymerase,
ontstaan van virale varianten, mechanisme van HIV medicijnen, virusreceptoren, resistentie, HIV-vaccins, ethiek rondom gebruik medicijnen, ontwikkeling van vaccins, oorzaken van ongeneeslijkheid HIV-infectie.
Werkvormen en bijbehorende inhoud De cursus is theoretisch. Werkvormen zijn hoorcolleges, zelfstudie, en het schrijven
van een essay. Toetsing
Aanwezigheid bij het eerste college, deelname aan de toetsen en inleveren van een essay zijn verplicht. De cursus is voldoende afgerond als de twee toetscijfers (elk 40%) en de beoordeling van het ingeleverde essay (20%) resulteren in een
voldoende. Studiemateriaal
─ cursushandleiding met hand-outs ─ kopieën van de benodigde artikelen, te verkrijgen via UBU of internet
102
LIGHT AND ELECTRON MICROSCOPY
Licht en electronen microscopie Coördinator: dr. L. (Lukas) Kapitein,
Onderzoeksgroep Moleculaire Celbiologie
H.R. Kruytgebouw kamer Z510, tel.: 030-253 3458
e-mail: [email protected]
dr. T. (Tzviya) Zeev-Ben-Mordehai
Cryo Electron Microscopy
H. R. Kruytgebouw Room O805, tel.: 030-253 3178
e-mail: [email protected]
Docenten: Lukas Kapitein, Tzviya Zee-Ben-Mordehai
Capaciteit: 40
Deze cursus wordt deels in het Engels gegeven.
Ingangseisen The level 2 course B-B2MGOT14 or comparable knowledge is a prerequisite. The
courses Math and Physics 2 and de Cel (B-B2CEL09) are recommended. Studiepad
This course fits within the study path Cell Biology. It provides a good preparation for the track Molecules and Cells and the track Biophysics and Molecular Imaging in the Master program Molecular and Cellular Life Sciences.
Leerdoelen - course objectives At the end of this course you will:
─ know the physical principles underlying light and electron microscopy ─ have a deep understanding of the workings of modern light and electron
microscopes
─ understand the principles of specialized light microscopy techniques, such as confocal microscopy, TIRF microscopy, Selective Plane Illumination Microscopy, Super-resolution microscopy
─ know how to choose between different labeling strategies to generate fluorescence contrast
─ know how to prepare samples for an electron microscope
─ be familiar with the different applications of light and electron microscopy ─ be able to critically read scientific papers where LM and/or EM were used.
Vaardigheden - Skills ─ Hands-on experience with setting up optical systems ─ Hands-on experience with performing image analysis
─ Hands-on experience with sample preparation for EM and using EM. ─ Analysing primary literature and presenting it.
─ Critical thinking Inhoud - Content
The aim of this course is to provide the students with deep understanding of modern light and electron microscopy. The emphasis will be on the applications for cell biology and structural biology.
The course is divided in two parts. The first part covers light microscopy and the second part electron microscopy.
103
The course will consists of lectures (HC) covering the theory accompanied by
tutorials (WC). In additions, the course will provide practicals where the students will have the opportunity to get hands-on experience with or demonstrations of the different microscopes.
Werkvormen Hoorcolleges
Werkcolleges Practica Journal club
Zelfstudie Schrijfopdracht
Toetsing - assessment The grade for the course will be the average of the separate grades for LM and EM. Each of these two grades should be a 5 or higher to pass. For the LM part:
• Journal club (20%)
• Written exam (80%) For the EM part:
• Journal club (20%)
• Written exam (80%) In addition, attendance of and active participation in the Practicals is obligatory and will be registered (inspanningsverplichting). You cannot pass the course if you were absence without prior approval.
Studiemateriaal LM part ─ Murphy and Davidson, Fundamental of Light Microscopy and Electronic Imaging.
Online available through the UU library http://onlinelibrary.wiley.com/book/10.1002/9781118382905
recommended additional reading
─ Kubitscheck (editor), Fluorescence Microscopy - From Principles to Biological Application. Digitaal beschikbaar via de UU bibliotheek: Online available through the UU library
http://onlinelibrary.wiley.com/book/10.1002/9783527671595 ─ Manual practicals ─ Manual image analysis
EM part ─ Selected chapters from the book “Transmission Electron Microscopy” by Williams
and Carter (ISBN 9780387765020)
─ Lecture slides ─ Manual practicals
104
MARIENE WETENSCHAPPEN III: ‘Oceans of the Future’
Marine sciences III: ‘Oceans of the Future’ Coördinator: prof.dr. Appy Sluijs
Mariene Palynologie en Paleoceanografie
Vening Meineszgebouw A
Princetonlaan 8a, 3584 CB, Utrecht
Kamer 356, tel.: 030-253 2638
e-mail: [email protected]
secretariaat: [email protected]; tel. 030-253 2629
Docenten: dr. Douwe Maat, [email protected]
dr. Dedmer van de Waal, [email protected]
dr. Sabine Gollner, [email protected]
dr. Nicole de Voogd, [email protected]
dr. Lennart de Nooijer, [email protected]
dr. Francesca Sangiorgi, [email protected]
prof.dr. Appy Sluijs, [email protected]
Ingangseis Het volledig gevolgd hebben van de cursus Mariene wetenschappen II of
vergelijkbare kennis is als ingangseis verplicht. Studiepad
Deze cursus is van belang voor studenten die het studiepad Mariene Wetenschappen volgen en zeer interessant voor studenten geïnteresseerd in de ecologie. Ook voor studenten die het studiepad Educatie, Communicatie & Management volgen, kan dit
een waardevolle cursus zijn. Tenslotte is de cursus interessant voor studenten Natuurkunde en Aardwetenschappen die zich willen verdiepen in de relatie tussen de mariene biologie en de huidige fysisch-chemische veranderingen in de oceaan op
korte en langere tijdschalen. Leerdoelen
Toenemende CO2 concentraties, klimaatverandering en gerelateerde veranderingen in biologie resulteren in oceanen in verzuring, opwarming en zuurstofgebrek (anoxia). In deze niveau 300 cursus vergaart de student inzicht in de processen die
deze veranderingen teweeg brengen. Verder maakt de student kennis met belangrijke groepen mariene organismen, van microben tot fytoplankton tot zooplankton, en de manier waarop hun geografische distributie en hun fysiologie
verandert als gevolg van de fysisch-chemische veranderingen. Dit met de nadruk op het heden en de toekomst maar inclusief een blik op analoge veranderingen in het geologisch verleden dmv de analyse van fossielen. Aan het einde van de cursus:
─ overzie je welke fysische, chemische en biologische processen die op dit moment in oceanen opwarming, verzuring en anoxia tot gevolg hebben,
─ ken je de belangrijkste groepen fytoplankton, zooplankton, virussen en bacteriën,
en diepzeeorganismen van open oceaan tot kustregio’s, en hun rol in mariene ecosystemen
─ weet je van deze groepen hoe ze fysiologisch en ecologisch reageren op de
huidige veranderingen in het mariene bereik, zowel afzonderlijk als gecombineerd opwarming, verzuring en anoxia.
─ heb je een basaal begrip van de complexiteit in de respons van ecosystemen op
verzuring, opwarming en anoxia, ─ heb je voldoende kennis om actuele vragen te stellen rond soort- en
ecosysteemrespons tijdens perioden van opwarming, oceaanverzuring en anoxia
105
in het geologisch verleden.
Vaardigheden ─ selecteren, analyseren en verwerken van complexe literatuur,
─ uitvoeren korte onderzoekscyclus in groepsvorm, inclusief literatuuronderzoek, ─ systematische probleembenadering; kritisch denken, ─ mondelinge & schriftelijke rapportage in het Engels,
─ wetenschappelijke discussie op groepsniveau en tijdens een minicongres, ─ omgaan met wetenschappelijke onzekerheid, ─ denken op biologische en geologische tijdschalen.
Inhoud
Voortbouwend op de introductie cursus Marine Sciences I en Marine Sciences II zijn de hoofdthema’s in deze cursus Future Oceans: 1. Verzuring, anoxia (zuurstofloosheid) en opwarming van de oceanen en randzeeën, 2. de belangrijkste
groepen organismen in de oceaan, 3. De fysiologische en ecologische respons van deze groepen op de veranderingen in de oceaan, 4. Biotische respons ten tijde van analoge veranderingen in het geologisch verleden
Na een beknopte inleiding, volgen de modules (van één of meerdere weken): (1) beknopte inleiding IPCC rapport en oorzaken van opwarming, verzuring en
anoxia, (2) Fytoplankton: dinoflagellaten, coccolithoforen en diatomeeën (3) Microbiologie: bacteriën, virussen en archaea
(4) Rifsystemen: Koralen en Sponzen (5) Diepzee biologie en vent systemen (6) Paleo-oceaan opwarming, verzuring en -anoxia
Door de gehele cursus heen doen studenten in groepjes literatuuronderzoek naar van tevoren gedefinieerde onderwerpen, onder begeleiding van een assistent en een
inhoudelijk expert. Voortgang wordt schriftelijk gerapporteerd en de eindresultaten worden mondeling gepresenteerd tijdens een congres.
Werkvormen (Werk)colleges, practica, discussie, geschreven rapporten, presentaties
Toetsing De cursus is voldoende afgerond indien minimaal een 5.5 is behaald voor (1) geschreven voortgangsrapport van het literatuurproject (beoordeeld op structuur
en schrijfstijl; 15% van het eindcijfer) (2) presentatie van het literatuurproject (beoordeeld structuur, presentatiestijl en inhoud van presentatie en voortgangsrapport; 25% van het eindcijfer).
(3) schriftelijk tentamen (60% van het eindcijfer) Actieve deelname aan alle hoorcolleges en werkgroepen is verplicht, en opdrachten/uitkomsten worden gecontroleerd. Een eindcijfer wordt alleen bepaald
als aan alle opdrachten is voldaan. Als één of meerdere onderdelen met een cijfer tussen de 4.0 en 5.5 zijn beoordeeld dan krijgt de student een AANV als beoordeling en kunnen betreffende onderdelen worden herkanst. Bij een cijfer onder de 4,0 voor
minimaal één onderdeel dan wordt het eindcijfer ONV(oldoende) en is er geen herkansingsmogelijkheid.
Studiemateriaal: Materialen worden tijdens de cursus aangeboden, o.a. via Blackboard.
106
MOLECULAIRE PROKARYOTE MICROBIOLOGIE
Molecular Prokaryotic Microbiology
Coördinator: mw.dr. M.C. Koster (Margot)
leerstoelgroep Microbiologie
H.R. Kruytgebouw, kamer O407
tel.: 030-253 2267
e-mail: [email protected]
Ingangseisen De niveau 2 cursussen Microbiële interacties en Moleculair genetische onderzoekstechnieken of cursussen met vergelijkbare inhoud.
Studiepad De cursus is onderdeel van het studiepad Microbiologie.
Leerdoelen In deze cursus staat het bestuderen van moleculaire mechanismen in bacteriën en
archaea centraal. Aan het einde van de cursus kun je ─ voorbeelden geven van verschillende vormen van onderzoek aan prokaryote
micro-organismen,
─ de cellulaire opbouw en een aantal belangrijke moleculaire mechanismen van bacteriën beschrijven,
─ moleculaire technieken die gebruikt worden in het onderzoek naar prokaryote micro-organismen kunnen toepassen en data verkregen door die technieken
interpreteren,
─ primaire literatuur op dit gebied kritisch analyseren,
─ zelfstandig experimenten opzetten,
─ in groepsverband op grond van theoretische kennis en literatuuronderzoek een toepassing bedenken, wetenschappelijk te onderbouwen en dit schriftelijk en
mondeling te presenteren
Vaardigheden ─ Zelfstandig bestuderen van leerstof,
─ analyseren primaire literatuur, ─ opstellen onderzoeksvoorstel, ─ planning,
─ kritisch denken, samenwerken en overleg, ─ schriftelijk rapportage van onderzoeksvoorstel, ─ mondelinge rapportage en verdediging van een onderzoeksvoorstel.
Inhoud Bacteriën en archaea komen overal voor op aarde, zelfs onder de meest extreme
condities. Ze worden gekenmerkt door een enorme diversiteit en een groot vermogen om zich aan te passen. Zonder deze organismen is leven op aarde niet mogelijk. Ondanks hun op het oog eenvoudige celstructuur beschikken deze
organismen over geavanceerde eigenschappen: zoals het waarnemen en uitzenden van signalen, zich beschermen tegen virussen en andere indringers, het differentiëren tot structuren die eeuwenlang kunnen overleven en het aangaan van
complexe interacties met andere micro-organismen, planten dieren en de mens. Het bestuderen van processen in microscopisch kleine organismen is een uitdaging en
vraagt om creativiteit en een goede kennis van moleculaire technieken. Deze cursus
107
richt zich vooral op het leren doen van wetenschappelijk onderzoek aan moleculaire
mechanismen in bacteriën en bouwt voort op de leerstof die behandeld is in de cursus Microbiële interacties. Deze theoretische cursus bestaat uit twee delen. In het eerste deel wordt aan de hand van colleges en gastcolleges voorbeelden gegeven
van verschillende soorten bacterieel onderzoek, zowel op medisch, biotechnologisch als fundamenteel gebied. De colleges worden aangevuld met opdrachten waarin geoefend wordt met het kritisch bestuderen van primaire literatuur, het analyseren
van data en het bedenken van een experimentele aanpak. In het tweede deel wordt in groepsverband een bepaald onderwerp uitgediept, door het bedenken van een nieuwe toepassing gerelateerd aan de moleculaire prokaryote microbiologie. Deze
toepassing wordt wetenschappelijk onderbouwd gebruikmakend van primaire literatuur en gepresenteerd in de vorm van een schriftelijk rapport en een
mondelinge presentatie. Onderwijsvormen
De cursus is theoretisch. De werkvormen zijn colleges, gastcolleges afgewisseld met individuele- en groepsopdrachten. In een groot deel van de cursus wordt in groepsverband zelfstandig gewerkt aan de eindopdracht. Tijdens de cursus krijg je
ondersteuning via Blackboard. Toetsing
Deelname aan alle contactmomenten is verplicht en er wordt van iedereen een actieve bijdrage aan de opdrachten verwacht. Het eindcijfer wordt bepaald door het cijfer van de opdrachten van deel I (20%), de schriftelijke toets na afloop van deel I
(30%), de eindopdracht (40%) en participatie (10%). Alle onderdelen moeten met minimaal een 5 zijn afgerond.
Studiemateriaal
Handouts en artikelen die door de docent beschikbaar worden gesteld.
108
MOLECULAR PLANT-MICROBE INTERACTIONS
Molecular plant-microbe interactions Coördinatoren: mw. dr. S.C.M. van Wees,
Onderzoeksgroep Plant microbe Interactions
H.R. Kruytgebouw
kamer N207, tel.: 030-253 6861
e-mail: [email protected]
Docenten: mw. dr. S.C.M. van Wees, [email protected]
prof.dr.ir. C.M.J. Pieterse, [email protected]
prof.dr. G. van den Ackerveken, [email protected]
dr. P.A.H.M. Bakker, [email protected]
dr. R. de Jonge, [email protected]
Capaciteit: 40
Entry requirements Level 2 course “Moleculair Genetische Onderzoeks Technieken” and/or “De Cel” is
compulsory. It is recommended to have completed the courses “Microbiële Interacties” or “Plantenfysiologie”. If you have completed the course “Planten Adaptatie en Afweer”, you are excluded from participation in this course.
Study path Molecular Plant-Microbe Interactions is a core course of the Plant Biology and
Microbiology study paths. Moreover, the course is a (optional) part of the Bachelor Molecular Life Sciences. The course provides a good preparation for the Master's programs Environmental Biology, Molecular and Cellular Life Sciences, and Science
and Business Management. Learning goals
After this course you can: ─ describe the characteristics of various interactions of the plant with beneficial and
harmful microbes and insects,
─ describe the most important cellular and molecular mechanisms of attraction or defense between the different interactors (plant-microbe/insect and vice versa),
─ explain how defense and virulence mechanisms have developed during evolution,
and understand the basic principles of the plant immune system, ─ describe the main regulation mechanisms by plant defense hormones and how
these are influenced by multiple stress stimuli,
─ understand the functional relationship of the plant with its microbiome, ─ define opportunities to translate fundamental scientific findings into the design of
(disease) resistant crops
─ explain how the above learning objectives can be studied experimentally, ─ understand how bioinformatic analyses of high-throughput genomics data (at
transcriptome and metagenome levels) can elucidate plant-microbe relationships
─ conduct a literature review, formulate a research question, devise scientific experiments, perform experiments, and present (oral and written)
Skills
─ formulating a research question, ─ carrying out the research cycle (experimenting, interpreting results and critically
discussing),
109
─ systematically analyzing a complex biological problem based on scientific literature
and processing it in a research proposal and essay, ─ using bioinformatic methodologies to analyze and visualize genomic data of plant-
microbe interactions (use the command line and R)
─ verbal and written reporting, discussing and peer reviewing of results and syntheses
Content description The aim of this course is to understand how the immune system of plants functions, how plants and good or bad microbes interact with each other, and what the
determinants are for their success in these different interactions. In the course several integration levels of plant-microbe (and -insect) interactions are discussed:
from genes, signal molecules, defense products, whole organisms, to (microbial) population effects. For five weeks, experiments are carried out in the laboratory, in which plant disease tests with microbes and insects are carried out and molecular
reactions are measured to understand the complexity of these. In computer practicals, bioinformatic analyses of genomic data are performed. In addition, the last 4 weeks are spent on processing of primary scientific literature in a popular
article and on formulating a research question and experimental approach, based on your own interest, in an in-depth project proposal.
Educational forms Lectures, tutorials, practicals (groups of 2 or 3), computer practicals, writing and reviewing a popular science article and a research proposal (groups of 2 or
individual). You present the results of the practicals to your fellow students at a mini-symposium. The essay and proposal are pitched and (peer-)reviewed.
Grading Active participation in practicals and presentation assignments is mandatory. The final mark consists of a weighted average of: exam (50%), (computer) practicals
(25%), article (12.5%) and research proposal (12.5%). For each of the parts you have to get a grade of at least 5.5.
Study material Lab coat, manual (provided at the start of the course), lab journal, laptop.
110
PALEOENVIRONMENTS
Environmental Change: past, present and future
Coördinator: dr. T. Donders, [email protected], 030 2532636
Onderzoeksgroep Paleoecologie, Departement Fysische Geografie
kamer 4.14, Vening Meineszgebouw A, Princetonplein 8a
Docenten: dr. T. Donders, [email protected]
mw.prof.dr. F. Wagner, [email protected]
dr. T. Giesecke, [email protected]
Deze cursus wordt in het Engels gegeven, this course is taught in English
Capaciteit max 50 studenten. Ingangseisen / Entry level
3rd year BSc Earth sciences or biology students can participate in the course, we advise to follow GEO2-4212 Palaeontology-Flora first.
Studiepad / Study path This course is part of the study paths Evolution& biodiversity and Ecology & Nature management. For students interested in giogeology this course is highly
recommended. Leerdoelen / aims
At the end of the course you can: ─ Understand and interpret global environmental and climatological processes (solar
insolation, circulation, vegetation, CO2, nutrients, human impact) and their impact
on terrestrial biota (flora and fauna) ─ Recognize and apply morphological traits of key fossil groups used in
palaeoecology (pollen & spores, leaf macrofossils, diatoms)
─ Use palaoecological methods to determine and interpret the characteristics of sedimentary archives.
─ Apply and interpret quantitative palaeoecological methods (pollen influx, age-
depth modeling, stomatal frequency analysis, transfer functions). Vaardigheden / transferable skills
─ Ability to work in the team: presentations and reports are prepared in teams of variable size (2-4). Students have to distribute tasks, organize the workflow and are responsible for the time planning.
─ Problem solving: students together produce new data from proxy analyses and have to use the literature resources, practical software skills and the background information to analyse and interpret the data, and describe it in a report.
─ Verbal communication skills: Students present their work and get feedback on both the content and the presentation skills
─ Analytical / quantitative skills: multivariate statistics and transfer function
development and use, and interpretation of multiproxy palaeoenvironmental data. ─ Technical skills: Students learn to perform hands-on microscopy techniques for
pollen, leaf morphology and diatom analyses. Using the computer programs Excel, C2 and Tilia they will process and plot the gathered data, producing quantitative reconstructions and interpretations.
─ Writing skills: the reports are expected to be concise, well written scientific reports for which feedback is provided on both content and scientific language use.
111
Inhoud / content
The course provides the basis for the study of present and past continental (terrestrial and aquatic) ecosystems with biological proxies. Emphasis is on the interaction between geosphere/hydrosphere - biosphere ‐ atmosphere in response to
environmental change on different temporal and spatial scales. Based on modern analogues we use palaeoecological methods to reconstruct changes in ecosystems on
different ecologically and geologically important time-scales (10-1-107 years). Important aspects are the distinction between natural and anthropogenic changes in the late Quaternary (i.e. the past 15,000 years) and their implications for current
and future environmental change. The course is in English (depending on foreign student enrolment). The course is subdivided into three modules: 1) palaeophysiology of plants, 2) vegetation reconstruction with palynology, and 3)
aquatic ecology and paleolimnology with diatom analysis. All modules aim on the introduction of biological palaeo-proxies and the interpretation of the results in terms
of environmental and climatic changes. We carry out a research project with the
entire group, and so a significant effort in practical (microscope) analysis is to be expected.
Werkvormen / class structure 1. introduction lectures (facultative but strongly advised)
2x45min each per week provide the conceptual framework on vegetation history and climate change through time.
2.Tutorials/Practicals (Verplicht) Practical work includes intensive microscopy labs where determination and analysis of micro-fossils (pollen and spores, diatoms, leaf cuticles) are taught and trained.
Computer-aided data interpretation accompanies all modules. 3.Group work (Verplicht)
Beside individual training through lectures and practicals, students work in small (2-4) groups for their assignments and report resulting in papers and a presentation in english.
Toetsing / grading A report (in English) have to be written on either the topic “vegetation
reconstruction” or palaeophysiology (e.g. CO2 reconstructions), accounting for 30% of the final grade. One (poster) presentation on a relevant literature topic (groups of 2-3 students) accounts for 15%. The final exam accounts for 55% of the final grade,
and a minimum grade of 5.5 is set for the latter. Practical classes are an important part of the course and active participation is mandatory.
112
TROPISCHE ECOLOGIE vh Internationaal natuurbeheer
Tropical ecology Coördinator: mw.dr. Marijke van Kuijk
Onderzoeksgroep Ecologie en Biodiversiteit
H.R. Kruytgebouw, kamer N305, tel.: 030–253 6846
e-mail: [email protected]
Docenten: mw.dr. Marijke van Kuijk (Prins Bernhard Leerstoel, Ecologie en Biodiversiteit)
mw.dr. Mariet Hefting (Ecologie en Biodiversiteit)
prof. dr. Jaboury Ghazoul (Prins Bernhard Leerstoel, ETH)
Deze cursus kun je niet volgen als je B-B3TREK11 of B-B3INB16 al gehaald hebt
Ingangseisen De cursussen Biologie en ecologie van planten, Ecologie en de niveau 2 cursus Natuurbeheer, duurzaamheid en plantendiversiteit.
De niveau 3 cursus Biodiversiteit en landschap wordt aanbevolen. Studiepad
De cursus is onderdeel van het studiepad Ecologie en Natuurbeheer. Doel
Het doel van de cursus is om studenten te laten zien dat goede ecologische kennis en onderzoeksvaardigheden onmisbaar zijn voor duurzaam beheer van tropische ecosystemen.
Inhoud
Het natuurlijk kapitaal van de wereld gaat hard achteruit: veel soorten worden
zeldzaam of sterven uit, ecosystemen raken meer en meer gedegradeerd en natuurlijke hulpbronnen raken uitgeput. Er is dus een dringende behoefte aan duurzaam beheer van natuur.
Om natuur duurzaam te beheren is ecologische kennis nodig. We moeten begrijpen hoe ecosystemen functioneren, welke rol biodiversiteit hierin speelt en hoe ‘global change’ hier effect op heeft. Daarnaast moeten we weten hoe we
beheersplannen kunnen vormgeven zodat natuur, biodiversiteit en de diensten en producten die ecosystemen leveren, behouden blijven voor de toekomst.
Deze cursus richt zich op verschillende tropische ecosystemen en de daarbij
horende bedreigingen. De focus ligt vooral op tropische bossen omdat deze het meest divers zijn en vele diensten en producten leveren, maar ook het meest bedreigd worden, en omdat tropische bossen een grote rol spelen in
klimaatverandering. Planning
In het eerste deel van de cursus richten we ons op de link tussen tropische bossen en klimaatverandering. Je leert hoe planten en bossen reageren op een verhoogd
CO2 gehalte in de atmosfeer en een stijgende temperatuur. We gebruiken hiervoor een koolstofmodel dat simuleert hoe de fotosynthese in een blad verandert door een veranderend klimaat. Vervolgens kan worden berekend welk effect dit heeft op de
koolstofopslag van een tropisch bos. Door CO2 opname kunnen planten de opwarming van het klimaat afremmen. Maar hoe veel CO2 nemen bossen daadwerkelijk op en hoe zal dit in de toekomst veranderen? We laten jullie zien hoe je hier schattingen
van kunt maken.
113
In het volgende deel gaan we in op diensten die verschillende ecosystemen
leveren, welke rol biodiversiteit hierin speelt en hoe het functioneren van deze systemen verandert door klimaatverandering en andere bedreigingen. We leren welke (ecologische) kennis nodig is om systemen en landschappen duurzaam te
beheren en hoe je deze kennis kan vergaren. We doen dit aan de hand van colleges en (schrijf/lees)opdrachten. Je leert tevens om goede onderzoeksvragen te formuleren en je bedenkt een proefopzet om deze te beantwoorden. Tijdens dit
gedeelte zijn er gastcolleges van o.a. de leerstoelhouder van de Prins Bernhard Leerstoel voor Internationaal Natuurbeheer.
In week 6 wordt een theoretische toets afgelegd over alle opgedane kennis in week 1-5.
In het laatste deel van de cursus gaan jullie in kleine groepjes een eigen
onderzoek uitvoeren waarbij je het model uit het begin van de cursus gebruikt. Je
mag zelf een opdracht formuleren nav de thema’s die aan bod zijn gekomen in week 1-6. Je kan bijvoorbeeld gaan simuleren wat de gevolgen zullen zijn van koffieproductie of van (niet)duurzame houtkap voor de koolstofopslag in tropische
bossen. Naar aanleiding van deze opdracht schrijf je een rapport. Werkvormen
De theorie wordt behandeld in de vorm van hoorcolleges, computerpractica en (schrijf/lees)opdrachten, en behelst vooral week 1-6. Dit wordt afgerond met een theorietoets. In week 7-10 van de cursus voer je onder begeleiding een eigen
onderzoek uit. Je schrijft naar aanleiding daarvan een rapport. Toetsing
De toetsing vindt plaats op basis van de theorietoets (50%) en rapport (50%). Alle onderdelen moeten echter wel voldoende zijn om voor de cursus te slagen.
Studiemateriaal Relevante literatuur wordt op blackboard geplaatst.
114
WETENSCHAPPER IN BELEID
Scientist in policy
Coördinator: dr. René Verburg
Copernicus Institute of Sustainable Development
Faculty of Geosciences
Vening Meinesz Gebouw, Kamer 8.64, Princetonlaan 8a,
e-mail: [email protected]
Docenten: dr. René Verburg, mw.dr. P.A. (Pita) Verweij, [email protected]
Ingangseisen Voor deze cursus is het gehaald hebben van de cursus Beta in bedrijf en beleid of
vergelijkbare kennis aanbevolen, maar niet verplicht. Kennis van ecologie op niveau 1 of vergelijkbaar hiermee is aanbevolen.
Studiepad De cursus Wetenschapper in beleid is een ‘verbredend vak’. De cursus wordt aanbevolen voor studenten in het studiepad Toxicologie en tevens voor het studiepad
Ecologie en Natuurbeheer, omdat de cursus een goede voorbereiding is op het masterprogramma Environmental Biology, specialisatie Ecology and Natural Resource Management.
Leerdoelen In de cursus staat de vraag centraal hoe beleid wordt gemaakt en welke rollen
onderzoekers vervullen in de beleidsvoorbereiding en evaluatie. We onderzoeken dit aan de hand van voorbeelden uit het natuurbeleid en/of milieubeleid (het brede duurzaamheidsbeleid geformuleerd door overheden). Het eerste deel van de cursus
bestaat uit theorie. Vanuit verschillende disciplines uit de sociale wetenschappen, zoals beleidsstudies, economie en gedrag worden beleidsconcepten behandeld en worden verschillende methoden verklaard. Werkcolleges zijn ingericht om
verschillende methoden te leren toepassen. Daarnaast wordt in spelsimulaties verkend wat gevolgen van keuzes in beleid betekenen voor mogelijke uitkomsten. De
theorie wordt digitaal getoetst door een tentamen halverwege de cursus. De verschillende methoden worden vervolgens toegepast In het tweede deel van de cursus, welke het projectonderzoek bevat. Hierin wordt in groepen van ca. 4-5
studenten een beleidsvraag onderzocht. Je leert tijdens dit onderdeel hoe een projectvoorstel geformuleerd en geschreven moet worden, hoe je een beleidsprobleem onderzoekt en hoe je een beleidsrapport schrijft dat ook door
beleidsmakers gelezen zou kunnen worden. Tijdens de uitvoering van het project is er veel aandacht voor projectmanagement. In een werkcollege behandelen we managementtheorie en wat dit betekent in groepswerk. Hierbij reflecteren we op het
groepswerk en hoe mogelijke conflicten in groepsopdrachten vermeden kunnen worden. Dit onderdeel is ook zinvol als je niet verder in het beleidsonderzoek wilt werken. De vaardigheden en kennis die je aan het eind van de cursus hebt opgedaan
zijn: ─ Verbanden kunnen leggen in de problematiek van verschillende beleidsdossiers
die over natuur en duurzame ontwikkeling gaan (natuur, klimaat, landbouw,
gezondheid) ─ Kennis van de ontwikkeling van de Nederlandse, Europese en mondiale
beleidsontwikkeling over natuur
─ Kennis van de relevantie van indicatoren voor beleidsontwikkeling en -evaluatie ─ Kennis van nieuwe concepten, zoals ecosysteemdiensten en de rol in natuurbeleid ─ Kennis over sturingsvormen en -stijlen in beleid, rol van overheden en andere
belanghebbenden
115
─ Basale kennis over multidisciplinair werken ism sociale wetenschappen (bv. de
taal en methoden van bestuurskundigen, economen) Vaardigheden
In de cursus komen de volgende kernvaardigheden aan bod: ─ Een beleidsvraag kunnen herformuleren tot een onderzoeksvraag ─ Projectmanagement: een afgebakend project kunnen formuleren, uitvoeren en
beheersen ─ Kennismanagement: gebruik van primaire en secundaire literatuur in een project ─ Kunnen omgaan met verschillende databronnen voor onderzoek en de kwaliteit
hiervan te kunnen beoordelen ─ Kunnen uitvoeren van een beleidsanalyse, met daarin verschillende technieken
zoals ex post en ex ante analysen en specifiek enkele sociaal- en natuurwetenschappelijke onderzoeksmethoden, het DPSIR model en de beleidscyclus
Inhoud In de cursus wetenschapper in beleid worden de relaties tussen natuur,
natuuronderzoek, natuurbeheer en -beleid in een maatschappelijke context behandeld. Hierbij ligt de nadruk op beleid in het groene domein: natuurbeleid, landbouwbeleid en beleid omtrent groen en gezondheid. De maatschappelijke
context is belangrijk omdat het vorm geeft aan wat we als natuur beschouwen maar ook door gebruik en andere impacts. Dit bepaalt hoe we natuur waarderen, welke prioriteiten we stellen in onderzoek en beleid en welke strategieën we kiezen. Daarbij
worden zowel natuurwetenschappelijke kennis als een aantal begrippen uit de bestuurskundige en economische wetenschappen gebruikt. Aan de orde komen onder andere natuur en natuurbeleid in Nederland, Europa en mondiaal, de relatie tussen
groen (omgeving) en gezondheid en maatschappelijke waardering van ecologische functies en ecosysteemdiensten.
Werkvormen In de cursus krijg je te maken met een gevarieerd aanbod van werkvormen: ─ een serie colleges en werkcolleges,
─ trainingen in vaardigheden: projectmanagement leidend tot een projectplan, schriftelijke rapportage leidend tot een schrijfplan en een projectverslag (rapport/artikel),
─ een project in een groep over een zelfgekozen probleem binnen de thematiek en randvoorwaarden van de cursus (ca 30 dagdelen).
Toetsing De serie colleges, werkcolleges en zelfstudie sluit je af met een schriftelijke toets. Het project wordt beoordeeld op het projectplan, het rapport en de presentatie.
Deze vier toetsonderdelen bepalen als volgt het eindcijfer: ─ toets: 40%, ─ project: 60% (waarvan het projectplan 20%, het projectverslag 60% en de
presentatie 20%). Een cijfer lager dan 4 voor de toets of het project kan niet worden gecompenseerd met andere deelcijfers.
Studiemateriaal Cursusmap en Blackboard met hand-outs van colleges en teksten/artikelen voor
zelfstudie. Daarnaast wordt geadviseerd het boekje ‘Check je beleidstekst’ (E. Tiggeler, 2007, Sdu Uitgevers, ISBN 978901212295) aan te schaffen. Dit boekje
wordt niet behandeld tijdens de cursus, maar geeft veel schrijftips.
116
Periode 3, niveau 1 cursussen
BIOTECHNOLOGIE EN MAATSCHAPPIJ
Biotechnology and society Keuzecursus Coördinator: mw. M.E. Haagsman MSc (Marjolein)
Onderwijsinstituut Biologie
H.R. Kruytgebouw, kamer O522
Tel. 030- 253 3842
e-mail: [email protected]
Docenten: mw.dr. M.C. Koster (Margot), [email protected] mw. M.E. Haagsman MSc (Marjolein) MSc, e-mail: [email protected]
Ingangseisen VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie. De cursus Moleculaire biologie op niveau 1 van de bacheloropleiding
Biologie of een vergelijkbare cursus moet in zijn geheel gevolgd zijn. De cursus is bedoeld voor 1e jaars studenten en is niet toegankelijk voor studenten die de cursussen Moleculair genetische onderzoekstechnieken en/of de Cel hebben
afgerond. Studiepad
De cursus past goed in de studiepaden Celbiologie, Microbiologie, Neurobiologie, Ontwikkelingsbiologie en Plantenbiologie.
Leerdoelen De cursus richt zich op het leren begrijpen en gebruiken van principes die de basis vormen van belangrijke biotechnologische toepassingen, alsmede de impact van
biotechnologie op de maatschappij. Na afloop van deze cursus kun je: ─ de technieken die ten grondslag liggen aan belangrijke biotechnologische
ontwikkelingen uitleggen, ─ beredeneren welke techniek te gebruiken en resultaten interpreteren,
─ voorbeelden noemen van belangrijke biotechnologische toepassingen, ─ principes uit de recombinant DNA technologie toepassen, ─ de gevolgen van biotechnologische toepassingen op de maatschappij aangeven,
─ een beredeneerde mening geven over de mogelijkheden en beperkingen van biotechnologische ontwikkelingen,
─ een studie uitvoeren in teamverband voor een opdrachtgever, gebruikmakend
van academische en niet-academische bronnen ─ resultaten van de studie schriftelijk en mondeling rapporteren
Vaardigheden ─ het zelfstandig eigen maken van leerstof, ─ individueel en in groepsverband oplossen van problemen,
─ het presenteren van informatie (schriftelijk en mondeling), ─ standpunten beargumenteren
Inhoud Biotechnologie is het gebruik van biologische principes, organismen en hun producten voor praktische doeleinden. De mens bedrijft al eeuwenlang
biotechnologie, bijvoorbeeld bij het maken van bier of brood. De ontwikkeling van
117
nieuwe technieken, zoals de recombinant DNA technologie, en de enorme toename
van onze kennis over biologische systemen heeft ertoe geleid dat dit veld in een ware stroomversnelling is gekomen en men spreekt dan ook over een biotechnologische revolutie. Bacteriën voor de afbraak van toxische stoffen,
transgene planten als eetbare vaccins, het klonen van varkens voor xenotransplantatie of het repareren van gendefecten in embryo’s met CRIPR-Cas zijn maar een paar voorbeelden van toepassingen die volop in ontwikkeling zijn. In deze
cursus worden de technieken die de basis vormen van verschillende biotechnologische toepassingen behandeld en geïllustreerd aan de hand van voorbeelden. Hierbij wordt ook gekeken naar de impact van deze ontwikkelingen op
de maatschappij en naar ethische dilemma’s die de moderne biotechnologie oproept.
Onderwijsvormen De cursus omvat colleges, zelfstudie met behulp van kennisclips en online oefentoetsen, werkcolleges, computerpractica en een groepsopdracht.
Tijdens de cursus krijg je ondersteuning via Blackboard. Hier vind je roosters, college-handouts, en opdrachten.
Toetsing Tijdens de cursus zijn er twee toetsmomenten, een tussentoets en een eindtoets (weging 1:3).Daarnaast zal de opdracht beoordeeld worden. Het eindcijfer is het
gemiddelde cijfer van de toetsen (80%) en het cijfer van de eindopdracht (20%). Beide onderdelen moeten met een 5,5 of hoger zijn afgerond. De inspannings-verplichtingen worden aan het begin van de cursus bekend gemaakt.
Studiemateriaal ─ Aanbevolen: Introduction to Biotechnology van Thieman and Palladina, Pearson
International edition: nieuwste editie ─ werkboek Biotechnologie.
118
MARIENE WETENSCHAPPEN I
Marine Sciences I Coördinator: dr. Bas van de Schootbrugge
Mariene Palynologie & Paleoceanografie (Geowetenschappen)
Vening Meineszgebouw A
Princetonlaan 8A, 3584 CB Utrecht
kamer 306, tel.: 030-253 7691
e-mail: [email protected]
secretariaat: [email protected]; tel. 030-253 2629
Docenten UU: mw.dr. Francesca Sangiorgi, [email protected]
prof.dr. Appy Sluijs, [email protected]
dr. Peter Bijl, [email protected]
Ingangseisen VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie. De cursus is niet toegankelijk voor studenten die Mariene Wetenschappen
cursussen op niveau 2 of 3 succesvol hebben afgerond.
Studiepad De cursus is van belang voor studenten die de volgende studiepaden volgen: Mariene Wetenschappen, Evolutie en Biodiversiteit, Ecologie en Natuurbeheer.
Leerdoelen In deze multidisciplinaire introductiecursus maak je kennis met biologie in de oceaan.
De biologie wordt in context van het abiotische milieu gebracht waarbij ook basale chemie en natuurkunde wordt geïntegreerd en op biologische en langere tijdschalen wordt nagedacht. Je leert zo de biologische processen en mariene ecosystemen als
bepalend deel van het oceaansysteem in brede zin te bepalen. Na afloop kun/heb je: ─ een basisinzicht van het leven in de oceaan, met name plankton, algen en dieren,
alsmede ecosystemen.
─ basale kennis van nutrientenkringlopen in de oceaan ─ inzicht in de interactie tussen fysische, chemische en biologische processen in de
oceanen, en de ecologische gevolgen van antropogene invloeden,
─ kennis van ‘marine resources’ en duurzaamheidsvraagstukken daaromtrent ─ inzicht in de werking van de oceaan als systeem
Vaardigheden ─ Selecteren en verwerken eenvoudige media, literatuur en internetbronnen,
─ systematische benadering problemen; kritisch denken, mondelinge rapportage (Engels/Nederlands); wetenschappelijke discussie,
─ professionele posterpresentatie (engels),
─ kennis(vorming) complexe mariene (eco)systemen.
Inhoud Het hoofdthema in deze bij uitstek multidisciplinaire cursus is een introductie in de biologie van de oceaan in relatie tot het abiotische milieu. Welke zaken bepalen nu
eigenlijk wat waar in de oceaan leeft? En wat leeft er dan precies? Wie zijn primaire producenten en hoe zit een marien voedselweb in elkaar? Het grote verschil tussen land en zee is dat de zee een veel grotere drie dimensionaal karakter heeft dan het
land, door zijn grote diepte. Verder spelen ook langere tijdschalen een belangrijke rol voor de biologie, zoals oceaancirculatie. Deze cursus heeft dus als doel, naast de biologie, het leren zien van (basale)
119
verbanden tussen fysische, chemische en biologische processen, in het verleden
(paleo) en heden, die mariene ecosystemen in brede zin bepalen en of bepaald hebben. Ook besteed je aandacht aan verwachtingen voor de nabije toekomst.
In de eerste weken volg je inleidende colleges over wat een oceaan eigenlijk is, waar ze uit bestaat en hoe ze eruit ziet in drie dimensies. Dan volgt de grootste component, de biologie, inclusief evolutie, productie, pelagische en benthische
ecosystemen, zoologie, en nutrientenkringlopen. Andere componenten zijn atmosfeer- en oceaan circulatie en processen op langere tijdschalen die de biologie bepalen. Practica gaan in op belangrijke groepen fyto-, en zoöplankton en benthische
groepen, naast werkcolleges/practica oceanografie, en inleidende colleges. De colleges gaan ook in op actuele thema’s zoals opwarming van de Aarde, globale
biodiversiteits-veranderingen, effecten van vervuiling, en de typische Wadden- en Noordzee ecosystemen, mede aan de hand van (redelijk eenvoudige) literatuur en discussies, en de dagelijkse ‘news of the day’ discussies. Presentaties voor en door
studenten vormen hier een onderdeel van. In de cursus ligt de nadruk op het herkennen van processen, patronen en verbanden
(bijvoorbeeld pelagic-benthic coupling) in het mariene domein. Je besteedt aandacht aan actuele vraagstellingen, en hoe onderzoek in de praktijk wordt verricht. In de laatste week maak je een poster en houd je een presentatie (Engels), die deels is
voorbereid in de voorafgaande weken, aan de hand van zelfgekozen, of voorgestelde probleemstellingen.
Onderwijsvormen Hoorcolleges, werkcolleges/practica, discussie, presentatie(s), poster
Toetsing Het eindcijfer bestaat uit de volgende deelcijfers:
1. Deeltoets 1
2. Poster opdracht 3. Deeltoets 2
Voor alle deelcijfers moet tenminste een 5.0 worden gehaald. De toetsen tellen
samen voor 75% en de poster voor 25%. Het gemiddelde eindcijfer moet hoger dan een 5.5 zijn om voor de cursus te slagen. Slechts 1 deelcijfer kan worden gerepareerd. Welk deelcijfer wordt gerepareerd wordt met de coordinator besproken.
De practica worden niet beoordeeld met een cijfer maar actieve deelname aan alle hoor- en werkcolleges is verplicht. Alle werkcolleges moeten zijn afgetekend om het
eindcijfer te krijgen. Het boek Garrison, T., Oceanography, an invitation to marine science, 9th
Edition of later, Brooks/Cole Cengage Learning, ca. € 70,- (korting mogelijk via UBV), is VERPLICHT!
120
SYSTEEMBIOLOGIE
Systems Biology Coördinator: mw.dr. Can Keşmir,
Onderzoeksgroep Theoretische Biologie en Bioinformatica
Kruytgebouw, kamer N603,
tel: 253 3481, Email: [email protected]
Docenten: prof.dr. R.J. De Boer, [email protected]
mw.prof.dr. K.H.W.J. Ten Tusscher, [email protected]
dr. B.E. Dutilh, [email protected]
Ingangseisen VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met
biologie. Leerdoelen
Na het volgen van de cursus kun je: Basis wiskunde: - Vergelijkingen oplossen, afgeleides en limieten berekenen, functies tekenen, en
rekenen met breuken, exponenten en logaritmen. Programmeren met ‘R’ Bioinformatic Data Analysis:
─ Biologie als een “data science”: hoe komen we aan metingen, en waar slaan we ze op?
─ Werken met clustering, sequentie alignments, fylogenetische bomen. ─ Introductie tot de programmeertaal R: hoe werken computer scripts? ─ Bioinformatische tools: waartoe worden ze gebruikt? Hoe werken ze? Sterke en
zwakke punten? ─ Data analyseren met online bioinformatische tools en de resultaten interpreteren. Mathematische en Theoretische Biologie:
─ Reductionistische versus systeembiologische aanpak herkennen. ─ Wiskundige modellen over verschillende soorten biologische systemen lezen,
begrijpen en interpreteren.Het gedrag van wiskundige modellen voorspellen door
deze te analyseren in een faseruimte met isoclines en evenwichten. ─ Wiskundige modellen analyseren met behulp van het programma Grind in R
Vaardigheden ─ creatief, kritisch, en probleemoplossend denken en werken. ─ De computer gebruiken om biologische vragen te beantwoorden,
─ bioinformatische tools toepassen, ─ programmeren met R ─ werken met complexe systemen en wiskunde,
Inhoud Complexiteit is een fenomeen waarbij vele kleine onderdelen samenkomen in een
groter, complex systeem. Biologische systemen zijn complex op elk niveau. Traditioneel worden biologische systemen reductionistisch bestudeerd, door ze uit elkaar te halen en kennis te verzamelen over de kleine deelsystemen. In de
systeembiologie (Systems Biology) gaat het juist over het integreren van kleine onderdelen tot een groter geheel. Daarbij worden allerlei gerelateerde biologische feiten gecombineerd in een model om op die manier de werking van het gehele
biologische systeem beter te begrijpen. Systeembiologie is een onderzoeksgebied dat voornamelijk wordt bedreven in "dry labs", waar computers het meeste werk
121
verrichten en de onderzoeker de computationele resultaten probeert te begrijpen en
te overzien. Indeling
De eerste helft van de cursus bestaat uit drie onderdelen, Basiswiskunde, programmering in R en Bioinformatic Data Analysis. In de tweede helft van de cursus richten we ons op Wiskunde en Theoretische Biologie.
Basis wiskunde Op de eerste drie maandagen van de cursus bieden we de gelegenheid om de
basiswiskunde die iedere bioloog moet beheersen bij te leren of op te frissen. Het gaat hierbij om vergelijkingen oplossen, afgeleides en limieten berekenen, functies
tekenen, en rekenen met breuken, exponenten, en logaritmen. Opgaves worden gemaakt in de DWO (digitale wiskunde omgeving), en tellen mee voor het bonuspunt van het Bioinformatica deel.
Programmeren met R In deze cursus leer je programmeren in de taal R en hoe je R kunt gebruiken voor
data-analyse en visualisatie. R is uitgegroeid tot een standaard platform voor data-analyse en het maken van grafieken en je kunt er een enorme reeks statistische procedures mee uitvoeren. Eerst leer je over de datatypes van R, zoals vectors,
arrays, matrices, lists, data frames. Daarna wordt aandacht besteed aan het gebruik van R library functies en de creatie van user defined functions. Tevens komt control flow in R aan bod.
Bioinformatic Data Analysis De bioinformatische analyse van biologische data is van groot belang in alle
biologische disciplines. De moderne biologie verzamelt in een hoog tempo metingen die opgeslagen worden in grote databanken. Voorbeelden hiervan zijn grote aantallen complete genomen van verschillende organismen, de aanwezigheid van
micro-organismen in verschillende milieus, de expressiepatronen van genen in verschillende cellen, en de netwerken van interacties tussen de verschillende eiwitten in een cel. De bioinformatica probeert deze schat van biologische data te
combineren, integreren, en analyseren. In de eerste vijf weken richten we ons op basisconcepten en vaardigheden uit de bioinformatica. In dit deel van de cursus maak je kennis met de werking van
fundamentele methodes die gebruikt worden in de analyse van biologische datasets, zoals clustering, sequentie alignment, homologie searches, en fylogenie. Eén van de belangrijkste vaardigheden van een goede bioinformaticus is om zinnige
interpretaties te maken op basis van grote hoeveelheden data, en te leren door de bomen het bos te zien. Daarom leer je in dit deel van de cursus ook om de resultaten van dergelijke analyses interpreteren.
Mathematische en Theoretische Biologie Dit deel van de cursus gaat over het modeleren van biologische systemen. Om dit te
kunnen doen combineren we de wiskunde van differentiaalvergelijkingen met de analyse van modellen uit de theoretische biologie en systeembiologie. Hierbij zal de basiswiskunde (behandeld tijdens de eerste helft van de cursus) van groot belang
zijn. Deze modelleringstak binnen de systeembiologie wordt ook wel computationele levenswetenschappen (Computational Life Sciences) genoemd. In dit deel van de cursus leer je hoe je wiskundige modellen kunt lezen,
interpreteren, analyseren, en op een computer simuleren. We behandelen de wiskundige technieken die je hier voor nodig hebt. Je leert evenwichten te bepalen
en faseruimtes te schetsen waaruit we de stabiliteit van deze evenwichten aflezen.
122
We behandelen wiskundige modellen uit een aantal verschillende biologische
disciplines zodat je kunt zien dat de systeembiologie in veel vakgebieden gebruikt wordt.
Onderwijsvormen Elke dag begint met een hoorcollege, soms voorafgegaan door huiswerk, bijvoorbeeld het bekijken van kennisclips of het lezen van een artikel. Dit wordt
gevolgd door een werkcollege (papier en pen opgaven en/of een computerpracticum). Het volgen van de werkcolleges en de computerpractica is onontbeerlijk voor een voldoende begrip van de stof. Zelfstudietijd tijdens de cursus
gebruik je om opgaves te maken, de uitgedeelde artikelen te bestuderen en om de stof van de volgende keer voor te bereiden.
Toetsing Basiswiskunde
─ DWO opgaves tellen mee voor het bonuspunt van het Bioinformatica deel Programmeren met R
─ Blackboard toetsen tellen voor de bonuspunten voor beide delen van de cursus mee
Bioinformatic Data Analysis ─ Schriftelijke toets na week zes van de cursus ─ Cijfer telt voor 60% mee in het eindcijfer van de cursus.
─ Er kan een bonuspunt worden verdiend door actieve aanwezigheid op de werkcolleges/computerpractica en het maken van opgaves in de zelfstudietijd. Dit bonuspunt wordt opgeteld bij het deeltoetscijfer (maximum eindcijfer is een 10).
Mathematische en Theoretische Biologie
─ Schriftelijke toets aan het einde van de cursus,
─ Cijfer telt voor 40% mee in het eindcijfer van de cursus, ─ Er kan een bonuspunt worden verdiend door actieve aanwezigheid op de
werkcolleges/computerpractica, het maken van DWO opgaves en het doen van
een klein project. Dit bonuspunt wordt opgeteld bij het deeltoetscijfer (maximum eindcijfer is een 10).
Eindcijfer ─ Het eindcijfer wordt voor 50% bepaald door deeltoets I en voor 50% bepaald door
deeltoets II.
─ Om een voldoende te halen moet je bovendien voor ieder van de twee afzonderlijke onderdelen minstens een 5 gehaald hebben.
Herkansing ─ Van de onderdelen die niet herkanst hoeven worden blijft het deeltoetscijfer
staan.
─ De eventueel behaalde bonuspunten blijven staan. Studiemateriaal
─ Voor elk deel van de cursus is een reader beschikbaar. Deze is gratis te downloaden als PDF of als papieren versie aan te schaffen.
123
Periode 3, niveau 2 cursussen
BETA IN BEDRIJF EN BELEID Science in company and policy
Coördinator: dr. G.T. (Gjalt) Prins, [email protected]
Docenten: prof. dr. Guido van den Ackerveken
dr. G.T. (Gjalt) Prins
prof. dr. E.T.C. (Eelco) Vogt
Ingangseisen
Deze cursus is toegankelijk voor alle studenten van de faculteit Betawetenschappen. Leerdoelen en vaardigheden
Aan het einde van de cursus heeft student kennis van en ervaring met (een selectie van ) onderstaande onderwerpen. Ieder onderwerp zal concreet worden toegelicht met aansprekende voorbeelden uit het bedrijfsleven zelf, indien mogelijk bedrijven
actief in het bèta domein. ─ Bedrijfseconomie: rapportagevariabelen en KPI's, die algemeen in een
bedrijfsomgeving worden gebruikt, inclusief een winst- en verliesrekening en een balans.
─ Supply Chain en Logistics: begrijpen van de complexiteit van een geïntegreerde
en verbonden wereld en in staat zijn de diverse stromen te visualiseren. ─ Service industrie & virtueel bedrijf: bedrijfsprincipes toegepast op bedrijven die
handelen in dienstverlening en/of virtuele producten, zoals bijv. een
ingenieursbureau. ─ Fusies en overnames: de rol van beleggers en aandeelhouders. Het proces van het
verwerven van een bedrijf, inclusief financiering en waarde berekeningen.
─ Marketing: begrijpen hoe de bedrijfsprincipes (winst, enz.) beïnvloed kunnen worden door bewuste marketingkeuzes. Hoe een bedrijfsplan te vertalen in uitvoerbare acties?
─ Communicatie: begrijpen dat perceptie belangrijk is. Het verschil tussen branding, communicatie en PR. Hoe kan je het bedrijf beïnvloeden als je zelf werkzaam bent
op de afdeling Onderzoek? ─ Octrooien: kunnen beoordelen wanneer een octrooi een geschikt hulpmiddel is.
Wat is het basisprincipe van een octrooi en schrijven en interpreteren van een
octrooiaanvraag. ─ Innovatie management: realiseren dat innovatie een investering is die op een
gegeven moment een rendement moet behalen. Wat is creativiteit en hoe kan het
gestimuleerd worden? Inhoud
De natuurwetenschappen vormen de basis voor technologische innovatie. Beleidsmakers en bedrijven stimuleren onderzoek om oplossingen te creëren voor sociale uitdagingen en om economische groei te stimuleren. Deze cursus geeft een
eerste inzicht in het valoriseren van wetenschappelijke kennis in bedrijf en beleid voor studenten die zich willen oriënteren op een carrière buiten de academische wereld. De consulting in, je eigen bedrijf starten of bij de overheid werken? Je
oriëntatie begint met deze cursus. Tijdens de cursus werken studenten in groepen aan een business plan voor een Start-Up rond een eigen gekozen valorisatie idee
124
geworteld in het bèta- en/of techniek domein. Tijdens de cursus zal de theorie
concreet worden geïllustreerd met recente voorbeelden uit het bèta-bedrijfsleven, bijv. AkzoNobel en Unilever. Daarnaast zal er worden ingegaan op de rol en functie van Research & Development in bedrijven
Inspanningsverplichting Dit is een intensieve cursus waar de gemiddelde student 20 uur per week voor nodig
heeft voor o.a. bijeenkomsten, groepswerk en zelfstudie. Het wordt afgeraden om bij deelname aan deze cursus meer dan twee cursussen in dezelfde periode te volgen.
Werkvormen Hoorcollege
Eens per week komen we bij elkaar (’hoorcolleges’) om kennis te maken met iemand uit de bedrijf- of beleidspraktijk en met hen in discussie te gaan. Voorbereiding bijeenkomsten
Studenten bestuderen materiaal en lezen literatuur voorafgaand aan de bijeenkomsten en bereiden zich terdege voor op de hoorcolleges.
Werkcollege De cursus wordt aangeboden als een combinatie van interactieve colleges met experts en workshops waarin studenten in teams samenwerken aan projecten en
elkaar peer feedback en evaluaties geven. Voorbereiding bijeenkomsten Studenten zullen oefenen met het elkaar geven van professionele feedback en
evaluaties om zo elkaar te helpen een goed business plan op te leveren. Studenten zoeken materiaal dat tijdens het werkcollege in het business plan kan worden gebruikt.
Toetsing Business plan (50%), pitch (presentatie) van business plan (25%) en de kwaliteit
van de review van een ander business plan (25%). Studiemateriaal
Volgt nog.
125
COGNITIE EN GEDRAG
Cognition and behaviour Coördinator: mw.dr. A.M.Schel,
Onderzoeksgroep Animale Ecologie
Kruytgebouw, kamer O303
tel.: 030-253 2832
e-mail: [email protected]
Docenten: dr. A.M.Schel
mw.dr. M.J.H.M. Duchateau, [email protected]
mw.prof.dr. E.H.M.Sterck, [email protected]
Capaciteit: max 40
Deze cursus kun je niet volgen als je B-B3CEG05 al behaald hebt.
Ingangseisen Niveau 1 cursussen Biologie van dieren en Evolutie en biodiversiteit, of vergelijkbare
kennis. Gedragsbiologie en Voortgezette statistiek & R worden sterk aangeraden. Een voldoende resultaat voor de cursus Biologie van dieren (B-B1DIER05 of B-B1DIERHK) met dissectie is voor het volgen van deze cursus verplicht.
Studiepad De cursus is een kerncursus in het studieadviespad Gedragsbiologie en een vervolg op de cursus Gedragsbiologie die aansluit bij de track Behavioural Ecology in de
master Environmental Biology.
Leerdoelen
Na afloop van het theoretische deel van deze cursus kan je: ─ onderzoek naar de verschillende cognitieve capaciteiten van organismen
uitleggen,
─ het biologische concept persoonlijkheid en het onderzoek erover uitleggen en toepassen
─ kritisch evalueren van methodes die cognitieve capaciteiten van dieren testen.
Verder heeft de cursus ten doel de synthese van een wetenschappelijke methode zoals beschreven bij de vaardigheden.
Vaardigheden ─ analyseren van primaire literatuur ─ bedenken/synthese en beschrijven van wetenschappelijke methode voor een
experiment over een cognitieve vaardigheid op basis van literatuur en creativiteit (‘experimental design’), resulterend in:
─ een verslag (in het Engels) met wetenschappelijke literatuur
─ mondelinge rapportage (in het Engels) ─ inhoudelijke discussie voeren ─ ethisch bewustzijn
Inhoud De cursus is een verdere verdieping van het gedeelte Gedragsbiologie in de niveau 1
cursus Biologie van dieren en van de niveau 2 cursus Gedragsbiologie. Het hoofdthema van de cursus is cognitieve vaardigheden, van eenvoudige
herkenning tot 'theory of mind', afhankelijk van de complexiteit van groepen en
126
omgeving.
De cursus begint met cognitieve ethologie (intentie, deceptie, theory of mind, episodisch geheugen), en vervolgens wordt ‘consciousness’ besproken. Aan bod komen verder communicatie en taal, spatiale oriëntatie, sociaal leren (imitatie,
emulatie; innovatie; culturele transmissie en ‘tool use’) en de ‘evolution of mind’. Daarnaast wordt persoonlijkheid bij dieren behandeld. Het theoretische deel eindigt met een discussie naar aanleiding van het boek ‘Hoe
denken dieren’ van Virginia Morell, dat van te voren kritisch gelezen is, en op basis van de kennis opgedaan in de cursus. Hiervoor dient elke student twee discussievragen per hoofdstuk aan te dragen. De theorie wordt vervolgens getoetst
middels een schriftelijk tentamen.
Tijdens het tweede deel van de cursus wordt aan de hand van een onderwerp met behulp van literatuur en eigen creatief denken een methode bedacht om een cognitieve capaciteit van een diersoort te onderzoeken (‘experimental design’).
Hierover wordt een verslag geschreven en een presentatie gegeven (beide in het Engels). Door de presentaties van je medestudenten maak je kennis met de verschillende onderzoeksmethoden voor het aantonen van cognitieve vaardigheden
bij dieren. Werkvormen
Hoorcolleges, werkcolleges, discussie; verslag, presentaties; zelfstudie, lezen en analyseren van primaire literatuur.
Toetsing Actieve deelname aan de werkcolleges op vrijdagen en aan de presentaties is verplicht,
─ De onderwerpen van de hoorcolleges en bijbehorende werkcolleges worden in een theoretische schriftelijke eindtoets getoetst.
─ Het verslag en de presentaties worden afzonderlijk beoordeeld.
Het eindcijfer van de cursus bestaat uit het cijfer voor de theoretische toets (2/3) en het eindcijfer voor het ‘experimental design’ (1/3) dat is opgebouwd uit het cijfer voor het verslag (2/3) en de presentatie erover (1/3).
Het eindcijfer kan alleen berekend worden als alle deelcijfers voldoende zijn.
Studiemateriaal ─ Primaire literatuur (wetenschappelijke artikelen)
− Het populair-wetenschappelijke boek: ‘Hoe denken dieren’ van Virginia Morell, ISBN: 9789460036477 (ebook) 9789460033490, Balans
127
DATA SCIENCE EN BIOLOGIE
Data science and biology Coördinator: Julian Vosseberg, MSc
Onderzoeksgroep Theoretische biologie en bioinformatica
H.R. Kruytgebouw, kamer Z607
tel.: 030 – 253 1497
e-mail: [email protected]
Docenten: Julian Vosseberg, MSc: [email protected]
mw.dr. Julia Engelmann: [email protected]
Capaciteit: max 40 studenten
Delen van deze cursus worden in het Engels gegeven.
Ingangseisen De cursus Systeembiologie of vergelijkbare kennis. Het gehaald hebben van de
cursus Experiment en statistiek wordt aangeraden. Studiepad
In deze cursus doe je kennis en vaardigheden op omtrent ‘big data’-analyse, die zeer waardevol zijn voor alle studiepaden en zullen worden gebruikt in niveau-3-cursussen. De cursus zal een ingangseis zijn voor de niveau-3-cursus Bioinformatica
(vanaf 2020-2021). De cursus is een kerncursus in het studiepad Theoretische biologie en bioinformatica.
Leerdoelen Tijdens deze cursus leer je methoden uit de data science toe te passen op biologische data. Na afloop van de cursus:
─ ken je de basis van computerbestanden (onderscheid tekst- en binaire bestanden), bestandssystemen en besturingssytemen en kun je overweg met de
command-line-interface; ─ ken je de concepten van scripttalen (variabelen, datastructuren, iteraties,
expressies, functies) en kun je scripts schrijven in Python en bash om biologische
datasets te analyseren; ─ kun je verschillende manieren van data-analyse en –visualisatie (grafieken,
clusteringmethoden, principale-componentenanalyse, etc.) toepassen en kun je
beredeneren welke voor een bepaalde dataset en vraag de voorkeur heeft; ─ ken je de basis van machine learning, kun je verschillende manieren hiervan
toepassen en kun je beoordelen hoe goed een classifier is;
─ kun je figuren maken die geschikt zijn voor wetenschappelijke publicaties; ─ kun je aan de hand van een biologische vraag een eigen computationele pipeline
van opeenvolgende analyses opstellen met bijbehorende scripts en deze vraag
beantwoorden met behulp van de uitgevoerde analyses; ─ kun je uitgevoerde computationele analyses helder en volledig documenteren,
zodat de resultaten volledig reproduceerbaar zijn.
Vaardigheden Programmeren, data-analyse, datavisualisatie, systematische benadering van
problemen, creativiteit en probleemoplossend vermogen, uitvoeren onderzoekscyclus, schriftelijke rapportage in het Engels, geven en ontvangen van feedback, samenwerken.
128
Inhoud
Deze tijd wordt gekenmerkt door enorme hoeveelheden beschikbare data. Deze big data geldt zeker ook voor de biologie, nu er door high-throughput DNA-sequencingmethoden enorm veel data wordt gegenereerd van genomen,
metagenomen, transcriptomen, epigenomen, en variaties hierop. Ook in andere biologische disciplines zijn grote databestanden niet langer zeldzaam. Denk daarbij bijvoorbeeld aan de soorten en interacties in een ecosysteem, automatisch
verkregen microscopieafbeeldingen en de data over ons online gedrag. Uit recent Amerikaans onderzoek blijkt dat circa 90% van de biologen werkt of binnenkort gaat werken met grote datasets. Om met deze hoeveelheid data om te gaan zijn
methoden uit de data science essentieel. In deze cursus leer je de theorie en vaardigheden om nieuwe biologische inzichten te verkrijgen uit grote databestanden.
Allereerst is een andere manier noodzakelijk om met grote databestanden om te gaan, namelijk met behulp van de command-line-interface. Deze interface zul je ook
vaak moeten gebruiken voor het uitvoeren van computerprogramma’s op je databestanden. Bovendien is het onmogelijk geworden om handmatig alle bestanden te analyseren en zul je zelf scripts moeten schrijven om de gewenste informatie uit
tekstbestanden te verkrijgen. In de cursus ‘Systeembiologie’ heb je al kennis gemaakt met programmeren (hoofdstuk ‘Talking to computers’) en deze vaardigheden zullen sterk worden uitgebreid in deze cursus. In dit eerste deel van de
cursus leer je om te gaan met de Unix-terminal en hoe je scripts schrijft in Python. Het tweede deel staat in het teken van het analyseren van numerieke data. De focus
zal liggen op hoe je van een enorme tabel met getallen gaat naar een visualisatie die de structuur in de data helder naar voren brengt. Je leert meerdere manieren van visualisatie toe te passen op grote datasets, waaronder heatmaps, clustering en
principale-componentenanalyse. Daarnaast zal een introductie in machine learning worden gegeven: hoe classificeer je data en hoe kun je op basis van bestaande data voorspellingen doen voor nieuwe datapunten?
Gedurende de cursus werk je aan een groepsproject waarbij je aan de hand van een grote dataset een biologisch vraagstuk aanpakt door zelf een eigen computationele
pipeline van opeenvolgende analyses op te zetten met bijbehorende scripts. Werkvormen
Colleges, computerpractica, groepsopdrachten en zelfstudie. Toetsing
Tentamen (60%), projectverslag (30%), reviewerverslag (5%) en rebuttal (5%). Studiemateriaal
─ Boek: Practical computing for biologists, Steven Haddock en Casey Dunn, 2011, Sinauer Associates, Inc.
─ Overig studiemateriaal zal online worden aangeboden.
129
EVOLUTIE 2
Evolution 2 Coördinator: dr. Edwin Pos
Onderzoeksgroep Ecologie en Biodiversiteit
H.R. Kruytgebouwkamer N303
e-mail: [email protected]
Docenten: dr. Edwin Pos, [email protected]
Gastsprekers (n.n.b.)
Capaciteit: max 120
Ingangseisen De niveau 1 cursus Evolutiebiologie & biodiversiteit of vergelijkbare kennis. Neem bij
twijfel contact op met de coördinator alvorens in te schrijven voor deze cursus. Studiepad
De cursus Evolutiebiologie op niveau 2 maakt deel uit van de studiepaden Evolutiebiologie en Gedragsbiologie maar past ook in alle andere studiepaden. De cursus bereidt voor op alle biologische masterprogramma’s.
Leerdoelen De cursus heeft twee pijlers: Evolutie en Diversiteit; voortbouwend op de niveau 1
cursus Evolutie en Biodiversiteit. Tijdens de cursus verwerf je op een verdiepend niveau inzicht in de belangrijkste algemene patronen en processen van evolutie en verdiep je je kennis over biodiversiteit op fylum niveau door fyla materiaal te
verzamelen en hun kenmerken te bestuderen, zowel met betrekking tot de diversiteit van de fyla als de similariteit van hun leden. Je leert evolutionaire kennis concreet toe te passen door het schrijven van een voorstel tot bescherming van een soort en
het beoordelen van het voorstel van anderen. Tot slot kun je ook het synthetische karakter van de evolutiebiologie (d.w.z. het aandragen van een 'unifying' concept voor de hele biologie en het absorberen van kennis uit alle richtingen van de
biologie) uitleggen en illustreren met voorbeelden. Vaardigheden
Je oefent met het zelfstandig verwerken van een grote hoeveelheid studiestof. In het kader van de opdrachten oefen je met het vertalen van wetenschappelijke kennis naar een toegepaste setting. Je oefent ook je presentatietechniek middels het maken
van pitches en door middel van peer-asessment een oordeel te vellen over het werk van cursusgenoten. Als laatste train je vaardigheden die je nodig hebt voor het verzamelen, herkennen en benoemen van een deel van de fyla van het leven.
Inhoud Evolutie is het meest belangrijke principe binnen de biologie. Het is de enige
biologisch-wetenschappelijke theorie die alle fenomenen van het leven verenigt, van het niveau (macro)molecuul tot ecosysteem. Sinds de moderne synthese (het combineren van Darwin’s inzichten met de moderne genetica) begin vorige eeuw
heeft evolutionair onderzoek een grote vlucht genomen. De daarop volgende ontwikkelingen - ontstaan van de moleculaire biologie, het toenemen van computerrekenkracht en het ontwikkelen van fylogenetische reconstructie methoden
- hebben gezorgd voor een enorme toename in ons begrip van de processen en patronen van evolutie. Vandaag de dag focust evolutionair onderzoek niet alleen op typisch evolutionair biologische vragen, zoals de regulatie van genetische diversiteit,
130
het ontstaan van complexe systemen als cellen en hersenen, en het ontstaan van
biodiversiteit. Ook onderzoekers op het gebied van de moleculaire, genomische, cellulaire en ontwikkelingsbiologie onderschrijven dat het raamwerk, de principes en de analysemethoden van de evolutionaire biologie van belang zijn voor hun
werkgebieden. Deze cursus legt de nadruk op de algemene principes van evolutie, de hypothesen over de oorzaken van evolutionaire veranderingen (die relevant zijn voor de meeste organismen) en de grote patronen die zichtbaar zijn in de geschiedenis
van de aarde. De cursus is uitstekend geschikt voor het opdoen van evolutionaire basis kennis, ongeacht het werkveld waar de bioloog in terecht komt (binnen de biologie of daarbuiten).
Deze cursus gaat verder waar de cursus Evolutiebiologie en Biodiversiteit op niveau 1
stopt. Onderwerpen die besproken worden vallen onder twee grote categorieën: micro en macro-evolutie. Binnen de macro-evolutie wordt ingegaan op de Tree of Life en de methoden die ten grondslag liggen aan de reconstructie hiervan. Ook
wordt gekeken naar het ontstaan van biodiversiteit en de patronen die in deze diversiteit zichtbaar zijn in zowel de ruimte als de tijd. Een fundamentele eenheid binnen de biologie is de soort en daarom wordt ook aandacht besteed aan theorieën
omtrent soorten en soortvorming. Als afsluiting van het thema macro-evolutie wordt o.a. gekeken naar de geschiedenis van de aarde, trends in het fossiele archief en snelheden van evolutie.
Binnen de micro-evolutie wordt gekeken naar de thema’s variatie, selectie en random veranderingen in populaties (genetic drift). Zo wordt de fundamentele theorie van natuurlijke selectie bestudeerd maar komen ook de theorie van neutrale
moleculaire evolutie, modellen van genetische drift , de evolutie van genen, genomen en ontwikkelingsprocessen hierbij aan bod. Tot slot worden de onderwerpen co-evolutie, evolutie van interacties en fenotypes en de evolutie van
life-histories besproken. De kern van de evolutionaire biologie is het beschrijven en analyseren van de
geschiedenis van evolutie, en de analyse van de daaraan ten grondslag liggende oorzaken en mechanismen. De reikwijdte van de evolutionaire biologie is veel groter dan ieder ander biologisch veld, omdat alle organismen en hun kenmerken het
product zijn van een evolutionaire geschiedenis van verandering. Het is daarom onmogelijk om in een algemene cursus evolutiebiologie als deze de evolutionaire geschiedenis van (alle) afzonderlijke groepen te behandelen. Om toch een indruk te
krijgen van de diversiteit van het leven wordt aan een grote opdracht gewerkt, de Fyla Expositie, waarin studenten zelf een aantal door hun gekozen groepen gaan verzamelen, bestuderen en presenteren.
Omdat evolutionaire kennis ook steeds meer doordringt in het dagelijkse leven - van de geneeskunde (bv. ontstaan van antibiotica resistentie, begrijpen van
verouderingsprocessen) tot klimaatverandering (bv. wat is de impact van verandering in vergelijking met het verleden) - is het ook belangrijk om evolutionaire kennis concreet te kunnen toepassen. Aan de hand van een aantal opdrachten – over
bedreigde soorten – zal worden geoefend met het toepassen van evolutionaire kennis in een concrete casus. Wat zijn argumenten om een bepaalde soort te beschermen en wat is er op tegen. Hierbij moeten studenten uiteindelijk zelf
beslissen in een plenaire sessie welke voorgedragen soorten in aanmerking komen voor bescherming.
Werkvormen De studiestof wordt behandeld aan de hand van het boek “Evolution” (Futuyma) en
je zult een aanzienlijk deel van deze stof zelfstandig verwerken. Om je te helpen met
131
het verwerken van de leerstof zijn een aantal (interactie)colleges ingebouwd, waarin
je met je medestudenten en de docent systematisch de stof behandelt. Daarnaast wordt in groepen van twee gewerkt aan drie kleine en een grote (afsluitende) opdracht. Tot slot wordt één van de kleine opdrachten individueel gepresenteerd.
Gedurende de cursus zijn er ook twee werkcollege momenten waarop in een groep een essay/samenvatting geschreven wordt over een specifiek onderwerp uit de behandelde stof. Al deze samenvattingen worden ter beschikking gesteld via
Blackboard om te leren voor het tentamen. Toetsing
Er zullen 5 onderdelen worden beoordeeld met een cijfer: ─ individueel tentamen (50% van het eindcijfer). Voor dit tentamen moet hoger dan
een 5,5 worden gehaald, ─ groepsbeoordeling van de opdracht Fyla Expositie (20% van het eindcijfer, ─ groepsbeoordeling van de opdracht Galerij van bedreigde Biodiversiteit 1 (10%
van het eindcijfer), ─ groepsbeoordeling van de opdracht Galerij van bedreigde Biodiversiteit 2 (10%
van het eindcijfer),
─ gemiddelde groepsbeoordeling pitches van opdracht Galerij van bedreigde Biodiversiteit 1 en 2 (10% van het eindcijfer).
Studiemateriaal ─ Handleiding blok Evolutiebiologie, ─ boek Evolution (4e editie, Sinauer) van Futuyma,
─ tijdens de cursus op te zoeken literatuur.
132
WETENSCHAPS- en TECHNIEKCOMMUNICATIE
Science and Technology Communication
Coördinator: mw. E.P.H.M. de Bakker (Liesbeth) MSc
Didactiek van de Biologie, Freudenthal Institute
for Science and Mathematics Education (FIsme)
Buys Ballot Gebouw, Princetonplein 5, Kamer 306
tel. 030 – 253 3775 (secr. 253 1779)
e-mail: [email protected], Docenten: mw.drs. E.P.H.M. de Bakker (Liesbeth) en drs. F. van Dam (Frans).
https://www.osiris.universiteitutrecht.nl/osistu_ospr/OnderwijsCatalogusZoekCursus.do
Ingangseis
Specifieke voorkennis is niet vereist. Studiepad
Iedere bioloog communiceert in en over zijn werk. Deze cursus past daarom in alle studiepaden, maar maakt specifiek onderdeel uit van het studiepad Educatie, Communicatie & Management. De cursus bereidt voor op de masteropleiding Science
Education and Communication. Leerdoelen
Na het afronden van deze cursus kan de student: ─ Omschrijven wat wetenschapscommunicatie is, en wat
wetenschapscommunicatieprofessionals doen.
─ Verklaren hoe verschillende visies op wetenschap, maatschappij en mens de wetenschapscommunicatie vormen en beïnvloeden.
─ Aan de hand van ontwerp-, leer-, gedrags- en communicatiemodellen
communicatieve activiteiten en producten beschrijven,analyseren, en beoordelen. ─ Een omschrijving geven van belangrijke deelgebieden van de
wetenschapscommunicatie en de kennis over de daarbij behorende specifieke
doelen, doelgroepen en aanpakken toepassen. ─ Een persoonlijke positie bepalen t.o.v. wetenschapscommunicatie voor de verdere
inrichting van zijn/haar studie en loopbaan.
Inhoud
Cursusomschrijving In deze cursus gaat het over het waarom, hoe en wat van wetenschapscommunicatie. Een nanotechnoloog die blogt over zijn vakgebied,
brugklassers die een bezoek brengen aan een science centre, burgers die discussiëren over de voor- en nadelen van nieuwe ICT; ze hebben gemeenschappelijk dat ze communiceren over wetenschap en technologie. In deze
cursus belichten we de diversiteit en veelvormigheid van de wetenschapscommunicatie, haar werkveld, beoefenaars en publieksgroepen, om je inzicht te geven in de factoren die het vakgebied en haar ontwikkeling beïnvloeden.
Een museummedewerker heeft bijvoorbeeld helderheid en aantrekkelijkheid van de boodschap hoog in het vaandel staan. Bij een communicatie-adviseur gaat het vooral over aspecten als vertrouwen en het betrekken van de doelgroep. Wil je je doelen
dus bereiken, dan moet je tal van aspecten in het oog houden. Zo is het van belang om te weten ‘wie’ er communiceert, ‘wat’ de boodschap precies is, op ‘welke manier’ die het beste ontwikkeld of overgebracht kan worden, ‘wie’ de gesprekspersoon is en
‘welk effect’ er beoogd wordt. Het kost tijd en moeite deze aspecten helder in kaart te brengen, zeker als het gaat om wetenschap- en technologie-gerelateerde
133
onderwerpen. Inzicht enerzijds in de complexe verwevenheid van wetenschap en
technologie met onze maatschappij, en anderzijds in de mens en in communicatieprocessen kan daarbij een helpende hand bieden. Deze cursus is inleidend en oriënterend. De focus ligt op het verwerven van een
kennisbasis die je nodig hebt om een goed wetenschapscommunicator te worden. Door literatuurstudie, de analyse van concrete cases, en verhalen van gastsprekers uit de praktijk van de wetenschapscommunicatie, genereer je inzicht in
wetenschapscommunicatie. Gedurende de cursus zul je de nieuw verworven kennis meteen gebruiken in concrete opdrachten, zoals bijvoorbeeld het ontwerpen van een communicatieproduct of -activiteit voor synthetische biologie of nanotechnologie. De
hoofdthema’s die in de cursus aan bod komen zijn: ─ Ontwikkeling en definiëring van het vakgebied wetenschapscommunicatie
─ Wetenschapscommunicatieprocessen ─ De complexe verwevenheid van wetenschap en technologie met de samenleving ─ Deelgebieden van de wetenschapscommunicatie: risicocommunicatie,
gezondheidscommunicatie, informele educatie en wetenschapsjournalistiek Daarnaast draagt de cursus bij aan je beroepsoriëntatie. Je ontmoet professionals uit verschillende deelgebieden van de wetenschapscommunicatie. Je krijgt zicht op wat
wetenschapscommunicatie voor jou betekent, en wat voor rol dit vak in je vervolgopleiding en carrière zal gaan spelen.
Aanpak Hoogstwaarschijnlijk zal de manier waarop lesgegeven wordt, nieuw voor je zijn. De bijeenkomsten zijn interactief en vereisen actieve deelname van alle aanwezigen. De
docenten leggen geen droge theorieën uit maar vullen de bijeenkomsten deels samen met de studenten en bediscussiëren de implicaties en toepassingen van bepaalde theorieën en aanpakken. Daarnaast is de groepsopdracht een belangrijk
onderdeel van deze cursus waardoor jouw inzet belangrijk is en andere studenten van jou afhankelijk zijn. Wij hanteren daarom een aanwezigheidsplicht voor alle onderwijssessies.
Onderwijsvormen Interactief hoorcollege en werkcollege (aanwezigheid verplicht)
Toetsing Schriftelijk tentamen (75%, minimumcijfer 6) en beoordeling groepsontwerpopdracht
(25%). Verplicht materiaal
Boek: Wetenschapscommunicatie, een kennisbasis (Red. F. van Dam, A.M. Dijkstra en L. de Bakker), kosten €40,95 (ebook €27,95), www.boomhogeronderwijs.nl
134
Periode 3, niveau 3 cursussen
AQUATISCHE ECOLOGIE
Aquatic Ecology Coördinator: dr. Sven Teurlincx
Palaeoecology (UU)/Landschapsecologie (UU)/
Netherlands Institute of Ecology (NIOO-KNAW)
Droevendaalsesteeg 10
6708 PB Wageningen
e-mail: [email protected]
Docenten: dr. E. Bakker (Liesbeth)
dr. S. Declerck (Steven)
dr. W.M. Mooij (Wolf)
dr. T. Fernandes (Tanîa)
dr. L. Senerpont Domis (Lisette)
dr. D. van de Waal (Dedmer)
dr. S. Teurlincx
Capaciteit: 15
Let op: De cursus wordt gegeven op het Nederlands instituut voor Ecologie (NIOO-KNAW) te Wageningen.
Ingangseisen De cursus Voortgezette statistiek en ‘R’. Alleen toegankelijk voor Biologiestudenten aan het eind van studiejaar 3.
Studiepad De cursus is voor studenten met een ecologische, wetenschappelijke interesse en
past binnen het studiepad Ecologie & Natuurbeheer.
Leerdoelen − Vergaring van kennis van, en inzicht in aquatische ecologie als wetenschappelijk
en toegepast werkveld
− Concepten vertalen naar gerichte onderzoeksvragen en experimenten − Primaire wetenschappelijke artikelen analyseren, samenvatten en presenteren − Zelf bedenken van wetenschappelijke vraagstellingen, hypotheses en gerichte
experimenten met methodiek tot beantwoording van deze vragen Verwerking en analyse van wetenschappelijke literatuur met het oog op concepten,
vraagstelling en proefopzet. Oefenen met het schrijven en bediscussiëren van wetenschappelijke proef- en projectopzetten. Mondelinge presentatievaardigheden.
Inhoud In deze cursus staat de werking van aquatische ecosystemen in al zijn facetten centraal. Deze zoetwatersystemen herbergen een veelvoud aan soorten die allen hun
eigen plaats in de voedselketen innemen. Het voorkomen en functioneren van soorten in het aquatische ecosysteem en de diensten die deze soorten leveren vormen een rode draad door de cursus.
De eerste weken van de cursus wordt het aquatische voedselweb verkend door de studenten aan de hand van literatuuranalyse en presentaties. Vervolgens wordt een vraagstelling waarbij facetten en processen van het voedselweb in meer detail
135
worden onderzocht bedacht door de studenten onder begeleiding. Deze vraagstelling
wordt omgezet in een haalbare en uitvoerbare proefopzet waarbij onderlinge overdracht van werkzaamheden (protocollen schrijven), documentatie (logboek), en databeheer een centrale rol spelen. Naast deze breed toepasbare skills krijgen
studenten ervaring in het werken met aquatische organismen en standaard technieken in de aquatische ecologie. Studenten dienen een actieve houding te tonen in zowel opzet als uitvoering van dit praktische deel. Tijdens de laatste weken van de
cursus wordt in groepsverband gewerkt aan de analyse van resultaten en het maken van een verslag van de uitgevoerde experimenten waarbij goede samenwerking en planning belangrijk zijn. Daarnaast worden resultaten voorafgaand aan het opleveren
van het verslag gepresenteerd en bediscussieerd via presentaties. Feedback van docenten en medestudenten kan hiermee verwerkt worden in het eindverslag.
Werkvormen Hoorcolleges, werkcolleges, practica, discussies, schrijfopdracht, presentaties.
Toetsing Actieve deelname aan alle onderdelen is verplicht. Dat betekent verplichte
aanwezigheid bij colleges en werkcolleges, practica en discussies. Verder zijn er een aantal onderdelen die met een cijfer worden beoordeeld:
− Beoordeling praktisch werk en inzet (20%)
− Individuele presentatie review wetenschappelijke literatuur(20%) − Schriftelijke verslaglegging onderzoek (40%) − Presentatie onderzoeksresultaten en discussie (20%)
Voor elk van de onderdelen moet minimaal een 5,5 behaald worden. Studiemateriaal
Geen studiemateriaal vooraf aan te schaffen
136
EMPATHIE INTERDISCIPLINAIR
Empathy for biologists, lawyers and behavioural scientists Coördinator: mw.prof.dr. Liesbeth Sterck
Leerstoelgroep Animale Ecologie
H.R. Kruytgebouw, Kamer O305, tel.: 030-253 5405
e-mail: [email protected]
Docenten: mw.prof.dr. Liesbeth Sterck
mw.dr. Minet de Wied
mw.prof.dr. Wendy Schrama
De capaciteit van deze cursus is 30 bachelor-studenten: 10 biologen, 10 sociaal
wetenschappers en 10 juristen.
Ingangseisen Gevorderde bachelor studenten.
Leerdoelen Kennis: • Studenten maken kennis met de betekenis en het belang van empathie in de
beroepsuitoefening van juristen, biologen en gedragswetenschappers.
• Studenten maken kennis met de complexiteit van het empathisch proces,
definities en onderzoekstradities binnen de verschillende disciplines (rechten, biologie en sociale wetenschappen)
• Studenten leren monodisciplinaire kennis te integreren tot interdisciplinaire kennis
en dit toe te passen in het ontwikkelen van interdisciplinair onderzoek.
Vaardigheden: • Studenten krijgen ervaring met kritisch denken, reflectie en samenwerking met
studenten uit andere disciplines.
• Studenten krijgen ervaring met het presenteren en reviewen van interdisciplinair
onderzoek.
Houding: • Studenten leren open te staan voor concepten en aanpak uit andere disciplines
Inhoud Empathie, oftewel inlevingsvermogen, speelt een centrale rol in veel facetten van
ons sociaal-maatschappelijk leven. Begrip voor andermans gedachten en het delen van emoties werkt verbindend en brengt mensen bij elkaar. Misvattingen over de gevoelens van anderen kunnen problemen veroorzaken in de communicatie en al
snel leiden tot conflict. Empathie is niet uniek menselijk. Primitieve vormen van empathie (imitatie) en hogere vormen van empathisch gedrag (helpen en troosten) zien we bijvoorbeeld ook bij chimpansees, olifanten en honden. Maar wat verstaan
we precies onder empathie, wat is het belang en hoe is het te meten? In deze interdisciplinaire cursus rond het thema empathie gaan studenten biologie, rechten en sociale wetenschappen met elkaar in debat. Studenten benaderen dit soort
vragen vanuit hun eigen discipline en maken kennis met de denk- en werkwijzen uit andere disciplines. Door intensieve samenwerking tussen studenten in de werkcolleges en in gezamenlijke onderzoeksplannen kunnen theoretische inzichten,
methoden en onderzoekstechnieken uit de verschillende disciplines met elkaar worden vergeleken, gecontrasteerd en geïntegreerd tot innovatieve kennis en toegepast in interdisciplinair onderzoek
Toetsing Individuele opdrachten: 35%
137
Onderzoeksplan: 30%
Individuele presentatie deel onderzoeksplan: 20% Review onderszoeksplan andere groep: 15%
138
MOLECULAIRE EUKARYOTE MICROBIOLOGIE
Molecular eukaryotic microbiology Coördinator: dr. L.G. Lugones
Leerstoelgroep Microbiologie
H.R. Kruytgebouw
Kamer O402, tel.: 030-253 3016
e-mail: [email protected]
Docenten: dr. L.G. Lugones, [email protected]
prof.dr. H.A.B. Wösten, [email protected]
Ingangseisen/uitsluitingen Deze cursus kun je niet doen als je Eukaryote microbiologie gevolgd hebt (zelfde inhoud). De cursus Moleculair genetische onderzoekstechnieken is een ingangseis
voor deze cursus, de cursus Microbiële interacties is gewenst. Studenten met vergelijkbare kennis kunnen ook toegelaten worden.
Studiepad De cursus is onderdeel van het studiepad Microbiologie maar past ook in andere studiepaden. De cursus is een voorbereiding op de masterprogramma’s Molecular
and Cellular Life Sciences, Environmental Biology en Infection and Immunity.
Leerdoelen In deze cursus wordt het belang van eukaryote micro-organismen in de natuur en
voor de mens behandeld. Centraal staan de moleculaire mechanismen die deze micro-organismen gebruiken om te functioneren. Daarnaast ontwikkel je vaardigheden met betrekking tot het uitvoeren van biologisch onderzoek en het
presenteren van resultaten van je zelf of van anderen. Aan het einde van de cursus kun je: ─ de rol van eukaryote micro-organismen in de natuur, wetenschap en industrie
aangeven en uitleggen hoe wetenschappelijk onderzoek bijdraagt tot het begrip en uitbouwen van deze rol,
─ de moleculaire en cellulaire opbouw en mechanismen van eukaryote micro-
organismen met elkaar vergelijken, ─ moleculaire technieken die gebruikt worden in het onderzoek naar micro-
organismen op schrift en in de praktijk toepassen, ─ primaire literatuur over eukaryote micro-organismen analyseren en presenteren, ─ een onderzoekscyclus verrichten,
─ je eigen onderzoek of dat van anderen mondeling presenteren en schriftelijk samenvatten
Vaardigheden ─ Uitvoeren onderzoekscylus,
─ Mondelinge rapportage in het Nederlands,
─ Het bijhouden van een labjournaal,
─ Lezen wetenschappelijk artikel, verwerken literatuur. Inhoud
Eukaryote micro-organismen zijn enorm divers. Zij behoren tot verschillende rijken binnen het domein van de eukaryoten en zijn talrijk qua aantal soorten en individuen. Eukaryote micro-organismen vervullen een dominante rol in de natuur.
Zo zijn zij primaire producenten, opruimers van organisch en anorganisch materiaal, symbionten of ziekteverwekkers. Daarnaast bieden eukaryote micro-organismen of
139
hun componenten ons ongekende mogelijkheden tot het gebruik in industriële
processen, in de geneeskunde en bij het verbeteren van het milieu. Kortom, bewust of onbewust voeren we dagelijks strijd met deze micro-organismen of maken juist van hen gebruik.
Middels fundamenteel onderzoek zijn talrijke moleculaire mechanismen opgehelderd die verklaren hoe een eukaryote micro-organisme functioneert. Het is gebleken dat veel van deze mechanismen ook voorkomen in complexere systemen zoals planten,
dieren en de mens, waardoor eukaryote micro-organismen belangrijke modelsystemen zijn geworden voor onderzoek naar het functioneren van de levende cel.
De cursus begint met een introductie van de eukaryote microorganismen aan de hand van de “tree of life”. Het belang van deze organismen in de natuur en de mens
wordt behandeld. Moleculaire mechanismen die ten grondslag liggen aan het functioneren van eukaryote micro-organismen zullen worden behandeld aan de hand van een aantal modelorganismen die behoren tot verschillende rijken. Hoe moleculair
onderzoek wordt verricht aan eukaryote micro-organismen zal worden uitgelegd aan de hand van methoden die worden toegepast in het schimmelonderzoek. In de tweede deel van de cursus wordt een onderzoekscyclus in de praktijk
doorgelopen. Om de student voor te bereiden op de onderzoeksmaster, wordt gewerkt met een opdracht, een protocollen bundel en daar waar nodig multimediale uitleg. De student zal zoveel mogelijk zijn eigen onderzoeksopzet moeten
vormgeven. Daarom ontbreekt een practicum handleiding. Werkvormen
Hoor en werkcolleges, COO, zelfstudie, literatuuropdracht, ministage Toetsing
De cursus is voldoende afgerond als een voldoende is behaald voor zowel het tentamen als het practicum. Het eindcijfer wordt bepaald door het tentamen (60%) en de beoordeling van het
practicum/ministage (40%). Studiemateriaal
─ Het collegedictaat Eukaryote Microbiologie,
─ Een labjas
140
MOLECULAR CELL RESEARCH
Molecular Cell Research Coördinator: dr. L.A. (Laurens) van Meeteren
Onderzoeksgroep Moleculaire Celbiologie
H.R. Kruytgebouw
kamer O501, tel.: 030-253 3002
e-mail: [email protected]
Docenten: Alle stafleden van de afdeling Celbiologie (zie http://cellbiology.science.uu.nl/)
Capaciteit: 72
LET OP: Gedurende deze cursus zijn er verplichte onderdelen waarbij
gewerkt wordt met dierlijk materiaal.
Ingangseisen De cursus Moleculaire Biologie, de Cel en Moleculair genetische onderzoekstechnieken zijn verplicht. De cursus Cellen en Weefsels (niveau 3) is sterk
aangeraden. Bij een teveel aan inschrijvingen worden studenten die de cursus cellen en weefsels (succesvol) hebben gedaan eerst geplaatst.
Studiepad Deze cursus wordt sterk aanbevolen voor de studiepaden Celbiologie en Neurobiologie. Daarnaast is de cursus essentieel voor studenten die de master
Molecular and Cellular Life Sciences (MCLS) of Neuroscience and cognition willen volgen.
Leerdoelen en vaardigheden Aan het einde van de cursus ben je in staat om zelfstandig wetenschappelijk onderzoek te starten.
In het bijzonder kun je dan: ─ zelfstandig bestuderen van hoofdstukken uit het boek “The Cell” van Alberts, ─ analyseren primaire literatuur,
─ schrijven van een ‘review-rapport’ over een wetenschappelijk artikel, ─ plannen en uitvoeren van een onderzoekscyclus, ─ het plannen en uitvoeren van een in silico klonering,
─ een onderzoeksproject opstellen en zelfstandig uitvoeren, ─ gegevens uit een eigen experiment analyseren, ─ de resultaten van het onderzoeksproject presenteren,
─ een aanvraag voor een onderzoeksproject opstellen conform de richtlijnen van NWO (Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek),
─ kritisch denken, samenwerken en overleggen.
Inhoud Het doel van deze cursus is om je in aanraking te brengen met alle aspecten van
wetenschappelijk onderzoek binnen de onderzoeks-thema’s van de groep Celbiologie (zie website http://cellbiology.science.uu.nl/). De cursus bestaat uit 2 delen.
In deel 1 presenteren de stafleden van de afdeling celbiologie hun lopende onderzoek. Hierbij wordt zowel aandacht besteed aan de onderliggende theorie
(voornamelijk kennis uit het boek “The Cell”) als de meest recente resultaten en inzichten van hun onderzoek. Daarnaast voer je een aantal opdrachten uit waarbij je
141
o.a. een review rapport schrijft over een artikel gevolgd door een discussie met de
auteur van dit artikel. Dit deel van de cursus wordt afgesloten met een digitale toets.
In deel 2 van de cursus ga je in groepjes een onderzoek uitvoeren en een aanvraag schrijven voor financiering van een onderzoeksplan. Bij het onderzoek zal je in een practicum een construct kloneren waarmee je
onderzoek doet naar een van de thema’s van de afdeling. Na het kloneren zullen de constructen getransfecteerd worden en een eiwit-eiwit-interactiestudie uitgevoerd worden.
Het praktijkonderdeel wordt afgesloten met het schrijven van een verslag. Het schrijven van een beursaanvraag wordt begeleid door een van de medewerkers
van de afdeling binnen de thema’s van de afdeling. De aanvraag wordt geschreven in het format voor aanvragen voor het “open programma” voor aard- en levenswetenschappen (zie: https://www.nwo.nl/financiering/onze-financieringsinstrumenten/nwo/vrije-competitie/alw/open-programma.html)
De definitieve aanvraag presenteer en verdedig je voor een commissie van
deskundigen. De presentatie, verdediging en het geschreven voorstel worden als geheel beoordeeld met een cijfer.
Werkvormen (Werk)college: op het college bediscussieer je met de docent en je medestudenten vragen over bestudeerde hoofdstukken uit “The Cell”.
Practicum: in groepjes werk je op basis van een bestaande onderzoekslijn aan een onderzoeksproject. Onderzoeksvoorstel: in groepjes schrijf je een onderzoeksvoorstel voor het
verkrijgen van financiering gebaseerd op één van de onderzoekslijnen van de afdeling celbiologie.
Toetsing Verschillende onderdelen worden beoordeeld tijdens deze cursus. De toets van deel 1 bepaalt voor 30% het eindcijfer en moet minimaal een 5,0 zijn.
Studiemateriaal ─ Het boek “The Cell” van Alberts
142
NATURE BASED DESIGN Voorheen Emulating nature
Nature based design
Coördinator: mw.dr. Pauline Krijgsheld
Leerstoelgroep Microbiologie
H.R. Kruytgebouw
Kamer W408, tel.: 030-253 3041
e-mail: [email protected]
Docenten: dr. Jaco Appelman, mw.dr. Pauline Krijgsheld, Jasper van Winden MSc
Capaciteit: 48 (Wetenschapper in Advies en Nature based design samen)
Ingangseisen: Het behaald hebben van de niveau 2 cursussen Innovatie met
Biomimicry* en de Cel of vergelijkbare kennis. Studenten die reeds Emulating nature of Wetenschapper in advies hebben gevolgd, zijn uitgesloten van deelname.
Cursusdoelen Studenten kunnen aan het einde van deze cursus: ─ een gegeven probleemstelling in haar context analyseren.
─ een plan van aanpak opstellen voor het opstellen van een innovatieadvies. (TRL 0 en 1)
─ een bureaustudie uitvoeren in teamverband waarbij ook niet-academische
bronnen geraadpleegd worden. ─ onderzoeksresultaten vertalen naar een gegeven context en hieruit een advies en
of innovatie(strategie) formuleren.
─ hun advies doelgroepgericht communiceren aan hun opdrachtgever. ─ samenwerken in een team met een duidelijke onderlinge rolverdeling. ─ zelfstandig bepalen welke vaardigheden zij verder willen ontwikkelen en hiervoor
een leertraject ontwerpen en uitvoeren. ─ de verschillende fases in natuur gebaseerd ontwerpen beschrijven en de eerste 2
stappen (scoping&creating)toepassen.
─ aangeven en reflecteren op: samenwerken, werken met een opdrachtgever ’ en het komen tot een gezamenlijk advies/innovatie rapport met duurzaamheid / leren van de natuur als uitgangspunt.
─ de kern (keymessage) van de probleemstelling, aanpak en advies in een presentatie en pitch weergeven voor, respectievelijk de opdrachtgever en een breed publiek.
NB: Samenwerking maakt dus een expliciet onderdeel uit van de cursus, daar wordt je ook op beoordeeld.
Vaardigheden: ─ Ontwerpen en Communiceren
─ Zelfstandig bestuderen van leerstof, ─ Analyseren en gebruiken van primaire literatuur, ─ Planning,
─ Kritisch denken, samenwerken en overleg, ─ Samenwerken met stakeholders, ─ Interviewen van experts,
─ Schriftelijk rapportage van een advies/innovatie, ─ Mondelinge rapportage en verdediging van het ontwerp/ innovatie, ─ Zelfreflectie.
Inhoud: Natuurgebaseerd ontwerpen, is het ontwerpen waarbij je inspiratie uit de natuur
143
haalt voor duurzame en toepasbare oplossingen. Biomimicry is een voorbeeld van
natuurgebaseerd ontwerpen waarin je actief kennis uit de natuur zoekt. Biomimicry is o.a.het nabootsen van lessen uit de natuur. Voor een opdrachtgever zal een product, dienst of combinatie ontworpen worden, waarbij wordt verwacht dat dit:
─ Minder grondstoffen en energie zal gebruiken; ─ Makkelijk te recyclen of herh te gebruiken is en; ─ Meerwaarde voor producent en consument over een (veel) langere periode
genereert. In deze cursus zul je een aantal stappen van de ontwerpcyclus “Challenge to Biology” doorlopen, en leer je de uitkomsten te evalueren en daarnaast te reflecteren
op ontwerpproces en uitkomsten. Het ontwerp/ advies of innovatie zul je in groepsverband opstellen.
Werkvormen en opbouw van de cursus: De cursus zal grotendeels samen worden gegeven met de cursus Wetenschapper in
Advies (B-B3WEAD09). In de cursus staat een ontwerpopdracht voor een echte opdrachtgever centraal. Er worden workshops aangeboden om je opdracht goed te kunnen voltooien. Online voorbereiding van deze workshops is verplicht. We
proberen tijdens de workshops de relatie te leggen met de opdracht waaraan jouw groep werkt. Aan het eind van de opdracht zal de ontwerpcyclus ook geëvalueerd worden.
De cursus is theoretisch. De werkvormen zijn colleges, werkcolleges/workshops afgewisseld met in groepsverband en zelfstandig werken aan de eindopdracht. Het Persoonlijk Ontwikkelplan bevat een plan met leerdoelen die je tijdens de curus wilt
ontwikkelen, maar ook een zelfreflectie op het proces van samenwerken, en het proces van het komen tot een ontwerp/adviesrapport.
Beoordeling ─ Het eindcijfer is een gewogen gemiddelde van de individuele opdrachten (25%) en
groepsopdrachten (75%).
─ Individueel wordt beoordeeld: Persoonlijk ontwikkelplan met reflectie essay op innovatie en proces (20%) en inzet aan aanwezigheid tijdens de cursus (5%);
─ Voor de groepsopdracht krijgt je een individuele score gebaseerd is op vier
onderlinge beoordelingen tijdens cursus. Hieronder vallen de onderdelen: Plan van aanpak (15%); Ontwerp/adviesrapport (50%) en de eindpresentatie (10%).
─ Alle onderdelen moeten minimaal een 5 scoren of afgesloten worden met een pass
om het vak succesvol af te ronden.
Opdracht Individueel/groep Weging
Zelftoets Life’s principles Individueel Pass/ non pass system
Persoonlijk Ontwikkelplan Individueel 20%
Plan van aanpak Projectgroep 15%
Ontwerp/advies rapport Projectgroep 50%
Eindpresentatie en pitch Projectgroep 10%
Aanwezigheid en inzet Individueel 5%
Onderlinge beoordelingen (vier maal) Individueel % over het cijfer van de projectgroep*
*De cursusleiding gebruikt de onderlinge beoordelingen als richtlijn en hoeft deze niet één op één over te nemen.
Studiemateriaal: ─ Electronische syllabus, 2 weken voor de cursus begint is de literatuur toegankelijk. ─ Aanbevolen: Biomimicry Resource Handbook 2014 van Baumeister, Dayna, PhD.,
ISBN/EAN 978150563464
* Wanneer Innoveren met Biomimicry niet is gevolgd is zelfstudie van p16-115 van het Biomimicry
Resource Handbook (2014 Baumeister, ISBN/EAN 978150563464) van te voren vereist.
144
NEURONALE AANDOENINGEN
Neuronal disorders
Coördinator: mw.dr. Lena Will
Afdeling Celbiologie
H.R. Kruytgebouw, kamer N505
e-mail: [email protected]
Docenten: dr. Ron Habets, [email protected]
mw.dr. Lena Will, [email protected]
mw.dr. Corette Wierenga, [email protected]
dr. Harold Mc Gillavry, [email protected]
Capaciteit: 42
LET OP: Gedurende deze cursus zijn er verplichte onderdelen waarbij gewerkt wordt met dierlijk materiaal.
Ingangseisen ‘Neurobiologie’ of vergelijkbaar met jaar 2 van de bacheloropleiding Biologie.
‘MGOT’ of vergelijkbaar wordt, gezien het moleculaire karakter van deze cursus, ZEER sterk aanbevolen.
Studiepad Deze cursus vormt een onderdeel van het studiepad Neurobiologie en past ook goed in het studiepad Celbiologie. De cursus vormt een goede basis voor de
masterprogramma’s ‘Molecular and Cellular Life Sciences’ en ‘Neuroscience and Cognition’.
Leerdoelen In deze cursus: ─ verdiep je je in de moleculaire oorzaken van een aantal neuronale aandoeningen
─ leer je verschillende modelsystemen en methoden die gebruikt worden in het huidige neurobiologische onderzoek kennen
─ leer je het kritisch lezen en bediscussieren van primaire literatuur in het veld
─ leer je bepaalde methoden te gebruiken en de eigen resultaten op basis van de literatuur te interpreteren en vervolgens te presenteren
Vaardigheden Na afronding van de cursus kun je: ─ de meest bekende complexe neuronale aandoeningen doorgronden
─ kritisch reflecteren op methoden en modelsystemen, ze toepassen en de mogelijkheden en beperkingen van deze benoemen
─ de literatuur kritisch lezen en zelfstandig vervolgonderzoek voorstellen
─ eigen behaalde resultaten en interpretatie duidelijk presenteren
─ creatief nadenken over de mogelijke oorzaak van een neuronale aandoening
─ samenwerken en komen tot een gezamenlijk product (presentatie)
─ actief deelnemen aan discussies
Inhoud Psychiatrische en neurologische aandoeningen hebben hun oorsprong in cellulaire
en moleculaire processen in het centrale zenuwstelsel. Deze complexe processen zijn de basis van het functioneren van het centrale zenuwstelsel dat ons bijvoorbeeld in staat stelt de omgeving waar te nemen en te intepreteren, te kunnen leren van
145
ervaringen en handelingen te kunnen plannen. De laatste jaren hebben
geavanceerde moleculaire en cellulaire onderzoeksmethoden meer inzicht gegeven in de biologische aspecten van psychiatrische en neurologische aandoeningen. Deze cursus behandelt een aantal ziektebeelden, verschillende moderne in vitro en in vivo
methoden van onderzoek van het centrale zenuwstelsel en de huidige kennis van de biologische basis van verschillende aandoeningen van ons zenuwstelsel.
Aan de hand van primaire literatuur bestudeer je de volgende aandoeningen: ─ neuronale ontwikkelingsafwijkingen (bv. neuronale migratie defecten) ─ defecten in synapsen (bv. autisme, schizofrenie)
─ neurodegeneratieve aandoeningen (bv. Parkinson, Alzheimer)
Werkvormen De stof van de cursus zal worden gepresenteerd, doorgenomen en toegepast in de volgende vormen:
─ hoorcolleges ─ zelfstudie van primaire en secundaire literatuur ─ werkcolleges, waarin de primaire literatuur bediscussieerd wordt
─ practicum ─ minisymposium. In het practicum werken jullie aan modelsystemen van voor jullie onbekende
aandoeningen. Aan de hand van jullie eigen resultaten en de literatuur geven jullie in een afsluitend symposium een presentatie over jullie mogelijke verklaring voor deze aandoeningen.
Toetsing Aanwezigheid is verplicht, actieve deelname wordt verwacht. Er zijn twee
deeltoetsen, een groeps-presentatie (mondelinge presentatie en inleveren op papier) op het mini-symposium. De weging van de verschillende onderdelen en de regels voor herkansing worden aan het begin van de cursus bekend gemaakt.
Studiemateriaal ─ primaire en secundaire literatuur, te verkrijgen via UBU of internet
─ materiaal op Blackboard ─ practicumhandleiding.
Niet verplicht maar aanbevolen: ─ Purves et al.: Neuroscience, 5th edition, Sinnauer Associates Inc, 2011. ─ Alberts et al: Molecular Biology of the Cell, 6th Edition, Garland Science, 2015.
146
ONTWIKKELINGSBIOLOGIE EN GENETICA
Developmental Biology and Genetics Coördinator: mw.dr. Inge The, [email protected]
Onderzoeksgroep Ontwikkelingsbiologie
H.R. Kruytgebouw, kamer O508
Docenten: prof.dr. Sander van den Heuvel, [email protected]
mw.dr. Inge The, [email protected]
dr. Mike Boxem, [email protected]
dr. Rüdiger Schulz, [email protected]
prof.dr. Rik Korswagen, [email protected]
prof.dr. Jeroen Bakkers, [email protected]
Capaciteit: 60
LET OP: Gedurende deze cursus zijn er verplichte onderdelen waarbij
gewerkt wordt met dierlijk materiaal.
Ingangseisen
De cursus biedt een verdieping van de kennis op het gebied van moleculaire ontwikkelingsbiologie, celbiologie, en genetica. Ingangseis is het met succes afgesloten hebben van de cursussen Moleculaire biologie (niveau 1),
Ontwikkelingsbiologie (niveau 2) en Moleculaire en genetische onderzoekstechnieken (niveau 2), of daarmee vergelijkbare cursussen (Cellen en weefsels voor MLS). Bij twijfel graag contact opnemen met de coördinator. De cursus wordt in het Engels
gegeven en is bedoeld als voorbereiding op een onderzoeksmaster. Daarom kun je de cursus Ontwikkelingsbiologie en genetica alleen volgen in het derde jaar van je Bachelor opleiding.
Studiepad Ontwikkelingsbiologie en genetica is een kerncursus van het studiepad
Ontwikkelingsbiologie en sterk aanbevolen voor studenten die de Master Molecular and Cellular Life Sciences (MCLS) of Cancer Stem Cells and Developmental Biology (CS&D) willen volgen.
Leerdoelen
De doelstelling van deze cursus is kennis en ervaring opdoen in modern Ontwikkelingsbiologisch onderzoek. Tijdens het volgen van de cursus ontwikkel je:
─ kennis van de levenscyclus en onderzoekstechnieken van modelorganismen binnen de ontwikkelingsgenetica,
─ begrip van genetica en toepassing binnen ontwikkelingsbiologisch onderzoek,
─ kennis en begrip van de rol van signalering, cel polariteit en asymmetrische celdeling bij de dierontwikkeling met een nadruk op stamcel systemen,
─ toepassen van dit begrip bij de beoordeling van gegevens uit de literatuur,
─ begrip van de bijdrage van systeembiologie en modellering in het ontwikkelingsbiologieonderzoek.
Vaardigheden ─ genetische, cel biologische, moleculair biologische en microscopische technieken, ─ werken met levende, genetische modelorganismen
─ biologisch problemen analyseren op verschillende organisatieniveaus (moleculair, cellulair en organismaal),
─ uitvoeren van de onderzoekscyclus,
147
─ complexe wetenschappelijke vraagstellingen formuleren en deze vertalen naar
experimenten, ─ analyse van complexe systemen, ─ het gebruik van bio-informatische databestanden,
─ analyseren en verwerken van primaire literatuur in het Engels, ─ mondelinge rapportage in het Engels, ─ samenwerken, presenteren en feedback geven/verwerken
Inhoud De focus is op de regulatie van celdeling en differentiatie tijdens de ontwikkeling,
met nadruk op de combinatie van deze processen in stamcel lineages. Hoe stamcellen worden behouden, prolifereren of differentiëren zijn zeer in de
belangstelling staande fundamentele vragen, zowel in de ontwikkelingsbiologie als in de geneeskunde. In deze cursus diep je met moleculair-genetisch onderzoek de onderlinge relaties tussen deze processen uit. Je gebruikt daarvoor
modelorganismen. Bij uitstek lenen zich hiervoor de rondworm Caenorhabditis elegans, de fruitvlieg Drosophila melanogaster en de zebravis Danio rerio.
Werkvormen Hoorcolleges in het Engels ter ondersteuning van zelfstudie. De zelfstudie bestaat uit het bestuderen van primaire literatuur, individueel en als groep. Je geeft een
presentatie van de primaire literatuur in het Engels ter oefening en als hulp in de verwerking en beoordeling van de geleerde stof. Practica en werkcolleges illustreren hoe modern genetisch en ontwikkelingsbiologisch onderzoek in zijn werk gaat.
Aanwezigheid bij de artikelpresentaties, practica en werkcolleges zijn verplicht. Toetsing
De beoordeling van de cursus bestaat uit drie delen die samen het eindcijfer bepalen: 1. het theoretische deel, twee tentamens in het Engels waarbij vragen worden
gesteld over de colleges, de werkcolleges, de practica en de artikelen die besproken zijn door de studenten (GEEN open boek tentamen). Elk tentamencijfer bepaalt voor 35% het eindcijfer.
2. het verplichte praktische deel, waarbij vragen uit de handleiding beantwoord moeten worden. De beoordeling telt voor 10% van het eindcijfer.
3. de literatuurstudie met presentaties in het Engels, 20% van het eindcijfer.
Een minimumcijfer van 5 voor elk tentamen en andere onderdelen is vereist om te slagen. Herkansing van één van de twee hertentamens is mogelijk bij een totaalcijfer van 5,5 of lager en bij een gemiddeld tentamencijfer van minimaal een 4, of wanneer
een tentamen is gemist door overmacht. Om de cursus positief af te sluiten moet de student aanwezig zijn geweest bij alle verplichte onderdelen. Bij missen van een verplicht onderdeel wordt een vervangende opdracht gegeven. Deze moet voor de
tentamens worden ingeleverd, en is een inspanningsverplichting waaraan moet zijn voldaan om te mogen herkansen.
Studiemateriaal ─ PDF files van de colleges en zelf geschreven college aantekeningen ─ practicumhandleiding in het Engels
─ primaire artikelen in het Engels ─ De cursus wordt niet gegeven aan de hand van een studieboek, maar een aantal
hoofdtukken uit “Principles of Development” van Lewis Wolpert et al. zijn nuttig
als achtergrond informatie.
148
PLANT DEVELOPMENT AND ENVIRONMENT
Plant development and environment Coördinator: prof.dr. R. Pierik (Ronald)
Onderzoeksgroep Ecofysiologie van Planten
H.R. Kruytgebouw,
kamer Z305, tel.: 030-253 6838
e-mail: [email protected]
Docenten: Prof. dr. Ronald Pierik
Dr. Kaisa Kajala
Dr. Diederik Keuskamp
Capaciteit: 40 Ingangseisen
Plant Biology (niveau 1), Plant Physiology (niveau 2) Studiepad
Plant Biology
Leerdoelen In this course plant development in the context of their environment is central. You will learn how plant development is regulated and how the incredible flexibility of
their development is used by plants to adjust to their highly dynamic environment. You will learn to understand at several levels or organisation how signalling molecules, genes and physiology are interconnected to control developmental
plasticity to survive threatening environmental conditions. This course will prepare you both practically and theoretically for scientific research in the domain of plant Science. To this end, the scientific cycle of defining research questions and
hypotheses, designing and performing experiments, analysing data and drawing conclusions, is a central aspect of the course. At the end of the course you should be able to:
─ Describe how plants develop and how development is regulated, ─ Describe the characteristics of different environmental stresses, ─ Describe the mechanisms of the most important developmental adjustments to
environmental stress, ─ Explain variation between plants for developmental plasticity to stress. In other
words, understand why some species are able to adjust and others are not,
─ Explain how external stress stimuli are translated at a cellular level into an adjustment of the plant developmental program,
─ Describe the most important functions of plant hormones in signal transduction in
plant development and developmental plasticity, ─ Design, plan, perform and analyse scientific experiments.
Vaardigheden ─ Analysing scientific literature, ─ Analysing a complex biological phenomenon using scientific literature,
─ Planning and time management, ─ Going through the cycle of scientific research, ─ Analysing, interpreting and discussing scientific data,
─ Formulating a research question, ─ Reporting plans and results orally and in writing.
149
Inhoudsbeschrijving
Plants are continuously challenged by sometimes life-threatening changes in their environment. These can severely impact their development and even kill plants. Interestingly, plants can flexibly adjust their development to deal with these
environmental changes. They can for example adjust root anatomy to resist drought, overall root architecture to forage for nutrients, and shoot architecture to escape from shade or submergence. In order to ascertain optimal development, plants have
evolved a broad variety of mechanisms of developmental plasticity. In this course we discuss the following aspects: - How do plants control their development?
- How do plants sense the important environmental factors light and water? - How does environmental signalling control plant development?
You will be learning to combine knowledge from molecular genetics, physiology and ecophysiology to understand plant organismal development and the interaction with
the environment. This course combines rather guided elements, such as lectures and practicals, with more independent elements, such as presentation and writing tasks.
Werkvormen ─ Lectures, ─ Practicals
─ Computer data analysis ─ Writing assignments ─ Presentations
Toetsing Active participation in practicals and presentation-associated assignments is
mandatory. Your final grade will be composed of two exams, practicals and writing assignments. The minimal score for each component is 5.5.
Studiemateriaal ─ Lab coat
─ Lab journal ─ Literature as provided to you during the course
150
TOXICOLOGIE Werkingsmechanismen en effecten van stoffen op mens en dier
Toxicology Coördinator: Dr. Marianne Bol-Schoenmakers,
Institute for Risk Assessment Sciences (IRAS),
tel.: 030-253 5397 e-mail: [email protected]
Capaciteit: 75
Ingangseisen
De cursussen Biologie van dieren en Moleculaire biologie of vergelijkbare kennis en minimaal één van de volgende twee cursussen: Metabolisme en de Cel of vergelijkbare kennis m.b.t. cellulaire processen (bv. signaaltransductie en gen
transcriptie), organen (lever, nier) en (neuro-, immuun- en endocriene) orgaansystemen.
Studiepad Deze cursus is een kerncursus van het studiepad Toxicologie en aanbevolen voor het studiepad Ecologie & Natuurbeheer en Molecular Life Sciences, daarnaast als
basiscursus een belangrijk onderdeel van de voorbereiding op het masterprogramma Toxicology and Environmental Health.
Leerdoelen Na het volgen van de cursus kan de student: ─ verschillende principes uit de toxicologie, zoals werkingsmechanisme en dosis-
effect relaties, gebruiken en deze in de praktijk toepassen; ─ orgaan-specifieke toxische effecten beschrijven en verklaren door toepassen van
reeds aanwezige kennis van moleculaire en cellulaire processen;
─ de meest voorkomende humane intoxicaties herkennen en deze vanuit een mechanistisch oogpunt begrijpen;
Vaardigheden Na afloop van de cursus is de student in staat om: ─ een initiële risicoschatting te maken van een toxische stof aan de hand van
bestaande literatuur; ─ de wetenschappelijke onzekerheden ten aanzien van risicoschatting te
communiceren naar een breder publiek;
─ bij een dilemma zowel argumenten voor als tegen elk van de verschillende keuzemogelijkheden te formuleren en tot een eigen standpunt te komen;
─ op grond van theoretische kennis en literatuuronderzoek een projectvoorstel te
formuleren en te presenteren; ─ een experimentele opzet te ontwerpen waarmee een specifieke onderzoeksvraag
beantwoord kan worden, rekening houdend met het 3V (verfijning, vermindering, vervanging) concept voor proefdier gebruik.
─ eerlijke en constructieve feedback te geven op (het werk van) een ander.
Inhoud Wij komen dagelijks in contact met potentieel giftige stoffen, variërend van humane
geneesmiddelen tot milieuvervuilende stoffen of giftige planten. Het toxische effect van een stof wordt niet alleen bepaald door de stof zelf, maar ook door de eigenschappen van het blootgestelde individu. Naast dosering en route van
blootstelling spelen ook individuele eigenschappen zoals leeftijd, geslacht en voedingsstatus een rol. Centraal in de toxicologie staat het werkingsmechanisme van
151
een potentieel toxische stof. Alleen als dit bekend is kan een reële inschatting
gemaakt worden van een mogelijk risico na blootstelling aan de stof, en kan dit risico naar het grote publiek gecommuniceerd worden. In de media komen regelmatig berichten over mogelijke humane risico’s van toxische stoffen, zoals bijvoorbeeld de
rubber granulaat korrels in kunstgrasvelden, fipronil besmetting van eieren of bij grote branden zoals bij Moerdijk in 2011, waarbij de mening van een toxicoloog wordt gevraagd.
Cursus opzet: Aan de hand van hoorcolleges en kennisclips worden de toxicologische basisprincipes
uitgelegd en een aantal toxicologisch belangrijke orgaansystemen en veel voorkomende klassen van toxinen behandeld. In de werkcolleges staat de toepassing
van de toxicologie voor mens en milieu centraal. Er zullen uiteenlopende onderwerpen worden behandeld aan de hand van maatschappelijk relevante case studies, waarbij de studenten hun biomedische kennis zullen toepassen om
maatschappelijke vraagstukken te beantwoorden. Daarnaast gaat de student gedurende de cursus in groepjes van 3-4 studenten onder begeleiding van een docent ter verdieping van zijn/haar kennis een onderzoeksvoorstel schrijven over
een moleculair-toxicologisch onderwerp. Let op: deze cursus kan in het Engels worden gedoceerd.
Toetsing Tentamen (60%): De beoordeling vindt plaats aan de hand van één schriftelijk (gesloten boek)
tentamen met open vragen, dat met minimaal een 5,5 moet zijn beoordeeld. Werkcollege case study (bonus): Er is één werkcollege met een case study die individueel beoordeeld zal worden, en
een bonus van maximaal 0,5 punt voor het tentamen kan opleveren, maar alleen wanneer dit met een 5,5 of hoger is afgesloten. Onderzoeksvoorstel (40%):
Het projectvoorstel en de bijbehorende presentaties worden beoordeeld aan de hand van rubrics. Daarnaast wordt de samenwerking in de groepsopdracht beoordeeld aan de hand van een evaluatie/reflectie document. Het evaluatie/reflectie formulier wordt
ook gebruikt voor het vaststellen van de minimale inspanningsverplichting (80%), die geldt voor het groepswerk.
Benodigdheden ─ Boek: Casarett & Doull’s Essentials of toxicology, 3th edition, edited by Klaassen
and Watkins, ISBN 9780071847087 OF Casarett and Doull’s Toxicology, The Basic
Science of Poisons, 8th edition, C.D. Klaassen, McGraw-Hill Education, (ISBN 0071769234, digitaal beschikbaar via UU bibiliotheek).
─ Hand-outs van de colleges zullen voorafgaand aan elk college digitaal beschikbaar
worden gesteld via Blackboard (uu.blackboard.com).- Kennisclips worden aangeboden via Scalable Learning (toegang met solis-id).
152
WETENSCHAPPER IN ADVIES
Consultant in Life Sciences Coördinator: mw.dr. Pauline Krijgsheld
Leerstoelgroep Microbiologie
H.R. Kruytgebouw
Kamer W408, tel.: 030-253 3041
e-mail: [email protected]
Docenten: drs. Jasper van Winden, drs. Vijko Lukkien, mw.dr. Pauline Krijgsheld
Capaciteit: 48 (Wetenschapper in Advies en Nature based design samen)
Ingangseisen De cursus staat behalve voor studenten Biologie ook open voor studenten van
andere bèta-bacheloropleidingen. Studenten die reeds Natuurgebaseerd ontwerpen of (voorheen Emulating nature) hebben gevolgd, zijn uitgesloten van deelname.
Studiepad Wetenschapper in advies sluit vooral aan bij het studiepad Toxicologie en de Educatie/communicatie richting.
Cursusdoelen Studenten kunnen aanhet eind van deze cursus:
─ een gegeven probleemstelling in haar context analyseren. ─ een plan van aanpak opstellen voor een adviestraject in opdracht. ─ een bureaustudie uitvoeren in teamverband waarbij ook niet-academische
bronnen geraadpleegd worden. ─ hun onderzoeksresultaten vertalen naar een gegeven context en hieruit een
advies formuleren.
─ hun advies doelgroepgericht communiceren aan hun opdrachtgever. ─ samenwerken in een team met een duidelijke onderlinge rolverdeling. ─ zelfstandig bepalen welke vaardigheden zij verder willen ontwikkelen en hiervoor
een leertraject ontwerpen en uitvoeren. ─ aangeven en reflecteren met betrekking tot het samenwerken, werken met een
opdrachtgever en het komen tot een gezamenlijk advies/innovatie rapport (evt.
met duurzaamheid / leren van de natuur als uitgangspunt). ─ de kern (keymessage) van de probleemstelling, aanpak en advies in een pitch
weergeven voor een breed publiek.
NB: Samenwerking maakt dus een expliciet onderdeel uit van de cursus daar wordt je ook op beoordeeld.
Vaardigheden: ─ Communiceren
─ Zelfstandig bestuderen van leerstof, ─ Analyseren en gebruiken van primaire literatuur, ─ Planning,
─ Kritisch denken, samenwerken en overleg, ─ Samenwerken met stakeholders ─ Interviewen van experts
─ Schriftelijk rapportage van een advies/innovatie ─ Mondelinge rapportage en verdediging van het advies ─ Zelfreflectie.
153
Inhoud
Onze (kennis)maatschappij heeft op allerlei terreinen steeds meer behoefte aan mensen die een goed wetenschappelijk onderbouwd advies kunnen geven. In de cursus ´Wetenschapper in advies´ maak je kennis met deze adviespraktijk en ga je
een adviesrapport schrijven voor een echte opdrachtgever. Je leert hoe de vraag van een opdrachtgever wordt vertaald naar onderzoek en hoe dat onderzoek uitmondt in een wetenschappelijk onderbouwd advies.
Je analyseert samen met andere studenten het probleem of de vraag die de opdrachtgever heeft voorgelegd en vertaalt deze naar een probleemstelling. Je ontwikkelt samen met je groepsgenoten een projectplan en kiest
onderzoeksmethoden. Na het onderzoek (vaak literatuuronderzoek in combinatie met interviews van betrokkenen) presenteer je het eindresultaat aan de opdrachtgever.
Het gaat om een integraal adviesrapport met aanbevelingen. De cursus is gericht op leren door ervaren. Naast het groepswerk zijn er workshops gericht op het ontwikkelen van vaardigheden die je nodig hebt voor het doen van
adviesgericht onderzoek. Tijdens het groepswerk word je begeleid door een projectbegeleider. Je onderhoudt contact met je opdrachtgever en consulteert inhoudelijke experts binnen en/of buiten de universiteit.
Opbouw De cursus zal grotendeels samen worden gegeven met de cursus Natuurgebaseerd
ontwerpen (B-B3EMNA16). In de cursus staat een echte projectopdracht voor een echte opdrachtgever centraal. Daarnaast worden keuzeworkshops aangeboden die je helpen om de projectopdracht tot een goed einde te brengen. Online voorbereiding
voor deze workshops is verplicht. We leggen tijdens de workshops zoveel mogelijk de relatie met de projectopdracht waaraan tijdens de cursus gewerkt wordt. Andersom wordt bij het uitwerken van de projectopdracht niet alleen praktisch
gewerkt, maar ook teruggekeken naar de theorie. Het Persoonlijk Ontwikkelplan bevat een plan met leerdoelen die je tijdens de curus wilt ontwikkelen, maar ook een zelfreflectie op het proces van samenwerken, en het
proces van het komen tot een adviesrapport. Beoordeling
Het eindcijfer wordt voor 75% bepaald door groepsopdrachten. Je krijgt een individuele score voor deze groepsopdrachten die gebaseerd is op vier onderlinge beoordelingen gedurende de cursus. Hiernaast worden ook individuele opdrachten
beoordeeld (25%). Alle onderdelen moeten minimaal een 5 scoren of afgesloten worden met een pass om het vak succesvol af te ronden.
Opdracht Individueel/groep Weging
Persoonlijk OntwikkelPlan Individueel 20%
Plan van aanpak Projectgroep 15%
Managementsamenvatting Individueel 5%
Adviesrapport Projectgroep 50%
Eindpresentatie Projectgroep 10%
Onderlinge beoordelingen (vier maal) Individueel % over het cijfer van de projectgroep*
*De cursusleiding gebruikt de onderlinge beoordelingen als richtlijn en hoeft deze niet één op één over te
nemen.
154
WILDLIFE CONSERVATION
Wildlife Conservation Coordinator: mw.dr. Iris de Winter
Faculty of Science, Biology
H.R. Kruytgebouw, Padualaan 8
Room O302, tel.: 030–253 0000
e-mail: [email protected]
Lecturers: mw.dr. Iris de Winter (Animal ecology), guest lecturers
Max. number of students: 60
Admission requirements The prerequisite courses for Wildlife Conservation are ‘Voortgezette statistiek en R’ (niveau 2) and either ‘Natuurbeheer, duurzaamheid en plantendiversiteit’ (niveau 2)
or ‘Gedragsbiologie’ (niveau 2). Study Path
The course is part of 2 study paths: Ecologie en Natuurbeheer and Gedragsbiologie. Content
Conserving wildlife and preventing the mass extinction of species are huge global challenges that stem from the impact of humanity on the earth system. The world is experiencing a conservation crisis: animals face threats to their existence through
habitat destruction, over-exploitation of natural resources, pollution, hunting, infectious disease outbreaks, invasive species, and global climate change. The protection of wildlife species and conservation and restoration of their natural
habitats has never been more important. This course addresses the nature, causes, and consequences of the global loss of habitat, wildlife species, populations, and genes, alongside the concept of species adaptation to a changing environment. The
course takes a biological approach and provides comprehensive training in the natural science and social aspects of wildlife conservation and restoration. Essential wildlife survey techniques and approaches are addressed that are used in research
and monitoring programs in field situations. By investigating the role of various stakeholders on local, national, and global level, the course elaborates on the wider social and legal context in which conservation and restoration operates and how to
deal with contention between different interests in future wildlife conservation planning.
The course addresses a wide range of wildlife conservation issues, including: ─ Ecosystem functioning, ecology, population genetics, behaviour, and health ─ Archaeological and recent mass extinctions, ecosystem resilience, and species
adaptations ─ Human-wildlife interactions, including disease transmissions ─ Hunting, overexploitation, and wildlife trade
─ Nature conservation and restoration, rewilding nature, environmental economics, and wildlife management
─ Conservation survey techniques in the field (e.g., species monitoring, analysing
data from camera traps, evaluating habitat restoration success, rehabilitation, species reintroduction and relocation, and ex-situ breeding)
─ Career options in wildlife conservation and restoration Learning outcomes
The course provides a fundamental understanding, new skills, and concepts of the
155
ecological structure and functioning of wildlife communities, biodiversity
conservation, habitat restoration, wildlife reintroduction, and managing human-wildlife conflicts. In this course, students will expand their perspectives on a range of natural and social aspects of wildlife conservation and deepen their knowledge of
local and global issues in conservation. The multidisciplinary approach of the course leads to an understanding of different perspectives on wildlife conservation issues. Students also get experience in expanding their professional network with
conservation organisations and scientists within the Netherlands and further afield. After successful completion of the course students are expected to be able to:
─ understand species distribution and adaptation to anthropogenic pressures. ─ comprehend the major physiological and behavioural adaptations of individual
animals in changed habitats and ecological systems. ─ explain causes of mass extinctions and their influence on ecosystem functioning. ─ describe different strategies aimed at prioritising areas and species for
conservation, restoration, and effective management. ─ explain the relevance of different research techniques in managing wildlife
populations and develop some practical skills to study wildlife.
─ design research or monitoring programs to evaluate conservation or restoration success
─ critically discuss and evaluate the conservation and management of wildlife
species and understand the conflicting demands of different stakeholders. Skills to be developed
After the course, students can outline and interpret the theoretical framework underlying wildlife conservation and are able to discuss conservation and restoration issues on an academic level. Students gain experience in conservation in practice,
including natural conservation management, building species distribution models, and applying wildlife survey techniques. Students get experience in organising field excursions, developing a considered view on varied ethical dilemmas, and applying
for a conservation award. Students know how to access and use scientific literature, can apply basic ecological and behavioural knowledge, and are able to consider the societal context in analysing human-wildlife conflicts.
Teaching formats The course integrates theoretical and practical based learning by using a variety of
teaching methods. Interactive lectures, guest lectures by experts in their field, and tutorials are complemented with practical assignments that relate theoretical knowledge to real-life cases. Students will experience wildlife conservation in practice
by organising excursions to nature conservation areas in the surroundings of the university. They also visit an area in the Netherlands that focusses on rewilding and natural processes. Furthermore, they visit a zoological park where animals are free-
roaming to consider the role of zoos in education and wildlife conservation. They also participate in a conservation seminar, develop a successful conservation project, and take part in interactive, in-depth panel discussions between multiple stakeholders
within real-life conservation issues. Grading
The theoretical components of the course will be tested in a mid-term exam to assess the students’ theoretical comprehension of the material covered. The practical part will be graded based upon participation, a group report, and presentation.
Exam based on lectures (50%), individual assignments (10%), fieldtrips (15%), and a case study (25%)
156
Periode 4, niveau 1 cursussen
ECOLOGIE Ecology
Coördinator: mw.dr.ir. M.M. Hefting
leerstoelgroep Ecologie en biodiversiteit
H.R. Kruytgebouw, kamer N306
tel.: 030-253 7441, e-mail: [email protected]
Docent: mw.dr.ir. M.M. Hefting, [email protected] mw.prof.dr. M.B. Soons, [email protected] dr. Y. Hautier, [email protected]
Ingangseisen De cursus Ecologie bouwt voort op de kennis die is opgedaan in de cursus Biologie en
ecologie van planten en systeembiologie. Verder is voorkennis uit de cursussen Moleculaire biologie en Biologie van dieren een pré.
Studiepad De cursus is een voorbereiding op de studiepaden Ecologie en Natuurbeheer,
Plantenbiologie, Evolutie en Biodiversiteit, Theoretische Biologie en Bioinformatica en Biogeïnspireerde technologie.
Leerdoelen In deze cursus bestudeer je biologische processen op de hogere integratieniveaus (populatie, levensgemeenschap en ecosysteem). Het centrale thema hierbij is het
effect van verstoring op ecosystemen. We kijken specifiek naar de verstoringseffecten door klimaatverandering, en menselijk ingrijpen in ecosystemen zoals vermesting en fragmentatie. Bij het veldwerk dat onderdeel uitmaakt van deze
cursus leer je de ecologische kennis gebruiken bij het analyseren van problemen uit het natuurbeheer. Na afloop van de cursus kun je:
─ de centrale concepten uit de ecologie en populatiedynamica hanteren, ─ simpele prooi-predatie interacties formuleren, analyseren en vertalen naar de
praktijk van het natuurbeheer,
─ de verworven kennis van ecologische concepten en theorieën gebruiken bij de bestudering van wat complexere problemen binnen de ecologie,
─ enkele statistische basisbegrippen hanteren en beschrijvende statistische
parameters kunnen uitrekenen. Vaardigheden
─ hypothesen en onderzoeksvragen formuleren, ─ eenvoudige meetmethodieken uitvoeren om een ecologisch probleem te
bestuderen,
─ samenwerken in kleine groepen met nadruk op informatieoverdracht, informatie verwerking en het beargumenteren van standpunten,
─ veldgegevens verwerken en statistisch analyseren.
─ informatie halen uit aangereikte achtergrondliteratuur, ─ een wetenschappelijk rapport schrijven met een duidelijke structuur en met helder
en correct taalgebruik.
─ een goed ecologisch onderbouwd essay schrijven voor een breed lezerspubliek (populair wetenschappelijk schrijven)
157
Inhoud en onderwijsvormen De cursus is ingedeeld in theorie deel en een praktijk deel. In het theoretische deel komen de volgende onderwerpen aan de orde:
─ de structuur en dynamiek van ecosystemen ─ terugkoppelingen en alternatieve evenwichten ─ de rol van decompositieprocessen
─ energiestromen en nutriëntenkringlopen in ecosystemen ─ trofische niveaus ─ dispersie en fragmentatie
─ allocatie strategieën ─ biodiversiteit en invasieve soorten
─ exponentiële groei en logistische groei ─ intra- en interspecifieke concurrentie ─ predator-prooi relaties
─ metapopulaties
Het praktische deel van de cursus bestaat uit:
─ het maken van een herbarium ─ een casestudy opdracht over Yellowstone park ─ een excursie in de Oostvaardersplassen en veldwerk waarbij je de effecten van
maaibeheer en begrazing of bodem en vegetatie gaat bestuderen. Met behulp van basale statistische methoden analyseer je de verzamelde data en je schrijft een overzichtelijk wetenschappelijk verslag over je bevindingen.
─ het analyseren van de populatiedynamica van grote grazers uit de praktijk van het natuurbeheer. Dit zal verwerkt worden in de vorm van een populair wetenschappelijk geschreven essay.
Toetsing Het theoretisch deel van de cursus wordt getoetst met een tweetal schriftelijke
(deel)tentamens. De inhoud hiervan gaat over de behandelde stof uit het verplichte boek “Elements of Ecology” van Smith & Smith, 9e editie , de leerstof aangeboden via Blackboard, de syllabus en de tijdens de colleges, werkcolleges en het veldwerk
behandelde stof. Het eindcijfer van de cursus wordt bepaald door: ─ deeltoets 1 (30%), deeltoets 2 (30%), Team based learning opdrachten inclusief
case study Yellowstone (10%), herbarium (5%), veldwerk (15%), beoordeling van het essay (10%).
Het gemiddelde van de deeltoetsen met minimaal een 5.5 zijn. Studiemateriaal
─ Elements of Ecology van Smiths and Smiths, 9e editie. ─ Werkboek en rekenmachine, liniaal, en schrijfbenodigdheden.
158
EXPERIMENT & STATISTIEK Experiment and statistics Coördinator: dr. P.A.H.M. Bakker
leerstoelgroep Plant Microbe Interacties
H.R. Kruytgebouw, kamer W307
tel.: 030-253 6861
e-mail: [email protected]
Docenten: Biostatistiek: dr. R. Hermsen (Theoretische Biologie en Bioinformatica)
Wetenschapsfilosofie: Prof.dr. L.T.G. Theunissen (Descartes Centre)
Project: Diverse docenten van de leerstoelgroepen van Biologie
Ingangseisen
Toegang tot deze cursus hebben alleen eerstejaarsstudenten van de bachelor Biologie, niet voor bijvakkers.
Studiepad De cursus bereidt voor op niveau 2 en 3 cursussen van de studie Biologie, niet speciaal op specifieke cursussen later in het curriculum.
Leerdoelen Eén van de doelen van de cursus is het bekend maken van de studenten met
Biologie als experimentele wetenschap. Om dit te bereiken zal aandacht worden besteed aan de geschiedenis van de Biologie en de experimentele cyclus zal worden doorlopen. Een tweede, hiermee samenhangend doel is een basisniveau statistiek te
bereiken voor alle studenten. Aan het eind van de cursus kun je: ─ een correcte statistische analyse toepassen op onderzoeksdata,
─ biologische vragen zodanig in onderdelen herformuleren, dat je ze binnen een biologisch specialisme kan bestuderen,
─ informatie opzoeken, selecteren, beoordelen, en rangschikken, ─ met behulp van trefwoorden artikelen vinden in elektronische bestanden, ─ een primair artikel analyseren,
─ bewust en kritisch het leerproces van jezelf en medestudenten becommentariëren, ─ een vergadering leiden van medestudenten, kritische vragen stellen, en doelen
formuleren,
─ samenwerken met een of meerdere medestudenten bij het opzoeken en presenteren van nieuwe informatie,
─ gerangschikte informatie samenvatten in een essay en poster,
─ een onderzoekscyclus doorlopen (het opstellen en toetsen van een hypothese, het opzetten en uitvoeren van experimenten en het statistisch verwerken van onderzoeksdata),
─ de juiste regels voor verwijzingen naar literatuur en data van anderen toepassen. Vaardigheden
De belangrijkste vaardigheden die je in de cursus leert en gebruikt, zijn: ─ toepassen statistiek en bijbehorende computervaardigheden ─ systematische benadering van problemen
─ wetenschappelijke discussie ─ bibliotheekgebruik ─ bijhouden labjournaal
─ selecteren, lezen en verwerken van literatuur en andere bronnen ─ creativiteit en probleemoplossend vermogen ─ samenwerken
159
─ experimentele vaardigheden
Inhoudsbeschrijving De cursus Experiment en Statistiek bestaat uit 3 onderdelen.
─ Statistiek is een onlosmakelijk onderdeel van experimentele wetenschappen en de statistiek in deze cursus geeft iedere student voldoende basis om statistische beginselen in de context van een experiment toe te passen.
─ Het onderdeel Wetenschapsfilosofie & Integriteit geeft inzicht in de achtergronden van de wetenschappelijke methode en van de gedragsregels die gelden bij de toepassing daarvan.
─ ‘Backbone’ van de cursus is het experiment of het project. Hierbij doorloop je de experimenteercyclus; je stelt hypothesen op en je ontwerpt experimenten en
voert ze uit. Hierbij heb je beide voorgaande onderdelen nodig. Werkvormen
De cursus bestaat voor een groot deel uit projectonderwijs gecombineerd met hoorcolleges en werkcolleges over de vakgebieden statistiek en wetenschaps- filosofie. De rode draad van de cursus is het onderzoeksproject aan een biologisch
relevant onderwerp. Aan het eind van de cursus presenteren de groepen hun bevindingen.
Toetsing De cursus bevat 3 onderdelen waarvoor je een beoordeling krijgt. Het zijn: Statistiek, Wetenschapsfilosofie en het Experimentele project. Voor de onderdelen
Statistiek en Wetenschapsfilosofie is er een toets, en het Experimentele project heeft een aanwezigheidsplicht en wordt beoordeeld aan de hand van algemene inzet en een verslag. Voor Beide toetsen moet minimaal een 5,5 worden gehaald.De
Statistiek-toets telt voor 50% mee in het eindcijfer, de toets Wetenschapsfilosofie voor 20%, en het Experiment voor 30%. Het eindcijfer moet minimaal 5,5 zijn. Indien geen eindcijfer kan worden gegeven of bij een eindcijfer lager dan 4,0 moet
de cursus in zijn geheel worden overgedaan. Studiemateriaal
─ BIOLOGY; ‘A Global Approach’ van Campbell, 11e editie, Pearson Education Inc., San Francisco, 2017,
─ The Analysis of Biological Data van M.C. Whitlock & D. Schluter, 2nd edition
─ Cursushandleiding
160
GENEN en GEZONDHEID
Genes and health Coördinator: dr. F.A.C. Wiegant
Onderwijsinstituut Biologie
H.R. Kruytgebouw, kamer Z407
tel.: 030-253 3972
e-mail: [email protected]
Docenten: dr. F.A.C. (Fred) Wiegant, [email protected], dr. M. (Martijn) van Zanten,
[email protected], mw.dr. M.C. (Margot) Koster, [email protected], mw. dr.
C. (Can) Kesmir, [email protected]
Ingangseisen VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie. De cursus is bedoeld voor 1e jaars studenten en is niet toegankelijk voor
studenten die de cursussen Moleculair genetische onderzoekstechnieken en/of de Cel hebben afgerond.
Studiepad In deze cursus doe je op het gebied van genetica van ziekten basiskennis op die een aanvulling is voor de meer moleculaire vakken van niveau 1, 2 en 3 en voor alle
moleculaire studiepaden alsmede het Educatie communicatie & management (ECM) studiepad.
Leerdoelen ─ Uitleggen hoe de functie van genen in relatie tot gezondheid en ziekte kan worden
onderzocht.
─ Begrijpen wat de onderliggende genen en processen zijn die medebepalend zijn voor gezondheid, ziekte en veroudering.
─ De verschillende verouderingstheorieën uitleggen en beredeneren waarom de
disposable soma theorie als meest omvattend wordt beschouwd. ─ Een samenhangend beeld uitleggen van anti-veroudering strategieën. ─ Beredeneren dat terugdraaien van veroudering eenvoudiger is dan het vertragen
van het verouderingsproces. ─ Uitleggen op welke wijze de biologische klok de gezondheid en ziekte van
organismen mede bepaalt, hoe deze wordt gereguleerd en hoe deze kan worden
beïnvloed. ─ Uitleggen op welke wijze het microbioom betrokken is bij gezondheid, obesitas, en
immuun aandoeningen. ─ Uitleggen op welke wijze het immuunsysteem in de darmen betrokken is bij
gezondheid en ziekte.
─ Voor- en nadelen van verschillende dieetvormen (vegetarisme, mediterraan- en westers dieet) en van lifestyle factoren op gezondheid en ziekte uitleggen.
─ De wisselwerking tussen ‘nature – nurture’ uitleggen.
Vaardigheden ─ Systeem-overstijgend denken met betrekking tot gezondheid en ziekte.
─ Informatie opzoeken, selecteren, beoordelen, evalueren en verwerken ─ Een wetenschappelijk gefundeerde mening opbouwen over een maatschappelijk
relevant onderwerp.
─ Ethische en maatschappelijke consequenties van biologisch onderzoek kunnen uitleggen en beargumenteren
161
─ Berichtgeving over wetenschappelijke onderwerpen op waarde schatten en in
context plaatsten. ─ Kan werk van anderen toetsen aan de hand van de door de docent gegeven
criteria. Kan feedback gebruiken om zichzelf te verbeteren.
─ Heeft kennis en begrip van basis-technieken om de functie van genen te koppelen aan gezondheidsaspecten.
Inhoud Deze cursus gaat in op de algemene technieken en theorieën die gebruikt worden om informatie over genen te relateren aan gezondheids-gerelateerde fenomenen als
veroudering, (cellulaire) stress response, biologische klok en (chronische) aandoeningen. Ook worden in meer algemene zin processen besproken die
gezondheid van de mens ondersteunen, zoals (planten) veredeling. In de cursus komen een 3-4 tal onderwerpen aan bod die vallen binnen het overkoepelend thema van Genen en Gezondheid. Binnen het thema veroudering
wordt ingegaan op enkele veroudering theorieën (evolutionaire theorie, antagonistische pleiotropie en disposable somatheorie), de rol van oxidatieve stress en op strategieën die het verouderingsproces trachten te vertragen of terug te
draaien. De biologische klok speelt een belangrijke rol in ziekte en gezondheid. De onderliggende klokgenen en het effect van verstoringen in het circadiane
regulatiemechanisme op de gezondheid worden (via weblectures) behandeld. Het microbioom wordt in toenemende mate gezien als een cruciale factor in ons welbevinden. De invloed van het microbioom en van het darm-gerelateerde
immuunsysteem wordt al dan niet in relatie tot voeding (waaronder verschillende dieetvormen als vegetarisme, mediterraan- en westers dieet), biologische klok, life-style factoren en veroudering uitgewerkt op ons (psychoneuroimmunologisch)
welbevinden. Evolutie en genetica (technieken) lopen als een rode draad door de cursus.
Onderwijsvormen ─ Hoorcolleges, Werkcolleges, Zelfstudie, Peerfeedback en Formatieve toetsen
Toetsing De cursus is voldoende afgerond als je een voldoende (5,5 of hoger) haalt als eindcijfer. Voor elk van de twee deeltentamens moet je minimaal een 5,0 halen en
het gemiddelde van de twee deeltentamens moet minimaal 5,5 zijn. ─ Toets 1 (35%) ─ Toets 2 (35%)
─ Factsheet (15%) ─ Poster pitch (15%)
Studiemateriaal ─ Werkboek, ─ Overzichtsartikelen (via Blackboard),
─ Weblectures (iBiology)
162
Periode 4, niveau 2 cursussen
DIERFYSIOLOGIE Animal physiology Coördinator: n.n.b.
Docenten: dr. Jan Bogerd, [email protected]
dr. Rüdiger W. Schulz, [email protected]
Capaciteit: max 60
Ingangseisen
Cursussen Biologie van dieren (B-B1DIER05), Evolutie & Biodiversiteit (B-B1EVBI13) en Moleculaire Biologie (B-B1MB05) of vergelijkbare kennis.
Studiepad Deze cursus is een kerncursus in het studiepad Ontwikkelingsbiologie (OB) en verder van voor studenten in de studiepaden Evolutiebiologie (EB), en Toxicologie (TOX).
Leerdoelen Het doel van deze cursus is het functioneren (fysiologie) van het ademhalings-,
circulatie-, spijsverterings- en excretiestelsel te begrijpen, en in dit functioneren ook begrip te krijgen van de onderlinge samenhang van de verschillende orgaansystemen.
Na afloop van deze cursus: ─ begrijp je de functies van het ademhalings-, circulatie-, spijsverterings en
excretiestelsel en de fysiologische mechanismen hierachter.
─ begrijp je de regulatiemechanismen van deze orgaanstelsels en de rol die zij spelen bij de homeostase van het interne milieu.
─ kun je vanuit evolutionair perspectief de vorm en functie van deze orgaanstelsels
aan elkaar relateren en deze vergelijken bij de verschillende diersoorten of diersoorten die in extreme leefomstandigheden leven.
─ begrijp je de onderlinge samenhang van het functioneren van deze orgaanstelsels
en kun je de relatie tot elkaar en invloed op elkaar uitleggen. Vaardigheden
Je oefent in deze cursus de volgende vaardigheden: ─ relevante informatie verzamelen via boeken, artikelen en internet en analyseren. ─ mondeling en schriftelijk (in het Nederlands) presenteren
─ constructieve feedback geven op presentaties van medestudenten ─ in een groep samenwerken om een opdracht uit te werken en te presenteren ─ kritisch en probleemoplossend denken
─ systeem overschrijdend denken Inhoud
De cursus dierfysiologie gaat over het functioneren van dierlijke organismen. Deze functie (fysiologie) is niet los te zien van de vorm (morfologie) van het dier. In deze cursus wordt ingegaan op de evolutionaire variatie in vorm en functie binnen het
dierenrijk. Als leidraad wordt gebruik gemaakt van een humaan fysiologieboek (Human Physiology – An Integrated Approach 8th edition). Gedurende de cursus wordt nader toegelicht wat de overeenkomsten, maar ook verschillen zijn binnen de
rest van het dierenrijk. Extra aandacht wordt besteedt aan aanpassingen van diersoorten die in extreme omstandigheden leven.
163
Binnen het ademhalingsstelsel wordt de ventilatie, gasuitwisseling, gastransport en
de regulatie van de ademhaling verder uitgewerkt. Er wordt naar de elektrische activiteit van het hart gekeken, maar ook worden de mechanische eigenschappen van het hart als pomp nader beschouwd. Het presteren van het hart wordt nauw
gereguleerd door het autonoom zenuwstelsel. Daarnaast komt de perifere doorbloeding in het vaatbed en de bloeddrukregulatie aan bod. Er wordt aandacht besteed aan de verschillende onderdelen van het spijsverteringsstelsel, de functie
hiervan en de regulatie. Enzymatische vertering wordt vergeleken met fermentatie. Tenslotte wordt aandacht besteed aan het excretiestelsel, de nierfunctie en de rol van de nieren in de water- en elektrolytenbalans en de zuur-base-balans. De
microscopische opbouw van de vier orgaansystemen (ademhaling, circulatie, spijsvertering, excretie) wordt in voorcolleges en gedigitaliseerde histologie-practica
besproken. In de cursus is een kort intermezzo over spierfysiologie opgenomen, dit ter aanvulling van het functioneren van de hartspier en het glad spierweefsel aanwezig in het spijsverteringsstelsel en ademhalingsstelsel.
Werkvormen Interactieve colleges, responsiecolleges, werkcolleges, computer ondersteund
onderwijs, minisymposia. Toetsing
Het eindcijfer van de cursus wordt pas vastgesteld, nadat aan alle verplichtingen is voldaan. Tijdens de cursus zijn 2 deeltentamens ingeroosterd. De gezamenlijke weegfactor
van deze twee deeltentamens is 80%. Voor ieder deeltentamen moet het tentamencijfer minimaal 5,0 (onafgerond) zijn en tevens dient het gemiddelde van beide tentamencijfers minimaal een 5,5 (onafgerond) te zijn. Indien beide
deeltentamens met een cijfer lager dan een 5,0 (onafgerond) zijn afgesloten, geldt niet het rekenkundig gemiddelde van de deelcijfers, maar wordt de eindbeoordeling ONV en kom je niet in aanmerking voor de aanvullende toets.
Tijdens de cursus zijn 2 minisymposia ingeroosterd. Actieve deelname aan de minisymposia is verplicht en voor de minisymposia geldt dan ook een aanwezigheidsplicht. Voor beide minisymposia moet minimaal een 5,5 (onafgerond)
worden behaald, om de cursus met een voldoende eindcijfer te kunnen afsluiten. Tijdens deze minisymposia wordt, aan de hand van een opdracht, literatuur mondeling en schriftelijk gepresenteerd. De docent beoordeelt deze presentatie en
vermenigvuldigt het cijfer met het aantal groepsleden. De groepsleden verdelen de punten onder elkaar en communiceren dit naar de coördinator. De gezamenlijke weegfactor van deze twee minisymposia is 20%.
Eventuele veranderingen in de definitieve berekening van het eindcijfer, zal bij aanvang van de cursus gecommuniceerd worden.
Studiemateriaal
─ Human Physiology – An Integrated Approach 8th edition Silverthorn ISBN-10:
129225954X • ISBN-13: 9781292259543
─ Hand-outs colleges (via Blackboard ter beschikking gesteld)
─ Overig aanvullend studiemateriaal (via Blackboard ter beschikking gesteld)
164
NATUURBEHOUD, DUURZAAMHEID EN
PLANTENDIVERSITEIT
Nature conservation, sustainability and plant diversity
Coördinator: Rens Vaessen MSc
Ecologie & Biodiversiteit, Departement Biologie
e-mail: [email protected]
Docenten: prof. dr. R. (René) Boot, drs. E.J. (Eric) Gouda, dr. Y. (Yann) Hautier, drs.
J.G.M. (Hans) Persoon, E.T. (Edwin) Pos M.Sc., dr. H. (Hans) ter Steege, R.W.
(Rens) Vaessen M.Sc., dr. R.W. (René) Verburg, dr. P.A. (Pita) Verweij, dr. N.
(Natascha) Zwaal, J.A. (Joeri) Zwerts M.Sc.
Ingangseisen De cursus Biologie en ecologie van planten is verplicht.
Studiepad De cursus is kerncursus van het studiepad Ecologie & Natuurbeheer. De cursus
vormt een goede voorbereiding op de niveau 3 cursussen Biodiversiteit & landschap en International nature conservation.
Leerdoelen en vaardigheden In deze cursus doe je kennis op over: ─ Verschillende wetenschappelijke benaderingen betreffende de concepten
natuurbehoud en duurzaamheid; ─ Hoe je de concepten natuurbehoud en duurzaamheid in verband kan brengen met
toegepaste natuurbeschermingsmaatregelen op lokaal, nationaal en internationaal
niveau; ─ Plantendiversiteit, zich uitend in plantensoorten, familie-indelingen,
bloembestuiving en zaadverspreiding, in evolutionaire context;
─ De aard en de gevolgen van processen als habitatverlies, overexploitatie, fragmentatie, klimaatverandering, en introductie van exotische soorten;
─ Wat de kennisvelden en vaardigheden zijn die biologen dienen te bezitten, om
(later) actief te kunnen worden binnen het werkveld van natuurbehoud en duurzaamheid;
Tevens leer je een aantal vaardigheden: ─ Determineren van planten met behulp van de Flora ─ Kenmerkpatronen van plantensoorten, zowel levend als herbariummateriaal op
een botanische en wetenschappelijke manier beschrijven en interpreteren ─ Het interpreteren van deze kenmerkpatronen en het in verband brengen ervan
met taxonomische (familie) en functionele (co-evolutionaire) relaties en
ecologische aanpassingen ─ Het in groepsverband werken ─ Het maken en presenteren van een wetenschappelijke poster
Inhoud Tijdens deze cursus zal aan de hand van het plantenrijk het begrip biodiversiteit, het
verlies en de achteruitgang van soorten en de gevolgen hiervan nader worden toegelicht. Vervolgens wordt dit in verband gebracht met natuurbehoud en duurzaamheid.
165
De cursus omvat 4 hoofdonderdelen:
─ Tijdens colleges, practica en bezoeken aan de Botanische Tuinen maak je kennis met (co-)evolutionaire relaties binnen het plantenrijk, de variatie binnen en de verschillen tussen belangrijke plantenfamilies, hun verspreiding op aarde,
ecologische/ economische betekenis en bedreigingen. ─ Samen met verschillende docenten die actief zijn in zowel de wetenschap als de
praktijk werk je tijdens workshops de concepten natuurbehoud en duurzaamheid
in relatie tot biodiversiteit verder uit. ─ Tijdens de gehele cursus werk je aan de Groepsopdracht. In deze opdracht
schrijf je een populair wetenschappelijke Wikipediapagina en maak en presenteer
je wetenschappelijke poster. ─ De Werkgeversdag. Op deze dag geven vertegenwoordigers van instellingen en
organisaties uit het werkveld van natuurbehoud en duurzaamheid de studenten een idee van de kennis en vaardigheden die biologen dienen te hebben om aan het werk te gaan binnen dit werkveld.
Onderwijsvormen Hoorcolleges, practica, workshops, symposia, schrijf- en onderzoeksopdrachten en
praktijk-georiënteerde bezoeken aan de Botanische Tuinen. Beoordeling
─ In de laatste week van de cursus vindt een schriftelijke toets over de gehele stof plaats. Deze toets draagt voor 50% bij aan de eindbeoordeling.
─ De Groepsopdracht telt totaal voor 30% mee; waarvan 60% voor de
wikipediapagina en 40% voor de poster ─ De aanwezigheid tijdens de cursus en het voldoende maken van de opdrachten
tijdens de practica en workshops draagt nog eens voor 20% bij aan het eindcijfer
voor de cursus. ─ Voor alle onderdelen (Groepsopdracht, practica en workshops, tentamen) moet
een voldoende (5,5) worden gehaald om te slagen voor de cursus.
─ Het onderdeel practica en workshops kan eventueel herkanst worden tijdens de cursus en de onderdelen Review Opdracht en het tentamen in de eerste of tweede week van juli.
Benodigdheden ─ Loep (doublet of triplet, minstens 10x vergroting, géén vergrootglas)
prepareerset, en tekenmateriaal (blanco A4tjes, potlood, gum) voor de plantenpractica.
─ De reader van de cursus. De achtergrond literatuur die in de reader wordt
aangeboden is tentamenstof. ─ De reader ‘Mondeling en schriftelijk rapporteren tijdens de studie biologie’ versie
2007 (ook verkrijgbaar via de Blackboard-pagina van de cursus).
─ Tijdens de cursus krijgt de student aanvullende opdrachten en achtergrondmateriaal uitgedeeld of via Blackboard.
─ Een laptop wordt aangeraden voor gebruik tijdens practica en workshops.
─ Verplicht: Ruud van der Meijden -Heukels’ Flora van Nederland- (ISBN 9789001583446), Wolters Noordhoff, ±€ 50.
166
NEUROBIOLOGIE
Neuroscience Coördinator: mw.dr. Corette J. Wierenga
Onderzoeksgroep Moleculiare Celbiologie
H.R. Kruytgebouw, kamer N511
tel. 253 2659
e-mail: [email protected]
Docenten: mw.dr. Corette J. Wierenga, [email protected]
dr. Ron Habets, [email protected]
mw.dr. Esther de Graaff, [email protected]
dr. Harold MacGillavry, [email protected]
mw.dr. Lena Will, [email protected]
mw.dr. Maartje Veeneman, [email protected]
Ingangseisen
Basiskennis Neurobiologie uit of vergelijkbaar met jaar 1 van de bacheloropleiding Biologie of MLS (Biologie van dieren of Functionele biologie).
Studiepad Deze cursus vormt een onderdeel van de studiepaden Neurobiologie en Toxicologie. De cursus vormt een goede voorbereiding op de niveau 3 cursussen ‘Moleculaire en
cellulaire (Neuro)biologie’,’Neuronale Aandoeningen’ en ‘Cognitie en gedrag’. Alleen of samen met de vervolgcursus is de cursus een goede basis voor de masterprogramma’s ‘Molecular and Cellular Life Sciences’ en ‘Environmental Biology’,
de track Behavioural Ecology en van het masterprogramma ‘Neuroscience and Cognition’. Vanwege grote overlap met de BMW-cursus Neurowetenschappen is het niet toegestaan om beide cursussen te volgen.
Leerdoelen
De cursus geeft je: ─ een overzicht van wat neurobiologie inhoudt,
─ kennis van het selecteren en verwerken van neurobiologische literatuur,
─ een idee van de functionele structuur van het dierlijke en menselijke brein,
─ inzicht in de manier waarop informatie in het menselijke en dierlijke brein opgeslagen en verwerkt wordt,
─ een idee van wat er fout gaat in bepaalde hersenziektes, ─ een glimp van de actuele stand van zaken en ontwikkelingen in het huidige
neurobiologische onderzoek.
Vaardigheden ─ selecteren en verwerken van literatuur,
─ essay schrijven,
─ samenwerken
─ doorgronden van complexe systemen,
─ systematische benadering problemen.
167
Inhoud
De hersenen van hogere vertebraten zijn de meest complexe systemen die we kennen, en de pogingen om die te begrijpen worden wel gezien als de grootste uitdaging van de moderne wetenschap. Deze cursus heeft als doel je een basiskennis
bij te brengen van de moderne neurowetenschappen in al zijn facetten. Deze basiskennis is onontbeerlijk voor fundamenteel onderzoek aan het brein, het bestuderen van gedrag van mensen en dieren en voor onderzoek naar ziektes van
het zenuwstelsel. Tijdens de cursus gaan we in op de functionele en neuro-anatomische aspecten van
de hersenen en de neurofysiologische basis van perceptie, cognitie en motorische sturing. Je besteedt aandacht aan algemene neurobiologische principes die zowel bij
de mens als bij (andere) dieren terug zijn te vinden. Daarnaast verdiep je je ook in specifieke eigenschappen (en soms ziektes) van het menselijk brein. Veel van de structuren en processen zoals ionkanalen, actiepotentialen, neurotransmitters,
synapsen, etc., komen in het gehele dierenrijk voor. Ze vormen de bouwstenen voor de veel complexere processen zoals cognitie en bewustzijn in hogere vertebraten.
Aan de hand van het boek 'Neuroscience' van Purves (6de editie) bestudeer je de volgende hoofdthema's: ─ basale fysiologie van elektrische signalen in neuronen,
─ communicatie tussen neuronen, ─ leren en geheugen, ─ ontwikkeling van het zenuwstelsel,
─ perceptuele systemen: zien, horen, ruiken, ─ motorsystemen: motor cortex, basale ganglia, cerebellum, ─ hogere cognitieve functies: taal, slaap, emoties, sexuele verschillen.
Werkvormen Een groot deel van de stof van de cursus zal worden gepresenteerd in de vorm van
hoorcolleges en zelfstudieopdrachten. Daarnaast is er een computerpracticum over elektrische signalen in zenuwcellen. Daarnaast schrijven jullie zelfstandig in groepjes van 2 ( maximaal 3) een
krantenartikel (~3 pagina’s) over een zelf te kiezen neurobiologisch onderwerp. Toetsing
Het eindcijfer van de cursus wordt berekend uit de deelcijfers die je krijgt voor: ─ deeltentamen 1: 45%,
─ deeltentamen 2: 40%,
─ artikel: 10%,
─ BB toetsen: 5%
Voor elk van de deeltentamens moet je minimaal een 5,0 halen.
Studiemateriaal Purves D., et al.: Neuroscience, 6th edition, Sinnauer Associates Inc, 2018.
168
Periode 4, niveau 3 cursussen
BIO-ETHIEK
Bio-ethics Coördinator: dr. F. Stafleu
Ethiek Instituut,
W.C. van Unnikgebouw, Heidelberglaan 8
kamer 239, tel.: 030-253 9416
e-mail: [email protected]
Docenten: dr. F. Stafleu
Capaciteit: 40
Ingangseis
Je hebt tenminste twee cursussen op niveau 2 afgerond van de major Biologie. Specifieke voorkennis van de ethiek is niet vereist.
Studiepad Deze cursus past binnen alle studiepaden van Biologie.
Leerdoelen ─ Je kunt aan de biologie gerelateerde ethische vraagstukken, dilemma’s en
argumenten herkennen, benoemen en analyseren,
─ de belangrijkste ethische benaderingen (de consequentialistische, deontologische, deugdethische en zorgethische theorieën) benoemen en hanteren,
─ biologische en ethische concepten verbinden met actuele debatten en deze
integreren in een weloverwogen beargumenteerd standpunt. Ten aanzien van maatschappelijke context kun je: ─ ethische discussies in maatschappelijk en wetenschappelijk perspectief plaatsen
en het belang ervan onderkennen voor je toekomstig werkveld, ─ kritisch reflecteren over je rol als professional en je professionele
verantwoordelijkheid in een maatschappelijke context
Vaardigheden ─ Kritisch reflecteren: argumentatiestructuren maken en herkennen in teksten en
betogen, alsmede drogredenen herkennen en benoemen, je eigen rol als bioloog evalueren en kritisch beschouwen,
─ deel kunnen nemen aan ethische beraadslaging en debat,
─ zelfstandig, in groepen, een project uitvoeren, verwerken tot een product (artikel, boekje, audiovisueel product) en dit mondeling presenteren aan je medestudenten.
Inhoud Ethiek kun je omschrijven als morele besliskunde; in de ethiek wordt vaak een
afweging gemaakt tussen verschillende handelingsmogelijkheden op basis van morele argumenten. Ethische reflectie is vooral gericht op het gestructureerd nadenken over de beslissingen die we nemen, en de handelingen die daaruit voortvloeien. Om het
simpel te zeggen: ethische reflectie vraagt ons om uit te leggen waarom we dingen doen zoals we ze doen, en ons te verantwoorden tegenover elkaar. Dit is niet een simpelweg uitleg geven van de redenen die mensen hebben om iets te vinden (‘dat
vind ik nu eenmaal zo’), maar daagt ons uit om de achterliggende waarden (waarom vind je dat belangrijk) te benoemen en met elkaar tot een idee van wat goed is om te
169
doen te komen. In de praktijk zijn mensen het er niet altijd over eens wat goed is om
te doen: dit meningsverschil is soms te verklaren doordat mensen andere waarden belangrijk vinden, soms ook kan door discussie en reflectie meer begrip voor elkaars standpunt worden gevonden, soms ook wordt duidelijk dat er wel degelijk
gemeenschappelijke standpunten in te nemen zijn. Het gestructureerd nadenken over problemen van ethische aard helpt ons om meer helderheid te krijgen over de aard van onze meningsverschillen, zodat we deze soms kunnen aanpassen, aanscherpen of beter
kunnen formuleren. In deze cursus bieden we je niet alleen een breed palet aan thema’s die in de biologische praktijk actueel zijn, maar bieden we je ook verschillende invalshoeken en
instrumenten om op gestructureerde wijze te leren reflecteren. De cursus heet “bio-ethiek voor Biologen”, omdat de thema’s die besproken worden,
gekozen zijn met het oog op de biologische beroepsuitoefening. De toegepaste ethiek maakt echter gebruik van theoretische concepten die vooral in de fundamentele ethiek worden doordacht. Daar komen dan ook de instrumenten vandaan die je helpen om
gestructureerd na te denken over de actuele thema’s in de biologie. Opbouw van de cursus
De cursus duurt 10 weken en is onderverdeeld in twee blokken. In het eerste blok (week 1-5) gaan we in op relevante ethische theorieën en concepten en hun toepassing. In week 6 volgt dan een toets. Het tweede blok (7-9) spits zich verder
toe op praktische onderwerpen en vaardigheden en wordt in week 10 afgesloten met een toets. Een belangrijk onderdeel van de cursus is het maken van een paper. In week 6 zal er uitgebreid aandacht worden besteed aan dit onderwerp.
Werkvormen De cursus bestaat uit hoorcolleges en werkcolleges. In de werkcolleges werk je
opdrachten uit. Dit gebeurt via verschillende werkvormen zoals het voorbereiden en geven van presentaties, discussies, het geven van een les etc.
Toetsing ─ Schriftelijke toets over eerste blok in week 6 40% ─ presentaties (week 8, 9,10), 50%
─ Beoordeling syllabus 10%
Studiemateriaal:
– L.L. Bolt, M.F. Verwey en J.J.M. van Delden, ‘Ethiek in Praktijk’. Koninklijke van Gorcum, 5e druk 2005 (verplicht!)
– Artikelen op blackboard en internet
170
BIOINFORMATICS and GENOMICS
Bioinformatics and genomics
Coördinator: prof.dr. Berend Snel ([email protected])
Afdeling Theoretische Biologie en Bioinformatica
H.R. Kruytgebouw, kamer N627
tel.: 030-253 8102
Docenten: prof.dr. B. Snel
dr. M Mokry
dr. I.J. Nijman
dr. L.B. Snoek
dr. A. Melquiond
Ingangseisen en/of vereiste voorkennis: Om deel te kunnen nemen aan de cursus geldt voor BMW-studenten dat ze ‘Genoom’
succesvol moeten hebben afgerond en voor Biologiestudenten geldt dat ze ‘de Cel’ succesvol moeten hebben afgerond om deel te kunnen nemen aan de cursus.
Het blok sluit aan op eerdere onderdelen van het 1ste en 2de jaar Biomedische Wetenschappen (‘Genoom’, ‘Signaaltransductie’/‘Membraanbiologie’/‘Moleculaire Biologie van de Cel’, ‘Genes and Genomes’) en Biologie ('Systeembiologie',
‘Moleculaire biologie’, ‘de Cel’, ‘Cellen en weefsels’, 'Moleculaire en genetische onderzoekstechnieken', 'Voortgezette statistiek en R', en ‘Genoombiologie’). In de genoemde cursussen is aan de orde geweest: transcriptie, transcriptie-factoren,
histonmodificaties, translatie, splicing, typen mutaties (SNP's, structural variation), eiwitstructuur, genduplicaties. Bij niet voldoen aan de ingangseisen kan door de examinator stof worden opgegeven, die voorafgaand aan de cursus bestudeerd dient
te worden. Studiepad
Deze cursus is een kerncursus van het studiepad Theoretische Biologie en Bioinformatica maar past ook heel goed binnen andere studiepaden; omgaan met grote hoeveelhden data wordt steeds belangrijker binnen de Biologie.
Leerdoelen: Kennis en inzicht
Na afloop van het blok is de student in staat: ─ de bioinformatische stappen (de ‘pipeline’) van analyses die liggen tussen het
genereren van sequencing data en de biologische interpretatie, zoals dit in veel
primaire artikelen binnen de Life Sciences plaatsvindt, te begrijpen en toe te lichten.
Vaardigheden De student kan: ─ op introductieniveau de programmeertaal Python toepassen;
─ primaire genomics literatuur begrijpen en vooral de ‘pipelines’ die in zogenaamde “supplementaire methoden” van artikelen beschreven staan;
─ zelf simpele ‘pipelines’ programmeren om van sequencing data te komen naar
biologische interpretatie; ─ bovenstaande bioinformatische vaardigheid vervolgens toepassen om
transcriptieregulatienetwerken en hun verstoringen in kaart te brengen;
─ middels deze bioinformatische vaardigheid DNA-variaties, zoals mutaties en chromosoomvariaties, zoals die voorkomen in het genoom van tumoren, detecteren;
171
─ nieuw verkregen data integreren en vergelijken met bestaande informatie van
verschillende bronnen zoals Ensembl, UniProt, Cancer Genome Atlas; ─ met behulp van deze bioinformatische vaardigheid mutaties in menselijke eiwitten
duiden in hun evolutionaire context.
Onderwijsvormen en contacttijd: De onderwijsvormen bestaan uit hoorcolleges en COO’s (deels onbegeleid en deels
begeleid). Het blok heeft 40% contacttijd. Zelfstudie bestaat uit het zelfstandig maken van de COO’s en bestuderen van primaire literatuur. Wanneer buitenlandse studenten deelnemen, zal de cursus in het Engels worden gedoceerd.
Toetsvormen:
De cursus heeft vier toetsen, verspreid over de cursus, steeds aan het eind van de ieder onderdeel. Het eindcijfer van de cursus wordt bepaald door het gemiddelde van de toetsen die elk voor 25% meetellen. Voor elke deeltoets moet wel minimaal een
4,0 worden behaald om te mogen compenseren. Deelname aan computerpractica als mede aan het eerste contactmoment is verplicht.
Benodigd materiaal en geschatte kosten: ─ Het gebruik van een eigen laptop wordt zeer sterk aangeraden;
172
BIOLOGIE van de ‘BIOBASED’ ECONOMIE
Biology in the „biobased“ economy Coördinator: mw.dr. H. Schluepmann
Onderzoeksgroep Moleculaire Plantenfysiologie
H.R. Kruytgebouw, Padualaan 8
kamer O405, tel.: 030-253 3289
e-mail: [email protected]
Docenten: prof.dr. R.P. de Vries
mw.dr. H. Schluepmann
Capaciteit: max. 30
Delen van deze cursus worden in het Engels gegeven.
Ingangseisen
Basic knowledge of biochemistry and metabolism is required equal or comparable with the content of the Niveau 2 course Metabolisme taught within the biology curriculum at Utrecht University. Basic knowledge of molecular genetics and
genomics will also be useful.
Studiepad This course fits in a molecular and biochemical path.
Leerdoelen You will be able to creatively and successfully deal with open questions in biology relating to research and development of importance for society.
Approaches to dealing with open questions taught will include: ─ Review primary publications to establish a baseline of specialized knowledge
─ Identify and define missing knowledge ─ Rank missing knowledge according to relevance and importance criteria ─ Identify an approach, including methodology, to address an hypothesis based on
missing knowledge ─ Consult and discuss with others and with peers ─ Evaluate the feasibility and likely outcome of the approach
─ Design the experiments including a time schedule. ─ Identify risks and alternative strategies
Vaardigheden ─ Processing primary literature and databases to formulate a research hypothesis
and an approach to test this hypothesis.
─ Efficient teamwork ─ Design and presentation of a poster. ─ Writing of a small research proposal.
Inhoud The subject of the course is state of the art research in biology related to key questions
in the bio-economy. The period is split into two 5-week periods. The first period deals with conversions of biomass for industrial applications using fungi and fungal enzymes. The second period deals with the production of biomass required for the conversions.
You will design and/or carry out your own research project on complex open problems actively researched in the Utrecht University and Westerdijk Institute laboratories with
173
the teaching staff guiding you. The topics you will be researching during the course in
2019 are: Biomass conversion in biobased industrial applications. Prof. Dr. R.P. de
Vries 1. Better enzyme and enzyme mixtures to degrade specific biomass types 2. Improving enzyme production by strain engineering
3. Development of novel fungal cell factories 4. Metabolic engineering of fungal cell factories 5. Design of enzyme cocktails for de-polymerization of Azolla biomass.
The first period starts with lectures to provide you with the initial background for this
part of the course. After that, you will design a research project on a specific topic in a group of 3-5 students, guided by one of the members of the WI group. Contact moments will be decided together with your supervisor. At the end of the first period,
you will present your research as a poster and discuss the poster presentations of others in the course.
Sustainable production of biomass for a biobased economy. Dr. H. Schluepmann 1. Control of reproduction and weediness in novel crops.
2. Dissemination/Nursery design for optimum production. 3. The role of associated microbes in novel Agrosystems. 4. Novel breeding strategies to achieve high yields reproducibly.
5. Biomass digestibility in relation to yield stability. During the second five weeks your research and mini-stage at the laboratory* will
allow you to first generate proof of concept data that you will integrate in your own research proposal; the combination of research proposals on each topic are presented at our final meeting so as to gain an oversight of the research aspects
dealt with during the course. *Please note that your presence is expected from 0900 until 1700 for the experimental days, which is during the first two to three weeks of the second part of
the course – unless otherwise agreed upon by your supervisor. Werkvormen
Lectures, self- and group-study, poster presentation, a practical mini-stage, and the writing of a stage proposal.
Toetsing Evaluation of a poster (after 5 weeks) and a stage proposal (after 10 weeks).
Studiemateriaal Primary Literature. Database resources.
174
EVOLUTIE 3; co-evolutie in theorie en praktijk
Evolution 3; co-evolution in theory and practice Coördinator: dr. Edwin Pos, [email protected]
Onderzoeksgroep Ecologie en Biodiversiteit, H.R. Kruytgebouw kamer N303
Docenten: dr. Edwin Pos, prof. dr. Guido van den Ackerveken, prof. Dr. Kowalchuk, mw.
prof. dr. Kirsten ten Tusscher, dr. Bas Dutilh, dr. Rutger Hermsen, dr. Ben
Nelemans
Ingangseisen De niveau 2 cursus Evolutie is verplicht. Het wordt sterk aanbevolen om ook één of
meerdere van de volgende cursussen te hebben gevolgd: Natuurbehoud, duurzaamheid & plantendiversiteit, Biologische modellering, Gedragsbiologie, De Cel en/of Ontwikkelingsbiologie of vergelijkbare kennis.
Studiepad Deze cursus past in het studiepad Evolutie en Biodiversiteit
Leerdoelen Aan het eind van de cursus kan de student: ─ Uitleggen hoe taxa op verschillende niveaus op zowel micro en macro
evolutionaire schaal elkaar beïnvloeden, welke processen hierbij belangrijk zijn en hoe evolutie en ecologie met elkaar interacteren.
─ Een degelijk (onderzoeks-)voorstel schrijven (ENG) en het bijbehorende praktisch
onderzoek of project uitvoeren. ─ Mondeling rapporteren over een evolutiebiologisch onderwerp (ENG) ─ Een wetenschappelijk rapport/artikel schrijven of product maken met gebruik van
primaire literatuur (ENG) Inhoud en werkvormen (ENG)
In this multidisciplinary course, the phenomenon of co-evolution will be presented, discussed and researched from a variety of angles and disciplines (microbial ecology, bio-informatics, plant-microbe interactions and evolutionary ecology). The course is
set up in two separate parts. First, primary papers and recent overviews will be used to present & discuss a variety of aspects related to co-evolution to present an overview of the different projects available for the second part: selection and
adaptation of plant-pollinator syndromes, (sympatric) speciation, genome evolution, interaction and cooperation and general evolutionary ecology. After this first part,
students are assigned a project and in the second part the students (in small groups of 3-5 individuals) will focus on writing a research proposal, which will be peer-reviewed. In the following 5-6 weeks the project will then be carried out in the field
of one of the participating disciplines. Finally, students will write a research report and present their results in a student-organized symposium. Potential projects of the course are divided into two categories: practical and theoretical. Practical projects
entail doing a research project in the lab, field (and herbarium) or by modeling. Theoretical projects consist of developing NWO research proposals, extensive literature reviews or developing an educational game etc. The exact projects vary
each year and students hand in a selection form with their preferred project choices at the end of part one in the course after which students are given a project.
Toetsing Practical work during project* 40% Written material (of which proposal 20% and final report 80%) 50%
Presentations (averaged over the two presentations) 10%
175
*This will include an individual grade based on participation and division of work determined by a time writing sheet and an individual form (to be further explained during the course).
Studiemateriaal: Primaire literatuur.
176
FOOD FORWARD: innovations that help feed
the world Food forward: innovations that will feed the world Coördinator: dr. Rashmi Sasidharan
Onderzoeksgroep Ecofysiologie van Planten
H. R. Kruytgebouw, kamer Z306
Tel.: 030-253 6871, e-mail: [email protected]
dr. Ronnie de Jonge
Onderzoeksgroep Plant-Microbe Interacties
H. R. Kruytgebouw, kamer W305
Tel.: 030-253 6860, e-mail: [email protected]
Docenten: dr. Rashmi Sasidharan, [email protected]
dr. Ronnie de Jonge, [email protected]
Capaciteit: max. 35 studenten;
Deze cursus wordt in het Engels gegeven
Ingangseisen This course requires basic knowledge of molecular and cellular plant biology. The
following courses are recommended: Biologie and ecologie van planten (niveau 1), Moleculaire biologie (niveau 1), Plantenfysiologie (niveau 2) and Planten adaptatie en afweer (niveau 3). This course can only be followed in the third year of the Bachelor.
Studiepad This course fits in the plant biology, microbiology and education, communication &
management paths. Leerdoelen
At the end of this course the student will be familiar with:
─ Obtaining relevant information from scientific literature and translating this
knowledge to socio-economically relevant themes, most importantly the science
behind food-based innovations that will feed the surging human population in the
coming decades
─ Strategies to improve crop stress tolerance
─ Alternatives to plant-based food
─ Technological innovations in agriculture on the levels of farming and breeding
─ Legislation concerning environmental and food safety assessment
Vaardigheden
─ Studying, researching and presenting scientific literature, and using it to critically
assess facts and myths in public news outlets
─ Critical thinking, collaborative work, planning
─ Preparing and participating in a debate
─ Pitch presentation (of an upcoming scientific topic)
─ Setting up a media campaign strategy on a specific food topic to convey your
message based on scientific knowledge in an appealing yet objective manner
─ Essay writing
─ Science communication
177
Inhoud
One of the major current challenges of science and society is to find sustainable solutions that meet the dietary needs of the rapidly growing human population and its increasing standard of living. The United Nations has predicted that the world food
demand will rise by 70% by 2050. Current food systems are not sufficient to keep up with this growth, and do not provide appropriate solutions for the diet-related WHO-defined priority diseases that are associated with our ever-increasing standard of
living. To provide sustainable and healthy food for the next generations, there is an urgent need to further develop food production. In this course you will learn and discuss how science can feed the world in 2050, arguing that a combined effort of
multiple disciplines is required to understand the challenge of future food and think of innovative ways to deal with this challenge. The combination of fundamental
veterinary and plant sciences and integrated studies on molecular and immunological mechanisms will provide students with a broad perspective on the societal and scientific challenges that await to meet the dietary demands of the future. Students
are encouraged to think about how their work contributes to meeting the challenges of future food and will learn to communicate this to a wide audience (both academic and non-academic).
Specifically, in this course we will deal with four broad themes, namely: 1) improving crop stress tolerance, 2) alternatives to plant-based food 3) technical innovations in
agriculture and 4) food policy and safety. Lectures and assignments will cover these broad themes. For instance, emerging threats to animal, plant and ecosystem health will be covered, but also legislation around food security in The Netherlands,
sustainable fish-derived protein production and innovations such as the cultured meat (kweekvlees).
This course will provide students with input for their CV on 21st century skills, including science communication, English writing and presenting skills, ability to communicate to a broad audience, teamwork and awareness of the relevance of science for society.
Werkvormen: In this course, a large variety of teaching styles/modes will be used, with the goal of
maximizing student participation, including regular lectures, guest lectures, debating, presentations, essay writing and group work (pitch talks and media campaign design). A company visit will also be scheduled during the course.
Toetsing: Attendance in all contact moments, especially guest lectures, is obligatory, and an
active participation is requested. Final grades will be determined by participation in several (individual and group) assignments during the course including pitch talks, peer-feedback, essay writing, presentations, debates and media campaigns. There will
be no written exams. The percentage breakdown of these individual parts to the final mark will be highlighted at the start of the course.
Studiemateriaal: Handouts and articles will be made available by the teachers during the course.
178
GESCHIEDENIS EN WIJSBEGEERTE VAN DE BIOLOGIE
History and philosophy of biology Coördinator: prof.dr. L.T.G. Theunissen
Instituut voor Geschiedenis en
Grondslagen der Natuurwetenschappen
Buys Ballot gebouw, Pincetonplein 5
tel.: 030-253 7218
e-mail: [email protected]
Docenten: prof.dr. L.T.G. (Bert) Theunissen, [email protected]
Ingangseisen
De cursus is alleen toegankelijk voor studenten in het derde studiejaar. Studiepad
Deze cursus is van belang voor biologiestudenten met historische en wijsgerige belangstelling en voor alle studenten die overwegen een master te doen in History and Philosophy of Science en Science Education and Communication. De cursus
maakt onderdeel uit van de minor Geschiedenis en Filosofie van de Natuurwetenschappen.
Leerdoelen
In deze cursus leer je een kritisch beeld te vormen van de geschiedenis van de biologie en de moderne biologie in een wetenschapsfilosofisch perspectief te plaatsen. Daarnaast ontwikkel je vaardigheden in literatuurstudie en het voeren van
een wetenschappelijke discussie Aan het einde van de cursus kun je:
─ de belangrijkste historische ontwikkelingen in de negentiende en twintigste eeuw beschrijven die hebben geleid tot de moderne biologie,
─ de belangrijkste wetenschapsfilosofische achtergronden van moderne biologische
theorieën beschrijven en analyseren.
Vaardigheden ─ Lezen en begrijpen wetenschapshistorische teksten en wetenschapsfilosofische
teksten,
─ systematische benadering van problemen, ─ kritisch denken, wetenschappelijke discussie, reflectie, ─ mondelinge rapportage.
Inhoud De cursus begint met de historische colleges. Deze vormen een zelfstandig onderdeel
en leveren tegelijkertijd het basismateriaal voor het filosofische deel. We behandelen de periode ca. 1800 - ca 2000 en concentreren ons op de ontwikkeling van de biologie tot een aparte natuurwetenschappelijke discipline. Centraal in dit proces
staat de wisselwerking van twee onderzoekprogramma’s, respectievelijk gekenmerkt door een beschrijvende en een experimentele (causaal-analytische) aanpak.
Onderwerpen die aan de orde komen zijn onder andere: ─ de rol van Kants Kritik der Urteilskraft bij het ontstaan van de teleomechanische
onderzoeksrichting,
─ Cuvier en de formulering van het morfologische programma, ─ Darwins evolutietheorie als een eerste poging om de functionele en de
179
morfologische invalshoek te verenigen,
─ de tegenstelling tussen ‘experimentalists’ en ‘naturalists’ rond 1900, ─ de opkomst van de synthetische evolutietheorie en het aandeel daarin van de
verschillende biologische disciplines, en
─ de theoretische en methodologische grondslagen van de moleculaire biologie. Het wijsgerige deel van de cursus begint met een korte inleiding in de algemene
wetenschapsfilosofie, toegelicht aan de hand van voorbeelden uit de geschiedenis van de biologie. Centraal staat de vraag naar de legitimiteit van de status die natuurwetenschap heeft, ook in onze maatschappij: waarom hechten we
waarde aan wat 'de wetenschap' beweert? Daarna gaan we in op de vraag naar het filosofische karakter van de biologie,
evolutiebiologie in het bijzonder. We kijken naar vraagstukken die naast observaties en experimenten vereisen dat we een goed onderbouwd begrip ontwikkelen van centrale begrippen als “informatie,” “functie,” en “niveau van selectie”. In hoeverre
worden onderzoeksvragen en -resultaten gestuurd en beïnvloed door verschillende interpretaties van dergelijke centrale concepten? En is er altijd slechts één juist interpretatie te geven van zulke begrippen? Wat zijn de consequenties? We stellen
ook de vraag wat de kracht en reikwijdte is van theorieën en verklarende modellen in de biologie. In welke zin verschillen biologische theorieën en verklaringen van wat we aantreffen in andere wetenschapsgebieden? Kunnen we processen buiten de
biologie, zoals culturele verandering, begrijpen met behulp van biologische modellen? En tot slot: wat kan de biologie ons vertellen over de evolutie van moraliteit?
Zowel in de historische als in de wijsgerige colleges confronteren we je met verschillende visies op diverse onderwerpen. Hiermee verwerf je inzicht in en
oordeelsvermogen over de werkwijze van de wetenschapshistoricus en –filosoof. Werkvormen
Hoor- en werkcolleges Toetsing
Tentamen historisch deel, 50%, tentamen wijsgerig deel, 50%
Studiemateriaal
─ B. Theunissen/R.P.W. Visser, De wetten van het leven. Historische grondslagen van de biologie 1750-1950, op Blackboard
─ Wetenschapsfilosofische teksten; links naar papers op Blackboard
180
IMMUNOBIOLOGIE
Immunobiology
Coördinator: mw.dr. Can Keşmir,
Onderzoeksgroep Theoretische Biologie en Bioinformatica
Kruytgebouw, kamer N603,
tel: 253 3481, Email: [email protected]
Docenten: prof.dr. Ronald Bontrop (Biomedical Primate Research Center, Rijswijk
en Theoretische Biologie UU), [email protected]
dr. Paul van Bergen en Henegouwen (Molecular Cell Biology UU),
prof.dr. R.J. de Boer (Theoretische Biologie en Bioinformatica UU),
Ingangseisen Eén van de volgende n2 cursussen van de bacheloropleiding Biologie of kennis die
daarmee vergelijkbaar is: De Cel, Data science en biologie, Metabolisme of Ontwikkelingsbiologie.
Studiepad Dit is een kerncursus van het studiepad Theoretische Biologie en Bioinformatica. De cursus past ook uitstekend in veel andere studiepaden.
Leerdoelen Aan het eind van de cursus heb/kun je: ─ inzicht in de functie van het immuunsysteem, op het niveau van het boek The
Immune System (Parham). ─ kennis van het selecteren en verwerken van immunologische literatuur,
─ een immunologisch onderwerp/probleem eigen maken en uitdiepen aan de hand
van primaire literatuur. ─ kennis van het gebruik van wiskundige modellen en bioinformatica in
immunologisch onderzoek.
─ een glimp van de actuele stand van zaken en ontwikkelingen in het huidige immunologische onderzoek.
Vaardigheden ─ het zelfstandig interpreteren van primaire literatuur en het verder verzamelen
van gerelateerde informatie uit ander informatiebronnen,
─ het kunnen samenvatten en presenteren van complexe beschrijvingen van immune systemen en hun werking en regulatie,
─ het gebruik van basis bioinformatica en wiskundige modellen, ─ databases gebruiken met betrekking tot het vinden van gegevens over genen en
genomen voor immunologisch onderzoek.
─ samenwerken en komen tot een gezamenlijk product (presentaties en rapporten), ─ rapporteren, ─ houden van een presentatie.
Inhoud Het immuunsysteem omvat aangeboren en verworven defensiemechanismen tegen
(pathogene) micro-organismen. Het eerste deel van de cursus brengt je begrip van het immuunsystem op een basisniveau. In de vorm van hoorcolleges krijg je stapsgewijs inzicht in de opbouw en de wijze van functioneren van het menselijk
afweersysteem.
181
Het immunesysteem kenmerkt zich door zijn grote diversiteit. Dit aspect vormt het centrale thema in de cursus. De immunologische processen en mechanismen die leiden tot een adequate afweer tegen bacterien en virussen krijgen
de meeste aandacht. Je leert bijvoorbeeld de structuur van antistoffen kennen en de basis van antistof-variabiliteit, effector-functies van antistoffen, functies van lymfocyten, antigeen-presenterende cellen en de functie van eiwitten van het major
histocompatibiliteits complex, en immunologische tolerantie. Tijdens cursus is er ook een practicum. Uit faag display bibliotheken van
antistoffragmenten worden doorgaans verschillende collecties fragmenten geselecteerd tegen verschillende target antigenen.
Gedurende de cursus leert je wiskundige modellen begrijpen en analyseren en met basis bioinformaticamethoden te voorspelen welke stukken van een virus of bacterie
het meest immunogeen zijn. Werkvormen
Hoor- en werkcollege (computer), practicum, artikel presentaties en discussie sessies. Black board pagina van het cursus is een belangrijk hulpmiddel tijdens de cursus. Hierop staat alle voor de cursus nodige informatie, en de opdrachten.
Toetsing Actieve deelname aan de computeropdrachten is verplicht. Dit wordt getest in de
vorm van een lab-boek, die in het eind van de cursus moet ingeleverd worden. De hoorcolleges zijn hiervoor onontbeerlijk. De beoordeling vindt plaats door twee schriftelijke toetsen (60%), artikel
presentaties, en discussie of debat (15%), en een schriftelijke rapport over computer werkcolleges (25%). Het gemiddelde cijfer voor de twee toetsen mag niet lager dan 5,5 zijn.
Studiemateriaal ─ Boek: The immune system, by Peter Parham, fourth edition, 2014, Garland
Science, (het boek is verplicht bij de cursus), ─ Primaire literatuur
182
MICROBIËLE ECOLOGIE
Microbial ecology
Coördinator: prof. dr. George Kowalchuk,
leerstoelgroep Ecologie en biodiversiteit
H.R. Kruytgebouw, kamer N304
tel.: 030-253 2837, e-mail: [email protected]
Docenten: prof. dr. H.L. Laanbroek, [email protected]
dr. B.E. Dutilh, [email protected]
Max aantal studenten: 40
Prerequisites
The course Microbial Ecology does not have any formal prerequisite courses. However, it is suggested that students should have taken several previous ecology
and/or microbiology level 1 and 2 courses, especially Voortgezette statistiek or R and Microbiële interacties.
Study Path The course is part of two study paths: Ecologie en Natuurbeheer en Microbiologie.
Introduction We live on a microbial planet! The fate of the planet has been interlinked with microbial diversity
and evolution. Microbial activities are responsible for many of Earth’s ecosystem processes and drive the planet’s biogeochemical cycles. Whether in the ocean or soil, or in and on our own bodies,
microbes are vast in their numbers and amazing in their diversity. This course seeks to introduce you to our fascinating microbial world. We will explore the evolution and ecology of microbial organisms across a
wide range of habitats and niches. We examine numerous forms of microbial interactions, including both interactions between microbes as well as between microbes and larger organisms. We will examine both highly fundamental principles
in microbial ecology and biogeography as well as more applied and biotechnological issues that seek to harness the power of the small. Microbial ecology is a young and dynamic field, with an extremely rapid pace of
discovery over the past decades. We will also focus on the rapidly evolving microbial toolbox, which is providing unprecedented windows of observation into the diversity and functioning for microbial organisms across diverse habitats. With a number of
laboratory activities and a microbial bioinformatics block, we seek to combine theoretical and practical aspects in the rapidly emerging field of microbial ecology. Due to the heavy reliance on primary literature, the course will be given in English.
Goals The main goals of the course are to develop an appreciation and understanding of
the functional diversity and ecology of microorganisms and to learn the approaches used to unlock the secrets of the microbial world.
The main goals of the course are as follows: ─ Gain knowledge of the microbial processes driving the major biogeochemical
cycles
─ Develop an understanding of the evolutionary forces that have driven microbial innovation
183
─ Learn the principles of both classical as well as modern molecular and genomics
approaches used in studying the diversity and functioning of microbial communities
Skills to be developed ─ Critical analysis of manuscripts in microbial ecology ─ Combining ecological theory and practice in microbial ecology
─ Basic understanding of how to deal with large phylogenetic and metagenomic datasets
─ Ability to design experiments in microbial ecology
─ Data/statistical analysis capabilities ─ Scientific writing and presentation skills
Content The course is designed to cover the full spectrum of microbial ecology. Lectures and
associated lab practical session will therefore focus on general issues in microbial ecology as well as specific microbial groups and microbe-driven processes. Specific topics that will be covered include:
─ The history of microbial ecology ─ Patterns of microbial diversity and diversity/function relationships
─ Linking microbial identity with function ─ Microbiology of the soil and the rhizosphere ─ Plant disease and plant disease protection
─ Microbial ecology of the C-cycle ─ Decomposition of recalcitrant organic matter ─ Bioremediation
─ Microbial ecology of the N-cycle ─ Microbial ecology of the S-cycle ─ Microbial diversity of aquatic habitats
─ Microbial diversity of extreme habitats ─ Human microbiology and the human microbiome ─ Microbial genomics
─ Metagenomics ─ Fungal ecology and bacteria-fungal interactions ─ Ecology and Evolution of microbial symbioses
─ Microbial biotechnology ─ Microbes in trophic interactions and food webs
Teaching formats The course is comprised of a combination of lectures and laboratory activities. Most course days are half theoretical and half practical. A number of experiments will be
conducted during the course, which will be analyzed at different times throughout the course. One week will also be devoted to a computer practical designed to teach about handling and analyzing high throughput DNA sequencing data. The course will
also contain a number of guest lectures from experts in specific hot topics in microbial ecology.
Grading The theoretical components of the course will be tested in a final exam. The experimental portions of the course will be judged based upon participation and
laboratory write-ups and presentations. There will also be a critical manuscript review assignment.
The computer practical section of the course will have a separate project.
184
The final grade will be built up as follows:
─ Final exam (30%) ─ Laboratory participation, reports, mini-quizzes and presentations (45%) ─ Manuscript review assignment (15%).
─ Computer practical (10%). There will be one opportunity for a retake of the final exam if necessary (to be held
one week after the final exam). Materials
─ An extensive list of primary and review articles will be provided as background materials to the lectures.
─ Lab protocols ─ Laboratory facilities (lab coats are required) ─ Syllabus
185
SOCIO-ECOLOGIE
Socio-ecology Coördinator: mw.dr. M.J.H.M. Duchateau (Marie José)
Onderzoeksgroep Animale Ecologie
Kruytgebouw, kamer O307
tel.: 030-253 5435
e-mail: [email protected]
Docenten: mw.dr. M.J.H.M. Duchateau
mw.prof.dr. E.H.M.Sterck, [email protected]
mw.drs. L. van den Berg, [email protected]
mw.dr. A.M.Schel, [email protected]
mw.drs. K. Gielen, [email protected]
Capaciteit: max 40
Ingangseisen Cursussen Gedragsbiologie, Evolutie en de cursus Voortgezette statistiek en R of statistiek cursussen van gelijkwaardig niveau. Een voldoende resultaat voor de
cursus Biologie van dieren (B-B1DIER05) met dissectie is voor het volgen van deze cursus verplicht.
Studiepad
Deze cursus is een kerncursus in het studieadviespad Gedragsbiologie en een vervolg op de cursussen Gedragsbiologie en Cognitie en Gedrag en sluit aan bij de track Behavioural Ecology in de master Environmental Biologie. Deze cursus is verplicht
voor het masterprogramma Behavioural Ecology.
Leerdoelen
Na afloop van het theoretische deel van deze cursus kan je: ─ de evolutie van socialiteit en de verschillende sociale systemen beschrijven en
beredeneren,
─ de verschillende sociale strategieën beschrijven en aspecten van socialiteit zoals prosocialiteit, empathie en sociale intelligentie uitleggen en toepassen
─ de sociale mechanismen, zoals coördinatie van gedrag, winner-loser effect en
zelforganisatie uitleggen en toepassen, ─ sociale relaties en meet-methodes kennen/ beschrijven, zoals dominantie,
vriendschappen, sociale netwerk analyses
─ de fysiologie van sociaal gedrag uitleggen Verder heeft de cursus ten doel het uitvoeren van een ministage waarin de empirische cyclus gevolgd wordt aan de hand van gedragsobservaties aan apen.
Vaardigheden ─ empirische cyclus uitvoeren vanaf onderzoeksvraag bedenken en hypothese
formuleren tot verzamelen van observationele data en statistische toetsing ─ schriftelijke rapportage: wetenschappelijk verslag (in het Engels), met gebruik
van wetenschappelijke literatuur; wetenschappelijke poster en poster presentatie
─ peer review van de inleiding van het wetenschappelijke verslag.
Inhoud De cursus is een verdere verdieping van de niveau 2 cursussen Gedragsbiologie en
186
Cognitie en Gedrag.
Het thema van de cursus is sociaal gedrag. Organismen kunnen leven in groepsformaties die varieren van eenvoudige aggregaties tot complexe
geïndividualiseerde gemeenschappen met daaraan gerelateerd verschillende sociale strategieën. Er wordt ingegaan op de ultimate kant van socialiteit met de verschillende sociale strategieën en evolutionaire theorieën erover zoals game
theoretische modellen; marketmodellen; optimalisatiemodellen; image scoring; altruïsme en eusocialiteit. Aanbod komen sociale mechanismen zoals coördinatie van gedrag, sex allocation en verspreiding, prosocialiteit, empathy en sociale
intelligentie, conflict en conflicthantering (dominantie; verzoening) en zelforganisatie. De proximate kant van gedrag, de fysiologie met hormonen, zal
besproken worden. Tijdens het praktische deel van de cursus wordt een ministage gedaan met
observationeel onderzoek aan Java-apen, waarbij de observaties plaats vinden bij BPRC te Rijswijk. De onderzoekscyclus wordt doorlopen met vraagstelling, verzameling van observationele data, data analyse aan de hand van Matman en
sociale netwerkanalyses , statistische toetsing, schriftelijke verslaglegging en poster presentatie met een elevator pitch.
Werkvormen Interactieve hoorcolleges, werkcolleges, onderzoek, verslag, peer-review, poster, elevator pitch; zelfstudie.
Toetsing Actieve deelname aan de ministage en presentatieopdrachten is verplicht,
─ De onderwerpen van de colleges en werkcolleges worden in een theoretische schriftelijke eindtoets getoetst.
─ Het verslag van de ministage en de poster worden afzonderlijk beoordeeld,
Het eindcijfer van de cursus is het gemiddelde van de theoretische toets (50%) en het praktische deel (50% met observatie (10%), verslag (50%), peer-review (15%),
poster 25%) Het eindcijfer kan alleen berekend worden als alle deelcijfers voldoende zijn.
Studiemateriaal
Reader Socio-ecologie (ongeveer € 6,-)
187
Alle perioden, niveau 3 cursussen
BACHELOR ONDERZOEKSSCRIPTIE
Bachelor thesis Coördinatoren: dr. Martijn van Zanten & dr. Ton Peeters,
Moleculaire Plantenfysiologie, Onderwijsinstituut Biologie
H.R. Kruytgebouw kamer O205, Z407
tel. 030-253 3111, 4143,
e-mail: [email protected]
Docenten: dr. Ton Peeters, dr. Martijn van Zanten, dr. Felix Weijdema
([email protected]), mw.dr. Roos Goverde ([email protected])
De verplichte Bachelor Onderzoeksscriptie (literatuurscriptie) cursus kan in elke periode in
beide timeslots geschreven worden. De cursus moet gecombineerd worden met een
onderzoeksstage (de cursus ‘Bachelor Onderzoeksstage’) die je dan automatisch in het andere
timeslot in dezelfde periode volgt. Voor studenten van voor 2016 is alleen de Bachelor
onderzoekscriptie verplicht en kan het facultatief gecombineerd worden met stage.
Let op: Voor beide cursussen (B-B3ONSCR en B-B3ONST) dien je je apart in te schrijven in
Osiris. De cursussen zijn elk 7.5 EC.
Ingangseisen
Verplichte derdejaars cursus. Als ingangseis geldt dat je tenminste 120 studiepunten van de major van de opleiding Biologie hebt behaald en waarvan het
verplichte deel van jaar 1 geheel met voldoendes moet zijn afgerond. Cursussen die je hebt gehaald in de profileringsruimte (dit kan ook een minor zijn) tellen hierbij dus niet mee!
Voor deze cursus is een website ingericht, waar je uitgebreide informatie kunt vinden over de cursus zelf en over het schrijven van je scriptie. Lees deze website goed door. Hier vind je onder andere de Handleiding (NL), formulieren (NL en EN),
rubrics (NL en EN) en veel antwoorden op vragen (FAQ). Zie: http://students.uu.nl/beta/biologie/onderwijs/studieprogramma/major-iologie/scriptiecursus
Ruim voor aanvang van de cursus ga je zelf op zoek naar een onderwerp en begeleider. Dit is de link naar onderzoeksgroepen bij biologie om je te oriënteren;
http://www.uu.nl/faculty/science/NL/contact/depts/biologie/onderzoek/Pages/leerstoelgroepen.aspx
Studiepad Deze cursus is verplicht bij elk studiepad en is het sluitstuk (capstone) en visitekaartje van je BSc opleiding.
Leerdoelen In deze cursus laat je zien dat je het volgende kan: ─ effectief en efficiënt literatuur zoeken en de juiste literatuur selecteren,
─ goed structureren van je literatuuronderzoek (wat wil ik weten, waarom wil ik dat weten, hoe kom ik dat te weten?),
─ een goede probleemstelling formuleren (verankerd, relevant, precies, functioneel en consistent),
─ een wetenschappelijk artikel kritisch beoordelen (kritisch lezen),
─ een overzichtelijk schrijfplan opstellen, ─ een kritische beschouwing op de wetenschappelijk literatuur geven,
188
─ nieuwe kennis en concepten synthetiseren uit de bestaande kennis,
Vaardigheden De afstudeeropdracht is een ‘proeve van bekwaamheid’ om je bachelordiploma te
mogen ontvangen. In de cursus komen de volgende vaardigheden expliciet aan de orde: ─ digitaal opsporen en archiveren van literatuur,
─ selecteren en verwerken van literatuur (waaronder op een juiste manier literatuurverwijzingen weergeven)
─ uitvoeren van een (literatuur)onderzoekscyclus,
─ zelfstandig, gedisciplineerd en planmatig werken ─ wetenschappelijk schrijven: efficiënt en effectief een wetenschappelijke tekst
schrijven in het Nederlands óf in het Engels ─ aangezien je zelf op zoek moet gaan naar een scriptieonderwerp, binnen je eigen
interesse, leer je zelfstandig en actief plannen, handelen en contacten
onderhouden. Inhoud
Tijdens de scriptiecursus diep je een specifiek onderwerp uit de biologie uit. Hiervoor zoek je uit alle beschikbare literatuur relevante informatie die je op de juiste manier verwerkt tot een scriptie. Het eindresultaat hiervan, de scriptie, is niet alleen een
beschrijvende samenvatting van de beschikbare feiten en ideeën, maar bevat ook een eigen kritische beschouwing van de literatuur. Het verder ontwikkelen van je academische vaardigheden zoals literatuuronderzoek, wetenschappelijk schrijven en
presenteren, staat hierbij centraal. Het eindproduct van de cursus bestaat uit een leesbare scriptie van ongeveer 20 – 25 pagina’s in het Nederlands of Engels (het laatste met wederzijds goedvinden).
Werkvormen Er worden 3 verplichte werkcollege(s) aangeboden. Hierin krijg je uitleg krijgt over -
en je oefen je met verschillende (academische) vaardigheden die van belang zijn voor wetenschappelijk schrijven. Daarnaast zoek je zelf een persoonlijk begeleider (een docent van een onderzoeksgroep binnen en/of buiten het departement Biologie)
die de inhoudelijke begeleiding voor zijn of haar rekening neemt. Toetsing
Het eindcijfer voor de scriptiecursus wordt bepaald door je begeleider en een tweede beoordelaar en met behulp van een rubric (scriptie). Belangrijke onderdelen bij de beoordeling zijn:
─ de structuur/vorm van de scriptie, ─ de inhoud van de scriptie; de wetenschappelijke kwaliteit, ─ het proces/de werkhouding.
Studiemateriaal Het boekje “Een leesbare scriptie” (Bert Bakker), van Warna Oosterbaan wordt sterk
aangeraden. In principe zijn alle drukken goed, kosten ongeveer €12.
189
BACHELOR ONDERZOEKSTAGE
Bachelor research Coördinatoren: dr. Martijn van Zanten & dr. Ton Peeters,
Moleculaire Plantenfysiologie, Onderwijsinstituut Biologie
H.R. Kruytgebouw kamer O205, Z407
tel. 030-253 3111, 4143,
e-mail: [email protected]
Docenten: dr. Ton Peeters, dr. Martijn van Zanten, dr. Felix Weijdema
([email protected]), mw.dr. Roos Goverde ([email protected])
De cursus Bachelor Onderzoeksstage kan in elke periode in beide timeslots uitgevoerd
worden. De Bachelor Onderzoeksscriptie schrijf je dan automatisch in het andere timeslot in
dezelfde periode.
Let op: Voor beide cursussen (B-B3OSNCR en B-B3ONST) dien je je apart in te schrijven in
Osiris. De cursussen zijn elk 7.5 EC.
Ingangseisen Deze cursus is facultatief voor studenten die begonnen zijn vóór 2016 en mag
alleen in combinatie met de verplichte Bachelor Onderzoeksscriptie gevolgd worden.
De ingangseisen zijn hetzelfde als bij laatstgenoemde cursus. Voor deze cursus is een website ingericht, waar je uitgebreide informatie kunt
vinden over de cursus zelf en over het schrijven van je scriptie. Lees deze website
goed door. Hier vind je onder andere de Handleiding (NL), formulieren (NL en EN), rubrics (NL en EN) en veel antwoorden op vragen (FAQ). Zie: http://students.uu.nl/beta/biologie/onderwijs/studieprogramma/major-
biologie/scriptiecursus
Voor aanvang van de cursus ga je zelf op zoek naar een onderwerp en begeleider. Dit is de link naar onderzoeksgroepen bij biologie om je te oriënteren; http://www.uu.nl/faculty/science/NL/contact/depts/biologie/onderzoek/Pages/leersto
elgroepen.aspx. Studiepad
De Bachelor Onderzoeksstage past in elk studiepad en vormt samen met de Bachelor Onderzoeksscriptie het sluitstuk (capstone) en visitekaartje van je BSc opleiding.
Leerdoelen Je doorloopt de empirische onderzoekscyclus en daarbij krijg je inzicht hoe wetenschappelijk onderzoek verloopt. Ook leer je hoe een onderzoeksgroep
functioneert door deel te nemen aan onder meer de werkbesprekingen van de betreffende onderzoeksgroep.
Vaardigheden In de cursus komen de volgende vaardigheden expliciet aan de orde: ─ uitvoeren van een empirische onderzoekscyclus,
─ zelfstandig, gedisciplineerd en planmatig werken met verslaglegging in een labjournaal,
─ (digitaal) opsporen en archiveren van literatuur; selecteren en verwerken van
literatuur, waaronder op een juiste manier literatuurverwijzingen weergeven, ─ wetenschappelijk schrijven: efficiënt en effectief een wetenschappelijke tekst
schrijven in het Nederlands óf in het Engels,
─ aangezien je zelf op zoek moet gaan naar een onderzoeksproject leer je
190
zelfstandig en actief plannen, handelen en contacten onderhouden.
Inhoud Naast het schrijven van je verplichte literatuurscriptie participeer je, onder
begeleiding van een onderzoeker, in lopend onderzoek. Je voert minimaal één keer een onderzoekcyclus uit, verzameld zelf data of verwerkt al aanwezige data aan de hand van een vraagstelling, in overleg met je begeleider.
Het eindproduct bestaat uit onderzoeksverslag (deze staat los van je literatuurscriptie). Dit mag in de vorm van een uitgebreid labjournaal of een logboek zijn waarin in ieder geval ook een korte inleiding en vraagstelling worden beschreven
en de verkregen data worden gepresenteerd en bediscussieerd, in het Nederlands of Engels (het laatste met wederzijds goedvinden). In overleg met je begeleider kunnen
je eigen onderzoeksresultaten ook beknopt worden opgenomen in je literatuurscriptie, naast de uitgebreide(re) beschrijving in het onderzoeksverslag.
Werkvormen Er worden 3 verplichte werkcollege(s) aangeboden. Hierin krijg je uitleg krijgt over - en je oefen je met- verschillende (academische) vaardigheden die van belang zijn
voor wetenschappelijke schrijven. Daarnaast zoek je zelf een persoonlijk begeleider (een docent van een onderzoeksgroep binnen en/of buiten het departement Biologie) die de inhoudelijke begeleiding voor zijn of haar rekening neemt.
Toetsing Het eindcijfer voor de Bachelor Onderzoeksstage wordt bepaald door je begeleider
(met minimaal BKO) en is, net als bij de Bachelor Onderzoeksscriptie, gebaseerd op een rubric (Onderzoek). Belangrijke onderdelen zijn: ─ het onderzoeksverslag
─ werkhouding en zelfstandigheid bij het uitvoeren van je onderzoek. ─ De doorlopen leercurve
Studiemateriaal Labjas en veiligheidbril (indien van toepassing)
191
Biologie in het werkveld niveau 2 cursussen
BIOLOGIE IN HET WERKVELD Biology in the field
Coördinator: dr. A.J.M. Peeters
Onderwijsinstituut Biologie
H.R. Kruytgebouw kamer Z407,
tel. 030-253 4143
e-mail: [email protected]
Docenten: de module cursussen worden door diverse docenten van binnen en buiten de
UU gegeven.
Cursuswebsite: http://biologieinhetwerkveld.org/
Ingangseisen: Er zijn geen specifieke ingangseisen. De cursussen kunnen vanaf
studiejaar 2 gevolgd worden
Periode/slot: Dit zijn veelal buitencursussen die seizoensafhankelijk zijn en
derhalve niet in de voorgeschreven periodes/timeslots vallen.
Inschrijving: LET OP: inschrijving voordeze cursussen is niet mogelijk via
OSIRIS-student maar gaat via de UBV!
Belangrijk: De cursus ‘Biologie in het werkveld’ kan voor 7,5 ECTS
afgetekend worden als drie (willekeurige) module cursussen
(elk 2,5 ECTS) gehaald zijn. Meld je hiervoor bij de cursuscoördinator, Ton Peeters. Voor studenten die deze cursussen vóór het studiejaar 2013-
2014 gevolgd hebben is er geen mogelijkheid deze af te laten tekenen als onderdeel van ‘Biologie in het werkveld’.
FLORA Coördinator: Gijs Steur MSc., e-mail: [email protected] Docenten: drs. Hans Persoon MSc en drs. Vijko Lukkien MSc,
dr. Edwin Pos, Stefan van Meijeren Msc, dr. Arie Speksnijder Periode: Voorjaar, avonduren en weekend
Studiepunten: 2,5 AVIFAUNA
Coördinator: Luc de Bruijn Docenten: Luc de Bruijn, Erik Kleyheeg Periode: Voorjaar, avonduren en weekend
Studiepunten: 2,5 MYCOLOGIE
Coördinator: Aldert Gutter Docenten: Aldert Gutter Periode: Najaar, avonduren en weekend
Studiepunten: 2,5
192
ENTOMOLOGIE
Coördinator: dr. Henri Groeneveld, e-mail: [email protected] Docenten: dr. Henri Groeneveld Periode: Najaar, avonduren en weekend
Studiepunten: 2,5 BIJEN
Coördinator: Rob Welschen Ing., e-mail: [email protected] Docenten: mw.dr. Marie José Duchateau, Rob Welschen Ing. Periode: Voorjaar en avonduren
Studiepunten: 2,5 HERPETOLOGIE
Coördinator: Joris van den Berg, Robert Hagen e-mail: [email protected] Docenten: Joris van den Berg en Robert Hagen
Periode: Voorjaar, avonduren en weekend Studiepunten: 2,5
GEOGRAFISCHE INFORMATIE SYSTEMEN (GIS) Coördinator: Laurens Bakker, e-mail: [email protected]
Docenten: Laurens Bakker Periode: Voorjaar, avonduren en weekend Studiepunten: 2,5
VLEERMUIZEN Coördinator: Ilco van Woersem, e-mail: [email protected]
Docenten: Ilco van Woersem Periode: juni-september, avonduren en weekend Studiepunten: 2,5
STUDENT SAFARI (zie de teks hieronder) Coördinator: Iris de winter, e-mail: [email protected]
Docenten: Iris de Winter Periode: juli (Zuid Afrika, of Botwana-Zimbabwe) Studiepunten: 2,5
Since 2010, university field courses named ‘Student Safaris’ are organised on a yearly basis, where enthusiastic and motivated students explore the wildlife and
nature of Southern Africa. Students are invited to explore diverse ecosystems, encounter endemic wildlife species, and learn more about nature conservation on site. Two field courses (2.5 ECTS) will start in 2019:
─ South Africa and Swaziland (SA): 12-31 July 2019 ─ Botswana-Zimbabwe (SABoZi): 9-28 July or 9 July-1 August 2019 (in case you
also join the extension to South-Africa, including Kruger National Park) Meet like-minded students and make a difference to nature, by gaining knowledge
on conservation while being in the field. For more information on this once in a lifetime experience, you can send an e-mail to [email protected]. ATTENTION: The expenses associated with this field course have to be
covered by the participating student
193
Onderwijs- en examenregeling Bacheloropleidingen Faculteit Bètawetenschappen 2019-2020
194
Inhoud
PARAGRAAF 1 – ALGEMENE BEPALINGEN ............................................................................................................. 195
art. 1.1 – Toepasselijkheid van de regeling ................................................................................................................. 195 art. 1.2 – Begripsbepalingen ..................................................................................................................................... 195
PARAGRAAF 2 – VOOROPLEIDING ........................................................................................................................ 196
art. 2.1 – Toelating .................................................................................................................................................. 196
art. 2.2 – Taaleis bij buitenlands diploma ................................................................................................................... 197
art. 2.3 - Colloquium doctum .................................................................................................................................... 197
PARAGRAAF 3 – INHOUD EN INRICHTING VAN DE OPLEIDING ............................................................................ 197
art. 3.1 – Doel van de opleiding................................................................................................................................. 197
art. 3.2 – Vorm van de opleiding ............................................................................................................................... 198
art. 3.3 – Taal waarin de opleiding wordt verzorgd....................................................................................................... 198 art. 3.4 – Studielast ................................................................................................................................................. 198
art. 3.5 – Major ....................................................................................................................................................... 198
art. 3.6 - Dubbele bachelor ....................................................................................................................................... 198
art. 3.7 – Profileringsruimte ...................................................................................................................................... 198
art. 3.8 – Onderwijs gevolgd aan een andere Nederlandse instelling .............................................................................. 199
art. 3.9 – Onderwijs gevolgd aan een buitenlandse universiteit ..................................................................................... 199
art. 3.10 – Cursussen elders ..................................................................................................................................... 200
art. 3.11 – Honoursprogramma’s in de Science Honours Academy ................................................................................. 200
art. 3.12 – Feitelijke vormgeving onderwijs................................................................................................................. 200 art. 3.13 – Informatievoorziening .............................................................................................................................. 201
PARAGRAAF 4 – ONDERWIJS ................................................................................................................................ 201
art. 4.1 – Cursus ..................................................................................................................................................... 201
art. 4.2 – Ingangseisen cursussen; voorkennis ............................................................................................................ 201
art. 4.3 - Inschrijving voor cursussen ......................................................................................................................... 201
art. 4.4 – Deelname aan cursussen; Voorrangsregels ................................................................................................... 201
art. 4.5 – Inspanningsverplichting ............................................................................................................................. 201
art. 4.6 – Afsluiten cursussen internationale studenten voor onderwijsvrije periode kerst ................................................. 201
art. 4.7 – Evaluatie kwaliteit onderwijs ....................................................................................................................... 201
PARAGRAAF 5 – TOETSING ................................................................................................................................... 202 art. 5.1 – Algemeen ................................................................................................................................................. 202
art. 5.2. - Examencommissie .................................................................................................................................... 202
art. 5.3. – Toetsing thesis ......................................................................................................................................... 202
art. 5.4 – Beoordeling cursus .................................................................................................................................... 203
art. 5.5 – Reparatie: aanvullende of vervangende toets ................................................................................................ 203
art. 5.6 – Toetsvorm ................................................................................................................................................ 203
art. 5.7 – Mondelinge toetsen.................................................................................................................................... 203
art. 5.8 – Toetsvoorziening bijzondere gevallen ........................................................................................................... 204
art. 5.9 – Termijn beoordeling ................................................................................................................................... 204 art. 5.10 – Geldigheidsduur ...................................................................................................................................... 204
art. 5.11 – Inzagerecht ............................................................................................................................................ 204
art. 5.12 – Bewaartermijn toetsen ............................................................................................................................. 205
art. 5.13 – Vrijstelling .............................................................................................................................................. 205
art. 5.14 – Fraude en plagiaat ................................................................................................................................... 205
art. 6.1 – Examen .................................................................................................................................................... 206
art. 6.2 – Judicium cum laude ................................................................................................................................... 207
art. 6.3 – Graad ...................................................................................................................................................... 207
art. 6.4 – Getuigschrift en Internationaal Diploma Supplement ...................................................................................... 207
art. 6.5 – Honours ................................................................................................................................................... 207 art. 6.6 – Grading Tables .......................................................................................................................................... 207
PARAGRAAF 7 – STUDIEBEGELEIDING ................................................................................................................. 208
art. 7.1 – Studievoortgangsadministratie ..................................................................................................................... 208
art. 7.2 – Studiebegeleiding ...................................................................................................................................... 208
art. 7.3 – Handicap en chronische aandoening ............................................................................................................. 208
art. 7.4 – (bindend) Studieadvies .............................................................................................................................. 209
PARAGRAAF 8 – OVERGANGS- EN SLOTBEPALINGEN ............................................................................................ 209
art. 8.1 – Vangnetregeling ........................................................................................................................................ 210
art. 8.2 – Wijziging .................................................................................................................................................. 210 art. 8.3 – Bekendmaking .......................................................................................................................................... 210
art. 8.4 – Inwerkingtreding ....................................................................................................................................... 210
art. 8.5 – Overgangsregeling..................................................................................................................................... 210
BIJLAGE A: Biologie .............................................................................................................................................. 211
art. 2.1 – Toelating .................................................................................................................................................. 211
art. 2.3 - Colloquium Doctum .................................................................................................................................... 211
art. 3.5 – Major ....................................................................................................................................................... 211
art. 3.6 – Dubbele bachelor ...................................................................................................................................... 211
art. 3.9 – Honoursprogramma Science Honours Academy; Biologie en MLS ..................................................................... 212
art. 4.6 – Afsluiten cursussen internationale studenten voor onderwijsvrije periode kerst ................................................. 212 art. 5.5 – Reparatie: aanvullende of vervangende toets ................................................................................................ 212
art. 5.10 – geldigheidsduur ....................................................................................................................................... 212
art. 6.2 – Judicium cum laude ................................................................................................................................... 212
art. 8.5 – Overgangsregeling..................................................................................................................................... 213
Overzicht 1. Verplichte onderdelen Major Biologie ........................................................................................................ 213
Overzicht 2. Keuzeonderdelen Major Biologie .............................................................................................................. 213
Overzicht 3. Keuzeonderdelen Major Biologie .............................................................................................................. 214
Overzicht 4. Verplichte onderdelen Molecular Life Sciences .......................................................................................... 215
Overzicht 5. Keuzeonderdelen Molecular Life Sciences .................................................................................................. 215
195
In de Onderwijs- en Examenregeling zijn de opleidingsspecifieke rechten en plichten opgenomen
van studenten enerzijds en de Universiteit Utrecht anderzijds. In het (algemene universitaire) Studentenstatuut staan de rechten en plichten die voor alle studenten gelden.
Deze regeling is vastgesteld door de decaan van de Faculteit Bètawetenschappen op met instemming van de faculteitsraad en opleidingscommissie .
PARAGRAAF 1 – ALGEMENE BEPALINGEN
art. 1.1 – Toepasselijkheid van de regeling Deze regeling geldt voor het studiejaar 2019-2020 en is van toepassing op het onderwijs, de toetsen en het examen van de bacheloropleidingen van de Undergraduate School Bètawetenschappen: Biologie, Farmacie, Informatica, Informatiekunde, Natuur- en Sterrenkunde, Scheikunde en Wiskunde (hierna te noemen: de opleiding) en op alle studenten die voor de
opleiding staan ingeschreven en op degenen die verzoeken om toegelaten te worden tot de opleiding. Indien een artikel specifiek ingaat op een individuele bacheloropleiding, dan is dat
terug te vinden in bijlage A (Biologie), bijlage B (Farmacie), bijlage C (Informatica), bijlage D (Informatiekunde), bijlage E (Natuur-en Sterrenkunde), bijlage F (Scheikunde) en bijlage G (Wiskunde). De opleiding wordt verzorgd door de Undergraduate School van de faculteit Bètawetenschappen, hierna te noemen: de faculteit.
art. 1.2 – Begripsbepalingen
In deze regeling wordt verstaan onder: a. de wet: de Wet op het hoger onderwijs en wetenschappelijk onderzoek (WHW);
b. student: degene die is ingeschreven aan de universiteit voor het volgen van het onderwijs en/of het afleggen van de tentamens en de examens van de opleiding;
c. hij: is bedoeld als genderneutrale aanduiding en hieronder wordt degene verstaan die eerder in
het betreffende artikel is genoemd (veelal de student); d. studiepunt: eenheid uitgedrukt in European Credits (EC), waarbij één studiepunt gelijk staat
aan 28 uur studeren; e. gedragscode taal: de op grond van art. 7.2 sub c van de wet door het college van bestuur
vastgestelde gedragsregels ten aanzien van het verzorgen van het onderwijs en de examens in een andere taal dan het Nederlands5;
f. opleiding: de bacheloropleiding genoemd in art. 1.1 van deze regeling, met een eigen CROHO label. De opleiding bestaat uit een samenhangend geheel van onderwijseenheden;
g. cursus: het geheel van onderwijs en toetsing van een onderwijseenheid van de opleiding, opgenomen in de Universitaire Onderwijscatalogus;
h. major: een samenhangend geheel van cursussen die samen de hoofdrichting van de opleiding vormen;
i. minor: een samenhangend geheel van cursussen met een omvang van 30 EC, anders dan de eigen major;
j. opleidingsdirecteur: verantwoordelijk voor de organisatie, inhoud en kwaliteit van het onderwijs. Iedere bacheloropleiding van de faculteit Bètawetenschappen heeft een
opleidingsdirecteur.
k. honoursonderwijs: bestaat uit de honoursprogramma’s van de bacheloropleidingen van de faculteit Bètawetenschappen (zie art. 3.9).;
l. Science Honours Academy: al het honoursonderwijs van de faculteit Bètawetenschappen valt
onder de Science Honours Academy. m. honoursprogramma: aanvullend uitdagend, voor een deel extra-curriculair, programma van 45
studiepunten voor geselecteerde studenten; n. toets: tentamen als bedoeld in art. 7.10 van de wet;
o. examen: het afsluitend bachelorexamen van de opleiding dat met goed gevolg is afgelegd als
5 Zie artikel 3.3
196
aan alle verplichtingen van de gehele bacheloropleiding is voldaan;
p. Universitaire Onderwijscatalogus: het onder verantwoordelijkheid van het college van bestuur gehouden register (OSIRIS) van de binnen de universiteit verzorgde cursussen;
q. contacturen. Onder contacturen wordt verstaan: - onderwijsuren waarbij een docent fysiek aanwezig is, zoals hoor- en werkcolleges, studiebegeleiding, stagebegeleiding, practica, tentamens en examens en ook
studieloopbaanbegeleiding voor zover de opleiding die voor alle studenten heeft geprogrammeerd; - overige uren die door de opleiding zijn geprogrammeerd en die worden gekenmerkt door contact tussen studenten onderling, virtueel of reëel en/of virtueel contact met docenten.
r. portfolio: de verzameling documenten m.b.t. de prestaties van de student binnen de door hem gekozen opleiding;
s. cursuscoördinator: de docent die het aanspreekpunt is voor de cursus;
t. Examinator: de door de examencommissie benoemde docent die eindverantwoordelijk is voor
de tentaminering in de cursus;
u. contract onderwijsvoorzieningen: het door de onderwijsdirecteur (of andere functionaris
namens de opleiding) en de student met een handicap of chronische aandoening afgesloten
contract waarin is vastgelegd op welke noodzakelijke en redelijke voorzieningen de student recht heeft;
v. Internationaal Diploma Supplement: de bijlage bij het bachelor getuigschrift waarin een toelichting is opgenomen m.b.t. de aard en de inhoud van de opleiding (mede in internationale context)6;
w. semester: een onderwijsperiode die opgebouwd is uit twee aaneengesloten perioden van elk tien weken.
De overige begrippen hebben de betekenis die de wet daaraan toekent.
PARAGRAAF 2 – VOOROPLEIDING
art. 2.1 – Toelating 1. Naast de in de wet genoemde diploma’s die toegang geven tot de opleiding, heeft de bezitter
van het diploma van een in bijlage A-G vermelde gelijkwaardige vooropleiding toegang tot de opleiding mits voldaan is aan voorwaarden genoemd in het tweede lid.
2. Degene die niet een diploma met het juiste vwo-vakkenpakket heeft (dat direct toelating geeft
tot de opleiding; zie bijlage A-G), maar wel een gelijkwaardig diploma dat op grond van de wet of op grond van het eerste lid toegang geeft, kan pas inschrijven voor de opleiding nadat is aangetoond dat hij voldoende kennis op het niveau van het vwo-eindexamen bezit van de vakken van het verplichte vwo-profiel die vermeld staan in de opleidingsspecifieke bijlagen A-G.
3. Degene die niet een diploma met het juiste vwo-profiel heeft (dat direct toelating geeft tot de
opleiding), maar wel een diploma van met goed gevolg afgelegd propedeutisch examen aan een hogeschool, kan pas inschrijven voor de opleiding nadat is aangetoond dat hij voldoende kennis op het niveau van het vwo-eindexamen bezit van de volgende vakken: zie
bijlagen A-G.
4. Deficiënties in de vooropleiding in de in het tweede lid genoemde vakken moeten voor
aanvang van de opleiding zijn weggewerkt. Dit kan blijken uit het succesvol afgelegd hebben van de desbetreffende toetsen bij Boswell Bèta of de Centrale Commissies Voortentamen Biologie / Natuurkunde / Scheikunde / Wiskunde. De examencommissie kan in bijzondere gevallen een docent aan de universiteit in het desbetreffende vak belasten met het afnemen van een of meer toetsen.
5. Voor numerus fixus opleidingen met selectie geldt: Uitsluitend kandidaten die op grond van
6 Voor Scheikunde wordt een eurobachelor certificaat uitgereikt. Dat is de bijlage bij het getuigschrift waarmee
binnen de European Chemistry Thematic network overeengekomen opleidingskwaliteit wordt gegarandeerd.
197
het ‘Reglement selectie voor numerus fixus bacheloropleidingen’ een bewijs van toelating hebben gekregen kunnen inschrijven voor de opleiding.
art. 2.2 – Taaleis bij buitenlands diploma De bezitter van een buitenlands diploma kan pas inschrijven:
a. nadat voldaan is aan de eis inzake voldoende beheersing van de Nederlandse taal door het met goed gevolg afleggen van het staatsexamen Nederlands als tweede taal, programma 2 dan wel het certificaat Nederlands als Vreemde Taal, ‘Educatief Professioneel’ (voorheen ‘Profiel Academische Taalvaardigheid’) of ’Educatief Startbekwaam’ (voorheen ‘Profiel Taalvaardigheid Hoger Onderwijs’) en7
b. nadat is aangetoond dat voldaan is aan de eis van voldoende beheersing van de Engelse taal op het niveau van het Nederlandse vwo-examen.
Deficiënties in de vooropleiding in Engels moeten voor aanvang van de opleiding zijn
weggewerkt. Dit moet blijken uit het succesvol afgelegd hebben van één van de volgende toetsen:
o IELTS (International English Language Testing System), academic module. De minimum
vereiste IELTS score (overall band) moet zijn: 6.0 met tenminste 5.5 voor het onderdeel ‘writing’.
o TOEFL (Test Of English as a Foreign Language). De minimum vereiste TOEFL score is: 83 (internet-based test).
o Cambridge EFL (English as a Foreign Language) Examinations, met één van de volgende certificaten:
- Cambridge English C1 Advanced (CAE). Minimum score: 169 total, 162 writing. - Cambridge English C2 Proficiency (CPE). Minimum score: 180 total, 162 writing. - Cambridge Michigan Language Assessment ECPE, C2 Certificate.
art. 2.3 - Colloquium doctum Het toelatingsonderzoek, bedoeld in art. 7.29 van de wet, heeft betrekking op de volgende vakken op het daarbij vermelde niveau: zie bijlagen A-G
PARAGRAAF 3 – INHOUD EN INRICHTING VAN DE OPLEIDING
art. 3.1 – Doel van de opleiding 1. Met de opleiding wordt beoogd:
o kennis, vaardigheid en inzicht op het gebied van de major te verkrijgen, waarmee de eindkwalificaties genoemd in het tweede lid bereikt worden.
o academische vorming. Hieronder wordt verstaan het ontwikkelen van competenties (kennis, vaardigheden en attitudes) ten aanzien van:
- academisch denken, handelen en communiceren; - hanteren van relevant wetenschappelijk instrumentarium; - (wetenschappelijk) communiceren in de eigen taal van de opleiding;
- hanteren van specifieke kennis van een vakgebied in een bredere wetenschappelijke, wetenschapsfilosofische, en maatschappelijk/culturele context;
- gedragsnormen die gelden tijdens de studie en binnen de wetenschap.
o voorbereiding op een verdere (studie)loopbaan
Studenten worden vanaf het eerste bachelorjaar vertrouwd gemaakt met theorie en praktijk van wetenschappelijk onderzoek en andere academische en/of carrièremogelijkheden.
2. De afgestudeerde:
o heeft kennis van en inzicht in het vakgebied van de major; o heeft kennis van en inzicht in de theoretische en methodologische grondslagen van de
major;
7 Voor studenten die geselecteerd zijn voor het College of Pharmaceutical Sciences geldt alleen art. 2.2.b.
198
o beschikt over algemene academische vaardigheden, in het bijzonder met betrekking tot de major;
o is in staat om kennis en inzicht op dusdanige wijze toe te passen, dat dit een professionele en integere benadering van zijn werk of beroep laat zien;
o kan een praktijkvraag of probleem op het vakgebied herformuleren tot een duidelijke en
onderzoekbare probleemstelling; de daarin vervatte begrippen op adequate wijze operationaliseren; een onderwerp zowel theoretisch als empirisch bestuderen, in onderlinge samenhang; het resultaat weergeven in een coherent betoog dat wordt afgesloten met een heldere, synthetiserende conclusie; de resultaten gebruiken voor het beantwoorden van de praktijkvraag of het bijdragen aan verheldering en zo mogelijk oplossing van het probleem; vormt een oordeel dat mede gebaseerd is op het afwegen van relevante sociaalmaatschappelijke, wetenschappelijke of ethische aspecten.
o is in staat om informatie, ideeën en oplossingen over te brengen op een publiek bestaande uit specialisten en/of niet-specialisten.
o bezit de leervaardigheden en competenties die noodzakelijk zijn om een vervolgopleiding aan te gaan.
art. 3.2 – Vorm van de opleiding
De opleiding wordt voltijds verzorgd.
art. 3.3 – Taal waarin de opleiding wordt verzorgd
1. De opleiding wordt in het Nederlands verzorgd8.
2. In afwijking van het eerste lid kunnen een of meer cursussen van de opleiding in het Engels worden verzorgd indien niet-Nederlandstalige exchange studenten de cursus volgen en/of als de docent(en) van de cursus de Nederlandse taal niet voldoende beheersen. Daarnaast kunnen niveau 2 en 3 cursussen9 in het Engels worden aangeboden, om studenten voldoende voor te
bereiden op Engelstalig masteronderwijs.
art. 3.4 – Studielast 1. De opleiding heeft een studielast van 180 studiepunten.
2. De opleiding omvat cursussen op gevorderd niveau10 met een totale studielast van
tenminste 45 studiepunten in de major en profileringsruimte samen.
art. 3.5 – Major
1. De inhoud en randvoorwaarden verbonden aan de major zijn te vinden in de opleidingsspecifieke bijlagen A-G.
2. Onderdeel van de major is een thesis met een studielast van ten minste 7,5 studiepunten (zie ook bijlagen A-G), waarbij de student de mogelijkheid heeft een afrondend bachelor werkstuk te maken als proeve van bekwaamheid waarin vereiste kennis, vaardigheden en
attitudes samenkomen.
art. 3.6 - Dubbele bachelor
Zie bijlagen A-G.
art. 3.7 – Profileringsruimte 1. De opleiding omvat een profileringsruimte, waarin de student cursussen kiest met een totale
studielast van ten minste 45 studiepunten11.
8 Het Onderwijs in het College of Pharmaceutical Sciences wordt in het Engels verzorgd. In bijlage B is de
beargumenteerde keuze voor het taalbeleid weergegeven. 9 Zie artikel 4.1 10 Zie art. 4.1 11 Voor dubbele bachelors is de omvang van de
199
2. De cursussen van de profileringsruimte dienen voor ten minste 15 studiepunten op verdiepend of gevorderd niveau te liggen.
3. Voor keuze komen cursussen in aanmerking opgenomen in de Universitaire Onderwijscatalogus of cursussen elders (zie art. 3.8 en 3.9), tenzij er naar het oordeel van de examencommissie sprake is van inhoudelijke dubbeling met betrekking tot door de student afgelegde of af te leggen cursussen. Indien cursussen inhoudelijk geheel of gedeeltelijk overlappen kan de examencommissie de inbreng van deze cursussen voor het examen beperken door aftrek van studiepunten naar rato van de overlap.
4. Indien de student een samenhangend geheel van cursussen kiest, dat door een faculteit wordt verzorgd onder de aanduiding ”minor”, wordt deze aanduiding op het getuigschrift van zijn examen vermeld.
art. 3.8 – Onderwijs gevolgd aan een andere Nederlandse instelling
1. Voor keuze als bedoeld in artikel 3.7, derde lid, komen tevens - onder goedkeuring van de
examencommissie - in aanmerking cursussen verzorgd door een andere Nederlandse universiteit dan wel van een bekostigde of aangewezen Nederlandse instelling voor hoger beroepsonderwijs.
De examencommissie bepaalt daarbij welk niveau deze cursussen hebben. De studiepunten en cijfers van de andere Nederlandse instelling worden overgenomen.
2. De examencommissie geeft geen goedkeuring als er naar haar oordeel sprake is van onvoldoende academisch niveau of inhoudelijke dubbeling met betrekking tot eerder door de student afgelegde cursussen. Indien cursussen inhoudelijk geheel of gedeeltelijk overlappen kan de examencommissie de inbreng van deze cursussen voor het examen beperken door aftrek van studiepunten naar rato van de overlap.
art. 3.9 – Onderwijs gevolgd aan een buitenlandse universiteit
1. Voor keuze als bedoeld in artikel 3.7, derde lid, komen tevens - onder goedkeuring van de
examencommissie - cursussen in aanmerking, verzorgd door een buitenlandse universiteit. De
examencommissie bepaalt daarbij of deze cursussen voldoende academisch niveau hebben. De examencommissie onthoudt goedkeuring als er naar haar oordeel sprake is van inhoudelijke dubbeling met betrekking tot eerder door de student afgelegde cursussen. Indien cursussen inhoudelijk geheel of gedeeltelijk overlappen kan de examencommissie de inbreng van deze
cursussen voor het examen beperken door aftrek van studiepunten naar rato van de overlap. 2. De opleiding publiceert op de studentensite de procedure met betrekking tot het inbrengen van
buitenlandse cursussen: - daarbij is aangegeven op welk moment en op welke manier studenten goedkeuring kunnen
vragen voor buitenlandse cursussen; - daarbij hebben studenten de mogelijkheid om op een zodanig moment goedkeuring te
vragen dat zij bij aanvang van de uitwisseling uitsluitsel hebben van de examencommissie. 3. Omzetting van behaalde studiepunten voor buitenlandse cursussen is als volgt:
a. Voor cursussen van buitenlandse universiteiten binnen de Europese Unie/Europese
Economische Ruimte die qua inhoud en niveau zijn goedgekeurd door de examencommissie worden de studiepunten overgenomen. In afwijking hiervan kan de examencommissie besluiten een ander aantal studiepunten toe te kennen als vast staat dat de in het buitenland toegekende studiepunten niet in overeenstemming zijn met de studiebelastingsuren.
b. Voor cursussen van buitenlandse universiteiten buiten de Europese Unie/Europese Economische Ruimte die qua inhoud en niveau zijn goedgekeurd door de
examencommissie worden de studiepunten omgezet conform de universiteitsbrede omrekentabel. Zie www.uu.nl/credit-omrekentabel. De examencommissie kan in bijzondere gevallen hiervan afwijken als daar gegronde redenen voor zijn.
4. Omzetting van behaalde grades voor buitenlandse cursussen is als volgt: a. Buitenlandse grades worden omgezet naar de alfanumerieke resultaten V/ONV
(voldoende/onvoldoende); daarnaast worden tevens de oorspronkelijke grades en
beoordelingsschaal geregistreerd in OSIRIS en afgedrukt op het Internationaal Diploma Supplement, bedoeld in artikel 6.4.
b. De buitenlandse universiteit bepaalt waar de cesuur ligt voor een voldoende en legt vast
profileringsruimte afwijkend en te vinden in de bijlagen.
200
in het transcript of de student een voldoende heeft behaald.
c. De buitenlandse resultaten tellen niet mee voor het gemiddelde eindcijfer van de student. d. De examencommissie bepaalt of en op welke wijze buitenlandse resultaten meewegen bij
het bepalen van cum laude.
art. 3.10 – Cursussen elders
1. Voorwaarde voor het behalen van het getuigschrift van het bachelorexamen van de opleiding is dat ten minste de helft van het onderwijsprogramma is behaald via cursussen verzorgd door de Universiteit Utrecht.
2. Cursussen die tijdens de opleiding elders behaald worden, kunnen uitsluitend met toestemming van de examencommissie worden ingebracht in het examenprogramma van de student.
3. Voor cursussen die voorafgaand aan de start van de bacheloropleiding zijn behaald aan een instelling voor hoger onderwijs, kan slechts op grond van art. 5.13 vrijstelling worden verleend.
4. In afwijking van het derde lid, worden cursussen die: - voorafgaand aan de start van de bacheloropleiding zijn behaald, - opgenomen zijn in de Universitaire Onderwijscatalogus,
- naar het oordeel van de examencommissie ingebracht kunnen worden in de profileringsruimte of major,
niet als vrijstelling geregistreerd, maar met de cursusnaam en het oorspronkelijke cijfer geregistreerd in OSIRIS en vermeld op het Internationaal Diploma Supplement, bedoeld in artikel 6.4.
art. 3.11 – Honoursprogramma’s in de Science Honours Academy
1. De honoursprogramma’s hebben een studielast van 45 studiepunten. Daarvan worden
onderdelen met een totale studielast van minimaal 15 tot maximaal 30 studiepunten in de
major gevolgd. Het honoursprogramma kent ten minste 15 studiepunten aan extracurriculaire activiteiten. De samenstelling van het programma is vermeld in bijlage A-G. Van elke honoursstudent wordt actieve deelname verwacht aan extracurriculaire activiteiten binnen de honourscommunity. Onderdeel van het honoursprogramma is een honours-thesis met een studielast van tenminste 7,5 studiepunt. Studenten doen internationale
ervaring op in het honoursprogramma.
2. De selectie van kandidaten en de toelating tot het programma is opgedragen aan de selectiecommissies van de individuele honoursprogramma’s. De kandidaat ontvangt een toelatings- c.q. afwijzingsbeslissing tot het honoursprogramma. Hierin wordt gewezen op de
bezwaarmogelijkheid bij de opleidingsdirecteur.
3. De voorwaarden voor toelating tot het honoursprogramma zijn vermeld in de bijlagen
(bijlagen A-G).
4. Na afloop van elk studiejaar wordt de voortgang van de studenten in het honoursprogramma geëvalueerd. De gebruikte criteria voor de evaluatie zijn te vinden op de website van de Science Honours Academy. Op basis van deze evaluatie wordt door de opleidingsdirecteur
besloten of de student het programma mag vervolgen of moet stoppen. Er kan bezwaar gemaakt worden tegen dit besluit bij de honoursdirector.
art. 3.12 – Feitelijke vormgeving onderwijs
1. Het aantal contacturen voor de opleiding bedraagt ten minste 12 uur per week.
2. In de Universitaire Onderwijscatalogus is van elke cursus aangegeven: a. de cursusdoelen b. de ingangseisen c. de examinator, cursuscoördinator, toetsvormen, capaciteit, inspanningsverplichting,
vereiste voorkennis
d. de programmering van de contacturen
3. De student kan de roosters van het onderwijs waarvoor hij staat ingeschreven, inzien in de
OSIRIS onderwijscatalogus. Voorts kan de student i n M y T i m e t a b l e zien waar en wanneer de toetsen en aanvullende toetsen van de cursussen waarvoor hij staat ingeschreven, plaatsvinden.
201
art. 3.13 – Informatievoorziening
De student dient geregeld zijn universitaire e-mailadres en de tijdens de cursus gebruikte digitale
leeromgeving te raadplegen. Informatie die via e-mail en/of die digitale leeromgeving is verspreid
wordt als bekend verondersteld.
PARAGRAAF 4 – ONDERWIJS
art. 4.1 – Cursus
1. De cursussen van de opleiding hebben een studielast van zeven en een halve studiepunt of een
veelvoud daarvan. 2. Alle cursussen die deel uit kunnen maken van de opleiding zijn opgenomen in de Universitaire
Onderwijscatalogus. 3. Een cursus wordt verzorgd op een van de volgende niveaus:
- inleidend: 1 - verdiepend: 2
- gevorderd: 3
art. 4.2 – Ingangseisen cursussen; voorkennis
Aan een cursus kan pas worden deelgenomen als de student voldoet aan de ingangseisen. In de Universitaire Onderwijscatalogus is bij elke cursus aangegeven wat die vereiste ingangseisen zijn en wat de (aanbevolen) voorkennis is.
art. 4.3 - Inschrijving voor cursussen
1. Aan een cursus kan pas worden deelgenomen nadat de student zich tijdig daarvoor via OSIRIS- student heeft inschreven.
2. De student kan zich uitschrijven via OSIRIS student tot en met de na-inschrijvingsdagen
voorafgaande aan het betreffende blok.
art. 4.4 – Deelname aan cursussen; Voorrangsregels
1. In de Universitaire Onderwijscatalogus wordt aangegeven voor hoeveel studenten een cursus ten hoogste wordt verzorgd.
2. Toelating voor de cursussen met een beperkte capaciteit vindt plaats op basis van vooraf vastgestelde toelatingscriteria en voorrangsregels, met dien verstande dat voor de opleiding ingeschreven studenten voorrang genieten bij de cursussen die behoren tot het verplichte deel van hun major.
art. 4.5 – Inspanningsverplichting
1. Van elke student wordt actieve deelname verwacht aan de cursus waarvoor hij staat ingeschreven.
2. Naast de algemene eis dat de student actief participeert in het onderwijs, worden de aanvullende eisen per cursus in de Universitaire Onderwijscatalogus omschreven. Tenzij aldaar anders vermeld, is de minimum aanvullende eis dat een student participeert in alle
toetsonderdelen van een cursus en alle eventuele in de cursus gestelde deadlines haalt.
3. Als niet aan de inspanningsverplichting is voldaan kan de cursuscoördinator de student uitsluiten van verdere deelname aan de cursus of een gedeelte daarvan.
art. 4.6 – Afsluiten cursussen internationale studenten voor onderwijsvrije
periode kerst In bijlagen A-G zijn de cursussen opgenomen die internationale studenten in periode 2 voor de onderwijsvrije periode rond kerst kunnen afronden.
art. 4.7 – Evaluatie kwaliteit onderwijs
1. De opleidingsdirecteur is verantwoordelijk voor de bewaking van de kwaliteit van het onderwijs. Daartoe zorgt de opleidingsdirecteur dat er evaluatie van cursussen plaatsvindt en er evaluatie op het niveau van het curriculum plaatsvindt. Bij de kwaliteitszorg onderwijs
202
betrekt hij de adviezen en verbetersuggesties van de opleidingscommissie over het
bevorderen en waarborgen van de kwaliteit van de opleiding. 2. De studenten die hebben deelgenomen aan de cursus worden op de hoogte gesteld van de
uitkomsten van de cursusevaluatie
PARAGRAAF 5 – TOETSING
art. 5.1 – Algemeen 1. Tijdens de cursus wordt de student op academische vorming12 getoetst en eveneens of de
student in voldoende mate de gestelde leerdoelen bereikt. 2. In de Universitaire Onderwijscatalogus staat beschreven aan welke eisen de student moet
voldoen om de cursus met succes af te ronden en wat de criteria zijn waarop de student beoordeeld wordt.
3. Iedere cursus bevat meerdere toetsmomenten. Uiterlijk halverwege de cursusduur is er een moment waarop de docent de vorderingen van de student evalueert en aan hem kenbaar
maakt. 4. De toetsing van de student is afgerond bij het einde van de cursus.
5. In het Reglement13 van de examencommissie staat de gang van zaken bij toetsing beschreven.
art. 5.2. - Examencommissie 1. De decaan stelt voor elke opleiding of groep van opleidingen een examencommissie in en
draagt er zorg voor dat het onafhankelijk en deskundig functioneren van de examencommissie voldoende wordt gewaarborgd.
2. De decaan benoemt de voorzitter en de leden van de examencommissie voor een termijn van drie jaar op basis van hun deskundigheid op het terrein van de betreffende opleiding(en) of het
terrein van toetsing, waarbij: - ten minste één lid afkomstig is van buiten de desbetreffende (groep van) opleiding(en), en
- ten minste één lid als docent verbonden is aan de desbetreffende (groep van) opleiding(en). Herbenoeming is mogelijk. Alvorens tot benoeming over te gaan, hoort de decaan de leden van
de desbetreffende examencommissie. 3. Als lid of voorzitter van de examencommissie kan niet benoemd worden diegene die een
managementfunctie met financiële verantwoordelijkheid bekleedt of bestuurlijke (deel)verantwoordelijkheid voor een onderwijsprogramma heeft. Hieronder worden in ieder geval verstaan: de decaan, vicedecaan, directeur/hoofd/manager van een departement, lid van een departementaal management/bestuursteam, opleidingsdirecteur, directeur/hoofd/manager van een afdeling, lid van een afdelings- management/bestuursteam, lid/voorzitter van de
board of studies van de Graduate School of Undergraduate School en de onderwijsdirecteur. 4. Het lidmaatschap van de examencommissie eindigt bij het verstrijken van de
benoemingstermijn. Voorts wordt aan de voorzitter en de leden door de decaan op eigen verzoek ontslag verleend. De voorzitter en de leden worden door de decaan ontslagen, indien zij niet meer voldoen aan de vereisten genoemd in lid 2 of lid 3 van dit artikel. Voorts kan de decaan de voorzitter en de leden ontslaan indien is gebleken dat zij de wettelijke taken onvoldoende uitvoeren.
5. De decaan maakt de samenstelling van de examencommissie(s) aan de studenten en docenten bekend.
art. 5.3. – Toetsing thesis
1. De toetsing van de in artikel 3.5 lid 2 bedoelde thesis wordt verricht door tenminste twee examinatoren (de desbetreffende begeleider en een tweede beoordelaar).
2. Indien de thesis in meertallen wordt geschreven, krijgt elke student op grond van diens
expliciet gemaakte bijdrage een individuele beoordeling.
12 Zie art. 3.1.1 13 Ook wel ‘Regels en Richtlijnen genoemd’
203
art. 5.4 – Beoordeling cursus 1. De examinator van een cursus geeft aan iedere student die voor de cursus is ingeschreven een
beoordeling. 2. Het werk van de student wordt beoordeeld op een numerieke schaal of als dat niet zinvol is
met het oordeel voldoende (V) of onvoldoende (ONV). 3. Numerieke beoordelingen:
o Cijfers worden gegeven op een schaal van 1 tot en met 10. De eindbeoordeling van een
cursus is voldoende dan wel onvoldoende, waarbij een 6 of hoger voldoende is. De
examinator stelt (eind)cijfers vast met maximaal één decimaal, en wel als volgt: de
eindbeoordeling wordt vastgesteld volgens de bij het onderdeel gepubliceerde methode en
vervolgens als volgt afgerond:
cijfer groter of gelijk aan tot cijfer afronding
3,85 4,00 3,9
4,95 5,50 5
5,50 6,05 6
Overige cijfers worden afgerond op maximaal één decimaal: naar boven als de tweede
decimaal 5 of hoger is en naar beneden als de tweede decimaal 4 of lager is.
o Als de beoordeling wordt bepaald als gewogen gemiddelde van deelresultaten, dan worden
die deelresultaten niet afgerond.
4. Als een beoordeling louter wordt bepaald door groepswerk dan moeten deze beoordelingen per
individuele student herleidbaar zijn.
5. In afwijking van lid 2 worden in de volgende gevallen niet-numerieke beoordelingen
toegekend:
- de student die staat ingeschreven voor een cursus en aan geen enkel toetsonderdeel heeft
deelgenomen, ontvangt een ND (Niet Deelgenomen); - de student die aan te weinig toetsonderdelen heeft deelgenomen om in aanmerking te
komen voor een aanvullende toets, ontvangt een NVD (Niet VolDaan);
- de student die aan te weinig toetsonderdelen heeft deelgenomen om een beoordeling te
kunnen vaststellen of niet voldaan heeft aan de eisen voor alle toetsonderdelen, maar nog wel recht heeft op een aanvullende toets, ontvangt een AANV (AANVullende toets);
- de student aan wie vrijstelling is verleend door de examencommissie ontvangt een VR
(VRijstelling);
art. 5.5 – Reparatie: aanvullende of vervangende toets
1. Indien de student aan alle inspanningsverplichtingen tijdens de cursus heeft voldaan, wordt hij
uitsluitend bij een onvoldoende eindbeoordeling van ten minste een onafgeronde vier of AANV, eenmaal in de gelegenheid gesteld een aanvullende of een vervangende toets af te leggen.
2. Een student komt niet in aanmerking voor aanvullende of vervangende toetsing indien een voldoende is toegekend.
3. Een student die vanwege een aantoonbare overmachtsituatie niet in staat is geweest tot het afleggen van maximaal één (deel)toets per cursus mag een reparatietoets doen, indien hij de overmachtsituatie zo spoedig mogelijk als kan worden verwacht, gemeld heeft. Zie in de bijlage
waar de student de overmachtsituatie moet melden (bijlage A-G). De student komt hierna niet zondermeer in aanmerking voor een aanvullende of vervangende toets als bedoeld in lid 5.5.1
4. Bij de aanvullende of vervangende toets zoals beschreven onder lid 1 en 3 kan de gehele stof van de cursus worden getoetst.
art. 5.6 – Toetsvorm 1. Toetsing binnen een cursus vindt plaats op de wijze als vermeld in de Universitaire
Onderwijscatalogus. 2. Op verzoek kan de examencommissie toestaan dat een toets op een andere wijze dan
krachtens het eerste lid is bepaald, wordt afgelegd.
art. 5.7 – Mondelinge toetsen
204
1. Mondeling wordt niet meer dan één persoon tegelijk getoetst, tenzij de examencommissie
anders heeft bepaald. 2 . Het mondeling afnemen van een toets is openbaar, tenzij de examencommissie of de
desbetreffende examinator in een bijzonder geval anders heeft bepaald, dan wel de student daartegen bezwaar heeft gemaakt.
3. Een mondelinge toets wordt afgenomen door twee door de examinator aangewezen
beoordelaars, tenzij de examencommissie anders heeft bepaald. 4. Het is de student te allen tijde toegestaan om de examencommissie om toestemming te vragen
om een vertrouwenspersoon mee te nemen naar de mondelinge toets.
art. 5.8 – Toetsvoorziening bijzondere gevallen
1. Indien een student voor het behalen van het bachelorexamen nog ten hoogste één (eerder afgelegde maar niet met goed gevolg voltooide) cursus van maximaal 7,5 studiepunt nodig
heeft en het niet verlenen van een individuele toetsvoorziening aantoonbaar tot een studievertraging van meer dan een semester leidt, kan hij de examencommissie verzoeken in aanmerking te komen voor een individuele toetsvoorziening.
2. Indien het niet verlenen van een individuele toetsvoorziening zou leiden tot een ‘bijzonder geval van onbillijkheid van overwegende aard’ kan de examencommissie besluiten een toetsvoorziening toe te kennen.
3. Verzoeken om een bijzondere toetsvoorziening moeten zo snel mogelijk met bewijsstukken worden ingediend bij de examencommissie.
4. Artikel 5.5 is van overeenkomstige toepassing op de (individuele) toetsvoorziening bedoeld in het eerste lid. Dat betekent dat de examencommissie de student die:
a. door aantoonbare overmacht de reguliere eindtoets van de cursus heeft gemist en
b. bij wijze van bijzondere toetsvoorziening alsnog de toets aflegt,
in de gelegenheid kan stellen een aanvullende of vervangende toets af te leggen bij een onvoldoende eindbeoordeling van tenminste een onafgeronde vier.
art. 5.9 – Termijn beoordeling
1. De examinator stelt uiterlijk 10 werkdagen na afloop van de periode waarin de cursus verzorgd wordt, de beoordelingen vast en verschaft de administratie van de faculteit de gegevens.
2. De examinator stelt het oordeel over een schriftelijke of op andere wijze afgenomen toets vast binnen 10 werkdagen na de dag waarop deze is afgenomen, en maakt schriftelijk of electronisch de uitslag van de afgenomen toets bekend aan de student.
3. De examinator stelt binnen een werkdag na het afnemen van de laatste mondelinge toets het oordeel vast, reikt de student een desbetreffende schriftelijke verklaring uit en
verschaft de administratie van de faculteit de betreffende gegevens. 4. Indien het oordeel door overmacht niet binnen deze termijn beschikbaar is, dient de
examinator dit te communiceren naar de student. Hierbij dient een indicatie gegeven te worden van het moment waarop het oordeel zal worden vastgesteld. Overmacht kan slechts worden vastgesteld in overleg met de opleidingsdirecteur.
5. De student wordt gewezen op het inzagerecht, bedoeld in art. 5.11 en op de
beroepsmogelijkheid bij het College van beroep voor de examens.
art. 5.10 – Geldigheidsduur
1. De geldigheidsduur van behaalde cursussen is onbeperkt. In afwijking hiervan kan de
examencommissie voor een cursus, waarvan de toets langer dan vijf jaar geleden is behaald,
een aanvullende dan wel een vervangende toets opleggen indien de getentamineerde kennis of het getentamineerde inzicht aantoonbaar verouderd is, of indien de getentamineerde vaardigheden aantoonbaar verouderd zijn.
2. De periode van vijf jaar bedoeld in het eerste lid wordt verlengd met het aantal maanden financiële ondersteuning dat de student toegekend heeft gekregen op grond van het profileringsfonds als bedoeld in paragraaf 2a WHW en de toegekende periode van verlenging prestatiebeurs vanwege handicap of chronische aandoening.
3. Deeltoetsen en opdrachten die behaald zijn, vervallen indien de cursus waarbinnen deze zijn
behaald niet met goed gevolg is afgelegd. Uitzonderingen: zie bijlage A-G.
art. 5.11 – Inzagerecht
1. Gedurende twintig werkdagen na de bekendmaking van de uitslag van een schriftelijke toets krijgt de student op zijn verzoek en op een door de cursuscoördinator te bepalen wijze, inzage
in zijn beoordeeld werk.
205
Tevens wordt hem op zijn verzoek tegen kostprijs een kopie verschaft van dat werk.
2. Gedurende de in het eerste lid genoemde termijn kan de student kennis nemen van vragen en
opdrachten van de desbetreffende toets, alsmede zo mogelijk van de normen aan de hand waarvan de beoordeling heeft plaatsgevonden.
3. Toetsvragen/opgaven kunnen na het afleggen van de toets of na inzage weer worden ingenomen.
art. 5.12 – Bewaartermijn toetsen 1. De opgaven, uitwerkingen en het beoordeelde werk van de schriftelijke toetsen worden (in
papieren of digitale vorm) gedurende twee jaar na de beoordeling bewaard. 2. De in artikel 3.5, tweede lid bedoelde thesis en de beoordeling daarvan wordt (in papieren of
digitale vorm) gedurende zeven jaar na de beoordeling bewaard.
art. 5.13 – Vrijstelling
De examencommissie kan de student op diens verzoek, gehoord de desbetreffende examinator,
vrijstelling verlenen van een cursus van de opleiding, indien de student: a. hetzij een qua inhoud en niveau overeenkomstige cursus van een universitaire of hogere
beroepsopleiding voorafgaand aan de start van de bacheloropleiding heeft voltooid;
b. hetzij aantoont door werk- c.q. beroepservaring over voldoende kennis en vaardigheden te beschikken m.b.t. de desbetreffende cursus.
art. 5.14 – Fraude en plagiaat
1. Onder fraude en plagiaat wordt verstaan het handelen of nalaten van een student waardoor een juist oordeel over zijn kennis, inzicht en vaardigheden geheel of gedeeltelijk onmogelijk
wordt. Onder fraude valt onder meer:
- tijdens de toets spieken. Degene die actief gelegenheid biedt tot spieken is medeplichtig aan
fraude;
- tijdens de toets gebruiken en raadplegen van hulpmiddelen (voorgeprogrammeerde
rekenmachine, mobiele telefoon, smartwatch, smartglasses, boeken, syllabi, aantekeningen etc), waarvan de raadpleging niet uitdrukkelijk is toegestaan;
- door anderen laten maken van (delen van) een studieopdracht;
- het zich voor de datum of het tijdstip waarop de toets zal plaatsvinden, in het bezit stellen van de vragen, opgaven, of antwoorden van de desbetreffende toets;
- fingeren van enquête- of interviewantwoorden of onderzoeksgegevens; - het onterecht (laten) aftekenen van presentielijsten.
Van plagiaat is sprake bij het in een scriptie of ander werkstuk gegevens of tekstgedeelten van anderen / eigen werk overnemen zonder bronvermelding. Onder plagiaat valt onder meer:
- het knippen en plakken van tekst van digitale bronnen zoals encyclopedieën of digitale tijdschriften zonder aanhalingstekens en verwijzing;
- het knippen en plakken van teksten van het internet zonder aanhalingstekens en verwijzing;
- het overnemen van teksten van gedrukt materiaal zoals boeken, tijdschriften of encyclopedieën zonder aanhalingstekens en verwijzing;
- het opnemen van een vertaling van bovengenoemde teksten zonder aanhalingstekens en
verwijzing; - het parafraseren van bovengenoemde teksten zonder (deugdelijke) verwijzing: parafrasen
moeten als zodanig gemarkeerd zijn (door de tekst uitdrukkelijk te verbinden met de oorspronkelijke auteur in tekst of noot), zodat niet de indruk wordt gewekt dat het gaat om eigen gedachtegoed van de student;
- het overnemen van beeld-, geluids- of testmateriaal van anderen zonder verwijzing en zodoende laten doorgaan voor eigen werk;
- het zonder bronvermelding opnieuw inleveren van eerder door de student gemaakt eigen werk en dit laten doorgaan voor in het kader van de cursus vervaardigd oorspronkelijk werk, tenzij dit in de cursus of door de docent uitdrukkelijk is toegestaan;
- het overnemen van werk van andere studenten en dit laten doorgaan voor eigen werk. Indien dit gebeurt met toestemming van de andere student is de laatste medeplichtig aan plagiaat;
- ook wanneer in een gezamenlijk werkstuk door een van de auteurs plagiaat wordt gepleegd, zijn de andere auteurs medeplichtig aan plagiaat, indien zij hadden kunnen of
moeten weten dat de ander plagiaat pleegde;
206
- het indienen van werkstukken die verworven zijn van een commerciële instelling (zoals een
internetsite met uittreksels of papers) of die al dan niet tegen betaling door iemand anders zijn vervaardigd.
2. a. Wanneer fraude of plagiaat wordt geconstateerd of vermoed, deelt de examinator dit
schriftelijk mee aan de student en de examencommissie. b. De examencommissie stelt de student in de gelegenheid:
- schriftelijk daarop te reageren
- te worden gehoord.
3. De examencommissie stelt vast of er sprake is van fraude of plagiaat en deelt de student
schriftelijk haar besluit en de sancties conform het bepaalde in het vierde lid mede, onder
vermelding van de beroepsmogelijkheid bij het College van beroep voor de examens.
4. Fraude en plagiaat wordt door de examencommissie als volgt bestraft:
a. In ieder geval:
o ongeldig verklaren van het ingeleverde werkstuk of toets
o berisping, die aangetekend wordt in OSIRIS.
b. En eventueel voorts, afhankelijk van aard en omvang van de fraude of plagiaat, en van de studiefase van de student, één of meer van de volgende sancties: o verwijderen uit de cursus o het niet meer in aanmerking komen voor een positief judicium (cum laude) als bedoeld
in art.6.2 o uitsluiting van deelname aan toetsen die behoren bij de betreffende cursus voor het
lopende academisch jaar, dan wel voor een periode van 12 maanden o volledige uitsluiting van deelname aan alle toetsenvoor een periode van 12 maanden.
c. Indien de student reeds eerder een berisping heeft gekregen: volledige uitsluiting van deelname aan alle toetsen voor een periode van 12 maanden.
d. Bij zeer ernstige en/of herhaalde fraude of plagiaat kan de examencommissie het college van bestuur voorstellen de inschrijving voor de opleiding van de betrokkene definitief te beëindigen.
5. Als de examencommissie vaststelt dat er sprake is van grootschalige of georganiseerde fraude,
welke van een omvang is dat het de toetsresultaten in hun geheel zal beïnvloeden, beslist de examencommissie onverwijld dat de desbetreffende toets ongeldig is en dat alle deelnemers
op korte termijn de hele toets moeten overdoen. Daarbij stelt de examencommissie de datum vast waarop de toets moet worden overgedaan. Deze datum ligt uiterlijk tien werkdagen na het
constateren van de fraude, zodat de deelnemers nog baat hebben bij hun voorbereiding voor de toets.
6.
7. PARAGRAAF 6 – EXAMEN
art. 6.1 – Examen
1. De examencommissie stelt de uitslag van het examen vast en reikt het getuigschrift als
bedoeld in art. 6.4 uit indien de student aan de eisen van het examenprogramma heeft voldaan.
2. Alvorens de uitslag van het examen vast te stellen, kan de examencommissie zelf een onderzoek instellen naar de kennis van de student m.b.t. een of meer onderdelen of aspecten
van de opleiding, indien en voorzover de uitslagen van de desbetreffende toetsen haar daartoe aanleiding geven.
3. Beoordeling van het examendossier maakt deel uit van het afsluitend examen. Als datum voor het examen geldt de laatste werkdag van de maand waarin de examencommissie heeft vastgesteld dat de student aan de eisen van het examenprogramma heeft voldaan. De student dient ingeschreven te zijn voor de opleiding op de datum waarop het examen wordt afgelegd.
4. Voor het behalen van het examen geldt als voorwaarde dat voor de benodigde cursussen een voldoende is behaald.
5. Voor het behalen van het examen en de afgifte van het getuigschrift geldt tevens als voorwaarde dat de student ingeschreven was voor de opleiding in de periode dat de toetsen
en het examen zijn afgelegd. Ingeval de student niet aan deze voorwaarde voldoet, kan het college van bestuur een verklaring van geen bezwaar afgeven met betrekking tot het behalen van het examen en de afgifte van het getuigschrift nadat de student de verschuldigde collegegelden en administratiekosten voor de 'ontbrekende' perioden heeft betaald.
6. Degene die het examen met goed gevolg heeft afgelegd en aanspraak heeft op uitreiking van een getuigschrift, kan de examencommissie verzoeken daartoe nog niet over te gaan en de
207
examendatum als bedoeld in het derde lid uit te stellen. Dit verzoek moet worden
ingediend binnen tien werkdagen nadat de student op de hoogte is gebracht van de uitslag van het examen. Bij dit verzoek geeft de student aan wanneer hij het getuigschrift wil ontvangen. De examencommissie willigt het verzoek in het studiejaar 2019-2020 in ieder geval in wanneer de student:
- een bestuursfunctie gaat vervullen waarvoor een bestuursbeurs van de Universiteit
Utrecht beschikbaar is - een stage of cursus in het buitenland gaat volgen
- cursussen moet volgen die verplicht zijn voor toelating tot de masteropleiding.
Uitstellen van de examendatum is slechts eenmalig mogelijk voor de duur van maximaal één studiejaar.
art. 6.2 – Judicium cum laude
- Het judicium 'cum laude' wordt toegekend aan het bachelorexamen, indien voldaan is aan de volgende voorwaarden: voor de cursussen van de bacheloropleiding is een onafgeronde
gewogen gemiddelde van tenminste het cijfer (zie bijlage A-G) behaald en voor het bacheloronderzoek/bachelorscriptie/software project een (zie bijlage A-G) of hoger;
- in de loop van de studie is maximaal 1 cursus overgedaan; - voor maximaal 60 studiepunten zijn niet-meetellende vrijstellingen verkregen; - er is geen beslissing van de examencommissie (als bedoeld in art. 5.14, lid 4 onder b)
inhoudend dat vanwege vastgestelde fraude/plagiaat de student niet meer in aanmerking komt voor een positief judicium (cum laude);
- het bachelorexamen is binnen vier jaar behaald. - indien het niet toekennen van het judicium ‘cum laude’ zou leiden tot een ‘bijzonder geval van
onbillijkheid van overwegende aard’ kan de examencommissie besluiten het judicium ‘cum laude’ toe te kennen.
art. 6.3 – Graad
1. Aan degene die het examen met goed gevolg heeft afgelegd, wordt de graad “Bachelor of Science” verleend.
2. De verleende graad wordt op het getuigschrift van het examen aangetekend.
art. 6.4 – Getuigschrift en Internationaal Diploma Supplement
1. Ten bewijze dat het examen met goed gevolg is afgelegd wordt door de examencommissie een getuigschrift uitgereikt. Per opleiding wordt één getuigschrift uitgereikt, ook al rondt een student meerdere programma’s af.
2. De examencommissie voegt aan dit getuigschrift het Enge ls ta l ige Internationaal Diploma Supplement toe, waarmee (internationaal) inzicht wordt verschaft in de aard en inhoud
van de afgeronde opleiding.
art. 6.5 – Honours
Indien het honoursprogramma als bedoeld in art. 3.11 met goed gevolg is afgesloten, wordt dit vermeld op het Internationaal Diploma Supplement.
art. 6.6 – Grading Tables 1. Op het Internationaal Diploma Supplement staat het gewogen gemiddelde cijfer van de student
en een ECTS Grading Table vermeld. 2. Het gewogen gemiddelde cijfer geeft de academische prestaties van de student weer op een
schaal van 1 tot en met 10. Het wordt berekend op basis van de geldende numerieke resultaten
voor de cursussen die de student heeft gehaald binnen het examenprogramma. Cursussen die niet numeriek zijn beoordeeld, tellen niet mee bij de berekening. De weging vindt plaats op basis van de studiepunten per cursus.
3. De ECTS Grading Table maakt de cijfercultuur aan de Universiteit Utrecht inzichtelijk voor buitenlandse onderwijsinstellingen en buitenlandse werkgevers. Op basis van de Grading Tables kunnen zij een conversie naar hun eigen cijfersysteem maken. De ECTS Grading Table is een instellingsbrede tabel voor alle bacheloropleidingen. Deze tabel kent een tienpuntsschaal,
waarvan alleen de cijfers zes tot tien zichtbaar zijn omdat in de Grading Table uitsluitend
208
voldoendes zichtbaar zijn. De cijfers worden uitsluitend in hele of halve cijfers uitgedrukt. Per
cijfer is met een percentage aangegeven hoe vaak dit wordt gegeven. 4. De berekening van de ECTS Grading Table gaat op basis van:
1) alle voldoende geldende resultaten, behalve alfanumerieke resultaten 2) niet gewogen naar studielast 3) in de drie meest recente collegejaren
4) van studenten die een actieve inschrijving hadden voor een bacheloropleiding aan de Universiteit Utrecht.
PARAGRAAF 7 – STUDIEBEGELEIDING
art. 7.1 – Studievoortgangsadministratie
1. De faculteit registreert de individuele cursuseindresultaten van de studenten en stelt deze via
OSIRIS -student ter beschikking. 2. Bij het studiepunt Bètawetenschappen kan een gewaarmerkt studievoortgangsdossier worden
verkregen.
art. 7.2 – Studiebegeleiding 1. De faculteit draagt zorg voor de introductie en de studiebegeleiding van de studenten, die voor
de opleiding zijn ingeschreven, mede ten behoeve van hun oriëntatie op mogelijke studiewegen binnen en buiten de opleiding en de arbeidsmarkt.
2. De studiebegeleiding omvat:
- een verplicht matchingstraject voor aanstaande studenten voorafgaand aan inschrijving voor een bacheloropleiding14 met als doel studenten te begeleiden bij de keuze voor een opleiding die past bij hun ambitie, verwachtingen en mogelijkheden;
- een introductie in de eerste week van het eerste semester van het eerste studiejaar;
- toewijzing van een tutor aan alle bachelorstudenten die hen gedurende het eerste semester in de studie introduceert, en voor hen beschikbaar is voor begeleiding in de verdere studie en bij het maken van keuzes gedurende de bachelorfase;
- groepsgewijze en individuele advisering over mogelijke studiewegen binnen en
buiten de opleiding, mede met het oog op beroepsmogelijkheden na de masteropleiding en over mogelijkheden om direct na het behalen van het bachelordiploma de arbeidsmarkt te betreden;
- groepsgewijze en individuele advisering over studievaardigheden, studieplanning en de keuze voor het vervolgtraject na het bachelordiploma;
- het bieden van verwijzing en hulp bij door studenten ervaren moeilijkheden tijdens de studie;
- het bieden van verwijzing naar een passender studie aan studenten die vóór 1 februari van het jaar van eerste inschrijving uitschrijven voor de opleiding;
- een individuele matchingsactiviteit voor degenen die in de loop van het studiejaar
vanuit een andere opleiding aan de Universiteit Utrecht worden verwezen naar de opleiding15;
- het geven van een dringend advies na het eerste semester en een bindend advies na het tweede semester van het eerste jaar op basis van alle behaalde studiepunten in het eerste jaar over het al dan niet voortzetten van de studie.
3. Een portfolio kan als instrument van studieloopbaanbegeleiding worden ingezet.
art. 7.3 – Handicap en chronische aandoening
Aan de student met een handicap of chronische aandoening wordt de gelegenheid geboden het onderwijs te volgen en de toetsen af te leggen op de wijze zoals vastgelegd in zijn Contract onderwijsvoorzieningen. Verzoeken om een studiecontract af te sluiten worden ingediend bij de studieadviseur.
14 Met uitzondering van selectieve opleidingen en opleidingen met een numerus fixus 15 Met uitzondering van selectieve opleidingen en opleidingen met een numerus fixus
209
art. 7.4 – (bindend) Studieadvies
1. In het jaar van eerste inschrijving ontvangt de student die staat ingeschreven voor de
opleiding, voor 31 januari, een schriftelijk studieadvies over de voortzetting van zijn opleiding. Dit voorlopige studieadvies, dat gebaseerd is op de studieresultaten van het eerste blok, inclusief reparatietoets, is niet bindend maar geeft een waarschuwing bij onvoldoende studievoortgang, zodat de student nog de gelegenheid heeft om zijn prestaties te verbeteren:
- Wanneer de student 0 studiepunten heeft behaald, krijgt de student het advies de
studie serieus te heroverwegen. - Wanneer de student 7,5 studiepunten heeft behaald, krijgt de student het advies
kritisch te kijken naar zijn studiemethoden en deze te verbeteren. - Wanneer de student 15 studiepunten heeft behaald, krijgt de student het advies de
studie voort te zetten.
2. De studenten die 0 of 7,5 studiepunten hebben behaald, worden uitgenodigd voor een gesprek.
3. Aan het einde van het academisch jaar, doch uiterlijk op 31 augustus, ontvangt de student een tweede schriftelijk advies over de voortzetting van zijn opleiding. Onverminderd het bepaalde
in lid 9, 10 en 11 wordt aan dit studieadvies een afwijzing met een bindend karakter verbonden, indien de student minder dan 45 studiepunten heeft behaald. De afwijzing geldt
gedurende een termijn van 4 studiejaren. 4. Bij het vaststellen van het aantal behaalde studiepunten als bedoeld in lid 1 en lid 3 tellen alle
behaalde studiepunten in het eerste studiejaar mee, met uitzondering van de studiepunten van verworven vrijstellingen en de resultaten van behaalde deeltoetsen; deze tellen niet mee.
5. Aan de student die een verzoek tot uitschrijving vóór 1 februari van het eerste jaar van inschrijving doet, wordt geen studieadvies als bedoeld in lid 3 uitgebracht. Indien de student zich in een volgend studiejaar opnieuw inschrijft, zal in dat volgende studiejaar het studieadvies als bedoeld in lid 3 worden uitgebracht.
6. In afwijking van het vijfde lid, krijgt de student die: - een verzoek tot uitschrijving vóór 1 februari van het jaar van eerste inschrijving doet, en
- na 1 februari wel ingeschreven is bij (een andere opleiding van) de Universiteit Utrecht, en - minder dan 45 studiepunten heeft behaald,
wel een negatief bindend studieadvies voor de tweede bacheloropleiding.
7. Het studieadvies wordt namens de decaan van de faculteit Bètawetenschappen uitgebracht
door de opleidingsdirecteur van de opleiding. 8. Alvorens een afwijzend studieadvies wordt uitgebracht, wordt de student in de gelegenheid
gesteld te worden gehoord door of namens de opleidingsdirecteur.
9. In zijn afweging om een afwijzend studieadvies uit te brengen betrekt de opleidingsdirecteur op verzoek van de student diens persoonlijke omstandigheden. Uitsluitend persoonlijke omstandigheden die door de student na intreden zo spoedig als redelijkerwijs kan worden verlangd bij de studieadviseur zijn gemeld, worden door de opleidingsdirecteur betrokken in zijn afweging. Onder persoonlijke omstandigheden wordt verstaan ziekte, zwangerschap,
handicap en chronische aandoening , bijzondere/ernstige familieomstandigheden, topsport en bestuursactiviteiten voor een studentenorganisatie met volledige rechtsbevoegdheid of in het kader van de organisatie en het bestuur van de Universiteit Utrecht, de faculteit of de opleiding.
10. In zijn afweging om een afwijzend studieadvies uit te brengen betrekt de opleidingsdirecteur op verzoek van de student voorts andere vormen van overmacht dan de in het vorige lid
genoemde. Uitsluitend overmachtsituaties die na intreden zo spoedig als redelijkerwijs kan worden verlangd bij de studieadviseur zijn gemeld, worden door de opleidingsdirecteur
betrokken in zijn afweging. Voorts kan de opleidingsdirecteur onbillijkheden van ernstige aard in zijn oordeel betrekken.
11. Indien op grond van de omstandigheden als bedoeld in lid 9 en lid 10 geen oordeel kan worden gegeven over de (on)geschiktheid van de student, wordt van het afwijzend studieadvies afgezien, en wordt aan de student aan het einde van diens volgende studiejaar alsnog het
studieadvies als bedoeld in lid 3 uitgebracht. De student moet het aantal punten bedoeld in het vierde lid halen in dat volgende studiejaar; de reeds in het eerste studiejaar behaalde studiepunten tellen daarbij niet mee.
12. Er kan geen afwijzend studieadvies worden uitgebracht als de student alle toetsen verbonden aan de cursussen in het eerste jaar van de opleiding met een gezamenlijke studielast van 60 studiepunten, heeft behaald.
13. Tegen een beslissing tot afwijzing kan binnen 6 weken beroep ingesteld worden bij het College
van beroep voor de examens.
PARAGRAAF 8 – OVERGANGS- EN SLOTBEPALINGEN
210
art. 8.1 – Vangnetregeling In die gevallen waarin deze regeling niet voorziet, niet duidelijk voorziet of tot kennelijke onredelijke uitkomsten leidt, wordt door of namens de decaan beslist, na de examencommissie te
hebben gehoord. Indien de beslissing op basis van de wet behoort tot de bevoegdheden van de examencommissie, stuurt de decaan het verzoek naar de examencommissie ter afhandeling.
art. 8.2 – Wijziging
1. Wijzigingen van deze regeling worden door de decaan, en na overleg met de
opleidingscommissie en faculteitsraad, bij afzonderlijk besluit vastgesteld. 2. Een wijziging van deze regeling heeft geen betrekking op het lopende studiejaar, tenzij de
belangen van de studenten daardoor redelijkerwijs niet worden geschaad.
3. Een wijziging kan voorts niet ten nadele van studenten van invloed zijn op een beslissing, die krachtens deze regeling door de examencommissie is genomen ten aanzien van een student.
art. 8.3 – Bekendmaking
De decaan draagt zorg voor bekendmaking van deze regeling, alsmede van elke wijziging via
internet.
art. 8.4 – Inwerkingtreding
Deze regeling treedt in werking op 1 september 2019.
art. 8.5 – Overgangsregeling Zie bijlagen A-G.
o – o – o
211
BIJLAGE A: Biologie
art. 2.1 – Toelating 1. Niet van toepassing
2. Degene die niet een diploma met het vwo-profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie heeft (dat direct toelating geeft tot de opleiding), maar wel een gelijkwaardig diploma dat op grond van de wet of op grond van het eerste lid toegang geeft, kan pas inschrijven voor de opleiding nadat is aangetoond dat hij of zij voldoende kennis op het niveau van het vwo-eindexamen bezit van de volgende vakken van het verplichte vwo-profiel: • biologie, • wiskunde A en/of B voor studenten Biologie,
• wiskunde B voor studenten Molecular Life Sciences, • natuurkunde, • scheikunde.
3. Degene die niet een diploma met het juiste vwo-profiel heeft (dat direct toelating geeft tot de opleiding), maar wel een diploma van met goed gevolg afgelegd propedeutisch examen aan een hogeschool, kan pas inschrijven voor de opleiding nadat is aangetoond dat hij of zij voldoende
kennis op het niveau van het vwo-eindexamen bezit van de volgende vakken:
• biologie, • scheikunde, • natuurkunde, • wiskunde A en/of B voor studenten Biologie, • wiskunde B voor studenten Molecular Life Sciences, • actieve en passieve beheersing van de Nederlandse taal,
• passieve beheersing van de Engelse taal.
art. 2.3 - Colloquium Doctum Het toelatingsonderzoek, bedoeld in art. 7.29 van de wet, heeft betrekking op de volgende vakken op het daarbij vermelde niveau:
• biologie op vwo-niveau, • scheikunde op vwo-niveau, • natuurkunde op vwo-niveau, • wiskunde A of B op vwo-niveau,
• actieve en passieve beheersing van de Nederlandse taal, • passieve beheersing van de Engelse taal.
art. 3.5 – Major 3. De opleiding omvat een major Biologie met een studielast van 135 studiepunten. Daarvan zijn de
in overzicht 1 aangewezen onderdelen met een totale studielast van 67,5 studiepunten verplicht.
Voor de track Molecular Life Sciences zijn de in het overzicht 4 aangewezen cursussen met een totale last van 82,5 studiepunten verplicht. De overige onderdelen van de major Biologie (67,5 studiepunten) worden door de student gekozen uit de in de overzichten 2 en 3 aangewezen cursussen. Voor de track Molecular Life Sciences kiest de student de overige onderdelen van de major (52.5 studiepunten) uit de in overzicht 5 aangewezen onderdelen. Deze keuzeonderdelen van de major Biologie dienen voor ten minste 7,5 studiepunten op
verdiepend niveau (niveau 2) te liggen en voor tenminste 30 studiepunten op gevorderd niveau (niveau 3) waarbij tenminste 22,5 EC gekozen dient te worden uit de cursussen in overzicht 3. De overige 30 studiepunten van de major kiest de student uit cursussen op inleidend, verdiepend en/of
gevorderd niveau. Voor studenten Molecular Life Sciences dienen de keuzecursussen van de major voor tenminste 22,5 studiepunten op verdiepend niveau te liggen en voor tenminste 22,5 studiepunten op gevorderd niveau. Voor de overige 7,5 studiepunten van de major kiest de student een cursus uit
overzicht 6 op inleidend, verdiepend, of gevorderd niveau. De onderdelen van de major en profileringsruimte samen dienen voor minimaal 45 studiepunten op gevorderd niveau (niveau 3) te zijn (zie art. 3.4.1.). Als onderdeel van de major Biologie dient de student de in het overzicht 1 aangewezen Bachelor onderzoekscriptie op gevorderd niveau (7,5 EC) gecombineerd met de Bachelor onderzoekstage (7,5 EC) met goed gevolg af te ronden (Dit laatste onderdeel is niet verplicht als gestart is met de
opleiding voor sept 2016). Deze cursussen behoren tot de onder lid 1 aangewezen verplichte cursussen (overzicht 1). Onderdeel van de track Molecular Life Sciences is een bachelor werkstuk (SK-BTHESIS of de combinatie van B-B3ONSCR en B-B3ONST) met een studielast van 15 EC.
art. 3.6 – Dubbele bachelor Geen aparte regeling
212
art. 3.9 – Honoursprogramma Science Honours Academy; Biologie en MLS
1. De honoursprogramma’s hebben een studielast van 45 studiepunten. Daarvan worden onderdelen met een totale studielast van minimaal 15 tot maximaal 30 studiepunten in de major gevolgd. Het honoursprogramma kent ten minste 15 studiepunten aan activiteiten. De samenstelling van het programma Biologie:
a. Deelname aan departementale bijeenkomsten gedurende jaar 1-3 (BETA-B3DHB), 7,5 EC
extracurriculair b. Deelname aan activiteiten van de Honours Academy van de faculteit (BETA-B2HRI), 7,5 EC
extracurriculair. c. Honoraire studiepunten binnen het curriculum:
i. Honourscursus Biologie (B-B2HRPR) 7,5 EC, ii. Binnen het curriculum vervult de honoursstudent één cursus van 7,5 EC op
honoursniveau, met als mogelijkheden (a) reguliere cursussen van 7,5 EC op
honoursniveau brengen via een verdiepende opdracht en/of (b) het volgen van honourscursussen van 7,5 EC binnen de profileringsruimte (bijv. bij het Descartes College).
iii. De bachelorthesis op honoursniveau (B-B3ONSCR én B-B3ONST, 15 EC (major). De samenstelling van het programma MLS:
a. Honourscursus MLS (B-BHPMLS), 7,5 EC extracurriculair, bestaat uit de volgende
onderdelen: i. Honoursactiviteiten in het eerste en tweede jaar van het programma.
b. Deelname aan activiteiten van de Honours Academy van de faculteit (BETA-B2HRI), 7.5 EC extracurriculair.
c. Honoraire studiepunten binnen het curriculum: i. Binnen het curriculum vervult de honoursstudent twee cursussen van 7,5 EC op
honoursniveau, met als mogelijkheden (a) reguliere cursussen van 7,5 EC op
honoursniveau brengen via een verdiepende opdracht en/of (b) het volgen van honourscursussen van 7,5 EC binnen de profileringsruimte (bijv. bij het Descartes College).
ii. De bachelorthesis op honoursniveau, 15 EC (major). Van elke honoursstudent wordt actieve deelname verwacht aan extracurriculaire activiteiten binnen de honourscommunity. Studenten doen internationale ervaring op in het honoursprogramma, b.v. in de vorm van een studiereis.
3. Instroom in het honoursprogramma is mogelijk bij Biologie en MLS in maart en juni in het eerste
studiejaar én indien de student voldoet aan de volgende criteria; nominaal studeren en gemiddeld een 7,5 voor cursussen uit semester 1. Daarnaast kunnen ook studenten op voorspraak van de tutor worden toegelaten.
art. 4.6 – Afsluiten cursussen internationale studenten voor onderwijsvrije periode kerst
Geen aparte verkorte cursussen. art. 5.5 – Reparatie: aanvullende of vervangende toets 3. Een student die vanwege een aantoonbare overmachtsituatie niet in staat is geweest tot het
afleggen van maximaal één (deel)toets per cursus mag een reparatietoets doen, indien hij de overmachtsituatie zo spoedig mogelijk als kan worden verwacht, gemeld heeft. De student meldt dit per email bij het Studiepunt met een cc naar de cursuscoördinator. In de email staan de
volgende gegevens: naam, studentnummer, naam en code van de betreffende cursus, datum en tijd van de toets en de reden van afwezigheid. De student dient zo spoedig mogelijk, maar uiterlijk binnen 10 werkdagen na de gemiste toets het (digitale) bewijsstuk van de overmachtsituatie naar het Studiepunt te sturen of in hard copy af te geven bij het Studiepunt. De student komt hierna
niet zondermeer in aanmerking voor een aanvullende of vervangende toets als bedoeld in lid 5.5.1.
art. 5.10 – geldigheidsduur 3. Deeltoetsen en opdrachten die behaald zijn, vervallen indien de cursus waarbinnen deze zijn
behaald niet met goed gevolg is afgelegd. De examinator kan echter besluiten vrijstelling te verlenen of een vervangende opdracht op te leggen voor onderdelen van een cursus anders dan (deel)toetsen.
art. 6.2 – Judicium cum laude Het judicium 'cum laude' wordt toegekend aan het bachelorexamen, indien voldaan is aan elk van de volgende voorwaarden:
- voor de cursussen van de bacheloropleiding is gewogen gemiddeld tenminste het cijfer 8,0 behaald en voor het bachelor onderzoek en voor de bachelor scriptie samen gemiddeld een 8,0 of hoger, maar geen van beiden lager dan 7,5;
- in de loop van de studie is maximaal 1 cursus overgedaan;
- voor maximaal 60 studiepunten zijn niet-meetellende vrijstellingen verkregen;
213
- er geen beslissing is van de examencommissie (als bedoeld in art. 5.14, lid 4 onder b) inhoudend
dat vanwege vastgestelde fraude/plagiaat de student niet meer in aanmerking komt voor een positief judicium (cum laude);
- het bachelorexamen binnen vier jaar is behaald.
art. 8.5 – Overgangsregeling Voor studenten die vóór 1 september 2013 zijn gestart met de opleiding geldt dat zij 67,5 EC verplichte cursussen op niveau 1 en 2 moeten doen, 60 EC aan niveau 1 cursussen en 7,5 EC voor Biostatistiek.
Met ingang van 1 september 2013 zijn 45 EC aan cursussen op niveau 1 verplicht (zie overzicht 1. Voor recidivisten van het curriculum vóór 1 september 2013 wordt een herkansings- en overgangsregeling vastgesteld. Voor studenten die vóór 1 september 2016 zijn gestart met de opleiding geldt dat zij 30 EC niveau 3 cursussen kiezen uit overzicht 2 en 3. Voor studenten die op of na 1 september 2016 gestart zijn met de opleiding geldt dat zij 30 EC niveau 3 cursussen kiezen waarvan minimaal 22,5 uit overzicht 3. Voor
deze studenten geldt tevens dat naast de verplichte Bachelor onderzoekscriptie ook de Bachelor onderzoekstage verplicht is als eindopdracht. Voor studenten die per september 2017 met de opleiding gestart zijn geldt dat zij tevens de cursus
Academisch schrijven (B-B2AS17) op niveau 2 verplicht moeten volgen. Overzicht 1. Verplichte onderdelen Major Biologie
Verplichte onderdelen Major Biologie
niveau cursus code cursus EC
1 B-B1DIER05 Biologie van dieren 7,5
1 B-B1EVBI09 Evolutie en biodiversiteit 7,5
1 B-B1MB05 Moleculaire biologie 7,5
1 B-B1BEP13 Biologie en ecologie van planten 7,5
1 B-B1EXST13 Experiment en statistiek 7,5
1 B-B1SYSB09 Systeembiologie 7,5
niveau cursus code cursus EC
2 B-B2AS17 Academisch schrijven (Verplicht voor studenten van na september 2017)
7,5
niveau cursus code cursus EC
3 B-B3ONSCR + B-B3ONST
Bachelor onderzoekscriptie gecombineerd met
Bachelor onderzoekstage. Voor studenten van vóór sept 2016 is alleen B-B3ONSCR verplicht.
7,5+7,5=15
Overzicht 2. Keuzeonderdelen Major Biologie
Keuzeonderdelen Major Biologie
niveau cursus code cursus EC
1 B-B1BIOT09 Biotechnologie en maatschappij 7,5
1 B-B1ECO13 Ecologie 7,5
1 B-B1GENG16 Genen en gezondheid 7,5
1 B-B1MAWE13 Mariene wetenschappen I 7,5
niveau cursus code cursus EC
2 B-B2AS17 Academisch schrijven (Verplicht voor studenten vanaf september 2017, keuzecursus voor alle
andere studenten)
7,5
2 BETA-B2BBB Bèta in bedrijf en beleid 7,5
2 B-B2BIW13 Biologie in het werkveld 7,5
2 B-B2CEL09 De Cel 7,5
2 B-B2CEG16 Cognitie en gedrag 7,5
Keuzeonderdelen Major Biologie (vervolg)
2 B-B2DIFY17 Dierfysiologie 7,5
2 B-B2EVO09 Evolutie 2 7,5
2 B-B2GEBI05 Gedragsbiologie 7,5
2 B-B2MAWE14 Mariene wetenschappen II 7,5
2 B-B2META09 Metabolisme 7,5
2 B-B2MINT10 Microbiële interacties 7,5
2 B-B2MGOT14 Moleculair genetische onderzoekstechnieken 7,5
2 B-B2NADU11 Natuurbehoud, duurzaamheid en plantendiversiteit 7,5
214
2 B-B2NEUR10 Neurobiologie 7,5
2 B-B2OBI07 Ontwikkelingsbiologie 7,5
2 BETA-B2OOP Oriëntatie op de onderwijspraktijk 7,5
2 GEO2-4212 Paleontologie-flora 7,5
2 B-B2PLFY09 Plantenfysiologie 7,5
2 B-B2THEC05 Biologische modellering 7,5
2 B-B2VSR Voortgezette statistiek en R 7,5
2 BETA-B2WTC Wetenschaps- en techniekcommunicatie 7,5
niveau cursus code cursus EC
3 B-B3BETH05 Bio-ethiek 7,5
3 B-B3DID14 Didactiek 7,5
3 B-B3GESB05 Geschiedenis en wijsbegeerte van de biologie 7,5
3* B-B3EMNA16* Nature based design* 7,5
3 B-B3ONST Bachelor onderzoeksstage (alleen voor studenten
van vóór sept 2016 als keuzeonderdeel) 7,5
3* B-B3WEAD09* Wetenschapper in advies* 7,5
3 B-B3WBEL09 Wetenschapper in beleid 7,5
* Van deze twee cursussen (B-B3EMNA16 en B-B3WEAD09) mag slechts één gevolgd worden.
Overzicht 3. Keuzeonderdelen Major Biologie
Keuzeonderdelen Major Biologie
Niveau cursus code cursus EC
3 B-B3AQEC05 Aquatische ecologie 7,5
3 B-B3BILA10 Biodiversiteit en landschap 15
3 BMW33316 Bioinformatics and Genomics 7,5
3 B-B3BMBC13 Biologie van de Biobased economie 7,5
3 B-B3CEWE Cellen en weefsels 7,5
3 B-B3COMB10 Computationele biologie 7,5
3 B-B3GEOB17 Gedragsobservaties 7,5
3 B-B3ENDO10 Endocrinologie 7,5
3 B-B3EVO14 Evolutie 3: co-evolutie in theorie en praktijk 7,5
3 B-B3EVIN17 Evolutie interdisciplinair 7,5
3 B-B3EVON19 Evolutionaire ontwikkelingsbiologie 7,5
3 B-B3FOFO16 Food forward 7,5
3 B-B3GENB09 Genoombiologie 7,5
3 B-B3GKA16 Gentherapie, kanker en aids 7,5
3 B-B3IMMB09 Immunobiologie 7,5
3 B-B3INB16 Tropische ecologie 7,5
3 B-B3LEM18 Light and electron microscopy 7,5
3 B-B3MSCI05 Mariene wetenschappen III 7,5
3 B-B3MECO15 Microbiële ecologie 7,5
3 GEO3-4312 Paleoenvironments 7,5
3 B-B3MCR18 Molecular cell research 7,5
3 B-B3EUKA09 Moleculaire eukaryote microbiologie 7,5
3 B-B3MPMI18 Molecular plant microbe interactions 7,5
3 B-B3MPRO16 Moleculaire prokaryote microbiologie 7,5
Keuzeonderdelen Major Biologie (vervolg)
3 B-B3OBG05 Ontwikkelingsbiologie en genetica 7,5
3 B-B3NAAN16 Neuronale aandoeningen 7,5
3 B-B3PDE18 Plant development and environment 7,5
3 B-B3SOEC16 Socio-ecologie 7,5
3 B-B3TOX10 Toxicologie 7,5
3 B-B3WICO18 Wildlife conservation 7,5
Bij de keuze gelden de volgende regels: op niveau 2 moet voor ten minste 7,5 studiepunten aan keuzecursussen worden gekozen; op niveau 3 moet voor ten minste 30 studiepunten aan keuzecursussen waarvan 22,5 uit overzicht 3 worden gekozen.
215
Overzicht 4. Verplichte onderdelen Molecular Life Sciences
Verplichte onderdelen major Molecular Life Sciences
cursussen op niveau 1 (inleidend)
cursus code cursus EC
B-B1FUN14 Functionele biologie 7,5
B-B1MOL14 Moleculaire celbiologie 7,5
SK-B1BIOC Bio-organische chemie 7,5
SK-B1BIFC Biofysische chemie 7,5
SK-B1SPANY* Spectroscopie en analyse* 7,5
SK-B1BMC Biomoleculaire chemie 7,5
SK-BWSNK1 Wis- en natuurkunde 1 7,5
cursussen op niveau 2 (verdiepend)
cursus code cursus EC
SK-B2MBBT Moleculair biologische en biochemische technieken 7,5
B-B2CWMLS Cellen en weefsels MLS 7,5
Verplichte keuze afstuderen
SK-BTHESIS Bachelorthesis 15
B-B3ONSCR en B-B3ONST Onderzoeks bachelorscriptie en Onderzoekstage 7,5+7,5=15
* AD - Spectroscopie en analyse is alleen verplicht voor studenten MLS die ingeschreven staan bij Scheikunde. Studenten MLS ingeschreven via Biologie kunnen het als keuzevak kiezen. BC – Spectroscopie en analyse in timeslot BC (SK-B1SPANX) staat niet open voor MLS-studenten.
Overzicht 5. Keuzeonderdelen Molecular Life Sciences
Keuzeonderdelen Molecular Life Sciences
cursussen op niveau 1 (inleidend)
cursus code cursus EC
B-B1BIOT09 Biotechnologie en maatschappij 7,5
B-B1SYSB09 Systeembiologie 7,5
SK-B1SPANY* AD - Spectroscopie en analyse* 7,5
SK-BKWAN Kwantumchemie en anorganische chemie 7,5
SK-BWSNK2 Wis- en natuurkunde 2 7,5
FA-BA112 Schimmels en geneesmiddelen 7,5
FA-BA113 Planten en geneesmiddelen 7,5
FA-BA111 Moleculen als geneesmiddelen 7,5
FA-BA114 Geluk en geneesmiddelen 7,5
FA-BA105 Kinetiek van geneesmiddelen 7,5
cursussen op niveau 2 (verdiepend)
cursus code cursus EC
B-B2EVO09 Evolutie 2 7,5
B-B2MINT10 Microbiële interacties 7,5
B-B2NEUR10 Neurobiologie 7,5
B-B2THEC05 Biologische modellering 7,5
B-B2META09 Metabolisme 7,5
B-B2PLFY09 Plantenfysiologie 7,5
SK-B2PHAR** Biochemical Pharmaceutics** 7,5
FA-BA205 Hormonale aandoeningen 7,5
FA-BA201 Infectie en afweer 7,5
SK-B2MSPR Massaspectrometrie en proteomics 7,5
SK-B2MEME Membranen en membraaneiwitten 7,5
SK-B2NMRM NMR-spectroscopie en molecular modelling 7,5
SK-BORC13 Organische chemie 2 (theorie en praktijk) 7,5
SK-B2RDEM Röntgendiffractie en Elektronenmicroscopie 7,5
SK-B2SPEC Spectroscopie van moleculen en materialen 7,5
SK-BWS2-13 Wiskunde 2 7,5
SK-BFYCH Fysische chemie 2 7,5
B-B2VSR Voortgezette statististiek en R 7,5
BETA-B2OOP Orientatie op de onderwijspraktijk 7,5
BETA-B2BBB Beta in Bedrijf en Beleid 7,5
BETA-B2WTC Wetenschaps- en techniekcommunicatie 7,5
216
cursussen op niveau 3 (gevorderd)
cursus code cursus EC
B-B3BETH05 Bio-ethiek 7,5
B-B3COMB10 Computationele biologie 7,5
B-B3EVON19 Evolutionaire ontwikkelingsbiologie 7,5
B-B3EUKA09 Moleculaire eukaryote microbiologie 7,5
B-B3GKA16 Gentherapie, kanker, en aids 7,5
B-B3LEM18 Light and electron microscopy 7,5
B-B3MPROM16 Moleculaire prokaryote microbiologie 7,5
B-B3NAAN16 Neuronale aandoeningen 7,5
B-B3IMMB09 Immunobiologie 7,5
B-B3MCR18 Molecular cell research 7,5
B-B3MPMI18 Molecular plant microbe interactions 7,5
B-B3PDE18 Plant development and environment 7,5
B-B3GENB09 Genoombiologie 7,5
B-B3OBG05 Ontwikkelingsbiologie en genetica 7,5
B-B3TOX10 Toxicologie 7,5
B-B3DID14 Didactiek 7,5
FA-BA314 Future Medicines 7,5
FA-307 Ontwikkelen nieuwe geneesmiddelen 7,5
FA-319-09 Bioanalyse 7,5
SK-BASSM Advanced Superstructures: Scattering and Microscopy 7,5
SK-BMECH08 Medicinal Chemistry 7,5
SK-BORC3 Organische chemie 3 7,5
SK-B3PFA Protein Folding and Assembly (voorheen SK-B3PRFO) 7,5
SK-B3TTB Trending Topics on Biomolecules 7,5
SK-BVIZI Virusziekten / Viruses 7,5
SK-BTOYM Toy Models 7,5
SK-BREPB Researchproject Bijvoet 7,5
SK-BREPD Researchproject Debye 7,5
FA-CPS333 Pharma and nutrition 7,5
FA-CPS336T Psychoneuro pharmacology (theory)
FA-332 Verslaving en verslavingsmiddelen 7,5
FA-329 Pijn 7,5
BMW33316 Bioinformatics and Genomics 7,5
* AD - Spectroscopie en analyse is alleen verplicht voor studenten MLS die ingeschreven staan bij Scheikunde. Studenten MLS ingeschreven via Biologie kunnen het als keuzevak kiezen. BC – Spectroscopie en analyse in timeslot BC (SK-B1SPANX) staat niet open voor MLS-studenten. **T/m 2017-2018 heette Biochemical Pharmaceutics (SK-B2PHAR) Geneesmiddel binding en werking (FA-200).
