SVEUČILIŠTE U S P L I T U -...

S V E U Č I L I Š T E U S P L I T U

FAKULTET

IZMJENE I DOPUNE STUDIJSKOG PROGRAMA

Poslijediplomski sveučilišni studij Biofizika

SPLIT, svibanj, 2013.

1 Puni naziv studijskog programa

OPĆE INFORMACIJE O STUDIJSKOM PROGRAMU

Prvotni naziv studijskoga programa


Novi naziv studijskoga programa


Nositelj studijskoga programa Prirodoslovno-matematički fakultet Sveučilišta u Splitu

Sunositelj studijskoga programa

Institut Ruđer Bošković (Zg), Institut za fiziku (Zg), Medicinski fakultet (St), Mediteranski institut za istraživanje života (St)

Vrsta studijskoga programa Stručni studijski program ☐ Sveučilišni studijski program ☒

Razina studijskoga programa

Preddiplomski ☐ Diplomski ☐ Integrirani ☐

Poslijediplomski

sveučilišni ☒

Poslijediplomski

specijalistički ☐

Diplomski

specijalistički ☐

Akademski/stručni naziv koji se stječe po završetku studija

doktor/doktorica prirodnih/biotehničkih/biomedicinskih znanosti iz odgovarajućeg polja (određenog matičnom strukom)

Ukupni broj ECTS bodova 180 ECTS

Ukupni broj ECTS bodova predmeta u kojima je došlo do promjene

kolegij nosi 10 ECTS bodova prije i nakon promjene

Procjena postotka izmjena i dopuna studijskog programa

☒ Manje od 20%

☐ Više od 20%, manje od 40%

☐ Više od 40%

Redni broj izmjene i dopune studijskog programa 1.

Odluka fakultetskog vijeća o prihvaćanju izmjena i dopuna (dostaviti u prilogu)

Preslika dopusnice za studijski program (dostaviti u prilogu)


Popis predmeta u kojima je napravljena izmjena i/ili dopuna

Semestar Predmet ECTS prije

ECTS poslije

Izmjena (navesti u čemu je izmjena)

1. Modeliranje biomakromolekula i njihovih kompleksa 20P + 4S + 8E + 4LE

Sanja Tomić: 12P + 4S + 2LE

Larisa Zoranić: 8P + 8E + 2LE

10 10 Dolazi do izmjene u izvedbi kolegija zbog smrti prof. Graovca.

Ujedno dolazi do osuvremenjivanje kolegija u sadržaju.

Opis novog predmeta ili predmeta koji je nadopunjen i izmijenjen

NAZIV PREDMETA Modeliranje biomakromolekula i njihovih kompleksa

Kod PMP501 Godina studija Doktorski studij biofizike

Nositelj/i predmet

Sanja Tomid

Bodovna vrijednost (ECTS)

10

Suradnici Larisa Zoranid

Način izvođenja nastave (broj sati u semestru)

P S V T

20 4 8 4

Status predmeta obavezni Postotak primjene

eučenja

OPIS PREDMETA

Ciljevi predmeta Uvjeti za upis predmeta i ulazne kompetencije potrebne za predmet

Položene osnovne biologije, fizike, kemije, statistike i informatike.


Očekivani ishodi učenja na razini predmeta (4-10 ishoda učenja

Shvadanje znanosti kao modela stvarnosti. Značaj modeliranja u biologiji i medicini. Multidimenzionalno molekulsko modeliranje. Kako nam modeliranje trodimenzionalne strukture molekula i njihovih kompleksa pomaže u razumijevanju eksperimentalnih podataka, u razumjevanju prirode bolesti te pri dizajniranju eksperimenata i razvoju novih aktivnih spojeva. Razumjevanje algoritama i tehnika koje se koriste pri modeliranju bioloških molekularnih sistema.

Sadržaj predmeta detaljno razrađen prema satnici nastave

Pojam strukture molekule i najznačajnije eksperimentalne metode za određivanje trodimenzionalne strukture molekula. Upoznavanje s bazom trodimenzionalnih struktura makromolekula «Protein Data Bank» (PDB) i s mrežnim alatima za komparativno modeliranje proteina. Metode molekulskog modeliranja – osnovne karakteristike i bitne razlike između empirijskih i kvantnomehaničkih metoda. Pojam polja sila, parametrizacija modela polja sile molekula. Računanje potencijalne energije molekularnog sistema, te strukturnih svojstava molekule i reaktivnosti. Metode optimizacije energije, pretraživanje konformacijskog prostora molekule, odnosno utvrđivanje mogudih realizacija molekulskog sistema. Molekulska dinamika i Monte Carlo metode. Važnost otapala kod molekulskog modeliranja. Ansambli – mikrokanonski, kanonski, izotermni-izobarni. Termodinamička svojstva molekularnih sustava. Dokiranje (prijanjanje/uklapanje) molekula. Različiti načini nastajanja (nekovalentnih) molekularnih kompleksa, upoznavanje s računalnim programima za dokiranje. Hibridne molekulskomehaničke – kvantnomehaničke metode. Računalni programi za molekulsko modeliranje. Koncept modeliranja odnosa molekulske strukture i biološke aktivnosti, (Quantitative Structure –Activity Relationships-QSAR). Tehnike i pristupi koji se koriste u iznalaženju tih odnosa. Metoda analize glavnih komponenti (“Principal component analysis”), klasteriranje, regresijske metode, neuralne mreže, statistički testovi. Na konkretnim primjerima studenti de se upoznati s tehnikama koje se koriste u iznalaženje kvantitativnog odnosa o strukturi ovisnih veličina s biološkom aktivnošdu. Interpretacija modela, kako na temelju dobivenih rezultata predvidjeti biološki odgovor. Dizajn ljekova.

Vrste izvođenja nastave:

☐ predavanja

☐ seminari i radionice

☐ samostalni zadaci

☐ multimedija

☐ vježbe

☐ on line u cijelosti

☐ mješovito e-učenje

☐ terenska nastava

☐ laboratorij

☐ mentorski rad

☐ (ostalo upisati)

Obveze studenata

Pradenje rada studenata (upisati udio u ECTS bodovima za svaku aktivnost tako da ukupni broj ECTS bodova odgovara bodovnoj vrijednosti

Pohađanje nastave

Istraživanje Praktični rad

Eksperimen talni rad

Referat (Ostalo upisati)

Esej Seminarski rad

(Ostalo upisati)


predmeta): Kolokviji Usmeni ispit

(Ostalo upisati)

Pismeni ispit Projekt (Ostalo upisati)

Ocjenjivanje i vrjednovanje rada studenata tijekom nastave i na završnom ispitu

Usmeni i praktični dio provjere sposobnosti korištenja postojedih programa za modeliranje biomakromolekula. Provjera znanja kroz auditorne vježbe i kudne zadatke, te seminare. Usmeni ispit.

Obvezna literatura (dostupna u knjižnici i putem ostalih medija)

Naslov Broj primjeraka u

knjižnici Dostupnost putem

ostalih medija

Izabrana poglavlja iz: Andrew R. Leach ‘Molecular Modelling: Principles and Applications’, 2nd edition, Pretince Hall, Harlow, 2001.

Van Gunsteren W. F. , Weiner P. K., and Wilkinson A. J. (Eds) ’Computer Simulation of Biomolecular Systems’, Spinger, London, 1997.

Schwede, Peitsch M., ‘Computational Structural Biology’, World Scientific, Singapore, 2008.

Dopunska literatura

• Bultinck P, Winter H., Langenaeker W., Tollenaere J. P., ‘Computational Medicinal

Chemistry for Drug Discovery’, Marcel Dekker, Inc. New YorkBasel, 2004.

• Leach A. R., Gillet V. J. An Introduction to Chemoinformatics, Springer, Dordrecht,

2007.

• Znanstveni radovi

Načini pradenja kvalitete koji osiguravaju stjecanje utvrđenih ishoda učenja

Anketa prije i nakon održane nastave.

Ostalo (prema mišljenju predlagatelja)


Popis obveznih i izbornih predmeta prema dopusnici

POPIS PREDMETA

Godina studija: 1.

Semestar: 1.

STATUS KOD PREDMET SATI U SEMESTRU

ECTS P S V T

Obvezni

PMP500 Biofizika stanice (I. Weber, I.M. Tolić-

Norrelykke, D. Juretić) 24 4 0 0 10

PMP501 Modeliranje biomakromolekula i njihovih

kompleksa (Sanja Tomić, A. Graovac) 20 4 12 0 10

Izborni predmet i/ili istraživački rad studenta u

biofizici 6

Istraživački rad u biofizici 4

Ukupno obvezni 30

Izborni

PMP510 Bioinformatika, biofizika i bioenergetika

membranskih proteina (D. Juretić) 20 4 10 0 6

PMP511 Struktura i dinamika molekula, spektroskopija i

simulacije (F. Sokolić) 20 0 15 0 6

PMP512 Neravnotežna termodinamika (P. Županović) 30 0 15 0 6

PMP514 Fizika DNK, kromatina i virusa (R. Podgornik) 20 0 20 0 6

PMP515 Molekularna genetika (J. Terzić) 24 10 12 0 6

PMP517 Modeli i metode u strukturnoj bioinformatici (B.

Lučić) 15 5 15 0 6

PMP518 Metode u molekularnoj biologiji i medicini (A.

Ambriović-Ristov) 0 0 30 0 6

PMP519 Laboratorijski vježbe u molekularnoj biologiji

(J. Puizina) 0 0 30 0 6

Istraživački rad studenta u biofizici 0 6 20 0 6

Napisati koliko se bira izbornih predmeta

POPIS PREDMETA

Godina studija: 1.

Semestar: 2.


ECTS P S V T

Obvezni

PMP502 Eksperimentalne metode fizike u biofizici (A.

Bilušić, V. Svetličić; B. Rakvin, G. Baranović,

D. Vikić-Topić, I. Weber)

26 4 30 0 10

PMP503 Izabrana poglavlja na ICAST-u (V. Bonačić- 10 2 34 0 8


Koutecky)

Izborni kolegij II i/ili istraživački rad studenta u

biofizici 6

Izborni kolegij III i/ili istraživački rad studenta u

biofizici

≥2 i

≤6

Sudjelovanje u međunarodnoj ljetnoj školi

≥0 i

≤6

Ukupno obvezni 30

Izborni

PMP521 Teorija i eksperiment u izučavanju procesa

smatanja proteina (B. Žagrović) 20 6 10 0 6

PMP522 Primjena principa maksimalne proizvodnje

entropije u fizici i biologiji (P. Županović, D.

Juretić, …)

12 4 4 0 6

PMP523 Fizika medicinske dijagnostike (D. Eterović) 7 8 15 0 6

PMP524 Matematičko modeliranje bioloških procesa;

odabrane teme (M. Brumen) 10 5 20 0 6

PMP525 Struktura i interakcije u polielektrolitima:

osnove teorije i eksperimentalna provjera

(Silvia Tomić i T. Vuletić)

10 5 15 0 6

PMP526 Biofizikalni i biomedicinski temelji

oksidacijskog stresa (N. Žarković) 6 4 0 0 2

PMP527 Osnove sistemske biomedicine (K. Pavelić, S.

Kraljević Pavelić, M. Sedić, K. Hock, M. Baus

Lončar)

10 4 0 0 3

PMP528 Biomehanika (M. Dželalija) 20 1 10 0 6

PMP529 Strukturni, elektronski i dinamički aspekti

biofizikalnih procesa (V. Bonačić-Koutecky) 6

PMP530 Planiranje i pisanje znanstvenog rada (M.

Marušić) 10 6 4 0 6



POPIS PREDMETA

Godina studija: 2.

Semestar: 3.


ECTS P S V T

Obvezni

Istraživački rad iz biofizike 26

PMP505 Interdisciplinarni seminari i tečajevi iz bio-

znanosti (D. Juretić, V. Bonačić-Koutecky,

organizatori)

0 20 0 0 4


Ukupno obvezni 30

Izborni


POPIS PREDMETA

Godina studija: 2.

Semestar: 4.


ECTS P S V T

Obvezni

Istraživački rad iz biofizike i studentski

seminari

≥22

≤26



organizatori)

0 20 0 0 4

Sudjelovanje u međunarodnoj ljetnoj školi ≤4

Ukupno obvezni 30

Izborni



POPIS PREDMETA

Godina studija: 3.

Semestar: 5.


ECTS P S V T

Obvezni

Istraživački rad studenta i rad na izradi

doktorata 27

Seminar studenta o istraživačkom radu

studenta i prvi seminar o predloženoj temi

doktorske disertacije

3

Ukupno obvezni 30

Izborni


POPIS PREDMETA

Godina studija: 3.

Semestar: 6.


ECTS P S V T

Obvezni Istraživački rad studenta i rad na izradi 27


doktorata

Dva seminara studenta o rezultatima

istraživačkog rada na doktorskoj tezi studenta

i obrana doktorske disertacije

3

Ukupno obvezni 30

Izborni


Popis obveznih i izbornih predmeta izmijenjenog studijskog programa

POPIS PREDMETA

Godina studija: 1.

Semestar: 1.


ECTS P S V T

Obvezni

PMP500 Biofizika stanice (I. Weber, I.M. Tolić-

Norrelykke, D. Juretić) 24 4 0 0 10

PMP501 Modeliranje biomakromolekula i njihovih

kompleksa (Sanja Tomić, Larisa Zoranić) 20 4 12 0 10

Izborni predmet i/ili istraživački rad studenta u

biofizici 6

Istraživački rad u biofizici 4

Ukupno obvezni 30

Izborni PMP510 Bioinformatika, biofizika i bioenergetika 20 4 10 0 6


membranskih proteina (D. Juretić)

PMP511 Struktura i dinamika molekula, spektroskopija i

simulacije (F. Sokolić) 20 0 15 0 6

PMP512 Neravnotežna termodinamika (P. Županović) 30 0 15 0 6

PMP514 Fizika DNK, kromatina i virusa (R. Podgornik) 20 0 20 0 6

PMP515 Molekularna genetika (J. Terzić) 24 10 12 0 6

PMP517 Modeli i metode u strukturnoj bioinformatici (B.

Lučić) 15 5 15 0 6

PMP518 Metode u molekularnoj biologiji i medicini (A.

Ambriović-Ristov) 0 0 30 0 6

PMP519 Laboratorijski vježbe u molekularnoj biologiji

(J. Puizina) 0 0 30 0 6



POPIS PREDMETA

Godina studija: 1.

Semestar: 2.


ECTS P S V T

Obvezni

PMP502 Eksperimentalne metode fizike u biofizici (A.

Bilušić, V. Svetličić; B. Rakvin, G. Baranović,

D. Vikić-Topić, I. Weber)

26 4 30 0 10

PMP503 Izabrana poglavlja na ICAST-u (V. Bonačić-

Koutecky) 10 2 34 0 8

Izborni kolegij II i/ili istraživački rad studenta u

biofizici 6

Izborni kolegij III i/ili istraživački rad studenta u

biofizici

≥2 i

≤6

Sudjelovanje u međunarodnoj ljetnoj školi

≥0 i

≤6

Ukupno obvezni 30

Izborni

PMP521 Teorija i eksperiment u izučavanju procesa

smatanja proteina (B. Žagrović) 20 6 10 0 6

PMP522 Primjena principa maksimalne proizvodnje

entropije u fizici i biologiji (P. Županović, D.

Juretić, …)

12 4 4 0 6

PMP523 Fizika medicinske dijagnostike (D. Eterović) 7 8 15 0 6

PMP524 Matematičko modeliranje bioloških procesa;

odabrane teme (M. Brumen) 10 5 20 0 6

PMP525 Struktura i interakcije u polielektrolitima: 10 5 15 0 6


osnove teorije i eksperimentalna provjera

(Silvia Tomić i T. Vuletić)

PMP526 Biofizikalni i biomedicinski temelji

oksidacijskog stresa (N. Žarković) 6 4 0 0 2

PMP527 Osnove sistemske biomedicine (K. Pavelić, S.

Kraljević Pavelić, M. Sedić, K. Hock, M. Baus

Lončar)

10 4 0 0 3

PMP528 Biomehanika (M. Dželalija) 20 1 10 0 6

PMP529 Strukturni, elektronski i dinamički aspekti

biofizikalnih procesa (V. Bonačić-Koutecky) 6

PMP530 Planiranje i pisanje znanstvenog rada (M.

Marušić) 10 6 4 0 6



POPIS PREDMETA

Godina studija: 2.

Semestar: 3.


ECTS P S V T

Obvezni

Istraživački rad iz biofizike 26



organizatori)

0 20 0 0 4

Ukupno obvezni 30

Izborni



POPIS PREDMETA

Godina studija: 2.

Semestar: 4.


ECTS P S V T

Obvezni

Istraživački rad iz biofizike i studentski

seminari

≥22

≤26



organizatori)

0 20 0 0 4

Sudjelovanje u međunarodnoj ljetnoj školi ≤4

Ukupno obvezni 30

Izborni


POPIS PREDMETA

Godina studija: 3.

Semestar: 5.


ECTS P S V T

Obvezni


doktorata 27

Seminar studenta o istraživačkom radu

studenta i prvi seminar o predloženoj temi 3


doktorske disertacije

Ukupno obvezni 30

Izborni


POPIS PREDMETA

Godina studija: 3.

Semestar: 6.


ECTS P S V T

Obvezni


doktorata 27

Dva seminara studenta o rezultatima

istraživačkog rada na doktorskoj tezi studenta

i obrana doktorske disertacije

3

Ukupno obvezni 30

Izborni

SVEUČILIŠTE U S P L I T U -...

Documents

Transcript of SVEUČILIŠTE U S P L I T U -...