2019.10.09版 1

R本体とRStudioとRパッケージのインストール（Windows版）

東京大学・大学院農学生命科学研究科アグリバイオインフォマティクス教育研究プログラム

門田幸二（かどた こうじ）kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp

http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/

R本体は最新のリリース版、Rパッケージは「必要最小限プラスアルファ」の推奨インストール手順を示します。スライドはWindows10環境でのスクリーンショットです。ウェブブラウザによって挙動が多少異なるのでご注意ください。私はChromeを使っています。

Contents◼ 事前準備：古いR本体とパッケージ群の削除

◼ R本体のインストール

◼ PC環境設定（登録されている拡張子も表示する）

◼ RStudioのインストール

◼ Rの起動と終了

◼ パッケージ群のインストール

◼ インストール確認

◼ エラーへの対処（パッケージの個別インストール）

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事前準備

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現在進行中の論文でバージョンを変更したくない場合などを除き、たとえ以前インストールしたR本体のバージョンがそれほど古くなくても（あるいは全く同じ最新版だったとしても）自己責任で手順通りに真っさらな状態にしておくことが肝要です（もちろん全て自己責任のもとで）

事前準備

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まずはR本体の削除。①プログラムのアンインストール

①

事前準備

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①削除したいR本体を選択して、②アンインストール

①

②

事前準備

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次は、以前にインストール済みのRパッケージ群の削除。以前インストールした場所が①ドキュメントの場合は、②に見えているRフォルダごと削除

①

②

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◼ R本体のインストール

◼ PC環境設定（登録されている拡張子も表示する）

◼ RStudioのインストール

◼ Rの起動と終了

◼ パッケージ群のインストール

◼ インストール確認

◼ エラーへの対処（パッケージの個別インストール）

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2019.10.09版

R本体のインストール

8

R本体は、①最新版（リリース版）のインストールが基本です

①

R本体のインストール

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①Rのインストーラ

①

R本体のインストール

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①

②

ここでは①ダウンロードフォルダになっていますが、どこでもよいのでダウンロードして、②exeファイルを実行。ここではR-3.6.1-win.exeとなっていますが、多少数値が違っていてもとりあえず気にせずに進めて構いません。

R本体のインストール

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②

①

「このアプリがデバイスに変更を加えることを許可しますか?」と出たらYes。①OK、②次へ。

R本体のインストール

122019.10.09版

②

①

①ここにR本体がインストールされます。このときはver. 3.6.1でした。②次へ。

R本体のインストール

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②

①

①32ビットのPCを使っているヒトはおそらくいないので、ここのチェックを外す。②次へ。

R本体のインストール

142019.10.09版

①

①次へ。

R本体のインストール

152019.10.09版

①次へ。

①

R本体のインストール

162019.10.09版

①

②

③

①ここにチェックを入れて、②次へ。もしチェックし忘れても、単にインストール後にデスクトップ上に③のようなアイコンが作成されないだけなので問題ありません。

R本体のインストール

172019.10.09版

①

②

①インストール中…、②完了。1分程度。

R本体のインストール

182019.10.09版

①

インストール完了後のデスクトップ画面。①こんな感じのアイコンが作成されます。

Contents◼ 事前準備：古いR本体とパッケージ群の削除

◼ R本体のインストール

◼ PC環境設定（登録されている拡張子も表示する）

◼ RStudioのインストール

◼ Rの起動と終了

◼ パッケージ群のインストール

◼ インストール確認

◼ エラーへの対処（パッケージの個別インストール）

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PC環境設定

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①

①ファイルの拡張子を明示させる作業です。

PC環境設定

212019.10.09版

①

②

③

こんな感じに見えるので、①設定。②のような画面になる。③設定の検索のところで…

PC環境設定

222019.10.09版

①

②

①拡張子と打つと、すぐに直下に候補が見られるので、②を選択

PC環境設定

232019.10.09版

①

②

③

①エクスプローラーのオプションの表示タブが開く。②下にスクロールすると、③登録されている拡張子は表示しないの項目が見つかるので…

PC環境設定

242019.10.09版

①

②

③

①チェックを外して、②適用、③OK

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◼ R本体のインストール

◼ PC環境設定（登録されている拡張子も表示する）

◼ RStudioのインストール

◼ Rの起動と終了

◼ パッケージ群のインストール

◼ インストール確認

◼ エラーへの対処（パッケージの個別インストール）

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RStudioのインストール

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①をクリック

①

RStudioのインストール

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こんな感じになります。①でリストアップされているものの中から、Windows用を探す。

①

RStudioのインストール

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①

①発見。

RStudioのインストール

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①発見。ここでは①ダウンロードフォルダになっていますが、どこでもよいのでダウンロードして、②exeファイルを実行。ここではRStudio-1.2.5001.exeとなっていますが、多少数値が違っていてもとりあえず気にせずに進めて構いません。

①

②

RStudioのインストール

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①

①次へ。

RStudioのインストール

312019.10.09版

②

①

①ここにRStudioがインストールされます。②次へ。

RStudioのインストール

322019.10.09版

①インストール。

①

RStudioのインストール

332019.10.09版

①インストール中…、②完了。1分程度。

①

②

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◼ PC環境設定（登録されている拡張子も表示する）

◼ RStudioのインストール

◼ RStudioの起動と終了、画面の説明、設定変更

◼ パッケージ群のインストール

◼ インストール確認

◼ エラーへの対処（パッケージの個別インストール）

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RStudioの起動

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Windows10のデスクトップのスクショ。①右下にあるスタートメニューをクリック。

①

RStudioの起動

362019.10.09版

①

②

③

①スタートメニューが表示されるので、スクロールダウンし、②RStudio、③RStudioをクリックして起動します。

RStudioの起動

372019.10.09版

こんな感じになります。

RStudioの終了

382019.10.09版

RStudioの終了は、通常のソフトウェアと同様に、②×ボタンを押せばよいです。

②

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◼ RStudioのインストール

◼ RStudioの起動と終了、画面の説明、設定変更

◼ パッケージ群のインストール

◼ インストール確認

◼ エラーへの対処（パッケージの個別インストール）

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画面の説明

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再度起動した状態。①Consoleというタブがアクティブになっていることがわかります。

①

画面の説明

412019.10.09版

再度起動した状態。①Consoleというタブがアクティブになっていることがわかります。②この赤枠部分を「Console画面」といいます。

① ②

画面の説明

422019.10.09版

①Filesというタブがアクティブになっていることがわかります。②この赤枠内で見えているものはヒトそれぞれです。

① ②

画面の説明

432019.10.09版

①Filesというタブがアクティブになっていることがわかります。②この赤枠内で見えているものはヒトそれぞれです。正確には、おそらくデフォルトでは③ドキュメントフォルダの中身が表示されます。

① ②

③

画面の説明

442019.10.09版

ここはまだよくわからなくてもよいところですが…①Historyタブがアクティブになっていることがわかります。

①

画面の説明

452019.10.09版

①②

ここはまだよくわからなくてもよいところですが…①Historyタブがアクティブになっていることがわかります。ここには②Console画面上で行った作業履歴（つまりHistory）が記録されてゆきます。

画面の説明

462019.10.09版

② ①

③

ここはまだよくわからなくてもよいところですが…①Historyタブがアクティブになっていることがわかります。ここには②Console画面上で行った作業履歴（つまりHistory）が記録されてゆきます。RStudioを終了すると、自動的に③.Rhistoryというファイル名で保存されます。

画面の説明

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②

それゆえ、赤枠部分を真っ新にしたい場合は、①.Rhisotyを削除すればよいです。まだ何も作業をしていないので理解できなくてもよいところです。

①

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◼ RStudioのインストール

◼ RStudioの起動と終了、画面の説明、設定変更

◼ パッケージ群のインストール

◼ インストール確認

◼ エラーへの対処（パッケージの個別インストール）

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設定変更1

492019.10.09版

①Console画面の文字サイズを調整するやり方を示します。メニューバーの②Tools

①

②

設定変更1

502019.10.09版

①Console画面の文字サイズを調整するやり方を示します。メニューバーの②Tools、③Global Options

②

③

設定変更1

512019.10.09版

①Console画面の文字サイズを調整するやり方を示します。メニューバーの②Tools、③Global Options、④Appearance。

③

設定変更1

522019.10.09版

①ここで変更できます。

①

設定変更1

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①ここで変更できます。②フォントサイズを12にして、③Apply。

②

③

設定変更1

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確かに①Console画面内の文字が少し大きくなりました。②OK。

①

②

設定変更2

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再度メニューバーの①Tools、②Global Options。

①

②

設定変更2

562019.10.09版

デフォルトの、①Generalが見えています。

①

設定変更2

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デフォルトの、①Generalが見えています。②がさきほどの作業履歴（History情報）の保存に関する設定部分。

①

②

設定変更2

582019.10.09版

①

②③

デフォルトの、①Generalが見えています。②がさきほどの作業履歴（History情報）の保存に関する設定部分。デフォルトで③にチェックが入っているので、作業履歴情報ファイル.Rhistoryが作成されているのだろうと読み取れます。

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◼ RStudioのインストール

◼ RStudioの起動と終了、画面の説明、設定変更

◼ パッケージ群のインストール

◼ インストール確認

◼ エラーへの対処（パッケージの個別インストール）

592019.10.09版

パッケージ群のインストール

602019.10.09版

①

ここまでで、①R本体とRStudioのインストールが終わっています。次は、②このサイトやアグリバイオの講義で使用するパッケージ群のインストールを行います。実際には利用しないものも含まれてはいますがご容赦ください。

②

パッケージ群のインストール

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②をクリック。

②

RStudioを起動

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①

①RStudioを起動

RStudioを起動

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①

①RStudioを起動。起動完了。

パッケージのインストール

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①

①パッケージ群のインストールを行います。②赤枠部分を全て反転させてコピー。具体的には…

パッケージのインストール

652019.10.09版

①

こんな感じで①左上から…

パッケージのインストール

662019.10.09版

①

こんな感じで①左上から…ず～っと、②最終行の###が連続しているところであればどこでもよいので、選択して（反転させて）…

②

パッケージのインストール

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右クリックで、①コピー。

①

パッケージのインストール

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右クリックで、①コピー。②R Console画面上（つまり赤枠内）で、右クリックで③ペースト

①

②

③

パッケージのインストール

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こんな感じになります。

パッケージのインストール

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こんな感じになります。まだコマンドが実行されていない状態ですので、①リターン(Enter)キーを押して実行します。

①

途中経過

712019.10.09版

インストールが始まりました。東大有線LAN環境で約30分。

途中経過

722019.10.09版

しばらくこんな感じの画面が続きます。

インストール場所

732019.10.09版

ヒトによってインストールされる場所が異なるようです。私が今回やったときは、①ドキュメントフォルダに自動的に作成された、②Rというフォルダ内の、③win-libraryの…

①

②

③

インストール場所

742019.10.09版

ヒトによってインストールされる場所が異なるようです。私が今回やったときは、①ドキュメントフォルダに自動的に作成された、②Rというフォルダ内の、③win-libraryの、④3.6というフォルダ内に、⑤パッケージごとのフォルダがどんどん作成されていきます。

④⑤

インストール場所

752019.10.09版

この作業は結構面倒ですし、うまくインストールされないパッケージも少なからずあります。しかしながら、この作業をやっておくことで、講義や講習会で利用するパッケージのインストールがほぼできていることになります。特にアグリバイオの状況（受講人数が多めで講義補助員がほぼいない）でも講義を穏やかに進められる可能性を高めるための必須の作業です。つまり、講義当日にパッケージのインストールができていないヒトの個別対応をやっている場合ではない、ということです。

Historyと対応

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途中経過ですが、よく見ると①Historyで見えているものと、②Console画面上で行われているコマンドが対応していることに気づきます。つまり、今は③TxDb.Hsapiens…というパッケージのインストールが行われているということです。

①②

③

③

作業完了

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無事最後まで終了したところ。起動直後と同じ、①コマンド入力待ち状態(>)になったら終了です。②Historyのところも同様になっていますね。この段階で一区切りなので、疲れたら一旦終了でもよいです。

①

②

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◼ RStudioの起動と終了、画面の説明、設定変更

◼ パッケージ群のインストール

◼ インストール確認

◼ エラーへの対処（パッケージの個別インストール）

782019.10.09版

インストール確認

792019.10.09版

パッケージ群が無事インストールできているかを確認します。①下矢印キーを10回程度押して、②のあたりが画面上部になるあたりまでページ下部に移動。

①②

インストール確認

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パッケージ群が無事インストールできているかを確認します。①下矢印キーを10回程度押して、②のあたりが画面上部になるあたりまでページ下部に移動。こんな感じ。③の作業を行います。

②

③

インストール確認

812019.10.09版

作業自体は、さきほどと同じくコピペです。ここではアグリバイオの講義で使いそうなパッケージを実際に読み込む（ロードする）作業を行っています。1回目とか2回目とか書いていますが、中身は同じです。1回目はごちゃごちゃ様々なメッセージが出ます。2回目はエラーが出て読み込めなかったパッケージのみメッセージが出ることを利用しています。

③

インストール確認

822019.10.09版

赤枠内のコード全体を①コピーして…

①

インストール確認

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赤枠内のコード全体を①コピーして…②Console画面上で、右クリックで③ペースト。インストール完了直後の状態でも、一旦終了してRを再び起動させたあとの状態でもどちらでもよい。

①

②

③

インストール確認

842019.10.09版

まだコマンドが実行されていない状態ですので、①リターン(Enter)キーを押して実行します。

①

インストール確認

852019.10.09版

途中経過。こんな感じで画面がどんどん遷移します。1分程度で終了します。

インストール確認

862019.10.09版

終了後の状態。①Console画面上に見えている範囲のパッケージ群は、エラーなくロード（読み込み）できていると解釈します。②上にスクロールさせていって、エラーメッセージが出ているものがないかを確認

②

①

インストール確認

872019.10.09版

①上方向に1クリックした段階で、②早速発見!

①②

インストール確認

882019.10.09版

①上方向に1クリックした段階で、②早速発見!。実はこのパッケージ（rbamtools）は、ネガティブコントロールです。（昔は存在していたが2019年10月現在は）存在しないことが分かっています。つまり、措置は必要ありません。パッケージのインストールがミスっているときにはこんな感じになるという例です。

①②

インストール確認

892019.10.09版

①さらに上方向に2クリックほどすると、②が見えてきます。

①

②

インストール確認

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①さらに上方向に2クリックほどすると、②が見えてきます。この「#2回目（…）」という文字から下の領域で、直前のスライドで見たような「’xxx’という名前のパッケージは存在しません」となった場合には、「個別パッケージのインストール」で対応します。

①

②

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◼ RStudioのインストール

◼ RStudioの起動と終了、画面の説明、設定変更

◼ パッケージ群のインストール

◼ インストール確認

◼ エラーへの対処（パッケージの個別インストール）

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エラーへの対処

922019.10.09版

「’xxx’という名前のパッケージは存在しません」となった場合には、「個別パッケージのインストール」で対応しますの具体的な対応策を示します。①をクリック。

①

エラーへの対処

932019.10.09版

こんな感じになります。①で見えている例題はBsgenome.Drerio.UCSC.danFer7というパッケージをインストールしたい場合のコードです。この例題コードをテンプレートとして、パッケージ名部分のみ変更して利用するやり方を示します。

①

エラーへの対処

942019.10.09版

RStudioの、①File、②New File、③R Script。RStudio内でエディターを起動しています。

② ③

②

エラーへの対処

952019.10.09版

こんな感じになります。

エラーへの対処

962019.10.09版

こんな感じになります。①赤枠部分にエディターが起動しているので、この中にさきほどの例題コードをコピペします。

①

エラーへの対処

972019.10.09版

①赤枠内をコピー。

①

エラーへの対処

982019.10.09版

赤枠内で、①ペースト。

①

エラーへの対処

992019.10.09版

こんな感じになります。

エラーへの対処

1002019.10.09版

こんな感じになります。①のあたりを上下させることで、それぞれの画面の幅を調節することができます。

①

エラーへの対処

1012019.10.09版

赤枠内は、確かにさきほどコピペした例題コードだということが分かります。①上部に移動。

①

エラーへの対処

1022019.10.09版

こんな感じ。

①

エラーへの対処

1032019.10.09版

①の部分のパッケージ名を目的のものに変更すればよい。例えば、エラーが出ることがわかっているがrbamtoolsにする場合は…

①

エラーへの対処

1042019.10.09版

①の部分のパッケージ名を目的のものに変更すればよい。例えば、エラーが出ることがわかっているがrbamtoolsにする場合は、②こんな風にすればよい。

②

エラーへの対処

1052019.10.09版

後は、コード全体をコピペ実行すればよいので、①左上のところから…

①

エラーへの対処

1062019.10.09版

後は、コード全体をコピペ実行すればよいので、①左上のところから、②最終行まで反転させて…

②

エラーへの対処

1072019.10.09版

後は、コード全体をコピペ実行すればよいので、①左上のところから、②最終行まで反転させて、赤枠内で③Copy。

③

エラーへの対処

1082019.10.09版

後は、コード全体をコピペ実行すればよいので、①左上のところから、②最終行まで反転させて、赤枠内で③Copy。Console画面内で、④Paste。

①

エラーへの対処

1092019.10.09版

①

まだコマンドが実行されていない状態ですので、①リターン(Enter)キーを押して実行します。

エラーへの対処

1102019.10.09版

この場合はrbamtoolsパッケージが存在しないことがわかっているので①「そんなパッケージはない」と言われていることがわかります。がもし実在するパッケージであれば、このようなやり方でうまくいくはずです。

①

エラーへの対処

1112019.10.09版

この場合はrbamtoolsパッケージが存在しないことがわかっているので①「そんなパッケージはない」と言われていることがわかります。がもし実在するパッケージであれば、このようなやり方でうまくいくはずです。インストール確認の個別パッケージ版と同じですが、②のように打ち込んでエラーが出ないか確認します。

②

①

エラーへの対処

1122019.10.09版

この場合はrbamtoolsパッケージが存在しないことがわかっているので①「そんなパッケージはない」と言われていることがわかります。がもし実在するパッケージであれば、このようなやり方でうまくいくはずです。インストール確認の個別パッケージ版と同じですが、②のように打ち込んでエラーが出ないか確認します。③今回の場合は予定通りエラーが継続して出ていますが、もしインストールに成功していれば③の部分に何も表示されなくなります。

②

①

③