Winmostar チュートリアル チュートリアル Amber 基礎編 V8.000 株式会社クロスアビリティ [email protected] 2017/10/01
Winmostar - Quantum ESPRESSO Tutorial 3FPMD...Tutorial 3 第一原理MD V6.016...
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Winmostar - Quantum ESPRESSO
Tutorial 3第一原理MD
V6.016
株式会社クロスアビリティ
2016/06/01
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修正履歴2016/04/01版
• 初版
2016/4/20版
• スクリーンショットを最新版に差し替え
2016/6/1版
• 動作環境設定を追加、V. 6.016対応
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Contents
I. 分子のモデリング
II. 周期境界の作成
III. 電子状態のエネルギー極小化計算
IV.エネルギーの時間変化の表示
V. 原子核の構造最適化計算
VI.温度一定のMD計算
VII.アニメーション表示
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動作環境設定
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Quantum ESPRESSOインストールマニュアルhttps://winmostar.com/jp/QE_install_manual_jp_win.pdf
に従い、Quantum ESPRESSOをインストールする。
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I. 分子のモデリング
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メイン画面上にてCH4分子をモデリングする。
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II. 周期境界の作成
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「MD>LAMMPS>キーワード設定」を選択する。「Auto Generate」をクリックし、「OK」をクリックする。
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「固体>Quantum ESPRESSOキーワード>設定」を選択する。
III. 電子状態のエネルギー極小化計算1
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III. 電子状態のエネルギー極小化計算2
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「Output Directory」に「Create」を選び、一旦「Preset」に「SCF」をセットした後、「Calculation」に「MD」、「Electron Dynamics」に「sd」を指定し、Setをクリックする。「固体>Quantum ESPRESSO実行」を選択する。保存するファイル名を聞かれるので、入力して保存すると、計算が開始される。
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IV. エネルギーの時間変化の表示1
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計算終了後、「固体>インポート>Energy Plot(evp)」を選択し、デフォルトで選ばれるフォルダを選択する。
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IV. エネルギーの時間変化の表示2
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Energy Plotウインドウでekinc(電子の仮想運動エネルギー)、etot(電子の静電ポテンシャルエネルギー)、econt(全エネルギー)にチェックを入れ、Drawをクリックし、右図のようにエネルギーが低下する様子を取得する。
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V. 原子核の構造最適化計算
112016/6/1
「固体>Quantum ESPRESSOキーワード>設定」にて、「Output Directory」に「Continue」、「Ion Dynamics」に「sd」、「Electron Dynamics」に「damp」を指定し、「Set」をクリックする。その後「固体>Quantum ESPRESSO実行」から計算を実施する。計算終了後、前スライド同様に「固体>インポート>Energy Plot(evp)」で確認する。
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VI. 温度一定のMD計算
122016/6/1
「固体>Quantum ESPRESSOキーワード>設定」にて、「Ion Dynamics」と「Electron Dynamics」に「verlet」を指定し、「Set」をクリックする。その後、「固体>Quantum ESPRESSO実行」から計算を実施する。
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計算の終了後、「固体>インポート>Animation(pos)」を選択。デフォルトで選ばれるファイルを選択する。
VII. アニメーション表示1
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再生ボタン(|>)をクリックし各ステップの様子を確認する。
VII. アニメーション表示2
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