CAPÍTULO 11. EL FLUJO GÉNICO - El flujo génico - Estima del mestizaje.
Poblaciones estructuradas & flujo génico Ecología Molecular – TP 5.
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Poblaciones estructuradas
& flujo génico
Ecología Molecular – TP 5
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Estudio de caso:
Manejo pesquero de la langosta en el archipiélago de Wayu-Wayu
1 23
4
5
67
8
Identificación de stock (o poblaciones):
8 muestras de 40 individuos
10 loci, microsatelites
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Ciclo de vida
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Abrir archivo: Langosta.gtx
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Paso 1: Fis en cada población
Paso 2: AFC 3D sobre poblaciones
Paso 3: Fst global y permutaciones
Paso 4: Fst por pares y permutaciones
Paso 5: Modelo de diferenciación
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Paso 1: Fis en cada población
(AA) = p² + pq FIS
(Aa) = 2pq (1 – FIS)
(aa) = q² + pq FIS
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¿Cómo interpretar un Fis estadísticamente significativo?
• Sistema de reproducción• Efecto Wahlund• Selección• Alelos nulos
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Paso 1: Fis en cada población
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Resultados
Análisis en detalle
Locus por locus
¿Conclusiones?
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Con n = 200 por población
¡Era un efecto del muestreo!
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Paso 2: AFC 3D sobre poblaciones
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Paso 3: Fst global y permutaciones
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¿Conclusión?
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Paso 4: Fst por pares y permutaciones
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Resultados
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Paso 5: Modelo de diferenciación
Modelo n-Islas
Modelo Continente-Isla
Modelo Stepping-stone(migración paso a paso)
Modelo aislamiento por distancia
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Incremento de la diferenciación genética con la distancia entre poblaciones
Distancia geograficaó
Log (Distancia)
FS
T /
(1-F
ST)
Stepping-stone model(isolation by distance)
Island model
Test de Mantel
Pendiente es inversamente proporcional a la distancia promedia de dispersionRousset 1997 Genetics 145:1219-1228
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Distancia geográfica
Dis
tanc
ia g
enét
ica
Distancia geográfica
Dis
tanc
ia g
enét
ica
Distancia geográfica
Dis
tanc
ia g
enét
ica
¿Cuando estimar un flujo genético?
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Paso 5: Modelo de diferenciación
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Resultados
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R2 = 0,6973
-0,01
-0,005
0
0,005
0,01
0,015
0,02
0,025
0,03
0,035
0,04
0,045
0 20 40 60 80 100 120
Km
Fst
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R2 = 0,3848
R2 = 0,4904
-0,01
-0,005
0
0,005
0,01
0,015
0,02
0,025
0,03
0,035
0,04
0,045
0 20 40 60 80 100 120
Km
Fst
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Conclusiones e interpretación
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Convertir Genetix ► Arlequin
Langosta.arp
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Abrir archivo: Langosta.arp
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1
2
3
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1
2
3
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1
2
3
4
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Entre todos
Los sitios
Entre sitios
Dentro de los grupos
Entre grupos
˃
˃
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![Page 39: Poblaciones estructuradas & flujo génico Ecología Molecular – TP 5.](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081505/5665b4d21a28abb57c93fcf4/html5/thumbnails/39.jpg)
Patrones de migración
Históricos
Actuales
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Análisis con STRUCTURE
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Estudio de caso:
Manejo pesquero de la langosta en el archipiélago de Wayu-Wayu
1 23
4
5
67
8
Identificación de stock (o poblaciones):
313 individuos, 8 localidades
10 loci microsatelites
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En Notepad
Abrir el archivo de entrada (langosta.str)
Nombres de los loci
Códigos de los individuos
Códigos de las localidades
Genótipo del individuo 1 en loc-1
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1
3
2
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2
1
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2
1
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1
2
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1
![Page 50: Poblaciones estructuradas & flujo génico Ecología Molecular – TP 5.](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081505/5665b4d21a28abb57c93fcf4/html5/thumbnails/50.jpg)
![Page 51: Poblaciones estructuradas & flujo génico Ecología Molecular – TP 5.](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081505/5665b4d21a28abb57c93fcf4/html5/thumbnails/51.jpg)
![Page 52: Poblaciones estructuradas & flujo génico Ecología Molecular – TP 5.](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081505/5665b4d21a28abb57c93fcf4/html5/thumbnails/52.jpg)
![Page 53: Poblaciones estructuradas & flujo génico Ecología Molecular – TP 5.](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081505/5665b4d21a28abb57c93fcf4/html5/thumbnails/53.jpg)
1
2
darle al conjunto de parámetros un nombre informativo
Tamaño del burn-in
Tamaño de la cadena
Modelo “admixture”
Modelo de frecuencias
correlacionadas
3
4
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1
3
2
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Advertencia: vamos a hacer solamente 1 iteración para cada K en esta práctica. En análises verdaderos, por lo
menos 3 (Mejor 6 - 10)
1
2
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![Page 57: Poblaciones estructuradas & flujo génico Ecología Molecular – TP 5.](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081505/5665b4d21a28abb57c93fcf4/html5/thumbnails/57.jpg)
![Page 58: Poblaciones estructuradas & flujo génico Ecología Molecular – TP 5.](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081505/5665b4d21a28abb57c93fcf4/html5/thumbnails/58.jpg)
¿Cuál es el tamaño ideal del burn-in?
1 2
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Término del burn-in
100.000
Término del burn-in
10.000
Término del burn-in
500.000
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¿Cuál es el tamaño ideal de las cadenas?
Eso lo evaluamos por la convergencia entre las diferentes corridas para cada K
- verificar que todas las cadenas con K=2 tienen valores no muy distintos de Ln P(D) y de los outros parámetros, lo mismo para K=3, etc
Si las cadenas para cada K llegan a valores cercanos, ok
(En contrario, hay que aumentarlas)
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![Page 62: Poblaciones estructuradas & flujo génico Ecología Molecular – TP 5.](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081505/5665b4d21a28abb57c93fcf4/html5/thumbnails/62.jpg)
K Ln P(D) P (K)
1 -8569.8 2.27 E-08
2 -8552.2 0.999
3 -8568.1 1.24 E-07
4 -8980.1 1.46 E-186
5 -9145.4 2.38 E-258
6 -9095.1 1.67 E-236
7 -9623.6 <<<<<0.00000001
8 -9448.5 <<<<<0.00000001
eK=2
eK=1 + eK=2 + eK=3 + eK=4 + eK=5 + eK=6 + eK=7 + eK=8P =
![Page 63: Poblaciones estructuradas & flujo génico Ecología Molecular – TP 5.](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081505/5665b4d21a28abb57c93fcf4/html5/thumbnails/63.jpg)
K Ln P(D) P (K)
1 -8569.8 2.27 E-08
2 -8552.2 0.999
3 -8568.1 1.24 E-07
4 -8980.1 1.46 E-186
5 -9145.4 2.38 E-258
6 -9095.1 1.67 E-236
7 -9623.6 <<<<<0.00000001
8 -9448.5 <<<<<0.00000001
eK=2
eK=1 + eK=2 + eK=3 + eK=4 + eK=5 + eK=6 + eK=7 + eK=8P =
valores promedios de las X cadenas hechas para cada K
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K Ln P(D) P (K)
1 -8569.8 2.27 E-08
2 -8552.2 0.999
3 -8568.1 1.24 E-07
4 -8980.1 1.46 E-186
5 -9145.4 2.38 E-258
6 -9095.1 1.67 E-236
7 -9623.6 <<<<<0.00000001
8 -9448.5 <<<<<0.00000001
eK=2
eK=1 + eK=2 + eK=3 + eK=4 + eK=5 + eK=6 + eK=7 + eK=8P =
![Page 65: Poblaciones estructuradas & flujo génico Ecología Molecular – TP 5.](https://reader036.fdocuments.net/reader036/viewer/2022081505/5665b4d21a28abb57c93fcf4/html5/thumbnails/65.jpg)
Estudio de caso:
Manejo pesquero de la langosta en el archipiélago de Wayu-Wayu
1 23
4
5
67
8
OK, 2 poblaciones.
¿Pero cuáles son?
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1
3
2
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4
5
67
8
2 poblaciones que deben ser manejadas separadamente
Manejo pesquero =
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Poulin, Faugeron and Veliz 2010
Journal of Fictive Science 1: 17-24
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Etc...
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Bar plot: sintetizando los resultados
Cada cadena, para cada K, genera un bar plot de Q
Hacemos 10 réplicas = 10 bar plots para cada K
Distruct (Rosenberg 2004)
http://rosenberglab.bioinformatics.med.umich.edu/distruct.html
CLUMPP (Jakobsson & Rosenberg 2007)
http://rosenberglab.bioinformatics.med.umich.edu/clumpp.html
Sintetizan los resultados de Q para cada conjunto de cadenas (i.e. para cada K) e generan un bar plot sumário
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