Tata Nama Enzim
-
Upload
ignatius-eaton -
Category
Documents
-
view
246 -
download
12
description
Transcript of Tata Nama Enzim
![Page 1: Tata Nama Enzim](https://reader030.fdocuments.net/reader030/viewer/2022033008/568133fb550346895d9af073/html5/thumbnails/1.jpg)
Tata Nama Enzim
![Page 2: Tata Nama Enzim](https://reader030.fdocuments.net/reader030/viewer/2022033008/568133fb550346895d9af073/html5/thumbnails/2.jpg)
• Biasanya diberi akhiran –ase pada nama substrat atau reaksi yang dikatalisis
• Contoh:Alkohol dehidrogenase: oksidasi alkoholUrease: hidrolisis ureaDNA polimerase: polimerisasi nukleotidaProtease: hidrolisis peptidaMetiltransferase: transfer gugus metil
![Page 3: Tata Nama Enzim](https://reader030.fdocuments.net/reader030/viewer/2022033008/568133fb550346895d9af073/html5/thumbnails/3.jpg)
• Bagaimana dengan? Katalase: reaksi H2O2 menjadi H2O dan O2
Tripsin: Protease, Endopeptidase
• PERLU ADA ATURAN PERLU CARA SISTEMATIS UNTUK MEMBERI NAMA DAN KLASIFIKASI ENZIM
• International Union of Biochemistry dan Molecular Biology (IUBMB)
![Page 4: Tata Nama Enzim](https://reader030.fdocuments.net/reader030/viewer/2022033008/568133fb550346895d9af073/html5/thumbnails/4.jpg)
712
2477
3196
![Page 5: Tata Nama Enzim](https://reader030.fdocuments.net/reader030/viewer/2022033008/568133fb550346895d9af073/html5/thumbnails/5.jpg)
Prinsip Penamaan
• Enzim dikelompokkan dan diberi nama menurut reaksi yang dikatalisisnya.
• Hanya merujuk pada perubahan reaksi kimia yang disebabkan oleh enzim.
• Mekanisme reaksi tidak dimasukkan dan juga gugus prostetik atau kofaktor tidak masuk dalam nama.
![Page 6: Tata Nama Enzim](https://reader030.fdocuments.net/reader030/viewer/2022033008/568133fb550346895d9af073/html5/thumbnails/6.jpg)
• http://www.chem.qmw.ac.uk/iubmb• Enzim mempunyai nama sistematis dan nama
trivial.• Nama trivial: lebih pendek, mudah dan sering
digunakan
![Page 7: Tata Nama Enzim](https://reader030.fdocuments.net/reader030/viewer/2022033008/568133fb550346895d9af073/html5/thumbnails/7.jpg)
Tata Nama• Menurut Enzyme Commission (1961), enzim
dibagi atas enam kelas tergantung pada reaksi yang dikatalisis.
• E.C.a.b.c.d– a. Kelas enzim– b. subkelas enzim– c. Sub-sub kelas enzim– d.Sub-sub-sub kelas enzim
• Pengelompokan tidak berdasarkan urutan asam amino, struktur tiga dimensi dan juga tidak berdasarkan mekanisme reaksi
![Page 8: Tata Nama Enzim](https://reader030.fdocuments.net/reader030/viewer/2022033008/568133fb550346895d9af073/html5/thumbnails/8.jpg)
Klasifikasi Enzim
• Oksidoreduktase• Transferase• Hidrolase• Liase• Isomerase• Ligase
![Page 9: Tata Nama Enzim](https://reader030.fdocuments.net/reader030/viewer/2022033008/568133fb550346895d9af073/html5/thumbnails/9.jpg)
Oksidoreduktase• Mengkatalisis transfer atom H, O atau elektron dari satu substrat ke
yang lain.• Digit kedua: Hidrogen atau donor elektron
1. Alkohol 2. Aldehid atau keton 3. CH-CH 4. Amin primer 5. Amin sekunder 6. NADH atau NADPH
• Digit ketiga: Hidrogen atau akseptor elektron 1. NAD+ atau NADP+
2. Fe 3+
3. O2 99. Akseptor lain
![Page 10: Tata Nama Enzim](https://reader030.fdocuments.net/reader030/viewer/2022033008/568133fb550346895d9af073/html5/thumbnails/10.jpg)
Oksidoreduktase
• Nama sistematik ditulis menurut: donor:akseptor oksidoreduktase
– EC. 1.1.1.1 – Nama Sistematik: Alkohol:NAD+ oksidoreduktase– Nama Trivial: Alkohol dehidrogenase
(Nama trivial: Oksidase, transfer H ke O2; dan dehidrogenase, untuk transfer H ke akseptor selain O2)
![Page 11: Tata Nama Enzim](https://reader030.fdocuments.net/reader030/viewer/2022033008/568133fb550346895d9af073/html5/thumbnails/11.jpg)
Transferase
• Katalisis transfer gugus fungsi khusus seperti metil, asil, amino, glikosil, atau fosfat dari satu senyawa ke senyawa lain.AX + B BX + A
• Nama berakhiran X-Transferase, X adalah gugus yang ditransfer.
• Nama sistematik ditulis menurut: Donor:akseptor gugus transferase
![Page 12: Tata Nama Enzim](https://reader030.fdocuments.net/reader030/viewer/2022033008/568133fb550346895d9af073/html5/thumbnails/12.jpg)
• Digit kedua merupakan gugus yang ditransfer– 1. satu gugus karbon– 2. Gugus Aldehid atau keton– 3. Gugus Asil– 4. Gugus glikosil– 7. Gugus fosfat
• Digit ketiga: menjelaskan lebih lanjut gugus yang ditransfer– E.C.2.1.1: metiltransferase– E.C.2.1.2: hidroksimetiltransferase– E.C.2.1.3: karboksil atau karbamoil transferase
![Page 13: Tata Nama Enzim](https://reader030.fdocuments.net/reader030/viewer/2022033008/568133fb550346895d9af073/html5/thumbnails/13.jpg)
• E.C.2.7.1: fosfotransferase dengan gugus alkohol sebagai akseptor
• E.C.2.7.2: Fosfotransferase dengan gugus karboksil sebagai akseptor
• E.C.2.7.3: fosfotransferase dengan gugus nitrogen sebagai akseptor
• Fosfotransferase mempunyai nama trivial dengan akhiran kinase
![Page 14: Tata Nama Enzim](https://reader030.fdocuments.net/reader030/viewer/2022033008/568133fb550346895d9af073/html5/thumbnails/14.jpg)
Hidrolase• Mengkatalisis reaksi hidrolis
A-X + H2O X-OH + HA
• Digit kedua: Jenis ikatan yang dihidrolisis• 1. ester• 2. glikosidik• 4. peptida• 5. C-N selain peptida• Digit ketiga: menjelaskan lebih lanjut jenis ikatan yang dihidrolisis• Nama substrat diberi akhiran –ase. Nama sistematik selalu mengikuti
hidrolase.
![Page 15: Tata Nama Enzim](https://reader030.fdocuments.net/reader030/viewer/2022033008/568133fb550346895d9af073/html5/thumbnails/15.jpg)
• E.C.3.1.1. Ester karboksilat• E.C.3.1.2. Ester tiol• E.C.3.1.3 Monoester fosfat• E.C.3.1.4 Diester fosfat
![Page 16: Tata Nama Enzim](https://reader030.fdocuments.net/reader030/viewer/2022033008/568133fb550346895d9af073/html5/thumbnails/16.jpg)
Liase
• Mengkatalisis pemutusan ikatan C-C, C-O, C-N, C-S. • Nama sistematik ditulis menurut substrat gugus liase.• Nama trivial, misalnya dekarboksilase, aldolase,
dehidratase (eliminasi CO2, aldehid, dan air).
![Page 17: Tata Nama Enzim](https://reader030.fdocuments.net/reader030/viewer/2022033008/568133fb550346895d9af073/html5/thumbnails/17.jpg)
• Digit kedua: ikatan yang diputus– 1. C-C– 2. C-O– 3. C-N– 4. C-S
• Digit ketiga: gugus yang dihilangkan. Untuk C-C liase– 1. gugus karboksil– 2. gugus aldehid– 3. gugus asam keto
![Page 18: Tata Nama Enzim](https://reader030.fdocuments.net/reader030/viewer/2022033008/568133fb550346895d9af073/html5/thumbnails/18.jpg)
Isomerase• Mengkatalisis penataan struktur atau geometri dalam molekul. • Enzim diklasifikasikan menurut jenis reaksi yang terlibat.• Digit kedua: Jenis Reaksi
1. Rasemisasi atau epimerisasi 2. Isomerisasi cis-trans 3. Oksidoreduktase intramolekul 4. Reaksi transfer intramolekul
• Digit Ketiga: jenis molekul yang mengalami isomerisasi 1. asam amino 2. asam hidroksi 3. Karbohidrat
![Page 19: Tata Nama Enzim](https://reader030.fdocuments.net/reader030/viewer/2022033008/568133fb550346895d9af073/html5/thumbnails/19.jpg)
Ligase
• Mengkatalisis pembentukan ikatan baru, disertai dengan hidrolisis ATP atau nukleosida trifosfat lainnya.
X + Y + ATP X-Y + ADP + Pi
• Nama sistematik X:Y ligase• Digit kedua: jenis ikatan yang dibentuk
1. C-O 2. C-S 3. C-N 4. C-C
![Page 20: Tata Nama Enzim](https://reader030.fdocuments.net/reader030/viewer/2022033008/568133fb550346895d9af073/html5/thumbnails/20.jpg)
• Digit ketiga: menjelaskan lebih lanjut ikatan yang dibentuk
• E.C. 6.3.1 asam-amonia ligase (amida, sintase)• E.C. 6.3.2 asam-asam amino ligase (peptida,
sintase)
![Page 21: Tata Nama Enzim](https://reader030.fdocuments.net/reader030/viewer/2022033008/568133fb550346895d9af073/html5/thumbnails/21.jpg)
Contoh • ATP + D-glukosa ADP + D-glucose 6-
phosphate
• Nama Sistematis: ATP:glucose phosphotransferase
• Nama yang Direkomendasi (trivial): Heksokinase
• EC number: 2.7.1.1 (2) transferase
(7) phosphotransferase
(1) gugus hidroksil sebagai akseptor
(1) nomor seri yang diberikan secara acak
![Page 22: Tata Nama Enzim](https://reader030.fdocuments.net/reader030/viewer/2022033008/568133fb550346895d9af073/html5/thumbnails/22.jpg)
Enzyme Data Base
• EXPASY (Expert Protein Analysis System) http://www.expasy.ch/
• The Comprehensive Enzyme information system http://www.brenda-enzymes.org/index.php3
• KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes http://www.genome.jp/kegg