PENENTUAN AKTIVITAS ESTROGENIK BIJI WIJENrepository.ump.ac.id/2197/1/ANNA AULIA KISTI COVER.pdf ·...

i

PENENTUAN AKTIVITAS ESTROGENIK BIJI WIJEN

(Sesamum indicum L) MENGGUNAKAN DOKING

MOLEKULAR DAN YEAST ESTROGEN SCREEN ASSAY

SKRIPSI

Untuk memenuhi sebagian persyaratan

Mencapai Derajat Sarjana S-1

ANNA AULIA KISTI

1008010113

ANNA AULIA KISTI

1008010113

FAKULTAS FARMASI

UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PURWOKERTO

PURWOKERTO

2014

Penentuan Aktivitas Estrogenik..., Anna Aulia Kisti, Fakultas Farmasi, 2014

ii

HALAMAN PERSETUJUAN


(Sesamum indicum L) MENGGUNAKAN DOKING

MOLEKULAR DAN YEASTESTROGENSCREEN ASSAY

ANNA AULIA KISTI

1008010113

Diperiksa dan disetujui oleh

Mengetahui,

Pembimbing I Pembimbing II

Dr.Asmiyenti DjaliasrinDjalil, M.Si Binar Asrining Dhiani, M.Sc,. Apt

NIP. 19740522 200012 2001 NIK. 2160392


iii

HALAMAN PENGESAHAN


(Sesamum indicum L) MENGGUNAKAN DOKING MOLEKULAR DAN

YEASTESTROGEN SCREEN ASSAY

ANNA AULIA KISTI

(1008010113)

Telah dipertahankan di depan Panitia Ujian Skripsi

Pada hari Selasa tanggal 3 September 2014

SUSUNAN PANITIA

Ketua

Dr. Nunuk Aries Nurulita, M.Si., Apt

NIK. 2160217

Sekretaris

Wiranti Sri Rahayu, M.Si.,Apt

NIK. 2160348

Penguji I

Dr.Asmiyenti Djaliasrin Djalil, M.Si

NIP. 19740522 200012 2001

Penguji II

Binar Asrining Dhiani, M.Sc.,Apt

NIK. 2160392

Mengetahui

Dekan Fakultas Farmasi

Universitas Muhammadiyah Purwokerto

Dr. Nunuk Aries Nurulita, M.Si., Apt.

NIK. 2160217


iv

PERNYATAAN

Yang bertanda tangan dibawah ini, saya :

Nama : Anna Aulia Kisti

NIM : 1008010113

Program studi : Farmasi

Fakultas/Universitas : Farmasi/Universitas Muhammadiyah Purwokerto

Menyatakan dengan sebenar benarnya bahwa skripsi ini adalah hasil dari

proses penelitian saya yang telah dilakukan sesuai dengan prosedur penelitian

yang benar dengan arahan dari dosen pembimbing dan bukan hasil penjiplakan

dari hasil karya orang lain atau terdapat karya yang pernah diajukan untuk

memperoleh gelar kesarjanaan disuatu perguruan tinggi, dan sepanjang

pengetahuan penulis juga tidak terdapat karya atau pendapat yang pernah ditulis

atau diterbitkan orang lain kecuali yang secara tertulis diacu dalam naskah ini dan

disebutkan dalam daftar pustaka.

Demikian pernyataan ini, apabila kelak dikemudian hari terbukti ada unsur

penjiplakan, maka saya bersedia mempertanggungjawabkan sesuai dengan

ketentuan yang berlaku.

Purwokerto, Agustus 2014

Yang menyatakan,

Anna Aulia Kisti


v

INTISARI

ANNA AULIA KISTI. Penentuan Aktivitas Estrogenik Biji Wijen (Sesamum

indicum L) menggunakan Doking Molekular dan Yeast EstrogenScreen Assay

Dibawah bimbingan ASMIYENTI DJALIASRIN DJALIL dan BINAR

ASRINING DHIANI

Latar belakang: Menopause terjadi karena keadaan hipo-estrogenik akibat

penurunan fungsi dari ovarium. Keadaan ini dapat menimbulkan perubahan pada

banyak sistem dan organ tubuh. Fitoestrogen merupakan senyawa alami yang

dimiliki oleh tananam yang mampu mempengaruhi aktivitas estrogenik tubuh

yang diduga dapat berinteraksi dengan reseptor estrogen manusia sehingga dapat

ditentukan aktivitas estrogeniknya.Coumestrol merupakan fitoestrogen yang dapat

ditemukan dalam biji wijen (Sesamum incidum L).

Tujuan penelitian: Untuk mengetahui kemampuan coumestrol dalam berikatan

dengan reseptor estrogen dibandingkan dengan estradiol dan menentukan aktivitas

estrogenik ekstrak etanol biji wijen dengan menggunakan metode YES assay.

Metode Penelitian: Penelitian ini merupakan jenis penelitian non eksperimental

berbasis komputasi kimia dan eksperimental dengan rancangan randomized block

design dengan menggunakan YES assay untuk melihat aktivitas estrogeniknya

dengan seri konsentrasi ekstrak etanol wijen 50; 100; 200; 400; 800; 1000; 1200;

1600; 2000 µg/mL.

Hasil: Ligan coumestrol tidak berada pada binding site pocket yang sama dengan

estradiol. Nilai energi ikatancoumestrol -2,20 kkal/mol sedangkan estradiol -9,55

kkal/mol. Ekstrak etanol wijen nilai EC50 tidak dapat dihitung, nilai EC50

1,18x10-4

M dan nilai EC50 dari kontrol positif genistein

adalah 7,822x10-15

M.

Kesimpulan: Coumestrol tidak dapat menggantikan posisi estradiol. Ekstrak

etanol wijen tidak memiliki aktivitas estrogenik.

Kata kunci: biji wijen, aktivitas estrogenik, coumestrol, estradiol, doking, YES

assay


vi

ABSTRACT

ANNA AULIA KISTI. The Determination of estrogenic activity of sesame seeds

(Sesamum indicum L) using Molecular Docking and Yeast Estrogen Screen of

Assay

Supervised by Dr. ASMIYENTI DJALIASRIN DJALIL, M.Si and BINAR

ASRINING DHIANI, M.Sc., Apt

Introduction: Menopause occurred caused by the condition of hypo-estrogenic

resulting from decreased function of the ovarium. This condition result in the

changes of many system and organs of the body. Phytoestrogen is a natural

compound that belongs to the plant which was capable of exhibiting estrogenic

activity. Coumestrol is a phytoestrogen contained in sesame seeds (Sesamum

incidum L).

Aim : To find out binding ability of coumestrol to the estrogen receptor compared

with estradiol and to determine estrogenic activity from ethanol extract of sesame

seeds (Sesamum indicum L.) using YES assay method.

Method: This research was non-experimental research using computational

chemistry based and experimental with randomized block design using YES

assay to determine the estrogenic activity of ethanol extract sesame seeds with a

series of concentration 50, 100, 200, 400, 800, 1000, 1200, 1600, 2000 µg/mL.

Result: Ligand coumestrol was not on the same binding site pocket with estradiol.

The value of energy coumestrol -2,20 kcal/mol where as estradiol -9,55 kcal/mol.

Ethanol extract of sesame seeds value EC50 could not calculated, value EC50

positive control estradiol was 1,18x10-4

M and EC50 value from positive control

genistein was 7,822x10-15

M.

Conclusion: Coumestrol can not replace estradiol on estrogen receptor. Ethanol

extract of sesame seeds have not estrogenic activity.

Keyword : Sesame seeds, Estrogenic activity, Coumestrol, Estradiol, Docking,

YES assay.


vii

MOTTO

Jangan buru-buru tersinggung, benci, apalagi dendam

jika ada orang yang berkata keras sekali kepada kita. Karena boleh jadi,

dia berkata kebenaran yang kita tolak melihatnya.

Barang siapa menanam kebaikan pasti akan menuai kebahagiaan.

Dan barang siapa menanam keburukan pasti menuai penyesalan.

Orang yang lambat tidak akan segera mendapat bagiannya.

Dan orang yang berambisi tidak akan mendapat apa yang tidak ditakdirkan

baginya (Abdulloh bin Mas’ud)

“Sesungguhnya bersama dengan kesulitan, ada kemudahan...bersama dengan

kesulitan, ada kemudahan.” (Al-Insyirah:6-7)


viii

PERSEMBAHAN

Ya Allah...yaa Tuhanku...

Terima kasih atas segala nikmat dan rahmat yang Engkau berikan kepadaku,

perjalanan panjang yang kutempuh ini tidak lepas dari penerangan-Mu. Di saat

aku terpuruk dan kehilangan semangat, selalu kupinta petunjukmu dalam

sujudku.

Alhamdulillahirabbil’ alamin...sepercik keberhasilan yang Engkau hadiahkan

padaku. Sebuah karya mungil ini semoga menjadi kebanggaan bagi keluargaku.

Ku persembaahkan karya mungil ini untuk kedua orang tuaku tercinta, Ayah

(MUGIYONO S.Pd) dan Ibu (SUNARTI) yang senantiasa mendo’akan yang

terbaik untukku, selalu mendukungku sepenuh hati dan selalu memberiku motivasi

serta kasih sayang yang tiada pernah putus . Terima kasih, takkan pernah cukup

ku membalas cintamu, “Ayah Ibu adalah semangat hidupku”.


ix

KATA PENGANTAR

Puji syukur penulis panjatkan kehadirat ALLAH SWT atas segala rahmat,

hidayah serta inayahNya, sehingga penulis dapat menyelesaikan penelitian

(skripsi) yang berjudul “PENENTUAN AKTIVITAS ESTROGENIK BIJI

WIJEN (Sesamum indicum L) MENGGUNAKAN DOKING MOLEKULAR

DAN YEAST ESTROGEN SCREEN ASSAY”. Skripsi ini disusun untuk

memenuhi syarat dalam memperoleh gelar S1 di Fakultas Farmasi Universitas

Muhammadiyah Purwokerto.

Penulis menyadari bahwa tanpa bantuan dari berbagai pihak, penulis tidak

dapat menyelesaikan skripsi ini dengan baik. Oleh karena itu pada kesempatan ini

penulis mengucapkan terima kasih kepada :

1. Dr. Nunuk Aries Nurulita, Apt. selaku Dekan Fakultas Farmasi

2. Dr. Asmiyenti Djaliasrin Djalil, M.Si selaku dosen pembimbing I yang selalu

memberikan waktu dan arahan sehingga skripsi ini dapat terselesaikan.

3. Binar Asrining Dhiani, M.Sc.,Apt selaku dosen pembimbing II yang dengan

sabar membimbing dan memberikan dorongan dalam penyusunan skripsi ini.

4. Seluruh dosen Fakultas Farmasi UMP yang telah memberikan ilmunya

sehingga dapat membantu penulis dalam menyelesaikan penulisan skripsi ini.

5. Seluruh laboran Fakultas Farmasi terutama Mas Mamat, Mas Heri dan Bu

Titi terima kasih atas waktu, bantuan dan bimbingannya.

6. Bapak dan Ibu karyawan TU Fakultas Farmasi Universitas Muhammadiyah

Purwokerto yang telah membantu dalam hal administrasi.

7. Kedua orang tuaku tercinta yang selalu memberikan dukungan moral,

material dan spiritual serta kasih sayang yang tulus.

8. Kakak terbaikku, Mas Aan dan Mba Dewi yang selalu memberiku motivasi

dan dukungan.

9. Eyang putri yang senantiasa mendo’akan.

10. Teman seperjuangan, Siti Miftahul Janah, Desi Reza Anomsari, Meisty Aulia

Karimah, Dian Kartika Sari, Dina Febrina, Desi Nur Wulandari, Hari Johari


x

dan Ergia Andang Sugiantoro terimakasih untuk setiap bantuan dan

kerjasamanya.

11. Sahabat-sahabatku, Firqi Mutiara Haifa, Rofika Rita Utami, Fiana Amalia

Azzizah, Rany Haryani, Lina Jayanti, Tri Widyati serta teman-teman Farmasi

angkatan 2010 yang tidak bisa tersebutkan satu per satu terimakasih atas do’a,

dukungan serta kebersamaannya selama ini dalam suka maupun duka.

Penulis telah berusaha semaksimal mungkin agar penyusunan skripsi ini

dapat tersusun dengan sempurna, namun penulis menyadari bahwa tanpa bantuan

dari berbagai pihak penyusunan skripsi ini tidak akan berjalan baik. Dengan

segala kerendahan hati dan lapang dada, penulis menerima kritik dan saran yang

membangun dari para pembaca untuk kesempurnaan di masa datang.

Purwokerto, Agustus 2014

Penulis


xi

RIWAYAT HIDUP

Nama : Anna Aulia Kisti

NIM / Angkatan : 1008010113/ 2010

Tempat / Tanggal Lahir : Banyumas, 10 Februari 1992

Jenis Kelamin : Perempuan

Agama : Islam

Alamat : Desa Pasiraman Lor RT 03 RW 04, Kecamatan

Pekuncen, Kabupaten Banyumas

Riwayat Pendidikan :

1. SD / Tahun Lulus : SD Negeri Pasiraman Lor/ Tahun 2004

2. SMP / Tahun Lulus : SMP Negeri 1 Ajibarang/Tahun 2007

3. SMA / Tahun Lulus : SMA Negeri Ajibarang/Tahun 2010

4. Perguruan Tinggi : Fakultas Farmasi Universitas Muhammadiyah

Purwokerto


xii

DAFTAR ISI

Halaman

HALAMAN JUDUL ................................................................................ i

HALAMAN PERSUTUJUAN ................................................................ ii

HALAMAN PENGESAHAN ................................................................... iii

PERNYATAAN ........................................................................................ iv

INTISARI ................................................................................................. v

ABSTRACT ............................................................................................... vi

MOTTO .................................................................................................... vii

PERSEMBAHAN ..................................................................................... viii

KATA PENGANTAR .............................................................................. ix

RIWAYAT HIDUP ................................................................................... xi

DAFTAR ISI ............................................................................................. xii

DAFTAR TABEL .................................................................................... xiv

DAFTAR GAMBAR ................................................................................ xv

DAFTAR LAMPIRAN ............................................................................ xvi

BAB I PENDAHULUAN ................................................................... 1

A. Latar Belakang ................................................................... 1

B. Perumusan Masalah ........................................................... 3

C. Tujuan Penelitian ............................................................... 3

D. Manfaat Penelitian ............................................................. 3

BAB II TINJAUAN PUSTAKA ......................................................... 4

A. Tanaman Wijen (Sesamum indicum L.) ............................. 4

B. Fitoestrogen ........................................................................ 6

C. Senyawa Coumestrol dan Estradiol ................................... 6

D. Doking ................................................................................ 7

E. Yeast Estrogen Screen (YES) Assay .................................. 8


xiii

BAB III METODE PENELITIAN ...................................................... 10

A. Jenis dan Rancangan Penelitian ......................................... 10

B. Variabel Penelitian ............................................................. 10

C. Definisi Variabel Operasional ............................................ 10

D. Waktu dan Tempat Penelitian ............................................ 11

E. Alat dan Bahan ................................................................... 11

F. Cara Penelitian ................................................................... 12

G. Analisis Hasil ..................................................................... 15

BAB IV HASIL DAN PEMBAHASAN .............................................. 16

A. Pencarian dan Pengunduhan Protein Data Bank (PDB) ..... 16

B. Penyiapan Struktur untuk Doking ..................................... 16

C. Doking ................................................................................ 17

D. Visualisasi dan Analisis Hasil Doking ............................... 18

E. Pengambilan dan Penyerbukan Sampel ............................. 20

F. Pembuatan Estrak Wijen (Sesamum indicum L.) ................ 21

G. Organoleptis Ekstrak .......................................................... 21

H. Uji Aktivitas Estrogenik ...................................................... 22

BAB V KESIMPULAN DAN SARAN .............................................. 27

A. Kesimpulan ........................................................................ 27

B. Saran ................................................................................... 27

DAFTAR PUSTAKA ............................................................................... 28

LAMPIRAN .............................................................................................. 31


xiv

DAFTAR TABEL

Halaman

Tabel 1. Miller Unit kontrol positif estradiol, genistein dan wijen ............. 24

Tabel 2. Rendemen ekstrak ......................................................................... 40


xv

DAFTAR GAMBAR

Halaman

Gambar 1. Tanaman wijen .......................................................................... 4

Gambar 2. Struktur coumestrol dan estradiol ............................................. 7

Gambar 3. Prinsip metode YES .................................................................. 8

Gambar 4. Struktur tiga dimensi 1GWR .................................................... 16

Gambar 5. Parameter grid box dari AutoDock .......................................... 17

Gambar 6. Ikatan kompleks estradiol dan coumestrol dengan reseptor ..... 19

Gambar 7. Hasil interaksi doking 1GWR dengan ligan ............................. 20

Gambar 8. Hubungan antara log konsentrasi estradiol dengan miller unit 24

Gambar 9. Hubungan antara log konsentrasi genistein dengan miller unit 25

Gambar 10. Hubungan antara log konsentrasi ekstrak etanol wijen dengan

Miller unit ................................................................................. 25


xvi

DAFTAR LAMPIRAN

Halaman

Lampiran 1. Tahap-tahap penelitian doking ............................................ 32

Lampiran 2. Preparasi reseptor dan ligan (estradiol dan coumestrol) ...... 33

Lampiran 3. Data validasi estradiol ......................................................... 34

Lampiran 4. Data validasi coumestrol ..................................................... 36

Lampiran 5. Hasil RMSD estradiol.......................................................... 38

Lampiran 6. Hasil RMSD coumestrol...................................................... 39

Lampiran 7. Persentase rendemen ekstrak etanol biji wijen .................... 40

Lampiran 8. Absorbansi ekstrak etanol wijen pada panjang gelombang

400 nm ................................................................................. 41


655 nm ................................................................................ 42


595 nm ............................................................................... 43

Lampiran 11. Hasil perhitungan dengan menggunakan non linier

graphpad prisma versi 4....................................................... 44

Lampiran 12. Dokumentasi penelitian ....................................................... 46

Lampiran 13. Perhitungan pembuatan buffer fosfat................................... 48

Lampiran 14.Perhitungan Pembuatan Z-buffer.................................. 49

Lampiran 15. Perhitungan Pembuatan Na2CO3 ................................. 50

Lampiran 16. Perhitungan Pembuatan Larutan Stok Estradiol............ 51

Lampiran 17. Perhitungan Pembuatan Larutan Stok Genistein........... 53

Lampiran 18. Perhitungan Pembuatan Larutan Stok Ekstrak Etanol

Wijen......................................................................... 55


PENENTUAN AKTIVITAS ESTROGENIK BIJI WIJENrepository.ump.ac.id/2197/1/ANNA AULIA KISTI COVER.pdf ·...

Documents

Transcript of PENENTUAN AKTIVITAS ESTROGENIK BIJI WIJENrepository.ump.ac.id/2197/1/ANNA AULIA KISTI COVER.pdf ·...