Sebze Islahında Moleküler Markırların Kullanımı°DARİ İŞLER/agustos/3.pdf · • Daha...
Transcript of Sebze Islahında Moleküler Markırların Kullanımı°DARİ İŞLER/agustos/3.pdf · • Daha...
Sebze Islahında Moleküler Markırların Kullanımı
Esra CEBECİ Ziraat Yüksek Mühendisi 28.12.2012-28.06.2013
Atatürk Bahçe Kültürleri Merkez Araştırma Enstitüsü
YALOVA
• Çalışmanın tanıtımı,
• Yapılan çalışmalar ve
• Sonuç
Sunu Planı
2
• 28 Aralık 2012’de başlayıp 6 ay süren bu eğitim faaliyeti ABD’de
bulunan Wisconsin Üniversitesi, Ziraat Fakültesi’nde, Prof. Dr.
Michael HAVEY yönetiminde gerçekleşmiştir.
Tanıtım
3
• Dr. Havey’in seçilme sebebi, Türkiye’de Sebze Hibrit Islahı çalışıyor olmam ve hocanın da bu alanda sayılı başarılı kişilerden biri olmasıdır.
Tanıtım
4
5
Yapılan Çalışmalar
• Günümüzde bitki ıslah çalışmalarında MOLEKÜLER MARKIRLAR’ dan yoğun olarak yararlanılmaktadır.
• Yaptığım çalışmalarda bitkisel materyal olarak SOĞAN (Allium cepa L.) tercih edilmiştir.
• Bu nedenle Amerikan Tarım Bakanlığı gen bankasından seçilen 10 çeşide ait 50’şer adet tohumun tarafımıza iletilmesi istenmiştir.
Yapılan Çalışmalar
6
• Elimize ulaşan tohumların her biri ayrı bir saksıya gelecek
şekilde ekilmiş ve üniversiteye ait ısıtmalı seraya bırakılmıştır.
• Daha sonraki günlerde sürekli kontrol edilerek sulama ve
bakım işlemleri yerine getirilmiştir.
Yapılan Çalışmalar
7
Yapılan Çalışmalar
8
• Ekilen tohumlardan elde edilecek 4-5 haftalık bitkilerden DNA izole edilecek sonrasında,
• Farklılığı tek baz düzeyinde ortaya koyan SNP markırları ile bitkilerin kısırlık durumları belirlenecektir.
Yapılan Çalışmalar
9
• Ekim işlemi tamamladıktan sonra bitkilerin büyümesi için gereken zamanda, Laboratuvarda yürüyen çalışmalara katılım sağlanmıştır. Buna göre;
•
Yapılan Çalışmalar
10
• Daha önce DNA izolasyonu yapılmış 20 adet genotipte SSR (Basit Dizi Tekrarları) markırları ile yine erkek kısırlığın tespit durumu saptanmaya çalışılmıştır.
Yapılan Çalışmalar
11
• Bu amaçla; PCR yapılmış, elde edilen ürünler önce %1,5’luk agaroz jelde ardından da %10’luk poliakrilamid jelde yürütülmüş ama istenen bant büyüklüğü elde edilememiştir.
Yapılan Çalışmalar
12
Agaroz jel Poliakrilamid jel
• Sonraki günlerde, seradaki bitkilerden DNA izolasyonunda kullanılmak üzere bitki örneği alınmaya başlanmıştır.
Yapılan Çalışmalar
13
• Laboratuvara getirilen bitki örnekleri bünyelerindeki suyun uçurulması için lyophilizer’ da 2 gün süre ile bekletilmiştir.
Yapılan Çalışmalar
14
• Daha sonrasında ise Qiagen DNAeasy bitki mini kiti kullanılarak 500 bitkinin tek tek genomik DNA izolasyonu yapılmıştır.
Yapılan Çalışmalar
15
Yapılan Çalışmalar
16
• İzolasyon işlemi tamamlandıktan sonra örnekler %1.5’ luk agaroz jelde yürütülmüş, DNA miktarları belirlenmeye çalışılmıştır.
Yapılan Çalışmalar
17
• Sonrasında, KASPAR genotyping sistem ve 6 adet SNP markırı ile 10 populasyona ait 500 bitkinin çekirdek ve sitoplazmalarının kısır olup olmadığı belirlenmiştir.
Yapılan Çalışmalar
18
Yapılan Çalışmalar
19
Çalışma Sonuçları
20
Plate 1 CMS Ms-610 Ms-1830 Ms-1351
ID Plate/Cell# SNP41A AtpA Matk2 SNP42 SNP43 SNP44
N Y:Y X:X X:X S X:X Y:Y Y:Y MS X:X Y:Y Y:Y
ms Y:Y X:X X:X
A-1 1-01 N N N rec Dom Het B-1 1-02 N N N Het Dom Het C-1 1-03 S ? S rec Dom Het D-1 1-04 N N N rec Dom Het E-1 1-05 N N N rec Dom Het F-1 1-06 S S S Het Dom Het G-1 1-07 S S S Dom Dom rec
H-1 1-08 N N N Het Dom Dom
A-2 1-09 N N N Het Dom Het B-2 1-10 N N N rec Dom rec
•Çalışma sonucu oluşturulan tablo ve Popülasyonlardan birine ait bazı sonuçlar
• Buna göre; 500 genotip arasından 7 tanesinin kısır 92 tanesinin ise idameci özellikte olduğu tespit edilmiş ve geriye kalan 400 bitki imha edilmiştir.
Yapılan Çalışmalar
21
Soğan hibrit ıslahında genetik sitoplazmik erkek kısırlığın kullanımı (Talıoğlu, 2008)
• Bu çalışmanın tamamlanmasından sonra Dr. Havey ve ekibinin arazi çalışmalarına katılım sağlanmıştır.
Yapılan Çalışmalar
22
23
24
25
• Kalan sürede ise soğanda moleküler karakterizasyon yapmak amacıyla geliştirilen CAPS markırları ile bir çalışma yapılmıştır.
26
Yapılan Çalışmalar
• Buna göre, yine 10 populasyondan 30’ ar bitki 44 CAPS markırı ile taranmıştır.
27
Yapılan Çalışmalar
• Laboratuar çalışmaları tamamlandıktan sonra Dr. Havey ile birlikte yakında bulunan çiftlikler gezilmiş ve özel bir firmaya ziyaret yapılmıştır.
28
Yapılan Çalışmalar
29
• Bu eğitim programı ile sebze ıslahında yaygın olarak kullanılan SSR, CAPS ve SNP markırları ile çalışmalar yapılmıştır.
• Bu konuda dünya çapında çalışan insanlarla tanışma fırsatı sağlanmıştır.
• Arazi ve laboratuvarda kullanılabilecek pratik bilgiler elde edilmiştir.
Sonuç
30
31
32
Teşekkürler… [email protected] Atatürk Bahçe Kültürleri Merkez Araştırma Enstitüsü-YALOVA
33