Post on 03-Apr-2015
TutoriauxTutoriauxTutoriauxTutoriauxRasmol Rasmol
et et
Deep View (Swiss Deep View (Swiss PDBviewer)PDBviewer)
Rasmol Rasmol
et et
Deep View (Swiss Deep View (Swiss PDBviewer)PDBviewer)
RasmolRasmolRasmolRasmol
• La première chose à faire est de télécharger La première chose à faire est de télécharger le programme Rasmol: le programme Rasmol:
http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-in/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.1.1.MSWIN/raswin.exehttp://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-in/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.1.1.MSWIN/raswin.exe
• La première chose à faire est de télécharger La première chose à faire est de télécharger le programme Rasmol: le programme Rasmol:
http://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-in/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.1.1.MSWIN/raswin.exehttp://www.bernstein-plus-sons.com/cgi-in/yaya/decomp.cgi/software/RasMol_2.7.2.1.1.MSWIN/raswin.exe
Il y a plusieurs façons de travailler avec Rasmol:
1) Barres de menus (limitésau niveau des sélections…)
2) Lignes de commandes (moins intuitif…)
3) Les deux…(plus approprié…)
Il y a plusieurs façons de travailler avec Rasmol:
1) Barres de menus (limitésau niveau des sélections…)
2) Lignes de commandes (moins intuitif…)
3) Les deux…(plus approprié…)
Rasmol: lignes de commandes Rasmol: lignes de commandes importantes.importantes.Rasmol: lignes de commandes Rasmol: lignes de commandes importantes.importantes.
Boutons de la sourisBoutons de la sourisBouton Gauche (BG)Bouton Gauche (BG) Rotation en X-YRotation en X-Y
Bouton Droit (BD)Bouton Droit (BD) Translation X-YTranslation X-Y
Shift Shift ++ Bouton Gauche Bouton Gauche Zoom in/outZoom in/out
Shift Shift ++ Bouton Droit Bouton Droit Rotation en ZRotation en Z
Ctrl Ctrl ++ Bouton Gauche Bouton Gauche Découper en tranches Découper en tranches selon Z (slab mode)selon Z (slab mode)
Commandes générales importantes à retenir:
load + nom de fichiers.pdb (ex. load 1adc.pdb)
select + <expression> (ex. select helix, TRP, hetero…)
Pour sélectionner une chaîne spécifique: select * + le nom de la chaîne (ex. select *A pour sélectionner la chaîne A d’un modèle)
Commandes de représentations importantes à retenir:
wireframe ou wireframe + <valeur> (ex. wireframe 150)
spacefill ou spacefill <valeur> ou spacefill temperature (Van der Waals)(ex. spacefill 120)
ribbons ou ribbons <valeur> (protéine en ruban: ex. ribbons 150)
colour <couleur> en anglais ou couleurs prédéfinies (ex. colour green, colour structure…)
Commandes générales importantes à retenir:
load + nom de fichiers.pdb (ex. load 1adc.pdb)
select + <expression> (ex. select helix, TRP, hetero…)
Pour sélectionner une chaîne spécifique: select * + le nom de la chaîne (ex. select *A pour sélectionner la chaîne A d’un modèle)
Commandes de représentations importantes à retenir:
wireframe ou wireframe + <valeur> (ex. wireframe 150)
spacefill ou spacefill <valeur> ou spacefill temperature (Van der Waals)(ex. spacefill 120)
ribbons ou ribbons <valeur> (protéine en ruban: ex. ribbons 150)
colour <couleur> en anglais ou couleurs prédéfinies (ex. colour green, colour structure…)
Guide de commandes Rasmol
Guide de commandes Rasmol
Ou http://info.bio.cmu.edu/Courses/Bioch
emMols/RasFrames/REFCARD.PDF
Ou http://info.bio.cmu.edu/Courses/Bioch
emMols/RasFrames/REFCARD.PDF
Rasmol: exemple avec 1ADC.pdbRasmol: exemple avec 1ADC.pdbRasmol: exemple avec 1ADC.pdbRasmol: exemple avec 1ADC.pdb
Oups!Oups!
Maintenant ouvrez le fichier 1ADC dans Rasmol et effectuez la série de Maintenant ouvrez le fichier 1ADC dans Rasmol et effectuez la série de commandes contenues dans la fenêtre ci-dessous…observez simultanément commandes contenues dans la fenêtre ci-dessous…observez simultanément ce qui se passe dans la fenêtre de Rasmol…ce qui se passe dans la fenêtre de Rasmol…
Maintenant ouvrez le fichier 1ADC dans Rasmol et effectuez la série de Maintenant ouvrez le fichier 1ADC dans Rasmol et effectuez la série de commandes contenues dans la fenêtre ci-dessous…observez simultanément commandes contenues dans la fenêtre ci-dessous…observez simultanément ce qui se passe dans la fenêtre de Rasmol…ce qui se passe dans la fenêtre de Rasmol…
déplacerdéplacer
Toutes les commandes de Toutes les commandes de représentation (display) peuvent représentation (display) peuvent se faire via la barre de menu de se faire via la barre de menu de Rasmol, mais les sélections ne Rasmol, mais les sélections ne peuvent s’effectuer qu’à l’aide peuvent s’effectuer qu’à l’aide de la ligne de commandes de la ligne de commandes select <>select <>..
Rasmol: exemple avec 1ADC.pdbRasmol: exemple avec 1ADC.pdbRasmol: exemple avec 1ADC.pdbRasmol: exemple avec 1ADC.pdb
• Vous devriez avoir quelques chose qui Vous devriez avoir quelques chose qui ressemble à ça!ressemble à ça!
• Vous devriez avoir quelques chose qui Vous devriez avoir quelques chose qui ressemble à ça!ressemble à ça!
Maintenant, tapez zap dans la ligne de commande…tout devrait s’effacer!
Maintenant, tapez zap dans la ligne de commande…tout devrait s’effacer!
Rasmol: exemple avec 1ADC.pdbRasmol: exemple avec 1ADC.pdbRasmol: exemple avec 1ADC.pdbRasmol: exemple avec 1ADC.pdb• Observons la triade d’a.a. coordonnant l’atome de Zinc, ainsi Observons la triade d’a.a. coordonnant l’atome de Zinc, ainsi
que le cofacteur (PAD/NAD) et le substrat (éthanol).que le cofacteur (PAD/NAD) et le substrat (éthanol).• Observons la triade d’a.a. coordonnant l’atome de Zinc, ainsi Observons la triade d’a.a. coordonnant l’atome de Zinc, ainsi
que le cofacteur (PAD/NAD) et le substrat (éthanol).que le cofacteur (PAD/NAD) et le substrat (éthanol).
3) Tapez select hetero dans la barre de commandes et colour cpk
3) Tapez select hetero dans la barre de commandes et colour cpk
select protein
strands ou menu display Strands
select CYS46, CYS174, HIS67
menu Display Sticks
colour CPK ou menu colour CPK
select ZN
spacefill ou menu Display spacefill
colour CPK ou menu colour CPK
select protein
strands ou menu display Strands
select CYS46, CYS174, HIS67
menu Display Sticks
colour CPK ou menu colour CPK
select ZN
spacefill ou menu Display spacefill
colour CPK ou menu colour CPK
select *B
Strands off
Wireframe off
Spacefill off
<<zoomez>> sur la région d’intérêt
select *B
Strands off
Wireframe off
Spacefill off
<<zoomez>> sur la région d’intérêt
Select EOH
wireframe 100 ou menu Display Sticks
colour CPK ou menu colour CPK
select PAD
wireframe 100 ou menu Display Sticks
colour yellow
Select EOH
wireframe 100 ou menu Display Sticks
colour CPK ou menu colour CPK
select PAD
wireframe 100 ou menu Display Sticks
colour yellow
Ouvrez à nouveau le fichier 1ADC et effectuez les opérations suivantes dans l’ordre Ouvrez à nouveau le fichier 1ADC et effectuez les opérations suivantes dans l’ordre indiqué…indiqué…
Ouvrez à nouveau le fichier 1ADC et effectuez les opérations suivantes dans l’ordre Ouvrez à nouveau le fichier 1ADC et effectuez les opérations suivantes dans l’ordre indiqué…indiqué…
1)1)1)1) 2)2)2)2) 4)4)4)4)
5)5)5)5) 6)6)6)6) 7)7)7)7)
Rasmol: exemple avec 1ADC.pdbRasmol: exemple avec 1ADC.pdbRasmol: exemple avec 1ADC.pdbRasmol: exemple avec 1ADC.pdb
Voici ce à quoi ça devrait ressembler!Voici ce à quoi ça
devrait ressembler!
ÉthanolÉthanol
cofacteurcofacteur
H2OH2O
CYS46CYS46
CYS174CYS174
HIS67HIS67ZNZN
Il y a moyen d’afficher l’identité des molécules dans Rasmol
Ex. select cys46.sg
label %n…plus simple si on le fait dans un programme d’image ou de texte
Il y a moyen d’afficher l’identité des molécules dans Rasmol
Ex. select cys46.sg
label %n…plus simple si on le fait dans un programme d’image ou de texte
Pour créer une image:
Tapez write 1adc.bmp
Ou allez dans export et format BMP
Pour créer une image:
Tapez write 1adc.bmp
Ou allez dans export et format BMP
Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Télécharger Deep view à: http://www.expasy.org/spdbv/
Barre Barre d’outild’outilBarre Barre d’outild’outil
Panneau Panneau de contrôlede contrôlePanneau Panneau
de contrôlede contrôle
Barre Barre d’alignemed’aligneme
ntnt
Barre Barre d’alignemed’aligneme
ntnt
Barre de Barre de fichiersfichiers
Barre de Barre de fichiersfichiers
Fenêtre de Fenêtre de visualisationvisualisationFenêtre de Fenêtre de
visualisationvisualisation
Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…
Commande dans la fenêtre de visualisationCommande dans la fenêtre de visualisationRotationRotation + bouton gauche+ bouton gauche
TranslationTranslation+ bouton gauche + bouton gauche
ou bouton droitou bouton droit
Zoom in/outZoom in/out + bouton gauche+ bouton gauche
Effacer/fermerEffacer/fermer deletedelete
Slab modeSlab mode Shift + bouton gaucheShift + bouton gauche
Rotation selon X, Y ou ZRotation selon X, Y ou Z F5 (X), F6 (Y), F7 (Z) + bouton F5 (X), F6 (Y), F7 (Z) + bouton gauchegauche
Centrer/Centrer/
recentrerrecentrer
Centrer/Centrer/
recentrerrecentrer
Fichiers Fichiers
texte pdbtexte pdb
Fichiers Fichiers
texte pdbtexte pdb
TranslatioTranslationn
TranslatioTranslationn
Zoom Zoom in/outin/outZoom Zoom in/outin/out
RotationRotationRotationRotation
Appliquer sur Appliquer sur tout/sélectiotout/sélectio
nn
Appliquer sur Appliquer sur tout/sélectiotout/sélectio
nn
Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…
Mesurer la Mesurer la distance entre 2 distance entre 2
atomesatomes
Mesurer la Mesurer la distance entre 2 distance entre 2
atomesatomes
Mesurer l’angle Mesurer l’angle entre 3 atomesentre 3 atomesMesurer l’angle Mesurer l’angle entre 3 atomesentre 3 atomes
Mesurer l’angle Mesurer l’angle de torsion entre de torsion entre 4 atomes/valeur 4 atomes/valeur de Omega, Phi de Omega, Phi
et Psiet Psi
Mesurer l’angle Mesurer l’angle de torsion entre de torsion entre 4 atomes/valeur 4 atomes/valeur de Omega, Phi de Omega, Phi
et Psiet Psi
Identifier un Identifier un atome/a.a.atome/a.a.
Identifier un Identifier un atome/a.a.atome/a.a.
Sélectionner les Sélectionner les groupements groupements
dans un rayons dans un rayons de ‘’x’’ Å autour de ‘’x’’ Å autour de la sélectionde la sélection
Sélectionner les Sélectionner les groupements groupements
dans un rayons dans un rayons de ‘’x’’ Å autour de ‘’x’’ Å autour de la sélectionde la sélection
Appliquer le Appliquer le centre de centre de
rotation sur la rotation sur la sélectionsélection
Appliquer le Appliquer le centre de centre de
rotation sur la rotation sur la sélectionsélection
SuperpositioSuperposition de n de
molécules molécules selon une selon une sélectionsélection
SuperpositioSuperposition de n de
molécules molécules selon une selon une sélectionsélection
Mutation Mutation d’un a.a. d’un a.a. Mutation Mutation d’un a.a. d’un a.a.
Ajuster Ajuster manuellement manuellement les angles de les angles de torsion des torsion des
chaînes latéraleschaînes latérales
Ajuster Ajuster manuellement manuellement les angles de les angles de torsion des torsion des
chaînes latéraleschaînes latérales
Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…
Lorsque vous voulez changer la couleur, n’oubliez pas de spécifier sur quel élément Lorsque vous voulez changer la couleur, n’oubliez pas de spécifier sur quel élément vous voulez effectuer les changements. (ex.: menu colour; act on ribbon; et colour sec. vous voulez effectuer les changements. (ex.: menu colour; act on ribbon; et colour sec. structure)structure)
Lorsque vous voulez changer la couleur, n’oubliez pas de spécifier sur quel élément Lorsque vous voulez changer la couleur, n’oubliez pas de spécifier sur quel élément vous voulez effectuer les changements. (ex.: menu colour; act on ribbon; et colour sec. vous voulez effectuer les changements. (ex.: menu colour; act on ribbon; et colour sec. structure)structure)
Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Commande panneau de contrôleCommande panneau de contrôle
Colonne d’identificateur de groupementsColonne d’identificateur de groupements
Centrer sur un a.a, chaîne ou un Centrer sur un a.a, chaîne ou un éélément de lément de sstructures tructures ssecondaires (econdaires (ésséss))
Bouton droit (BD)Bouton droit (BD)
Sélectionner une série d’a.aSélectionner une série d’a.a
(utilisez(utilisez ctrlctrl pour ajouter une sélection)pour ajouter une sélection)BG sur un BG sur un a.aa.a et shift + BG sur le dernier a.a désiré et shift + BG sur le dernier a.a désiré
(ou click & drag)(ou click & drag)
Sélectionner ‘’tout’’, une chaîne ou un élément Sélectionner ‘’tout’’, une chaîne ou un élément structural au completstructural au complet
Shift + BG pour sélectionner tout, BG sur un une Shift + BG pour sélectionner tout, BG sur un une chaîne chaîne ou un ou un ésséss
Colonne de sélection et de couleurColonne de sélection et de couleur
Appliquer à une colonne complèteAppliquer à une colonne complète Shift + BGShift + BG
Appliquer aux groupes sélectionnésAppliquer aux groupes sélectionnés BG sur BG sur l’en-têtel’en-tête de la colonne de la colonne
Colonne Colonne d’identificateur d’identificateur de groupementsde groupements
Colonne Colonne d’identificateur d’identificateur de groupementsde groupements
ChaîneChaîness
ChaîneChaîness ésséssésséss Résidus/Résidus/
a.aa.aRésidus/Résidus/
a.aa.a
Colonne de sélection Colonne de sélection et de couleuret de couleur
Colonne de sélection Colonne de sélection et de couleuret de couleur
La commande La commande shift + shift + BGBG doit se faire doit se faire
exactement à cet exactement à cet endroit pour être endroit pour être
effectiveeffective
La commande La commande shift + shift + BGBG doit se faire doit se faire
exactement à cet exactement à cet endroit pour être endroit pour être
effectiveeffective
En-têteEn-têteEn-têteEn-tête
Types de Types de représentationreprésentation
ss
Types de Types de représentationreprésentation
ss
Sélectionner Sélectionner un modèle pdb un modèle pdb ((ou la touche ou la touche
tabtab))
Sélectionner Sélectionner un modèle pdb un modèle pdb ((ou la touche ou la touche
tabtab))
Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…
Afficher/Cacher la Afficher/Cacher la sélectionsélection
Afficher/Cacher la Afficher/Cacher la sélectionsélection
Afficher/Cacher Afficher/Cacher les chaînes les chaînes latéraleslatérales
Afficher/Cacher Afficher/Cacher les chaînes les chaînes latéraleslatérales
Identifier/Identifier/ÉtiqueterÉtiqueterIdentifier/Identifier/ÉtiqueterÉtiqueter
ReprésentatioReprésentation en rubann en ruban
ReprésentatioReprésentation en rubann en ruban
CouleurCouleurCouleurCouleur
Appliquer à…Appliquer à…Appliquer à…Appliquer à…
Pour le type de représentation, sélectionnez au préalable le type avant Pour le type de représentation, sélectionnez au préalable le type avant d’appliquer la représentation à des résidus…d’appliquer la représentation à des résidus…
Pour le type de représentation, sélectionnez au préalable le type avant Pour le type de représentation, sélectionnez au préalable le type avant d’appliquer la représentation à des résidus…d’appliquer la représentation à des résidus…
Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Aller chercher les fichiers 1HEW sur PDB et ouvrez les dans Deep view.Aller chercher les fichiers 1HEW sur PDB et ouvrez les dans Deep view.
1) 1) Ouverture Ouverture de fichierde fichier
1) 1) Ouverture Ouverture de fichierde fichier
2) Importer 2) Importer via pdbvia pdb
2) Importer 2) Importer via pdbvia pdb
3) Faire glisser le fichier pdb 3) Faire glisser le fichier pdb dans la fenêtre(drag & drop)dans la fenêtre(drag & drop)3) Faire glisser le fichier pdb 3) Faire glisser le fichier pdb dans la fenêtre(drag & drop)dans la fenêtre(drag & drop)
Voici ce que vous devriez voir…si Voici ce que vous devriez voir…si les préférences sont celles les préférences sont celles utilisées par défaut…utilisées par défaut…
Voici ce que vous devriez voir…si Voici ce que vous devriez voir…si les préférences sont celles les préférences sont celles utilisées par défaut…utilisées par défaut…
3 façons de faire…3 façons de faire…3 façons de faire…3 façons de faire…
Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Commençons par ajuster nos préférences!Commençons par ajuster nos préférences!Commençons par ajuster nos préférences!Commençons par ajuster nos préférences!
Cochez tout!Cochez tout!Cochez tout!Cochez tout!
À votre guise!À votre guise!À votre guise!À votre guise!
Qualités graphiquesQualités graphiquesQualités graphiquesQualités graphiques
Si vous n’êtes pas à l’aise avec Si vous n’êtes pas à l’aise avec cette mise au point de cette mise au point de paramètres, utilisez le fichier paramètres, utilisez le fichier de préférences fourni sur le site de préférences fourni sur le site ftp…ftp…
Menu Preferences; open Menu Preferences; open preferences preferences et choisir et choisir dan.prfdan.prf
Si vous n’êtes pas à l’aise avec Si vous n’êtes pas à l’aise avec cette mise au point de cette mise au point de paramètres, utilisez le fichier paramètres, utilisez le fichier de préférences fourni sur le site de préférences fourni sur le site ftp…ftp…
Menu Preferences; open Menu Preferences; open preferences preferences et choisir et choisir dan.prfdan.prf
Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…
Activez ces Activez ces deux deux
options!options!
Activez ces Activez ces deux deux
options!options!
Shift+BGShift+BGShift+BGShift+BG
Lorsque vous voulez appliquer une couleur, n’oubliez pas de spécifier sur Lorsque vous voulez appliquer une couleur, n’oubliez pas de spécifier sur quel éléments vous voulez agir! (ex. menu color: act on ribbon: color sec. quel éléments vous voulez agir! (ex. menu color: act on ribbon: color sec. Structure)Structure)
Lorsque vous voulez appliquer une couleur, n’oubliez pas de spécifier sur Lorsque vous voulez appliquer une couleur, n’oubliez pas de spécifier sur quel éléments vous voulez agir! (ex. menu color: act on ribbon: color sec. quel éléments vous voulez agir! (ex. menu color: act on ribbon: color sec. Structure)Structure)
Amusez-vous à travers les différentes représentations Amusez-vous à travers les différentes représentations du panneau de contrôle et de la barre d’outil!du panneau de contrôle et de la barre d’outil!
Amusez-vous à travers les différentes représentations Amusez-vous à travers les différentes représentations du panneau de contrôle et de la barre d’outil!du panneau de contrôle et de la barre d’outil!
Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…
Pouvez-vous faire mieux?Pouvez-vous faire mieux?Pouvez-vous faire mieux?Pouvez-vous faire mieux?1HEW: Lysozyme1HEW: Lysozyme1HEW: Lysozyme1HEW: Lysozyme
Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Maintenant, essayez de reproduire cette image avec le fichier pdb 1AYF…Maintenant, essayez de reproduire cette image avec le fichier pdb 1AYF…Maintenant, essayez de reproduire cette image avec le fichier pdb 1AYF…Maintenant, essayez de reproduire cette image avec le fichier pdb 1AYF…
CYS92CYS92CYS92CYS92
CYS55CYS55CYS55CYS55
CYS52CYS52CYS52CYS52
CYS46CYS46CYS46CYS46
GLY48GLY48GLY48GLY48
Notez les atomes participants à la coordination du complexe Notez les atomes participants à la coordination du complexe Fer/soufre!Fer/soufre!Notez les atomes participants à la coordination du complexe Notez les atomes participants à la coordination du complexe Fer/soufre!Fer/soufre!
Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…Swiss PDBviewer/Deep view tutoriel…
Il y a d’autres tutoriaux plus explicites disponibles à: Il y a d’autres tutoriaux plus explicites disponibles à:
http://www.expasy.org/spdbv/text/tutorial.html
http://www.usm.maine.edu/~rhodes/SPVTut/index.html
‘’‘’Malheureusement’’, ceux-ci sont en anglais…Malheureusement’’, ceux-ci sont en anglais…
VVMMDD (Visual Molecular Dynamics): Un programme de (Visual Molecular Dynamics): Un programme de visualisation encore plus puissant…visualisation encore plus puissant…
Tutoriel disponible à:Tutoriel disponible à:
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/current/tutorial/html/
VVMMDD (Visual Molecular Dynamics): (Visual Molecular Dynamics):VVMMDD (Visual Molecular Dynamics): (Visual Molecular Dynamics):
1HEW: Lysozyme1HEW: Lysozyme1HEW: Lysozyme1HEW: Lysozyme
VVMMDD (Visual Molecular Dynamics): (Visual Molecular Dynamics):VVMMDD (Visual Molecular Dynamics): (Visual Molecular Dynamics):
1AYF:1AYF: Bovine Bovine Adrenodoxin Adrenodoxin 1AYF:1AYF: Bovine Bovine Adrenodoxin Adrenodoxin