DeepView – The Swiss- PdbViewer
description
Transcript of DeepView – The Swiss- PdbViewer
![Page 1: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/1.jpg)
DeepView – The Swiss-PdbViewer
![Page 2: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/2.jpg)
Доступные режимы моделирования
First approach mode:выравнивание целевых последовательностей и шаблонов
Optimise mode:представление запросов как modeling-projects отDeepView
Oligomer modeling:моделирование multimeric proteins
GPCR mode: Модели 7 трансмембранных спиральных части с G-белковым рецептором
Homology modeling
![Page 3: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/3.jpg)
The Optimise (project) mode
![Page 4: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/4.jpg)
1. Loading files
SwissModel>Load Raw Sequence –загрузка целевой последовательности FastA file
File>Import - загрузка целевой последовательности SWISS-PROT file
![Page 5: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/5.jpg)
Finding homologous templatesПоиск гомологичных шаблонов
Скачивание
выбранного ExPDB файла, его сохранение и открытие через Deep View
BLAST оценка
Нажав Detail видим цель / детали
шаблона выравнивания.
Экспериментальные
данные: метод и разрешение
Ссылка на PDB, записи о PDB
веб-сайтах
Описание белков
SwissModel>Find Appropriate ExPDB Templates
![Page 6: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/6.jpg)
Edit>Blast Selection vs. ExPDB: result list
Выберите один присоединенный код чтобы скачать файл
Finding homologous templates
Edit>Blast Selection vs. ExPDB
![Page 7: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/7.jpg)
2. Generating a modeling - project Наложения и выравнивание всех гомологичных шаблоны
- click Fit>Magic Fit and Fit>Generate Structural Alignment
- click Fit>Iterative Magic Fit (структурное выравнивание будет выполнено
автоматически)
Целевая последовательность
Шаблоны
Целевая последовательность Унифицированные шаблоны
![Page 8: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/8.jpg)
Aligning the target sequence onto the templates Выравнивание последовательности-мишени на шаблонах
Click Fit>Fit Raw Sequence для генерации последовательности согласованной между целью и шаблоном Это обеспечит ЦП с предварительной 3D-структурой, нужной для дальнейшей корректировки и лучшего согласования
Создание предварительная 3D-структуры для цели
![Page 9: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/9.jpg)
Viewing the threading energy
![Page 10: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/10.jpg)
Manually refining the alignment Ручные процедуры выравнивания
Внимание разрыв
Удален пробел
Оригинальный разрыв
Перемещенный разрыв
![Page 11: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/11.jpg)
`
Длинные связи соответствуютпробелам в последовательности-мишени
Глобальные потоки энергии.
Фланговые пробелы в энергии аминокислотных последовательностей. Нахождение разрыва ниже нулевого уровня
![Page 12: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/12.jpg)
3. Submitting a modeling - project
SwissModel>Submit Modelling Request: Swiss-Model Optimise Mode
Адрес Вашей электронной почты, имя иназвание проекта
Скопируйте первую строку в текстовое поле или нажмите кнопкуBrowse, чтобы выбрать ваш проектBefore submitting the modeling-projectAfter submitting the modeling-project
![Page 13: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/13.jpg)
4 . Improving a return model
![Page 14: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/14.jpg)
Незначительные регулировки
![Page 15: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/15.jpg)
Display Modes Режимы отображения
![Page 16: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/16.jpg)
- Display > Slab: это включает и выключает Slab mode, который ограничивает молекулы, удаляя те группы, которые находятся слишком далеко от экрана (глубину Slab (в Å) можно регулировать в настройках> Display)
- Slab mode позволяет просматривать сечение конкретных групп, что очень полезно для изучения интерьера белков
![Page 17: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/17.jpg)
Обычные режимы отображения
Обеспечивает быстрое отображение реального времени и высокую частоту кадров рендеринга
Наиболее подходящий режим для прямого работы
В этих режимах можно применять все команды DeepView, включая все вычислительные и установочные инструменты
![Page 18: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/18.jpg)
Display>Use OpenGL Rendering and Display>Render in solid 3D
Preferences > Surfaces: Preferences > Ribbons:Preferences > 3D Rendering
![Page 19: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/19.jpg)
STEREOSCOPIC MODESСтереоскопические режимы отображения
Нажмите Display>Stereo View :включения и выключения стерео визуализации
Swiss-PdbViever поддерживает три различных режима стерео: red and blue, side by side, and hardware stereo
![Page 20: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/20.jpg)
Red and blue stereoКрасный и синий
Перекрывание изображений отображаются на дисплее. Красное изображение поворачивается ‘-2’ градуса вокруг вертикальной оси, а синее изображение - ‘+2’ градуса
Preferences>Stereo Display
Очки
![Page 21: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/21.jpg)
Side by side stereoБок о бок
Оба изображения слегка наклоненный влево, каждый глаз будет видеть несколько иную сторону объекта и мозг будет сочетать в себе два изображения в 3D-объект
Настройка Stereoscopic View Settings
- разделение, в пикселях: чем дальше друг от друга изображения, тем труднее поддерживать 3D
- угол поворота в градусах
![Page 22: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/22.jpg)
Аппаратное стерео
Режим выше / ниже стерео (Above/Below, АВ): двойная вертикальная синхронизация экрана: первая
половина экрана (слева) освещается ,изображение восходит к верхней части экрана и отображает в нижней части уже справа. Изображения отображаются попеременно на экране с очень высокой частотой
Истинное стерео OpenGL: различные буфера экрана для левого глаза и правого глаза; переключение выполняет графическая карта при отправке соответствующего сигнала на излучательНет потери разрешения экрана
![Page 23: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/23.jpg)
SETTING PREFERENCES
![Page 24: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/24.jpg)
Loading preferences
![Page 25: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/25.jpg)
Real time display preferences
![Page 26: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/26.jpg)
Rock and Roll
![Page 27: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/27.jpg)
Labels settings
![Page 28: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/28.jpg)
Color settings
![Page 29: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/29.jpg)
Ribbon preferences
![Page 30: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/30.jpg)
Surface preferences
![Page 31: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/31.jpg)
Electrostatic potential parameters
![Page 32: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/32.jpg)
Electron density maps (EDM) parameters
![Page 33: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/33.jpg)
E minimization preferences
![Page 34: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/34.jpg)
H-bond detection threshold(порог обнаружения)
![Page 35: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/35.jpg)
Ramachandran Plot preferences
![Page 36: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/36.jpg)
Alignment window(окно выравнивания) preferences
![Page 37: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/37.jpg)
Swiss-Model server settings
![Page 38: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/38.jpg)
DeepView file server settings
For using BLAST and importing PDB files, you must define the Web server:
![Page 39: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/39.jpg)
3D rendering parameters
![Page 40: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/40.jpg)
3D light settings
![Page 41: DeepView – The Swiss- PdbViewer](https://reader035.fdocuments.net/reader035/viewer/2022062315/568166b6550346895ddabd77/html5/thumbnails/41.jpg)