Romano, Portale Web 1 WP 5 – Attività 1 Il portale Web Paolo Romano Istituto Nazionale per la...

Romano, Portale Web 1

WP 5 – Attività 1WP 5 – Attività 1

Il portale WebIl portale Webwww.hrbc-genomics.netwww.hrbc-genomics.net

Paolo RomanoIstituto Nazionale per la Ricerca sul Cancro

([email protected])


Sommario Sommario

Motivazioni e obiettivi del portale

Panoramica dei contenuti

Qualche parola in più su:• SRS• questionari• databases


Motivazioni Motivazioni strumenti bioinformatici distribuiti su siti diversi:

difficoltà nella ricerca e nella scelta degli strumenti, interfacce, metodi di ricerca, strutture dati

eterogenei: difficoltà nell’utilizzo degli strumenti disponibili

post-genomica in continua evoluzione: strumenti bioinformatici poco numerosi e interfacce

primitive, elevata partecipazione nel progetto:

difficoltà di coordinamento e messa in comune dei dati sinergie e ottimizzazione risorse


Obiettivi Obiettivi Realizzare un portale che: ospiti servizi e strumenti di tipo bioinformatico, utili

ai ricercatori coinvolti nel progetto e non, dia visibilità al progetto e ai partner (parte

accessibile a tutti) serva come strumento di lavoro e coordinamento

per le unità di ricerca (parte ad accesso riservato) rimanga un riferimento alla fine del progetto


Organizzazione Organizzazione

non solo portale, contenuti proprigestione comunesiti mirror per garantire servizio e

prestazionisoftware “ingombranti” non replicati


Risultati attesiRisultati attesi Disponibilità di strumenti di tipo generale (banche

dati, sistemi di ricerca, programmi per analisi delle sequenze, strumenti bioinformatici di uso comune)

SRS per interrogazione di banche dati di pubblico dominio (GenBank, LocusLink, OMIM, SwissProt, ecc.) e strumenti di analisi di pubblico dominio (BLAST, FASTA, ecc.)

Disponibilità di strumenti di analisi e banche dati di specifico interesse ai fini del progetto HRBC

Nuovi strumenti specificamente sviluppati da questa unità


RiferimentiRiferimenti Lingua:

inglese (e italiano nella parte riservata) Nome:

Hormone Responsive Breast Cancer (HRBC) Genomics Network

Dominio: hrbc-genomics.net(e hrbc-genomics.org e hrbc-genomics.info)

Indirizzo:www.hrbc-genomics.net

Logo:da definire


Logo attualeLogo attuale


Contenuti (area pubblica)Contenuti (area pubblica)Presentazione del progetto sintesi del progetto di ricerca responsabili unità operative e altri contatti elenco articoli/documenti vari prodotti nell’ambito del

progetto


Contenuti (area pubblica)Contenuti (area pubblica) sito SRS (con accesso a software d’analisi, se

collegato a SRS)– elenco database da definire– possibile inserimento di nuovi database– elenco software a definire– limitazione d’accesso (per progetto, per utente)– riferimento iniziale SRS @ ISA/CNR


Contenuti (area pubblica)Contenuti (area pubblica) link a siti unità operative e partner link a siti di interesse scientifico affine al progetto link a corsi di formazione on-line (free) selezionati

tra quelli esistenti per la loro attinenza al progetto e agli strumenti del progetto

elenchi da definire


Contenuti (area pubblica)Contenuti (area pubblica) Materiale didattico corsi organizzati dal progetto

– Sull’accesso e utilizzo degli strumenti– Sulle tecnologie (microarray)

Materiale didattico corsi organizzati dai partner– Biology for dummies– Perl

Mirror di corsi creati da altri ricercatori– BioComputing Division VSNS


Contenuti (area pubblica)Contenuti (area pubblica) analisi dei risultati dei questionari

– Quali tools installare e perché– Quali tools sviluppare e perché

dati estratti dinamicamente da db


Contenuti (area riservata)Contenuti (area riservata) progetto di ricerca dettagliato, elenco dettagliato partner, documenti prodotti nell’ambito del progetto:

– presentazioni a meetings (questo!)– relazioni annuali


Contenuti (area riservata)Contenuti (area riservata) archivio mailing list di progetto

– coordinamento– annunci interni– annunci pubblici (?)– unità operative


Contenuti (area riservata)Contenuti (area riservata)

Database dati sperimentali del progetto– Database microarray– Database overall del progetto

Interfacce per accesso a software di analisi dei dati di espressione genica e proteomica– Sviluppati nel progetto– Sottoposti a licenza– Computazionalmente onerosi


Contenuti (area riservata)Contenuti (area riservata)Questionari

Esempi:– Quali software esistenti si desiderano sul sito– Quali analisi sarebbe utile implementare

Implementazione:– Compilazione tramite form– Inserimento dati in db– Estrazione dati riassuntivi


Contenuti (area riservata)Contenuti (area riservata)Sviluppo cooperativo di documenti

Esempi:– Preparazione materiale corsi– Redazione relazioni/articoli

Strumenti– Wiki?


SRS - SRS - Sequence Retrieval SoftwareSequence Retrieval Software SRS è un esempio di integrazione locale di

banche dati eterogenee in maniera semplice ed efficiente

L’approccio originale di SRS consiste ino Banche dati disponibili localmente come “flat file”o Definizione di sintassi specifiche per l’estrazione

dei datio Utilizzo di link interni espliciti e impliciti tra

banche datio L’integrazione trasparente con applicazionio L’integrazione esterna tramite link HTML


SRS – I linksSRS – I links

• I collegamenti (links) tra banche dati possono essere definiti in maniera o Esplicita, quando un termine è

appositamente inserito in un field come riferimento a una entry di un’altra banca dati

o Implicita, cercando termini comuni all’interno di fields predefiniti di banche dati diverse


SRS – I links esplicitiSRS – I links espliciti

• Esplicito riferimento a un’altra banca dati

Other_collection_numbers CCUG 34964; NCIB 12128

Literature DSM ref.no. 72; DSM ref.no. 1300

EMBL: X52289


SRS – I links implicitiSRS – I links impliciti

• Termini comuni in banche dati diverse

TargetGene: APOE

Constructed_from pMB1, pSC101 and Tn3

Name Gluconacetobacter xylinus subsp. xylinus, (Brown 1886) Yamada, Hoshino and Ishikawa 1998 VL

Literature Nucleic Acids Res 1990;18:4967 [PMID: 2395673]


SRS – Possibili estensioniSRS – Possibili estensioni

• SRS è facilmente estendibileo Nuove banche dati possono essere aggiunte

dando una descrizione della loro sintassi nel linguaggio Icarus o fornendo il DTD

o È possibile stabilire nuovi collegamenti tra banche dati inserendo xrefs o lasciando che siano identificati da SRS, specificando i fields

o Molte banche dati sono distribuite in formato “flat file” e con relative sintassi Icarus (qualche DTD)


SRS: operatori linkSRS: operatori link

• SRS consente di utilizzare i link esistenti per le ricerche tramite un apposito operatore: <o swissprot < EMBLo EMBL < swissproto swissprot < [EMBL-id: X52289]o [EMBL-organism:human]

< [medline-pmid:3137981]


Gestione di un sito SRSGestione di un sito SRS Aggiornamento del software

o Nuove releases (3-4 / anno)o Modifiche software / nuove funzioni

Aggiornamento banche datio Nuove releases (3-4 / anno)o Modifica contenuto / struttura file

Controllo processio Directory temporaneeo Problemi memoria/discoo Analisi degli accessi


Nuove banche datiNuove banche dati

Definizione delle informazioni e analisi delle sorgenti

Analisi dei link con banche dati esistenti Definizione di una struttura dati e di un

formato “flat file” o DTD Creazione di un’analizzatore di sintassi Indicizzazione


Con la collaborazione di…..Con la collaborazione di…..

Idee raccolte e discusse con:

Assunta Manniello, Istituto Nazionale per la Ricerca sul Cancro, Genova

Elda Rossi e Francesco Falciano, CINECA, Bologna

Angelo Facchiano, ISA/CNR, Avellino


Stato del sito prototipoStato del sito prototipo

http://www.hrbc-genomics.net/http://www.hrbc-genomics.net/internal/

(user: hrbc, password: testpwd)

Contenuti: Struttura definita, pagine riservate protette Link a vari strumenti su siti dei partner (ISA/CNR,

CINECA) Corso Biocomputing Division (BCD) della Virtual

School of Natural Sciences (VSNS)

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