Två år med direkt-PCR Maria Rotzén Östlund
Områdeschef, Klinisk mikrobiologi, virus, Solna, Karolinska
universitetssjukhuset
När får vi svaret?
Två år med direkt-PCR
Två år med direkt-PCR
När får vi svaret?
Bild: Gotland.se samt sr.se
Tidigare snabba metoder
Somliga okänsliga (t ex vissa immunkromatografiska
tester)
Somliga passade inte för stora flöden
(immunofluorescens)
Två år med direkt-PCR
Tidigare känsliga metoder
Oflexibla med batchkörningar (som ”vanlig” PCR)
Två år med direkt-PCR
Två år med direkt-PCR
Omvärldsanalys
Ny teknik, nya
möjligheter.
Snabba
molekylärbiologiska
metoder.
Två år med direkt-PCR
Upphandling, några krav:
Kontinuerlig analys och utsvarning
Nukleinsyraextraktion & nukleinsyrapåvisning i samma instrument
Enkelt handhavande
Rikttid: 1-2 timmar från primärrör till svar
Två år med direkt-PCR
Upphandling, instrument och agens
Fyra olika analyser/analyspaket
• Clostridium difficile (feces)
• Norovirus (feces och kräkning)
• Influensa & RS-virus (luftvägsprover)
• Herpes simplex 1 & 2 (csv)
Två år med direkt-PCR
Upphandling, volymer
Fyra olika analyser/analyspaket
• Clostridium difficile (feces), ca 12 000 prov/år
• Norovirus (feces och kräkning), ca 6 500 prov/år
• Influensa & RS-virus (luftvägsprover), ca 8 000 prov/år
• Herpes simplex 1 & 2 (csv), ca 3 000 prov/år
Två år med direkt-PCR
Vilka blev det?
Två år med direkt-PCR
Focus Simplexa (Triolab)
Influensa A och B, RSV
Två år med direkt-PCR
Norovirus
GeneXpert (Cepheid- Diagentec)
Två år med direkt-PCR
Abacus (Triolab)
C difficile-toxin
Två år med direkt-PCR
Focus Simplexa (Triolab)
Herpes simplex 1 och 2, likvor
Två år med direkt-PCR
Gemensamt för alla instrument
Kontinuerlig analys och utsvarning
Nukleinsyraextraktion & nukleinsyrapåvisning i samma
instrument
Rikttid: 1-2 timmar från primärrör till svar
Enkelt handhavande
Två år med direkt-PCR
Två år med direkt-PCR
Provflöden i Direkt-PCR labbet
Analys Antal prover/år Antal instrument Kapacitet
C. difficile 12 000
2+2 4 prov/körning och instrument
Norovirus 6500
1+1 16 moduler/instrument
Influensa & RSV 8000
8 prov/körning och instrument
HSV 1 & 2 3 000
2+2
Säsongen 2014-2015
Start oktober 2014
Två år med direkt-PCR
Mikrobiologen
Solna Huddinge
Två år med direkt-PCR
Team direkt-PCR första säsongen
Molekylärbiologer
BMA/labingenjörer
Koordinatorer
Chefer
Läkare
Kundansvariga
Inköp
IT
Två år med direkt-PCR Bild: dn.se
Team direkt-PCR första säsongen
Molekylärbiologer
BMA/labingenjörer
Koordinatorer
Chefer
Läkare
Kundansvariga
Inköp
IT
Två år med direkt-PCR Bild: dn.se
Alla från
Klinisk
mikrobiologi
Erfarenheter
Tekniskt
Svarstider
Arbetsmiljö
Kundperspektiv
Två år med direkt-PCR
Erfarenheter - teknik (2014-15)
Tekniskt fungerat tämligen väl, förutom:
En kontamination
En del instrumentproblem
Två år med direkt-PCR
Två år med direkt-PCR
Erfarenheter -kund
I början:
”Är svaret redan klart?”
I mitten:
”Åh, så bra med svar hela julhelgen” ”Kan vi akutmärka och få
ännu snabbare svar?”
I slutet:
”Varför har ni så oacceptabelt långa svarstider på kvällar och
helger, patienterna kan ju inte vänta på akuten så länge?”
Två år med direkt-PCR
Erfarenheter – arbetsmiljö (samverkan)
Molekylären har förstärkts med två personer per site. Provflödet fungerar bra. Svaren är
fortfarande inte tillräckligt snabba så vi har inte fått färre samtal till
kundtjänst. Det har blivit mindre stress under
högsäsong vilket är positivt och det upplevs som
lugnare på alla placeringar.
Två år med direkt-PCR
Svarstiderna?
Två år med direkt-PCR
Influensa A och, RSV
Två år med direkt-PCR
0:00:00
4:48:00
9:36:00
14:24:00
19:12:00
24:00:00
28:48:00
maj
jun
jul
aug
sep
okt
nov
dec
jan
feb
mar
apr
maj
jun
jul
aug
sep
okt
nov
dec
jan
feb
mar
apr
2013 2014 2015
Tid
(h
:min
)
Medeltid
Mediantid
Norovirus
Två år med direkt-PCR
0:00:00
4:48:00
9:36:00
14:24:00
19:12:00
24:00:00
28:48:00
maj
jun
jul
aug
sep
okt
nov
dec
jan
feb
mar
apr
maj
jun
jul
aug
sep
okt
nov
dec
jan
feb
mar
apr
2013 2014 2015
Tid
(h
:min
)
Medeltid
Mediantid
C difficile-toxin
Två år med direkt-PCR
0:00:00
4:48:00
9:36:00
14:24:00
19:12:00
24:00:00
28:48:00
maj
jun
jul
aug
sep
okt
nov
dec
jan
feb
mar
apr
maj
jun
jul
aug
sep
okt
nov
dec
jan
feb
mar
apr
2013 2014 2015
Tid
(h
:min
)
Medeltid
Mediantid
Sammanfattning säsong 2014-15
Genom att införa Direkt-PCR (”allt-i-ett”) på mikrobiologen har
tiden från primärrör ankommer till laboratoriet till svar minskat
från ca 24 timmar till ca tre timmar.
Framtiden:
För att ytterligare minska svarstiderna behöver vi öka
tillgängligheten, både vad gäller arbetstider och lokalisation.
Fler agens kan vara aktuella.
Två år med direkt-PCR
Tillgänglighet
Två år med direkt-PCR
Öppet
Stängt
Tillgänglighet
Två år med direkt-PCR
Öppet
Stängt
Kvällar
och nätter
Dagtid
Karolinska universitetslaboratoriet
Två år med direkt-PCR
6 sjukhus
Ca 70 närlab
Service till:
Alla akutsjukhus utom St
Göran
Ungefär hälften av
primärvården
24/7
Mikrobiologi alltid!
Eller
till kl 22? till kl 24?
från kl 6? från kl 7?
Lördag? Söndag?
Mikrobiologi överallt!
Eller
på mikro?
på gemensamma
24/7-lab?
på akuten?
Två år med direkt-PCR
Vår vision:
Mikrobiologi på 24/7-laboratorier
Direkt-PCR, tex:
• C. difficile
• Norovirus
• Influensa
• RSV
Blododlingsskåp HIV/hepatit
Malaria
Biobank
Två år med direkt-PCR
Vår vision:
Mikrobiologi på 24/7-laboratorier
Direkt-PCR, tex:
• C. difficile
• Norovirus
• Influensa
• RSV
Blododlingsskåp HIV/hepatit
Malaria
Biobank
Två år med direkt-PCR
Syfte med införande, säsong två:
Behov av ännu snabbare diagnostik av
influensa-, RS- och norovirus
-Minska behovet av vård på enkelrum
-Vid mycket kort svarstid kan man erhålla ett bättre akut
omhändertagande av patienten
Två år med direkt-PCR
Slutmål: Dygnet runt på de fyra största
akutsjukhusen
Två år med direkt-PCR
Vision
Två år med direkt-PCR
SÖS
(kemi) DS
(kemi/trans)
KHu (kemi/trans)
KSo (kemi/trans)
Svar inom 4 h
Steg 1 (delmål)
Införande på SÖS säsongen 2016
Steg 1) Steg 2)
Två år med direkt-PCR
Svar inom 4-10 h
SÖS (kemi)
KSo (mikro)
dag
KHu (mikro)
dag
SÖS
(kemi) DS
(kemi/trans)
KHu (kemi/trans)
KSo (kemi/trans)
Svar inom 4 h
Start februari 2016
Två år med direkt-PCR
0
100
200
300
400
500
600
700
27 29 31 33 35 37 39 41 43 45 47 49 51 53 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20 22 24 26
Vecka
Antal prover - luftvägsvirus
2011/2012
2012/2013
2013/2014
2014/2015
2015/2016
Team direkt-PCR andra säsongen
Molekylärbiologer
BMA/labingenjörer
Koordinatorer
Chefer
Läkare
Kundansvariga
Inköp
IT
Transportansvariga
Lokalansvariga
Två år med direkt-PCR Bild: dn.se
Team direkt-PCR andra säsongen
Molekylärbiologer
BMA/labingenjörer
Koordinatorer
Chefer
Läkare
Kundansvariga
Inköp
IT
Transportansvariga
Lokalansvariga
Två år med direkt-PCR Bild: dn.se
Klinisk kemi,
provmottagning
och klinisk
mikrobiologi
Massiv utbildningsinsats
• Medicinsk
• ADBakt (mikrobiologens LIS) Smittskyddsanmälan!
• Metodologisk
• Superanvändare på kemi
• Teoretisk och praktisk utbildning på aktuella instrument, med all
personal på kemi SÖS (ca 30 stycken)
Två år med direkt-PCR
Ett ”nytt” lab
Säkerhetsbänk
Uppkoppling mot mikrobiologens LIS
Instrument
Två år med direkt-PCR
Detaljer - Organisation
EN person kontaktväg in till Klinisk mikrobiologi ->
namngiven molekylärbiolog
Medicinskt ansvarig – >
namngiven läkare på klinisk mikrobiologi
Två år med direkt-PCR
Detaljer - märkning
SÖS använder rak märkning
Två år med direkt-PCR
Detaljer - Dokument
Nya lathundar:
För analyserna
För utsortering
Två år med direkt-PCR
Detaljer - Behörigheter
Behörighet
• Tekniskt ansvarig molekylärbiolog, Klinisk mikrobiologi
Behörighet • Områdesansvarig BMA, Klinisk kemi
Behörighet
• Personal Klinisk kemi
Två år med direkt-PCR
Detaljer – Sortering av prov jourtid
Två år med direkt-PCR
Danderyd Huddinge Solna
Utförare: Kemi, DS Mikro, H Kemi, H Mikro, S Kemi, S
Mån-fre Hela dygnet Fram till 19 Kvällar och
nätter
Fram till 19 Kvällar och
nätter
Lör-sön,
helg Hela dygnet Till tidig em Kvällar och
nätter
Till tidig em Kvällar och
nätter
Detljer - Transporter från DS → Solna →
Huddinge →SÖS
Två år med direkt-PCR
Danderyd Solna Huddinge Till SÖS
Mån-fre: 19:00 19:45 20:15
21:30 22:00 22:45 23:15
01:00 01:30 02:15 02:45
Lör-sön, helg: 16:00 16:30 17:15 17:45
18:30 19:00 19:45 20:15
21:30 22:00 22:45 23:15
01:00 01:30 02:15 02:45
Detaljer – kompletterande analyser och
biobank
SÖS skickar (”tillbaka”) analyserade prov till mikrobiologen för
utvidgad diagnostik samt biobankning
Två år med direkt-PCR
Start
Två år med direkt-PCR
SÖS v 7 2016
• Med stöd av mikrobiologens personal dygnet runt
• Endast SÖS prov analyseras
• Upplärning av kemis personal skedde parallellt med drift
Karolinska och Danderyd släpptes på v 8 2016
• Stöd av mikro dagtid och kvällstid
Hur går det??
Två år med direkt-PCR
En hel del upptäckter vid inkörning de första veckorna
Justering när mikro måste sluta köra prov för dagen
Justering av arbetstider
Första helgens ”återtransport” av prov till mikro – logistik
Två år med direkt-PCR
Två år med direkt-PCR
0:00
12:00
24:00
36:00
48:00
60:00
72:00
84:00 Influensa A RNA TAT till prel svar
Medel, ankomst LNP till prelsvar
Median, ankomst LNP till prelsvar
Ankomst LNP till prelsvar 90%
Två år med direkt-PCR
0:00
12:00
24:00
36:00
48:00
60:00
72:00
84:00
96:00
108:00
jan 2
013
feb 2
013
mar
2013
apr
2013
maj 2
013
jun 2
013
jul 2013
aug 2
013
sep 2
013
okt 2013
nov 2
013
dec 2
013
jan 2
014
feb 2
014
mar
2014
apr
2014
maj 2
014
jun 2
014
jul 2014
aug 2
014
sep 2
014
okt 2014
nov 2
014
dec 2
014
jan 2
015
feb 2
015
mar
2015
apr
2015
maj 2
015
jun 2
015
jul 2015
aug 2
015
sep 2
015
okt 2015
nov 2
015
dec 2
015
jan 2
016
feb 2
016
mar
2016
Tid (h:min)
Norovirus RNA, TAT, efter införande på SÖS
En första sammanfattning av direkt-PCR
på SÖS, klinisk kemi
Genom att införa Direkt-PCR (”allt-i-ett”) på kvällar och nätter på
klinisk kemi på SÖS har svarstiden minskat än mer jämfört med
tidigare säsong. Ses fr a på de prov där svarstiden tidigare var
lång, t ex i samband med helger.
Framtiden:
För att ytterligare minska svarstiderna behöver vi öka
tillgängligheten, vad gäller lokalisation.
Fler agens kan vara aktuella.
Två år med direkt-PCR
Top Related