RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS...
Transcript of RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS...
![Page 1: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/1.jpg)
RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS TRANSMEMBRANA
Laia Font
Mireia Gimeno
Maria Larroy
Paola Paoletti
Laura Vicente
![Page 2: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/2.jpg)
Per què les proteïnestransmembrana són
dificils de cristal.litzar?
![Page 3: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/3.jpg)
• Part hidrofílica i hidrofòbica a les diferentssuperfícies.
• Aquest fet les fa no solubles
• Podem utilitzar detergents per formar un complexe proteïna-detergent amb la part hidrofòbica a l’interior.
• Molt poques s’han pogut cristal.litzar.
![Page 4: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/4.jpg)
Importància dels receptors acoblats a proteïnes G
• Superfamília transductora de senyals a través de la membrana
• A l’exterior reben lligand• A l’interior activen proteïnes G• Constituits per una sola cadena polipeptídica
entre 450-600 aa• S’identifiquen 7 regions hidrofòbiques que
travessen la membrana
![Page 5: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/5.jpg)
Llocs d’unió dels lligands
• La majoria s’uneixen a les hèlixs, com per exemple el retinal de la rodopsina (forma una base de Schiff amb l’àtom de N de la Lys296)
• La segona i tercera nansa citosòlicareconeixen les proteines G
![Page 6: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/6.jpg)
Activació dels receptors i de les proteïnes G
• Creació de la senyal per unió a lligand o per fotó (rodopsina)
• Transducció de la senyal a través de la membrana
• Interacció amb la proteïna G
• Activació del mecanisme efector i variaciódels nivells del 2n missatger.
![Page 7: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/7.jpg)
Patrons comuns del receptors acoblats a proteïnes G
• Patró comú a les regions transmembrana de la família A (relacionada amb la rodopsina)
• Establertes les homologies (alineaments de seq. dins de les superfamílies) es poden construir models en 3D utilitzen com a templates estructures com la rodopsina i la bacteriorodopsina.
TM1: GXXXN o GN TM2: LXXXDXXXXXXXP o LXXXDXXXXXXXXP TM3: SXXXLXXIXXDR o SXXXLXXI XXHR TM4: WXXXXXXXXP o WXXXXXXXXXP TM5: FXXPXXXXXXXY TM6: FXXCXXP TM7: LXXXXXXXDPXXY o LXXXXXXXNPXXY
![Page 8: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/8.jpg)
Bacteriorodopsina
• Proteïna fotosintètica d’Halobacterium.
• Converteix la llum (500-600nm) en un gradientprotònicà Producció d’ATP
• Funció de bomba protònica depenent de la llum.
![Page 9: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/9.jpg)
Estructura
• 7 hèlixtransmembrana ambloops d’interconexió curts
• Mol.lècula de retinalunida a les hèlix de forma covalent, viauna Schiff Base, a Lys-216
![Page 10: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/10.jpg)
Schiff Base
• Càrrega positiva situada al centre del canal entre Lys i el retinal.
• Juntament amb el retinal separen l’espai citoplasmàtic de l’extracel.lular
Retinal
![Page 11: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/11.jpg)
Quan arriba la llum...Fotoisomerització
• Retinal passa de la forma transàcis
• Conversió de la llum a energiaquímica.
![Page 12: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/12.jpg)
![Page 13: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/13.jpg)
![Page 14: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/14.jpg)
Rodopsina
•Proteïna transmembrana, pigment dels bastons
•Receptor de 7 hèlixs-αacoblat a proteïnes G.
•Consta de dues parts:
•ProtèicaàOpsina
•No protèica à 11-cis-retinal (derivat vit. A)
![Page 15: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/15.jpg)
• Polipèptid de 348 aa, distribuida en 7 hèlixsen posicióperpendicular.
• Part carboxiterminal al citosol, mentres que l’amino es troba interdiscal.
Opsina
![Page 16: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/16.jpg)
Retinal
•Aldehid de la vitamina A
•Formació a partir del retinol
•Unida a les hèlixs a la part central
•Posada perpendicularment
![Page 17: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/17.jpg)
Síntesi del retinali estructures derivades
Procés cíclic
![Page 18: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/18.jpg)
Rodopsina: Opsina i retinal juntes
![Page 19: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/19.jpg)
Quan arriben els fotons de la llum...
![Page 20: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/20.jpg)
La forma trans no encaixa tant bé en la opsina, i per tantserà molt susceptible de tornar a ser metabolitzada i regenerada
Es genera un impuls nerviós
Canvi conformacional de cis à trans
![Page 21: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/21.jpg)
BACTERIORODOPSINAI RODOPSINA
![Page 22: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/22.jpg)
BACTERIORODOPSINA (BR)
- Halobacterium halobium (arquees halofíliques)
- Proteïna integral de membrana (BOMBA DE PROTONS)
- Fotocicle:
⇓
reconversió tèrmica
- H+ d’intracel·lular a extracel·lular → Gradient electroquímic
- Síntesi d’ATP (ATP sintetasa) i transport d’ions i aa
All-trans-retinal
13-cis-retinal
![Page 23: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/23.jpg)
Determinació de l’estructura
- Reconstrucció 3D (7 Å) mitjançant microscopia electrònica de cristalls 2D
- Microscopia crio-electrònica de critalls 2D (3 Å)
- Difracció raigs X de cristalls 3D (1,9 Å ; 1.55 Å)
• Informació d’estadis intermediaris mitjançant anàlisi a temperatures criogèniques (pulsos lasers)
- Mètodes d’espectroscopia:
• mesures òptiques en el rang del UV-visible• FTIR (Fourier Transform InfraRed)
• espectroscopia Raman de ressonància• NMR• ESR (Electron Spin Resonance)
![Page 24: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/24.jpg)
Classificació SCOP
- Plegament: receptors acoblats a proteïnes G classe A
- Superfamília: receptors acoblats a proteïnes G classe A
- Família: bacteriorhodopsin-like
Entrada Protein Data Bank
- 1bm1
![Page 25: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/25.jpg)
Estructura
- 248 aa
- 7 hèlix transmembrana
- Retinal (cromòfor)
- N-terminal extracel·lular
- C-terminal intracel·lular
- Segments extramembr. no funcionals A
BC
D
EFG
EXTRACEL·LULAR
INTRACEL·LULAR
![Page 26: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/26.jpg)
- Hèlix E, F i G perpendiculars al pla de la membrana
- Hèlix A, B, C i D atravessen membrana amb angle d’inclinació (20°)
- 7 hèlix defineixen una cavitat
- Cavitat:
• Retinal + cadenes laterals dels aa
• Pas del H+
D
A
B
EF
C
G
![Page 27: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/27.jpg)
- Hèlix E, F i G perpendiculars al pla de la membrana
- Hèlix A, B, C i D atravessen membrana amb angle d’inclinació (20°)
- 7 hèlix defineixen una cavitat
- Cavitat:
• Retinal + cadenes laterals dels aa
• Pas del H+
![Page 28: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/28.jpg)
- Planaritat de la cadena poliènica i l’anell ionona
- Interacció amb càrregues veïnes:
• Lys-216
• Asp-85
• Asp-212
⇓Absorció de longituds d’ones dels vermells
(PURPLE MEMBRANE)
Lys-216
Retinal
Asp-85
Asp-212
Retinal
Retinal
![Page 29: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/29.jpg)
- Residus aromàtics envolten i inmobilitzen la cadena poliènica del retinal
- Regió proximal: Trp-86 i Trp-182
- Regió distal: Trp-138 i Trp-189
Trp-86
Trp-182
Trp-189
Trp-138
![Page 30: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/30.jpg)
- Retinal forma una base de Schiff amb el grup amino de Lys-216 (hèlix G)
Lys-216
Retinal
![Page 31: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/31.jpg)
-Base de Schiff divideix la cavitat en dos seccions:
![Page 32: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/32.jpg)
• Extracel·lular: residus carregats i polars
- Asp-85
- Asp-212, Arg-82, Glu-204, Glu-194
Lys-216
Asp-212 Asp-85
Arg-82
Glu-204Glu-194
![Page 33: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/33.jpg)
• Citoplasmàtica: residus hidrofòbics
- Asp-96 (excepció)
Asp-96
![Page 34: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/34.jpg)
Transport de H+:
protonació/desprotonació
- Lys-216 i Asp-85 són imprescindibles per el transport
Lys-216
Asp-85
![Page 35: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/35.jpg)
- Pas 1: Base de Schiff protona Asp-85
- Pas 2: Asp-96 reprotonala base de Schiff
- Pas 3: Reprotonació d’Asp-96
- Pas 4: Alliberament del H+ al medi
-Pas 5: Transferència del H+ de l’Asp-85 al grup alliberador de protons (Glu-204 i Glu-194)
Asp-85
H+
Asp-96
H+
Glu-194
Glu-204
1
2
3
4
5
![Page 36: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/36.jpg)
RODOPSINA
-GPCR
-Retinal (cromòfor):
Canvi conformacionalUnió
transductina(proteïna G)
Cascada transmissió senyal
![Page 37: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/37.jpg)
Descobrint l’estructura...
- Cryo-EM de cristalls 2D de rodopsina ⇒ 7 hèlixs
transmembrana.
- NMR ⇒ caracterització de l’estructrua i funció del cromòfor i
pèptid.
- Any 2000 resolució de l’estructura d’un cristall 3D de rodopsina
bovina.
- Estructura refinada a 2.8 Å de ressolució.
![Page 38: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/38.jpg)
Classificació SCOP
Plegament: receptors acoblats a proteïnes G classe A
Superfamília: receptors acoblats a proteïnes G classe A
Família: rhodopsin-like
Entrada Protein Data Bank
1l9h
![Page 39: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/39.jpg)
Estructura
-7 hèlixs transmembrana
-1 hèlix citoplasmàtica
- Hèlixs irregulars enlongitut i orientació
- 4 làmines βextracel·lulars
- Retinal (no planar)
III
III
IV
V
VI
VIIVIII
Extracel·lular
Intracel·lular C terminal
N terminal
![Page 40: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/40.jpg)
-Hèlixs no són rectes ni regulars ⇒Pro associades.
- Hèlix II Gly 89 i Gly90.
ProGly 89 i 90
![Page 41: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/41.jpg)
- Pont S-S molt conservat entre Cys110 i Cys 187 perestabilitzar la làmina β4.
Làmina β4
Cys110-Cys187
![Page 42: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/42.jpg)
-Retinal forma una base de Schiff amb elgrup amino de Lys296 (hèlix VII)
Lys296
11-cis-retinal
![Page 43: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/43.jpg)
El retinal i el seu ambient
- Retinal localitzat proper a la cara extracel·lular.
- Medi d’unió barreja degrups hidrofòbics i polars / grups carregats:
-Phe 212 i Phe 261properes a l’anell β-ionona
-Cadena lateral de Trp265 entre l’anell i la base de Schiff.
Lys 296
Trp265Phe212
Leu261
Extracel·lular
Intracel·lular
![Page 44: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/44.jpg)
- Grups polarsThr118 i Tyr268propers al centre del poliè.
- Cadena lateral de Glu122 properaa l’anell β-ionona.
Lys296
Thr118
Tyr268
Glu122
![Page 45: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/45.jpg)
Activació de la rodopsina
1r. Fotoisomerització del 11-cis-retinal a all-trans-retinal.
2n. Canvi conformacional del cromòfor ⇒ moviment de leshèlixs:
- hèlix VII s’allunya de les hèlix I
- hèlix VI s’allunya de les altres hèlixs.
![Page 46: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/46.jpg)
Aliniament clustalw: poca conservació en seqüència
![Page 47: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/47.jpg)
Rodopsina / bacteriorodopsina
RMSD = 3.49
- Coincidència de leshèlixs transmembrana.
- Diferències degudes als kinks de la rodopsina.
- Diferències als loops.
Bacteriorodopsina
Rodopsina
![Page 48: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/48.jpg)
Aliniament per estructura
![Page 49: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/49.jpg)
Rodopsina i funció GPCR
- Estructrua del cristall de rodopsina ⇒ 1a estructura 3D
d’un GPCR.
- GPCRs gran interés biològic com a targets de drogues ⇒
rodopsina com a model per entendre processos de
senyalització.
- Irregularitats de les hèlixs de rodopsina ⇒ distorsió
models.
- Retinal site és representatiu de llocs d’unió de lligands
d’aquestes proteïnes.
![Page 50: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/50.jpg)
![Page 51: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/51.jpg)
Receptor de Serotonina
N
C
- Pertany a la superfamilia dels receptors acoplats a prot G. (GPCRs)
- 7 hèlix alfa transmembrana
- Interaccionen amb prot G
amb el domini intracel·lular
- 7 subtipus
- Alt interés farmacèutic
(migranya, depressió,
Parkinson, esquizofrènia...)
extracel·lular
intracel·lular
![Page 52: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/52.jpg)
NECESSITAT D'UN MODEL
NO CRISTAL·LITZADA
![Page 53: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/53.jpg)
1. CERCA DE SEQÜÈNCIES HOMÓLOGUES
Seqüència(id:AA69356)
pdb|1F88|1F88-A rhodopsin 482 e-136
pdb|1HZX|1HZX-A rhodopsin 477 e-135
PSI-BLAST
(base de dades PDB,SwissProt)
Resultats:
Obtenció dels pdb de l'SCOP(pdb1f88.ent i pdb1hzx.ent)
![Page 54: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/54.jpg)
2. ALINEAMENTS
Per seqüència:CLUSTALW: 18.2% d'identitat
Per estructura:
STAMP alineament dels templates
hmmbuildModel deMarkov
hmmalignModel de Markov
PFAM
TEMPLATE 1
TEMPLATE 2
5HTR
![Page 55: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/55.jpg)
2. ALINEAMENTPREDICCIÓ D'HÈLIX TRANSMEMBRANA
Millora de l'alineament: predicció d'hèlix transmembrana.
![Page 56: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/56.jpg)
TMHMM resultsoutside 1 76TMhelix 77 99inside 100 111TMhelix 112 134outside 135 148TMhelix 149 171inside 172 191TMhelix 192 214outside 215 233TMhelix 234 256inside 257 324TMhelix 325 347outside 348 356TMhelix 357 379inside 380 471
5HTR
També amb les seqüències homólogues (rodopsines)
2. ALINEAMENTPREDICCIÓ D'HÈLIX TRANSMEMBRANA
![Page 57: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/57.jpg)
PDB Hèlix alfa
Template 1
2. ALINEAMENTMODIFICACIÓ DE L’ALINEAMENT
![Page 58: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/58.jpg)
TMHMM Regions transmembrana de les hèlix
Template 1
2. ALINEAMENTMODIFICACIÓ DE L’ALINEAMENT
![Page 59: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/59.jpg)
5HTR
Template 1
Template 2
Regions transmembrana
![Page 60: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/60.jpg)
modificació manual!!
5HTR
Template 1
Template 2
Regions transmembrana
![Page 61: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/61.jpg)
3. MODELINGModel 1 Model 2
![Page 62: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/62.jpg)
MODEL RECEPTOR DE SEROTONINA
Helix transm 1Helix transm 2Helix transm 3Helix transm 4Helix transm 5Helix transm 6Helix transm 7
N-terminal
C-terminal
![Page 63: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/63.jpg)
4. VALORACIÓ DEL MODEL1. GEOMÈTRICAMENT: PROCHECK
Ramachandran plot: 84.0% core
11.7% allow 2.3% gener 2.0% disall
![Page 64: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/64.jpg)
VALORACIÓ DEL MODEL
2.- ENERGÈTICAMENT: PROSANo és possible per l'ambient lipídic.
3.- POSICIÓ DE RESIDUS CATIÒNICS:
Interacció amb el grup fosfat del
fosfolípid.
![Page 65: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/65.jpg)
Bacteriorodopsina
Rodopsina
5HTR
Intracel·lular
Extracel·lular
5HTR-bRho: 2.365HTR-Rho: 1.02
RMSD
![Page 66: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/66.jpg)
• Implicació de:butxaca entre les 7 hèlix transmembrana (domini extracel·lular)
• Estudis per mutagènesi dirigida
ESTRUCTURA DEL 5HTR1. DOMINI UNIÓ AL LLIGAND
![Page 67: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/67.jpg)
lligand gran
Neuropèptids
lligand petit
Serotonina
Hèlix 5Hèlix 3 (Asp) Loop II-III
N-terminal
![Page 68: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/68.jpg)
LOOP V i VI
C- TERMINAL
ESTRUCTURA DEL 5HTR2. DOMINI INTERACCIÓ A PROTEÏNA G
![Page 69: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/69.jpg)
CONSERVACIÓ d’AA de RODOPSINA en altresGPCR
Aa unió al retinal
5HTR
altres
GPCR
Phe 261 Trp 265 Tyr 168
Base de Shift
Lys 268
CLUSTALW
![Page 70: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/70.jpg)
Cys 110 Cys 187Aa del Pont S-S
CONSERVACIÓ d’AA de RODOPSINA en altresGPCR
![Page 71: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/71.jpg)
hmmalignModel de Markov
PFAM
Conservació del pont disulfur
CONSERVACIÓ d’AA de RODOPSINA en altresGPCR
![Page 72: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/72.jpg)
PONT S-S DEL MODEL
Cys 112
Cys 191
Helix3Loop IV-V
Distància entre Sofres2.030 Å
![Page 73: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/73.jpg)
CONSERVACIÓ d’ AA en diferents 5HTR
Aa unió al lligand segons mutagènesi dirigidaClustalw
![Page 74: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/74.jpg)
I aquí hi ha feina per anys...
model elaborat per C.Dezi (CRG)
ü 61 seq de 5HTR de partida i 50 models a Modeller
ü Refinament manual de l’alineament per mantenir residus conservats
ü Predicció: regions transmembrana amb 3 programes(SWISS-Prot, TMAP i TMPred)estructura secundària (Jpred)
ü Loops: mantenir distància entre extrems d’hèlix semblants a rodopsina i número de residus dels loops
ü Xarxa de ponts d’H i orientació dels residus dels llocs actius, segons dades de la literatura
![Page 75: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/75.jpg)
COMPARACIÓ DELS MODELS
El nostre model Model de C. Dezi
![Page 76: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/76.jpg)
AGRAÏMENTS
Agraïm la col·laboració de Nuria B. Centeno i Cristina Dezi
![Page 77: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/77.jpg)
Bibliografia
- R. E. Stenkamp, D. C. Teller, and K. Palczewski: Crystal Structure of Rhodopsin: A G-Protein-Coupled Receptor. ChemBioChem 2002, 3, 963 – 967.- Thomas P Sakamar: Structure or rhodopsin and the superfamily of seven-helical receptors: the same and not the same. Current opinion in CellBiology 2002, 14: 189 – 195.- Janos K. Lanyi: Bacteriorhodopsin. Department of Physiology & Biophysics, University of California, Irvine, CA 92697-4560- Elaine C Meng and Henry R Bourne: Receptor activation: what does therhodopsin structure tell us? Trends in Pharmacological Sciences. Volume 22,Issue 11, 1 November 2001, pages 587 – 593.-Sprang SR: G protein mechanisms: insights from structural analysis. Annu RevBiochem 1997, 66:639-678-Teller DC, Okada T, Behnke CA, Palczewsi K, Stenkamp RE: Advances in determination of high-resolution three-dimensional structure of rhodopsin, amodel of G-protein-coupled receptors (GPCRs). Biochemistry 2001, 40:7761-7772
-Joyce M Baldwin: Structure and function of receptors coupled to G proteins.Current Opinion in Cell Biology 1994, 6:180-190
![Page 78: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/78.jpg)
Materials i mètodes
Materials
-PBDs utilitzats:
. 1l9h (rodopsina)
. 1bm1 (bacteriorodopsina)
-Seqüència del receptor de serotonina:
. AAH69356 (NCBI)
Mètodes
-RasMol
-SplitChain
-Stamp
-TMHMM
-Modeller
-Procheck
-HMMER
![Page 79: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/79.jpg)
Comandes
-RasMol:RasMol> select *Y
RasMol> backbone off
RasMol> select retX
RasMol> color xxxxx
RasMol> select nnnX-nnnX
RasMol> color xxxxx
RasMol> select hydrophobic
RasMol> color xxxx
RasMol> select polar
RasMol> color xxxx
RasMol> select nnnX,nnnX
RasMol> ssbonds
Selecció de la cadena que no interessa i eliminació
Selecció del cromòfor (retinal) i colorejat
Selecció d’interval de residus pertanyents a la cadena d’interés icolorejat
Selecció de residus hidrofòbics de la cadena d’interés i colorejat
Selecció de residus polars de la cadena d’interés i colorejat
Selecció de residus involucrats en un pont disulfur
nnnn = nombre ; X,Y = cadena; xxxx = qualsevol color
![Page 80: RODOPSINA I LA SUPERFAMÍLIA DE RECEPTORS DE 7 HÈLIXS …sbi.imim.es/students/proj2004/rodopsin/Rodopsina.pdf · 2004-11-09 · reconeixen les proteines G. Activació dels receptors](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022070823/5f2ac63510036e74f4308ab9/html5/thumbnails/80.jpg)
-Stamp:
Fitxer d’entrada:
pdbc –d 1l9hA.pdb > rodopsina.domains
pdbc –d 1bm1.pdb >> rodopsina.domains
Stamp: stamp –l rodopsina.domains –rough –n 2 – prefix rodopsina
Aconvert: aconvert –in b –out c < rodopsina.2> rodospina2.clw
Transform: transform –f rodopsina.2 –g –o rodopsina2.pdb