PC クラスタの作り方 ( その2 )
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PC クラスタの作り方 ( その2 )
杉山耕一朗(北大理)2009/02/06 epnetfan
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PC クラスタとは
• 複数台の PC をネットワーク接続することによって構築されるメモリ分散型の並列計算機
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国立天文台 CfCA 汎用 PC システム
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なぜ , PC クラスタ ?
• スパコンは性能当たりの価格が高い• 特注品よりも汎用品で
http://jun.artcompsci.org/articles/future_sc/note006.html#rdocsect5
「スーパーコンピューティングの将来」(牧野淳一郎)より抜粋
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クラスタ構築プロジェクト(kodama)
• 最近立ち上げ• 機材一式を購入• 組み立て終了
• でも卒論・修論のため,一時凍結– 杉山が冬休みに遊
んでみただけ
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本日のお話
• クラスタの構成のおさらい• 実際にサーバの設定や計算ノードの追加
方法を実演– kodama プロジェクトの主力である4年生た
ちに,簡単に作れそうだという実感を持ってもらう
– 教科書となる書籍は多分無い .
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構成
• ログインノード– ユーザがログインして,ジョブを投入– 台数は , 1ないし少数
• 計算ノード– 投入されたジョブを実際に計算する– ディスクレス– 台数はお好きなだけ (9 台 )
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起動の流れ(計算ノード)• USB メモリから起動
– USB メモり内に , カーネルが存在
– ネットワークの設定– root システムは,ログ
インノードのディスクを NFSroot するよう設定
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作業 1: ログインノードの構築
• Debian のインストール• 設定
– ネットワークの設定 (NIC 2 枚挿し )– 計算ノードは private IP を利用するので .
– NFS の設定
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作業 2: 計算ノード用カーネルの作成
• 計算ノード用のカーネルを再構築– NFSroot– IP: kernel level autoconfiguration– NIC のドライバをカーネルに組み込む
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作業 3: 計算ノードのシステムを用意
• 計算ノード用のルートシステムを用意– debootstrap --arch=amd64 lenny
/home/kodama/001– 計算ノード用のカーネルをインストール– nfs-common, sudo, ssh 等をインストール– /etc/hosts, /etc/fstab, /etc/hostname,
/etc/network/interfaces を編集
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作業 4: 起動用 USB ディスクを作成
• FAT16 にフォーマットして , syslinux をインストール.– fdisk 等でパーティション作成– FAT16 でフォーマット– syslinux をインストール– カーネルを USB ディスクにコピー– syslinux 用の設定ファイルを用意
DEFAULT vmlinuz APPEND root=/dev/nfs rw nfsroot=192.168.90.100:/home/kodama/001 ¥ ip=192.168.90.1:192.168.90.100::255.255.255.0:::
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実際に試してみる
構築メモを参考に
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その他
• メモリテストしたら 1 枚不良があった ( 40 枚中).
• スケジューラーの導入については , また後日 .
• MPI のインストールはこれから.• 早く DennouRuby の amd64 用の Debian
パッケージを作って > 佐々木様
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参考文献
• ディスクレスクラスタ–
http://grape.mtk.nao.ac.jp/~makino/articles/diskless-note/doc/files/_/_diskless-note_cp.html
– http://blog.asial.co.jp/329– http://www.jp.debian.org/releases/stable/amd64/
ch04s03.html.ja– http://www.linux.or.jp/JF/JFdocs/NFS-Root-
Client.html– http://www.linux.or.jp/JF/JFdocs/NFS-Root.html
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