Marker (Cambridge, 2002)
a sign wich shows where something is.
an action which is understood to represent or show a characteristic of a person or thing or feeling.
Marcador
Que marca (señal que se pone a una persona o cosa para reconocerla), marca registrada …
Qué es un marcador?Un marcador es considerado como un carácter cuyo patrón de herencia puede definirse en un nivel morfológico (fenotípico), bioquímico o molecular.
Se asocian marcadores con caracteres, para esclarecer la probabilidad de relación entre un locus genéticos y un carácter determinado
Marcadores moleculares
Desde el punto de vista de un análisis de relación genética los marcadores moleculares son:
Puntos específicos fijados a un cromosoma
La herencia es completamente Mendeliana
Genética
Primera ley de Mendel?
En un diploide los dos
Alelos de un gen segregan en los
gametos con igual frecuencia
individuo: Aa gametos: A 50%, a 50%
Primera ley de Mendel y frecuencias F2?F1 F1: Aa Aa
F2:
1/4AA 2/4Aa 1/4aa (codominante)
3/4A- 1/4aa (A dominante)
1/2A 1/2a1/2A 1/4AA 1/4Aa1/2a 1/4Aa 1/4aa
gametos f1 macho
gam
eto
s f1
h
emb
ra
F2: AA 1/4 Aa 2/4 aa 1/4 (codominante)
A- 3/4 aa 1/4 (A dominante)
Aa aaAA
Co-dominanteDominante
Aa aaAA
No se puede distinguir AA o Aa
Como se interpreta esto con marcadores moleculares:
Tipos de marcadores genéticos
1. Marcadores morfológicos (Efecto combinado de muchos genes y el ambiente).
Caracteres morfológicos son los más antiguos y ampliamente usados. Son profundamente afectados por fluctuaciones ambientales y por las etapas de desarrollo de la planta, así como por el vasto número de individuos a analizar.
Marcador morfológico
Visualización de los Fragmentos Amplificados
Polimorfismo
1 2 M 1 2 M
AFLP RAPD SSR
Marcadores molecularesMarcadores moleculares
Cualquier señal o traza molecular que nos permite estudiar un caracter (Fenotipo) o gen (Genotipo) asociado a este, y de herencia mendeliana (Marcador Genético) y detectada como secuencias de ADN o proteínas
Detección de variabilidad a nivel de secuencias de ADN. Fuentes de origen de MM
1. ADN cromosómico (genómico)ADN codificanteADN no codificanteADN altamente repetido
2. ADN extracromosómicoADN mitocondrialADN de cloroplastos
Procedimientos Generales en el uso de MM:
1. Extracción de DNA2. Generación de polimorfismoEnzimas de restricciónReacción PCRCombinación de los 2 anteriores (enzimas de restricción y PCR)
3. Electroforesis (horizontal, y/o vertical)4. Detección de los fragmentos Sondas marcadasBromuro de etidio, UVQuimioluminiscenciatincion en plata
5. Autoradiografía y/o fotografia6. Evaluación de los fragmentos7. Análisis estadístico
Aislamiento de DNA
‘CTAB’
Proteina/polisacaridos
DNA
+
+ cloroformoTransferir sobrenadanteMoler hojas
Eliminar isopropanol,Disolver en H20, TE
Marcos Malosetti, 2007 Wageningen University
Conceptos
Enzimas de restricción (Endonucleasas): Son proteínas que reconocen secuencias cortas de nucleótidos específicas y cortan ADN en esas zonas.
ADN
Pst I
Iniciadores (“Primers”): Es una secuencia corta de ácido desoxirribonucleótido (ADN) que se ancla a una hebra del ADN molde. El cual se requiere para la síntesis de ADN in vitro (reacción de polimerización), ya que la ADN polimerasa solo no es capaz de iniciar la polimerización de ADN .
RAPD 10-mer Set A RAPD 10-mer Set BTube A-01 5'-CAGGCCCTTC-3' Tube B-01 5'-GTTTCGCTCC-3'Tube A-02 5'-TGCCGAGCTG-3' Tube B-02 5'-TGATCCCTGG-3'Tube A-03 5'-AGTCAGCCAC-3' Tube B-03 5'-CATCCCCCTG-3'Tube A-04 5'-AATCGGGCTG-3' Tube B-04 5'-GGACTGGAGT-3'Tube A-05 5'-AGGGGTCTTG-3' Tube B-05 5'-TGCGCCCTTC-3'Tube A-06 5'-GGTCCCTGAC-3' Tube B-06 5'-TGCTCTGCCC-3'Tube A-07 5'-GAAACGGGTG-3' Tube B-07 5'-GGTGACGCAG-3'Tube A-08 5'-GTGACGTAGG-3' Tube B-08 5'-GTCCACACGG-3'Tube A-09 5'-GGGTAACGCC-3' Tube B-09 5'-TGGGGGACTC-3'Tube A-10 5'-GTGATCGCAG-3' Tube B-10 5'-CTGCTGGGAC-3'Tube A-11 5'-CAATCGCCGT-3' Tube B-11 5'-GTAGACCCGT-3'Tube A-12 5'-TCGGCGATAG-3' Tube B-12 5'-CCTTGACGCA-3'Tube A-13 5'-CAGCACCCAC-3' Tube B-13 5'-TTCCCCCGCT-3'Tube A-14 5'-TCTGTGCTGG-3' Tube B-14 5'-TCCGCTCTGG-3'Tube A-15 5'-TTCCGAACCC-3' Tube B-15 5'-GGAGGGTGTT-3'Tube A-16 5'-AGCCAGCGAA-3' Tube B-16 5'-TTTGCCCGGA-3'Tube A-17 5'-GACCGCTTGT-3' Tube B-17 5'-AGGGAACGAG-3'Tube A-18 5'-AGGTGACCGT-3' Tube B-18 5'-CCACAGCAGT-3'Tube A-19 5'-CAAACGTCGG-3' Tube B-19 5'-ACCCCCGAAG-3'Tube A-20 5'-GTTGCGATCC-3' Tube B-20 5'-GGACCCTTAC-3'
La reacción en cadena de la Polimerasa (Polymerase Chain Reaction - PCR): Es una técnica in vitro de amplificación enzimática del ADN. Mediante el cual se obtiene millones de copias de secuencias específicas del genoma de un organismo.
ciclos, consta de 3 pasos:1. Denaturación: es una denaturación termal de la
muestra de ADN, a 94- 95°C.2. Anclaje de iniciadores (Renaturación): la
temperatura de la mezcla es enfriada hasta los 35-60°C.
3. Síntesis (polimerización): La temperatura es elevada a 70 - 85 °C, la temperatura óptima (72°C)
Los componentes de amplificación para la reacción PCR son:
•primers sintéticos, que son regiones complementarias a las cadenas opuestas que flanquean a la región de ADN blanco que se desea amplificar.• Una secuencia blanco en una muestra de ADN •Una enzima, la ADN Polimerasa termoestable que pueda resistir altas temperaturas de calentamiento (95° C a más).• Los cuatro deoxiribonucleótidos (dNTPs).• Un buffer para darle las condiciones adecuadas al sistema en conjunto.
2x-2x, x= número ciclos
Preparación de gel para electroforesis
Electroforesis: Es el movimiento de una partícula cargada (ion) en un campo eléctrico. El movimiento se realiza en medio líquido que está sostenida por sustancia sólida inerte, como papel o gel semisólido.
Sistema de marcadores DNA
DNA*******
probe
Basados en hibridaciónBasados en hibridaciónRFLP, VNTR,
oligonucleotide fingerprinting
RFLP, VNTR,oligonucleotide fingerprinting
Basados en amplificaciónBasados en amplificación DNA
RAPD, DAF, AFLP, SSR,MP-PCR, ISSR, IRAP, REMAP,
STS, SCAR, CAPS
RAPD, DAF, AFLP, SSR,MP-PCR, ISSR, IRAP, REMAP,
STS, SCAR, CAPS
Basados en secuenciamientoBasados en secuenciamientoATTAGTCTTACCTAGGAATCGATTTAATCAGAATGGATCCTTAGCTAA
EST, SNP,DNA microarray
EST, SNP,DNA microarray
Gupta et al., 1999
Tipo de polimorfismo
Alta resolucion:
Al nivel de par de bases
Baja resolucion:
Al nivel de fragmentos de restriccion o fragmentos amplificadosRFLP RFLP RAPDRAPD AFLP AFLP SCARSCARCAPSCAPSSSR SSR i-SSR i-SSR
+ Enzimas de restricción = digestión
Electroforesis en geles de agarosa
DNA genómico
Southern Blot
Esponja
Gel
Membrana
Papel toalla
Membrana con DNA transferido
Hibridación con sonda
Perfil de polimorfismo obtenido
RFLP
Esta técnica se vale de la capacidad que tienen las enzimas de restricción para poder reconocer secuencias especificas a lo largo del genoma, de modo que una mutación puntual dentro del sitio de restricción resultará en la pérdida o ganancia de una secuencia de reconocimiento, dando origen a un fragmento de restricción de diferente longitud a la del original.
Las mutaciones causadas por una inserción, deleción o inversiones en el DNA también llevan a variación en la longitud de los fragmentos de restricción.
Los fragmentos del genoma generados por las enzimas de restricción son separados en un gel de agarosa para luego ser transferidos a un soporte sólido que puede ser una membrana de nylon o nitrocelulosa.
La transferencia de los fragmentos de DNA desde la matriz de agarosa hasta la membrana se realiza por capilaridad.
Una vez que se encuentran en el soporte sólido, el DNA digerido y separado, puede ser hibridizado con una sonda (DNA de una sola hebra) que debe estar marcada para su fácil detección.
La sonda se hibridará en el lugar donde encuentre la zona complementaria a su secuencia. Para hacer visible el lugar donde se ha hibridado la sonda, ésta debe tener algún tipo de señal (marcaje)
RFLP
Obtención de marcadores RFLP.
Random Amplified Polymorphic DNA
RAPDRAPD
Amplificación de ADN anónimo con cebadores de secuencia arbitraria
Temperatura de Hibridizacion: 36-42C
RAPD: iniciaodores unicos , cortos y aleaoritos
Consiste en la amplificación mediante PCR de un ADN anónimo, utilizando para ello un cebador de secuencia arbitraria
Normalmente se usa un solo iniciador de 10 nucleótidos de longitud
RAPD:AMPLIFICA MULTIPLES REGIONES (MULTILOCI)
Correspondencia entre fragmentos amplificados y bandas en un gel
_
+
Los RAPDs son marcadores dominantesLos RAPDs son marcadores dominantes
1
3
2
1 2 3AAAA
aaAA
aaaa
AAAA AaAa aaaa
L2
Individuo 1 Individuo 2 Individuo 3
L6 L2
L1L5
L3
L4
L6
L1
L5 L4
L6 L2
L1L4
Electroforesis
L1
L2
L3
L4
L5
L6
1 2 3
Perfil de amplificación
Reacción
PCR
L2
Individuo 1 Individuo 2 Individuo 3
L6 L2
L1L5
L3
L4
L6
L1
L5 L4
L6 L2
L1L4
Electroforesis
L1
L2
L3
L4
L5
L6
1 2 3
Perfil de amplificación
Reacción
PCR
Desventajas
Problemas de reproducibilidad Presencia de homoplasia en las bandas Nivel de información limitada debido a su
naturaleza dominante (no se puede diferenciar un heterocigoto de un homocigoto, el locus se reduce a un solo alelo)
Ventajas Requiere baja cantidad de DNA Facil de obtener Aplicabilidad a cualquier genoma Bajo costo
RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA)
Reaccion PCR
Primers deben encontrar secuencias complementarias entre 200 – 2500 pb
Tincion (bromuro de etidium)
RAPDReaccion PCR
Electroforesis
Tinción y visualización de los fragmentos de amplificación
Polimorfismo con la técnica RAPD
Amplified Fragment Amplified Fragment Length PolymorphismLength Polymorphism
AFLPsAFLPs
ADN Genómico
Digestión
Ligación
PCR1:Preamplificación
Pcr2:Amplificación selectiva
Electroforesis
AutoradiografíaTinción Nitrato de plata
Mse adapterEco adapter
Mse primer
N
NEco primer
Eco RI Mse I
Mse primerNNN
NNNEco primer
MetodologíaMetodología de obtención de Marcadores AFLPde obtención de Marcadores AFLP
GAATTC TTAA
CTTAAG AATT
Principios de la técnica AFLP
1. Digestión del ADN Genómico
Eco RI Mse I
AATTC T
G AAT
Liberación de fragmentos con terminales Eco RI y Mse I
TTAA TA
Adaptador Eco RI Adaptador Mse I
2. Ligación con adaptadores de secuencia conocida
AATTCN NTTA TTAAGN NAAT
Adaptador EcoRI: 5’-CTCGTAGACTGCGTACC CATCTGACGCATGGTTAA-5’
Adaptador Msel: 5’-GACGATGAGTCCTGAG TACTCAGGACTCAT-5’
AATTCN NTTA TTAAGN NAAT
3. Amplificación preselectiva5 T
G 5
AATTCTNN NNCTTA TTAAGANN NNGAAT
AATTCTNN NNCTTA TTAAGANN NNGAAT
5’ TTG
AGG 5’
AATTCTTG TCCTTA TTAAGAAC AGGAAT
4. Amplificación selectiva
Electroforesis en geles de poliacrylamida
Primer EcoRI+1(E+1): 5’-GACTGCGTACCAATTCN Primer Msel+1 (M+1): 5’-GATGAGTCCTGAGTAAN’
Obtención de marcadores AFLP
Polimorfismo en Arracacha, según la combianción de los iniciadres E-AAC/M-CTT.
Desventajas
Presencia de homoplasia en las bandas Nivel de información limitada debido a su
naturaleza dominante
Ventajas Reproducibles Elevado número de bandas obtenidas por gel No se necesita información previa para su
desarrollo (sondas o iniciadores específicos)
Raul Blas
Simple Sequence RepeatSimple Sequence Repeat
SSRSSR
Sinónimos
MicrosatélitesSTR - Short Tandem Repeat STMS - Sequence Tagged Microsatelite SiteSSLP - Simple Sequence Length Polymorphism
Fragmentos de ADN formados por unidades repetitivas Fragmentos de ADN formados por unidades repetitivas de secuencia simple.de secuencia simple.
Estas unidades o motivos se componen de 1 a 6 pares Estas unidades o motivos se componen de 1 a 6 pares de bases y su grado de repetición es relativamente bajo.de bases y su grado de repetición es relativamente bajo.
Se utilizan un par de iniciadores (20 pb aprox) para su Se utilizan un par de iniciadores (20 pb aprox) para su amplificaciónamplificación
¿Que son microsatélites?¿Que son microsatélites?
TTTTTTTTTT = T10
AGAGAGAGAGAG = AG6
CATCATCATCATCATCAT = CAT6
TAGTTAGTTAGTTAGTTAGTTAGT = TAGT6
MononucleotidoDinuclotidoTrinucleotidoTetranucleotido
ADNgenómico
......CAGCCCGTAAATGTATCCATCATTAGCTTTCGATAAAGACCATCT C TCTCTCTC TCT CTC TCTCTC T CT CTGTGAAACCCAGTTGAATTAGAATTTTGAATTT......
......GTCGGGCATTTACATAGGTAGTAATCGAAAGCTATTTCTGGTAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACACTTTGGGTCAACTTAATCTTAAAACTTAAA......
Microsatélite
(TC)14
http://www.personal.psu.edu/faculty/j/e/jec16/Image02.htm
OBTENCION DE MICROSATELITESOBTENCION DE MICROSATELITES
Tipos de SSR
Perfectos: (CA)n
Imperfectos: (CA)n – CCA – (CA)m
Compuestas: (CA)n (TG)m
Compuesta interrumpido: (CA)n –TG-(TG)m
Compleja: (CA)n –TG-(TG)m (TA)r
n, m y r = número de repeticiones del motivo
GTn los mas extendidos en genoma de mamíferos
Atn la mas extendida en genoma de vegetales
GAn mas abundante en cebada y arroz
I
II
III
PCR en P1, 3 y 6
I
II
III
PCR en P2, 2 y 5
IBT
Gene Amp
F1 F2 F31
47
5 680 ce
9enter
stop 2 3F4 F5
III
III
PCR en 1 y 4
100 pb
1000 pb
M P1 P
2 1 2 3 4 5 6
Marcadores microsatéliteEtapas de la técnica SSR incluyen:
Huamani, 2008
1. Reacción PCR, con dos iniciadores especificos para un locus SSR
2. Electroforesis en geles Poliacrilamida o agarosa (casos muy limitados)
ATATATATATATATATATATATAT
ATATATATATATATATAT
AT12
AT9
DNA individuo 1
DNA individuo 2
Región Conservada
Iniciador 2
Región conservada
Iniciador 1
ATATATATATATATATATATATAT
ATATATATATATATATAT
AT12
AT9
DNA individuo 1
DNA individuo 2
Región Conservada
Iniciador 2
Región conservada
Iniciador 1
Los SSR son marcadores Los SSR son marcadores codominantescodominantes
1
2
3
4
5
1 2 3 4 5
Extrategias de desarrollo de iniciadores SSR
1. Clonamiento, secuenciamiento y diseño de iniciadores
2. Identificación de primers microsatélite a partir de marcadores ISSR
3. Búsqueda de marcadores SSR en la base de datos del Genbank.
4. Transferibilidad de otras especies afines (empleo de iniciadores disponibles)
Poseen alta variabilidad en sus loci, apropiado Poseen alta variabilidad en sus loci, apropiado para los análisis de diversidad genética.para los análisis de diversidad genética.
Se encuentran distribuidos por todo el genoma Se encuentran distribuidos por todo el genoma permitiendo hacer un buen muestreo genético permitiendo hacer un buen muestreo genético del material en estudio. del material en estudio.
Ventajas
DesventajasSu caractierizacion es especifica por especieSu caractierizacion es especifica por especie
Su identificacion(descubrimiento) y hacerlo Su identificacion(descubrimiento) y hacerlo usable es costoso. Requiere secuenciamiento de usable es costoso. Requiere secuenciamiento de librerias de DNAlibrerias de DNA
Aplicacion de marcadores molecularesAnalisis de la diversidad genetica
Herencia y mapeo
Genes candidatos
Herramienta de seleccion: Seleccion asisitida por marcadores moleculares (MAS)
Raul Blas, 2010
Fases sucesivas en la creación de una nueva variedad
1. Gestion de recursos
2. Cambios en los genotipos
3. Selección (selección estabilizadora),
4. Multiplicación del genotipo mejorado
Poblaciones naturales, variedades nativas, …
Idiotipo
Contexto:AgronomicoIndustrialAlimenticiosocial
Objetivos
BiologiaTecnologiaTiempoMaterialesPresupuesto
Ganancia genética
Métodos de mejoramiento
Mejoramiento genetico de plantas
Fases sucesivas en la creación de una nueva variedad
1. Gestion de recursos genéticos
2. Cambios en los genotipos
3. Selección (selección estabilizadora),
4. Multiplicación del genotipo mejorado
Es la selección indirecta por la presencia o ausencia de un fenotipo o componente fenotípico deseado, basado en la secuencia o patrones de banda de los marcadores moleculares ubicadas dentro o cerca de genes que controlan el fenotipo.
La secuencia polimorfico o patron de banda del marcador molecular es indicativo de la presencia o ausencia de un gen específico o segmento cromosomal que es conocido y que lleva un alelo deseado.
Selección asistida por marcadores moleculares – Molecular assisted selection (MAS)
Capel et al. (2000)
Es la posibilidad de disponer de marcadores ligadas a los genes implicados en la variacion de los caracteres seleccionados.
MAS tiene los siguientes objetivos:
•Dirigir las recombinaciones para acumular en un mismo genotipo los genes o segmentos cromosomicos favorables
•Facilitar la selección (selección eficaz)
… Molecular assisted selection (MAS)
Aspectos a considerar en MAS
•Distancia genética (Mapas de ligamiento)
Marcadores asociados con caracteres de interes (< 5cM) (Kelly, 1995)
En algunos cultivos existen mapas bien definidos y densos : Arroz, maiz, trigo, tomate, papa
•Modo de herencia (Calidad marcador)
Codominantes (capacidad de identificar los genotipos)
•Tipo de marcador
•Material genético
Generación de un mapa genético
Mapa genético: Representacion de marcadores/ genes en los cromosomas (orden + distancias)
Requisitos:– poblaciones segregantes
– Determinación de los genotipos de los marcadores
– Estimación de las frecuencias de recombinación entre todos los pares de marcadores
– Determinación de grupos asociados
– Determinación el orden por grupo de asociación
Tamaño de la población
Determinado por el numero de semillas y de marcadores disponibles, es importante establecer el numero minimo de individuos a utilizar para conocer la precision del calculo de las frecuencias de recombinacion que permitan construir un mapa fiable.
Usualmente la progenie a evaluar se cosntitule de >100 individuos a fin de reducir el error estandar
Otros autores consideran suficiente un numero de 50 individuos
Poblacion de mapeo
Los descendientes mas usados tienen como punto de partida dos parentales homocigotas, esto por cruzmiento produce f1 todos identicos y heterocigotas para todo los locus que han sido fijados alelos diferentes en los parentales
Se debe buscar parentales geneticamente bien alejadas para que el numero de locus polimorficas no sean limitantes
Tres tipos principales de poblacion de cartografia pueden ser derivados de estos cruzamientos
AA BBx
F1
BC1F1 F2 RIL DH
AB
AB, BB AA, BBAA, AB? BBAA, AB, BB
duplicacionF1xBB X
XX
XX
X
Retrocruza: BC1F1
Poblacion segregante filial 2: F2
Lineas endogamicas recombinantes: RILs
Lineas de haploides duplicados: DH
Tipos de poblaciones para mapeo
Determinación del orden
Ejemplo: Par Frecuencia de Recombinación
---- ------------- A-B 0.1 B-C 0.1
A-C 0.2 A B C +----------+----------+ <- 0.1 -> <- 0.1 -> <- 0.2 ->
No es posible otro orden!!!
Ejemplo con tres marcadores
• Tabla de conteo de recombinaciones• Marcador 1 <–> Marcador 2 = 30
• Marcador 1 <–> Marcador 3 = 15
• Marcador 2 <–> Marcador 3 = 20
– Cuáles son las posibilidades?
M1 M2 M3 M1 M3 M2 M2 M1 M3
30 20
15 30 20
15 20 30 15
Marcador 10
Marcador 314
Marcador 233
Tres marcadores
Gebhart (2004)
Determinacion de sexo en plantas
Phoenix dactylifera L
Ubicacion taxonomica:Family:Palmaceae
Sub-family: Coryphyoideae
Tribe:Phoeniceae
Genus: PhoenixEl genero Phoenix, presenta ~ 12 especies, incluida
CONVERTIR LOS MARCADORES AFLP A SCAR
Secuenciar el fragmento y elaborar iniciadores especificos
SCARSCAR““Sequence-characterized amplified regions”Sequence-characterized amplified regions”
AplicacionesAplicaciones
Búsqueda de co-dominanciaBúsqueda de co-dominancia• Selección asistidaSelección asistida• Análisis de asociaciónAnálisis de asociación
Aplicabilidad de marcadores PVY-LB para mejoramiento
Objectivos:
Identificación de clones con el gen Ry adg y Rysto para
inmunidad a PVY.
Identificación de clones con genes R dem o R blb o QTLs (que
gobiernen un alto porcentaje de la resistencia observada) para resistencia rancha (tizón).
Material vegetal
Se analizó en total 61 clones, mas 5 controles:
36 clones avanzados resistentes y/o tolerantes a TT y PVY:
población B3población LTVR hibridos somaticos
25 cultivares nativos (Huanuco) de adg, gon y phu:
14 clones resistentes a LB
11 clones susceptibles a LB
Métodos:
Se utilizaron marcadores alelo-específicos (iniciadores-SCARs, CAPs) seleccionados en CIP and Max Plant Institute:
Identificación de clones con resistencia a PVY
Se han identificado y validado 4 iniciadores:
•Adg: RYSC3
•stolon (M5, M6 y M17)
Marker Ry-linked polymorphism
Primer name
Sequence
RYSC3 3.3.3S 5’-ATA CAC TCA TCT AAA TTT GAT GG-3’ Adg23R 5’-AGG ATA TAC GGC ATC ATT TTT CCG A-3’ M5 MseI, Tru M5-m GCT GTT CAC AAT GGG AAC ATG G M5-p CAT ACA AAC TAC TTC TAC CAC G M6 Rsa I M6Rsa TCC GAA ATG TTT GGG CTG ACA TC M6Taq AAG GGA TCC AAA AAG GTG GTT CA M17 Pst I M17-m GAC TGC TTT CTC TCC ACG TGG C M17-1 GAT CAC AGA TGT TTT ACC TTC GAT G
Primers and its sequences used in genotipes screening
Resultados
M= marcador de peso molecular (cada 100pb), la flecha indica el marcador con un peso molecular de 400bp
M M M
Tamizado para PVY
Perfil de amplificación para 14 clones (primer M5)
... Tamizado para PVY
Perfil de amplificación para 18 clones (primer M17)
Identificacion de genes para resistencia a la rancha
S. phurejaClon 618
S. circaeifoliumCIP-761030
(6b.25; 6b.39)
F1
plantulas (~300)
Analisis fenotipico Analisis molecular
invernadero campo
Analisis de datos, mapeo
AFLP SSR
selected clones
Estrategia de trabajo para mapeo genetico
x
92
•Extraccion de DNA
•PCR (amplificacion del marcador de interes)
•Electroforesis
•Visualizacion de DNA
•Evaluacion de polimorfismo (lectura de geles)
•Descarte de individuos sin alelo de interes
•Plantas seleccionadas
Procedimiento para la aplicacion de MM en la seleccion: MAS
Identificación de progenies hibridas
MM como herramienta en Mejoramiento
Confiabilidad y repetibilidad
Marcadores con estrecho ligamiento a genes de caracteristicas importantes
Muy importante para caracteristicas dificiles (aquellas que no pueden ser facil o confiablemente medidos usando metodologias tradicionales (e.g. resistencia a nematodes…)
Otros pueden no ser visibles o solo detectados en plantas maduras
Otros son muy dificiles o costosas para el tamizado
La posibilidad de manejar poblaciones de mejoramiento de gran tamaño (en espacio reducido)
Limitaciones de la Tecnica MAS
Mapa genetico denso para el cultivo
Marcador ligado al gen (<5 cM)
Equipamiento
Tecnicos calificados para lab.
Producción de semillas y uso de marcadores moleculares
Caracterización de cultivares
Pureza genética de cultivares
Dos cultivares de soya
Identificación de variedades
Pureza genética
Conclusion:
Marcadores moleculares pueden tener numerosas aplicaciones en los diferentes fases de la seleccion:
Optimizacion de la conservacion de recursos geneticos
Seleccion de los parentales
Identificacion de alelos interesantes
Construccion de genotipos acumulando alelos interesantes
Finalmente, los MM dispone al mejorador para gestionar y valorizar la variabilidad genética
La selección asistida por marcadores y la selección fenotípica tradicional no son estrategias excluyentes y los programas de mejoramiento genético de mayor eficiencia se logran mediante una combinación de ambas estrategias.
Consideración
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