EBI is an Outstation of the European Molecular Biology Laboratory.

Demonstration of the ChEMBL database ケンブルデータベースの利用方法

Kaz Ikeda 池田 和由

24th July 2012@British Embassy

What is ChEMBLdb? / ケンブルとは？

• 医薬品及び開発化合物（drug-like cmpds）のデータベース

• 無料で検索＆ダウンロード可能

• 化合物の二次元構造, プロパティ

• SAR情報

• ターゲット（タンパク質など）情報

• 過去約30年間のMedChem論文

• PubChem, DNDiなどの外部データ

• FDA承認薬

• セキュアな接続（HTTPS）

ChEMBLインターフェース（日本語）

ケンブルWikipedia

https://www.ebi.ac.uk/chembldb

ChEMBLdb

ChEMBLデータへのアクセス方法

Website ウェブサイト

Web Services プログラム

Widgets ウィジェット

Downloads ダウンロード

ChEMBLのトップページ

Searching

Tools 検索ツールと

各種タブ機能

Hyperlinks to

other ChEMBL

databases and

downloads

他の

DBへ

リンク

ChEMBL Blog ブログ・最新情報

ChEMBLの検索ページとタブ機能

Compound Search 化合物検索

Protein Sequence Search

配列検索

Browse Targets

ターゲット検索

Browse Drugs

医薬品検索

Protein Sequence Search 配列検索

Pasted FASTA file

アミノ酸配列

Browsing by protein family ターゲットブラウザ

Dynamic pie-chart

showing proportion

of targets in each

family Family tree browser for

ChEMBL protein targets

トップページからの検索の例

• Gleevec

• Adenosine A2a

• Hepatotoxicity

化合物 ターゲット アッセイ

化合物スケッチ（JME, Marvin, JDraw）

Where else to search 様々な検索フィールド

化合物のIDリスト

Marketed Drugs / 医薬品情報

Drug class

Small molecule,

peptide, antibody

etc.

Rule of Five

compliant

First-in-class?

Oral

Delivery? Parenteral

Delivery?

Topical

delivery?

Single Enantiomer? Prodrug?

Boxed

warning

?

• FDA承認薬の情報はOrange Bookから抽出

• 最新の医薬品情報（Recent Drug Approvals）は随時ブログで更新

ドラッグ

アイコン

ケンブルの検索方法

DEMONSTRATION

ChEMBL Hands-on

Case 1

•Search for Target: ターゲット検索

• 創薬標的の既知化合物・SAR情報の収集・サマライズ

Case 2

•Search for Compound: 化合物検索

• 類似化合物情報の収集

Case 3

•Search for Assay: アッセイ検索

• 疾患関連及びADMEアッセイ情報の収集

Case 4

•Search for Marked Drugs: 医薬品検索

• 医薬品の分類・検索、最新承認薬情報の収集

Searching Targets: ターゲット検索 ”Adenosine A2a”

Searching Targets: ターゲット検索 ”Adenosine A2a”

Identify Potent Compounds

IC50<10nM

Bioactivity Filter: 高活性化合物情報の抽出

Searching Compounds: 化合物検索 “Aricept”

ケミカルオントロジー

臨床試験データへのリンク

ウェキペディア

External Linking: 外部リンクへのアクセス

Select “Aricept” structure

and use as query

Do similarity search

>=70%

Searching Disease-related Assays: アッセイ検索

Searching Marked Drugs: 医薬品検索

（検索条件） 低分子

+経口

+承認年02以降

+ファースト・イン・クラス

Searching Marked Drugs: 医薬品検索

（検索条件） モノクローナル抗体薬

名前にmabを含む

その他のサービス

OTHER SERVICES

Web Services / ウェブサービス

• プログラム（JAVA, Perl, Python）からのアクセスが可能(Compound, Assay, Target Search)

• 例：CHEMBL_IDによる化合物検索

• https://www.ebi.ac.uk/chemblws/compounds/CHEMBL1

The ChEMBL-og- / 最新情報

• ChEMBLブログ

• http://chembl.blogspot.co.uk

Help and Feedback / ヘルプとフィードバック

• ケンブルFAQ

• www.ebi.ac.uk/chembldb/index.php/faq

• お問い合わせ

• ケンブルヘルプ:

chembl-help@ebi.ac.uk

• データエラーの質問:

chembl-data@ebi.ac.uk

• ケンブルアナウンスへの登録:

chembl-announce

Acknowledgment / 謝辞

Mark Davies*

Shaun McGlinchey

Yvonne Light*

Louisa Bellis*

Ruth Akhtar

Francis Atkinson**

Gerard van Westen

Patricia Bento

George Papadatos**

Jon Chambers**

Anna Gaulton**

Anne Hersey**

John Overington* **

(前職が企業研究者* ファーマ出身**)