Restrictie Enzymen
description
Transcript of Restrictie Enzymen
![Page 1: Restrictie Enzymen](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050721/568158ec550346895dc62d58/html5/thumbnails/1.jpg)
Restrictie EnzymenBacteriele verdediging tegen virale infecties door restrictie- (knip) enzymen.
![Page 2: Restrictie Enzymen](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050721/568158ec550346895dc62d58/html5/thumbnails/2.jpg)
• Restrictie Enzymen scannen de DNA sequentie• Vinden een zeer specifieke sequentie (volgorde)
van nucleotiden• Maken een specifieke ‘knip’ in het DNA
![Page 3: Restrictie Enzymen](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050721/568158ec550346895dc62d58/html5/thumbnails/3.jpg)
Palindromen in DNA sequentiesGenetische palindromen
zijn gelijk aan taal palindromen. Bv. Lepel of parterretrap.Een palindroom sequentie in DNA bestaat uit een gelijke 5’ to 3’ nucleotide sequentie in beide ketens.
5’
5’
3’
3’
![Page 4: Restrictie Enzymen](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050721/568158ec550346895dc62d58/html5/thumbnails/4.jpg)
Restrictie enzymen herkennen en knippen in een specifieke palindroom sequenctie, de
restrictie plek, in het DNA. Dit is meestal een sequentie van 4- tot
6 base paren.
![Page 5: Restrictie Enzymen](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050721/568158ec550346895dc62d58/html5/thumbnails/5.jpg)
Hae IIIHaeIII is een restrictie enzym die ‘zoekt’ op
het DNA molecuul tot het de onderstaande sequentie van 4 basen
vindt.
5’ TGACGGGTTCGAGGCCAG 3’3’ ACTGCCCAAGGTCCGGTC 5’
![Page 6: Restrictie Enzymen](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050721/568158ec550346895dc62d58/html5/thumbnails/6.jpg)
Als de sequentie wordt gevonden knipt Hae III het DNA op deze plek.
5’ TGACGGGTTCGAGGCCAG 3’3’ ACTGCCCAAGCTCCGGTC 5’
![Page 7: Restrictie Enzymen](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050721/568158ec550346895dc62d58/html5/thumbnails/7.jpg)
Deze knip levert “blunt ends”
5’ TGACGGGTTCGAGG CCAG 3’3’ ACTGCCCAAGGTCC GGTC 5’
![Page 8: Restrictie Enzymen](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050721/568158ec550346895dc62d58/html5/thumbnails/8.jpg)
De namen voor restrictie enzymen komen van:
• het type bacterie waarin het enzym is gevonden• De volgorde waarin het restrictie enzym is
gevonden en geisoleerd.
EcoRI bijvoorbeeldR stam van de E.coli bacterie
I omdat het, het eerste E. coli restrictie enzym was dat is gevonden.
![Page 9: Restrictie Enzymen](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050721/568158ec550346895dc62d58/html5/thumbnails/9.jpg)
“blunt ends” en “sticky ends”Hae III produceert een “blunt end”?
EcoRI maakt een gesplitste knip en produceert een “sticky end”
5’ GAATTC 3’3’ CTTAAG 5’
5’ GAATTC 3’3’ CTTAAG 5’
5’ G AATTC 3’3’ CTTAA G 5’
![Page 10: Restrictie Enzymen](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050721/568158ec550346895dc62d58/html5/thumbnails/10.jpg)
blunt end
sticky end
![Page 11: Restrictie Enzymen](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050721/568158ec550346895dc62d58/html5/thumbnails/11.jpg)
Meer voorbeelden van restrictie plekken en restrictie enzymen met hun
knipplekkenHind III: 5’ AAGCTT 3’
3’ TTCGAA 5’
Bam HI: 5’ GGATCC 3’
3’ CCTAGG 5’
Alu I: 5’ AGCT 3’
3’ TCGA 5’
![Page 12: Restrictie Enzymen](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050721/568158ec550346895dc62d58/html5/thumbnails/12.jpg)
Het scheiden van Restrictie Fragmenten, I
![Page 13: Restrictie Enzymen](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050721/568158ec550346895dc62d58/html5/thumbnails/13.jpg)
Het scheiden van Restrictie Fragmenten, II
![Page 15: Restrictie Enzymen](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050721/568158ec550346895dc62d58/html5/thumbnails/15.jpg)
The action of a restriction enzyme, EcoR INote: EcoR I gives a ‘sticky’ end
![Page 16: Restrictie Enzymen](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050721/568158ec550346895dc62d58/html5/thumbnails/16.jpg)
DNA Klonering, II
• Bacteriele plasmides (klein circulair DNA die extra info bevatten naast het reguliere bacteriele DNA) worden geknipt met hetzelfde restrictie enzym
• Een deel ‘vreemd’ DNA kan dan dus worden ingebracht in het plasmide DNA. Zo ontstaat een “recombinant”
![Page 17: Restrictie Enzymen](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050721/568158ec550346895dc62d58/html5/thumbnails/17.jpg)
DNA cloning, III• De recombinante
plasmides worden dan gemengd met bacterien die zijn behandeld om makkelijker plasmides op te nemen
• Dit proces heet transformatie
• Dit transformeren kan uitgevoerd worden mbv een elektrische puls of een hitte-schok (heat-shock)
![Page 18: Restrictie Enzymen](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050721/568158ec550346895dc62d58/html5/thumbnails/18.jpg)
DNA Cloning, IV
• De plasmides bevatten genen voor antibiotica resistentie
• Bacterien die de plasmides bevatten kunnen overleven op platen met dit antibioticum –de anderen gaan dood, dus alleen de transformanten overleven.
![Page 19: Restrictie Enzymen](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050721/568158ec550346895dc62d58/html5/thumbnails/19.jpg)
Screening, IAndere
screeningsmogelijkheden:1. Screening op fenotype-
door de insertie van het ‘vreemde’ DNA wordt een voedingsstof uit de bodem niet meer omgezet in een kleurstof.
2. Het gebruik van antilichamen die binden aan het specifieke eiwitproduct dat een goed gemodificeerde cel moet produceren.
![Page 20: Restrictie Enzymen](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050721/568158ec550346895dc62d58/html5/thumbnails/20.jpg)
Screening, II 3. Detecteren van de DNA sequentie
van een gekloneerd gen mbv een probe (DNA hybridisatie)
![Page 21: Restrictie Enzymen](https://reader034.fdocuments.net/reader034/viewer/2022050721/568158ec550346895dc62d58/html5/thumbnails/21.jpg)
Transgenen, de producten van genetische modificatie
• http://www.bioplek.org/animaties/moleculaire_genetica/transgeneoverzicht.html
Met behulp van de DNA sequentie, restictie-enzymen,ligase en specifieke communicatiesignalen die betrokken zijn bij natuurlijke recombinatieprocessen kunnen plasmiden volledig ontworpen worden. Hierdoor ontstaat de mogelijkheid om het modificatie en recombinatieproces te sturen.