Reconstrucción y análisis de redes de interacción proteína-proteína

PARTE I: PINA

1. Dirijase a la siguiente dirección: http://cbg.garvan.unsw.edu.au/pina/home.do2. Siga el enlace ”Query a protein” del menú ubicado a la izquierda de su pantalla.3. Por ser esta la primera vez, utilizaremos una de las proteínas de ejemplo de PINA.

Siga el enlace SMAD4 y luego presione el botón de búsqueda.

4. Siga el enlace del gen cuyo UNIPROT AC es Q13485. ¿Cuántos interactores tiene esta proteína?

5. Siga el enlace “Visualization” ubicado en la parte superior de su pantalla. Asegúrese de permitir ventanas emergentes en su navegador. Obtendrá una red similar a la de la figura a su derecha.

6. Presione la pestaña “Topological analysis” ubicada en la parte superior de la red.7. En el menú “Topological property” seleccione: “Clustering coefficient” y presione el botón “Calculate”.

Interprete los resultados que aparecen a la izquierda de su pantalla. ¿Cuáles son los valores de todos los nodos en general, cual es el valor para SMAD4? ¿Qué significado tiene esto?

8. Ahora calcule el diámetro de la red. ¿Qué valor obtiene? ¿Qué significado tiene este valor?

9. Calcule el valor de “Betweennesss Centrality”, del menú “Centrality measure” ¿Qué valor obtiene? ¿Qué significado tiene este valor?

Realice nuevamente los pasos 1 al 9, pero esta vez en el paso número 3, seleccione la casilla “Extended Search”. Continúe

según lo indicado.

10. Finalmente, presione la pestaña “Save” y guarde la red en su computador en formato MITAB y formato PINA bajo el nombre SMAD4-mitab y SMAD4-pina.

11. Examine cada uno de los documentos en una hoja de cálculo e identifique sus diferencias y similitudes.

Formato MITAB

Formato PINA

Estos archivos serán usados posteriormente.

Asegúrese de guardarlos.

Reconstrucción y análisis de redes de asociación proteína-proteínaPARTE II: STRING

1. Diríjase a: http://string-db.org/2. En el formulario de búsqueda ingrese el

termino “SMAD4” y “Homo sapiens” tal y como lo muestra la figura a la derecha. Presione el botón “GO”.

3. Será llevado a una página con el listado de resultados. Deje seleccionada la primera opción y presione el botón “Continue”.

Después de un tiempo se desplegará la red identificada (imagen a la derecha).

4. Explore las posibilidades del “Action view” (imagen abajo), ubicado justo debajo de la red obtenida y asegúrese de entender para que sirve cada una de ellas. Después de explorar, regrese a la red original.

5. En la parte inferior de la página encontrará un menú de opciones llamado “Views”. Explore cada una de las opciones que este menú ofrece y asegúrese de entenderlas.

6. Seleccione la opción “Neighborhood”. Cuantos “vecinos” de SMAD 4 encuentra?

7. Cuantos y cuales genes son coexpresados con SMAD4?

8. Seleccione la opción “Occurrence”. ¿Qué organismo presenta la mayor similaridad con el gen SMAD4 en Homo sapiens?

9. Presione el cuadro que representa dicha similaridad en el árbol y revise el alineamiento.

10. Presione el botón “Summary network”. Esto le regresará a la red original.

11. Una vez obtenga la red, escoja la opción “Enrichment GO Biological Processes” del menú superior. Esta acción desplegará un listado de términos GO para la red.

12. Guarde los resultados en su computador y abra el documento en una hoja de cálculo. Como verá este documento le permitirá filtrar y ordenar los resultados de acuerdo a su interés de investigación. ¿Cuál es el proceso biológico más representado en esta red?

13. Realice la misma operación para las demás categorías GO.

Reto #1MARCO TEÓRICOEl trastorno de déficit de atención/hiperactividad (TDAH) es una alteración del desarrollo de inicio en la infancia. Se caracteriza por un patrón persistente de desatención y/o hiperactividad-impulsividad y es considerado como un trastorno neurocomportamental.

Los estudios de genes candidatos en el TDAH se han centrado principalmente en los genes de los sistemas de neurotransmisores monoaminérgicos, particularmente la dopamina. La Dopamina (DA) es un importante neurotransmisor catecolaminergico del Sistema Nervioso Central de los mamíferos, responsable del equilibrio emocional, la conducta motora y la regulación de la cognición. Gracias al estudio de la acción de los medicamentos estimulantes como el metilfenidato y la dexanfetamina que aumentan los niveles de dopamina sináptica, se ha encontrado que el gen mayormente asociado con alteraciones proteínicas que permiten explicar de manera más eficiente la genética del TDAH, es el gen transportador de dopamina (DAT1/SLC6A3).

OBJETIVOCon el fin de dilucidar los posibles mecanismos moleculares que relacionan al gen DAT1/SLC6A3 con el fenotipo de pacientes con TDAH, este reto consiste en identificar y caracterizar la red de asociación proteína-proteína de este gen, establecer sus módulos funcionales y realizar una propuesta de posibles mecanismos de acción.