Purl 設計打ち合わせ資料2012 年 5 月 30 日

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アジェンダ• Purl 設計の基本方針（案）• Purl アプリケーションの機能、操作紹介• Purl の使用例

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資料• Purl のマニュアル、ヘルプ

– http://purl.jp/docs/help.html

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Purl 設計の基本方針（案）• “http://purl.jp” 　の以下（ドメイン名など）は、後述のルールに則り、ユーザ（各研究開発グループ）が自由に設計、デザインできるようにする。• ルール１．

– “http://purl.jp” 　の直後に、必ずドメイン名を付けるようにする。識別記号、番号はドメイン名の後ろに付ける。• 例、 http://purl.jp/nbdc/term0000000001

• ルール２．– “http://purl.jp” 　の直後のドメイン名に、一般的な名称を付けることを避ける。

• 例、 http://purl.jp/compound/0000000001 　（ compound が一般名称のため不適切）• ドメイン名　 ontology は？

• ルール３．– ドメイン名は、管理者（ NBDC ）の承認の後、使用できるものとする。

• ルール４．– ドメイン名は、後ろに複数のサブドメインを持つことを認める。

• 例、 http://purl.jp/nbdc/ontology/test/00000000014

Purl の各部分の名称

• http://purl.jp/docs/help.html#overview

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Purl アプリケーションの機能、操作紹介

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Purl アプリケーションの操作概要• ユーザー登録（ ID, PW など）• 管理者によるユーザー登録の承認• 新規ドメインの作成

– 作成したドメインは指定するユーザーのみ使用可能• 管理者によるドメイン名の承認• Purl とターゲット（オリジナル） URI の設定

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ユーザー登録

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管理者によるユーザー登録の承認

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新規ドメインの作成

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管理者によるドメイン名の承認

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Purl とターゲット URI の設定

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Purl “http://purl.jp/nbdc/test/term0000000001”⇒

Target URI “http://wg.biosciencedbc.jp”

片山先生からの提案• RDF を生成するにあたり大量の URL を新規に生成する必要があるが、名前空間を指定するとまだ使われていない ID を返してくれるようなサービスがあれば便利で付加価値にもなる。• 「 http://purl.jp/名前空間/」を指定して API に問

い合わせすると、まだ使われていない ID を生成・予約して「 http://purl.jp/名前空間/新規 ID 」を返してくれるイメージ。

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Create an Advanced PURLhttp://purl.jp/docs/help.html#purladvcreate

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Advanced PURL

Partial PURL• PURLs 設定

– （ PURL ） http://localhost:8080/net/partialexample/

– （ Target ） http://example.com/partialtest/

• 処理例１– (PURL) http://localhost:8080/net/partialexample/foo/bar/baz– (Target) http://example.com/partialtest/foo/bar/baz

• 処理例 2– (PURL) http://localhost:8080/net/partialexample/foo?bar=baz– (Target) http://example.com/partialtest/foo?bar=baz

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Advanced PURL

Partial-append-extension• PURLs 設定

– （ PURL ） http://localhost:8080/net/partialappendextension/ （ Target） http://example.com/partialappendtest/

• 処理例１– (PURL) http://localhost:8080/net/partialappendextension/foo/bar/bam?id=fizzle

– (Target) http://example.com/partialappendtest/bar/bam.foo?id=fizzle

• 拡張子を、クエリーストリングの前に付与する 16

Advanced PURL

Partial-ignore-extension• PURLs 設定

– （ PURL ） http://localhost:8080/net/partialignoreextension/ （ Target） http://example.com/partialignoretest/

• 処理例１– (PURL) http://localhost:8080/net/partialignoreextension/foo.html

– (Target) http://example.com/partialignoretest/foo

• 拡張子を取り除く 17

Advanced PURL

Partial-replace-extension• PURLs 設定

– （ PURL ） http://localhost:8080/record/– （ Target ） http://example.com/records/

• 処理例１– (PURL) http://localhost:8080/record/htm/foo/bar.html– (Target) http://example.com/records/foo/bar.htm

• 拡張子の入れ替え。18

バッチ処理• API によるバッチ処理機能がある。

– 確認中– http://purl.jp/docs/help.html#purls– http://code.google.com/p/persistenturls/wiki/PURLBatchUploadingVersionOne– http://code.google.com/p/persistenturls/wiki/PURLRESTAPI

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<!-- Type 302. Simple redirection to a target URL --><purl id="/tld/subdomain/test302" type="302"> <maintainers> <uid>uche</uid> </maintainers> <target url="http://example.com/test302target/"/></purl><!-- Type partial. Partial-redirect PURL -->…</purl>

Purl の使用例

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UniProt の URI 例• http://purl.uniprot.org/uniprot/P12345• http://purl.uniprot.org/enzyme/1.3.1.47• http://purl.uniprot.org/go/0000953• http://purl.uniprot.org/journals/3523• http://purl.uniprot.org/keywords/90• http://purl.uniprot.org/locations/476• http://purl.uniprot.org/tissues/2• http://purl.uniprot.org/unipathway/611

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ホスト名 ドメイン PURL ネームPURL id

Allie

• http://purl.org/allie/id/shortform/165493

• http://purl.org/allie/id/longform/694079

• http://purl.org/allie/ontology/201102#

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ホスト名 ドメイン PURL ネームPURL id

BioPortal の URI 例（オントロジー）• http://purl.bioontology.org/ontology/tJADNI2/beta_amyloid

Bioportal ontology 共通 オントロジー登録時に入力した情報（ ONTOLOGY ABBREVIATION ）

オントロジーのクラス名

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ホスト名 ドメイン PURL ネームPURL id

オントロジーの例• 例３． National Drug Files ontology

http://purl.bioontology.org/ontology/NDFRT/N0000001689

• 例４． Cell type ontologyhttp://purl.org/obo/owl/CL#CL_0000610

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ホスト名 ドメイン PURL ネームPURL id

PDB/RDF の URI 例Subject: http://pdbj.org/rdf/1GOF/entity/1

Property: PDBo:link_to_enzyme

Object: http://purl.uniprot.org/enzyme/1.1.3.9

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ホスト名 ドメイン PURL ネームPURL id

タイムスケジュール・ 2012 年 3 月 19 日

purl のテスト環境提供 (http://purl.biosciencedbc.jp/)・ 5 月 7 日purl.jp サーバー立ち上げ。 purl.jp 運用準備完了。・ 5 月中旬URI 設計の基本方針検討（ NBDC 内部）実務者連絡会メーリングリストで URI 設計について意見募集・ 5 月 30 日　URI 設計方針の打ち合わせ（実務者連絡会有志）・ 6 月中旬までに　purl.jp 設計の基本方針決定・ 6 月中旬から下旬purl.jp 運用開始

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