Séquence Structure Fonction - École Polytechnique
Transcript of Séquence Structure Fonction - École Polytechnique
Module de Bioinformatique structurale
Thomas Simonson, Thomas Gaillard, Ecole [email protected]
Séquence Structure
Fonction
Biologie structurale/biochimie; biophysique; informatique/programmation
Dates: 28/10, 4/11, 6/11, 13/11, 20/11, 25/11, 27/11
Cours magistraux + travaux dirigés: Projets sur ordinateur:
Modélisation moléculaire: généralités Repliement d'une petite protéine
Prédiction de structure Ingénierie d'un complexe enzyme:ligand
Interactions protéine-ligand
Examen: présentation de TP + article
Contenu du module
Stabilité/repliement Ingénierie d'un complexe enzyme:ligand
Modélisation moléculaire
Intérêt du module
● Informatique/programmation
● Des modèles et programmes largement utilisés en biologie structurale
● Réfléchir au repliement des protéines et à la reconnaissance moléculaire
On abordera de nombreux aspects de la structure, la dynamique, la fonction, et l'ingénierie des biomolécules (protéines mais aussi ARN et ADN). On rappellera les bases de leur stabilité; les principales propriétés du solvant; les effets qui gouvernent le repliement et la reconnaissance moléculaire. On abordera des outils de base de modélisation: alignement de séquences, modélisation par homologie, dynamique moléculaire, docking. Outre les bases théoriques (cours + TD), on manipulera ces outils à travers des mini-projets ou TPs, dans un environnement linux. Les logiciels utilisés ont un intérêt très général en biologie structurale; certains ont été co-développées par les enseignants.
Palaiseau, septembre 2013