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RAPPORT ANNUEL D’ACTIVITÉ – ANNÉE 2017

Laboratoire National de Référence

Influenza aviaire

Nom du responsable du LNR Éric NIQUEUX Adjointe : Audrey SCHMITZ

Nom du laboratoire où l'activité du LNR est mise en œuvre, le cas échéant les noms des laboratoires associés au LNR

Laboratoire de Ploufragan-Plouzané

Nom de l'unité où l'activité du LNR est mise en œuvre, le cas échéant les noms des unités associées au LNR

Unité de Virologie, Immunologie et Parasitologie Aviaires et Cunicoles (VIPAC)

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Nombre de laboratoires agréés et/ou reconnus dans le réseau 25

Dangers sanitaires de catégories 1 et 2 couverts par le mandat Rapport commun pour les 2 mandats de référence pour l’influenza aviaire et la maladie de Newcastle. Virus de l'influenza aviaire (IA) hautement pathogène (HP) : danger sanitaire de 1ère catégorie pour toutes les espèces d'oiseaux. Virus de l'influenza aviaire des sous-types H5 et H7, faiblement pathogène (FP) : danger sanitaire de 1ère catégorie pour toutes les espèces d'oiseaux de la catégorie volailles et les oiseaux captifs. Virus de la maladie de Newcastle (MN) / Paramyxovirus aviaires de type 1 (APMV1) : danger sanitaire de 1ère catégorie pour toutes les espèces d'oiseaux de la catégorie volailles. 15 laboratoires agréés (dont 11 reconnus de fait car agréés en RT-PCR temps réel IA) ; 10 laboratoires reconnus uniquement.

Les faits marquants de l'année - Détection de multiples foyers d’infections à virus IA H5 hautement pathogènes (appartenant au clade 2.3.4.4 de la lignée dérivée du virus A/goose/Guandong/1/1996 d’origine asiatique) et faiblement pathogènes en élevage et dans la faune sauvage sur l'ensemble du territoire, et majoritairement dans plusieurs départements du Sud-Ouest de la France ; Grande mobilisation du personnel de l’unité VIPAC (y compris sollicitation du personnel hors LNR) : régime d’astreintes le week-end et les jours fériés tout au long de l’année 2017, adaptation du planning de travail du 1/01/2017 au 05/02/2017 par équipes en horaires décalés sur une plage ouvrée de 7h30 à 21h30 ; Dans ce seul contexte d’urgence sanitaire H5HP, réception de plus de 1000 séries d’échantillons (ARN, surnageants d’écouvillons, organes) pour confirmation moléculaire de présence de virus H5HP : expédition à la DGAl de plus de 600 rapports d’essais ; Participation et préparation des données pour les réunions du GT IA de l’Anses (en réponse aux diverses demandes d’expertise en urgence de la DGAl, relatives au risque influenza aviaire) et pour plusieurs contributions à la communication d’urgence en cours d’épizootie dans le cadre de la plateforme d’épidémiosurveillance en santé animale (ESA). - Activité ponctuelle de caractérisation des paramyxovirus aviaires de type 1 virulents isolés chez les colombiformes (3 cas sur oiseaux sauvages, 2 cas sur colombiformes captifs et 2 cas en élevages) : déclaration le 22/12/2017 à l’OIE de l’un des deux foyers en élevage. La France perd ainsi son statut indemne d’infection par le virus de la maladie de Newcastle chez les volailles. - Renouvellement par le COFRAC des accréditations du laboratoire, pour les essais selon NF EN ISO/CEI 17025 (audit 25-27/10/2017), et en tant qu’OCIL* selon NF EN ISO/CEI 17043 (audit de renouvellement, 22/03/2017). * Organisme de comparaisons interlaboratoires.

1. Méthodes développées ou révisées

Nombre de méthodes développées ou révisées proposées à l’autorité compétente 1

Intitulé et brève description de chacune de ces méthodes Référence : ANSES/PLOUF/MA2- Version 6 (septembre 2017) ; Détection de génome de virus influenza aviaire de sous-type H5 de la lignée eurasienne selon la méthode de RT-PCR temps réel gène H5-HA2 avec témoin positif « non cible » externe (rRT-PCR AIV H5-HA2 avec IPC-M).

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Informations complémentaires Révision de méthode pour application de la norme NF U 47-600-1 : les modifications portent sur le testage d’un témoin positif « non cible » externe permettant de renseigner le caractère inhibiteur ou non de l’extrait d’acides nucléiques et sur l’interprétation des résultats obtenus.

Nombre total de méthodes transférées par le LNR à son réseau dans l'année 1

Intitulé de chacune des méthodes transférées Référence : ANSES/PLOUF/MA2- Version 6 (septembre 2017) ; Détection de génome de virus influenza aviaire de sous-type H5 de la lignée eurasienne selon la méthode de RT-PCR temps réel gène H5-HA2 avec témoin positif « non cible » externe (rRT-PCR AIV H5-HA2 avec IPC-M).

2. Matériels biologiques ou chimiques, échantillons et souches d'intérêt

Information disponible auprès du LNR.

3. Activités d'analyse

3.1. Analyses officielles de première intention

Nombre d'analyses officielles de première intention réalisées dans l'année (de biotypage, sérotypage, caractérisation moléculaire...)

16

Détail par type d'analyse de première intention - Détection du génome IA et du gène H5 en RT-PCR temps réel : 16. Ces analyses ne sont effectuées qu'à titre exceptionnel par le LNR, à la demande expresse de la DGAL (ces analyses sont en routine effectuées par les laboratoires départementaux agréés).

3.2. Analyses officielles de confirmation

Nombre d'analyses officielles de seconde intention réalisées dans l'année (de biotypage, sérotypage, caractérisation moléculaire...)

9013

Détail par type d'analyse de confirmation - Analyses sérologiques IHA de confirmation (enquête sérologique IA en élevage, suivi

du repeuplement, suspicion clinique) : 5280 ; - Identifications antigéniques de virus par IHA (surveillance événementielle en élevage

et de l'avifaune sauvage) : 7 ; - Détermination d'indice de pathogénicité in vivo (IPIC, IPIV) : 1 IPIV ; - Typage moléculaire des virus IA et MN (motif de clivage H5, motif de clivage H7, motif

de clivage F, typage HA, typage NA) : 2329 RT-PCR + 1396 réactions de séquençage.

Comparativement à la période 2013-2015, la forte augmentation des analyses de seconde intention se maintient en 2017, due à la dernière épizootie IA H5 HP de clade 2.3.4.4 en France et en Europe (2016-2017).

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Taux de confirmation par type d'analyse (nombre de résultats confirmés y compris avec une autre méthode / nombre d'analyses officielles de seconde intention réalisées)

Pour les identifications de virus par IHA, le typage moléculaire des virus IA et MN et la détermination de la pathogénicité in vivo : ce critère n'est pas pertinent, car le LNR ne met pas en œuvre des techniques de confirmation des résultats de criblage, mais des techniques complémentaires pour approfondir l’analyse débutée par les laboratoires agréés et reconnus.

3.3. Autres analyses

Nombre estimé d'autres analyses (non officielles) réalisées dans l'année en lien avec le mandat de LNR

9785

Détail par type d'autres analyses Analyses réalisées dans le cadre du travail de typage et suivi de l’évolution des virus IA et MN, et de caractérisation des souches mises en collection : - RT-PCR et séquençage pour le typage des virus IA et MN : 52 RT-PCR + 52 réactions

de séquençage ; - RT-PCR temps réel IA et MN : 53 analyses ; - Ovocultures : 80 analyses ; - Identifications par IHA de virus IA : 54 analyses ; - Contrôles d’inactivation : 18. Analyses réalisées dans le cadre du suivi des antigènes et sérums et de l'antigénicité croisée des virus IA et APMV : 1574 IHA + 247 analyses sérologiques autres (ELISA, ARL, IDG, …) Analyses effectuées dans le cadre des autocontrôles de nos troupeaux EOPS (poule, canard, dinde) et de nos troupeaux conventionnels de volailles : 2374 analyses distribués comme suit, - IHA pour la détection / titrage des anticorps contre le virus de la MN : 1316 analyses, - IDG pour la détection des anticorps contre les virus IA : 1058 analyses. Analyses effectuées dans le cadre des projets de recherche : - RT-PCR temps réel IA : 2764 analyses, - IHA pour la détection et le titrage des anticorps contre les virus IA H5 : 1085 analyses, - ELISA pour la détection des anticorps contre les virus IA de type A et de sous-type

H5 : 1226 analyses, - ELISA pour la détection des anticorps contre les APMV1 : 124 analyses, - Ovocultures : 82 analyses. Forte augmentation soutenue en 2016 et 2017 du nombre d’analyses, due à deux différentes épizooties IA successives en France : épisode français 2015-2016 et épisode européen 2016-2017.

4. Activités de production et de contrôle de matériaux de référence et de réactifs biologiques

Le LNR produit des réactifs à usage interne uniquement Oui

Types de réactifs produits (antigènes, kits, autres) Souches vivantes et antigènes inactivés.

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Nombre de lots produits dans l'année Souches : 54 lots produits (entrée en collection ou production de nouvelles multiplications). Antigènes : 10 lots produits.

Quantités produites par lot Souches : 908 ml produits, de 2 à 47 ml (moyenne = 16,8 ml). Antigènes : 1020 ml produits, de 32 à 172 ml (moyenne = 102 ml).

Analyse de l'évolution (augmentation, diminution) des tendances en termes d'activité sur les 5 dernières années

Augmentation du nombre de lots de souches produits depuis 2013, suite à la mise en application d’une nouvelle procédure de gestion et de contrôle des réactifs produits par le LNR, instituant une production avec 3 échelons (lot mère / lot de travail / lot de production) pour les souches de référence, et à l'isolement de nombreuses souches lors de la surveillance IA renforcée suite aux épizooties 2015-2016 et 2016-2017. Augmentation du nombre de lots ou du volume produits d'antigènes à anticiper, suite aux deux épizooties des hivers 2015-2016 et 2016-2017, suivies par la mise en place de plans de surveillance programmée de l'IA pour garantir l'assainissement des élevages.

Le LNR produit des réactifs à usage du réseau Oui

Types de réactifs produits et fournis (antigènes, kits, autres) Antigènes inactivés (avec certificat de contrôles) pour techniques sérologiques IHA et IDG.

Nombre de lots produits et fournis dans l'année Antigènes : 8 lots produits, 14 lots fournis.

Quantités produites/fournies par lot Antigènes : 4630 ml produits, de 106 à 2500 ml (moyenne = 579 ml) ; 1290 ml fournis.


Augmentation de productions de réactifs suite aux épizooties et mise en place de plans de surveillance de l'IA, nécessitant de fait la disponibilité de réactifs pour la réalisation des analyses par le réseau de laboratoires agréés.

Le LNR produit des matériaux de référence à usage interne uniquement Oui

Types de matériaux de référence produits (MRI, contrôle positif ou négatif, autre) Contrôles positifs et négatifs pour techniques sérologiques et moléculaires. Trousses d’échantillons issus de prélèvements effectués en élevage ou lors d’essais expérimentaux, sélectionnés pour le contrôle initial de conformité des trousses commerciales de RT-PCR temps réel IA (caractérisation de la sensibilité et de la spécificité diagnostique).

Format (sérum, souche, produit chimique, autre) de ces matériaux de référence Sérums de contrôle positifs et négatifs pour les techniques sérologiques IHA et IDG. ARN extraits pour les techniques de RT-PCR / séquençage. Surnageants d’écouvillons oropharyngés, trachéaux ou cloacaux de poules, dindes ou canards.

Nombre de lots produits dans l'année Sérums : 10 lots. ARN extrait : 1 lot. Trousses d’échantillons : 20 trousses de 22 tubes (500 µl par tube).

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Quantités produites par lot Sérums : 615 ml produits, de 2 à 139 ml (moyenne = 61,5 ml). ARN extrait : 200 µl. Trousses d’échantillons : 220 ml au total.


Très forte augmentation en 2017, comme en 2016, du nombre de lots et du volume produits pour les contrôles positifs et négatifs des techniques sérologiques : activité nécessaire pour répondre à la mise en place des plans de surveillance programmée de l'IA en 2017, pour la levée des zones réglementées à l'issue des deux épizooties (hivers 2015-2016 et 2016-2017), ainsi qu'aux diagnostics d'urgence de début et de fin d’année.

Le LNR produit des matériaux de référence à usage du réseau Oui

Types de matériaux de référence produits et fournis (MRE, MRI, contrôle positif ou négatif, autre)

Contrôles positifs et négatifs pour techniques sérologiques et moléculaires (fournis aux laboratoires d’analyses ou aux fabricants de trousses commerciales de diagnostic).

Format (sérum, souche, produit chimique, autre) de ces matériaux de référence Sérums de contrôle positifs et négatifs (avec certificats de contrôle) pour les techniques sérologiques IHA et IDG. Pour les techniques de RT-PCR temps réel IA : matrices négatives, antigènes inactivés pour contrôle positif d’extraction, ARN encapsidé pour contrôle positif non-cible interne de réaction (IPC), ARN transcrits ou ARN viraux pour contrôle positif (avec certificats de contrôle).

Nombre de lots produits et fournis dans l'année Sérums : 10 lots produits, 13 lots fournis. Matrices négatives : aucun lot produit, 2 lots fournis. Témoin d’extraction : aucun lot produit, 4 lots fournis. ARN encapsidé IPC : 3 lots produits, pas de fourniture au réseau en 2017. ARN transcrits / ARN viraux : 1 lot produit, 9 lots fournis.

Quantités produites/fournies par lot Sérums : 1900 ml produits, soit de 35 à 490 ml par lot (moyenne = 190 ml) ; 422 ml fournis. Matrices négatives : 9 ml fournis. Témoins positifs d’extraction : 400 ml fournis. ARN encapsidé IPC et ARN transcrits / ARN viraux : 38,8 ml produits, soit de 4,8 ml à 11,6 ml par lot ; 26 ml fournis.


Très forte augmentation en 2017, comme en 2016, du nombre de lots et du volume produits et fournis pour les contrôles positifs et négatifs des techniques sérologiques et de biologie moléculaire : activité nécessaire pour répondre aux besoins des laboratoires agréés dans le contexte des diagnostics d'urgence dès début 2017, puis dans les contextes de plans de surveillance programmée de l'IA mis en place pour la levée des zones réglementées, ainsi que les plans de surveillance renforcée à l'issue de la dernière épizootie.

Le LNR réalise des contrôles de réactifs commerciaux Oui

Modalités de contrôle (contrôles initiaux, contrôles aléatoires de lots, contrôles lot par lot)

Contrôles initiaux de conformité à un cahier des charges établi par le LNR.

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Nombre de contrôles - ou de lots contrôlés - dans l'année 5


L’activité n’est pas comparable à celle des années précédentes car il s’agit là des premiers contrôles réalisés. Le LNR s’est engagé au 2nd semestre 2017 dans le contrôle initial de conformité des trousses commerciales pour les analyses de biologie moléculaire (détection des gènes M, H5 et H7 des virus IA) selon les méthodes recommandées par la Commission Européenne afin de permettre la mise en place d’une surveillance de l’IA très renforcée au travers d’un réseau de laboratoires disposant de méthodes d’analyses reconnues pour la réalisation d’autocontrôles. Pour cela, un cahier des charges détaillant les exigences minimales du LNR concernant les caractéristiques attendues des méthodes a été envoyé aux fabricants de trousses de réactifs, et l’organisation interne mise en place pour la première campagne de contrôle (ayant mobilisé au moins 4 personnes à temps plein de mi-novembre à mi-décembre) a permis la validation de 5 trousses commerciales en décembre 2017. Dans l’attente de la finalisation et la publication du décret sur la catégorisation des réactifs, les modalités de contrôle ont été définies par la DGAl et correspondent à des contrôles initiaux uniquement.

5. Activités d'expertise scientifique et technique

5.1. Demandes d’expertise scientifique et technique des ministères (de l’agriculture, de la santé, etc…) ou d’instances européennes ou internationales qui concernent le domaine de compétence du LNR

Nombre de rapports d'EST rendus dans l'année 1

Détail des demandes d'EST et noms des mandataires de ces demandes A la demande de la DGAl, le LNR et l'unité EBEAC (Anses Ploufragan) ont contribué à l’établissement d’un protocole de suivi en élevage puis en gavage (pendant le mois de décembre 2017) de lots de canards PAG, détectés comme infectés par un virus H5 FP et laissés en place dans leur élevage d’origine. Ce protocole avait pour objectif de suivre la dynamique de circulation de l’infection au sein du lot (par prélèvements sur les animaux, pour analyses moléculaires et sérologiques, et prélèvements dans l’environnement des bâtiments d’élevage, pour analyses moléculaires) afin d’obtenir des données pour nourrir la réflexion sur la gestion d’autres lots de canards PAG détectés infectés par un virus IA FP.

5.2. Autres expertises

Les membres de l'équipe du LNR peuvent avoir des activités d'expertise (internes: CES, GT ou externe: EFSA...) ou des activités auprès de commissions de normalisation (Afnor...). Détail de ces activités et estimation du temps consacré.

Suite à l’évolution de la situation épidémiologique vis-à-vis de l’IA en 2017 (fin de l’épizootie à virus H5N1/H5N2/H5N9 HP, détection de plusieurs foyers H5 FP, début de l’épizootie à virus H5N8 HP), le responsable du LNR ou son adjointe ont été sollicités, à la demande de la DGAL et dans le cadre du groupe de travail « influenza aviaire » d’expertise collective de l’Anses, pour participer à l’élaboration de 11 avis sur saisine (environ 1 à 2 jours de travail / avis) relatifs : - aux procédés efficaces de désinfection des parcours en exploitations de volailles, saisine n° 2016-SA-0196 (avis du 14/10/16, révisé le 09/01/17 et le 08/03/17) ;

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- au périmètre optimal de dépeuplement préventif IA HP H5N8, saisine n° 2017-SA-0011 ; - aux conditions de mise en place de volailles dans les zones réglementées suite à la détection d'IA HP et sur l'adaptation des différentes mesures de gestion des zones, saisine n° 2017-SA-0026 ; - à l’évaluation des conditions d’utilisation et de désinfection des parcours, en exploitation de volailles plein air, vis-à-vis du risque d’IA, saisines n° 2016-SA-0032 et n° 2016-SA-0033 (avis du 27/02/17) ; - à une demande d'actualisation des avis sur le risque IA HP lié aux compétitions de pigeons voyageurs, saisine n° 2017-SA-0057 ; - à l’ajustement des niveaux de risque d’infection par l’IA HP, quelle que soit la souche, des oiseaux détenus en captivité sur le territoire métropolitain à partir des oiseaux sauvages, saisine n° 2016-SA-0245 (avis du 10/07/17 – 2ème partie) ; et - à l'évaluation des niveaux de risque influenza aviaire et leur évolution, saisine n° 2017-SA-0203 (1ère partie publiée le 11/10/16 et 2ème partie publiée le 07/11/2017) ; - au risque de diffusion d’IA chez les volailles et les oiseaux captifs, en cas de confirmation d’IA FP réglementé chez les palmipèdes prêts à gaver, saisine n° 2017-SA-0231 ; - à l’évaluation des niveaux de risque IA et leur évolution, saisine n° 2017-SA-0245. A l’initiative de l’EFSA, le responsable du LNR a également participé en tant qu’expert auditionné à une réunion physique (2 jours) sur l’utilisation du modèle FluRisk appliqué aux virus H5FP et aux virus H5HP (mis en évidence en France de novembre 2015 à août 2016) et sur l’analyse des données épidémiologiques et de surveillance sérologique pour ce même épisode. A la demande de la commission AFNOR U47A et dans le cadre d'un groupe de travail ad hoc (incluant le responsable du LNR), une étude de faisabilité et d'opportunité, quant à la rédaction de textes normatifs génériques par méthode de laboratoire, a été réalisée pour les normes spécifiques correspondant aux techniques IDG (pour l'IA et l'anémie infectieuse des équidés). Les conclusions du groupe, indiquant qu'il n'est pas opportun de substituer les 2 normes IDG par le contenu du Manuel de l’OIE et qu'il semble impossible d’établir un guide de bonnes pratiques IDG dont le contenu soit pertinent et adapté, ont été présentées lors de la réunion du 20/12/2017 de la commission AFNOR U47A. La DGAL a également sollicité les responsables du LNR pour des demandes ponctuelles, soit directement soit dans le cadre du groupe de suivi pestes aviaires de la plateforme ESA : - pour la révision des notes de service et instructions techniques définissant les protocoles de surveillance événementielle de l'influenza aviaire hautement pathogène chez les volailles et oiseaux captifs, et plusieurs plans de surveillance programmée en lien avec la gestion des foyers d’IA H5 HP ; - pour la révision des fiches de plan d’analyses virologiques et sérologiques compatibles avec SIGAL. - pour la préparation de l’envoi de synthèses hebdomadaires des résultats d’analyses de confirmation pendant les épizooties, et la contribution à la rédaction de plus de 30 notes de situation nationale ou internationale publiées par la plateforme ESA (à périodicité au moins bimensuelle lors des pics épizootiques) ; - pour la préparation de l’audition dans le cadre d’une mission d’enquête sur les dispositifs nationaux de surveillance de l’influenza, diligentée fin juin 2017 par la Commission Européenne. Le responsable du LNR a participé en tant qu’expert technique à une mission d’audit de la Commission Européenne en vue d’évaluer les contrôles de santé animale relatifs aux produits à base de volaille destinés à l’exportation vers l’UE (5 jours).

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Un scientifique du LNR a participé à un groupe international (USA/UE) de classification des paramyxovirus aviaires de type 1/virus de la maladie de Newcastle , et a été intégré dans le « Global Consortium for H5N8 and Related Influenza Viruses » (https://www.gisaid.org/collaborations/global-collaboration-on-h5n8/). Un scientifique du LNR a participé au groupe de travail Anses GT TMA portant sur le transfert des méthodes d'analyse (8 jours).

5.3. Dossiers de demande d'agrément

Nombre de dossiers de demande d'agrément étudiés dans l'année 10

Détail de ces activités et estimation du temps consacré Concerne la mise en place d'un réseau nouvellement créé de laboratoires reconnus : - consultation par la DGAl pour la rédaction de la liste des méthodes officielles et reconnues pour le diagnostic des infections par le virus IA, de l’arrêté ministériel du 10 novembre 2017 et de l’instruction technique DGAL/SDPAL/2017-896 du 14/11/2017 fixant les conditions de demande de reconnaissance des laboratoires d’analyse en vue de s’assurer de l’absence d’infection par le virus de l’influenza aviaire dans le cadre des autocontrôles. Équivalent d’1 journée de travail. - examen pour avis des dossiers de candidature transmis par la DGAl : équivalent de 2-3 jours de travail.

5.4. Activités de conseil aux professionnels

Détail de ces activités et estimation du temps consacré Les partenaires du réseau de laboratoires agréés et reconnus de criblage et du bureau santé animale ou de la mission des urgences sanitaires de la DGAL ont comme recommandation d’adresser systématiquement tous leurs messages d’alerte à 6 scientifiques du LNR de façon à ce que le message puisse être pris en charge immédiatement. De même pour les demandes d’informations spécifiques ou les appels téléphoniques, qui sont orientées vers un scientifique dédié (en fonction des champs de compétences). Pour 2017, en fonction de l'activité de diagnostic de confirmation d'urgence essentiellement liée à l'IA, le nombre de sollicitations a varié d'en moyenne 1 à 2 contacts par semaine jusqu'à plusieurs contacts quotidiens. De plus, la constitution, en fin d’année 2017, d’un nouveau réseau de 10 laboratoires, reconnus pour la réalisation des analyses d’autocontrôles, a nécessité la diffusion de plusieurs messages circulaires, afin d’accompagner ces laboratoires dans la réalisation de ces nouvelles activités et leur précisant : - les modalités de contact (mail ou téléphone) avec le LNR, et une demande de notre part de contact et de référents joignables en cas d’urgence, - les recommandations concernant le transfert des échantillons pour analyses complémentaires (y compris en cas d’urgence, pour réception attendue au LNR en dehors des heures ouvrables) et les informations et commémoratifs nécessaires devant les accompagner, - ainsi qu’un rappel des conditions de sécurité appropriées pour la manipulation des échantillons susceptibles de contenir des virus influenza infectieux. La liste des méthodes d’essai disponibles au LNR, les recommandations aux demandeurs d’essai pour l’envoi d’échantillons et les bases des avis et interprétations accompagnant les résultats d’essais sont également publiées en ligne sur le site de l’Anses.

https://www.gisaid.org/collaborations/global-collaboration-on-h5n8/

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6. Animation du réseau de laboratoires agréés ou reconnus

6.1. Organisation d'EILA

Nombre d'EILA organisés par le LNR au cours de l’année 2

Nom de l'EILA EILA IHA PMV1 2017.

L'EILA est-il réalisé sous accréditation "17043"? Oui

Nombre de laboratoires participants 11

Nombre de laboratoires agréés participants (Na) 8

Le LNR a-t-il participé à l'EILA? Oui

Nombre de laboratoires participants en cours de demande d'agrément 0

Nombre d'autres laboratoires participants 2

Détail des autres laboratoires participants: français/étrangers 2 laboratoires français.

Nombre de laboratoires dont la performance individuelle a été jugée non satisfaisante(**) par le LNR

0

Nombre de laboratoires agréés dont la performance individuelle a été jugée non satisfaisante(**) par le LNR (Ns)

0

Evolution du réseau dans le temps Rien à signaler.

Nom du 2ème EILA EILA IDG IA 2017

Cet EILA est-il réalisé sous accréditation "17043"? Oui

Nombre de laboratoires participants à cet EILA 11

Nombre de laboratoires agréés participants (Na) à cet EILA 8

Le LNR a-t-il participé à cet EILA? Oui

Nombre de laboratoires participants à cet EILA, en cours de demande d'agrément 0

(**)

Au sens de la norme 17043

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Nombre d'autres laboratoires participants à cet EILA 2

Détail des autres laboratoires participants à cet EILA: français/étrangers 2 laboratoires français.

Nombre de laboratoires dont la performance individuelle a été jugée non satisfaisante(**) par le LNR

0

Nombre de laboratoires agréés dont la performance individuelle a été jugée non satisfaisante(**) par le LNR (Ns)

0

Evolution du réseau de cet EILA dans le temps Rien à signaler.

Nombre d'EIL (hors EILA - dont EILV en lien avec les méthodes en cours de validation telles que précisées dans le paragraphe 1) organisés par le LNR au cours de l’année

0

6.2 Autres actions visant à vérifier l'aptitude des laboratoires

Actions mises en œuvre Sans objet

6.3. Formation, organisation d'ateliers

Nombre de journées d'échange et de restitution rassemblant les laboratoires agréés du réseau, organisées dans l'année

1

Détail de ces activités et nombre de participants par journée 16 participants venant de 12 laboratoires agréés, du CNR Lyon et de la DGAl étaient présents à la réunion du réseau de laboratoires IA qui s’est déroulée le 9 mars 2017. Ont été abordés un bilan des EILA passés, des méthodes à utiliser et des avancées méthodologiques à venir, une discussion sur les retours d’expérience des laboratoires agréés, ainsi que des présentations sur les recherches réalisées au sein du LNR : caractérisation des virus circulants IA H5 en France et survie des virus influenza H5HP dans les lisiers.

Nombre de sessions de formation des personnels des laboratoires agréés aux méthodes utilisées pour les contrôles officiels, organisées dans l'année

0

Autres formations dans le cadre des activités du LNR - 1/2 journée de cours sur l'influenza aviaire et la maladie de Newcastle dans le cadre du module de pathologies aviaires de la formation "Conseiller d'élevage avicole" (sous convention Anses / Avipole formation). - Convention Anses - Labocea 22 avec accueil et formation de 3 personnes sur la méthodologie de détection du virus influenza dans le cadre des études de persistance des virus IA dans les lisiers de volailles.

(**)

Au sens de la norme 17043

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6.4. EILA auxquels le LNR a participé dans l'année

Détail des EILA auxquels le LNR a participé dans l'année, dans le cadre : National; UE (en particulier les EILA organisés par le LRUE); International

- EILA organisés par le LRUE : Identification et pathotypage de virus influenza par méthodes moléculaires (RT-PCR temps réel, RT-PCR en point final, séquençage) : résultat conforme. Identification et pathotypage de virus de la maladie de Newcastle par méthodes moléculaires (RT-PCR temps réel, RT-PCR en point final, séquençage) : résultat conforme. Titrage et identification de virus hémagglutinants par technique IHA : résultat conforme. Titrage d'anticorps par technique IHA : résultat conforme. - EILA organisés par le LNR mais réalisés par du personnel habilité différent (absence de collusion garantie) : Détection des anticorps IA par IDG : résultat satisfaisant. Détection et titrage des anticorps PMV1 par IHA : résultat satisfaisant.

7. Surveillance, alertes

7.1 Surveillance programmée mise en œuvre par l'autorité sanitaire, notamment PS/PC

L'autorité sanitaire a mis en œuvre un ou plusieurs PS/PC dans le champ du LNR Oui

Lesquels? Un plan de surveillance programmée pour l’influenza aviaire, par enquête sérologique annuelle en élevage ou en abattoir, défini au niveau communautaire par la Décision 2010/367/EU de la Commission du 25 juin 2010 et organisé par une note de service annuelle de la DGAL (NS DGAL/SDSPA/2017-93 du 1er février 2017). Plusieurs plans de surveillance programmée ont été réalisés au cours de l’année, dans le cadre : - tout d’abord de la gestion des foyers d’IA H5 HP, - puis de l’assainissement par abattage préventif et du repeuplement des élevages de palmipèdes, - du contrôle officiel des troupeaux de volailles reproductrices ou futures reproductrices, - du contrôle du respect des mesures de biosécurité imposées chez les appelants utilisés pour la chasse au gibier d'eau, - et de la surveillance de l'IA avant mouvements des canards prêts à gaver. Ces plans de surveillance sont détaillés dans les instructions techniques DGAL/SDSPA/2017-482 du 31 mai 2017, DGAL/SDSPA/2017-636 du 28 juillet 2017 (dernière mise à jour) et DGAL/SDSPA/2017-906 du 16 novembre 2017, et l'arrêté ministériel du 8 février 2016 modifié.

7.2 Autres activités de surveillance

7.2.1 Dispositif(s) de surveillance hors surveillance programmée par l'autorité sanitaire

Le LNR est intégré à un (ou des) dispositif(s) de surveillance Oui

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En dehors du dispositif PS/PC de la DGAl le LNR est intégré à un autre dispositif (Résapath, Salmonella, Resabeille, SBT...)

4 dispositifs de surveillance événementielle : - Pour la MN : 1 dispositif unique de surveillance événementielle des volailles et des oiseaux captifs (selon l’arrêté du 8 juin 1994 fixant les mesures de lutte contre la MN). - Pour l’IA : 3 dispositifs de surveillance événementielle (renforcés par la note de service DGAL/SDSPA/2014-960 du 4 décembre 2014 en lien avec la circulation du virus H5N8 hautement pathogène en Europe, et décrits par la note de service DGAL/SDSPA/2015-1145 du 23 décembre 2015 et l'instruction technique DGAL/SDSPA/2017-636 du 28 juillet 2017, dernière mise à jour) : (1) en élevage (notamment selon des critères d’alerte fixés par l’arrêté du 16 mars 2016), (2) des cas de mortalité anormale chez les oiseaux sauvages (défini par la NS DGAL/SDSPA/N2016-507 du 22 juin 2016, et la NS DGAL/SDSPA/N2016-923 du 2 décembre 2016), (3) des canards appelants (défini par la NS DGAl/SDSPA/N2011-8007 du 4 janvier 2011).

7.2.2 Gestionnaire du dispositif de surveillance

Indiquer qui est le gestionnaire de ce dispositif de surveillance La DGAl et l'ONCFS (mandaté par la première) pour la surveillance de l'IA dans l'avifaune sauvage et chez les appelants.

7.2.3 Unités intégrées dans le dispositif de surveillance

Autres unités/entités de l'agence intégrées dans ce dispositif de surveillance à vos cotés

Oui

Lesquelles ? Des épidémiologistes de l’unité EBEAC (Anses laboratoire de Ploufragan-Plouzané) ont été missionnés par la DGAl pour conforter et accompagner les DD(ec)PP pour la réalisation des enquêtes épidémiologiques. L'unité EBEAC est destinataire des rapports d'enquête épidémiologique et compile et analyse ces données. Elle prépare également la rédaction des notes rapportant l'évolution de la situation sanitaire en élevage et l'analyse des résultats de la surveillance programmée vis-à-vis de l'IAHP, en collaboration avec le LNR, pour publication régulière par la plateforme ESA. L’unité de surveillance épidémiologique rattachée à la DSP de Anses, dans le cadre de la plateforme ESA, intervient également en collaboration avec l'unité EBEAC et le LNR au sein de la cellule d'animation du groupe de suivi "pestes aviaires", pour participer à l'évolution des dispositifs de surveillance. - Concernant les partenaires de laboratoires hors Anses : Un réseau de laboratoires agréés pour le diagnostic de l’IA et de la MN a été organisé par la DGAL en 2005, complété en décembre 2017 par l’ajout de laboratoires reconnus susceptibles de réaliser des analyses d’autocontrôles uniquement : le recrutement de ce dernier réseau est détaillé dans l’instruction technique DGAL/SDPAL/2017-890. La mise à jour de la liste des laboratoires agréés et reconnus est disponible avec le lien suivant http://agriculture.gouv.fr/laboratoires-agrees-et-methodes-officielles-en-sante-animale. Les analyses de 1ère intention, sérologique, virologique ou de recherche génomique sont réalisées par ce réseau de laboratoires agréés et reconnus selon leurs accréditations et les contextes considérés. Le LNR prend le relais en réalisant des analyses de confirmation ou des analyses complémentaires dès lors qu’un résultat de 1ère intention est conclu non négatif. Le réseau est animé par le LNR IA/MN. Lui-même dépend du réseau des laboratoires européens et mondiaux (FluLabNet, Offlu) animés par le LRUE et les laboratoires/centres de référence OIE/FAO. Le réseau des laboratoires agréés et reconnus s’articule également au sein de l’ADILVA ou de l'AFLABV.

http://agriculture.gouv.fr/laboratoires-agrees-et-methodes-officielles-en-sante-animale

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- Concernant les partenaires participant aux programmes de surveillance, hors laboratoire : La surveillance programmée, qui vise à détecter la circulation subclinique des virus IA faiblement pathogènes de sous-types H5/H7 par le biais d’enquêtes sérologiques annuelles, est réalisée grâce aux interventions des vétérinaires sanitaires avicoles, en complément des agents des DD(ec)PP pour la réalisation des prélèvements. La réalisation des prélèvements pour les analyses d'autocontrôles avant mouvements des palmipèdes est confiée aux éleveurs ou aux vétérinaires avicoles. En ce qui concerne la surveillance de l’avifaune sauvage, seule une surveillance des mortalités groupées reste mise en œuvre via le réseau SAGIR. Les prélèvements sont transmis via les laboratoires départementaux concernés aux laboratoires agréés précités pour la réalisation des analyses de 1ère intention.

7.2.4 Les partenaires et acteurs de ce dispositif de surveillance

Sont acteurs ou partenaires de ce dispositif : Un réseau de vétérinaires ; Un réseau d'acteurs professionnels ; Le réseau de laboratoires du LNR ; D'autres laboratoires.

7.2.5 Modalités de surveillance

Ce dispositif de surveillance repose : Sur des modalités de surveillance événementielles (notification de cas par des acteurs de terrain).

7.3 Fiches d'alerte ou de signal

Le LNR a émis des fiches d'alerte ou de signal dans l'année Non

8. Activités de recherche en lien avec l’activité de référence

8.1. Recherches méthodologiques pour la référence

Recherches méthodologiques réalisées dans l'année : objectifs, partenariats, apports du LNR, projets retenus dans le cadre d'appels à projets...

- Collaboration à un projet européen H2020 accepté, sur le diagnostic rapide des virus influenza (projet Vivaldi : « Veterinary Validation of Point-of-Care Detection Instrument », appel à projet H2020-SFS-2016-2017 Topic: SFS-13-2017 Innovative action) : participation de l’Anses sur l’évaluation des caractéristiques analytiques et diagnostiques d’une méthode alternative et à la préparation et l’organisation d’un essai de comparaison interlaboratoire. - Collaboration à un projet de recherche « CoVetLab Join research 2017 » : « Development and validation of a rapid pathotyping assay of avian influenza viruses by real-time PCR » (Coordinateur = APHA (UK), partenaires = SVA (SE) + DTU (DK) + Anses + WVBR (NL)). - Dans le cadre des obligations réglementaires liées à l’autorisation (délivrée par l’ANSM) de mise en œuvre de manipulations sur certains virus IA classés MOT :

- Validation expérimentale de deux procédés de désinfection des surfaces par voie aérienne pour l’inactivation de virus IA H5N1 hautement pathogène ;

- Démonstration expérimentale in vivo du caractère non infectieux des lysats de virus influenza H5 HP (étape initiale des modes opératoires d’extraction des acides nucléiques).

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8.2. Recherches associées

Recherches associées auxquelles le LNR a participé dans l'année: participations à des études cliniques, études d'incidences, modèles d'infections expérimentales, études toxicologiques, essais vaccinaux...

- Étude de la gestion des lisiers de palmipèdes contaminés par les virus IA H5 HP : recensement des pratiques et évaluation expérimentale de la survie des virus (collaboration LNR – EBEAC – ITAVI) ; - Caractérisation du modèle d’infection expérimentale par un virus H5N8 HP chez le canard mulard conventionnel, et étude de la protection conférée chez cette espèce par 3 vaccins influenza aviaire H5, vis-à-vis du virus IA H5N8 HP ; - Collaboration avec l’unité VIP / LNR influenza porcin : transfert de réactifs et matériaux de référence nécessaires à la production de sérums de contrôle positif hyper-immuns spécifiques chez le porc, pour application à la recherche d’anticorps anti-H5 à partir de prélèvements effectués dans les élevages de porc en lien avec des foyers IA H5 détectés en élevage de volailles.

9. Relations avec le CNR

Existence d'un CNR dont le mandat recouvre au moins en partie celui du LNR Oui

Intitulé du CNR CNR Virus des infections respiratoires (dont la grippe).

Organisme porteur du CNR CNR Coordonnateur :

- Institut Pasteur, Unité de Génétique Moléculaire des Virus à ARN, Paris. CNR Laboratoires associés :

- Laboratoire de Virologie, Institut des agents infectieux, GH Nord, Lyon, Hospices Civils de Lyon.

- Laboratoire de Virologie, Institut Pasteur de la Guyane, Cayenne.

Rencontre organisée dans l'année avec le CNR Oui

Collaboration avec le CNR dans le cadre de la surveillance Des représentants du CNR sud étaient présents à la réunion d'information du réseau du 9 mars 2017. Envoi d’antigènes inactivés (H5N8 HP et H5N9 HP) au CNR Sud, pour développement méthodologique.

Collaboration avec le CNR dans le cadre de projets de recherche Clonage d’une séquence de neuraminidase IA N8, amplification d’une seconde séquence N8 et envoi du plasmide et de l’amplicon correspondants au CNR Sud, dans le cadre des projets de caractérisation enzymatique de la neuraminidase de certains virus aviaires et de l'évaluation de leur sensibilité vis-à-vis de différents inhibiteurs.

Autres collaborations avec le CNR, le cas échéant Sans objet.

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10. Relations avec le LRUE

Existence d'un LRUE dont le mandat recouvre au moins en partie celui du LNR Oui

Intitulé du LRUE EURL Avian Influenza, APHA Weybridge (UK) EURL Newcastle Disease, APHA Weybridge (UK)

Le LNR a participé au Workshop organisé par le LRUE Oui

Le LNR a participé à une formation organisée par le LRUE Non

Relations avec le LRUE

- Questions posées par le LNR Relations via un forum nommé FluLabNet, ouvert à tous les LNR européens, et communications par mail au cours de l’année pour échanges de souches et réactifs.

- Points particuliers ou d'actualité sur 2017, à signaler Collaboration scientifique à la préparation d’un article (associant plusieurs LNR européens et le LRUE), traitant des caractéristiques épidémiologiques et génétiques comparées de l’épizootie H5 HP de 2016-2017 en Europe avec les épisodes précédents (manuscrit soumis pour publication en novembre 2017).

11. Détention d'autres mandats de référence

Autres mandats détenus par le LNR dans le même domaine de compétences Aucun

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Annexes

Liste des publications et communications dans le cadre du mandat, pour l’année 2017

Publications destinées aux professionnels et rapports spécifiques à l’activité LNR

Schmitz, A., and É. Niqueux. 2017. "Rapport d'essai interlaboratoires d’aptitude portant sur la détection d’anticorps dirigés contre les virus influenza aviaire par la méthode IDG - Session 2017

(rédaction au 23/06/2017)." 17 pp.

Schmitz, A., and É. Niqueux. 2017. "Rapport d'essai interlaboratoires d’aptitude portant sur la détection et le titrage des anticorps dirigés contre les virus PMV1 par la méthode IHA - Session 2017

(rédaction au 23/06/2017)." 19 pp.

Schmitz, A., and É. Niqueux. 2017. "Enquête en élevage relative à l’influenza aviaire en 2016 – Bilan du LNR influenza aviaire – unité VIPAC, selon la note de service DGAL/SDSPA/2016-512 et les instructions techniques DGAL/SDSPA/N2016-639 et DGAL/SDSPA/N2016-764 (rédaction au

23/01/2016)." 15 pp.

Schmitz, A., and É. Niqueux. 2017. "Bilan des résultats de la surveillance de la maladie de Newcastle et de l’influenza aviaire en 2016 en France : « Questionnaire for results obtained in 2016 in France – Newcastle disease & avian paramyxoviruses – Avian influenza » (rédaction au 27/03/2017). 8 pp.

Publications scientifiques internationales

Briand, F., A. Schmitz, K. Ogor, A. Le Prioux, C. Guillou-Cloarec, C. Guillemoto, C. Allee, M. Le Bras, E. Hirchaud, H. Quenault, F. Touzain, M. Cherbonnel-Pansart, E. Lemaitre, C. Courtillon, H. Gares, P. Daniel, A. Fediaevsky, P. Massin, Y. Blanchard, N. Eterradossi, S. van der Werf, V. Jestin, and

É. Niqueux. 2017. "Emerging highly pathogenic H5 avian influenza viruses in France during winter

2015/16: phylogenetic analyses and markers for zoonotic potential." Eurosurveillance 22(99):pii=30473. Doi: http://dx.doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2017.22.9.30473

Communications nationales / Notes et points de situations IA – Plateforme ESA

Bronner, A., M. Hamon, D. Calavas, A. Schmitz, É. Niqueux, and A. Huneau-Salaün. 2017. "Situation

épidémiologique IAHP H5 en Europe depuis octobre 2016 : point de situation au 02/01/2017." Veille sanitaire internationale (VSI) – Plateforme ESA.

LNR Influenza Aviaire –Anses laboratoire de Ploufragan, et Office national de la chasse et de la faune

sauvage (ONCFS). 2017."Situation de l’influenza aviaire en France au 03/01/2017" (18h00).

LNR Influenza Aviaire –Anses laboratoire de Ploufragan, et Office national de la chasse et de la faune

sauvage (ONCFS). 2017. "Situation épidémiologique IAHP en Europe depuis octobre 2016 : point de

situation au 09/01/2017." Veille sanitaire internationale (VSI) – Plateforme ESA.

sur 22

Moisson, M.C., M. Hamon, D. Calavas, A. Schmitz, É. Niqueux, C. Martenot, F.X. Briand,

A. Van De Wiele, A. Bronner, and A. Huneau-Salaün. 2017. "Situation de l’influenza aviaire en France

au 10/01/2017 (12h00)." LNR Influenza Aviaire –Anses laboratoire de Ploufragan, et Office national de la chasse et de la faune


situation au 16/01/2017." Veille sanitaire internationale (VSI) – Plateforme ESA. Moisson, M.C., M. Hamon, D. Calavas, A. Schmitz, É. Niqueux, C. Martenot, F.X. Briand,

A. Van De Wiele, S. Lebouquin-Leneuveu, A. Bronner, and A. Huneau-Salaün. 2017. "Situation de

l’influenza aviaire en France au 16/01/2017 (20h00)." LNR Influenza Aviaire –Anses laboratoire de Ploufragan, et Office national de la chasse et de la faune


situation au 23/01/2017". Veille sanitaire internationale (VSI) – Plateforme ESA. Moisson, M.C., M. Hamon, D. Calavas, A. Schmitz, É. Niqueux, C. Martenot, F.X. Briand,

A. Van De Wiele, S. Lebouquin-Leneuveu, A. Bronner, and A. Huneau-Salaün. 2017. "Situation de

l’influenza aviaire en France au 23/01/2017 (20h00)." Moisson, M.C., A. Van De Wiele, J.-B. Perrin, A. Bronner, A. Schmitz, É. Niqueux, C. Martenot,

F.X. Briand, D. Calavas, S. Le Bouquin-Leneveu, and A. Huneau-Salaün. 2017. "Situation de l’influenza

aviaire en France au 06/02/2017 (20h00)." LNR Influenza Aviaire –Anses laboratoire de Ploufragan, et Office national de la chasse et de la faune



LNR Influenza Aviaire –Anses laboratoire de Ploufragan. 2017. "New York : Détection de virus

influenza IA FP H7N2 chez des félins et transmission à l’Homme. 13/02/2017." Veille sanitaire internationale (VSI) – Plateforme ESA. LNR Influenza Aviaire –Anses laboratoire de Ploufragan, et Office national de la chasse et de la faune


situation au 20/02/2017." Veille sanitaire internationale (VSI) – Plateforme ESA. LNR Influenza Aviaire –Anses laboratoire de Ploufragan, et Office national de la chasse et de la faune



LNR Influenza Aviaire –Anses laboratoire de Ploufragan. 2017. "Détection d’un nouveau virus IAHP

H5N6 en Grèce. 06/03/2017." Veille sanitaire internationale (VSI) – Plateforme ESA. LNR Influenza Aviaire –Anses laboratoire de Ploufragan, et Office national de la chasse et de la faune



sur 22

Moisson, M.C., A. Bronner, A. Van De Wiele, A. Humeau, P. Hendrikx, D. Calavas, C. Martenot,

A. Schmitz, É. Niqueux, S. Le Bouquin-Leneveu, A. Scoizec, and A. Huneau-Salaün. 2017. "Situation de

l’influenza aviaire en France au 20/03/2017 (19h00)." LNR Influenza Aviaire –Anses laboratoire de Ploufragan, et Office national de la chasse et de la faune

sauvage (ONCFS). 2017. "Situation épidémiologique des virus IAHP issus du clade 2.3.4.4 en Europe

depuis octobre 2016 : point de situation au 27/03/2016." Veille sanitaire internationale (VSI) – Plateforme ESA. Moisson, M.C., A. Bronner, A. Van De Wiele, A. Humeau, D. Calavas, A. Schmitz, É. Niqueux,

A. Scoizec, and A. Huneau-Salaün. 2017. "Situation de l’influenza aviaire en France au 03/04/2017

(20h00)." LNR Influenza Aviaire –Anses laboratoire de Ploufragan, et Office national de la chasse et de la faune


depuis octobre 2016 : point de situation au 10/04/2016." Veille sanitaire internationale (VSI) – Plateforme ESA. Bronner, A., A. Van De Wiele, A. Humeau, J.-B. Perrin, D. Calavas, A. Schmitz, A. Scoizec,

A. Huneau-Salaün, and É. Niqueux. 2017. "Situation de l’influenza aviaire en France au 18/04/2017

(20h00)." LNR Influenza Aviaire –Anses laboratoire de Ploufragan, et Office national de la chasse et de la faune


depuis octobre 2016 : point de situation au 24/04/2016." Veille sanitaire internationale (VSI) – Plateforme ESA. LNR Influenza Aviaire –Anses laboratoire de Ploufragan, et Office national de la chasse et de la faune


depuis octobre 2016 : point de situation au 29/05/2016." Veille sanitaire internationale (VSI) – Plateforme ESA. Bronner, A., D. Calavas, J. Cauchard, S. Falala, P. Hendrikx, A. Mercier, N. Gaidet, É. Niqueux, and

A. Van De Wiele. 2017. "Situation épidémiologique des virus IAHP issus du clade 2.3.4.4 en Europe :

point de situation au 03/09/2017 inclus." Bronner, A., D. Calavas, J. Cauchard, S. Falala, P. Hendrikx, A. Mercier, N. Gaidet, É. Niqueux, and

A. Van De Wiele. 2017. "Situation épidémiologique des virus IAHP issus du clade 2.3.4.4 en Europe :

point de situation au 17/09/2017 inclus." Bronner, A., D. Calavas, J. Cauchard, P. Hendrikx, A. Mercier, É. Niqueux, and A. Troyano-Groux. 2017. "Détection d’un nouveau virus d’IAHP H5N6 en Asie. 07/12/2017." Communications nationales – Articles Bulletin épidémiologique

Mercier, A., É. Niqueux, S. Falala, et J. Cauchard. 2017. "Brève. Situation épidémiologique mondiale

de l’influenza aviaire hautement pathogène (2016 – 2017)." Bulletin épidémiologique, santé animale et alimentation 79 : 31-32.

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Bronner, A., É. Niqueux, A. Schmitz, S. Le Bouquin, A. Huneau-Salaün, C. Guinat, M. Paul, A. Courcoul,

and B. Durand. 2017. "Description de l’épisode d’influenza aviaire hautement pathogène en France

en 2016-2017." Bulletin épidémiologique, santé animale et alimentation 79: 13-17.

Calavas, D., L. Bournez, S. Le Bouquin, A. Bronner, and É. Niqueux (traduction revue par). 2017. "Note

de lecture : Les virus influenza aviaire H5Nx et leurs évolutions au cours des dernières panzooties." Bulletin épidémiologique, santé animale et alimentation 79: 12.

Scoizec, A., É. Niqueux, R. Thomas, P. Daniel, A. Schmitz, and S. Le Bouquin. 2017. "Détection du génome de virus influenza aviaire A de sous type H5 dans des échantillons d’air collectés à l’intérieur, à l’extérieur et sous le vent de bâtiments de volailles infectées par un virus d’influenza aviaire

hautement pathogène de sous type H5N8." Bulletin épidémiologique, santé animale et alimentation 80: 2-5.

Le Bouquin, S., A. Schmitz, M. Pertusa, A. Scoizec, N. Rousset, and N. Eterradossi. 2017. "Evaluation

de la survie des virus Influenza aviaires H5N8 dans les lisiers d’élevages de palmipèdes gras." Bulletin épidémiologique, santé animale et alimentation 80: 17-20.

Communications orales nationales

Eterradossi, N., É.Niqueux, C. Barrailh, and A. Richard. "Les grandes épidémies récentes d’influenza

aviaire dans le monde et les enseignements de l’épisode 2015-2016." 12èmes Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, Tours, France, 05-06 avril 2017.

2017. "Point de situation sur l’influenza aviaire." Assemblée Générale du Comité Interprofessionnel des Palmipèdes à Foie Gras, Mont de Marsan France, 23 juin 2017.

Niqueux, É., and N. Eterradossi. 2017. "Influenza aviaire: présentation des situations mondiale,

européenne et française." Journée technique « influenza aviaire » organisée par l’ITAVI dans le cadre du SPACE, 14 septembre 2017. Schmitz, A., N. Rousset, S. Le Bouquin-Leneveu, K. Ogor, M.O. Le Bras, C. Martenot, M. Pertusa, P. Daniel, C. Guillou-Cloarec, A. Le Prioux, C. Allée, C. Guillemoto, É. Niqueux, F.X. Briand, H. Morin,

A. Richard, and N. Eterradossi. "Gestion des lisiers de palmipèdes contaminés par les virus influenza

aviaires H5HP : recensement des pratiques et évaluation expérimentale de la survie du virus." 12èmes Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, Tours, France, 05-06 avril 2017. (Comptes-rendus : 188-192). Communications affichées nationales + article Briand, F.X., C. Guillou-Cloarec, A. Schmitz, É. Niqueux, A. Scoizec, S. Le Bouquin-Leneveu, X. Banses,

L. Corrand, J. Pinsard, F. Faurez, and N. Eterradossi. "Détection a posteriori de virus H5 hautement pathogènes dans des élevages de canards avant le premier cas déclaré de l’épizootie de l’hiver 2015-

2016." XIXes Journées Francophones de Virologie, Paris, 30-31 mars 2017 (Virologie 21(2):107, P62). Briand, F.X., A. Schmitz, C. Martenot, P. Massin, M. Chatel, F. Kerbrat, C. Guillou-Cloarec, C. Guillemoto, C. Allée, K. Ogor, H. Quenault, E. Hirchaud, H. Gares, P. Daniel, A. Fediaevsky,

Y. Blanchard, N. Eterradossi, and É. Niqueux. "Multiples introductions de virus influenza aviaires

H5N8 hautement pathogènes en France au cours de l’hiver 2016-2017." XIXes Journées Francophones de Virologie, Paris, 30-31 mars 2017 (Virologie 21(2):107-108, P64).

sur 22

Briand, F.X., A. Schmitz, E. Hirchaud, H. Quenault, Y. Blanchard, M.O. Le Bras, C. Allée, A. Le Prioux, C. Guillou-Cloarec, K. Ogor, H. Gares, P. Daniel, A. Fediaevsky, P. Massin, S. Le Bouquin, C. Martenot,

N. Eterradossi, and É. Niqueux. "Diversité génétique des virus H5 hautement pathogènes détectés

dans le sud-ouest de la France en 2015-2016." Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, Tours, France, 05-06 avril 2017. (Comptes-rendus : 762-766). Massin, P., C. Martenot, C. Guillou-Cloarec, É. Niqueux, A. Schmitz, F.X. Briand, C. Allée,

C. Guillemoto, L.M. Odile, A. Le Prioux, K. Ogor, and N. Eterradossi. "Les caractéristiques culturales du virus influenza H5N1 hautement pathogène A/chicken/France/150169a/2015 sont cohérentes avec

un tropisme aviaire." XIXes Journées Francophones de Virologie, Paris, 30-31 mars 2017 (Virologie 21(2):67-68, P19). Niqueux, É., C. Allée, A. Le Prioux, M.O. Lebras, C. Guillemoto, I. Pierre, M. Amelot, A. Keïta, T. Delquigny, Y. Gardin, J.M. Watier, A. Fediaevsky, and N. Eterradossi. "Étude expérimentale de la protection conférée chez le canard par quatre vaccins influenza aviaire H5, vis-à-vis du virus

hautement pathogène H5N9 A/duck/France/150236b/2015." XIXes Journées Francophones de Virologie, Paris, 30-31 mars 2017 (Virologie 21(2): 99-100, P52). Niqueux, É., A. Le Prioux, C. Allée, M.O. Lebras, I. Pierre, C. Guillou-Cloarec, K. Ogor, C. Guillemoto,

M. Amelot, D. Courtois, F.X. Briand, A. Schmitz, A. Keita, and N. Eterradossi 2017. "Étude expérimentale de la virulence d’un influenzavirus aviaire hautement pathogène H5N9 : cinétiques

d’excrétion virale, de transmission et d’apparition des anticorps chez le canard de Barbarie." Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, Tours, France, 05-06 avril 2017. (Comptes-rendus : 767-771).

Communications orales internationales

Briand, F.X., É. Niqueux, A. Schmitz, C. Martenot, M. Cherbonnel-Pansart, P. Massin, M. Chatel, F. Kerbrat, C. Guillemoto, C. Guillou-Cloarec, C. Allée, K. Ogor, V. Beven, H. Quenault, E. Hirchaud,

P. Daniel, J. L. Cheval, H. Gares, A. Fediaevsky, Y. Blanchard, and N. Eterradossi. "Genotyping of

french highly pathogenic H5N8 during 2016-2017." 11th EPIZONE Annual Meeting, Paris, France, 20-21 September 2017 (P5 3 – p.174).

Niqueux, É. "H5Nx outbreaks in poultry in France: update and final (?) analysis." 23rd Joint Annual Meetings of the National Reference Laboratories for avian influenza and Newcastle disease of EU member States, Zagreb, Croatia, 25-27 April 2017.

Niqueux, É. "H5N8 HPAIV outbreaks in France: surveillance results and molecular epidemiology." 23rd Joint Annual Meetings of the National Reference Laboratories for avian influenza and Newcastle disease of EU member States, Zagreb, Croatia, 25-27 April 2017.

Communications affichées internationales

Briand, F.X., A. Schmitz, E. Hirchaud, H. Quenault, Y. Blanchard, A. Le Prioux, C. Guillou-Cloarec, K. Ogor, C. Allée, C. Guillemoto, M.O. Lebras, H. Gares, P. Daniel, A. Fediaevsky, S. Lebouquin-

Leneveu, N. Eterradossi, and É. Niqueux. 2017. "Genetic diversity of French highly pathogenic H5

viruses during 2015-2016." 11th EPIZONE Annual Meeting, Paris, France, 20-21 September 2017 (C25 – p.60).

sur 22

Niqueux, É., C. Allée, M.O. Le Bras, M. Amelot, D. Courtois, F.X. Briand, A. Schmitz, A. Keita, and

N. Eterradossi. 2017. "Experimental infection in mule ducks with clade 2.3.4.4 H5N8 highly

pathogenic avian influenza virus: virus shedding, transmission and antibody production patterns." MedVetNet 5th international scientific conference 'One Health: Zoonoses - emerging threats', Guildford, UK, 27-29 June 2017. Niqueux, É., C. Allée, A. Le Prioux, M.O. Lebras, C. Guillemoto, I. Pierre, M. Amelot, A. Keita,

T. Delquiny, Y. Gardin, J.M. Water, A. Fediaevsky, and N. Eterradossi. 2017. "Lack of protection conferred in Muscovy ducks by four avian influenza H5 vaccines, against highly pathogenic avian

influenza H5N9 strain A/duck/France/150236b/2015." 11th EPIZONE Annual Meeting, Paris, France, 20-21 September 2017. Massin, P., C. Guillou-Cloarec, C. Martenot, É. Niqueux, A. Schmitz, F.X. Briand, C. Allée,

C. Guillemoto, M.O. Lebras, A. Le Prioux, K. Ogor, and N. Eterradossi. 2017. "The in vitro propagation of highly pathogenic avian influenza H5N1 A/chicken/France/150169a/2015 is consistent with its

predicted tropism for avian species." 11th EPIZONE Annual Meeting, Paris, France, 20-21 September 2017 (P5 5 – p.176). Schmitz, A., N. Rousset, S. Le Bouquin-Leneveu, K. Ogor, M.O. Le Bras, C. Martenot, M. Pertusa, P. Daniel, C. Guillou-Cloarec, A. Le Prioux, C. Allée, C. Guillemoto, É. Niqueux, F.X. Briand, H. Morin,

A. Richard, and N. Eterradossi. 2017. "Evaluation of the persistence of highly pathogenic H5 avian

influenza viruses in palmiped slurry." 5th international scientific conference 'One Health: Zoonoses - emerging threats', Guildford, UK, 27-29 June 2017.

Conférences sur invitation

Niqueux, É. "HPAI H5 (2015-2016) and H5N8 (2016-2017) in France." Conférence « Influenza aviaire H5 HP – situation en Pologne et en Europe » organisée par le PIWet, Pulawy, Pologne, 13 octobre 2017.

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