Total evidence phylogenies: the missing data issue
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Total evidence phylogenies The missing data issue Thomas Guillerme ? @TGuillerme Trinity College Dublin
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Total evidence phylogenies
The missing data issue
Thomas Guillerme
? @TGuillerme
Trinity College Dublin
Acknowledgements
Natalie Cooper (Natural History Museum - UK)
Gavin Thomas (Univ. Sheffield - UK)
Emmanuel Douzery (Univ. Montpellier II - FR)
Frédéric Delsuc (Univ. Montpellier II - FR)
Trevor Hodkinson (Trinity College Dublin - IE)
@TGuillerme
Time
A T T G A A C A T C G A A C A T C G G A C A T C G G A A
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What is the effect of missing data on tree
topology?
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No missing data
Missing data
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Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.
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Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.
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Fossil taxa
Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.
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Living taxa
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No missing data
Missing data
25%
50%
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A T T G A A C
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Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.
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No missing data
Missing data
25%
50%
75%
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A T T G A A C
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Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.
150 CPU years later…
Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.
6 PhD months later…
Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.
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No missing data
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Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.
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No missing data
Missing data
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Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.
Tre
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rity
Data
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0
100% 25% Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.
Tre
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rity
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0
Trees are identical
Trees are no more different than expected by chance
Data 100% 25% Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.
Results
Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.
Tre
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0
Missing data in the fossil record
Data 100% 25% Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.
Tre
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Missing data in the fossil record
Missing data for living taxa
Data 100% 25% Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.
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Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.
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A T T G A A C A T C G A A C A T C G G A C A T C G G A A
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Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.
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Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.
We need morphological data
from living taxa!
Guillerme & Cooper, accepted, Mol. Phyl. Evol.
How much data are out there?
Guillerme & Cooper, 2015, bioRxiv
Guillerme & Cooper, 2015, bioRxiv
Available data
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Guillerme & Cooper, 2015, bioRxiv
Available data
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Guillerme & Cooper, 2015, bioRxiv
Available data
Guillerme & Cooper, 2015, bioRxiv
Available data
Guillerme & Cooper, 2015, bioRxiv
Available data
16% 56/351
Tre
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1
0
Missing data in the fossil record
Missing data for living taxa
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Tre
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0
Missing data in the fossil record
Missing data for living taxa
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Tre
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Missing data in the fossil record
Missing data for living taxa
Data 100% 25%
@TGuillerme
Guillerme & Cooper, 2015 biorxiv.org
Guillerme & Cooper, accepted Mol. Phyl. Evol.
Tre
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Missing data in the fossil record
Missing data for living taxa
Data 100% 25%
@TGuillerme
Thank you Guillerme & Cooper, 2015
biorxiv.org
Guillerme & Cooper, accepted Mol. Phyl. Evol.
