Syifa F. Syihab 20509004 Stevani O. P.20509020
description
Transcript of Syifa F. Syihab 20509004 Stevani O. P.20509020
![Page 1: Syifa F. Syihab 20509004 Stevani O. P.20509020](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062410/56816580550346895dd819d4/html5/thumbnails/1.jpg)
SYIFA F. SYIHAB 20509004STEVANI O. P. 20509020
Aktivitas Peptidyl Transferase dalam Penentuan Afinitas Pengikatan
Antibiotik (Tiamulin dan Valnemulin)
Mata Kuliah Enzimologi
![Page 2: Syifa F. Syihab 20509004 Stevani O. P.20509020](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062410/56816580550346895dd819d4/html5/thumbnails/2.jpg)
Latar Belakang
Bakteri Resisten
Antibiotik
Masalah pengobatan
infeksi
Mutasi rRNA dalam ribosom Mycobacterium
smegmatis
Pleuromutilin
Tiamulin
Valnemulin
Resistensi antibiotik yang berikatan dengan Peptidyl
transeferase
Penurunan Aktivitas Peptidyl Transferase
![Page 3: Syifa F. Syihab 20509004 Stevani O. P.20509020](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062410/56816580550346895dd819d4/html5/thumbnails/3.jpg)
Peptidyl Transferase
Kelas Transferase: transfer satu molekul ke molekul lainnya.
Nama sistematis
Peptidyl-tRNA:aminoacyl-tRNA N-peptidyltransferase
Letak Ribosom
Fungsi Membentuk ikatan peptide antara asam amino yang berdekatan dengan menggunakan tRNAs selama proses translasi biosintesis protein
Substrat peptidyl-tRNA1 dan aminoacyl-tRNA2
Produk tRNA1 dan peptidyl (aminoacyl-tRNA2)
Kofaktor -
![Page 4: Syifa F. Syihab 20509004 Stevani O. P.20509020](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062410/56816580550346895dd819d4/html5/thumbnails/4.jpg)
Inhibitor Peptidyl Transferase
1. Chloramphenicol mengikat residu A2451 dan A2452 pada 23 sRNA dari ribosom dan menghambat pembentukan ikatan peptida.
2. Pleuromutillin yang mengikat peptidyl transferase.
3. Antibiotik macrolide yang menghambat kerja peptidyl transferase, dan translokasi pada ribosom.
![Page 5: Syifa F. Syihab 20509004 Stevani O. P.20509020](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062410/56816580550346895dd819d4/html5/thumbnails/5.jpg)
Struktur & Binding Site Peptidyl Transferase
Binding site peptidyl transferase pada erythromycin pada D. radiodurans.
Keterangan:Hijau: antibiotikKuning: bagian protein ribosom L4Hijau muda: bagian protein ribosom L22
Peptidyl transferase center (PTC): Sisi ribosom tempat pembentukan ikatan peptida
![Page 6: Syifa F. Syihab 20509004 Stevani O. P.20509020](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062410/56816580550346895dd819d4/html5/thumbnails/6.jpg)
Mekanisme Peptidyl Transferase
(P. Nissen et al., Science 289:920–930, 2000)
![Page 7: Syifa F. Syihab 20509004 Stevani O. P.20509020](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062410/56816580550346895dd819d4/html5/thumbnails/7.jpg)
Ekstraksi Peptidyl Transferase dari Ribosom(Bruce A. Maguire, et al. 2009. RNA 2008 14: 188-195)
Ekstraksi & Analisis RNA
Pembiakan Sel
Kromatografi
Analisis PAGEEkstraksi & Analisis
Protein
Preparasi Resin
Pengujian Ribosom Binding
Pengujian Translasi & Transkripsi pada
Bakteri
Preparasi Ribosom
![Page 8: Syifa F. Syihab 20509004 Stevani O. P.20509020](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062410/56816580550346895dd819d4/html5/thumbnails/8.jpg)
Antibiotik
Senyawa yang dihasilkan oleh suatu mikroorganisme yang menghambat pertumbuhan mikroorganisme lain (selektif) dengan cara menekan atau menghentikan suatu proses biokimia dalam mikroorganisme (infeksi bakteri).
Antibiotik
Inhibitor sintesis
dinding sel bakteri
Penicillin, Polypeptide, Cephalospori
n
Inhibitor transkrip
si dan replikasiQuinolon
e
Inhibitor sintesis protein
Macrolide, Aminoglycosi
de, Tetracycline
Inhibitor fungsi
membran selionomycin,
valinomycin
Inhibitor fungsi selsulfa atau
sulfonamida
Antimetabolit
azaserine
![Page 9: Syifa F. Syihab 20509004 Stevani O. P.20509020](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062410/56816580550346895dd819d4/html5/thumbnails/9.jpg)
Tiamulin & Valnemulin
Merupakan turunan semisintetik dari Pleuromutilin.
Termasuk antibiotik macrolide yang menghambat kerja peptidyl transferase & translokasi pada ribosom. TIAMULIN VALNEMULIN
Pengobatan disentri, pneumonia, dan infeksi mycoplasma pada babi & unggas
Pencegahan terhadap infeksi enzootic pneumonia (Mycoplasma hyopneumoniae) & pathogen pernafasan (Actinobacillus pleuropneumoniae & Pasteurella multocida)
![Page 10: Syifa F. Syihab 20509004 Stevani O. P.20509020](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062410/56816580550346895dd819d4/html5/thumbnails/10.jpg)
TIAMULIN
PLEUROMUTILIN
VALNEMULIN
![Page 11: Syifa F. Syihab 20509004 Stevani O. P.20509020](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062410/56816580550346895dd819d4/html5/thumbnails/11.jpg)
PEPTIDYL TRANSFERASE CENTRE (PTC) ADALAH SASARAN TIAMULIN DAN
VALNEMULIN DALAM RIBOSOM BAKTERI.
A: Model letak PTC pada ribosom bakteri 70S. Kuning (protein), Biru (subunit 30S dan 50S).
![Page 12: Syifa F. Syihab 20509004 Stevani O. P.20509020](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062410/56816580550346895dd819d4/html5/thumbnails/12.jpg)
• Struktur sekunder peptidyl transferase dari 23 sRNA pada M. smegmatis 23S rRNA (E. coli numbering) .
• Posisi mutasi tunggal pada strain mutan ditandai warna hijau (2055), biru (2447), merah (2504) dan kuning (2572).
Mutasi pada 23sRNA M.smegmatis
![Page 13: Syifa F. Syihab 20509004 Stevani O. P.20509020](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062410/56816580550346895dd819d4/html5/thumbnails/13.jpg)
Valnemulin terikat pada PTC (subunit 50S ribosom E. coli ). Nukleotida mutan: hijau (2055), biru (2447), merah (2504) dan kuning (2572). Tiamulin (ungu),
nukleotida U2506 & U2585 (turquoise)
![Page 14: Syifa F. Syihab 20509004 Stevani O. P.20509020](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062410/56816580550346895dd819d4/html5/thumbnails/14.jpg)
Pengujian afinitas pengikatan antibiotik pada Mycobacterium smegmatis.
Penentuan strain dan plasmid (pembiakan strain dalam media)
Pembentukan plasmid (mutasi pada fragmen)
Transformasi dan isolasi mutan rekombinan
Penentuan laju pertumbuhan strain(inkubasi 37 ˚C, 3 hari)
Uji kepekaan antibiotik (mengukur nilai OD pada 450 nm yang dibaca oleh microtitre plate
reader)
Penelusuran antibiotik (72 jam pada LB plus antibiotic)
Percobaan pemodelan molekul (Visualisasi struktur Kristal dan hasil pemotongan oleh
VMD)
![Page 15: Syifa F. Syihab 20509004 Stevani O. P.20509020](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062410/56816580550346895dd819d4/html5/thumbnails/15.jpg)
Strain dan Plasmid yang digunakan
![Page 16: Syifa F. Syihab 20509004 Stevani O. P.20509020](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062410/56816580550346895dd819d4/html5/thumbnails/16.jpg)
Laju pertumbuhan & kepekaan antibiotik pada 23 sRNA M. smegmatis (strain mutan)
![Page 17: Syifa F. Syihab 20509004 Stevani O. P.20509020](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062410/56816580550346895dd819d4/html5/thumbnails/17.jpg)
Primer DNA Nukleotida
![Page 18: Syifa F. Syihab 20509004 Stevani O. P.20509020](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062410/56816580550346895dd819d4/html5/thumbnails/18.jpg)
KESIMPULAN
• Mutasi menunjukkan resistensi valnemulin yang signifikan.
• Mutasi pada posisi 2447 dan 2504 juga memberikan resistensi silang terhadap antibiotik lain yang terikat pada Peptidyl Transferase dalam M. Smegmatis.
• Pemberian antibiotik pada ribosom mutan menunjukkan bahwa mutasi menyebabkan kerusakan struktur pada Peptidyl Transferase Center dan mengurangi ikatan antibiotik pleuromutilin.
![Page 19: Syifa F. Syihab 20509004 Stevani O. P.20509020](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022062410/56816580550346895dd819d4/html5/thumbnails/19.jpg)
DAFTAR PUSTAKA• Beringer, Malte. RNA 2008 14: 795-801• Bruce A. Maguire, Lillian M. Wondrack, Leonard G. Contillo, et
al. 2009. RNA 2008 14: 188-195.• Committee for Veterinary Medicinal Products. 2008. Tiamulin.
European Medicines Agency Veterinary Medicines and Inspections.
• David G S Burch BVetMed MRCVS. Valnemulin - New Indications for Colitis and Ileitis. Available at: www.octagon-services.co.uk
• HF Noller, V Hoffarth, and L Zimniak Science, Vol 256, Issue 5062, 1416-1419. 1992 by American Association for the Advancement of Science.
• Long, S.Katherine, et.al. 2009. Molecular Biology. 71(5), 1218–1227. Blackwell Publishing Ltd.
• Mikkelsen, Susan R. and Corton, Eduardo. 2004. Bioanalytical Chemistry. John Wiley & Sons, Inc., Publication
• Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology (NC-IUMB). 2009.
• P. Nissen et al., Science 289:920–930, 2000.