ProteomicPlatform-CoreFacility(ProtCF)

Nutzungs-Richtlinien

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ProteomicPlatform-CoreFacility(ProtCF)

Die Proteomic Platform - Core Facility (ProtCF) ist aus einer gemeinsamen Initiative des Instituts für Klinische Pathologie und des Instituts für Molekulare Medizin und Zellforschung der Medizinischen Fakultät der Universität Freiburg hervorgegangen. Sie basiert auf der langjährigen Zusammenarbeit in der massenspektrometrischen Proteomforschung von Prof. Dr. Schilling und Dr. Biniossek, die beispielsweise in mehr als 40 gemeinsam verfassten wissenschaftlichen Publikationen (Stand Februar 2019) illustriert wurde. ProtCF freut sich insbesondere über langjährige Kooperationen zu komplexen Themen der translationalen Proteomforschung.

1. Allgemeines • ProtCF-Benutzer müssen die folgenden Nutzungsbedingungen einhalten. • ProtCF wird vom Institut für Molekulare Medizin und Zellforschung (IMMZ, Direktor: Prof.

Dr. Christoph Peters) und dem Institut für Klinische Pathologie (IKP, Direktor: Prof. Dr. Martin Werner) betrieben und ist institutionell verankert an der Medizinischen Fakultät der Universität Freiburg. Weitere Institute können sich der ProtCF anschließen.

• Das Forschungsmanagement der Medizinischen Fakultät erkennt ProtCF als Forschungsinfrastruktur der Medizinischen Fakultät an (www.med.uni-freiburg.de/forschung/forschungsinfrastrukturen).

2. Das ProtCF Wissenschaftsteam • Das ProtCF-Wissenschaftsteam besteht aus Mitgliedern des IMMZ und des IKP:

o IKP: Prof. Dr. Oliver Schilling (Hauptzuständigkeitsbereiche: allgemeine Organisation, experimentelle Planung, Datenanalyse, finanzielle Angelegenheiten)

o IMMZ: Dr. Martin Biniossek (IMMZ) (Hauptverantwortung: Hochleistungsmassenspektrometrie und Chromatographie)

• Sowohl MB als auch OS bieten Unterstützung, wissenschaftliche Beratung und Methodenentwicklung für Proteom-Projekte

• Akademischer Leiter der ProtCF ist Prof. Dr. Oliver Schilling

3. Wie man uns kontaktiert und mit uns zusammen arbeitet • Kontakt für Anfragen

Prof. Dr. Oliver Schilling Institut für Klinische Pathologie proteomics@uniklinik-freiburg.de

• Ein erfolgreiches proteomisches Experiment hängt von der experimentellen Planung, Probenvorbereitung, massenspektrometrischen Messung und Datenanalyse ab. ProtCF unterstützt alle vier Aspekte.

• Vor Beginn eines Proteom-Projekts sollte eine Konsultation mit ProtCF (persönlich oder per E-Mail) stattfinden, um Themen wie Durchführbarkeit und Eignung des massenspektrometrischen Ansatzes, experimentelles Design, Kohortengröße und Biostatistik, angemessene Probenvorbereitung, Zeitplan, Einbeziehung zu behandeln von Proteomics im Ethikvotum (falls zutreffend), Koautorenschaften (falls zutreffend) und Beiträgen zu Unkosten.

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• ProtCF behält sich das Recht vor, Proben, die wahrscheinlich kontaminiert sind oder

die Leistung des Instruments beeinträchtigen, nicht zu messen. ProtCF verarbeitet oder misst keine radioaktiven oder infektiösen Proben.

• ProtCF-Benutzergruppen umfassen: o Angehörige der Medizinischen Fakultät der Universität Freiburg. o Mitglieder weiterer Fakultäten und Institute der Universität Freiburg. o externe akademische Benutzer.

• Es kann eine Priorisierung ausgewählter Benutzergruppen geben (siehe auch nachfolgend).

• ProtCF unterstützt eine Vielzahl von Probentypen, Proteom-Techniken und Proteom-Projekten. Details der Probenübergabe (z. B. Art des Behälters, Menge, Standort) werden in der ersten Projektbesprechung an die projektspezifischen Bedürfnisse angepasst.

• Vor dem Einreichen von Proben sollte ein Formular mit Projektinformationen und -vereinbarungen ausgefüllt werden. Einzelheiten werden bei der ersten Projektbesprechung mitgeteilt. proteomics@uniklinik-freiburg.de sollte mindestens 24 Stunden vor Einreichung der Probe benachrichtigt werden.

• Das ProtCF-Team gibt die Probendetails in die Probenwarteschlange ein. • Benutzer müssen über grundlegende IT-Kenntnisse verfügen, einschließlich der

Handhabung von Tabellenkalkulationen.

4. Portfolio der Methoden und Expertise • ProtCF bietet proteomische / massenspektrometrische Analysen mit den folgenden

Hochleistungsinstrumenten o Q-Exactive + Massenspektrometer, gekoppelt an Nanoflow-HPLC

(bis zu 40 h Messzeit pro Woche für ProtCF reserviert; mehr, wenn die Messkapazitäten dies zulassen)

o Für ausgewählte Fälle: Fusion Lumos Tribrid, gekoppelt mit Nanoflow-HPLC

• ProtCF verfügt über besondere Erfahrung in der proteomischen Analyse von formalinfixierten, in Paraffin eingebetteten Proben und in proteomischen Techniken zur Charakterisierung proteolytischer Enzyme.

• Es werden mehrere Quantifizierungsmethoden im Bereich der explorativen Proteomik unterstützt, zum Beispiel:

o Label-frei o SILAC o Dimethylierung o Tandem-Massen-Tags

• ProtCF bietet bioinformatische Analysen von massenspektrometrischen Daten mit folgender Software:

o Trans-Proteom-Pipeline o MaxQuant o OpenMS o Skyline

• Benutzer sind für die Probenvorbereitung verantwortlich. ProtCF berät bei der Probenvorbereitung.

• Nach Vereinbarung kann ProtCF eine Probenvorbereitung anbieten, einschließlich stabile Isotopenmarkierung und chromatographischer (Vor-) Fraktionierung. Benutzer können gebeten werden, die Kosten für Verbrauchsmaterialien und Probenvorbereitung zu übernehmen.

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• Zusätzlich zu seinem Kernportfolio kann ProtCF den Zugang zu wissenschaftlichen

Möglichkeiten in der ortsaufgelösten Massenspektrometrie („Massenspektrometrie-Bildgebung“) und der gezielten Proteomik unterstützen.

• Kurse zu Proteomics und / oder Proteomic Data Analysis werden von ProtCF angeboten.

5. Unkostenbeiträge • ProtCF kann Benutzer auffordern, sich an den Ausgaben zu beteiligen. • Für interne Nutzer (Universität Freiburg, inkl. Medizinische Fakultät) richtet sich

dieser Beitrag nach den Richtlinien der DFG („DFG-Vordruck 55.04“). • Sofern die Messkapazitäten dies zulassen (Priorisierung siehe unten), begrüßt

ProtCF Projekte mit externen akademischen Nutzern (außerhalb der Universität Freiburg, einschließlich der Medizinischen Fakultät). Ein Aufpreis kann hinzugefügt werden. Bei der Koordinierung der Einzelheiten kann die Unterstützung des Technologietransferamtes der Universität Freiburg (ZFT) angefordert werden.

• Eine Beitragsschätzung ist Teil der Erstberatung vor Beginn eines Projekts.

6. Instrument Benutzung und Priorisierung • Die Proben werden in der Regel nach Reihenfolge des Eingangs gemessen. • ProtCF behält sich das Recht vor, Prioritäten zu setzen oder Prioritäten zu löschen.

insbesondere um eine effiziente Nutzung des Massenspektrometers zu ermöglichen; z.B. im Hinblick auf die Bündelung von Proben mit ähnlichen massenspektrometrischen Anforderungen.

• Sehr zeitkritische Projekte (z. B. Überarbeitung eines Manuskripts; vorläufige Daten für einen Förderantrag mit unmittelbarer Einreichungsfrist) können vorrangig bearbeitet werden.

• Bei Großprojekten können erste Tests durchgeführt werden, um die Probenqualität und die Angemessenheit des massenspektrometrischen Ansatzes sicherzustellen.

• Projekte der Medizinischen Fakultät können gegenüber Projekten anderer Nutzer priorisiert werden.

• Projekte von externen akademischen Nutzern (d. h. Außerhalb der Universität Freiburg, einschließlich der Medizinischen Fakultät) haben eine geringere Priorität als Projekte von internen Nutzern (d. h. von der Universität Freiburg, einschließlich der Medizinischen Fakultät).

7. Veröffentlichungen • ProtCF strebt einen kollaborativen Ansatz an, um optimale Proteomergebnisse zu

erzielen. Beispielsweise kann dieser Ansatz eine umfassende wissenschaftliche Beratung hinsichtlich der proteomischen Versuchsplanung und Interpretation der Ergebnisse im Kontext der wissenschaftlichen Fragestellung beinhalten. In diesem Kontext sollte die Mitautorschaft ausgewählter ProtCF-Mitglieder berücksichtigt werden.

• Die gemeinsame Urheberschaft ausgewählter ProtCF-Mitglieder sollte auch in Betracht gezogen werden, wenn die (in Zusammenarbeit mit ProtCF erstellten oder analysierten) Proteomdaten einen zentralen oder vorherrschenden Aspekt eines Projekts bilden, z. aufgrund des Volumens oder der Aussage.

• In Fällen einfacher Messungen, jedoch ohne weitere Eingaben (z. B. wissenschaftliche oder methodische), kann das Acknowledgement der ProtCF angemessener sein.

• Der Aspekt der Mitautorschaft oder Anerkennung sollte in der ersten Projektkonsultation (so weit wie möglich) geklärt werden.

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• In beiden Fällen (Mitautorschaft oder Anerkennung) sollte die Präsentation der

proteomischen Methodik, Daten und Ergebnisse mit ProtCF abgestimmt werden, um sicherzustellen, dass die üblichen Standards und Anforderungen erfüllt werden, z. in Bezug auf die Hinterlegung von Rohdaten oder die Darstellung methodischer Details.

• Wenn es wahrscheinlich ist, dass geistiges Eigentum aus einem Projekt mit ProtCF entsteht, sollte die Unterstützung des Technologietransferamtes der Universität Freiburg (ZFT) in Anspruch genommen werden, um dieses Thema entsprechend zu klären.

8. Datenspeicherung, Ethik, Sonstiges • Benutzer sind dafür verantwortlich, ihre Proteomdaten zu archivieren. • Benutzer sind dafür verantwortlich, die Regeln des Datenschutzes und der ethischen

Erlaubnis einzuhalten, insbesondere für proteomische Analysen von menschlichem Gewebe.

9. Unterschrift der verantwortlichen Person Freiburg, Mai 2019

Prof Dr Oliver Schilling, Institut für Klinische Pathologie proteomics@uniklinik-freiburg.de