Total evidence phylogenies

The missing data issue

Thomas Guillerme

? @TGuillerme

Trinity College Dublin

Acknowledgements

Natalie Cooper (Natural History Museum - UK)

Gavin Thomas (Univ. Sheffield - UK)

Emmanuel Douzery (Univ. Montpellier II - FR)

Frédéric Delsuc (Univ. Montpellier II - FR)

Trevor Hodkinson (Trinity College Dublin - IE)

@TGuillerme

Time

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What is the effect of missing data on tree

topology?

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Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

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No missing data

Missing data

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150 CPU years later…

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6 PhD months later…

Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

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No missing data

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Data

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Trees are identical

Trees are no more different than expected by chance

Data 100% 25% Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

Results

Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

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Missing data in the fossil record

Data 100% 25% Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

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Missing data in the fossil record

Missing data for living taxa

Data 100% 25% Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

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Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

We need morphological data

from living taxa!

Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.

How much data are out there?

Guillerme & Cooper, 2015, bioRxiv

Guillerme & Cooper, 2015, bioRxiv

Available data

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Guillerme & Cooper, 2015, bioRxiv

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Guillerme & Cooper, 2015, bioRxiv

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Guillerme & Cooper, 2015, bioRxiv

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Guillerme & Cooper, 2015, bioRxiv

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Missing data in the fossil record

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@TGuillerme

Guillerme & Cooper, 2015 biorxiv.org

Guillerme & Cooper, accepted Mol. Phyl. Evol.

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@TGuillerme

Thank you Guillerme & Cooper, 2015

biorxiv.org

Guillerme & Cooper, accepted Mol. Phyl. Evol.