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PROGRAMMES (sous réserve de validation du contrôle des connaissances par le CEVU,

Conseil des Etudes et de la Vie Universitaire)

INSTITUT SUPERIEUR DES BIOSCIENCES

(ISBS)

ANNEE UNIVERSITAIRE 2009‐2010

Programmes ISBS – Année universitaire 2009/2010

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‐ Première année ‐


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Première année – Premier semestre

Organisation des enseignements

Homogénéisation en sciences du Vivant (210 heures) : UE 11 enseignements différenciés

Ces enseignements s’adressent aux élèves ingénieurs de formation initiale «sciences pour l’ingénieur ».

Biologie cellulaire (A. d’Anglemont de Tassigny) (ECUE 111 ‐ 46 H : 36 H cours, 10 H TD)

Biochimie (M.‐C. Bourin) (ECUE 112 ‐ 52 H : 34 H cours, 18 H TD)

Physiologie (J. Cadusseau) (ECUE 113 ‐ 34 H : 26 H cours, 8 H TD)

Biologie moléculaire et génie génétique (Y. Laperche) (ECUE 114 ‐ 48 H : 24 H cours, 16 H TD, 8 H TP)

Génétique (A. Fifre) (ECUE 115 ‐ 30 H : 22 H cours, 8 H TD)

Homogénéisation en sciences de l’Ingénieur (210 heures) : UE 12 enseignements différenciés

Ces enseignements s’adressent aux élèves ingénieurs de formation initiale

« sciences de la vie ».

Mathématiques appliquées (J.‐M. Aubry) (ECUE 121 ‐ 80 H : 32 H cours, 48 H TD)

Programmation et architecture des ordinateurs (M. Akil) (ECUE 122 ‐ 84 H : 42 H cours, 42 H TP et un projet)

Mécanique des systèmes de solides rigides (H. Ben Said) (ECUE 123 ‐ 46 H : 24 H cours, 22 H TD)

Sciences du Vivant (24 heures): UE 13 enseignements non différenciés

Physiologie des régulations (J. Cadusseau)

(ECUE 131 – 24 H : 20 H cours, 4 H TP)

Sciences de l’Ingénieur (64 heures) : UE 14 enseignements non différenciés

Traitement du signal (J.‐F. Berchet) (ECUE 141 ‐ 40 H : 20 H cours, 8 H TD, 12 H TP)

Réseaux informatiques et programmation Web (L . Perroton) (ECUE 142 ‐ 24 H : 16 H cours, 8 H TP)


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Communication ‐ Management ‐ Langue (112 heures) : UE 15

Compétence (B. Roudier)

(ECUE 151 ‐ 18 H : 9 H cours, 9 H TD)

Contexte (B. Roudier) (ECUE 152 – 32 H : 20 H cours, 12 H TD)

Entreprise (B. Roudier)

(ECUE 153 – 22 H : 14 H cours, 8 H TD)

Anglais (A. Martin) (ECUE 154 ‐ 40 H : 20 H cours, 20 H TD)

Projet personnel (60 heures) (G. Pelle) : UE 16

Projet tutoré (24 heures) (A. Nakib) : UE 17


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Homogénéisation en sciences du Vivant (210 heures) : UE 11

Biologie cellulaire

(ECUE 111 ‐ 46 H : 36 H cours, 10 H TD)

L’organisation cellulaire La membrane plasmique et sa dynamique (endo et exocytose) Les organites intracellulaires : le noyau, la mitochondrie, le reticulum endoplasmique, l'appareil de golgi, les lysosomes et peroxysomes Le transport protéique dans la cellule eucaryote : de la synthèse à l'adressage moléculaire Dynamique de l’architecture cellulaire : le cytosquelette et la motilité cellulaire

Les interactions avec l’environnement La matrice extracellulaire (composition et dynamique)

Le cycle cellulaire Division et cycle cellulaire, mort cellulaire

Biochimie

(ECUE 112 ‐ 52 H : 34 H cours, 18 H TD)

Biochimie structurale Structure, rôles et méthodes d’études des macromolécules biologiques : glucides, lipides, acides nucléiques, protéines.

Enzymologie Définition et propriétés générales des enzymes, classification. Activité spécifique et étude expérimentale. Modèle de Michaëlis‐Menten et cinétique enzymatique. Inhibitions. Influence de la température et du pH. Réactions bi‐bi. Introduction aux enzymes allostériques.

Métabolisme Catabolisme des glucides et des lipides. Cycle de Krebs. Energétique cellulaire : ATP et chaîne respiratoire. Anabolisme du glucose et des lipides. Notion de régulations métaboliques. Remarque : les TD seront consacrés à des exercices portant sur les trois parties.


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Physiologie

(ECUE 113 ‐ 34 H : 26 H cours, 8 H TD)

Introduction à la physiologie Systèmes Vivants / Environnement Echange matière/ énergie /information Niveaux D’organisation et Théorie cellulaire Tissus (épithéliale, conjonctif, musculaire, nerveux) Organes, systèmes ou appareils, organismes uni‐ ou pluricellulaires Milieu intérieur et homéostasie Compartiments Sanguin/Interstitiel/Lymphatique

Mouvements des molécules à travers les membranes Diffusion simple: 1ère Loi de Fick Diffusion à travers une membrane (perméabilité), solutés non chargés, cas de l'eau (l'osmose), solutés

chargés : équilibre de Nernst/Donnan Les transporteurs membranaires : diffusion facilitée et transports actifs Endocytose, exocytose Concentration, tonicité Le potentiel de repos, l'équation de Goldman‐Hodgkin‐Katz La loi d'ohm et potentiel de membrane Rôle de la pompe Na‐K ATPase

Communication nerveuse La membrane excitable Le Potentiel d’Action (PA) Les courants ioniques (IK, INa) Modèle d’Hodgkin et Huxley La propagation du potentiel d'action (axones myélinisés ou non) Synapses chimiques, exemples de synapse excitatrice et inhibitrice Sommation temporelle, spatiale et spatio‐temporelle des potentiels synaptiques Transmission synaptique rapide (neurotransmetteurs) lente (neuromodulateurs).

Biologie moléculaire et génie génétique

(ECUE 114 ‐ 48 H : 24 H cours, 16 H TD, 8 H TP)

Biologie moléculaire La structure de l’ADN et de la chromatine. Les génomes : organisation. La réplication du génome nucléaire. Transcription du génome nucléaire et différents types d'ARN Régulation de la transcription (procaryote et eucaryote) Maturation des ARNm eucaryotes. Promoteurs multiples et épissage alternatif. Traduction : le code génétique, les ribosomes, l'initiation, l'élongation et la terminaison La traduction : le code génétique, l’initiation, la synthèse des protéines

Génie Génétique Préparation d’ADN et d’ARN. Hybridation moléculaire Les outils du génie génétique : les enzymes, l’électrophorèse, le « blotting », les sondes, les vecteurs de

clonage. L’amplification sélective d’ADN et d’ARN in vitro : PCR Le clonage des gènes : construction et analyse de banques. Le séquençage de l’ADN. L’analyse de l'expression des gènes.


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Génétique

(ECUE 115 ‐ 30 H : 22 H cours, 8 H TD)

Mitose et Méiose

Génétique des Eucaryotes Rappels : définitions, lois de Mendel, nature de l'information génétique, théorie chromosomique de l'hérédité, hérédité liée au sexe. Liaison génétique et recombinaison, crossing‐over. Etablissement des cartes génétiques chez les Diploïdes et les Haploïdes.

Mutations mutagenèse et polymorphisme Mutations géniques, mutations réverses, mutations suppresseurs, mutations chromosomiques. Agents mutagènes, test de Ames.

Hérédité cytoplasmique

Génétique bactérienne Cycle. Méthodes de culture. Isolement de mutants. Transferts génétiques : Conjugaison, Transduction, Transformation (Cartes génétiques).

Génétique des phages Structure. Cycle. Méthode de dénombrement. Test de recombinaison, cartes génétiques.


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Homogénéisation en sciences de l’Ingénieur (210 heures) : UE 12

Mathématiques appliquées

(ECUE 121 ‐ 80 H : 32 H cours, 48 H TD)

Analyse ‐ Rappels et compléments sur les suites ‐ Intégrales généralisées ‐ Fonction de plusieurs variables ‐ Différentielles d’une fonction ‐ Optimisation sous contraintes d’une fonction ‐ Suites de fonctions ‐ Séries de Fourier ‐ Courbes et surfaces ‐ Calcul variationnel élémentaire ‐ Equations différentielles

Algèbre linéaire ‐ Systèmes d'équations linéaires ‐ Déterminant ‐ Valeurs et vecteurs propres ‐ Systèmes dynamiques ‐ Optimisation.

Programmation et architecture des ordinateurs

(ECUE 122 ‐ 84 H : 42 H cours, 42 H TP et un projet)

Objectifs : ‐ Acquérir la structure et le fonctionnement d’un ordinateur et de ses principaux composants (microprocesseurs, mémoire et dispositifs d’entrées/sorties). ‐ Savoir concevoir des programmes simples, les exécuter sur un microprocesseur, afin de comprendre le processus : conception d’un programme, génération de l’exécutable, lancement et exécution des instructions par les microprocesseurs. ‐ Acquérir les notions de système d’exploitation avec les concepts associés ‐ Savoir utiliser les commandes d’un système d’exploitation aussi bien pour gérer l’exécution d’un programme, les fichiers, l’environnement en réseau et la communication entre ordinateurs ‐ Acquérir les notions de programmes et d’environnement de programmation ‐ Savoir résoudre, depuis l’analyse jusqu’à la programmation en langage évolué (Java) et la mise au point sur machine (PC sous Windows, Linux) de petites applications à solution logicielle.

Architecture des ordinateurs Architecture matérielle d’un ordinateur Organisation et fonctionnement, modèle d’exécution des machines à registres, représentation interne de l’information, structure d’un programme en langage machine Structures de données et modes d’adressage de la mémoire Microprocesseurs et jeu d’instruction Structures conditionnelles et itératives, gestion de la pile et sous programme, passage de paramètre


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Système d’exploitation Utilisation d'Unix et Windows Présentation, rôle d'un système d'exploitation, identification, connexion, déconnexion (compte local/réseau, machine serveur) Commandes de bases, système de fichiers Navigation dans l'arborescence, notions de droits sur les fichiers, outils standard unix/linux/windows (Editeur de texte, notion d'IDE, outils de recherche de fichiers...), administration des processus Communication entre les machines Notions de réseaux, outils de base (ssh, telnet, ftp) Mail et navigateurs

Programmation avec Java Introduction générale Notion d’algorithme, notion de programme et conception Notion Java de base, prise en mains de l’environnement Notions objet Classes, instances, méthodes, Outil Javadoc Types Types primitifs, constantes/variables, expressions Types objet, affectation, interactions, héritage Instructions Tests, boucles, entrées/sorties. Debugger Regroupements de données Tableaux, collection, listes chaînées Java sans BlueJ Méthode main, applette/application, commandes en ligne Introduction à BioJava et aux expressions régulières

Mécanique des systèmes de solides rigides

(ECUE 123 ‐ 46 H : 24 H cours, 22 H TD)

Calcul vectoriel, torseurs ;

Cinématique du solide et des solides en contact, torseur cinématique ;

Géométrie des masses : centre d’inertie et opérateur d’inertie ;

Torseur cinétique, torseur dynamique et énergie cinétique d’un système matériel. Cas du solide ;

Principe fondamental de la dynamique des systèmes matériels ;

Référentiels non galiléens. Application à la dynamique terrestre ;

Contact de deux solides. Lois du frottement à sec de coulomb et Morin, ou du frottement « solide » ;

Puissance et travail d’un système de forces ;

Théorème de l’énergie cinétique.


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Sciences du Vivant (24 heures) : UE 13

Physiologie des régulations

(UE 13 ‐ 24 H : 20 H cours, 4 H TP)

Systèmes de régulation Rétroaction positive et négative Régulation de la balance hydrique Modélisation Cybernétique Théorie de l’information Système de communication Interaction cellulaire, cellule/matrice et communication directe Communication chimique et électrique Communication autocrine/paracrine/endocrine Récepteurs Communication entre organismes

Communication animale Glandes endocrines et organes avec fonctions endocrines accessoires Hormones Stéroïdes et Récepteurs Nucléaires Hormones Hydrophiles et Récepteurs Membranaires Synthèse et sécrétion, transport, élimination et dosage hormonal Principales voies de signalisation

Exemple de régulation hormonale

Physiologie musculaire (6h) Les muscles squelettiques : organisation structurale du sarcomère, dépolarisation du tubule T et mouvements calciques, mouvements calciques et mécanisme contractile, autres couplages (muscle cardiaque et muscle lisse).

Physiologie musculaire : contraction isotonique et isométrique, énergétique de la contraction (énergie mécanique et calorique, source d’énergie), exercice musculaire, fatigue musculaire, entraînement musculaire.


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Sciences de l’ingénieur (64 heures) : UE 14

Traitement du signal


Objectifs : cette introduction au traitement du signal a une orientation résolument tournée vers les résultats et applications. L’accent est mis sur le traitement de signal digital plutôt qu’analogique. Les travaux pratiques sont réalisés dans l’environnement logiciel Matlab ou dans l’environnement logiciel Psilab de l’INRIA.

Signaux et systèmes ;

Convolution ;

Série et transformée de Fourier et applications ;

Transformée de Laplace et applications ;

Echantillonnage, transformée de Fourier discrète, algorithme de transformée de Fourier rapide ;

Transformée en Z ;

Filtres numériques. Remarque : cette introduction au traitement du signal a une orientation résolument tournée vers les résultats et applications. L’accent est mis sur le traitement de signal digital plutôt qu’analogique. Les travaux pratiques sont réalisés dans l’environnement logiciel Matlab ou dans l’environnement logiciel Psilab de l’INRIA.

Réseaux informatiques et programmation Web

(ECUE 142 ‐ 24 H: 16 H cours, 8 H TP)

Objectifs : ce module présente les notions de base liées aux réseaux informatiques (modèle OSI et TCP/IP) et leurs applications aux technologies du Web.

Modèles en couche : principe, encapsulation, introduction au modèle OSI. Principe de la couche physique ;

Internet (TCP/IP) : principe, routage, principaux protocoles attachés (ICMP, UDP, TCP). Protocoles de services essentiels: Telnet, FTP, HTTP ;

Introduction au Web : langage HTML, principe des pages « dynamiques »: programmes CGI et introduction à PHP. Remarque : ce module présente les notions de base liées aux réseaux informatiques (modèle OSI et TCP/IP) et leurs applications aux technologies du Web.


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Cours inaugural, communication et management, langue (112 heures) : UE 15

Les enseignements de management et communication se répartissent en trois modules

Module « Compétence » qui regroupe l’ensemble des enseignements relatifs à la communication dans un objectif d’insertion professionnelle et de connaissance de son environnement personnel et professionnel.

Module « Contexte » qui regroupe l’ensemble des enseignements nécessaires à la compréhension des problématiques de management de l’innovation dans un environnement de haute technologie liés aux sciences de la vie et aux interfaces de la recherche et du développement

Module « Entreprise » qui regroupe l’ensemble des enseignements permettant une compréhension dynamique de l’entreprise dans un contexte de hautes technologies liées aux sciences de la vie.

Module Compétences

(ECUE 151 ‐ 18 H : 9 H cours, 9 H TD) Ces unités s’inscrivent dans le module COMPETENCE et sont complémentaires. Leur enseignement est donc mené en transversalité. Au long de cette formation, les étudiants doivent acquérir ou approfondir les compétences en communication écrite et orale, en gestion de projet à mettre en œuvre dans la recherche, la réalisation et l’exploitation de leurs stages, dans la réalisation et la soutenance de leurs projets personnalisés et dans la définition de leur projet professionnel. A son terme, ces compétences, une fois identifiées et mises en pratique pourront être réinvesties dans leur parcours personnel et professionnel et aider ainsi nos futurs ingénieurs à leur insertion professionnelle. La méthodologie retenue tant au niveau de l’enseignement que de l’évaluation favorise la simulation et les jeux de rôle, la réalisation de projets en équipe dans le domaine de la recherche et développement académique et industrielle à dimension internationale.

Stage : recherche et découverte du stage Apprentissage des techniques de recherche de stage et d’emploi : connaissance des entreprises dans le domaine de la recherche et développement académique et industrielle, identification des sources d’information, les étapes du processus de recrutement.

Communication écrite et orale Les enjeux de la communication dans les organisations en parallèle avec l'évolution des théories de l'information et de la communication. Le CV et la lettre de motivation en français et en anglais, l'entretien de recrutement (en transversalité avec le projet personnel et professionnel). Les techniques de la prestation orale en face à face et en réunion.

Développement personnel et projet professionnel La méthodologie de projet (en transversalité avec la conduite de projet) : bilan de compétences (expérience professionnelle, acquis scolaires et extra ‐ scolaires, traits de personnalité, les qualités et les défauts, les points forts et les points faibles), la projection dans la vie professionnelle (écarts entre le désir et le possible, mise en place du parcours pour atteindre les objectifs). A mettre en parallèle avec la conduite de tout projet : analyse de l'existant, définition des contraintes, recherche de solutions, choix d'une solution, évaluation et remédiation. Aide à la définition d’un thème pour le projet personnalisé.


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Module Contexte

(ECUE 152 ‐ 32 H : 20 H cours, 12 H TD)

Histoire des sciences (16 h) Comment les sciences de la vie et du vivant définissent‐elles leur objet? Comment élaborent‐elles leurs méthodes ? Ces questions épistémologiques vont de paire avec une interrogation plus proprement philosophique concernant la spécificité de la notion de vie. Qu'est‐ce qu'est la vie ? Les disciplines biologiques ne sauraient par elles‐mêmes donner des réponses satisfaisantes. En revanche, une réflexion critique sur leurs contenus permet de dégager une vision d'ensemble et de saisir l'unité de ces champs disciplinaires. L'enjeu des débats et des combats de ces disciplines est idéologique et social. C’est pourquoi l'approche historique s'impose. L'histoire des sciences est en effet tout| fois une histoire de théories et de méthodes scientifiques, d'hommes et d'institutions, de machines et de capitaux, mais aussi celle des projets de société que la science peut engendrer. Loin de tracer une suite linaire d'acquis continus et croissants, d'inventions et révolutions reléguant dans l'oubli un passé soudain révolu, l'histoire des sciences fluctue sur un réseau complexe de chemins qui se chevauchent et bifurquent. Et dans cette histoire, la science ne fait pas toujours figure de victime innocente. Ces constats nous mèneront à réfléchir sur la portée des savoirs biologiques au‐delà de la science elle‐même.

Controverses scientifiques (16 h) Le processus de construction des certitudes scientifiques ou technologiques – des dispositifs qui « marchent impeccablement » ‐ passe nécessairement par des épreuves avec les différentes parties prenantes (la communauté scientifique, le marché, le bien public). L'objectif de ce cours est de permettre aux participants d'identifier, de suivre et analyser une controverse technoscientifique contemporaine « en train de se faire»! Le travail sera restitué sous forme d'une soutenance orale accompagnée d'un poster lors de la dernière séance. Ce travail sera complété par un site web.

Module Entreprise

(ECUE 153 ‐ 18 H : 12 H cours, 6 H TD) Marketing de l’innovation (12 h) Concernant l’introduction aux principes du marketing

- Permettre aux étudiants de connaître les principaux concepts du marketing (marché, veille, marketing stratégique, marketing opérationnel, marketing d’offre et de demande, segmentation, différenciation, ciblage, positionnement, concurrence, etc.) et outils (études quantitatives et panels, renouveau des études qualitatives et techniques projectives, carte des sociostyles, ethnomarketing, marketing de tendances, etc.).

- Donner aux étudiants l’occasion de démontrer leur capacité à mettre en œuvre ces concepts et outils de l’analyse d’un marché et du jeu concurrentiel dans le traitement de cas d’actualité marketing.

- Comprendre les mutations d’un marché, les enjeux sur le positionnement des acteurs, leurs relations de partenariat et le processus de concurrence.

- Démontrer que l’accès au marché passe par de la différenciation de produit (et de service associé) attendue par le client et que l’innovation représente un moyen (ou un outil) de création de cette différenciation.

Concernant l’impact du marketing dans les process de R&D

- Démontrer que les progrès d’accès aux marchés de différenciation proviennent de changements organisationnels et technologiques.

- Expliquer que le marketing de l’innovation consiste à faire se rapprocher et se rencontrer la technologie et les marchés, les possibilités techniques et les potentialités économiques.

- Argumenter pourquoi les enjeux se situent en amont.

- Ouvrir le débat sur quelques questions : pourquoi est‐il si difficile de réaliser une étude marketing dans le cas d’un projet de recherche et développement ou d’un produit innovant (aux technologies avancées)? Comment faire du marketing dans la situation où l’offre et le marché n’existent pas ? Quelles méthodes marketing d’exploration faut‐il utiliser ?


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Articulation

Les parties de ce module s’articulent comme suit :

- Introduction aux principes du marketing

- Synoptique des éléments fondamentaux du marketing

- Veille et marketing de tendances

- Etudes de marché et de la concurrence

- Marketing de l’innovation technologique

- Spécificités des liens entre la technologie et le marketing

- Enjeux du marketing d’amont

- Outils marketing d’exploration des marchés

Approche sectorielle (P I 10 h SI + 14 h SII) L’objectif de cet enseignement qui est dispensé sur deux semestres est de fournir aux étudiants une connaissance des principaux secteurs industriels liés au biosciences d’un point de vue économique et stratégique. Sont étudiés :

- Le secteur de l’imagerie médicale

- Le secteur des biotechnologies (biotechnologies rouges : santé humaine)

- Le secteur du diagnostique

- Le secteur de la biomécanique

- Le secteur des biomatériaux

- La problématique de mondialisation et des technologies innovantes.

Anglais

(ECUE 154 ‐ 40 H : 20 H cours. 20 H TD) Le cours d’anglais 1er semestre. Ils viennent de différents horizons, ont été recrutés suivant des modalités différentes et ont des attentes différentes, voire antagonistes. Il est donc souhaitable que l’année commence par un travail en groupes de niveau suivi de séances qui regrouperont tous les étudiants permettant ainsi au groupe promotion de se former. Le travail en groupe entier se poursuivra au début du 2ème semestre et se terminera par des séances en groupe de niveau. Remarques : ‐ le volume horaire est de 30 heures d’enseignement pour chaque semestre. 1er semestre – toutes les compétences sont travaillées mais l’accent est mis sur la compréhension orale et l’expression orale (en continu et spontanée) Séance 1 à 7 : après un test de début d’année les étudiants seront répartis en 2 groupes de niveau. Groupe moyen : Co à partir de documents didactisés Reprise des bases grammaticales. Révision et acquisition lexicales. Compréhension écrite à partir de textes factuels. Travail systématique de rédaction de courts essais correction commune à partir des erreurs faites par les étudiants du groupe. Reprise des points ayant fait l’objet d’erreurs fréquentes. Travail sur un lexique « formal English » Expression orale : entraînement à partir de English for Meetings (Express series) OUP Entraînement à l’expression spontanée. Groupe fort : Co à partir de documents authentiques Travail sur un lexique « formal English » faux amis dans les textes scientifiques, phrasal verbs) Expression orale : expression spontanée à partir de questions simples ou improvisation à partir d’un sujet tiré au sort (15 secondes pour préparer, une minute pour s’exprimer en continu cf TOEIC 4 Skills). Après chaque intervention, bilan fait par le groupe entier. Développer une description et une présentation détaillées sur une gamme étendue de sujets. Expression écrite : développer une argumentation de façon méthodique.


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Séance 8 à 13 Travail commun. ‐ Lors des exposés du 2ème semestre il a été constaté que les étudiants qui ne prenaient pas la parole en début d’année avaient fait un exposé de qualité ; ce qui nous amène à penser qu’il est souhaitable que la promotion se retrouve réunie en cours d’anglais ponctuellement . Entraînement à la prise de notes en anglais Reprise de certains points de grammaire Travail en équipe (étudiants de niveaux différents) ; ‐2ème semestre : 1) 7 premières séances travail commun : ‐Préparation liée plus directement au TOEIC :

Présentation des épreuves TOEIC Co et CE. Présentation des épreuves du TOEIC 4 Skills Distribution d’une liste de vocabulaire des mots les plus utilisés au TOEIC.

‐Exposés ‐ travail à partir de English for Presentations (express series) OUP ‐ exposés individuels par groupe sur un thème, chaque étudiant faisant une présentation à partir d’un article (présentation Power Point), suivie des questions du groupe. Les présentations sont suivies d’un travail critique fait par le groupe entier puis par une discussion sur le thème choisi ( l’enseignant distribue une fiche lexicale). 2) Dernières séances Travail séparé à partir d’un bilan de mi‐semestre. Groupe moyen Reprise d’éléments grammaticaux et lexicaux ; Entraînement systématique à la rédaction. Entraînement systématique à l’expression orale. CO didactisés ou authentiques mais courtes. CE (Compréhension Ecrite) :à partir d’articles assez courts , travail de synthèse. Groupe fort CO à partir d’enregistrements audio ou vidéo assez longs (entre 20 et 30 minutes) EO Entraînement à la présentation orale détaillée sur une gamme de sujets étendue. Rédaction d’essais type TOEFL. Compréhension écrite : adapter le mode et la rapidité de lecture à différents textes et objectifs.

Projet personnel (60 heures) :

(UE 16 – 60 H)

Objectif Amener l’élève à progresser dans son développement personnel et à préparer son projet professionnel.

Contenu Au travers de son projet personnel, l’élève doit proposer une activité sociale, culturelle, sportive ou autre, l’amenant à accroître ses propres capacités et à se préparer au métier d’ingénieur. Les objectifs et les motivations doivent êtres clairement définis et le sujet doit être validé par le responsable des projets personnels dans la première quinzaine qui suit la rentrée.

Suivi Chaque élève est placé(e) sous la tutelle d’un enseignant de l’ISBS chargé de le (la) suivre tout au long de son projet personnel.

Validation La validation du projet personnel se fait par le biais d’une soutenance orale à la fin de chaque semestre. L’élève y présentera ses motivations et objectifs, son planning de progression, les difficultés rencontrées et les moyens utilisés pour les résoudre.


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Projet tutoré (24 heures):

(UE 17 – 24 H) Un projet tutoré associant les sciences de l'ingénieur et les sciences du vivant est prévu durant tout le semestre. Ce projet sera réalisé par groupe mixte au regard de la formation initiale (SPI et SV).


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Deuxième semestre


Biologie cellulaire et biotechnologie cellulaire (A. Fifre) (ECUE 211 ‐ 52 H : 28 H cours, 4 H TD, 20 H TP)

Physiologie des grandes fonctions 1 (J. Cadusseau) (ECUE 212 ‐ 54 H : 30 H cours, 8 H TD, 16 H TP)

Immunologie (V. Frenkel)

(ECUE 213 ‐ 26 H : 18 H cours, 8 H TD)

Biotechnologie et génie moléculaire (M. Bianchi) (ECUE 214 – 44 H : 20 H cours, 16 H TD, 8 H TP)


Mathématiques et analyse numérique (B. Miara) (ECUE 221 ‐ 48 H : 24 H cours, 24 H TD)

Algorithmique (Y. Abdeddaïm)


Mécanique des milieux continus 1 (M. Zidi) (ECUE 223 ‐ 64 H : 26 H cours, 18 H TD, 20 H TP)

Physique (S. Féréol)

(ECUE 224 ‐ 32H : 16 H cours, 16 H TD)

Initiation à la Bio‐informatique (B. Roudier) (ECUE 225 ‐ 20H : 12 H cours, 8 TP)


Compétence (B. Roudier)

(ECUE 231 ‐ 12H : 6 H cours, 6 H TD)

Entreprise (B. Roudier) (ECUE 232 – 28 H : 16 H cours, 12 H TD)

Anglais (A. Martin)

(ECUE 233 ‐ 40 H : 20 H cours, 20 H TD)


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Biologie cellulaire et biotechnologie cellulaire


Approfondissement de la biologie cellulaire (20h) Différenciation cellulaire, de la cellule aux tissus Adhérence et migration cellulaire, protéines et mécanismes de la motilité Histologie : présentation des principaux tissus Cellules souches : thérapie cellulaire et tissulaire, médecine régénératrice, éthique

Biotechnologie cellulaire (8h) Conditions expérimentales et techniques de base, différents types de cultures Suivi d'une culture : contrôle de la prolifération et de la différenciation Phénotypage des cellules : immunocytochimie Intérêt et limites des cultures cellulaires Observation microscopique Exemples d'applications : fusion somatique et production d'anticorps monoclonaux, modèles in vitro de

pharmacologie‐toxicologie.

Travaux pratiques : Etude d’un modèle cellulaire en culture in vitro : ‐ suivi de la croissance cellulaire sous l’effet d’un facteur de croissance (Fibroblast Growth Factor 2)

‐ transfection d’un vecteur d’expression de la beta‐galactosidase, comparaison de plusieurs méthodes de transfection.

Physiologie des grandes fonctions 1


Physiologie de la Digestion (14h) Organisation et fonctions générales du tractus digestif. Sécrétions digestives (mécanismes cellulaires des sécrétions électrolytiques et des enzymes digestives) Modes d’action cellulaire des hormones digestives, physiologie des sels biliaires. Mécanismes cellulaires de l’absorption intestinale de l’eau et des électrolytes. Digestion et absorption des glucides, lipides, protéines, et vitamines. Péristaltisme et motilité gastro‐intestinale. Fonction hépatique de détoxification.

Neurophysiologie (16h) Cours d'introduction : revue de l'histoire des neurosciences qui vise à introduire les grands principes du

fonctionnement du système nerveux, l'étendue et la variété du domaine. Organisation générale du système nerveux central, et éléments d'anatomie fonctionnelle. La somesthésie : les récepteurs et leurs propriétés d'adaptation, les champs récepteurs, le codage de

l'information (transduction, codage de l'intensité, de la durée, codage spatial) et intégration, la douleur (nocicepteurs, voies, contrôles)

La motricité : réflexes moteurs, locomotion, posture et motricité volontaire, les différents niveaux de contrôle nerveux.


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Immunologie

(ECUE 213 – 26 H : 18 H cours, 8 H TD)

Introduction à l'immunologie ‐ Cellules sanguines. Anatomie fonctionnelle. Inflammation (Phagocytes, cytokines inflammatoires, récepteurs de la réponse innée, complément). Immunoglobulines : structure, fonction, modalités de reconnaissance de l'antigène. Réactions antigène‐anticorps : exemples d'applications techniques des notions sur les immunoglobulines. Présentation de l'antigène par le CMH‐II, CPA, Th1/Th2. Vaccination (notion d'antigène/immunogène, rôle de la réponse innée & adjuvants, mécanismes de protection). Allergie. Présentation de l'antigène par le CMH‐I, T cytotoxiques. Réponse anti‐virale (IFN de type I, NK, T cytotoxiques, opposition à la réponse anti‐bactérienne). Répertoire T/B. Notions d'ontogénie. Coopération T/B. Révisions 1. Révisions 2.

Biotechnologie et génie moléculaire

(ECUE 214 – 44 H : 20 H cours, 16 H TD, 8 H TP)

Outils pour la manipulation de gènes et la production de protéines. Naissance et évolution des vecteurs moléculaires. Propriétés utiles des plasmides, virus procaryotes et eucaryotes à la base des vecteurs actuels. Principales familles de vecteurs. Manipulation de séquences : exemples de stratégies d’assemblage et mutagénèse. Transformation de cellules bactériennes et eucaryotes. Devenir de l’ADN exogène dans la cellule, stratégies d’expression transitoire ou stable de transgènes. Stratégies d’expression d’un gène, production de protéines. Expression constitutive, ubiquitaire, régulée, sur‐expression : importance des régions régulatrices, avantages et limites des différents hôtes. Systèmes inductibles (DEX). Introduction d’étiquettes moléculaires. Utilisation de protéines rapporteur : LacZ, luciférase, protéines fluorescentes (propriétés, techniques de visualisation et quantification, fusions transcriptionnelles et traductionnelles).

Transgénèse animale et végétale. Techniques utilisées. Micro‐injection dans les embryons, transformation de cellules souche, utilisation de vecteurs viraux. Pour les plantes : transformation via Agrobacterium, vecteurs viraux. Exemples d’applications.

Suivi de l’expression et mutation du génome. Analyse transcriptomique (puces à ADN), rtQPCR. Détection du polymorphisme moléculaire (microsatellites, locus‐spécifique : par PCR, puce ADN, reséquençage).

Travaux pratiques : Purification, quantification et analyse d’acides nucléiques totaux.


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Mathématiques et analyse numérique

(ECUE 221 ‐ 48 H : 24 H cours, 24 H TD)

Méthodes de résolution de systèmes linéaires ;

Méthodes de résolution d’équations différentielles ;

Interpolation de fonctions ;

Approximation des moindres carrés ;

Optimisation de fonctions ; Travaux Pratiques: Logiciel Matlab ‐ Applications à des systèmes biologiques

Algorithmique

(ECUE 222 ‐ 48 H : 24 H cours, 12 H TD, 12H TP)

Structures de données linéaires (listes, piles, files) ;

Structures de données arborescentes (arbres binaires, arbre binaires de recherche) ;

Tables de hachage ;

Introduction à la recherche de motifs (algorithme naïf, Rabin‐Karp, Automates finis, Knuth‐Morris Pratt, Boyer‐Moore)

Mécanique des milieux continus 1


Cinématique Systèmes matériels ‐ Définition d’un milieu continu ‐ Description Lagrangienne du mouvement – Description Eulérienne du mouvement ‐ Dérivée Particulaire ‐ Equation de continuité ‐ Déformation d’un milieu continu ‐ Transformation infinitésimale ‐ Equations de compatibilité;

Dynamique des milieux continus Modélisation des efforts ‐ Loi Fondamentale de la dynamique classique ‐ Le tenseur des contraintes de Cauchy ‐ Equations du mouvement et d’équilibre ‐ Tenseurs particuliers des contraintes – Cercle de Mohr;

Relation de comportement de l’élastostatique Linéarité géométrique ‐ Linéarité matériel ‐ Isotropie et anisotropie ‐ Loi de Hooke ‐ Interprétation physique des coefficients élastiques ‐ Equations de Navier ‐ Equations de Beltrami ‐ Critères de limite d’élasticité ‐ Problèmes classiques d’élasticité;

Physique

(ECUE 224 – 32 H : 16 H cours, 16 H TD)

Module 1 : Eléments de Physique atomique et nucléaire (16 H : 8 H cours, 8 H TD)

Objectif :

Acquérir des principes de base de physique atomique et nucléaire en vue de leurs applications en imagerie médicale (Radiologie, IRM, ...). Contenu :

‐ Structure de l’atome ‐ Structure du noyau ‐ Physique des rayonnements ionisants ‐ Interaction rayonnement – matière ‐ Interaction particules chargées – matière ‐ Magnétisme du noyau


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Module 2 : Eléments de Physique de la propagation (16 H : 8 H cours, 8 H TD)

Objectif :

Acquérir des principes de base de physique de la propagation d’ondes électromagnétiques ou acoustiques en vue de leurs applications médicales (Echographie, Doppler, microscopie, fluorescence, …). Contenu :

‐ Propagation dans le vide ‐ Interférences, diffraction ‐ Polarisation, faisceaux laser ‐ Propagation dans un milieu matériel ‐ Acoustique, ultrasons ‐ Principe de l’imagerie ultrasonore

Initiation à la Bio‐informatique

(ECUE 225 ‐ 20 H : 12 H cours, 08 H TP) But : Réalisation d’un mémoire sur une bactérie pathogène composé d’une recherche bibliographique, d’un clonage théorique et d’un travail de recherche d’homologie du gène. Organisation : Ce module représenterait un volume horaire de 20 Heures en CM/TD pour un groupe constitué de 25 étudiants maximum (nombre de machine dans une salle). Les séances seront divisées en créneaux de 4h sur le semestre d’enseignement Modalité d’Evaluation : Ce module serait évalué via la rédaction d’un mémoire de 10‐15 pages environ soutenu lors d’un oral de 10 minutes en fin de semestre. Contenu Pédagogique : Séance 01 :

Rappel Clonage + Présentation générale du module Recherche Bibliographique +Choix de la bactérie + création thésaurus sur le pathogène choisi par l’étudiant

Recherche PUBMED + sauvegarde de la séquence du gene + protéine Travail sur la séquence : http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq‐util/seq‐util.html Présentation des génomes microbiens : http://genolist.pasteur.fr/ Séance 02 : Détermination des enzymes de restrictions compatibles avec les gènes (carte) Détermination d’une bactérie hôte compatible.

Présentation BLASTs (utilisation des différents algorithmes et analyse des résultats Réalisation d’une recherche.

Séance 03 : Travail sur les primers nécessaires pour une PCR contrôle Réflexion sur la cadre de lecture par rapport au cadre de lecture du vecteur.

Recherche d’un vecteur adéquat Séance 04 : Modélisation du clonage

Réflexion moléculaire sur les techniques utilisées pour mettre en évidence la réussite expérimentale du clonage (procaryotes)

Séance 05: Présentations orales des étudiants et discussion sur les approches choisies


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Module Compétences

(ECUE 231 – 12H : 6 H cours, 6 H TD)

Stage : être préparé à mieux vivre son stage en entreprise Préparation à l’intégration dans l’entreprise au niveau relationnel et organisationnel (repérer le fonctionnement, les sources d’information…) Préparation à l'évaluation du stage (identifier les missions accomplies, les compétences mises en œuvre…).

Communication écrite et orale La communication verbale et non verbale, la gestion du stress. Les messages professionnels (lettre, note, instruction, communiqué, synthèse et note de laboratoire, blog, pages WEB) : les règles, les incidences des nouvelles technologies de l'information et de la communication (NTIC).

Développement personnel et projet professionnel L'aide à la préparation du rapport et à la soutenance du stage 1 et à la soutenance du projet personnalisé.

Gestion et conduite de projets innovants (P I ‐ 4 h*) La connaissance des outils et de la méthodologie pour conduire un projet est indispensable à tout élève ingénieur afin de mener un ensemble d’actions organisés et conjointes selon un ensemble de règles préalablement établis. Les objectifs de cet enseignement consistent à :

- Fournir une vision globale dans un contexte de gestion de projets innovants,

- Identifier les composantes du cycle de vie et les étapes de gestion d'un projet innovant,

- Appliquer les principaux outils de gestion d'un projet d'innovation au cours de chacune des étapes d'avancement du projet,

- Saisir et appliquer les principes et les techniques liés au rôle d’un gestionnaire de projet et particulièrement la gestion des interfaces humaines et opérationnelles.

*(Cet enseignement est dispensé aux semestres II et III)

Module Entreprise

(ECUE 232 – 28 H : 16 H cours, 12 H TD)

Approche sectorielle (P II 10 h SII) L’objectif de cet enseignement qui est dispensé sur deux semestres est de fournir aux étudiants une connaissance des principaux secteurs industriels liés au biosciences d’un point de vue économique et stratégique. Sont Etudiés :

- Le secteur de l’imagerie médicale

- Le secteur des biotechnologies (biotechnologies rouges : santé humaine)

- Le secteur du diagnostique

- Le secteur de la biomécanique

- Le secteur des biomatériaux

- La problématique de mondialisation et des technologies innovantes


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Projet Transverse (Partie I 10 h SII) Si les connaissances technologiques sont indispensables à tout ingénieur, l’introduction de nouveaux concepts et produits innovants sur le marché sont susceptibles d’induire des modifications importantes d’ordre sociales, économiques et éthiques a fortiori dans les domaines directement ou indirectement liés à la santé. Sur une thématique proposée, l’étudiant, à travers la réalisation d’un projet, doit être capable d’intégrer les problématiques scientifiques, technologiques et d’innovations tout en menant une réflexion sur les enjeux économiques et éthiques. Ce projet est réalisé par groupe de 5. Un volume de 16 heures est dédié par étudiant soit un total de 80 heures par groupe sur S2 (8h) et S3 (8h) sans comptabiliser le travail personnel (10 h/étudiant répartie sur deux semestre). Il est par ailleurs fortement lié aux enseignements relatifs à l’approche sectorielle et d’Ethique. Il est donc envisager de les coupler et de proposer le suivi des projets aux enseignants les dispensant. Il sera demandé aux étudiants

- En S2 première partie : une pré‐soutenance (15 minutes par groupe) qui permettra aux enseignants d’évaluer :

o l’état d’avancement du projet o la répartition du travail effectué par le groupe, la gestion du projet o les problématiques développées

- En S3 seconde partie : la soutenance qui sera évaluée sur o Un rapport écrit d’environ 40 pages (plus références obligatoires et résumé en Anglais) o Une présentation orale (20 minutes par groupe + 10 minutes de questions), o Un poster.

Initiation à la comptabilité (8 h)

Anglais

(ECUE 233 ‐ 40 H : 20 H cours. 20 H TD) Début du 2ème semestre

‐ Exposés : les étudiants feront des exposés individuels par groupe. Chaque groupe choisira un thème, chaque étudiant faisant une présentation à partir d’un article (présentation Power Point), suivie des questions du groupe. Les présentations seront suivies d’un travail critique fait par le groupe entier puis par une discussion sur le thème choisi (l’enseignante distribuera une fiche lexicale en début de séance).

‐ Compréhension écrite : exercices type TOEFL. ‐ Expression écrite : entraînement systématique, correction individuelle faite par l’enseignante et reprise en équipe.

Dernières séances

‐ Bilan de mi‐semestre permettant d’ajuster les objectifs des dernières séances, et éventuellement, de modifier légèrement la composition des 2 groupes de niveau.


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Groupe moyen

‐ Reprise d’éléments grammaticaux et lexicaux, entraînement systématique à la rédaction. ‐ Compréhension orale à partir de documents didactisés mais aussi de courts documents authentiques.

‐ Compréhension écrite : à partir d’articles assez courts, travail de synthèse.

‐ Expression orale spontanée. Présenter et défendre ses opinions.

‐ Expression écrite : essais plus longs, reprise des points ayant fait l’objet d’erreurs.

‐ Expression écrite et orale à partir de documents écrits ou enregistrés.

Groupe fort

‐ Compréhension orale à partir d’enregistrements audio ou vidéo authentiques assez longs (entre 20 et 30 minutes).Entraînement à la prise de notes. Compte‐rendu oral ou écrit.

‐ Compréhension écrite : adapter le mode et la rapidité de lecture à différents textes et objectifs.

‐ Expression orale : entraînement à la présentation orale détaillée sur une gamme de sujets étendue.

‐ Expression écrite : rédaction d’essais type TOEFL.


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- Deuxième année ‐


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Deuxième année – Troisième semestre



Physiologie des grandes fonctions 2 (J. Cadusseau) (ECUE 311 ‐ 40 H : 22 H cours, 2 H TD, 16 H TP)

Signaux, Imagerie, Thérapeutique (M. Meignan) (ECUE 312 ‐ 32 H : 8 H cours, 8 H TD, 16 H TP)

Chimie des polymères (C. Amiel) (ECUE 313 ‐ 48 H : 24 H cours, 12 H TD, 12 H TP)

Génomique (Y. Laperche) (ECUE 314 ‐ 28 H : 12 H cours, 4 H TD, 12 H TP)

Protéomique (M.‐C. Bourin) (ECUE 315 – 28 H : 12 H cours, 4 H TD, 12 H TP)

Sciences de l’Ingénieur (178 heures) : UE 32

Outils numériques de simulation (M. Zidi) (ECUE 321 ‐ 38 H : 18 H cours, 20 H TP)

Mécanique des milieux continus 2 (R. Fodil) (ECUE 322 ‐ 32 H : 12 H cours, 20h TP)

Bases de données relationnelles (X. Hilaire) (ECUE 323 ‐ 24 H : 8 H cours, 6 H TD, 10 H TP)

Initiation à la morphologie mathématique (H. Talbot) (ECUE 324 ‐ 32 H : 18 H cours, 6 H TD, 8 H TP)

Théorie de l’information et applications (B. Miara) (ECUE 325 ‐ 32 H : 14 H cours, 18 H TD)

Initiation à la Bio‐informatique (B. Roudier) (ECUE 326 – 20 H : 12 H cours, 8 H TP)


Compétence (B. Roudier) (ECUE 331 ‐ 30H : 15 H cours, 15 H TD)

Contexte (B. Roudier) (ECUE 332 – 12 H : 12 H Cours)

Entreprise (B. Roudier) (ECUE 333 – 10 H : 10 H cours)

Anglais (B. Frouin) (ECUE 334 ‐ 40 H : 20 H cours, 20 H TD)


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Semestre 3 ‐ Sciences du Vivant (176 heures) : UE 31

Physiologie des grandes fonctions 2


Physiologie rénale (8h) Anatomie et histologie de l'appareil urinaire Filtration glomérulaire et régulation vasculaire Réabsorption et sécrétion tubulaire Régulation hydrique et de la natrémie Régulation du volume plasmatique et de l'osmolarité Régulation de la kaliémie Régulation de la balance acide/base Régulation de la balance phospho‐calcique

Physiologie respiratoire et circulatoire (14h) Physiologie du cœur et de la circulation : présentation du système cardiovasculaire, activité cardiaque (phénomène mécanique du cycle cardiaque), automatisme cardiaque et activité électrique (potentiels d’action musculaire, conduction et couplage

excitation‐contraction), débit cardiaque et sa régulation, pression artérielle et sa régulation (réseau vasculaire, vasomotricité, régulation nerveuse et hormonale,

régulation paracrine), retour veineux. Physiologie respiratoire : présentation de l’appareil respiratoire, ventilation et mécanique ventilatoire, transport des gaz respiratoires, échanges gazeux alvéolo‐capillaires et tissulaires.

Signaux, Imagerie, Thérapeutique


Cet enseignement repose en grande partie sur les cours et démonstrations effectués dans le cadre de visites sur des sites spécialisés : services d’imagerie médicale, laboratoires de recherche ou de diagnostic médical, service de radiothérapie. Pour chaque technique abordée, on considérera d’une part les aspects physiques (nature du signal, principe de détection), d’autre part les applications biologiques et médicales. Principaux sujets abordés : ‐Signaux physiologiques. Exemples : ECG, électromyographie, mécanique ventilatoire, … ‐ Signaux induits. Exemples : potentiels évoqués, techniques d’imagerie médicale (TEP, scintigraphie par gamma caméra, imagerie hybride, IRM, scanner X, échographie, Doppler…) ‐ Méthodes d’analyses in vitro sur du matériel biologique. Exemples : dosages sur échantillons sanguins, analyse cellulaire ou tissulaire (fluorescence, bioluminescence, rayonnements ionisants…) ‐Méthodes d’analyse microscopique. Exemple : microscopie de force atomique… ‐Les traceurs en imagerie : produits de contraste , traceurs radioactifs. ‐Principes et techniques en radiothérapie. Organisation de l’enseignement, contrôle continu : ‐Les visites seront préparées par un travail personnel des étudiants sur une liste de questions se rapportant à des notions de physique de base. Ces questions feront l’objet d’un test écrit (contrôle continu). ‐Les visites feront l’objet d’un mémoire et d’un exposé oral (contrôle continu). ‐Un test écrit portera sur les cours magistraux (contrôle continu).


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Chimie des polymères


Nature et structure des matériaux polymères ‐ Polymères naturels et de synthèse ; ‐ Architecture ; ‐ Caractérisation.

Différentes voies de synthèse ‐ Polymérisation en chaîne ; ‐ Polycondensation ; ‐ Relations structure – propriétés.

Propriétés thermiques et rhéologiques des matériaux polymères ‐ Polymères amorphes ; ‐ Polymères semi‐cristallins ; ‐ Elastomères.

Systèmes polymères complexes ‐ Mélange de polymères, plastifiants ; ‐ Copolymères ; ‐ Réseaux ; ‐ Charges et composites ; ‐ Applications en biologie.

Formulation des polymères en solution ‐ Epaississants ; ‐ Encapsulation de principes actifs dans des structures colloïdales ; ‐ Gels.

Génomique

(ECUE 314 ‐28 H : 12 H cours, 4 H TD, 12 H TP)

Introduction générale à la génomique.

Les projets de séquençage des génomes.

Etude structurale des génomes : cartes et séquençage, annotation des gènes.

Bases de données de séquences génomiques. Alignement de séquences nucléiques. Recherche de motifs.

Techniques de génomique fonctionnelle : identification des gènes, recherche de la fonction, étude de l’expression.

Protéomique

(ECUE 315 ‐28 H : 12 H cours, 4 H TD, 12 H TP)

Le protéome.

Protéomique fonctionnelle. Modifications post‐traductionnelles des protéines, groupements fonctionnels, interactions moléculaires, complexes multiprotéiques.

Protéomique analytique. Electrophorèse 2D, isofocalisation, spectrométrie de masse, microséquençage.

Introduction à l’étude de l’interactome. Copurification, FRET, double hybride, puces à protéines, Biacore et mesure des interactions moléculaires.

Introduction à la bio‐informatique. Principales banques de données protéiques. Similitude, homologie, identité, famille de protéines. Principe des alignements de séquences : matrices de scores, matrices de substitution et matrices transformées. Recherche de similitudes, séquences consensus, motifs conservés.


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Semestre 3 ‐ Sciences de l’Ingénieur (186 heures) : UE 32

Outils numériques de simulation

(ECUE 321 ‐ 38 H : 18 H cours, 20 H TP)

Objectifs : les éléments de base de la méthode aux éléments finis fait l'objet d'approches résolument tournées vers l'application. Différents exemples pratiques, utilisant le logiciel Abaqus illustrent le cours dans l'étude de problèmes aux limites rencontrés en biologie et en médecine. . Préliminaire La CFAO et la simulation numérique Outils logiciels pour la simulation Exemple d'outil numérique de simulation : la méthode aux éléments finis . Introduction aux méthodes numériques Analyse numérique des équations différentielles Analyse numérique des équations aux dérivées partielles Notion de maillage Méthodes numériques d'approximation . Méthode aux éléments finis ‐ Formulations variationnelles ; ‐ Construction des formulations variationnelles ; ‐ Méthode de Galerkin ‐ Méthode de Ritz ‐ Eléments finis de Lagrange ; ‐ Outils numériques ; ‐ Assemblage matriciel ‐ Stockage matriciel ‐ Méthodes de résolution ; ‐ Mise en ouvre de la méthode aux éléments finis ; ‐ Norme de programmation ‐ organisation modulaire des codes éléments finis ; . Travaux pratiques Exemples en mécanique des solides : évaluation des distributions de contraintes dans une structure en utilisant le logiciel industriel de simulation par éléments finis Abaqus.

Mécanique des milieux continus 2

(ECUE 322 ‐ 32 H : 12 H cours, 20 H TD)

Statique des fluides

Cinématique des fluides

Dynamique des fluides parfaits incompressibles

Dynamique des fluides visqueux ‐ Généralités ‐ Analyse dimensionnelle appliquée à la mécanique des fluides ‐ Écoulement des fluides réels, notions sur la couche limite ‐ Calcul des pertes de charge en conduite ‐ Écoulement dans les canaux


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Bases de données relationnelles


Architecture et objectifs des SGBD

Les modèles de données, dépendances fonctionnelles et théorie de la normalisation ;

Algèbre et modèle relationnels. Calcul relationnel de tuples et de domaines

SQL comme langage de manipulation de données, de description de données, de formulation de requêtes ;

Compilation et optimisation des requêtes ;

Les méthodes d'indexation ;

Les concepts de l'orienté objet et les SGBD ;

Création d'une base, interrogation en SQL ; programmation d'une petite application en JDBC.

Initiation à la morphologie mathématique


Notion de traitement (d'opérateur) ensembliste, dualité, propriétés fondamentales d'un opérateur (croissance, idempotence, extensivité...).

Elément structurant, propriétés.

Dilatation et érosion, décomposition d'éléments structurants.

Ouverture et fermeture, filtrage morphologique.

Transformations connexes et dilatation géodésique, algorithmes associés.

Application à la segmentation d'images bio‐médicales (extraction de cellules).

Transformation de distance, de voisinage. Algorithmes parallèles, séquentiels associés.

Axe médian, érodé ultime, application à l'analyse d'images biologiques (séparation de cellules qui se superposent).

Transformations topologiques, point simple, squelettes, noyaux homotopiques, algorithmes associés.

Application à l'analyse d'images bio‐médicales (extraction du réseau sanguin).

Théorie de l’information et applications


Généralités ‐ Mesure de l’information ‐ entropie ; ‐ Information mutuelle ; ‐ Principe du maximum d’entropie.

Codage de source – compression des données ‐ Source discrète sans mémoire – source markovienne ; ‐ Théorème fondamental du codage de source ; ‐ Algorithmes de compression sans pertes.

Codage canal – protection des données ‐ Codes construits sur un corps fini ; ‐ Codage convolutif ; ‐ Décodage : algorithme de Viterbi, algorithme de Bahl.

Théorie de l’information en biologie ‐ Evolution du code génétique et de ses caractéristiques ; ‐ Information mutuelle moyenne de l’ADN ; ‐ Information des molécules de protéines.


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Initiation à la Bio‐informatique

(ECUE 326 ‐ 20 H : 12 H cours, 08 H TP) Le principe général de ce module est de simuler une pandémie mondiale en fournissant aux étudiants des fichiers contenant 150000000 extraits de transcriptome. Partant de différents virus connus, un nouveau virus recombinant est créé chaque année. Les étudiants doivent dans un premier temps réaliser un programme de ePCR afin d’identifier les malades dans la population. Par la suite une hypothèse en fonction des modes connus de transmissions du ou des virus identifiés sera formulée. Enfin un tableau clinique des cas identifiés sera fourni aux étudiants afin de leur permettre d’identifier des facteurs particuliers de prédisposition dans les populations malades.


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Semestre 3 – Communication, management, langue (80 heures) : UE 33

Module Compétences

(ECUE 331 ‐ 30 H : 15 H cours, 15 H TD)

Stage : exploitation du stage 2 Bilan personnalisé de stage : évolution du projet, mise à jour du CV et de la lettre de motivation. Suivi individuel de la recherche de stage 2.

Communication et travail en réseau La communication commerciale classique et nouvelle : argumentaire, supports (lettre, publipostage, brochure, mél, newsletter). Les conséquences des NTIC sur l'organisation du travail : développement du travail collaboratif (collecticiels de partage de l'information, de collaboration et de coopération, le workflow, la gestion électronique des documents).

Développement personnel et projet professionnel Progresser dans la formulation du projet professionnel personnalisé : étape 1.

Atelier Recherche Stage et premier Emploi (4 h) P‐I Objectif : Aider les étudiants à définir leur stratégie de recherche d’entreprises

Contenu : Définir sa stratégie de recherche d’entreprise en fonction de son projet professionnel : Quelles entreprises peuvent‐être intéressées par mon profil ? Quels outils pour explorer le marché ? Proposer son offre de compétences aux entreprises

Méthode : brainstorming et mise en situation

Partenariat (6h) L’environnement des hautes technologies dans les sciences de la vie est par définition multidisciplinaire le

plus souvent dans un contexte international. La mise en place de partenariat et de gestion de projet nécessite une prise en compte des différentes valeurs et de cultures de travail. L’objectif est de fournir aux étudiants un ensemble d’outils pour la gestion de ces demandes complexes. Cette unité d’enseignement est fortement liée au management de l’innovation et à la gestion de projet

Module Contexte

(ECUE 332 ‐ 12 H : 12 H cours)

Ethique (12h) Le cours se propose de décrire et analyser quelques objets et méthodes de la bioéthique contemporaine. L’élaboration d’un « savoir relatif à la manière d’utiliser les savoirs » (Van Rensselaer Potter, 1970) s’est en effet avérée nécessaire dans les sociétés technologiquement les plus avancées, et ce depuis que la recherche et le développement scientifique sont susceptibles de transformer en profondeur non seulement les écosystèmes mais aussi les êtres humains au plan individuel et collectif. De la conception à la mort, du génome au cerveau, les biotechnologies ne se targuent‐elles d’améliorer notre vie et de nous faire du bien ? C’est justement sur la façon de considérer le « bien » que se situe la quête bioéthique dans toute sa complexité et indétermination. Devant l’effacement de valeurs et normes universellement partagées, tenant compte de l’individualisme et du multiculturalisme des sociétés « ouvertes », le discours bioéthique se doit d’être composite et pluridisciplinaire. Il doit aussi s’efforcer d’avancer des solutions. A travers l’étude de cas paradigmatiques, nous allons nous pencher sur les difficultés théoriques et les enjeux biopolitiques d’une nouvelle branche des sciences humaines au carrefour de la théologie et du droit, de la philosophie et de la sociologie.


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Module Entreprise

(ECUE 233 ‐ 10 H : 10 H cours)

Projet Transverse (Partie II 10 h SIII)

Anglais

(ECUE 334 ‐ 40 H : 20 H cours, 20 H TD)

- Préparation au TOEIC ; - Lecture, synthèse et présentation d'articles de recherche. - Passage du TOEIC en fin de semestre (session accessible également en fin de semestre 4 aux

étudiants qui n'auraient pas satisfait à l'exigence de niveau 750).


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Quatrième Semestre


Introduction au médicament et à son industrie (A. d’Anglemont de Tassigny) (ECUE 411 ‐ 22 H : 18 H cours, 4 H TD)

Applications thérapeutiques des biomatériaux (A. Fifre)

(ECUE 412 ‐ 22 H : 14 H cours, 8 H TD)

Introduction à l’imagerie médicale (A. Nakib) (ECUE 413 ‐ 22 H : 12 H cours, 10 H TD)

Sciences de l’Ingénieur (134 heures) : UE 42

Instrumentation biomédicale (S. Goujon‐Durand) (ECUE 421 ‐ 36 H : 36 H cours)

Biotechnologies et systèmes intégrés (P. Sangouard)

(ECUE 422 ‐ 36 H : 32 H cours, 4 H TP)

Introduction à la mécanique physique des matériaux (M. Zidi) (ECUE 423 ‐ 32 H : 14 H cours, 18 TP)

Biostatistiques et probabilités (A. d’Anglemont de Tassigny)

(ECUE 424 ‐ 30 H : 15 H cours, 15 H TD)


Compétence (B. Roudier) (ECUE 431 ‐ 16H : 8 H cours, 8 H TD)


(ECUE 432 – 24 H : 14 H cours, 10 H TD)

Anglais (B. Frouin) (ECUE 433 ‐ 40 H : 20 H cours, 20 H TD)


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Semestre 4 ‐ Sciences du Vivant (62 heures) : UE 41

Introduction au médicament et à son industrie

(ECUE 411 ‐ 22 H : 18 H cours, 4 H TD)

Ce cours se présente comme une introduction à la spécialité « médicament » proposée aux étudiants de troisième année. Il présente un double objectif : initier les étudiants de 2ème année au monde du médicament et permettre à ces étudiants d’effectuer un choix raisonné des spécialités proposées en troisième année.

La conception du médicament Le médicament générique Les voies d’administration et formes galéniques associées Le devenir du médicament dans l’organisme La Pharmacométrie Présentation de l’industrie pharmaceutique Les différents profils de poste accessibles à un ingénieur ISBS

Applications thérapeutiques des biomatériaux

(ECUE 412 – 22 H : 14 H de cours, 8 H TD)

Il s’agit d’un domaine de recherche extrêmement multidisciplinaire dans la mesure où il met en commun les connaissances de pointe dans des champs de recherche aussi variés que le génie médical, la biomécanique, la chimie, la physique, la biologie cellulaire, la biologie moléculaires, la génétique, l’immunologie, la microbiologie et la chirurgie. Le but de ce module de cours est par conséquent de présenter les généralités ainsi que les grandes questions posées dans le domaines des biomatériaux et d’illustrer à travers des applications l’intégration de ces diverses disciplines.

Généralités sur les biomatériaux (2h) - Définitions et concepts : biomatériaux, biocompatibilité, bioréactivité, biomimétisme, hémocompatibilité, biofonctionnalité, cytotoxicité - Différents domaines des biomatériaux : pluridisciplinarité et interdisciplinarité - Historique des biomatériaux : chronologie de développement de la discipline - Les différents champs d’application des biomatériaux - Les matériaux à vocation de biomatériaux - Les enjeux économiques et de société - Développement des biomatériaux et cahier des charges général : propriétés biologiques et mécaniques,

sécurité, fonctionnalité - Visions et contraintes des acteurs du secteur : chercheurs, industriels, médecins, administrations (AFSSAPS,

CCPPRB, ...)

Les différents classes de matériaux utilisées en tant que biomatériaux (10h) - Céramiques : type de céramiques, historique, propriétés biologiques et mécaniques, contraintes,

applications, techniques de fabrication - Métaux : alliages utilisés, propriétés, applications, corrosions, ions, traitement de surface, alliages à mémoire de forme - Polymères : polymères naturels et synthétiques, propriétés, contraintes, domaines d’applications, méthodes de fabrication, modifications et additifs, polymères biodégradables / bio‐résorbables, silicones, hydrogels - Les matériaux composites - Les matériaux naturels / biologiques - Les fibres médicales et biotextiles


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Les méthodes de stérilisation des biomatériaux et dispositifs médicaux (2h)

Ateliers/TD (8h) : recherche et compilation de données (4h) + présentation (4h) Durant ces ateliers, les étudiants compilent le maximum d’informations concernant les domaines d’application des Biomatériaux suivant : chirurgie orthopédique, les pathologies cardiovasculaires (cœur et système circulatoire), odontologie et stomatologie, chirurgie esthétique et dermatologie, ophtalmologie, dispositifs extracorporels (organes artificiels), urologie et néphrologie, dispositifs et biomatériaux interdisciplinaires (ciments, adhésifs, amalgame, joints, sutures et différents drains), ingénierie tissulaire et thérapie cellulaire. A la suite de ces recherches, les étudiants réaliseront un travail personnel sous forme de présentation orale et/ou poster, en relation avec le corps médical et enseignant.

Introduction à l’imagerie médicale

(ECUE 413 ‐ 22 H : 12 H cours, 10 H TD) ∙ Formation des images ∙ Prétraitement des images ∙ Notions de contraste local ∙ Convolution et Filtrage 2D ∙ Renforcement du contraste local ∙ Segmentation : Détection de contours ∙ Post‐traitements : Améliorations ∙ La compression des images


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Semestre 4 ‐ Sciences de l’Ingénieur (134 heures) : UE 42

Instrumentation biomédicale

(ECUE 421 ‐ 36 H : 36 H cours)

Théorie de l’instrumentation ; Théorie du mesurage ; Capteurs ; Instrumentation biomédicale ; Exploration électrique ; Exploration ultrasonore ; Rayonnements thermiques, électromagnétiques et ionisants ; Imagerie.

Intervenants industriels

Rayons X

FLIR‐mesures de température (infrarouges) et démonstration de matériels

Microcapteurs Un travail personnel sera réalisé par exemple sur les microcapteurs ou la microchirurgie.

Biotechnologies et systèmes intégrés

(ECUE 422 ‐ 36 H : 32 H cours, 04 H TP)

Architecture générique des systèmes en biologie et médecine : présentation, étude du PET, de l’ektacytomètre et application (TP) à l’aide processeur de Traitement de signaux (DSP)

Architectures dédiées numériques : Adéquation Algorithme Architecture, Implantation optimisée d’algorithmes (optimisation en temps, surface et consommation) – modèles d’exécution de type parallèle : Pipeline, systolique Etude d’architectures dédiées pour le traitement d’images (applications en bio imagerie), pour le traitement de séquences

Introduction aux Microsystèmes : Applications aux BioMems, Microfluidique

Capteurs – puces à ADN

Etude de cas : a. présentation d’une machine contre la mucoviscidose, b. « The design of a continuous blood glucose monotoring system, c. systèmes biomédicaux de la société Ela Médical

Initiation à la mécanique physique des matériaux

(ECUE 423 ‐ 32 H : 14 H cours, 18 H TP)

Introduction

Caractérisation des matériaux

Origine physique de l’élasticité

Les grandes familles de matériaux

Comportement mécanique (« simples » et modèles rhéologiques)

Introduction à la mécanique de l’endommagement ‐ Définitions ‐ Mesure de l’endommagement ‐ Lois élémentaires d’endommagement ‐ Modélisation tridimensionnelle ‐ Critères d’endommagement


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‐ Endommagement anisotrope

Introduction à la mécanique de la rupture ‐ Définitions ‐ Modèles de propagation de fissures ‐ Rupture fragile ‐ Ténacité ‐ Critère de propagation de fissure ‐ Fissuration sous chargement cyclique ‐ Rupture par fatigue

Biostatistiques et probabilités

(ECUE 424 ‐ 30 H : 15 H cours, 15 H TD)

Introduction aux probabilités : définition d'une probabilité, probabilité conditionnelle, indépendance, variables aléatoires, distributions, lois (binomiale, Poisson, normale).

Modélisation statistique : L’objectif de cet enseignement est de présenter le mode de raisonnement statistique et d’apprendre les méthodes de base utilisées dans le domaine biomédical. Un accent particulier est mis sur l’interprétation concrète des résultats statistiques et sur les conclusions qui peuvent en être tirées en pratique. Programme ‐ Fluctuations d’échantillonnage, utilisation des tables statistiques ‐ Intervalle de confiance d’un pourcentage et d’une moyenne ‐ Principe des tests statistiques ‐ Comparaison de deux pourcentages (test du khi‐2), de deux moyennes (test de Student) et de deux variances (test de Fisher) ‐ Comparaison de plusieurs pourcentages ‐ Comparaison de plusieurs moyennes, analyse de la variance ‐ Régression linéaire, corrélation


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Semestre 4 ‐ Communication et management, langue : UE 43

Module Compétences

(ECUE 431 – 16 H : 8 H cours, 8 H TD)

Partenariat (12h) A travers L’expérience de professionnels relative à la gestion de projets internationaux, les étudiants mettent en application les outils développés en SIII à l’aide de simulation de projets en situation complexes.

Atelier Recherche Stage et premier Emploi (4 h) P‐II ECUE 331 Objectif : Aider les étudiants à définir leur stratégie de recherche d’entreprises

Contenu : Définir sa stratégie de recherche d’entreprise en fonction de son projet professionnel : Quelles entreprises peuvent‐être intéressées par mon profil ? Quels outils pour explorer le marché ? Proposer son offre de compétences aux entreprises

Méthode : brainstorming et mise en situation

Module Entreprise

(ECUE 432 – 24 H : 14 H cours, 10 H TD)

Stratégie‐Veille‐Créativité (12h) Objectifs de l’enseignement Trop souvent nous nous contentons d’une vision parcellaire de notre activité et nous ne prenons pas le temps de regarder autour de nous. Or notre activité, personnelle, professionnelle, sociale interagit avec nos environnements (professionnel, socio‐culturel, professionnel) dans un monde où la communication est devenue possible à tous les niveaux. Les technologies de l’information et de la communication (TIC) nous permettent d’avoir un regard différent sur le monde, en nous offrant la possibilité de mieux comprendre le contexte de nos actions (Internet, bases de données, web2.0), et par là de mieux maîtriser nos processus de décision. Il s’agit donc de montrer comment les organisations interagissent avec leurs environnements et comment la compréhension des réseaux permet d’aboutir à une meilleure performance. La démarche d’intelligence économique – telle qu’elle est décrite dans le « Modèle AFDIE d’Intelligence économique » est présentée comme un moyen d’aide au management, en particulier dans le cadre de la préparation de la décision. Plan

de l’information à la connaissance vision du monde au début du 21ème siècle, relations des entreprises et des organisations avec leurs environnements

créer un système d’information organiser le recueil en fonction des besoins (fonction veille) exploiter les résultats obtenus (fonction analyse)

l’Intelligence économique, démarche globale définition de l’IE dans son application aux fonctionnalités de l’entreprise, intelligence économique et processus de décision

Méthodologie Didactique, cours magistral Toutes les notions évoquées sont appuyées par des exemples concrets récents, accessibles aux étudiants et transposables à leur réalité, Notation par contrôle continu sur la base d’exercices par équipes avec restitution orale.


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Innovation, création d’entreprise – Business Plan (12 h) Objectifs de l’enseignement

- Comprendre la démarche de création d’entreprise à travers l’approche Business plan.

- Apprendre à construire des documents financiers prévisionnels.

- Connaître la « chaîne du financement » de l’entreprise nouvelle. Plan

- Notion de business model o Les liens entre business model et comportement financier de l’entreprise nouvelle. o Les typologies de business models dans les sciences de la vie.

- L’élaboration du business plan o Rôle et intérêt du business plan. o Les rubriques du business plan.

- La construction des prévisionnels financiers o Le plan de financement. o Le plan de trésorerie. o Le compte de résultat et le bilan prévisionnels.

- Les modes de financement de la création d’entreprise o La « chaîne du financement » de l’entreprise nouvelle. o Approche des investisseurs en capital.

Méthodologie

- Cours magistral.

- Applications : construction de prévisionnels financiers.

- Etudes de cas (business plans, trajectoires de développement de jeunes entreprises).

Anglais

(ECUE 433 ‐ 40 H : 20 H cours, 20 H TD)

- Préparation au TOEIC en reprenant les aspects abordés au semestre 3.


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- Troisième année ‐


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Troisième année – Cinquième semestre


Biomécanique‐biomatériaux (200 heures) : UE 51 Biomécanique (M. Zidi)

(ECUE 511 ‐ 80 H : 60 H cours, 20 H TP)

Biomatériaux (A. Fifre) (ECUE 512 ‐ 80 H : 60 H cours, 20 H TP)

Projet tutoré (H. Talbot) (ECUE 513 ‐ 40 H : 40H TP)

Bio‐informatique‐médicament (200 heures) : UE 52

Bio‐informatique (B. Roudier) (ECUE 521 ‐ 60 H : 40 H cours, 20 H TP)

Médicament (A. d’Anglemont de Tassigny) (ECUE 522 ‐ 100 H : 80 H cours, 20 H TP)


Bio‐imagerie‐informatique (200 heures) : UE 53

Bio‐imagerie (H. Talbot)

(ECUE 531 ‐ 80 H : 60 H cours, 20 H TP)

Informatique (H. Talbot) (ECUE 532 ‐ 80 H : 60 H cours, 20 H TP)



Compétence (B. Roudier) (ECUE 541 – 01 H : 01 H TP)


(ECUE 542 – 39 H : 17 H cours, 22 H TD)

Anglais (H. Alfaro) (ECUE 543 ‐ 40 H : 20 H cours, 20 H TD)


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Semestre 5 – Biomécanique‐biomatériaux (200 heures) : UE 51

Biomécanique

(ECUE 511 ‐ 80 H : 60 H cours, 20 H TP)

Bio‐solides et bio‐fluides des grands systèmes physiologiques

Biomécanique cardiovasculaire – vaisseaux‐pompe cardiaque Vaisseaux

- Rappels sur les généralités sur le comportement mécanique des matériaux biologiques ; - Déformations élastiques des parois artérielles ; - Ecoulement sanguin et contraintes de cisaillement ; - Contraintes mécaniques et remodelage vasculaire ; - Les prothèses vasculaires.

Pompe cardiaque - Paramètres dans l’analyse du comportement du ventricule gauche (VG) - Modèles mécaniques isotropes du VG ; - Modèles mécaniques anisotropes du VG.

Biomécanique ostéoarticulaire – os‐cartilage Os

- Structures et fonctions des os; - Rhéologie des os; - Matériau et système osseux adaptatifs.

Cartilage - Structures et fonctions du Cartilage; - Rhéologie du Cartilage; - Matériau et système cartilage adaptatifs.

Modèles mécaniques ostéoarticulaires

Biomécanique respiratoire ‐ voies aériennes‐tissu pulmonaire Les voies aériennes

- Structures et fonctions des voies aériennes; - Aérodynamique des écoulements physiologiques dans les voies aériennes; - Interactions fluides‐structures.

Le tissu pulmonaire - Structures et fonctions du tissu pulmonaire; - Rhéologie du tissu pulmonaire.

Modèles mécaniques respiratoires

Biomécanique cellulaire - Approche pratique de la technique de micromanipulation AFM (scan de surface en milieu fluide et

courbe de force) les objectifs sont: - Mise en oeuvre d'un scan (topographie de la cellule et localisation) et d'une

courbe de force sur cellule vivante en AFM ; - Comparer les forces appliquées (comparer aux autres techniques) ceci va

permettre de se raccrocher au cours de l'année dernière ; - Modéliser la réponse mécanique de la cellule.

Biomécanique du mouvement - Le corps humain, système de solides articulés (modèle et limites), constantes biomécaniques ; ‐ Outils simples d’évaluation du mouvement humain, systèmes optocinétiques, plateau et capteurs de

force, électromyographie et ses applications, accélérométrie, goniométrie, mesure des propriétés mécaniques musculaires in vivo chez l’Homme ;

‐ Lois et principes de la dynamique newtonienne, analyse dite de corps libre et du mouvement humain, dynamique inverse et principe logiciels ;

‐ Equilibre, posture et mouvement, maintien postural, stabilisation de la posture sous perturbation exogène ou associée à un mouvement intentionnel.


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Biomatériaux

(ECUE 512 ‐ 80 H : 60 H cours, 20 H TP)

L’objectif de cet enseignement est principalement d’évaluer la réaction du tissu vivant (différents environnements biologiques) au contact des biomatériaux et d’étudier l’importance et les caractéristiques de l’interface entre ces deux systèmes. Les interactions entre les deux systèmes (tissus biologiques et biomatériaux) seront évaluées de manière réciproque : effet de l’implant sur l’hôte et effets de l’hôte sur l’implant. 1) Cours Magistraux (50h) Les phénomènes liés à l’adsorption protéique Les traitements de surface des biomatériaux : modifications physiques, chimiques et biologiques des biomatériaux Le phénomène d’hémocompatibilité et les biomatériaux La dégradation des biomatériaux Techniques d’analyse physico‐chimiques des biomatériaux Spectroscopie (FITR, XPS), rugosimétrie, porosimétrie, potentiométrie zeta, mesure de mouillabilité, microscopie (MEB, AFM) L’adhésion cellulaire aux biomatériaux Devenir des cellules à la surface des biomatériaux : migration, prolifération, différenciation, éléments de signalisation intracellulaire Les phénomènes inflammatoires et les biomatériaux Cas particulier de la formation des biofilms : l’infection Biomatériaux et pathologies cellulaires La tumorigenèse et les biomatériaux Ingénierie tissulaire et biomatériaux Incorporation de substances actives Test in vitro et in vivo des biomatériaux selon les normes 2) Séminaires : domaines d’applications biologiques et thérapeutiques des biomatériaux (10h) Différents séminaires seront assurés par les acteurs principaux du domaine des biomatériaux et de leurs applications thérapeutiques : médecins, chercheur et industriels.

- Domaine cardiovasculaire - Chirurgie orthopédique - Neurochirurgie - Peau artificielle - Chirurgie plastique

3) Travaux pratiques (20 h)

- Test de cytotoxicité en relargage / au contact - Test d’adhésion / détachement - Comparaison de trois tests de prolifération - Etude de la différenciation au contact de biomatériaux - Colonisation cellulaire de stents - Evaluation mécanique de prothèses vasculaires : comparaison avec les tissus remplacés

Projet tutoré

(ECUE 513 ‐ 40 H : 40 H TP) Les élèves ingénieurs travaillent sur projet commun de 80 H avec une autre spécialité


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Semestre 5 – Bio‐informatique‐médicament (200 heures) : UE 52

Bio‐informatique

(ECUE 521 ‐ 60 H : 40 H cours, 20 H TP) Thématiques Cartes de restriction, Recherche de vecteurs, Adaptations stratégiques, Modélisation Ab‐Initio, Docking moléculaire But : Réalisation d’un mémoire sur une maladie monogénique héréditaire composé d’une recherche bibliographique, d’un clonage théorique du transporteur membranaire impliqué, d’un travail de recherche d’homologie de ce gène et d’un travail de docking avec le ligand naturel sur protéine mutée et non mutée. Organisation : Ce module représenterait un volume horaire de 24 Heures en CM/TD pour une groupe constitué de 25 étudiants maximum (nombre de machine dans une salle). Les séances seront divisées en créneaux de 4h sur le semestre d’enseignement Modalité d’Evaluation : Ce module serait évalué via la rédaction d’un mémoire de 15‐20 pages environ soutenu lors d’un oral de 10 minutes en fin de semestre. Contenu Pédagogique : Séance 01 :

Rappel Clonage + Présentation générale du module Recherche Bibliographique +Détermination de la maladie d’intérêt + création thésaurus sur la maladie choisie par l’étudiant Cette maladie doit être due à un transporteur membranaire dont un ligant est connu.

Recherche PUBMED + sauvegarde de la séquence du gene + protéine(s) Travail sur la séquence : http://searchlauncher.bcm.tmc.edu/seq‐util/seq‐util.html Présentation des génomes microbiens : http://genolist.pasteur.fr/ Présentation génome humain : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genbank/ http://bioinfo.weizmann.ac.il/cards/index.shtml Séance 02 : Détermination des enzymes de restrictions compatibles avec les gènes (carte) Détermination d’une bactérie hote et technique du cDNA. Séance 03 : Présentation BLASTs (utilisation, calcul des scores sur matrice),

Réalisation d’une recherche. Travail sur les primers nécessaires et réflexion sur la cadre de lecture

Par rapport au cadre de lecture du vecteur. Recherche d’un vecteur adéquat Modélisation du clonage

Reflexion moléculaire sur les techniques utilisées pour mettre en évidence la réussite expérimentale du clonage

Séance 04 : Rasmol/Pymol et recherche de la protéine modélisée Modélisation d’une mutation connue de la maladie provoquant un défaut de transport Méthodologie du docking moléculaire Séance 05: Réalisation du docking sur la protéine normale et mutée Mise en évidence des différences d’interactions Séance 06 : Présentations orales des étudiants et discussion sur les approches choisies Séance 07 : Chaîne de Markov / Marrkov caché – méthode de Monte Carlo Séance 08 : Analyse multivariable appliquée à la bio‐informatique Séance 09 : classification et moindres carrés appliqués à la bio‐informatique Séance 10 : Chemin minimal et applications aux alignements de séquences


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Médicament

(ECUE 522 ‐ 100 H : 80 H cours, 20 H TP)

Molécules et cibles thérapeutiques Le médicament, de sa conception à sa mise sur le marché.

Recherche et développement : À la recherche de nouveaux médicaments ‐ Découverte de nouvelles molécules bio‐actives ‐ Substances naturelles d’intérêt thérapeutique ‐ Stratégie d’élaboration : chimie combinatoire, criblage à haut débit, chimiothèque ‐ Production de médicaments dans des systèmes hétérologues ‐ Cibles thérapeutiques ‐ Définition, méthodes d’études, interactions moléculaires ‐ Cibles au niveau génomique et protéique : pharmacologie moléculaire et cellulaire :

o Cibles moléculaires et cellulaires des médicaments, interaction cible‐médicament ‐ Métabolisme des médicaments, régulation des gènes, résistance aux drogues ‐ Exemples d’étude de molécules cibles thérapeutiques

Recherche et développement II : Évaluation du potentiel thérapeutique des médicaments : validation de leur activité par des tests biochimiques et pharmacologiques. ‐ Phase d’étude pré‐clinique Évaluation des molécules d’intérêt thérapeutique et validation de l’activité des médicaments par des tests biochimiques et pharmacologiques :

‐ Pharmacologie expérimentale ‐ Pharmacocinétique et pharmacodynamique ‐ Toxicologie ‐ Expérimentation animale - Phases d’essais cliniques ‐ Phase I, II, III, ‐ Autorisation de Mise sur le Marché (AMM) - Pharmacogénomique ‐ Bases biologiques de la pharmacogénomique ‐ Variabilité génique et susceptibilité aux maladies ‐ Variabilité génique et métabolisme des médicaments ‐ Pharmacovigilance

Aspects réglementaires du médicament, assurance qualité et contrôle qualité dans l’industrie pharmaceutique

Projet tutoré



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Semestre 5 – Bio‐imagerie‐informatique (200 heures) : UE 53

Bio‐imagerie

(ECUE 531 ‐ 80 H : 60 H cours, 20 H TP) Analyse d'image Ce cours est la continuation du cours d'introduction à la morphologie mathématique de deuxième année. Rappels de morphologie mathématique ; Méthodologies et pratique de l'analyse d'image ; Mesure, modélisation, optimisation du paramétrage ; Imagerie 3D ; Stéréologie ; Projet ; Modélisation et Synthèse d'images Ce cours introduit les techniques de modélisation 3D et de synthèse d'image. Modélisation 3D ; Modèles optiques & physiques ; Techniques de visualisation ; Techniques d'ombrage et de réflexion (Gouraud, Phong, etc) ; Lancé de rayon ; Projet ; Traitement du signal pour l'imagerie Ce cours étend les notions du traitement numérique du signal aux images 2D et 3D. Filtres linéaires indépendant du temps (TIF) ; Filtrage numérique (FIR, IIR, etc) ; Transformées intégrales : Fourier, Radon, etc.

Informatique

(ECUE 532 ‐ 80 H : 60 H cours, 20 H TP)

Traitement et analyse des signaux biomédicaux L'objectif de ce cours est d'initier et de guider les ingénieurs biomédicaux à l'utilisation des approches pratiques pour l'acquisition, traitement et analyse des signaux biomédicaux. Ces approches peuvent être facilement appliquées par ces ingénieurs en utilisant des logiciels de calculs scientifiques qui sont généralement munis de boîtes à outils de traitement et analyse de l'information comme les logiciels Matlab et Scilab. Ces logiciels sont initialement destinés aux ingénieurs non biomédicaux mais nous démontrons à travers ce cours qu'ils sont aussi indispensables dans le domaine biomédical. Acquisition et échantillonnage des signaux biomédicaux ; Introduction aux méthodes classiques et modernes de traitement des signaux bio‐ médicaux ; Simulation et mesure des signaux biomédicaux Manipulation des fichiers : lecture et écriture des données ASCII, Binaire (Wav, EDF) Bases de données dans le domaine de neurophysiologie clinique Notion de fonction aléatoire (processus stochastique) Application des notions de convolution, corrélation, filtrage et analyse spectrale au traitement et analyse des signaux biomédicaux. Introduction aux méthodes stochastiques modernes pour l’analyse des signaux biomédicaux (Analyse des composantes indépendantes (ICA), modèles de Markov cachés (HMMs), …) ; Applications : diagnostic médical classification des données ….


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Ce cours sera illustré par l’utilisation du logiciel Scilab de calcul scientifique.

‐ Travaux pratiques : Acquisition en temps réel, traitement et analyse des signaux biomédicaux en utilisant le système « Biopac ».

Systèmes d'imagerie bio‐médicale Ce cours est une formation sur les techniques et l'instrumentation d'imagerie bio‐médicale, de l'aspect théorique de la formation d'image et des principes de fonctionnement jusqu'à la manipulation des instruments eux‐mêmes (quand cela est possible). Modalités de visualisation : scanner rayons X, IRM, PET, ultra‐sons etc ; Microscopie bio‐moléculaire ; Instrumentation ; Projet ; Programmation en C/C++ Ce cours donne les bases de la programmation en C++ en partant de l'acquis en Java. L'apprentissage se fera essentiellement sur projet.

Projet tutoré



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Semestre 5 ‐ Communication et management, langue : UE 54

Module Compétence

(ECUE 541 – 01 H : 01 H TP)

Entretien projet professionnel personnalisé : A travers un entretien, l’étudiant doit préciser et argumenter son projet professionnel en Français et en Anglais. Il doit remettre un CV et une lettre de motivation en Français et en Anglais.

Module Entreprise

(ECUE 542 – 39 H : 17 H cours, 22 H TD)

Créativité et propriété intellectuelle (12h Au travers de ce cours, il s'agit de favoriser l'embauche des élèves‐ingénieurs ISBS par la maîtrise pratique de la propriété intellectuelle ‐ Développer la créativité par la réalisation d'inventions en cours avec les élèves ‐ Apprendre à manier les principes de la méthode TRIZ. Le cours est séparé en deux parties pour chaque séance : l'exposé à des élèves non‐juristes des notions de la propriété intellectuelle utiles à la créativité et l'application de ces notions à la réalisation d'inventions avec les élèves sur des sujets imposés ou choisis par les élèves.

- Créativité et propriété intellectuelle ‐ Création o Présentation o Définitions

- Créativité o Etude théorique ‐ /Apports du droit o Etude pratique ‐ Etude des brevets ‐ Méthode TRIZ o Les composantes de la créativité

- Propriété intellectuelle o Etude théorique ‐ Apports de la science o Etude pratique ‐ Etude des brevets ‐ Méthode TRIZ o Les composantes des systèmes de propriété intellectuelle

- Les éléments d'une politique de propriété intellectuelle rentable o La confidentialité et la publication o Le dépôt et la protection dès la création o Les extensions à l'étranger o Le statut de l'inventeur : salarié ‐ indépendant – entrepreneur o La valorisation : indépendant ‐ start‐up ‐ grande entreprise

- Les principes de créativité issus de la propriété intellectuelle o Exposé des principes o Réalisation d'inventions sur ces principes

Simulation de gestion et stratégie d'entreprise (27h) En termes de savoir et de savoir faire, les objectifs de cours se déclinent ainsi :

- Acquérir des connaissances en conduite de projet de création ou de reprise d'activité, en compréhension d'un business plan pour le développement et la rentabilité, en fonction des objectifs stratégiques,

- Acquérir des connaissances en finance, commerce, production et en gestion des ressources humaines, « Comprendre comment chaque fonction de l'entreprise contribue à la réalisation des objectifs stratégiques de l'ensemble, et ce dans le but d'adopter une démarche de gestion appropriée,

- Améliorer ses capacités personnelles de négociation et de communication en situation professionnelle.

- Progresser en management d'une équipe au travail en maîtrisant les questions de temps et de personnes,

- Améliorer ses capacités de prise de décision en univers incertain,

- Etre capable d'appliquer immédiatement les connaissances acquises. Le champ est vaste. Il s'agit d'acquérir, d'une part, de très nombreuses notions, et, d'autre part, de se familiariser avec les comportements des acteurs de l'entreprise.


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La simulation de gestion fonctionne sur un marché concurrentiel ou semi‐concurrentiel avec des entreprises au statut privé ou public. Les questions abordées concernent le marketing, la gestion de production, la logistique, la gestion des ressources humaines, la finance, le droit des affaires, la propriété industrielle,... mais également l'organisation du travail en équipe, les principes de la négociation, le commandement et le leadership, et encore la gestion du temps, la communication orale ou écrite, avec des exposés et l'édition de nombreux documents professionnels,...

Anglais

(ECUE 543 ‐ 40 H : 20 H cours, 20 H TD)

Objectif : perfectionnement de la langue parlée, en comblant l’écart entre le savoir grammatical et ses applications pratiques. La troisième année d’anglais part du principe que la plupart des différences de compétence entre les étudiants au début de leurs études aura été nivelée grâce à l’accent sur de solides bases grammaticales que mettent les cours plus formalisés en M1 et M2. Bien que la rigueur ait toujours sa place, l’accent est désormais sur la langue étrangère comme outil d’expression, pour comprendre, discuter et exposer des idées scientifiques. Les enseignants‐chercheurs des cours principaux sont encouragés de transmettre des bibliographies de textes en anglais pertinents pour faciliter le travail de lecture en profondeur, analyse et traduction de concepts scientifiques. Au moins une heure par cours sera consacrée à la compréhension et à la discussion des éléments médiatiques dont des enregistrements de conférences et des films choisis selon le spécialisme de l’enseignant qui fourniront les bases de discussions sur :

‐ le génie génétique, ‐ La bio‐éthique, ‐ Les nanotechnologies ainsi que la fonction sociale de la science.

Selon l’insistance sur la préparation pratique, nous étudierons de divers documents professionnels dont les CV, lettres de motivation et abstracts de communications académiques, les exemplaires desquels soutiendront les étudiants comme partie de leur dossier final, lors d’un exposé oral à la fin du semestre.


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Les stages à l’ISBS

Au cours de leur cursus à l’ISBS, les étudiants devront obligatoirement effectuer 3 stages.

1ère année

En première année, les étudiants doivent effectuer un stage d’exécution d’un mois à réaliser entre les mois de

juillet et d’août. Ce stage a pour but de présenter et de faire découvrir à l’élève‐ingénieur le milieu professionnel

dans lequel il va évoluer lors de ses années de formation ainsi qu’au cours de sa vie professionnel.

Ce stage se déroulera au sein d’une entreprise ou d’un laboratoire de recherche.

A l’issu du stage, l’élève‐ingénieur rédige un mémoire et expose son travail lors d’une soutenance de 15 minutes

(exposé + questions) devant un jury composé d’enseignants‐chercheurs.

2ème année

En deuxième année, les étudiants doivent effectuer un stage de recherche et développement de trois mois à

réaliser entre les mois de mai et de juillet. Ce stage a pour but de mettre en application les concepts théoriques

inculqués au cours de leur scolarité et d’accroître leurs connaissances en tenant compte des contraintes et des

relations du milieu dans lequel l’élève‐ingénieur va évoluer.

Ce stage se déroulera au sein d’un laboratoire de recherche privé ou publique. Les stages à l’étranger sont

fortement encouragés.



3ème année

En troisième année, les étudiants doivent effectuer un stage de fin d’étude de six mois à réaliser entre les mois

de février à septembre.

Le stage est l'occasion pour les élèves‐ingénieurs de travailler dans une entreprise industrielle dont les activités

sont celles d’une des spécialités qui a été choisie par l’étudiant.

Ce stage s’effectuera en France ou à l’étranger.




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Institut Supérieur des BioSciences de Paris ‐ ISBS

INFORMATIONS CONCERNANT LES STAGES D’EXECUTION DE PREMIERE ANNEE

Le stage d’exécution est l'occasion pour les étudiants de première année de prendre un premier contact de travail avec une entreprise ou un laboratoire de recherche. Ce stage s’effectuera prioritairement à l’étranger. Il se déroulera sur une période de quatre semaines au mois de juillet ou d’août.

LA RECHERCHE DU STAGE : Tous les élèves de première année doivent s'employer à trouver un stage par eux‐mêmes en utilisant les services de l’Université Paris 12 et de l’ESIEE et les contacts des enseignants de l’ISBS.

LES PROCEDURES ADMINISTRATIVES DE VALIDATION DU STAGE :

Le candidat au stage doit d'abord avoir reçu l’accord de la structure d’accueil, précisant la nature du stage et ses dates. La fiche de présentation du sujet de stage doit être obligatoirement remplie par le tuteur de l’entreprise d’accueil et validée par Madame d’Anglemont de Tassigny, responsable des stages de la formation. En échange de cette fiche de présentation du sujet de stage dûment remplie et signée, trois exemplaires de la convention de stage devront ensuite être retirées au secrétariat de l’ISBS. La convention de stage est un contrat qui lie trois parties : l'entreprise, l’Université Paris XII et l'élève‐ingénieur. Pour l'essentiel, son objet est de confier à l'entreprise un rôle de formation vis à vis du stagiaire, durant un temps limité. La convention doit d’abord être remplie et signée en 3 exemplaires par l'entreprise d'accueil et le stagiaire. Ces 3 exemplaires signés doivent ensuite être remis au secrétariat de l’ISBS accompagnés : - d’une attestation d’assurance civile dont les dates couvrent la totalité de la période de stage, - d’une photocopie de la carte d’étudiant. Pour que la procédure soit entièrement validée, le dossier complet (3 exemplaires de la convention, l’attestation de responsabilité civile, la fiche de présentation du sujet de stage ainsi que la photocopie de la carte étudiante) devra ensuite être signé par le doyen de la Faculté de Médecine. Par la suite, l’étudiant devra conserver un exemplaire de cette convention et en adresser un autre à l'entreprise. Tout dossier incomplet ne sera pas pris en compte. L’étudiant ne pourra pas commencer son stage avant la fin de la procédure administrative de validation du stage c'est‐à‐dire avant l’obtention de la signature du doyen de la Faculté de Médecine. Une fois la convention signée et envoyée, cet engagement mutuel implique que l'élève‐stagiaire ne puisse se désister pour effectuer son stage dans une autre entreprise. Date limite de validation de votre demande de stage Attention, afin de valider votre stage au cours de l’année universitaire 2009‐2010, l’intégralité de la procédure de validation doit être effectuée avant la mi‐juin.

LE SUIVI DES STAGES :

Chaque stagiaire est placé(e) sous la tutelle d’un enseignant de l’ISBS qui est chargé de le (ou la) suivre durant son stage, d’assurer un contact téléphonique avec le tuteur d’entreprise ou du laboratoire.

LE RAPPORT ECRIT :

A l’issue de votre stage, il vous faudra rédiger un rapport en 4 exemplaires :

un pour la structure d’accueil

un pour votre tuteur pédagogique appartenant à l’ISBS (directement déposé dans son bureau)

un déposé au secrétariat de l’ISBS


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un pour l’étudiant. Une copie électronique de ce rapport sera adressée à Mme d’Anglemont de Tassigny ([email protected]) pour l’archivage.

Ce rapport comprend une trentaine pages dactylographiées (annexes comprises), police Times New Roman ou Arial 11 ou 12. Le mémoire, qui pourra être rédigé en anglais, devra être composé de différentes parties :

- la couverture comportant le nom de l’étudiant, le titre et le lieu de stage ainsi que les logos de l’Université Paris 12, de la Faculté de Médecine, de l’ESIEE et de la Chambre du Commerce et de l’Industrie de Paris,

- la page de remerciements, - le sommaire, - la présentation de l’entreprise dans laquelle il réalise son stage, - le travail réalisé, - le but de l’étude - les expériences acquises, - la conclusion, - les annexes.

La lecture du rapport doit être possible sans le recours systématique aux annexes : les documents nécessaires à la compréhension du rapport doivent être insérés dans le corps principal. En cas de rapport de stage confidentiel, la mention « confidentiel » doit clairement figurée sur la couverture du manuscrit.

Pour l’évaluation du rapport, il est tenu compte : - du contenu du stage, - de la présentation : orthographe, expression écrite, structure, numérotation des pages, des figures et

tableaux, lisibilité des documents.

LA SOUTENANCE ORALE : La prestation orale ne doit pas excéder 10 minutes par étudiant et sera suivie par 5 minutes de questions du jury. Un vidéoprojecteur ainsi qu’un ordinateur portable seront mis à votre disposition. Une présentation orale ne doit en aucun cas être la lecture du rapport écrit. Elle doit être dynamique, personnelle et témoigner de votre implication dans la pratique et l’appréhension de votre sujet. La soutenance est publique (sauf en cas de demande de confidentialité exprimée par la structure d’accueil). Votre maître de stage y sera convié. Y seront également présents les étudiants de l’ensemble de votre promotion. En cas de demande de confidentialité, le tuteur d’entreprise devra prendre contact directement avec Madame d’Anglemont de Tassigny, responsable des stages de l’ISBS afin de respecter les souhaits de la structure d’accueil.

LA NOTATION DU STAGE : Une note globale vous sera octroyée tenant compte pour 50% de la présentation orale, 25% de la note attribuée par votre tuteur ISBS pour votre rapport écrit et 25% de l’appréciation du tuteur d’entreprise. Cinq ECTS seront affectés au stage d’éxécution.

LES DATES A RETENIR :

- remise des rapports écrits : 23 août 2010

- date des soutenances orales : 30 et 31 août 2010


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INFORMATIONS CONCERNANT LES STAGES DE RECHERCHE ET DEVELOPPEMENT

DE DEUXIEME ANNEE

Le stage de recherche et développement est l'occasion pour les étudiants de deuxième année de travailler dans un laboratoire industriel ou académique de recherche. Les stages à l’étranger sont fortement encouragés. Il se déroulera sur une période de trois mois allant de mai à juillet.

LA RECHERCHE DU STAGE :

Tous les élèves de deuxième année doivent s'employer à trouver un stage par eux‐mêmes en utilisant les services de l’Université Paris 12 et de l’ESIEE et les contacts des enseignants de l’ISBS.


Le candidat au stage doit d'abord avoir reçu l’accord de la structure d’accueil, précisant la nature du stage et ses dates. La fiche de présentation du sujet de stage doit être obligatoirement remplie par le tuteur de l’entreprise d’accueil et validée par Madame d’Anglemont de Tassigny, responsable des stages de la formation. En échange de cette fiche de présentation du sujet de stage dûment remplie et signée, trois exemplaires de la convention de stage doivent ensuite être retirées au secrétariat de l’ISBS. La convention de stage est un contrat qui lie trois parties : l'entreprise, l’Université Paris XII et l'élève‐ingénieur. Pour l'essentiel, son objet est de confier à l'entreprise un rôle de formation vis à vis du stagiaire, durant un temps limité. La convention doit d’abord être remplie et signée en 3 exemplaires par l'entreprise d'accueil et le stagiaire. Ces 3 exemplaires comportant la signature originale de l’entreprise devront ensuite être remis au secrétariat de l’ISBS accompagnés :

- d’une attestation d’assurance civile dont les dates couvrent la totalité de la période de stage, - d’une photocopie de la carte d’étudiant.

Pour que la procédure soit entièrement validée, le dossier complet (3 exemplaires de la convention, l’attestation de responsabilité civile, la fiche de présentation du sujet de stage ainsi que la photocopie de la carte étudiante) devra ensuite être signé par le doyen de la Faculté de Médecine. Par la suite, l’étudiant devra conserver un exemplaire de cette convention et en adresser un autre à l'entreprise. Tout dossier incomplet ne sera pas pris en compte. L’étudiant ne pourra pas commencer son stage avant la fin de la procédure administrative de validation du stage c'est‐à‐dire avant l’obtention de la signature du doyen de la Faculté de Médecine. Une fois la convention signée et envoyée, cet engagement mutuel implique que l'élève‐stagiaire ne puisse se désister pour effectuer son stage dans une autre entreprise.

Date limite de validation de votre demande de stage Attention, afin de valider votre stage au cours de l’année universitaire 2009‐2010, l’intégralité de la procédure de validation doit être effectuée avant début avril.

LE SUIVI DES STAGES : Chaque stagiaire est placé(e) sous la tutelle d’un enseignant de l’ISBS qui est chargé de le (ou la) suivre durant son stage, d’assurer un contact téléphonique avec le tuteur d’entreprise ou du laboratoire.


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LE RAPPORT ECRIT : A l’issue de votre stage, l’étudiant devra rédiger un rapport en 4 exemplaires :


un pour votre tuteur pédagogique appartenant à l’ISBS (directement déposé dans son bureau)

un déposé au secrétariat de l’ISBS

un pour l’étudiant. Une copie électronique de ce rapport sera adressée à Mme d’Anglemont de Tassigny (alexandra.detassigny@ inserm.fr) pour archivage. Ce rapport comprend une quarantaine de pages dactylographiées, sans compter les annexes, police Times New Roman ou Arial 11 ou 12. Le mémoire, qui pourra être rédigé en anglais, devra être composé de différentes parties :


- la page de remerciements, - le sommaire, - la présentation de la structure dans laquelle le stage a été réalisé, - le rationnel de l’étude, - le but de l’étude - la partie matériel et méthode, - les résultats, - la conclusion, - les références bibliographiques formatées comme dans un article scientifique, - un résumé en anglais (abstract) d’une page synthétisant le travail effectué durant le stage. Ce résumé sera

rédigé en français si le reste du manuscrit est en langue anglaise. - annexes

La lecture du rapport doit être possible sans le recours systématique aux annexes : les documents nécessaires à la compréhension du rapport doivent être insérés dans le corps principal. En cas de rapport de stage confidentiel, la mention « confidentiel » doit clairement figurée sur la couverture du manuscrit.

Pour l’évaluation du rapport, il est tenu compte :

- de la présentation : orthographe, expression écrite, structure, numérotation des pages, des figures et tableaux, lisibilité des documents, bibliographie.

- du contenu scientifique.

LA SOUTENANCE ORALE : La soutenance ne doit pas excéder 15 minutes par étudiant et sera suivie par 5 minutes de questions du jury. Un vidéoprojecteur ainsi qu’un ordinateur portable seront mis à votre disposition. Une présentation orale ne doit en aucun cas être la lecture du rapport écrit. Elle doit être dynamique, personnelle et témoigner de votre implication dans la pratique et l’appréhension de votre sujet. La soutenance est publique (sauf en cas de demande de confidentialité exprimée par la structure d’accueil). Votre maître de stage y sera convié. Y seront également présents les étudiants de l’ensemble de votre promotion. En cas de demande de confidentialité, le tuteur d’entreprise devra prendre contact directement avec Madame d’Anglemont de Tassigny, responsable des stages de l’ISBS afin de respecter les souhaits de la structure d’accueil.


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LA NOTATION DU STAGE :

Une note globale vous sera octroyée tenant compte pour 50% de la présentation orale, 25% de la note attribuée par votre tuteur ISBS pour votre rapport écrit et 25% de l’appréciation du tuteur d’entreprise. Huit ECTS seront affectés au stage de recherche et développement.


- remise des rapports écrits : 23 août 2010

- date des soutenances orales : 1 et 2 septembre 2010


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INFORMATIONS CONCERNANT LES STAGES

DE FIN D’ETUDE

Le stage de fin d’étude est l'occasion pour les étudiants de troisième année de travailler dans une entreprise industrielle dont les activités sont celles d’une des spécialités qui a été choisie par l’élève‐ingénieur. Ce stage s’effectuera en France ou à l’étranger. Il se déroulera sur une période de six mois allant de février à septembre.

LA RECHERCHE DU STAGE :

Tous les élèves de troisième année doivent s'employer à trouver un stage par eux‐mêmes en utilisant les services de l’Université Paris 12 et de l’ESIEE et les contacts des enseignants de l’ISBS.


Le candidat au stage doit d'abord avoir reçu l’accord de la structure d’accueil, précisant la nature du stage et ses dates. La fiche de présentation du sujet de stage doit être obligatoirement remplie par le tuteur de l’entreprise d’accueil et validée par Madame d’Anglemont de Tassigny, responsable des stages de la formation. En échange de cette fiche de présentation du sujet de stage dûment remplie et signée, trois exemplaires de la convention de stage seront ensuite être retirées au secrétariat de l’ISBS. La convention de stage est un contrat qui lie trois parties : l'entreprise, l’Université Paris XII et l'élève‐ingénieur. Pour l'essentiel, son objet est de confier à l'entreprise un rôle de formation vis à vis du stagiaire, durant un temps limité. La convention doit d’abord être remplie et signée en 3 exemplaires par l'entreprise d'accueil et le stagiaire. Ces 3 exemplaires comportant la signature originale de l’entreprise d’accueil doivent ensuite être remis au secrétariat de l’ISBS accompagnés :

- d’une attestation d’assurance civile dont les dates couvrent la totalité de la période de stage, - d’une photocopie de la carte d’étudiant.

Pour que la procédure soit entièrement validée, le dossier complet (3 exemplaires de la convention, l’attestation de responsabilité civile, la fiche de présentation du sujet de stage ainsi que la photocopie de la carte étudiante) devra ensuite être signé par le doyen de la Faculté de Médecine. Par la suite, l’étudiant devra conserver un exemplaire de cette convention et en adresser un à l'entreprise. Tout dossier incomplet ne sera pas pris en compte. L’étudiant ne pourra pas commencer son stage avant la fin de la procédure administrative de validation du stage c'est‐à‐dire avant l’obtention de la signature du doyen de la Faculté de Médecine. Une fois la convention signée et envoyée, cet engagement mutuel implique que l'élève‐stagiaire ne puisse se désister pour effectuer son stage dans une autre entreprise. Date limite de validation de votre demande de stage Attention, afin de valider votre stage au cours de l’année universitaire 2009‐2010, l’intégralité de la procédure de validation doit être effectuée avant début janvier.

LE SUIVI DES STAGES : Chaque stagiaire est placé(e) sous la tutelle d’un enseignant de l’ISBS qui est chargé de le (ou la) suivre durant son stage, d’effectuer une visite au cours de son stage ou à défaut d’assurer un contact téléphonique avec le tuteur d’entreprise.


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LE RAPPORT ECRIT : A l’issu de son stage, l’étudiant devra rédiger un rapport en 4 exemplaires :


un pour le tuteur pédagogique appartenant à l’ISBS (directement déposé dans son bureau)

un pour le secrétariat de l’ISBS

un pour l’étudiant. Une copie électronique de ce rapport devra être adressé à Mme d’Anglemont de Tassigny ([email protected]) pour archivage. Ce rapport comprend entre 50 et 60 pages dactylographiées, sans compter les annexes, police Times New Roman ou Arial 11 ou 12. Le mémoire, qui pourra être rédigé en anglais, devra être composé de différentes parties :


- la page de remerciements, - le sommaire, - la présentation de l’entreprise dans laquelle il réalise son stage, - le rationnel de l’étude, - le but de l’étude - la partie matériel et méthode, - les résultats, - la conclusion, - les références bibliographiques formatées comme dans un article scientifique.

La lecture du rapport doit être possible sans le recours systématique aux annexes : les documents nécessaires à la compréhension du rapport doivent être insérés dans le corps principal. En cas de rapport de stage confidentiel, la mention « confidentiel » doit clairement figurée sur la page de garde du manuscrit.

Pour l’évaluation du rapport, il est tenu compte : - du contenu scientifique - de la présentation : orthographe, expression écrite, structure, numérotation des pages, des figures et

tableaux, lisibilité des documents, bibliographie.

LA SOUTENANCE ORALE : La prestation orale ne doit pas excéder 20 minutes par étudiant et sera suivie par 10 minutes de questions. Un vidéoprojecteur sera réservé pour l’oral de l’ensemble des soutenances. Une présentation orale ne doit en aucun cas être la lecture du rapport écrit. Elle doit être dynamique, personnelle et témoigner de votre implication dans la pratique et l’appréhension de votre sujet. La soutenance est publique (sauf en cas de demande de confidentialité exprimée par la structure d’accueil). Votre maître de stage y sera convié. Y seront également présents les étudiants de l’ensemble de votre promotion. En cas de demande de confidentialité, le tuteur d’entreprise devra prendre contact avec Madame d’Anglemont de Tassigny, responsable des stages de l’ISBS afin de respecter les souhaits de l’entreprise.

LA NOTATION DU STAGE :


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Une note globale vous sera octroyée tenant compte pour 50% de la présentation orale, 25% de la note attribuée par votre tuteur ISBS pour votre rapport écrit et 25% de l’appréciation du tuteur d’entreprise. Trente ECTS seront affectés au stage de fin d’étude.


- remise des rapports écrits : 9 septembre 2010 - date des soutenances orales : 23 et 24 septembre 2010

Alexandra d’Anglemont de Tassigny Responsable des stages et des projets ISBS – Université Paris 12‐Val de Marne

Faculté de Médecine 8 rue du Général Sarrail

94010 Créteil [email protected]


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Sommaire Semestre 1 : Homogénéisation en sciences du Vivant (210 heures) : UE 11 ........................................................ 5

Biologie cellulaire (ECUE 111) .......................................................................................................................... 5 Biochimie (ECUE 112) ........................................................................................................................................ 5 Physiologie (ECUE 113) ...................................................................................................................................... 6 Biologie moléculaire et génie génétique (ECUE 114) ........................................................................................ 6 Génétique (ECUE 115) ....................................................................................................................................... 7

Semestre 1 : Homogénéisation en sciences de l’Ingénieur (210 heures) : ........................................................... 8 Mathématiques appliquées (ECUE 121) ........................................................................................................... 8 Programmation et architecture des ordinateurs (ECUE 122) ........................................................................... 8 Mécanique des systèmes de solides rigides (ECUE 123) ................................................................................... 9

Physiologie des régulations (ECUE 131) .............................................................................................................. 10 Semestre 1 : Sciences de l’Ingénieur (64 heures) : UE 12 ................................................................................... 11

Traitement du signal (ECUE 141) ..................................................................................................................... 11 Réseaux informatiques et programmation Web (ECUE 142) .......................................................................... 11

Semestre 1 : Communication ‐ Management ‐ Langue (112 heures) : UE 13 ..................................................... 12 Compétence (ECUE 151) ................................................................................................................................. 12 Contexte (ECUE 152) ....................................................................................................................................... 13 Anglais (ECUE 154) .......................................................................................................................................... 14

Semestre 1 : Projet personnel (60 heures): UE 16 .............................................................................................. 15 Semestre 1 : Projet tutoré (24 heures) : UE 17 ................................................................................................... 16 Semestre 2 : Sciences du Vivant (176 heures) : UE 21 ........................................................................................ 17

Biologie cellulaire et biotechnologie cellulaire (ECUE 211) ............................................................................ 17 Physiologie des grandes fonctions 1 (ECUE 212) ............................................................................................ 17 Immunologie (ECUE 213) ................................................................................................................................ 17

Biotechnologie et génie moléculaire (ECUE 214)……………………………………………………………………………….………19 Semestre 2 : Sciences de l’ingénieur (212 heures) : UE 22 ................................................................................. 20

Mathématiques et analyse numérique (ECUE 221) ........................................................................................ 20 Algorithmique (ECUE 222) ............................................................................................................................... 20 Mécanique des milieux continus 1 (ECUE 223) ............................................................................................... 20 Physique (ECUE 224) ....................................................................................................................................... 20 Initiation à la Bio‐informatique (ECUE 225) ................................................................................................... 21

Semestre 2 : Communication ‐ Management ‐ Langue (80 heures) : UE 23 ....................................................... 22 Compétence (ECUE 231) ................................................................................................................................. 22 Entreprise (ECUE 232) ..................................................................................................................................... 22 Anglais (ECUE 233) .......................................................................................................................................... 23

Semestre 3 : Sciences du Vivant (176 heures) : UE 31 ........................................................................................ 27 Physiologie des grandes fonctions 2 (ECUE 311) ............................................................................................ 26 Signaux, Imagerie, Thérapeutique (ECUE 312) ............................................................................................... 26 Chimie des polymères (ECUE 313) .................................................................................................................. 26 Génomique (ECUE 314) ................................................................................................................................... 26 Semestre 3 : Sciences de l’Ingénieur (178 heures) : UE 32 ............................................................................. 29 Outils numériques de simulation (ECUE 321) …………………………………………………………………………………………...29 Mécanique des milieux continus 2 (ECUE 322) ............................................................................................... 26 Bases de données relationnelles (ECUE 323) .................................................................................................. 30

Initiation à la morphologie mathématique (ECUE 324) ……………………………………………………………………………..30 Théorie de l'information et applications (ECUE 325) …………………………………………………………………………………30 Initiation à la Bio‐Informatique (ECUE 326)……………………………………………………………………………………………….31 Semestre 3 : Communication ‐ Management ‐ Langue (80 heures) : UE 33 ....................................................... 32

Compétence (ECUE 331) ................................................................................................................................. 32 Contexte (ECUE 332) ....................................................................................................................................... 32 Entreprise (ECUE 333) ..................................................................................................................................... 33 Anglais (ECUE 334) .......................................................................................................................................... 33


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Semestre 4 : Sciences du Vivant (62 heures) : UE 41 .......................................................................................... 35 Introduction au médicament et à son industrie (ECUE 411) .......................................................................... 34 Applications thérapeutiques des biomatériaux (ECUE 412) ........................................................................... 34 Introduction à l’imagerie médicale (ECUE 413) .............................................................................................. 34

Semestre 4 ‐ Sciences de l’Ingénieur (134 heures) : UE 42 ................................................................................. 37 Instrumentation biomédicale (ECUE 421) ....................................................................................................... 37 Biotechnologies et systèmes intégrés (ECUE 422) .......................................................................................... 37 Initiation à la mécanique physique des matériaux (ECUE 423) ...................................................................... 37 Biostatistiques et probabilités (ECUE 424) ...................................................................................................... 38 Semestre 4 : Communication ‐ management ‐ langue (80 heures) : UE 43…………………………………………………39 Compétence (ECUE 431) ................................................................................................................................. 34 Entreprise (ECUE 432) ..................................................................................................................................... 34

Anglais (ECUE 433) ................................................................................................................................... 34 Semestre 5 ‐ Biomécanique‐biomatériaux (200 heures) : UE 51 ........................................................................ 42

Biomécanique (ECUE 511) ............................................................................................................................... 42 Biomatériaux (ECUE 512) ................................................................................................................................ 42 Projet tutoré (ECUE 513) ................................................................................................................................. 42

Semestre 5 ‐ Bio‐informatique‐médicament (200 heures) : UE 52 ..................................................................... 42 Bio‐informatique (ECUE 521) .......................................................................................................................... 42 Médicament (ECUE 522) ................................................................................................................................. 42 Projet tutoré (ECUE 523) ................................................................................................................................. 42

Semestre 5 ‐ Bio‐imagerie‐informatique (200 heures) : UE 53 ........................................................................... 42 Bio‐imagerie (ECUE 531) ................................................................................................................................. 42 Informatique (ECUE 532) ................................................................................................................................. 42 Projet tutoré (ECUE 533) ................................................................................................................................. 42

Semestre 5 ‐ Communication ‐ Management ‐ Langue (80 heures) : UE 54 ....................................................... 42 Compétence (ECUE 541) ................................................................................................................................. 42 Entreprise (ECUE 542) ..................................................................................................................................... 42 Anglais (ECUE 543) .......................................................................................................................................... 50

PROGRAMMES - isbs.frisbs.fr/FILES/Programmes2009_2010.pdf · Biologie cellulaire (A. d’Anglemont...

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