SNP’s Aplicats a Filogeografia
Introduccions d’arbovirosis a la conca mediterrània.
Màster GP 2007, Nitu Pagès
Single Nucleotide Polimorfisms (SNP’s)
Variació en la seqüència de DNA que té lloc quan un únic nucleòtid (A, T, C o G) en el genoma (o altres seqüències compartides) difereix entre individus d’una mateixa espècie.
Aplicacions estudi SNP’s: Estudi malalties humanes (estudis associació) Farmacogenòmica Producció animal i vegetal Estudis genètica poblacions Altres
Malaltia Llengua Blava Bluetongue Disease
Malaltia del Llistat A de l’OIE Malaltia infecciosa no contagiosa D’etiologia viral 24 serotips coneguts arreu del món Transmesa per artròpodes del génere culicoides Afecta a remugants
Introduccions recents d’arbovirosis. El cas de la malaltia de la Llengua Blava
AnthraxAujeszky's diseaseAvian Influenza BluetongueBrucellosis Crimean Congo haemorrhagic fever Echinococcosis/hydatidosisExotic Newcastle Disease Foot and mouth disease Japanese encephalitis Leptospirosis New/Old world screwworm Paratuberculosis Q fever RabiesRift Valley feverRinderpestTrichinellosisTularemiaVesicular stomatitisWest Nile fever
List A Diseases designated by the Office Internationale des Epizooties (OIE) as being: transmissible diseases which have the potential for very serious and rapid spread, irrespective of national borders, which are of serious socioeconomic or public health consequences and which are of major importance in the international trade of animals and animal products.
Presència dels diferents serotips de la malaltia. Situació anterior a 1999
40º
40º
Presència dels diferents serotips de la malaltia en països de la conca mediterrània. Situació entre1999-2006
2006 BTV 8
2005/06 BTV4
?
Hipòtesi de l’expansió dels diferents serotips
40º
Objectiu
Anàlisi de SNP’s de mtDNA de mosquits. Elaboració de mapa d’haplotips per les poblacions de mosquits en
diferents països de la conca mediterrània. Estudiar si existeix associació entre els successius brots de la malaltia
en països de la conca mediterrània i l’expansió del principal vector de la malaltia: Culicoides imicola
Metodologia
Anàlisis seqüències del gen COX1 del mtDNA
de diferents poblacions del mosquit en països
de la conca mediterrània:
-Seqüenciació en laboratori
-Obtenció de seqüències en base de dades (NCBI)
Aliniament Generació Haplotips
Característiques mtDNA
Herència materna No recombinació Evolució paral.lela a la resta del genoma. Taxa de mutació gens mitocondrials > taxa mutació gens nuclears Fàcil aïllament i amplificació Útil per estudis de especiació recents o per estudis filogeogràfics.
Aliniament seqüències
Aliniament de seqüències realitzat amb BioEdit v.7.0.1
Resultats
154 seqüències→42 haplotips 11 haplotips nous en població Catalana Nombre mig de diferències nucleotídiques (k): 4,81703 Llocs polimorfics: 56 Singletons de dos variants: 25 Posicions informatives (Parsimònia) de dos variants: 23 Singletons de 3 variants: 1 Posicions informatives (Parsimònia) de tres variants: 7 Canvis sinònims: 39 Canvis no sinònims: 21
Aliniament SNPs per haplotip
Singleton 2 variants Posició informativa de 3variants Posició informativa 2 variantsSingleton 3 variants
Filogènia haplotips Culicoides imicola
Hap 15: Israel
Hap 26: Spain Hap 29: Spain
Hap 32: Spain
Hap 34: Portugal
Hap 37: Portugal
Hap 24: Israel
Hap 2
8: S
pain
Hap
27:
Spa
in
Hap
35:
Por
tuga
lH
ap 2
5: S
pain
Hap
33:
Por
tuga
l
Hap
8: I
srae
l
Hap
13:
Isra
el
Hap
6: I
srae
l
Hap
30:
Spa
inHap
31:
Spa
in
Hap
10:
Isra
el
Hap 9
: Isr
ael, G
reec
e
Hap 12: Israel
Hap 7: Israel
Hap 36: Portugal
Hap 11: GreeceHap 23: ItalyHap 18: Portugal
Hap 21: Spain
Hap 17: Portu
gal, Catalunya
Hap 41: Catalunya
Hap 3
8: C
atal
unya
Hap
42:
Cat
alun
ya
Hap
44:
Cat
alun
ya
Hap
22:
Ital
y, C
atal
unya
Hap
19:
Spa
inH
ap 3
9 : C
ata
lun
yaH
ap 4
5: C
atal
unya
Hap
1: I
taly
Hap
43:
Cat
alun
ya
Hap 4
: Ita
lyHap 16: P
ortugal
Hap 3: Italy
Hap 40: Catalunya
Hap 5: Portugal, Catalunya
Hap 20: Spain
Hap 2: South AfricaHap 14: South Africa
0.05
Neighbor-Joining Tree, (Bootstrap 1000 replicates)
Catalunya / Espanya / Portugal / Itàlia
Sud Àfrica
Itàlia / Grècia
Grècia / Israel
Israel
Genealogia dels haplotips (xarxa parsimònia estadística)
Catalunya / Espanya
Portugal / Italia
Grècia
Israel
Sud Àfrica
Espanya / Portugal
Marroc
TCS Software
Anàlisi filogeogràfic
GeoDis 2.4 Software: implementa anàlisis filogeogràfic de clades aniuats per separar estructura de la població de la història de la població
Anàlisi dels haplotips i les freqüències en realció a les coordenades geogràfiques i ho evalua a diferents escales geogràfiques en funció dels clades elaborats.
Top Related