UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
VIRUS RESPONSABLES D'INFECTIONS RESPIRATOIRES
Dr J. LE GOFFFaculté de Médecine
Université Paris DiderotDFGSM3 - 2018
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Plan
• Généralités• Virus Influenza • Autres virus respiratoires• Traitements, Prévention, Diagnostic
• Binôme 1 • Binôme 2
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Généralités - Grippe
Binôme 1
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Objectifs
• Connaître les différents virus respiratoires• Comprendre la variabilité des virus grippaux• Définir un syndrome grippal• Connaître les manifestations associées au VRS• Connaître les stratégies de diagnostic des infections
respiratoires virales• Connaître les antiviraux disponibles• Savoir réaliser un prélèvement respiratoire pour un diagnostic
virologique
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Virus respiratoires
Virus qui ont pour organe-cible principal l’arbrerespiratoireHaut � rhinite, pharyngite, rhinopharyngite, laryngiteBasse � bronchite, bronchioloite, pneumonie Porte d’entrée = organe cible � Incubation courte Multiplication, Excrétion respiratoire � Transmission
Portage asymptomatiqueTransmission indirecte – surfaces, mains
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ARN
ADN
Rhinite
Pharyngite/laryngiteTrachéite
BronchiteBronchiolitePneumonie
Virus influenzaVirus respiratoire syncytial (VRS)Virus parainfluenza PIV 1-4Metapneumovirus (hMPV)Rhinovirus/EntérovirusCoronavirusAdénovirusBocavirus humain
De nombreux virusDe nombreux symptômes
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Associations Virus-symptômes
Symptomatologie
Principaux virus Autres virus
Rhinite Rhino, Corona Influenza, VRS, PIV, Adv, Entéro, hMPV
Pharyngite Rhino, Adv, VRS, Influenza A et B Epstein-Barr virus
Laryngite PIV Influenza, VRS, Adv,
Bronchite Rhino, VRS, PIV Influenza, VRS, Adv, hMPV, Corona
Bronchiolite VRS, hMPV Influenza, Adv, Rhino, Corona, Entéro
Pneumonie Influenza, Adv PIV, VRS, hMPV,Rougeole, Varicelle, CMV, Hantavirus
Syndrome grippal Influenza Tous
Diagnostic étiologique “clinique” difficile
Etiologie et symptomatologie variables également en fonction de➢ Epidémiologie (saison, région)➢ Population (enfant, adulte)➢ Co-morbidité (maladie respiratoire (asthme, BPCO) – Immunodépression)
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« Les virus de la grippe »
Virus à ARNenveloppés
Orthomyxoviridae
Virus influenza
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Structure Virus Influenza
Virus enveloppé ARN segmenté 2 protéines d’enveloppemajeures
➢ Hémagglutinine HA➢ Neuraminidase NA
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Hémagglutinine HANeuraminidase NA
Proc Natl Acad Sci U S A.2012, 109(46): 18635–18636.
Anticorpsneutralisants
Acides sialiques
HA NA
Attachement Libération virions
SA-��2,3-Gal
SA-�� 2,6-Gal
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Les 3 types de virusgrippaux
• Type A– chez homme et autres mammifères terrestres et marins, les
oiseaux étant le réservoir naturel du virus
• Type B– chez l’homme et le phoque
• Type C
– chez l’homme, le porc et le chien– rarement observé chez les humains, peu pathogène
immunité protectrice
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Variabilité des virus grippaux
➢ ARN (erreurs de la polymérase) ➢ ARN segmenté Influenza A➢ HA – 17 sous types H1-H17 ➢ NA – 10 sous types N1-N10
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Variabilité des virus grippaux
Les virus grippaux sont très variables grâce • Aux glissements antigéniques fait de mutations ponctuelles
donnant des souches épidémiques• Aux échanges de fragments de gènes entre différents virus
avec apparition de nouvelles protéines HA et NAPandémie• Forte augmentation dans l’espace et le temps des cas de grippe,
suite à la circulation d’un virus de composition antigéniquenouvelle sans immunité pré-existante de la population
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Réassortiment de virus grippaux
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Réassortiment de virus grippaux
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Epidémie saisonnière 2016-2017
A H3N2
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Epidémie saisonnière 2017-2018
A H1N1, A H3N2 et B
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Surveillance épidémiologiqueRéseau sentinelles
Syndromes grippaux en consultation MG � Fièvre>39°C d'apparition brutale + myalgies et signesrespiratoiresEn 6 semaines d’épidémie 1 270 000 consultations MG (1 339 000en 2017 à la même date)
Semaine 3• Incidence = 270 cas / 100 000 habitants seuil épidémique =175• Age médian = 27 ans (1 mois - 92 ans)• Hospitalisation = 0,6% (0,2% en 2017)
https://websenti.u707.jussieu.fr/sentiweb/
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Syndromes grippaux - Nb de cas / 100 000 habitants
RéseauSentinelles
2018 semaine 03
https://websenti.u707.jussieu.fr/sentiweb/
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Réplicationvirale
Voies aériennessupérieures
Voiesrespiratoiresinférieures
Incubation : 2 j
Portage viral :
1-2 j avant les symptômes4-5 j après le début
des symptômes
Plus importantchez l’ enfant (10 j)
Plus prolongé
chez l’ immunodéprimé(60j)
Histoire naturelle
ET
Contagiosité : période de portage
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Symptomatologie• Fièvre > 38°C• Début brutal• Asthénie• Myalgies• Frissons• Céphalées• Toux
• Rhinite
• Expectoration• Pharyngite• Otite• Troubles digestifs
> 80
60 - 80
40 - 60< 20
Syndrome grippal = grippe ou autres virus
Infection à virus Influenza sans syndrome grippal possible
%
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Complications
• Patients à risque +++• Pneumonie virale• Pneumonie bactérienne (S pneumoniae, H influenzae, S aureus)
– 1 à 10% des infections symptomatiques
• Bronchiolite• Exacerbation asthme BPCO• Emphysème, pneumothorax• Encéphalopathie, Syndrome de Reye
– Atteinte cérébrale non inflammatoire et atteinte hépatique
– Aspirine non recommandée < 16 ans
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Autres virusTraitementsDiagnostic
Binôme 2
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Paramyxoviridae
• Virus enveloppés• Génome stable /orthomyxovirus• Glycoprotéines d’enveloppe � Attachement et fusion avec la
membrane cellulaire
Orthopneumovirus
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VRS - Pouvoir pathogène
• Incubation 2 à 4 jours• Rhinite 1 à 3 jours � Bronchioloite
– Destruction cellules ciliées– Réponse inflammatoire
• Symptomes + sévères chez les enfants < 2 ans– Rhume– Fièvre (modérée)– Toux sèche– Dyspnée obstructive, polypnée, tirage, sifflements– Perte d’appétit– Otite, troubles digestifs
• Evolution favorable en 10 jours
Obstruction bronchiolaire
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Bronchiolite - Epidémiologie
• 450 000 à 500 000 cas / an – France• Transmission aérienne +++• Transmission indirecte
– Survie du virus• 20’: peau,• 60’: vêtements,• 6H : surface non poreuse
➢ Infection nosocomiale
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Formes graves
• 0,5-2% hospitalisés pour insuffisance respiratoiregrave– Prématurité– Age < 2-3 mois– Co-morbidité (cardio, respiratoire, Idépression)
• Mortalité– 0,005 à 0,2%– 1-3% des cas hospitalisés
• Adulte immunodéprimé – pneumonie (grippe)• Exacerbations asthme, BPCO
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VRS - Epidémie hivernale
Novembre à janvier
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• Epidémiologie – Virus ubiquitaire
– Epidémies automno-hivernales
– Séroprévalence >90% des enfants > 5 ans
• Clinique– Infections respiratoires hautes et basses du nourrisson et du jeune enfant– 5 à 15 % des bronchiolites du nourrisson hospitalisées– Pneumopathies sévères chez les personnes âgées et les patients
immunodéprimés
Métapneumovirus humainhMPV
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Epidémiologie - France
hMPV < 5 % des pvts respiratoires
hMPV
VRS
Grippe
Rhinovirus
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Virus Para-inflenza (PIV)
• PIV-1, PIV-2, PIV-3, PIV-4• PIV-3 (50% infections PIV de l’enfant)
– Endémiques automne � printemps– Bronchiolite, rhinites, laryngites, pneumonies
• PIV-1 (20-30% infections PIV de l’enfant), PIV-2– Epidémies 3-4 sem en automne– Laryngites, trachéites, rhinopharyngites, bronchites, pneumonies
• Patients immunodéprimés– Du portage asymptomatique à la pneumonie
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CoronavirusVirus enveloppé ARN+résistant /surface
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Epidémiologie
• Séroprévalences élevées• Infections saisonnières• Infections respiratoires hautes et basses• Touchent toutes les tranches d’âge• Du rhume à la pneumonie sévère de
l’immunodéprimé (rare)• Fréquemment associées à un syndrome digestif
Coronavirus ubiquitairesOC43 HKU1 229E NL63
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● Apparition du SRAS-CoV en Novembre 2002dans la province du Guangdong puis diffusionmondiale à partir de Hong Kong
● 8000 cas probables � 800 morts
● Transmission inter-humaine interrompue en
juillet 2003 ➢ Reservoir : chauve souris➢ Hôte intermédiaire Civette palmée
SRAS-CoVSRAS - Syndrome respiratoire aigu sévère
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MERS-CoV
• Sept 2012, nouveau CoV en Arabie Saoudite et au Qatar �pneumonies sévères
• CoV proche du SRAS-CoV• Fièvre + signes respiratoires � SDRA (syndrome détresse respiratoire
aigue)
• Incubation < 14 jours• Décembre 2017, total de 2103 cas - mortalité 35%• Cas autochtones principalement dans la Péninsule Arabique• Réservoir probable = dromadaires
– Transmission � Homme /gouttelettes/objets contaminés/lait– Transmission interhumaine : Arabie saoudite – République de Corée
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Modes de transmission MERS-CoV
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Picornaviridae
• Virus nus ARN+• résistant /surface➢ Rhinovirus
3 espèces A, B et C➢ 100 sérotypes
➢ Entérovirus➢ Parechovirus
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Epidémiologie –pouvoir pathogène
• Endémique – pic épidémique automne– Rhinite +++– Sinusite– Otite moyenne aiguë– Bronchite, bronchiolite– Exacerbation asthme, BPCO
• Pathogénicité ≠ des espèces A, B et C ?
• Interférence épidémiologique négative avec la grippe
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Adénovirus
Virus nuADN
• 7 espèces A-G• > 68 types
Infections respiratoiresEspèces Sérotypes
• B 3, 7, 14, 16, 21, 55• C 1,2, 5, 6, 57• E 4
Fibre
Hexon
Penton base
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Adénovirus – infections respiratoires
• 50% asymptomatiques• Fièvre
– Rhinopharyngite– Association Rhinite - conjonctivite– Otite moyenne aiguë– Laryngite– Bronchiolite– Pneumonie (1-3% pneumonies de l’enfant, dont 8% hospitalisées)
• Infections sévères, disséminées chez le patient immunodéprimé,greffé de cellules souches hématopoïétiques +++
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GRIPPE – Inhibiteurs de neuraminidase• Inhibition de la coupure des acides sialiques• Absence de relargage des virions• Oseltamivir (Tamiflu®) - Zanamivir (Relenza®)
VRSInhibiteurs de fusion en cours d’évaluation clinique
Traitements
Avec oseltamivir
VirusVirus
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Indication du traitement antiviral
Patient avec syndrome grippal caractérisé Et forme grippe sévère ou compliquée :
Situation clinique avec au moins 1 facteur de gravité • T° < 35° ou >38.5 ° malgré antipyrétique,• pulsations > 120,• Fréq resp > 30,• troubles vigilance,• détresse respiratoire
Dans les 48 H suivant le début des symptômesTAMIFLU 75 mg 1 cp matin et soir x 5/j
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Prévention
Vaccination➢ Grippe• Vaccin inactivé trivalent• Culture sur oeuf de poule embryonné• Composition modifiée tous les ans
Prévention de la transmission
➢ Masque➢ Lavage de mains➢ Nettoyage des surfaces
A(H1N1) A/Michigan/45/2015 (H1N1)
A(H3N2) A/Hong Kong/4801/2014 (clade 3C.2a)
B Brisbane/60/2008 (lignée Victoria).
2017-2018
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Diagnostic virologique - Indications
➢ Formes graves ou chez les personnes à risque➢ Grippe (recommandations du COREB) Groupement de coordination de la gestion du risque épidémiologique et biologiquehttp://www.infectiologie.com/site/medias/alertes/grippe/COREB-Grippe-urgences-15122010.pdf
➢ Bronchiolite à VRS du nourrisson➢ Pneumonies virales de l’immunodéprimé
➢ Adapter le traitement anti-infectieux➢ Mise en œuvre de mesures d’isolement
Infection respiratoire communautaire bégnine = pas de diagnostic virologique
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• Détection des antigènes
– Immunochromatographie (tests rapides) � Grippe, VRS– Immunofluorescence � Grippe, VRS, hMPV, PIV
• PCR– Grippe ou Grippe+VRS– Tous les virus séparément– Tous les virus simultanément = Multiplex
Diagnostic virologique - Méthodes
Approfondien ED
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Méthodes de prélèvement
• Sécrétions nasales ➢ Aspiration nasopharyngée ➢ Ecouvillonnage nasopharyngé
• Eventuellement– Sécrétions trachéobronchiques– Lavage bronchoalvéolaire
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Ecouvillon spécifique + milieu transport viral Nylon floqué – absorption sécrétions +++ Qualité du prélèvement primordiale� Former le personnel aux prélèvements
Ecouvillonnage nasopharyngé
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UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects générauxJérôme Le Goff
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Qui a une infection à virusrespiratoire aujourd’hui
dans cet amphi ?
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