Perancangan Primer
-
Upload
bee-ghas-larasati -
Category
Documents
-
view
223 -
download
0
Transcript of Perancangan Primer
-
8/16/2019 Perancangan Primer
1/51
PERANCANGAN PRIMER
-
8/16/2019 Perancangan Primer
2/51
Disusun Oleh
• Angela Merici
• Ghaasiyah Larasati
•
Istiyam Pebrini• Laili Nurul
• Sulfati
•
Friska Wira
-
8/16/2019 Perancangan Primer
3/51
Pada praktikum kali ini dilakukan perancangan primer dengan tujuan untuk melakukan PCR
terhadap gen manusia. Primer merupakan
sepasang oligonukleotida yang berfungsi sebagai
pembatas untuk amplifikasi DNA. Macam
primer ada 2 yakni primer re!erse dan primer
for"ard.
-
8/16/2019 Perancangan Primer
4/51
Persyaratan Primer yangbaik
1 Pan!ang "rimer ialah 1# $%& nukle'ti(a
A"abila kurang (ari 1) maka akan menurunkan s"esiftas hibri(isasi
(engan DNA target (an a"abila terlalu "an!ang melebihi &* maka
akan menurunkan akti+itas (ari DNA "'limeraseyang
mengakibatkan susahnya untuk ter!a(i "enem"elan saat "r'ses
sintesis DNA
%Suhu leleh , -m . "rimer )*/0* ' (engan selisih -m antara "rimer
kurang (ari ) '
2 3rutan nukle'ti(a yang sama ti(ak b'leh lebih (ari & karena akan
menurunkan s"esiftas
&4an(ungan G sebaiknya &*/0* 5
) 3!ung 26 ke(ua "rimer ti(ak saling berk'm"lemen
-
8/16/2019 Perancangan Primer
5/51
DP 1
-
8/16/2019 Perancangan Primer
6/51
Primer 1
-
8/16/2019 Perancangan Primer
7/51
• Diketahui panjang primer for"ard primer dan re!erse primer sama # sama
2$ nukleotide Panjang Produk %&$ 'uhu
• leleh ()m * primer &$.+, dan &$.$- dengan selisih )m antara primer
for"ard dan re!erse kurang dari oC /andungan
• 0C primer for"ard primer dan re!erse primer .$$ dan &$.$$.
-
8/16/2019 Perancangan Primer
8/51
• F'r7ar( Primer
Alignment yang penuh
artinya memiliki
kemiripan yang spesifik
antara primer dan protein
targetnya dan juga primer
tersebut menempel pada
protein targetnya . 1al ini
dibuktikan juga dengan
nilai dent yang semua
bernilai +$$ 3
-
8/16/2019 Perancangan Primer
9/51
Dari data diatas diketahui nilai 4uery co!er dan dent nya yang didapat
adalah +$$ 3. 1al ini berarti memiliki kemiripan antara primer dan protein
targetnya dan juga primer tersebut menempel pada protein targetnya .
seperti hasil diatas primer Pan paniscus memiliki kemiripan dengan sekuen
protein DP+
-
8/16/2019 Perancangan Primer
10/51
Data ini dapat diketahui Dimernya. Dimer adalah senya"a
kimia dalam hal ini adalah basa nucleotide yang terdiri dari 2
molekul yang identik atau mirip dan dihubungkan oleh ikatan
ko!alen. Dari primer for"ard + ini di dapat dimer 5 $ hal ini
menunjukkan bah"a spesifitas nucleotide nya tinggi atau baik.
-
8/16/2019 Perancangan Primer
11/51
• 8e+erse PrimerAlignment yang penuh
artinya memiliki kemiripanyang spesifik antara primer
dan protein targetnya dan
juga primer tersebutmenempel pada protein
targetnya . 1al ini dibuktikan
juga dengan nilai dent yang
semua bernilai +$$ 3
-
8/16/2019 Perancangan Primer
12/51
Dari data diatas diketahui nilai 4uery co!er dan dent nya yang didapat adalah+$$ 3. 1al ini berarti memiliki kemiripan antara primer dan protein targetnya
dan juga primer tersebut menempel pada protein targetnya . seperti hasil diatas
primer Pan paniscus memiliki kemiripan dengan sekuen protein DP+
-
8/16/2019 Perancangan Primer
13/51
• Data ini dapat diketahui Dimernya. Dimer adalah senya"a kimia dalam hal
ini adalah basa nucleotide yang terdiri dari 2 molekul yang identik atau mirip
dan dihubungkan oleh ikatan ko!alen. Dari primer re!erse + ini di dapat
jumlah primernya 5 $ hal ini menunjukkan bah"a spesifitas nucleotide nya
tinggi atau baik.
-
8/16/2019 Perancangan Primer
14/51
Primer %
Diketahui panjang primer for"ard primer dan re!erse primer sama # sama 2$
nukleotide Panjang Produk %$ 'uhu leleh ()m * primer 6.7 dan 6.,% dengan
selisih )m antara primer for"ard dan re!erse kurang dari oC /andungan 0C
primer for"ard primer dan re!erse primer .$$ dan &$.$$.
-
8/16/2019 Perancangan Primer
15/51
• F'r7ar( PrimerAlignment yang penuh
artinya memiliki
kemiripan yang spesifik
antara primer dan protein
targetnya dan juga primer
tersebut menempel pada
protein targetnya . 1al ini
dibuktikan juga dengan
nilai dent yang semua
bernilai +$$ 3
-
8/16/2019 Perancangan Primer
16/51
Dari data diatas diketahui nilai 4uery co!er dan dent nya yang didapat adalah
+$$ 3. 1al ini berarti memiliki kemiripan antara primer dan protein targetnya
dan juga primer tersebut menempel pada protein targetnya . seperti hasil diatas
primer Nomascus leuco8enys memiliki kemiripan dengan sekuen protein DP+
-
8/16/2019 Perancangan Primer
17/51
Data ini dapat diketahui Dimernya. Dimer adalah senya"a kimia dalam hal ini
adalah basa nucleotide yang terdiri dari 2 molekul yang identik atau mirip dan
dihubungkan oleh ikatan ko!alen. Dari primer for"ard 2 ini di dapat dimer 5 $
hal ini menunjukkan bah"a spesifitas nucleotide nya tinggi atau baik.
-
8/16/2019 Perancangan Primer
18/51
• 8e+erse Primer
Alignment yang penuhartinya memiliki kemiripan
yang spesifik antara primer
dan protein targetnya dan juga primer tersebut
menempel pada protein
targetnya . 1al ini dibuktikan
juga dengan nilai dent yang
semua bernilai +$$ 3
-
8/16/2019 Perancangan Primer
19/51
Dari data diatas diketahui nilai 4uery co!er dan dent nya yang didapat
adalah +$$ 3. 1al ini berarti memiliki kemiripan antara primer dan protein
targetnya dan juga primer tersebut menempel pada protein targetnya . seperti
hasil diatas primer Pan paniscus memiliki kemiripan dengan sekuen protein
DP+
-
8/16/2019 Perancangan Primer
20/51
Data ini dapat diketahui Dimernya. Dimer adalah senya"a kimia dalam hal ini
adalah basa nucleotide yang terdiri dari 2 molekul yang identik atau mirip dan
dihubungkan oleh ikatan ko!alen. Dari primer re!erse 2 ini di dapat dimer 5 $
hal ini menunjukkan bah"a spesifitas nucleotide nya tinggi atau baik.
-
8/16/2019 Perancangan Primer
21/51
Primer 2
Diketahui panjang primer for"ard primer dan re!erse primer sama # sama 2$
nukleotide Panjang Produk %-7 'uhu leleh ()m * primer 6.&, dan 6.,% dengan
selisih )m antara primer for"ard dan re!erse kurang dari oC /andungan 0C
primer for"ard primer dan re!erse primer .$$ dan &$.$$.
-
8/16/2019 Perancangan Primer
22/51
• F'r7ar( "rimer
Alignment yang penuh artinyamemiliki kemiripan yang
spesifik antara primer dan
protein targetnya dan juga
primer tersebut menempel pada
protein targetnya . 1al ini
dibuktikan juga dengan nilai
dent yang semua bernilai +$$
3
-
8/16/2019 Perancangan Primer
23/51
-
8/16/2019 Perancangan Primer
24/51
Data ini dapat diketahui Dimernya. Dimer adalah senya"a kimia dalam hal
ini adalah basa nucleotide yang terdiri dari 2 molekul yang identik atau mirip
dan dihubungkan oleh ikatan ko!alen. Dari primer for"ard % ini di dapat
dimer 5 $ hal ini menunjukkan bah"a spesifitas nucleotide nya tinggi atau
baik.
-
8/16/2019 Perancangan Primer
25/51
• 8e+erse "rimer
Alignment yang penuh
artinya memiliki kemiripan
yang spesifik antara primer
dan protein targetnya dan
juga primer tersebut
menempel pada protein
targetnya . 1al ini
dibuktikan juga dengan
nilai dent yang semua
bernilai +$$ 3
-
8/16/2019 Perancangan Primer
26/51
Dari data diatas diketahui nilai 4uery co!er dan dent nya yang didapat
adalah +$$ 3. 1al ini berarti memiliki kemiripan antara primer dan protein
targetnya dan juga primer tersebut menempel pada protein targetnya .
seperti hasil diatas primer Pan paniscus memiliki kemiripan dengan sekuen
protein DP+
-
8/16/2019 Perancangan Primer
27/51
Data ini dapat diketahui Dimernya. Dimer adalah senya"a kimia dalam hal iniadalah basa nucleotide yang terdiri dari 2 molekul yang identik atau mirip dan
dihubungkan oleh ikatan ko!alen. Dari primer re!erse % ini di dapat dimer 5 $
hal ini menunjukkan bah"a spesifitas nucleotide nya tinggi atau baik.
-
8/16/2019 Perancangan Primer
28/51
4esim"ulan Primer gen DP1
No PRIMER PANJAN
G
PRIME
R
PANJAN
G
PRODU
K
GC
%
Tm DIME
R
HASIL
BLAS
T
1. F A-G---GG-G-A-GG %* 20* ))
**
0*1# * 1** 5
8 GAAA-G-A--GGG %* 0*
**
0**& * 1** 5
2. F G---GG-G-A-GGA- %* 2)* ))
**
)9:) * 1** 5
8 -G-A--GGGA-G-G %* 0*
**
)9#2 * 1** 5
3. F --GG-G-A-GGA-GG- %* 2&: ))
**
)90# * 1** 5
8 -G-A--GGGA-G-G %* 0*
**
)9#2 * 1** 5
-
8/16/2019 Perancangan Primer
29/51
CREB
-
8/16/2019 Perancangan Primer
30/51
• 3ntuk merancang "rimer (ari gen8;
-
8/16/2019 Perancangan Primer
31/51
No PRIMER PANJANG
PRIMER
PANJAN
G
PRODU
K
GC % Tm HASIL
BLAST
1. F A-----GGAAAAGA--- %2 )9# 2912 )#)& 1** 5
8 GGAGG-G--GGAAA--A %1
)%2#
0*** 1** 5
2. F -----GGAAAAGA---A %& #2#
&10:
)9 1** 5
8 --A---A-GA-GGG %1 )%2# 0*** 1** 5
3. F
-----GGAAAAGA---
%2 #2: &2 ):90 1** 5
8 --A---A-GA-GGG %* )*** )#9: 1** 5
-
8/16/2019 Perancangan Primer
32/51
• Penelusuran
-
8/16/2019 Perancangan Primer
33/51
Primer 1,"rimer ke 2 "a(a N
-
8/16/2019 Perancangan Primer
34/51
-
8/16/2019 Perancangan Primer
35/51
• Alignment yang penuh nilai 4uery co!er dan
dent nya yang didapat adalah +$$ 3. 1al ini
berarti memiliki kemiripan antara primer dan
protein targetnya dan juga primer tersebut
menempel pada protein targetnya atau dengan
kata lain memiliki spesifisitas yang tinggi.
• primer Macaca fascularis memiliki kemiripandengan sekuen protein CR9:
-
8/16/2019 Perancangan Primer
36/51
• 8e+erse Primer
-
8/16/2019 Perancangan Primer
37/51
-
8/16/2019 Perancangan Primer
38/51
•
Alignment yang penuh nilai 4uery co!er dandent nya yang didapat adalah +$$ 3. 1al ini
berarti memiliki kemiripan antara primer dan
protein targetnya dan juga primer tersebut
menempel pada protein targetnya atau dengan
kata lain memiliki spesifisitas yang tinggi.
• primer Ptelopus alecto memiliki kemiripan
dengan sekuen protein CR9:
-
8/16/2019 Perancangan Primer
39/51
Primer %,"rimer ke & "a(a N
-
8/16/2019 Perancangan Primer
40/51
-
8/16/2019 Perancangan Primer
41/51
•
Alignment yang penuh nilai 4uery co!er dandent nya yang didapat adalah +$$ 3. 1al ini
berarti memiliki kemiripan antara primer dan
protein targetnya dan juga primer tersebut
menempel pada protein targetnya atau dengan
kata lain memiliki spesifisitas yang tinggi.
• primer Macaca fascularis memiliki kemiripan
dengan sekuen protein CR9:
i
-
8/16/2019 Perancangan Primer
42/51
• 8e+erse Primer
-
8/16/2019 Perancangan Primer
43/51
-
8/16/2019 Perancangan Primer
44/51
•
Alignment yang penuh nilai 4uery co!er dandent nya yang didapat adalah +$$ 3. 1al ini
berarti memiliki kemiripan antara primer dan
protein targetnya dan juga primer tersebut
menempel pada protein targetnya atau dengan
kata lain memiliki spesifisitas yang tinggi.
• primer Ptelopus alecto memiliki kemiripan
dengan sekuen protein CR9:
-
8/16/2019 Perancangan Primer
45/51
Primer 2,Primer ke 0 "a(a N
-
8/16/2019 Perancangan Primer
46/51
-
8/16/2019 Perancangan Primer
47/51
•
Alignment yang penuh nilai 4uery co!er dandent nya yang didapat adalah +$$ 3. 1al ini
berarti memiliki kemiripan antara primer dan
protein targetnya dan juga primer tersebut
menempel pada protein targetnya atau dengan
kata lain memiliki spesifisitas yang tinggi.
• primer Macaca fascularis memiliki kemiripan
dengan sekuen protein CR9:
-
8/16/2019 Perancangan Primer
48/51
• 8e+erse Primer
-
8/16/2019 Perancangan Primer
49/51
-
8/16/2019 Perancangan Primer
50/51
•
Alignment yang penuh nilai 4uery co!er dandent nya yang didapat adalah +$$ 3. 1al ini
berarti memiliki kemiripan antara primer dan
protein targetnya dan juga primer tersebut
menempel pada protein targetnya atau dengan
kata lain memiliki spesifisitas yang tinggi.
• primer Ptelopus alecto memiliki kemiripan
dengan sekuen protein CR9:
-
8/16/2019 Perancangan Primer
51/51
• /etiga pasangan primer yang dipilih dianggap memenuhi
parameter yang dipersyaratkan yaitu ;
+. Panjang primer ialah +, #2- nukleotida.
2. Memiliki suhu leleh $