VL Algorithmische BioInformatik (19710) WS2013/2014 Woche 16 - Mittwoch
description
Transcript of VL Algorithmische BioInformatik (19710) WS2013/2014 Woche 16 - Mittwoch
VL Algorithmische BioInformatik (19710)WS2013/2014Woche 16 - Mittwoch
Annkatrin BressinFreie Universität Berlin
Vorlesungsthemen
Part 1: Background Basics (4) 1. The Nucleic Acid World 2. Protein Structure 3. Dealing with Databases
Part 2: Sequence Alignments (3) 4. Producing and Analyzing Sequence Alignments 5. Pairwise Sequence Alignment and Database Searching 6. Patterns, Profiles, and Multiple Alignments
Part 3: Evolutionary Processes (3) 7. Recovering Evolutionary History 8. Building Phylogenetic Trees
Part 4: Genome Characteristics (4) 9. Revealing Genome Features 10. Gene Detection and Genome Annotation
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 2
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014
• Wiederholung der Vorlesungsthemen• Gliederung• Blöcke:
• Part 1: Background Basics
• Part 2: Sequence Alignments
• Part 3: Evolutionary Processes
• Part 4: Genome Characteristics
• Part 5: Secondary Structures
• Part 6: Tertiary Structures
• Part 7: Cells and Organisms
• Pro Block:• Themen / Mind-Maps der zugrundeliegenden Buchkapitel
• Wichtigste Stichwörter der jeweiligen Vorlesungen als Word-Cloud
• Beispiel-Fragen der Probeklausur
Heute
Block 1Block 1Background BasicsBackground Basics
Topics:
1. The Nucleic Acid World 2. Protein Structure 3. Dealing with Databases
Kapitel 1,2,3Kapitel 1,2,3
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014
Kapitel 1 - Themen
Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014
Kapitel 2 - Themen
Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014
Kapitel 3 - Themen
Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Woche 1 - Montag
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 8
Einführung
Woche 1 - Mittwoch
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 9
Wiederholung: Molekular-Biologische Grundlagen
Woche 2 - Montag
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 10
Wiederholung: Proteinstrukturen, Einführung (biologische) Datenbanken
Woche 2 - Mittwoch
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 11
Vertiefung: (Biologische) Datenbanken, Webservices, BioJava
Beis
pie
l-Fra
gen
Block 2Block 2Sequence AlignmentsSequence Alignments
Topics:
4. Producing and Analyzing SequenceAlignments
5. Pairwise Sequence Alignment andDatabase Searching
6. Patterns, Profiles, and Multiple Alignments
Kapitel 4,6Kapitel 4,6
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014
Kapitel 4 - Themen
Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014
Kapitel 6 - Themen
Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Woche 3 - Montag
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 16
Wiederholung: Sequence Alignment
Woche 3 - Mittwoch
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 17
Einführung: Patterns & Profiles
Beis
pie
l-Fra
gen
Block 3Block 3Evolutionary ProcessesEvolutionary Processes
Topics:
7. Recovering Evolutionary History 8. Building Phylogenetic Trees
Kapitel 7,8Kapitel 7,8
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014
Kapitel 7 - Themen
Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014
Kapitel 8 - Themen
Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Woche 4 - Mittwoch
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 22
Einführung: Phylogenetische Bäume
Woche 5 - Montag
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 23
Vertiefung: Phylogenetische Bäume Evolutionary Distances, Generating Single Trees
Woche 5 - Mittwoch
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 24
Vertiefung: Phylogenetische BäumeGenerating Multiple Tree Topologies, Tree Evaluation
Woche 5 - 3
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 25
Vertiefung: Phylogenetische BäumeStatistical Methods for Tree Evaluation
Beis
pie
l-Fra
gen
Block 4Block 4Genome CharacteristicsGenome Characteristics
Topics:
9. Revealing Genome Features 10. Gene Detection and Genome Annotation
Kapitel 9,10Kapitel 9,10
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014
Kapitel 9 - Themen
Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014
Kapitel 10 - Themen
Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Woche 6 - Montag
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 30
Einführung: Gene Finding
Woche 6 - Mittwoch
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 31
Vertiefung: Gene Detection in Prokaryotes
Woche 7 - Montag
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 32
Vertiefung: Gene Detection in Eukaryotes
Woche 7 - Donnerstag
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 33
Einführung: Genome Sequencing, Assembly and Comparison
Beis
pie
l-Fra
gen
Block 5Block 5Secondary StructuresSecondary Structures
Topics:
11. Obtaining Secondary Structure from Sequence
12. Predicting Secondary Structures
Kapitel 11,12Kapitel 11,12
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014
Kapitel 11 - Themen
Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014
Kapitel 12 - Themen
Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Woche 8 - Montag
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 38
Einführung: Secondary Structure from Sequence
Woche 8 - Mittwoch
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 39
Vertiefung: Statistical Methods for Secondary Structure Prediction
Woche 9 - Montag
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 40
Guest Lecture: Repeat Resolution for Genome Assembly (Prof. Reinert)
Woche 9 - Mittwoch
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 41
Vertiefung: Neural Networks for Secondary Structure Prediction
Woche 10 - Montag
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 42
Vertiefung: Neural Networks for Secondary Structure Prediction, Prediction Methods for Special Secondary Structures
Woche 10 - Mittwoch
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 43
Vertiefung: RNA Secondary Structure Prediction
Beis
pie
l-Fra
gen
Block 6Block 6Tertiary StructuresTertiary Structures
Topics:
13. Modeling Protein Structure 14. Analyzing Structure-Function Relationships
Kapitel 13,14Kapitel 13,14
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014
Kapitel 13 - Themen
Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014
Kapitel 14 - Themen
Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Woche 11 - Montag
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 48
Einführung: Modeling Protein Structures, Potential Energy, Force Fields, Threading Homology Modeling
Woche 11 - Mittwoch
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 49
Vertiefung: Homology Modeling
Woche 12 - Montag
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 50
Vertiefung: Threading
Woche 12 - Mittwoch
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 51
Vertiefung: Structure Comparison
Woche 13 - Montag
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 52
Vertiefung: Binding Site Detection, Docking
Beis
pie
l-Fra
gen
Block 7Block 7Cells and OrganismsCells and Organisms
Topics:
15. Proteome and Gene Expression Analysis 17. Systems Biology
Kapitel 15,17Kapitel 15,17
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014
Kapitel 15 - Themen
Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014
Kapitel 17 - Themen
Nicht alle Themen kamen in der VL dran!Nicht alle Themen kamen in der VL dran!
Woche 13 - Mittwoch
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 57
Einführung: Gene / Microarray Expression Analysis
Woche 14 - Montag
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 58
Vertiefung: Gene / Microarray Expression Analysis; Quality Control, Preprocessing, Normalization, Self-organizing Maps for clustering and classification
Woche 14 - Mittwoch
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 59
Einführung: Protein Expression Analysis,2D GE, Mass Spectrometry
Woche 15 - Montag
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 60
Vertiefung: Protein Expression Analysis; Mass Spectrometry, Algorithms for analysing MS data
Woche 15 - Mittwoch
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 61
Vertiefung: Protein Expression Analysis, Peptide Mass Fingerprinting; Einführung: Systems Biology
Woche 16 - Montag
Tim Conrad, VL Algorithmische Bioinformatik, WS2013/2014 62
Vertiefung: Systems Biology
Beis
pie
l-Fra
gen